MiSeq System Guide Translated into Chinese Traditional (15027617 O CHT)

MiSeq System Guide Translated into Chinese Traditional (15027617 O CHT)
MiSeq®
系統用戶手冊
僅供研究使用
ILLUMINA 專屬財產
第 # 15027617 章 O 修訂版 CHT
目錄 # SY-410-9001DOC
2014 年 9 月
此文件與其內容專屬於 Illumina, Inc. 與其分支機構 ("Illumina"),僅供其客戶針對此處所述之產品使用的契約用途,不得移作他用。此文件與其內容
不得基於其他用途而使用或散播,和/或在未事先取得 Illumina 的書面同意下,以任何方式流通、揭露或複製。Illumina 並未藉由本文件傳遞其專利、商
標、版權或任何普通法權利或任何第三方之類似權利的任何授權。
「軟體」是根據另一份獨立文件「Illumina 定序軟體授權合約」的條款與條件授權給您的。如果您不同意此處的條款與條件,Illumina 並未將「軟體」授
權給您,您不得使用或安裝「軟體」。
本文件的指示必須由受過適當訓練的合格人員嚴格且明確地遵守,以確保此處所述之產品的適當與安全使用。在使用該產品之前,必須完整閱讀與了解文件的
所有內容。
未能全文閱讀與明確遵守此處所含的所有指示,可能造成產品的損壞、人員的受傷,包括使用者或其他人,以及對其他財產的損害。
Illumina 並不承擔任何因不當使用此處所述之產品 (包括相關的零件或軟體) 或是超出 Illumina 針對客戶購買該產品所授予之明確書面授權或許可的任
何使用,所引起的任何責任。
僅供研究使用
© 2014 Illumina, Inc. 版權所有。
Illumina、24sure、BaseSpace、BeadArray、BlueFish、BlueFuse、BlueGnome、cBot、CSPro、CytoChip、DesignStudio、Epicentre、GAIIx、
Genetic Energy、Genome Analyzer、GenomeStudio、GoldenGate、HiScan、HiSeq、HiSeq X、Infinium、iScan、iSelect、ForenSeq、MiSeq、
MiSeqDx、MiSeq FGx、NeoPrep、Nextera、NextBio、NextSeq、Powered by Illumina、SeqMonitor、SureMDA、TruGenome、TruSeq、TruSight、
Understand Your Genome、UYG、VeraCode、verifi、VeriSeq、南瓜橘色和與 Genetic Energy 串流基地等,都是 Illumina, Inc. 和/或其附屬機
構在美國和/或其他國家/地區的註冊商標。其他所有名稱、標誌及商標,均為其各自所有人之財產。
此軟體包含 SeqAn 基因庫,是根據以下許可證授權給 Illumina 經銷的:
Copyright © 2010, Knut Reinert, FU Berlin,版權所有。在符合以下條件時,允許在有或沒有修改的情況下,重新發佈與使用來源碼與二元格式:
1
原始碼的重新發佈必須包含上述的版權通知、此條件清單與以下的免責聲明。
2
以二進位格式重新發佈,必須在發佈所附的說明書和/或其他資料上複製上述的版權通知、此條件清單與以下的免責聲明。
3
在未事先取得書面許可之下,FU Berlin 或 Knut Reinert 以及其貢獻者的名稱,皆不得用於背書或促銷此軟體所衍生的產品。
此軟體是由版權持有人與貢獻者「依原樣」提供,並在此否認任何明示或暗示的保證,包括但不僅限於可商品性與特定用途適用性的暗示保證。版權持有人或
貢獻者絕不負責因使用此軟體所引起的任何直接、間接、意外、特殊、示範性或後續的損害 (包括但不僅限於取得替代貨品或服務;使用、資料或利潤的損
失;或業務的中斷),不管是何原因或是根據契約、嚴格責任或侵權等理論 (包括疏失或其他),即使已經被告知相關損害的可能性。
使用本產品之前,請先詳閱以下內容
本產品及產品的用途與處置方法均受限於以下條款與條件。如果購買者不同意這些條款與條件,Illumina 就無法授權購買者
使用本產品,購買者即不得使用本產品。
1
定義。"特定用途智慧財產係指只有針對特定領域或特定用途,Illumina 才可擁有或控制與本產品(和使用)相關的智
慧財產權。若 Illumina 所擁有或控制的智慧財產所涵蓋之本產品(或使用)的層面或功能在所有可能的用途與各種可
能的領域中與本產品相同(「核心智慧財產」),則不屬於「特定用途智慧財產」的範疇。在 Illumina 所擁有或控制
的所有智慧財產中,「特定用途智慧財產」與「核心智慧財產」是兩個各自獨立、互不重疊的子項目。若不限制舉例範
圍,則 Illumina 用於特定診斷方法、特定鑑識方法或特定核酸生物標記、定序,以及生物標記或定序組合的各項智慧
財產權均屬於「特定用途智慧財產」。"耗材係指 Illumina 計劃提供硬體使用及在使用硬體時消耗的 Illumina 品牌試
劑和耗材品項。"說明書係指本產品的 Illumina 使用手冊,包括(但不限於)本產品隨附、引用或附於產品包裝中的包
裝插頁及任何其他說明書,自 Illumina 出貨日期起生效。說明書包括本文件。"硬體係指 Illumina 品牌的儀器、配件
或周邊設備。"Illumina 係指 Illumina, Inc. 或 Illumina 分支機構(若適用)。"產品係指本文件隨附的產品(例如硬
體、耗材或軟體)。
ii
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
"購買者係指透過 Illumina 或 Illumina 的授權經銷商,循正當合法的管道購得本產品的個人或實體。"軟體係指
Illumina 品牌的軟體(例如:硬體作業軟體、資料分析軟體)。所有軟體均獲得授權且不得出售,並須受「軟體使用者
授權合約」中附加條款的限制。"規格係指本產品的 Illumina 書面規格,自 Illumina 交付本產品的日期起生效。
2
僅供研究使用權利。受限於這些條款與條件,除非另行取得 Illumina 主管書面同意,否則根據 Illumina 核心智慧財
產,僅能授予購買者非獨佔、不可轉讓、僅供個人、不可轉授權的權利,自 Illumina 交付本產品的日期起即存在,僅
供在購買者的組織內將本產品用於內部研究目的(其中包括提供給第三方的研究服務),且只能按照本產品說明書所載
內容進行,但明確排除以下任何用途 (a) 需要 Illumina 特定用途智慧財產的權利或授權,(b) 重覆使用已使用過的耗
材,(c) 將本產品進行解體、反向工程、解譯或反向組裝,(d) 將本產品的零組件拆解、取出、分離,或進行其他未經
授權的分析,(e) 獲得本產品的存取權或判定操作方法,(f) 對 Illumina 的硬體使用非 Illumina 的試劑/耗材(若規格
或說明書另有指示則不適用),或 (g) 將軟體或任何第三方軟體轉讓給第三方或轉讓授權。所有由本產品另行提供、安
裝在本產品上或內建於本產品中的軟體均已授權給購買者,不得另行出售。除了在本節中明確載明的內容,Illumina 並
未以明示、暗示或禁止翻供的方式授予任何 Illumina 的智慧財產權的權利或授權。
購買者全權負責判定購買者是否擁有購買者預期用途所需的所有智慧財產權,包括但不限於第三方提供的任何權利或特
定用途智慧財產的權利。Illumina 不保證或擔保購買者的特定預期用途不會侵害第三方的智慧財產權或特定用途智慧財
產。
3
法規。本產品的任何特定預期用途(無論用於研究、商業、診斷或其他),皆未獲得美國食品暨藥物管理局或任何其他
國內外管理機關的核准、許可或授權。本產品標示為「僅供研究使用」。購買者必須確保它具有購買者對本產品預期用
途所需所有監管機構的許可。
4
未授權用途。購買者同意:(a) 每個耗材只能使用一次,(b) 在 Illumina 的硬體上只使用 Illumina 耗材/試劑。如果本
產品的說明書或規格另有指示,則 (a) 至 (b) 的限制就不適用。購買者同意不從事亦不授權任何第三方從事下列任何
活動:(i) 解體、反向工程、解譯或反向組裝本產品,(ii) 拆解、取出或分離本產品的零組件,或將本產品或零組件用
於本產品說明書中未明確授權的任何分析,(iii) 取得或企圖判定本產品的操作方法,或 (iv) 將軟體或任何第三方軟
體轉讓給第三方或給予轉讓授權。購買者進一步同意本產品內容和操作方法屬於 Illumina 的所有物,本產品包含或體
現了 Illumina 的商業機密。這些條款與條件中的條件和限制為共同協議的銷售條件,因此可管制本產品銷售及購買者
的用途。
5
有限責任。在法律所允許的情況下,Illumina 或其供應商絕不負責購買者或任何第三方購買替代產品或服務的成本,利
潤、資料或業務的損失,或由於(但不限於)銷售、使用本產品所引發或促使任何間接、特殊、意外、示範性、後續或
懲罰性的損害,Illumina 依此提供的效能或這些條款與條件的任何部分,不管是何種原因或根據何種責任理論(無論根
據契約、包含疏失的侵權、嚴格責任或其他等)。
6
Illumina 根據這些條款與條件(包括但不限於)所造成或促使對購買者或任何第三方的總責任和累計責任,本產品(和
使用)及 Illumina 依此提供的效能,不管是根據契約、侵權(包括疏失)、嚴格責任或其他等,皆不得超過向
Illumina 購入本產品的價格。
7
Illumina 所提供保固的限制在法律所允許的情況下,以及在 Illumina 不作(並明確聲明免除所有)明示、暗示或法定
的保證下獲得明示產品保固,其中包括但不限於任何適售性或適用於特定目的暗示保固、無侵權情況,或起因於效能、
交易、用途或商業過程。在不限制上述規定的一般情況下,Illumina 針對購買者對本產品的預期用途不負任何責任、代
表或保固。
8
產品保固。所有保固皆為購買者個人擁有,不得轉讓或指派給第三方(包括購買者的分支機構)。若將本產品移交給另
一購買者的設施,所有保固均為設施專屬且不得轉讓,除非由 Illumina 執行這類動作。
a
耗材保固。Illumina 保證耗材(非自訂耗材)將符合規格直到 (i) 自 Illumina 交付日期算起 3 個月後,(ii) 任
何到期日或 Illumina 對這類耗材所作的保存期限預印結束日期,但絕不會晚於自交付日期算起 12 個月後。關於
自訂耗材(例如:符合購買者自訂規格或設計的耗材,或由購買者或代表購買者提供給 Illumina 的耗材),
Illumina 只能保證自訂耗材會按照 Illumina 的標準製造和品質控制流程進行測試。Illumina 無法保證自訂耗材在
購買者使用時能如預期有效或符合購買者的預期用途。
MiSeq 系統使用指南
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硬體保固。Illumina 保證硬體(非升級零組件)在自 Illumina 交付日期算起 12 個月內將符合規格,除非硬體包
含 Illumina 所提供的安裝服務,在這種情況下保固期將自安裝日期或交付日期 30 天後起算,以先發生者為準
(「基本硬體保固」)。「升級零組件」係指在購買者購得硬體後,由 Illumina 所提供的零組件、改良組件或強
化組件。Illumina 保證自安裝升級零組件後的 90 天內,升級零組件都會符合規格。除非由 Illumina 對 Illumina
的設施進行升級,在這種情況下,升級硬體交付給購買者時會隨附「基本硬體保固」,否則升級零組件的保固範圍
不涵蓋硬體。
保固排除範圍。上述保固不適用於以下造成不相符的情況 (i) 濫用、誤用、疏忽、過失、意外、不當儲存,或使
用違背說明書或規格的規則,(ii) 不當處理、安裝、維護或維修(由 Illumina 人員執行者除外),(iii) 未經授
權改裝,(iv) 不可抗力事件,或 (v) 使用非 Illumina 提供的第三方貨品(除非產品的說明書或規格明確指出第三
方貨品適用於本產品)。
保固服務流程。為了符合保固的維修或更換資格,購買者必須 (i) 及時聯繫 Illumina 支援部門以回報不相符項
目,(ii) 與 Illumina 合作確認或診斷不相符項目,以及 (iii) 退回本產品,並按照 Illumina 的指示預付運費給
Illumina,或經 Illumina 和購買者雙方同意允許 Illumina 授權維修人員取回本產品,確認不相符項目並進行維
修。
保固唯一補救措施。Illumina 會視情況維修或更換確認在保固範圍內的不合格產品。經過維修或更換的耗材可享有
30 天保固。可能會以相同功能、經過整修或全新的硬體或零組件進行硬體的維修或更換(如果硬體只有一個零組
件不相符)。如果更換硬體整個,則更換產品的保固期便為交付日期後 90 天這段期間,或沿用原始硬體剩餘保固
期,端看何者較短。如果只維修或更換其中一個零組件,則該零組件的保固期便為交付日期後的 90 天,或沿用原
始硬體剩餘保固期,端看何者較晚到期。上述內容說明購買者的唯一補救措施及 Illumina 的唯一責任都在依此提
供的保固範圍內。
第三方貨品與保固。Illumina 對第三方的任何貨品及依此提供給購買者的任何貨品不負保固責任。第三方貨品意指
具有第三方名稱標記或品牌的貨品。產品中若有第三方貨品,則其保固由原始製造商提供。只要提出書面要求,
Illumina 會嘗試替購買者傳遞這類保固。
賠償。
a
Illumina 侵權賠償。受限於這些條款及條件,包括但不限於 Illumina 的賠償責任排除(見下方第 9(b) 節),賠
償責任條件(見下方第 9(d) 節),當本產品根據這些條款及條件及本產品的說明書和規格用於研究目的時,若侵
犯第三方有效且可強制執行的智慧財產權,Illumina 應 (i) 賠償及保護購買者免受第三方索賠或訴訟的損害,以
及 (ii) 支付所有協議款項和這類對購買者侵權索賠的費用(包括合理的律師費)。若本產品或其中任何部分成為
或 Illumina 認為可能成為侵權索賠標的,Illumina 應有權視情況 (A) 為購買者取得權利以便繼續使用本產品,
(B) 以實質相同的非侵權替代品修改或更換本產品,或 (C) 要求退回本產品並終止已提供給購買者與本產品相關的
權利、授權及任何其他許可,並在退回產品的同時將產品的折舊價值(如購買者的正式紀錄中所示)退還給購買
者;但對於已用完或已過期的耗材則不予退款。本章節說明 Illumina 對於第三方智慧財產權所受任何侵權的整體
責任。
b
Illumina 賠償責任排除範圍。若因下列情況引起對 Illumina 提出任何侵權索賠,Illumina 不負賠償或保護購買者
免於損害的責任:(i) 在研究用途範圍以外基於任何方式或任何目的使用本產品,(ii) 以不符合規格、說明書及依
此明確賦予購買者的權利使用本產品,或購買者違反這些條款與條件,(iii) 對本產品使用非 Illumina 提供的任
何其他產品、材料或服務,(iv) 使用本產品執行非 Illumina 提供的任何試驗或其他流程,或 (v) Illumina 符合由
購買者完成或代表的本產品規格或指示((i) 至 (v) 稱為「排除索賠」)。
c
購買者賠償。購買者應賠償及保護 Illumina、其分支機構、非分支機構合作者、對開發本產品有所貢獻的開發合作
夥伴及其個別主管、董事、代表和員工免於任何索賠、責任、損害、罰款、處罰、咎責及任何和所有形式的損失,
包括但不限於個人傷害或死亡索賠,以及 (i) 購買者違反這些條款與條件的任何部分,(ii) 購買者在研究用途範
圍以外使用本產品,(iii) 不符合本產品規格或說明書的任何用途或 (iv) 任何排除索賠所造成、促使或引起對第
三方智慧財產權的侵害。
iv
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
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賠償責任條件。某一方的賠償責任必須符合以下條件,另一方才能尋求賠償 (i) 及時以書面形式通知另一方這類
索賠或訴訟,(ii) 給予另一方防衛和解決這類索賠或訴訟的全權掌控能力和權力,(iii) 在未經另一方事先書面同
意之前,不承認任何智慧財產權侵權行為,(iv) 在未經另一方事先書面同意,不進行這類索賠或訴訟的任何和解
或妥協,以及 (v) 為另一方的索賠或訴訟防衛提供合理協助;只要賠償義務方就提供這類協助費用向求償方償還
合理的自付費用。
第三方貨品與賠償。Illumina 對第三方的任何貨品及提供給購買者的任何貨品不負賠償責任。第三方貨品意指具有
第三方名稱標記或品牌的貨品。購買者的賠償權利若與第三方貨品相關,應當按照原始製造商或授權者的賠償。只
要提出書面要求,Illumina 會嘗試替購買者傳遞這類賠償。
MiSeq 系統使用指南
v
修訂版歷程
章節 #
修訂版
日期
15027617_CHT
O
2014 年
9 月
更新下以資訊:
• MCS v2.5 新增,更新執行後清洗選項以納入模板線清洗
• 更新執行後清洗指示,以次氯酸鈉清洗模板線
• 新增執行後清洗的預期清洗容積
新增 VeriSeq 工作流程資訊,包括額外資源、執行選項、次要分析
選項、儀器清洗和流通池上蓋顏色。
15027617
N
2014 年
6 月
僅提供英語。
新增適用於 VeriSeq 工作流程的資訊。
更新叢集生成和密度的執行計量資訊。
移除防毒軟體資訊。請參閱 MiSeq 系統現場準備指南。
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M
2014 年
1 月
更新 MCS v2.4 中所介紹之變更:
已新增可傳送疑難排解檔案的彙整記錄功能。
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L
2013 年
10 月
僅提供英語。
將系統軟體的重新開機新增為執行前步驟。
在使用者提供的耗材清單中新增微量離心管。
不再將 MiSeq 軟體獨立作為一個章節,並將章節內容分散至整份指
南之中。
移除自訂處方資料夾的相關資訊。
針對 MiSeq 試劑組移除建議的叢集密度範圍相關資訊。
移除關於 MiSeq 試劑組的詳細資訊,並新增試劑組功能的概覽。如
需更多詳細資訊,請參閱您所使用之組件的試劑準備說明書。
針對商標公告新增內容。
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K
2013 年
8 月
修正格式錯誤。
MiSeq 系統使用指南
變更說明
vi
章節 #
修訂版
日期
15027617
J
2013 年
8 月
僅提供英語。
新增 MCS v2.3 與 MiSeq 試劑組 v3 的執行說明。
更新下以資訊:
• 試劑組與版本相容性包括 MiSeq 試劑組 v3
• 自訂配方資料夾說明包含 v3 子資料夾
• 變更 v2 的叢集密度範圍,新增 v3 的範圍
• 影像檔的輸出路徑
奈米流通池 (D) 與微流通池 (G) 的修正流通池條碼。
關於 MiSeq 試劑組的移除資訊,包括內容物與流通池類型。如需詳
細資訊,請參閱 MiSeq 試劑準備指南 (章節 # 15044983)。
15027617
H
2013 年
3 月
僅提供英語。
新增標題為 MiSeq 概念 的章節,介紹分析流程、資訊清單檔案與
樣本工作表。
移除關於 FASTQ 檔案生成、資訊清單檔案格式、分析工作流程細節
與樣本工作表細節等資訊。關於這些主題的資訊,請參閱 《MiSeq
通報器使用手冊》,章節 # 15028784,或 《MiSeq 樣本工作表快速
參考指南》,章節 # 15028392。
移除準備自訂基底液的指示。如需詳細資訊,請參閱 在 MiSeq 上使
用自訂基底液,章節 # 15041638。
15027617
G
2013 年
1 月
僅提供英語。
移除變性與稀釋 DNA 載體,以及準備 Illumina PhiX 對照的指示。
請參閱 準備 DNA 載體以便在 MiSeq 上定序,章節 # 15039740。
更新儀器清洗指示,增加 25 毫升 10% Tween 20 到 475 毫升實驗
室等級的水,而不是 500 毫升實驗室等級的水。
15027617
F
2012 年
11 月
僅提供英語。
增加以下的新資訊:
• 為新的 MiSeq 試劑組增加組件說明:MiSeq 試劑奈米組件與
MiSeq 試劑微組件
• 新增流通池類型概覽
• 新增富集分析工作流程的說明
更新下以資訊:
• MCS v2.1 新增,更新 [Perform Wash(執行清洗)] 畫面,以增
加執行後清洗選項與升高吸管的指令
• 更新版本相容性表,包含奈米與微組件相依性
• 更新版本相容性資料,包含新的試劑組
vii
變更說明
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
修訂版
日期
15027617
E
2012 年
10 月
僅提供英語。
更新下以資訊:
• 修正 PhiX 對照準備指示,並預期已準備的 PhiX 對照叢集密度
達 1000–1200 K/mm²
• 注意變性與稀釋載體的程序,[Preparing Your Libraries(準備
您的載體)],不要套用到 Nextera XT 載體與 TruSeq Amplicon
載體
• 將升級名稱從 MiSeq 擴充套件變更為 MiSeq 硬體升級
• 新增 《MiSeq 通報器使用指南》到 [Additional Resources(額
外的資源)] 清單。
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D
2012 年
7 月
僅提供英語。
更新軟體說明到 MCS v2.0。
增加以下的新資訊:
• 新增標題為MCS 新功能的章節,說明新的軟體功能、介面變更與
工作流程變更
• 新增 MiSeq 試劑組 v2,500 循環的目錄號碼與說明
• 新增版本相容性與要求章節
• 新增 MiSeq 擴充套件的說明,這是 14 基因模板雙介面流通池影
像所需的
• 新增雙介面流通池基因模板編號的說明
• 新增 Nextera XT 載體的 PCR Amplicon 分析工作流程
• 在清洗程序與預期的清洗容積內,新增 10% Tween 20 的使用
• 將試劑匣版本新增到 RFID 讀取故障程序
更新下以資訊:
• 將 IMF、CMF 與 AMX 的試劑縮寫分別變更為 v2 試劑名稱 IMS、
CMS 與 AMS
• 將 PhiX 濃度從 8 pM 變更為 12.5 pM
• 將最終溶液的建議最高 NaOH 濃度變更為 1 mM
• 注意維修清洗是從待機模式移除儀器,並開始後續執行的設定步
驟所必要的
• 移除樣本工作表參數章節與工作流程中的樣本工作表設定步
驟;Illumina 建議在樣本準備之前先建立樣本工作表 (請參閱
《MiSeq 樣本工作表快速參考指南》,章節 # 15028392 與
《Illumina 實驗管理員使用指南》,章節 # 15031335)
MiSeq 系統使用指南
變更說明
viii
修訂版歷程
章節 #
章節 #
修訂版
日期
15027617
C
2012 年
4 月
僅提供英語。
更新軟體說明到 MCS v1.2。
新增以下的新程序與章節:BaseSpace 概覽、使用自訂基底液、生成
FASTQ 檔案、流率誤差的疑難排解、執行容積檢測、執行維修清洗與
儀器空載,其中包括待機清洗。
更新下以資訊:
• 將 Amplicon 工作流程的名稱變更為自訂 Amplicon;將
DenovoAssembly 工作流程的名稱變更為 Assembly;新增
GenerateFASTQ 工作流程
• 新增執行資料夾與檔案的說明;更新執行資料夾的命名;新增輸
出檔案尺寸
• 條列基因組資料夾為樣本工作表參數中的 Amplicon 定序所必要
的
• 將稀釋 NaOH 的說明新增到變性載體
• 將解決 RFID 讀取失敗更新到包含 MiSeq 自助服務說明
• 條列用於執行操作疑難排解所用的檔案與資料夾
15027617
B
2011 年
12 月
僅提供英語。
更新軟體說明到 MCS v1.1
新增關於防毒保護的資訊
更新下以資訊:
• 解決 RFID 故障的指示
• 準備載體 — 變更為 0.2 N NaOH
• 執行資料夾命名慣例
• 必要的磁碟空間與儲存容積
• 執行設定步驟 — 將更多資訊新增到設定樣本工作表
• 執行設定步驟 — 新增處置剩餘 PR2 的注意事項
• 分析期間 — 新增分析超過二小時的情況
• 分析輸入要求 — 針對 TruSeq 自訂 Amplicon 載體,依要求列
出資訊清單檔案
• 修正 MiSeq 試劑組內容物中的 HT1 管子尺寸
• 將 iCom 參考變更為 MyIllumina
15027617
A
2011 年
9 月
ix
變更說明
仅提供英文版。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
目錄
修訂版歷程
目錄
章節 1 開始
簡介
零組件
MiSeq 試劑組概覽
使用者提供的耗材
開始 MiSeq
MiSeq 概念
MiSeq 軟體
次要分析選項
執行資料夾
必要的磁碟空間
章節 2 執行一回合
簡介
MiSeq 工作流程
載入樣本載體
使用 MCS 設定執行
清潔流通池
載入流通池
載入試劑
開始執行
監視執行
章節 3 維修程序
簡介
儀器清洗
進行執行後清洗
執行維修清洗
執行待機清洗
軟體更新
儀器關機
MiSeq 系統使用指南
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章節 4 疑難排解
簡介
彙整記錄進行疑難排解
軟體設定
暫停或停止執行
解決執行設定錯誤
解決 RFID 讀取失敗
流率誤差疑難排解
執行容積檢測
測量預期的清洗容積
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索引
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技術協助
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章節 # 15027617 修訂版 O CHT
章節 1 開始
簡介
零組件
MiSeq 試劑組概覽
使用者提供的耗材
開始 MiSeq
MiSeq 概念
MiSeq 軟體
次要分析選項
執行資料夾
必要的磁碟空間
MiSeq 系統使用指南
章節 1
開始
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1
開始
簡介
Illumina MiSeq® 系統結合綜合技術 (SBS) 驗證的定序與革命性工作流程,只要短短的 8 小
時,就能讓您從 DNA 進展到已分析的資料。MiSeq 在單一儀器上整合叢集生成、定序與資料
分析。
功能
} 全自動化 — 設定好執行程序後(包括載入預先充填的試劑匣、緩衝瓶與流通池),就不
需要再花時間手動操作。
} 預先充填的試劑匣 — 預先充填的單次使用試劑匣經過特別設計,可為叢集生成與定序作
業提供試劑,包括雙端定序試劑與索引試劑。整合的無線電頻率識別 (RFID) 追蹤啟用精
確的耗材追蹤。
} 介面控制 — MiSeq 控制軟體 (MCS) 介面提供設定儀器、設定與監視執行,以及執行維
修程序等方面的控制。
} 便利的流通池載入 — 在載於儀器上時,夾鉗機制自動定位流通池。整合的無線電頻率識
別 (RFID) 追蹤啟用精確的耗材追蹤。
} 創新的流控架構 — MiSeq 流控系統可在進行定序時,使化學循環發揮絕佳效率。
} 即時分析(Real-Time Analysis,簡稱 RTA) — 整合式主要分析軟體可在執行定序時即
時執行儀器資料分析,包括影像分析與鹼基判定,以節省寶貴的下游分析時間。
} MiSeq 通報器 — 整合式次要分析軟體可處理主要分析的資料,以執行校準並提供每個分
析樣本的相關資訊。
額外的資源
以下的說明書可從 Illumina 網站下載。
2
資源
說明
MiSeq 系統現場準備指南
提供實驗室空間、電力要求與環境考量的規格。
MiSeq 系統安全與合規指南
提供關於儀器標籤、合規認證與安全考量的資訊。
MiSeq 工作流程
快速參考卡
提供二頁的工作流程圖形說明給有經驗的使用者。快速參考卡摘
述樣本準備、執行設定與執行監控,以及提供 MiSeq 通報器 所
執行的分析概覽。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
說明
Illumina 實驗管理員使用指南
提供為不同的工作流程與載體類型建立樣本盤與樣本工作表的指
示。Illumina 建議您在樣本準備步驟期間建立樣本工作表。
BlueFuse Workflow Manager
參考指南
為執行 VeriSeq 工作流程的使用者提供建立樣本盤與樣本工作
表的指示。Illumina 建議您在準備樣本時建立樣本工作表。
《MiSeq 樣本工作表
快速參考指南》
提供關於新增樣本工作表設定至您的樣本工作表的資訊。
MiSeq 試劑準備指南
在開始您的定序執行之前,提供組件內容的說明,以及準備試劑
匣的指示。
準備 DNA 載體在 MiSeq 上定
序
在 MiSeq 上定序與準備 PhiX 對照之前,提供關於變性與稀釋
備妥之樣本載體的指示。此步驟適用於大部份的載體類型。
使用 MiSeq 上的自訂基底液
提供準備與載入自訂基底液的指示,以及編輯自訂基底液的樣本
工作表。
MiSeq 通報器使用指南
提供分析程序、分析工作流程以及 MiSeq 通報器生成之輸出檔
案的綜合概覽,以及運算要求、儀器離線安裝指示,以及疑難排
解資訊。
BlueFuse Multi 參考指南
為執行 VeriSeq 工作流程的客戶提供分析程序、分析工作流程
和 BlueFuse Multi 所生成之檔案的綜合概述,以及運算要求和
疑難排解資訊。
MiSeq 通報器線上協助
提供使用 MiSeq 通報器軟體的指示。
BaseSpace 線上協助
提供使用 BaseSpace 的指示,以及每次分析工作流程生成的圖
形說明。
造訪 Illumina 網站上的 MiSeq 系統 支援網頁,以存取說明書、軟體下載、線上訓練與常見
問題集。
MiSeq 系統使用指南
3
簡介
資源
開始
零組件
MiSeq 具備以下的外部零組件:
A
B
C
D
E
F
流通池室 — 含有在執行時固定流通池的流通池台架。流通池台架馬達將台架移出有機殼
的光學模組,以載入流通池,並在開始執行時放回台架。
有機殼的光學模組 — 含有可以讓流通池成像的光學零組件。
狀態列 — 使用三種顏色來表示儀器狀態。藍色表示儀器正在處理中,橘色顯示儀器需要
注意,綠色顯示儀器準備好開始下一回合。
觸控螢幕監視器 — 可進行儀器上的設定,以及使用軟體介面執行設定。
外部 USB 連接埠 — 便於將檔案與資料從觸控螢幕監視器轉移到儀器電腦。
試劑室 — 在適當的溫度下存放試劑、清洗溶液與廢棄物瓶。磁性栓鎖固定試劑室門。
MiSeq 介面引導您使用觸控螢幕監視器完成執行設定步驟。載入執行零組件需要接觸到試劑室
與流通池室。
4
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
零組件
流通池室
A
B
C
D
E
流通池台架
流通池室門
流通池栓鎖
流通池
[Flow Cell Latch Release(流通池栓鎖釋出)] 按鈕
流通池室包含流通池台架、熱電站與到流通池的流控連接。流通池台架固定流通池,而流通池
栓鎖將流通池牢固定位。在流通池栓鎖關閉時,靠近栓鎖鉸鍊的二根插銷自動定位流通池。
位於流通池台架下方的熱電站控制流通池溫度的變化,這是叢集生成與定序所必須的。
流通池
A
B
MiSeq 系統使用指南
出料口
影像區域
5
開始
C
進料口
MiSeq 流通池是單次使用的玻璃底盤,是叢集生成與定序反應執行之處。
試劑透過進料口進入流通池,通過單線影像區域,然後透過出料口排出流通池。排出流通池的
廢棄物被傳輸到廢棄物瓶。
樣本在設定執行之前載入試劑匣,然後在開始執行之後,自動傳輸到流通池。
在定序執行期間,單通道在稱為基因模板的小影像區域內成像。所有的 MiSeq 流通池都有單通
道,但是基因模板的數量依您所使用的流通池類型而異。
試劑室
A
B
C
D
E
試劑冷卻槽
吸管把手 (顯示於升起位置)
PR2 瓶
廢棄物瓶
試劑匣
試劑室包含試劑冷卻槽,以及清洗緩衝 (PR2) 瓶與廢棄物瓶的位置。
在執行期間,試劑冷卻槽固定一個單次使用試劑匣。在儀器清洗期間,試劑冷卻槽固定清洗托
盤。在執行期間,軟體護會依所執行的程序,在適當的時間點自動將吸管降低進入試劑匣的每
個貯池。
在試劑冷卻槽的右邊是兩個大小適合的插槽,一個供給 PR2 瓶而一個供給清洗瓶。吸管把手將
瓶鎖住定位,並將適當的吸管降低至每個瓶中。試劑經吸管及流控管線被抽吸至流通池。在整
個過程,試劑廢棄物被傳輸到廢棄物瓶。
6
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
MiSeq 試劑匣是單次使用的耗材,包含錫箔密封的貯池,預先充填足以定序一個流通池的叢集
與定序試劑。
匣上的每個貯池都有編號。樣本載體在標示 [Loading Samples(載入樣本)] 的位置 17 載
入匣上。
MiSeq 系統使用指南
7
零組件
試劑匣
開始
MiSeq 試劑組概覽
如要在 MiSeq 上開始執行,您需要一個單次使用的 MiSeq 試劑組,試劑組有各種不同的類型
與規格可供選擇。每種 MiSeq 試劑組均包含一個該組件專用的流通池類型與單次執行所需的所
有試劑。
組件提供的流通池、PR2 瓶與試劑匣使用無線電頻率識別 (RFID),以精確追蹤耗材與相容
性。
一定要使用與流通池類型相容的試劑匣。如果試劑匣不相容,在執行設定時會出現訊息,提示
您載入相容的試劑匣。
如需可用試劑組的相關說明,請造訪 Illumina 網
站:support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.ilmn。
如需組件內容物與相關要求的資訊,請參閱您所使用之組件的試劑準備說明書。
8
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
使用者提供的耗材
使用者提供的耗材
在開始執行之前,確定備有以下使用者提供的耗材。
耗材
庫存 1.0 N NaOH, 分子
生物級
酒精棉球,70% 異丙基
或
乙醇,70%
無粉末的拋棄式手套
低棉絮實驗室拭紙
拭鏡紙,4 x 6 in.
微量離心管
次氯酸鈉
Tween 20
鑷子,方頭塑膠 (自選)
水,實驗室等級
供應商
一般實驗室供應商
目的
變性樣本庫與 PhiX 對照 DNA
VWR,目錄
# 95041-714*
清潔流通池固定座
一般實驗室供應商
一般實驗室供應商
VWR,目錄
# 21905-026*
VWR,目錄
# 52846-001*
一般實驗室供應商
一般實驗室供應商
Sigma-Aldrich,目
錄 # P7949
McMaster-Carr,目
錄 # 7003A22*
一般實驗室供應商
一般用途
清洗流通池台架和覆蓋載入樣本貯池的錫
箔封環
清潔流通池
變性與稀釋樣本庫以及 PhiX 對照 DNA
清洗模板線,在 VeriSeq 工作流程使用
(在其他工作流程為選用)
清洗儀器
從流通池運送容器移出流通池
清洗儀器
* 或同等級
實驗室等級的水指導原則
進行儀器的程序只能使用實驗室等級的水。不能使用自來水或去離子水。
以下列舉可接受的實驗室等級用水:
} Illumina PW1
} 18 Megohm (MΩ) 水
} Milli-Q 水
} Super-Q 水
} 分子生物等級水
MiSeq 系統使用指南
9
開始
開始 MiSeq
備註
Illumina 建議您讓儀器保留持續開機狀態。然而,如果儀器必須要關機,請依照第 65
頁上的 儀器關機上所述的程序關機。等待至少 60 秒之後,再將電源開關轉回到 [ON
(開)] 位置。
1
如果 MiSeq 不是已經開機,在儀器的右邊找尋位於後面板上的電源開關。就在電源線正上
方的下邊角落。
圖 1
10
電源開關位置
2
將電源開關撥到 [ON(開)] 位置。整合的儀器電腦開機。
3
使用預設的使用者名稱與密碼登入作業系統。
• 使用者名稱:sbsuser
• 密碼:sbs123
等候作業系統完成載入。在系統就緒時,MiSeq 控制軟體 (MCS) 自動開始與初始化系統。
在初始化步驟完成之後,[Welcome(歡迎)] 畫面出現。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
以下概念與條款適用於 MiSeq 上的各項執行設定步驟。
概念
說明
分析工作流程
MiSeq 通報器 執行的次要分析程序。樣本工作表中明定每一回合的分
析工作流程。
資訊清單
此檔案註明參考基因組與在校準步驟中要使用的標的參考區域。對需要
資訊清單的工作流程,資訊清單檔案明訂於樣本工作表內,並複製到
MSC 中指定的資訊清單檔案。
參考基因組
FASTA 格式檔案含有分析期間所使用的基因組排序。對於大部分的分析
工作流程,參考基因組檔案明訂於樣本工作表。
執行資料夾
RTA 主要分析軟體 (MiSeqOutput 資料夾) 所擴展的資料夾結構或
MiSeq 通報器 (MiSeqAnalysis) 所擴展的資料夾。如需詳細資訊,請
參閱第 25 頁上的 執行資料夾。
樣本工作表
逗點分隔的數值檔案 (*.csv) 含有需要設定的資訊,以及分析定序執
行,包括樣本與其索引排序的清單。
樣本工作表必須在 MiSeq 執行設定步驟時提供。在執行開始時,樣本
工作表重新命名為 SampleSheet.csv,並複製到執行資料
夾:MiSeqTemp、MiSeqOutput 與 MiSeqAnalysis。
如需關於分析工作流程與資訊清單檔案格式的詳細資訊,請參閱 MiSeq 通報器使用指南 (章節
# 15042295)。
如需關於樣本工作表的詳細資訊,請參閱 MiSeq 樣本工作表快速參考指南 (章節 # 15028392)。
MiSeq 系統使用指南
11
MiSeq 概念
MiSeq 概念
開始
MiSeq 軟體
三套軟體應用程式預先安裝在儀器電腦上:
} MiSeq 控制軟體 (MCS) — 控制儀器操作。在開始執行之前,MiSeq 控制軟體 (MCS) 介
面會引導您完成載入流通池與試劑的步驟。進行執行時,品質統計概覽也會隨之出現。
在執行期間,MCS 會操作流通池台架、分發試劑、控制流通池溫度及拍攝流通池上的叢集
影像。MCS 會根據樣本工作表所指定的參數執行。
} 即時分析(Real-Time Analysis,簡稱 RTA)軟體 — 執行主要分析。「即時分析
(RTA)」是整合式的主要分析軟體,可執行影像分析與鹼基判定,並針對每個循環指派品質
評分給每個鹼基。影像會暫時儲存於執行資料夾供 RTA 進行處理,完成 RTA 分析後便會
自動刪除。
} MiSeq 通報器 — 執行次要分析。MiSeq 通報器 分析軟體處理在主要分析期間生成的鹼
基判定,並產生關於所要求之每個基因組的校準、變異與短序列組合資訊。樣本工作表所指
定的分析工作流程會決定要執行的分析類型。如需詳細資訊,請參閱第 24 頁上的 MiSeq
通報器概覽。
使用離線儀器的自選軟體包括「定序分析檢視器 (SAV)」。如需詳細資訊,請參閱第 22 頁上
的 定序分析檢視器。
[Welcome(歡迎)] 畫面
在軟體啟用時,MCS 介面開啟 [Welcome(歡迎)] 畫面。
12
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
MiSeq 軟體
圖 2
[Welcome(歡迎)] 畫面
} [Sequence(序列)] — 此選項會開啟一系列的執行設定畫面,引導您完成執行所需的設
定步驟。請參閱第 15 頁上的 [Run Setup(執行設定)] 畫面。
} [Perform Wash(進行清洗)] — 提供兩種儀器清洗選項,即維修清洗或待機清洗。請參
閱第 52 頁上的 儀器清洗。
} [Manage Files(管理檔案)] — 提供在儀器電腦上移動、刪除與上傳檔案的控制選項。
請參閱第 16 頁上的 [Manage Files(管理檔案)] 畫面。
} [Run Options(執行選項)] — 提供執行後清洗、變更資料夾的預設位置,以及指定電
子郵件通知偏好等選項。請參閱第 18 頁上的 [Run Options(執行選項)] 畫面。
} [Manage Instrument(管理儀器)] — 提供系統設定、進行系統檢查、手動更新軟體與
重新開機或儀器關機等選項。請參閱第 21 頁上的 [Manage Instrument(管理儀器)]
畫面。
} [Updates Available(可用的更新]) — 只有在有可用的軟體更新時,此選項才會出現
在 [Welcome(歡迎)] 畫面上。您的 MiSeq 必須要連線到網際網路,才能啟用此選項。
請參閱第 64 頁上的 軟體更新。
MiSeq 系統使用指南
13
開始
活動指示器
一系列的圖示位於每個介面螢幕的右下角。每個圖示都是一個活動指示器,顯示儀器正在執行
的活動。
圖 3
活動指示器
從左到右,活動指示器代表以下的活動:
} 移到 Y 階段
} 移到 Z 階段
} 啟動電子功能
} 使用攝影機
} 透過流控系統抽吸
感應器指示燈
對於每個介面螢幕底部的感應器指示燈代表儀器零組件的狀態。
圖 4
感應器指示燈
從左到右,感應器指示燈代表以下的零組件:
} 在關閉或打開位置的流通池室門
} 試劑冷卻槽的溫度 (°C)
} 流通池的溫度 (°C)
} BaseSpace® 連線的狀態(圖示為未連線)
14
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
在 [Welcome(歡迎)] 畫面的右上角是狀態圖示,指示在執行設定或執行期間的任何條件變
更。
狀態圖示
狀態名稱
狀態 OK
說明
沒有變化。系統正常。
注意
重要資訊。建議採取行動。
警告
警告並未停止執行。然而,有些警告要求在繼續之前採取行
動。
錯誤
錯誤通常會停止執行,一般會在繼續執行之前要求採取行動。
在條件發生變化時,圖示會變成相關的影像,並閃爍以發出警訊。選擇圖示以開啟狀態視窗並
檢視狀況的說明。
} 選擇條列的任何項目以檢視狀況的詳細說明,以及解決問題的指示。
} 選擇 [Acknowledge(確認)] 以接受訊息,以及 [Close(關閉)] 以關閉對話方塊。
您可以選擇視窗頂端邊緣的圖示,篩選出現在狀態視窗的訊息類型。選擇一個圖示,切換顯示
或隱藏情況。
[Run Setup(執行設定)] 畫面
當您在 [Welcome(歡迎)] 畫面選擇 [Sequence(定序)] 時,一系列的執行設定畫面會以
下列順序開啟:[BaseSpace Option(BaseSpace 選項)]、[Load Flow Cell(載入流通
池)]、[Load Reagents(載入試劑)]、[Review(檢視)] 與 [Pre-Run Check(執行前檢
查)]。如需詳細資訊,請參閱第 34 頁上的 使用 MCS 設定執行
MiSeq 系統使用指南
15
MiSeq 軟體
狀態圖示
開始
[Manage Files(管理檔案)] 畫面
使用 [Manage Files(管理檔案)] 功能移動、上傳或刪除儀器電腦上的檔案。畫面上共有六
個標籤:[Runs(執行)]、[Sample Sheets(樣本工作表)]、[Manifests(資訊清單)]、
[Genomes(基因組)]、[Recipes(處方)] 及 [Bundle Logs(彙整記錄)]。
圖 5
16
[Manage Files(管理檔案)] 畫面
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
從 [Manage Files(管理檔案)] 畫面的標籤中,選擇 [Browse(瀏覽)] 以導覽到儀器可
存取的任何檔案。
標籤
特點
[Runs(執行)]
[Delete(刪除)] 或 [Move(移動)]
[Sample Sheets(樣本工作
表)]
[Delete(刪除)]、[Upload(上傳)] 或 [Rename(重
新命名)]
[Manifests(資訊清單)]
[Delete(刪除)] 或 [Upload(上傳)]
[Genomes(基因組)]
[Delete(刪除)] 或 [Upload(上傳)]
[Recipes(處方)]
[Delete(刪除)] 或 [Upload(上傳)]
[Bundle Logs(彙整記
錄)]
[Bundle Logs(彙整記錄)]
} [Delete(刪除)] — 選擇所列之檔案或資料夾旁邊的勾選方塊,然後選擇 [Delete(刪
除)]。除了 [Bundle Logs(彙整記錄)] 之外,在所有標籤都可以使用 [Delete(刪
除)] 功能。
} [Move(移動)] — 只能用於執行資料夾。選擇資料夾名稱旁的勾選方塊,選擇 [Move
(移動)],然後瀏覽到適當的位置。[Move(移動)] 會將執行資料夾複製到新的位置,
然後從舊的位置刪除資料夾。
} [Select All Files(選擇所有檔案)] — 選擇 [Delete(刪除)] 按鈕左邊的勾選方
塊,然後選擇一個動作:[Delete(刪除)] 或 [Move(移動)]。此動作適用於所有的檔
案或資料夾。
} [Upload Files(上傳檔案)] — 可用於樣本工作表、資訊清單、基因組與處方。如果
MiSeq 未連線到網路,使用此功能從 USB 磁碟上傳檔案到儀器電腦。選擇 [Upload(上
傳)] 並瀏覽到檔案在 USB 磁碟的所在位置。檔案上傳到 [Directory(目錄)] 欄位所
指定的資料夾。
} [Rename(重新命名)] — 只能用於樣本工作表。選擇樣本工作表檔案旁的勾選方塊,然
後選擇 [Rename(重新命名)]。使用螢幕上的鍵盤重新命名樣本工作表。
} [Bundle Logs(彙整記錄)] — 這項指令可合併及壓縮 Illumina 技術支援所需的檔案
群組,以進行疑難排解。如需詳細資訊,請參閱第 69 頁上的 彙整記錄進行疑難排解。
MiSeq 系統使用指南
17
MiSeq 軟體
管理檔案選項
開始
[Run Options(執行選項)] 畫面
[Run Options(執行選項)] 有三個指定執行預設設定的標籤:[Run Settings(執行設
定)]、[Folder Settings(資料夾設定)] 與 [Email Notifications(電子郵件通
知)]。
圖 6
[Run Options(執行選項)] 畫面上的 [Run Settings(執行設定)] 標籤
[Run Settings(執行設定)] 標籤
} [Post-Run Wash Option(執行後清洗選項)] — 在每次執行之後都需要清洗儀器。在設
定後續的執行之前,軟體要求進行清洗。您可以透過預設指定清洗的類型。執行後清洗約需
30 分鐘。維護清洗約需 1 小時。
} [Send Instrument Health(傳送儀器健康狀態)] — Illumina 建議選擇此選項,以協
助 Illumina 技術支援疑難排解可能的問題。唯一傳送到 Illumina 的檔案是記錄檔
(InterOp 檔案與記錄檔)。儀器必須要連線到網際網路,才能使用此功能。
} [Replicate Analysis Locally(本機複製分析)] — 此設定提供在儀器本機與在
BaseSpace 執行分析的選項。
• 如果在使用 BaseSpace 時選擇此選項,MiSeq 通報器自動在執行之後開啟與進行本機
分析。
• 如果在使用 BaseSpace 時未選擇此選項,MiSeq 通報器不會在執行之後自動開啟,分
析只在 BaseSpace 進行。
18
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
[Folder Settings(資料夾設定)] 標籤
您可以在 [Folder Settings(資料夾設定)] 標籤上指定預設的資料夾位置。資料夾可以在
本機網路或是儀器電腦上。
圖 7
[Folder Settings(資料夾設定)] 標籤
} [Recipes(處方)] — 設定處方的預設位置。處方是軟體用於執行定序的 XML 檔案。處
方是在根據樣本工作表參數的執行開始時所建立的,之後處方複製到輸出資料夾。
} [Sample Sheets(樣本工作表)] — 設定樣本工作表的預設位置。樣本工作表是在載體
準備之前所建立的,包含執行的參數。
} [Manifest(資訊清單)] — 設定資訊清單檔案的預設位置。有些載體類型需要資訊清單
檔案。請參閱樣本準備說明書的樣本準備組件,以及 樣本工作表快速參考指南 (章節 #
15028392)。
} MiSeqOutput — 設定分析輸出檔案的預設位置。Illumina 建議將預設輸出資料夾變更到
網路位置,以利共享、長期儲存與自選離線使用 MiSeq 通報器。
如需詳細資訊,請參閱第 25 頁上的 執行資料夾。
MiSeq 系統使用指南
19
MiSeq 軟體
• 若使用 BlueFuse Multi 執行 VeriSeq 工作流程,請選擇此選項。
開始
[Email Notifications(電子郵件通知)] 標籤
MiSeq 可以設定為在完成主要分析、完成儀器上次要分析,或發生重大的 MiSeq 軟體錯誤
時,傳送電子郵件通知。
圖 8
[Email Notifications(電子郵件通知)] 標籤
} [Local SMTP email server address(本機 SMTP 電子郵件伺服器位址)] — 使用螢
幕上的鍵盤輸入本機 SMTP 電子郵件伺服器位址。必要時,連絡設施管理員以取得該資
訊。
} [Sender email address(寄件人電子郵件位址)] — 使用螢幕上的鍵盤輸入寄件人電子
郵件位址。此位址可以是您的電子郵件位址或是指定為寄送電子郵件通知的不同位址。寄件
人電子郵件位址的網域必須和電子郵件伺服器位址相同。
} [Email addresses(電子郵件位址)] — 使用螢幕上的鍵盤輸入要接收通知的每位收件
人的電子郵件位址。以逗號區隔每個不同的電子郵件位址。選擇 [Test(測試)] 以傳送
測試電子郵件給通知收件人。
} [Notify via email when(透過電子郵件通知的時機)] — 選擇觸發通知之每個執行事
件的勾選方塊。
20
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
[Manage Instrument(管理儀器)] 畫面包含系統設定、疑難排解、手動軟體更新、重新開機
或關閉儀器軟體控制。
圖 9
[Manage Instrument(管理儀器)] 畫面
} [System Setting(系統設定)] — 提供變更 IP 設定、機器名稱或網域的選項。請參閱
第 71 頁上的 [System Settings(系統設定)] 畫面。
} [System Check(系統檢查)] — 提供檢查儀器零組件操作狀態的疑難排解選項。請參閱
第 73 頁上的 [System Check(系統檢查)] 螢幕。
} [Manual Update(手動更新)] — 提供手動更新儀器電腦上軟體的選項。請參閱第 64
頁上的 [Manual Update(手動更新)] 畫面。
} [Reboot(重新開機)] — 使用 [Reboot(重新開機)] 指令重新啟動系統軟體。
} [Shut Down(關機)] — 使用 [Shut Down(關機)] 指令關閉儀器電腦上的控制軟體與
Windows。請參閱第 65 頁上的 儀器關機。
} [Minimize to Windows(最小化到 Windows)] — 當 MCS 以資訊站模式執行而非
Windows 模式時,提供對儀器作業系統與儀器電腦上任何資料夾的快速存取。
MiSeq 系統使用指南
21
MiSeq 軟體
[Manage Instrument(管理儀器)] 畫面
開始
定序分析檢視器
使用 Illumina 「定序分析檢視器 (SAV)」可以更詳盡地監測您的執行,而不會對執行造成干
擾。您的 MiSeq 必須有網路連線,以 SAV 檢視主要分析的結果。
SAV 讓您在執行期間當計量生成時,以及在執行完成之後檢視計量。將 SAV 安裝到獨立於
MiSeq 的電腦上,存取與儀器連線的同一個網路。在啟用軟體之後,瀏覽到您的執行輸出資料
夾。
在模板生成之後,SAV 提供 RTA 生成的計量,並將計量組織成繪圖、圖表與表格。
備註
SAV 是 Illumina 定序系統通用的工具,大部份都使用八通道流通池。有些檢視包括
顯示通道 1–8 的下拉清單。MiSeq 流通池是單通道流通池,因此您的資料會在您選
擇 [All(全部)] 或 [Lane 1(通道 1)] 時出現。
如需詳細資訊,請參閱 定序分析檢視器使用指南 (章節 # 15020619) 。
執行期間
執行期間依進行的循環數而定。您可以使用 MCS v2.3 執行雙端達 2 x 301 個定序循環,加
上索引基因序列。
此外,執行期間依您所使用的 MiSeq 試劑版本,以及安裝於儀器上的效能強化升級而定。
對於預期的時間與其他規格,造訪 Illumina 網站
(www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn) 上的 MiSeq 系
統規格網頁。
基因序列中的循環數
在一個基因序列中執行的循環數是比所分析循環數多一循環。額外的一個循環是定相與定相前
計算所需的。
例如,雙端 300 循環執行二個 301 循環基因序列 (2 x 301),總循環為 602 循環。在執行
結束時,分析 2 x 300 個循環。
22
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
可以在儀器電腦上使用 MiSeq 通報器或在雲端使用 BaseSpace 分析 MiSeq 定序資料。若執
行 VeriSeq 工作流程,請使用 BlueFuse Multi Software 進行分析。BaseSpace 與
MiSeq 通報器會產生關於所要求之每個基因組,以及多樣本執行的每個樣本的校準、變異與短
序列組合資訊。
BaseSpace 概覽
BaseSpace 是 Illumina 雲端運算環境。使用 BaseSpace 儲存與分析您的執行資料,可提供
以下優點:
} 排除現場儲存與運算的需求
} 啟用網路資料管理與分析
} 在資料分析時,可以執行新的定序
} 提供全球合作與分享的工具
在設置定序執行時,您可以登入 BaseSpace。在使用 BaseSpace 時,您可以設置執行,以本
機儲存執行的原資料。如需詳細資訊,請參閱第 18 頁上的 [Run Options(執行選項)] 畫
面。
圖 10
MiSeq 系統使用指南
[BaseSpace Option(BaseSpace 選項)] 畫面
23
次要分析選項
次要分析選項
開始
在開始您的定序執行時,BaseSpace 圖示變更為指示 MiSeq 連線到 BaseSpace,且資料檔案
傳輸到您安全的位置。資料檔案在傳輸時加密,在分析時解密,儲存時再度加密。
圖 11
連線到 BaseSpace 圖示
在執行結束時或是所有的主要分析檔案已經上傳完成時,BaseSpace 自動切斷與 MiSeq 的連
線。如果網路連線中斷,分析檔案將在網路連線恢復之後,從中斷之處繼續上傳。
在最後的鹼基判定檔案上傳到 BaseSpace 之後,馬上就開始資料的次要分析。BaseSpace 支
援相同的分析工作流程,就像使用 MiSeq 通報器 進行儀器上分析一樣。
許多基因組搭配 MiSeq 通報器 安裝。BaseSpace 只支援包含 MiSeq 通報器 的基因組。
您可以在 basespace.com 連線到 BaseSpace。使用您的 MyIllumina 帳號登入。
如需關於使用 BaseSpace 的詳細資訊,請參閱 Illumina 網站上的 BaseSpace 線上協
助:www.illumina.com/help/BaseSpaceHelp/BaseSpaceHelp.htm。
MiSeq 通報器概覽
MiSeq 通報器 是 Windows Service 應用程式,處理主要分析產生的鹼基判定。完成定序執
行的主要分析之後,MiSeq 通報器 便會立即開始次要分析。
MiSeq 通報器 在儀器電腦上執行。然而,軟體介面必須要透過和 MiSeq 通報器 連接於同一
網路的另一台電腦,從網路瀏覽器檢視。
在完成次要分析時,一個名為 CompletedJobInfo.xml 的檔案寫入到執行資料夾。如需詳細資
訊,請參閱 MiSeq 通報器使用指南 (章節 # 15042295)。
在分析期間的定序
MiSeq 系統計算資源是定序或分析專用的。如果在前一次執行的次要分析完成之前,MiSeq 之
上展開新的定序執行,次要分析會自動停止。
如果重新啟動次要分析,在新的定序執行完成之後,使用 MiSeq 通報器 介面上的 [Requeue
(重新佇列)] 功能。次要分析會在那個時候開始。
24
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
在 MiSeq 的每次執行生成三個執行資料夾,每個都有特定的用途:
} D:\Illumina\MiSeqTemp — 開始執行時,會將臨時執行資料夾寫入儀器電腦的本機磁
碟,並將其做為 MCS 與 RTA 的工作區域。不需要存取 MiSeqTemp 資料夾。此資料夾的
內容會在 7 天後刪除。
} D:\Illumina\MiSeqOutput — RTA 會將 MiSeqTemp 資料夾的檔案複製到 MiSeqOutput
資料夾。在生成主要分析檔案時,RTA 將檔案複製回到 MiSeqTemp 資料夾並擴展
MiSeqAnalysis 資料夾。焦點影像與縮圖影像並不會複製到 MiSeqAnalysis 資料夾。
您可以在 [Run Options(執行選項)] 畫面上的 [Output Folder(輸出資料夾)] 欄
位變更輸出資料夾的位置。如需詳細資訊,請參閱第 18 頁上的 [Run Options(執行選
項)] 畫面。
} D:\Illumina\MiSeqAnalysis — 主要分析完成後,MiSeq 通報器會存取儀器本機磁碟上
的 MiSeqAnalysis 資料夾,開始次要分析。寫入 MiSeqAnalysis 資料夾的所有檔案都
複製回到 MiSeqOutput 資料夾。如需詳細資訊,請參閱第 25 頁上的 MiSeqOutput 資
料夾內容。
如果您使用 BaseSpace 進行分析,但並未在本機複製分析,儀器本機磁碟上的
MiSeqAnalysis 資料夾是空的。
根目錄命名
根執行目錄名稱識別執行的日期、儀器號碼與執行所使用的流通池。對於任何一次執行,每個
執行資料夾都有相同的根目錄名稱。
根據預設,資料夾名稱使用以下格式:
YYMMDD_<InstrumentNumber>_<Run Number>_A<FlowCellBarcode>
每次在特定儀器上執行一次,執行號碼隨之漸增。
MiSeqOutput 資料夾內容
在主要分析之後,MiSeqOutput 資料夾由 MiSeq 通報器 擴展為次要分析所需的檔案。
在次要分析完成時,MiSeqOutput 與 MiSeqAnalysis 資料夾是相同的,唯一的例外是
MiSeqOutput 資料夾包含二個影像檔案的子資料夾:Images 與 Thumbnail_Images。
次要分析並不需要這些子資料夾。
MiSeq 系統使用指南
25
執行資料夾
執行資料夾
開始
檔案
複製到輸出與分析資料夾的檔案包括以下:
} SampleSheet.csv — 提供執行與後續分析的參數。在開始執行時,樣本工作表複製到根
目錄,並重新命名為 SampleSheet.csv。複製本寫入至 Data\Intensities and
Data\Intensities\BaseCalls.
} runParameters.xml — 包含執行參數的摘要以及執行零組件的相關資訊,例如流通池的
RFID 及執行的相關試劑。
} RunInfo.xml — 包含高階執行資訊,例如定序執行中基因序列與循環的數量,以及基因序
列是否有索引。
資料夾
複製到輸出與分析資料夾的資料夾,包括在定序執行期間生成的以下資料夾:
} <Run folder name>\Config—包含執行的設定檔案。
} <Run folder name>\Data—包含 Intensities、BaseCalls 與 Alignment 等子資料
夾。從 MiSeq 通報器生成的資料位於 Alignment 子資料夾。
} <Run folder name>\Logs—包含記錄檔說明 RTA 在每個基因序列所執行的每個步驟。
} <Run folder name>\Data\Intensities\BaseCalls—包含鹼基判定 (*.bcl) 檔案、矩
陣檔案與定相檔案的子資料夾。在次要分析期間,MiSeq 通報器 會將 FASTQ 檔案寫入此
資料夾。如需詳細資訊,請參閱 MiSeq 通報器使用指南 (章節 # 15042295)。
} <Run folder name>\Recipe—包含執行所使用的處方。
} <Run folder name>\Logs—包含記錄檔說明儀器在每個循環所執行的每個步驟。
} <Run folder name>\InterOp—包含定序分析檢視器 (SAV) 所使用的二進位檔案,摘述
不同的主要分析計量,例如叢集密度、強度、品質評分與整體的執行品質。
在臨時執行資料夾內所建立的所有其他檔案與資料夾,並未複製到輸出與分析資料夾。它們包
含分析或疑難排解時不需要的臨時資料夾。
MiSeq 通報器 新增其他的資料夾,例如次要分析期間的 Alignment 資料夾。如需詳細資訊,
請參閱 MiSeq 通報器使用指南 (章節 # 15042295)。
26
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
整合的儀器電腦具有大約 550 GB 的儲存容積。
在開始執行之前,軟體會檢查可用的磁碟空間。如果沒有足夠的磁碟空間以執行,會出現軟體
提示。訊息指示執行需要多少磁碟空間,以及在開始執行之前,必須清出多少磁碟空間。
如果提示為清出可用的磁碟空間,請前往 [Welcome(歡迎)] 畫面並選擇 [Manage Files
(管理檔案)]。從 [Manage Files(管理檔案)] 畫面選擇 [Runs(執行)] 標籤。依情況
移動或刪除較舊的執行檔案。如需詳細資訊,請參閱第 16 頁上的 [Manage Files(管理檔
案)] 畫面。清出足夠的磁碟空間之後,選擇 [Restart Check(重新啟動檢查)]。
MiSeq 系統使用指南
27
必要的磁碟空間
必要的磁碟空間
28
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
章節 2 執行一回合
簡介
MiSeq 工作流程
載入樣本載體
使用 MCS 設定執行
清潔流通池
載入流通池
載入試劑
開始執行
監視執行
MiSeq 系統使用指南
章節 2
執行一回合
30
31
33
34
35
37
39
42
43
29
執行一回合
簡介
如要在 MiSeq 上執行一個回合,依照本章所述的設定步驟。在開始執行之後,不需要其他的使
用者介入。
定序執行可以從 [Sequencing(定序)] 螢幕監視,或使用定序分析檢視器(Sequencing
Analysis Viewer,簡稱 SAV)遙距監視,這是可以從 Illumina 網站下載的自選軟體應用程
式。
在完成定序執行之後,執行儀器清洗。
30
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
MiSeq 工作流程
MiSeq 工作流程
變性與稀釋載體(不適用於所有的載體類型)。請參閱 準備載
體以便在 MiSeq 上定序(章節 # 15039740)。
準備預先充填的試劑匣以供使用。請參閱適用於您使用的
MiSeq 試劑匣的試劑準備指南。
將載體混合物載入指定貯池的試劑匣。
從軟體介面選擇 [Sequence(定序)] 以開始執行設定步驟。
[可選擇] 連線到 BaseSpace。
清洗與徹底乾燥流通池。
載入流通池。
載入 PR2 瓶並確定廢棄物瓶是空的。
載入試劑匣。
檢視執行參數與執行前檢查結果。
選擇 [Start Run(開始執行)]。
從 MCS 介面或是從另一台電腦使用定序分析檢視器
(Sequencing Analysis Viewer,簡稱 SAV)監視您的執行。
進行執行後清洗。
MiSeq 系統使用指南
31
執行一回合
叢集生成
在叢集生成期間,單一 DNA 分子凝固在流通池表面,然後橋式放大以形成叢集。
定序
在叢集生成之後,使用 LED 與四個螢光標示的雙去氧核苷酸各自專屬的濾網組合,進行叢集的
成像。在流通池的每個基因模板成像完成之後,流通池移入固定位置,以曝露下一個基因模
板。定序的每個循環重覆此流程。在影像分析之後,軟體執行主要分析,包括鹼基判定、過濾
與品質評分。
分析
在執行完成時,MiSeq 通報器 分析軟體自動開始進行次要分析,包括校準與變異判定。您可以
使用另一台電腦的網路連線監視次要分析。如需詳細資訊,請參閱第 24 頁上的 MiSeq 通報
器概覽。
32
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
備註
如果您的載體類型有需要,請變性及稀釋載體,並添加自選的 PhiX 對照。請參閱 準備載體
以便在 MiSeq 上定序 (章節 # 15039740)。
本步驟並不適用於所有的載體類型。有些 Illumina 樣本準備方法產生隨時可用的匯聚載體標
準化濃度。參考樣本準備指南,以了解用於準備樣本載體的組件。
備註
如果使用自訂基底液,依 在 MiSeq (part # 15041638) 之上使用自訂基底液 所述,準備基
底液與設定樣本工作表。
在試劑匣完全解凍並可以備用時,您已經就緒可以將備妥的載體載入匣上。
1
使用低棉絮實驗室拭紙,清潔覆蓋標貼載入樣本貯池的錫箔封環。
2
使用乾淨的 1 ml 滴液管尖穿透覆蓋標貼載入樣本貯池上的錫箔封環。
注意
不要穿透其他的試劑位置。在定序執行時,會自動穿透其他的試劑位置。
3
吸取 600 微升備妥載體滴入 [Load Samples(載入樣本)] 貯池。在分送樣本時,避免
碰觸錫箔封環。
圖 12
4
載入載體
使用 MiSeq 控制軟體 (MCS) 介面直接進入執行設定步驟。
MiSeq 系統使用指南
33
載入樣本載體
載入樣本載體
執行一回合
使用 MCS 設定執行
1
從 [Welcome(歡迎)] 畫面中選擇 [Manage Instrument(管理儀器)]。
2
從 [Manage Instrument(管理儀器)] 畫面中,選擇
啟動系統軟體。
3
[可選擇] 從 [Run Options(執行選項)] 畫面查詢處方、樣本工作表、資訊清單與
MiSeqOutput 資料夾的位置。如需詳細資訊,請參閱第 18 頁上的 [Run Options(執行
選項)] 畫面。
4
從 [Welcome(歡迎)] 畫面中,選擇 [Sequence(定序)] 以開始執行設定步驟。
[BaseSpace Options(BaseSpace 選項)] 畫面便會隨即開啟。
當您在 [Welcome(歡迎)] 畫面中選擇 [Sequence(定序)] 時,下列執行設定畫面會
依序開啟:[BaseSpace Option(BaseSpace 選項)]、[Load Flow Cell(載入流通
池)]、[Load Reagents(載入試劑)]、[Review(檢視)] 與 [Pre-Run Check(執行
前檢查)]。
[Reboot(重新開機)] 以重新
設定 BaseSpace 選項
如要啟用 BaseSpace 存取,您需要網路連線與 MyIllumina 帳戶。
34
1
從 BaseSpace 選項 畫面進行以下其中一項動作:
a 選擇勾選方塊 使用 BaseSpace 做為儲存與分析。分析是於 BaseSpace 之內執行。
b 清除勾選方塊 使用 BaseSpace 做為儲存與分析。分析在儀器上執行。
2
選擇 [Next(下一步)]。[Load Flow Cell(載入流通池)] 畫面便會隨即開啟。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
清潔流通池
清潔流通池
流通池是浸潤於流通池容器內的儲存緩衝。
從流通池容器的上蓋顏色可看出流通池類型:
} 標準流通池容器上蓋是 透明的。
} PGS 流通池容器上蓋是透明的。
} 微流通池容器上蓋是 綠色的。
} 奈米流通池容器上蓋是 黃色的。
1
戴上一雙無粉末的新手套。
2
使用塑膠鑷子從塑膠匣底部夾住流通池,並從流通池容器中移出。
圖 13
3
移除流通池
以實驗室等級用水輕輕清洗流通池,確定已經徹底清除玻璃和塑膠匣多餘的鹽分。多餘的鹽
分會影響流通池在儀器的定位。如果鹽分凝結於影像區域,成像也會受到影響。
圖 14
MiSeq 系統使用指南
清洗流通池
35
執行一回合
4
留意黑色的流通池口墊片,使用無棉絮鏡片清潔棉紙徹底擦乾流通池與匣子。輕輕拍乾墊片
與相鄰的玻璃區域。
圖 15
5
使用酒精棉球清潔流通池玻璃。確定玻璃沒有條痕、指紋與棉絮或棉紙纖維。流通池口墊片
避免使用酒精棉球。
圖 16
6
36
流通池口與墊片
乾燥流通池
以無棉絮鏡片清潔棉紙猜擦乾多餘的酒精。目視檢查確定流通池口沒有阻塞,且墊片完好地
固定在流通池口。
如果墊片移位,輕輕壓回固定,直到穩固地位於流通池口。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
載入流通池
載入流通池
[Load Flow Cell(載入流通池)] 畫面會提示您載入流通池。
圖 17
打開流通池栓鎖
1
目測檢查流通池台架,以確定沒有棉絮。如果有棉絮或其他碎片,使用酒精棉球或以乙醇或
異丙醇浸濕的無棉絮棉紙清潔流通池台架。仔細擦拭流通池台架的表面,直到潔淨且乾燥為
止。
2
升起流通池室門,然後將釋出按鈕壓向流通池栓鎖的右邊。流通池栓鎖會開啟。
3
從流通池匣的邊緣握住流通池,將流通池置於流通池台架上。
圖 18
4
將流通池置於台架上
輕輕壓下流通池栓鎖,以關閉流通池。
備註
在流通池栓鎖關閉時,靠近流通池栓鎖絞鏈的二個校準插銷,會適當校準與定位流通池。
聽到卡住的聲音表示流通池栓鎖已固定。
MiSeq 系統使用指南
37
執行一回合
圖 19
5
關閉流通池栓鎖
檢查畫面的左下角以確認流通池 RFID 已成功讀取。
注意
如果無法讀取 RFID,軟體會提示您進行相關步驟,以取得臨時的略過編碼,並進行設定
執行。如需詳細資訊,請參閱第 78 頁上的 解決 RFID 讀取失敗。
38
6
關閉流通池室門。
7
選擇 [Load Flow Cell(載入流通池)] 畫面中的 [Next(下一步)]。[Load Reagents
(載入試劑)] 畫面便會隨即開啟。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
載入試劑
載入試劑
載入試劑有二個步驟。第一,載入 PR2 瓶,並確定廢棄物瓶是空的,然後載入試劑匣。
注意
一定要使用與您所載入的流通池類型相容的試劑匣。如果試劑匣不相容,螢幕上會出現
訊息。選擇 [Back(返回)] 以載入適當的試劑匣,或選擇 [Exit(離開)],以返回
[Welcome(歡迎)] 畫面。
載入 PR2 與檢查廢棄物瓶
1
將 PR2 瓶從 2°C 儲存庫中取出,移至 8°C 儲存庫。輕輕倒轉瓶子以混合 PR2 瓶,然
後移除蓋子。
2
打開試劑室門。
3
升起吸管把手直到鎖定為止。
4
將 PR2 瓶放在試劑冷卻槽右邊的凹處。
圖 20
載入 PR2 瓶
5
確定廢棄物瓶是空的。如果不是空的,將內容物清空到適當的廢棄物容器。
6
慢慢降低吸管把手。確定吸管降低進入 PR2 與廢棄物瓶。
MiSeq 系統使用指南
39
執行一回合
圖 21
7
降低吸管把手
檢查畫面的左下角以確認 PR2 瓶的 RFID 已成功讀取。
注意
如果無法讀取 RFID,軟體會提示您進行相關步驟,以取得臨時的略過編碼,並進行設定
執行。如需詳細資訊,請參閱第 78 頁上的 解決 RFID 讀取失敗。
8
選擇 [Next(下一步)] 以返回 [Load Reagents(載入試劑)] 畫面。
載入試劑匣
備註
不要讓試劑冷卻槽門長期開著。
40
1
打開試劑冷卻槽門。
2
握住末端有 Illumina 標籤的試劑匣,並將試劑匣滑入試劑冷卻槽,直到試劑匣停止為
止。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
載入試劑
圖 22
載入試劑匣
3
關閉試劑冷卻槽門。
4
檢查畫面的左下角以確認試劑匣的 RFID 已成功讀取。
注意
如果無法讀取 RFID,軟體會提示您進行相關步驟,以取得臨時的略過編碼,並進行設定
執行。如需詳細資訊,請參閱第 78 頁上的 解決 RFID 讀取失敗。
如果試劑匣與流通池不相容,會出現一個訊息。選擇 [Back(返回)] 以載入相容的匣,
或選擇 [Exit(離開)],以返回 [Welcome(歡迎)] 畫面。
5
關閉試劑室門。
6
選擇 [Load Reagents(載入試劑)] 畫面中的 [Next(下一步)]。[Review(檢閱)]
畫面便會隨即開啟。
變更樣本工作表
每次執行都有一份樣本工作表。根據預設,軟體搜尋名稱符合載入儀器上之試劑匣條碼號碼的
樣本工作表檔案。如果未發現樣本工作表,會出現一道訊息提示您瀏覽到執行的正確樣本工作
表位置。
為了避免軟體搜尋不成功,在 [Load Reagents(載入試劑)] 畫面使用 [Change Sample
Sheet(變更樣本工作表)] 指令,以導引軟體到適當的樣本工作表。
MiSeq 系統使用指南
41
執行一回合
開始執行
在載入流通池與試劑之後,檢視執行參數,並在開始執行之前進行執行前檢查。
檢視執行參數
1
檢視實驗名稱、分析工作表與基因序列長度。這些參數註明於樣本工作表。
2
檢視位於左下角的資料夾位置。
如果需要任何變更,選擇 [Change Folders(變更資料夾)]。在變更完成時,選擇
[Save(儲存)],然後選擇 [Next(下一步)]。
3
選擇 [Next(下一步)]。[Pre-Run Check(執行前檢查)] 畫面便會隨即開啟。
變更資料夾
在 [Review(檢視)] 畫面的左下角,條列處方、樣本工作表、資訊清單與輸出資料夾的目前
資料夾位置。如要變更資料夾位置,選擇 [Change Folders(變更資料夾)],然後瀏覽到偏
好的位置。使用 [Review(檢視)] 畫面的此選項變更資料夾位置,只限此次的執行。
檢視執行前檢查
系統在開始執行之前,會進行所有零組件、磁碟空間與網路連線的檢查。
如果有任何項目未通過執行前檢查,螢幕上會出現指示如何修正錯誤的訊息。如需詳細資訊,
請參閱第 77 頁上的 解決執行設定錯誤。
在所有的項目成功通過執行前檢查時,選擇 [Start Run(開始執行)]。
開始執行之前的重要事項
警告
MiSeq 對震動敏感。在開始執行之後碰觸儀器,可能對定序結果有不良的影響。
在選擇 [Start Run(開始執行)] 之後,請勿打開流通池室或試劑室的門,除了暫停
執行之外,也不要碰觸儀器監視器。如需詳細資訊,請參閱第 75 頁上的 暫停執行。
警告
開始執行前請務必關閉 MiSeq 上的所有檔案,且不可在執行期間開啟檔案。
42
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
1
在執行時,監控在 [Sequencing(定序)] 畫面上出現的執行進度、強度與品質評分。
[Sequencing(定序)] 螢幕是唯視。
如要以更精密的細節監督執行,使用安裝於與儀器電腦不相依之另一台電腦上的「定序分析
檢視器 (SAV)」。網路連線是必要的。
或者,如果您連線到 BaseSpace,可以使用 BaseSpace 的 SAV 監控您的執行。
} [Run Progress(執行進度)] — 在狀態列顯示執行進度,並列出已完成的循環數目。
} [Intensity(強度)] — 顯示每個基因模板的第 90 個百分點的叢集強度數值。
強度區域的圖形代表基因模板的數量與成像的表面數量:
• 如果流通池僅在頂端表面成像,畫面會出現一個單列圖形。
• 如果流通池在頂端表面與底部表面成像,則會出現一個兩列的圖形。
A
B
表示二個基因模板,僅有頂端表面
表示四個基因模板,頂端與底部表面
} [Q-Score All Cycles(Q-評分所有循環)] — 顯示鹼基大於 Q30 的平均百分比,這是
品質評分 (Q-評分) 衡量。Q-評分是錯誤鹼基判定的或然率預測。Q-評分在循環 25 之後
才會開始計算。
Q-評分
Q40
Q30
Q20
Q10
錯誤鹼基判定的或然率
1/10,000
1/1,000
1/100
1/10
} [Cluster Density (K/mm²)(叢集密度 (K/mm²))] — 顯示該執行每平方毫米的叢集數
量。
} [Clusters Passing Filter (%)(通過濾網的叢集 (%))] — 根據測量品質的
Illumina 純度濾網,顯示通過濾網的叢集百分比。此資料僅在循環 25 後出現。
MiSeq 系統使用指南
43
監視執行
監視執行
執行一回合
注意
鹼基判定的純度是兩個最大訊號的總和除以最大訊號的強度比率。如果在前 25 循環中,
一個以上的鹼基判定具有小於 0.6 的純度數值,基因序列不會通過品質濾網。
} [Estimated Yield (Mb)(估計的收益 (Mb))] — 顯示該執行所判定的預測鹼基數量,
測量單位為百萬鹼基。此資料僅在循環 25 後出現。
2
在執行完成時,會出現 [Next(下一步)] 的按鍵。在進行之前,審查 [Sequencing(定
序)] 畫面上的結果。
備註
在選擇 [Next(下一步)] 之前,都可以檢視 [Sequencing(定序)] 畫面。在選擇
[Next(下一步)] 之後,無法返回 [Sequencing(定序)] 畫面。
3
選擇 [Next(下一步)] 離開 [Sequencing(定序)] 畫面,並進入執行後清洗。
如要以更精密的細節監視執行,請使用安裝於與儀器電腦不相依之另一台電腦上的定序分析
檢視器(Sequencing Analysis Viewer,簡稱 SAV)。網路連線是必要的。
或者,如果連線到 BaseSpace,您可以使用 BaseSpace 的 SAV 監視您的執行。
模板生成
整個流通池表面上的叢集位置,都是在模板生成程序中,根據 X 與 Y 座標位置所定義。即時
分析 (RTA) 會使用前幾個執行循環進行模板生成。
在生成叢集位置的模板之後,在成像的每個後續循環所製造的影像,都根據模板校準。萃取四
個核甘酸顏色通道內的每個叢集強度,並從標準化的叢集強度產生鹼基判定。
執行計量
在執行期間的不同時間點,[Sequencing(定序)] 畫面出現執行計量。在叢集生成步驟時,
沒有計量會出現。
在定序開始之後,以下的計量會出現在指定的循環:
計量
強度
44
組件
MiSeq 試劑組,v3
MiSeq 試劑組,v2
MiSeq 試劑組,v1
循環
循環 1-7
循環 1–4
循環 1-4
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
強度,叢集密度,% PF,收益與 Q
評分
組件
MiSeq
MiSeq
MiSeq
MiSeq
MiSeq
MiSeq
試劑組,v3
試劑組,v2
試劑組,v1
試劑組,v3
試劑組,v2
試劑組,v1
循環
循環
循環
循環
循環
監視執行
計量
強度與叢集密度
8-25
5-25
5-25
26 到執行結束
對於 MiSeq 執行規格,造訪 Illumina 網站
(www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn) 上的 MiSeq 系
統規格網頁。
MiSeq 系統使用指南
45
執行一回合
主要分析結果
定序執行的主要分析輸出是一組品質評分的鹼基判定檔案 (*.bcl),這是由原影像檔所生成
的。
下表說明在主要分析期間,即時分析 (RTA) 生成的資料夾與檔案。MiSeq 通報器 軟體使用許
多這些檔案進行次要分析。
主檔案
RTAComplete.txt
說明
在完成鹼基判定分析時,生成一個標記檔。此檔案的出
現觸發次要分析的開始。
SampleSheet.csv 根資料夾
在執行之前,會讀取並將此檔案複製到執行資料夾,之
後用於次要分析。
RunInfo.xml
根資料夾
辨識讀數的邊界 (包括索引讀數)與從執行中選取的品
質表。
每個 *.bcl 檔案包含一個循環一個基因模板的 RTA 鹼
*.bcl 檔案
Data\
Intensities\BaseCalls\ 基判定與鹼基品質評分結果。
L001\CX.X
*.stats 檔案
Data\
*.stats 檔案包含特定循環/基因模板的 RTA 鹼基判定
Intensities\BaseCalls\ 統計。
L001\CX.X
*.filter 檔案
Data\
*.filter 檔案包含每個基因模板的過濾的結果。
Intensities\BaseCalls
*.txt
Data\RTALogs
主要分析的紀錄檔案。
*.cif 檔案
Data\
每個二進位 *.cif 檔案包含一個循環一個基因模板的
Intensities\L001\CX.X RTA 影像分析結果。如需詳細資訊,請參閱第 47 頁上
的 流通池基因模板編號。
*.locs 檔案
Data\
報告叢集座標。每個 *.locs 檔案代表一個基因模板。
Intensities\BaseCalls\
L001
*.jpg 檔案
Thumbnail_Images\
每個循環與鹼基會生成半版的影像,可以用於每次執行
L001\CX.X
的疑難排解。這些檔案不需要次要分析,且未複製到
[Analysis(分析)] 資料夾。
46
子資料夾
根資料夾
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
當基因模板在定序執行成像時,每個基因模板都會生成一個輸出檔案,並以四個數字的格式命
名基因模板編號。
標準 v3 流通池是在頂端表面 19 個基因模板與底部表面 19 個基因模板上成像,這產生以下
的基因模板編號格式:
} 檔名從 1101 到 1119 的影像檔是頂端表面的基因模板 1–19。
} 檔名從 2101 到 2119 的影像檔是底部表面的基因模板 1–19。
標準 v2 流通池是在頂端表面 14 個基因模板與底部表面 14 個基因模板上成像,這產生以下
的基因模板編號格式:
} 檔名從 1101 到 1114 的影像檔是頂端表面的基因模板 1-14。
} 檔名從 2101 到 2114 的影像檔是底部表面的基因模板 1-14。
相同的基因模板編號格試用於微流通池:
} 檔名從 1101 到 1104 的影像檔是頂端表面的基因模板 1-4。
} 檔名從 2101 到 2104 的影像檔是底部表面的基因模板 1-4。
對於奈米流通池,影像檔的命名是頂端表面的基因模板一與基因模板二,1101 與 1102。
每個基因模板的輸出檔案位於執行資料夾內:Data\Intensities\BaseCalls\L001。
MiSeq 系統使用指南
47
監視執行
流通池基因模板編號
48
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
章節 3 維修程序
簡介
儀器清洗
進行執行後清洗
執行維修清洗
執行待機清洗
軟體更新
儀器關機
MiSeq 系統使用指南
章節 3
維修程序
50
52
53
58
61
64
65
49
維修程序
簡介
在完成定序執行之後,一定要進行儀器清洗。
以下列方式的定期儀器清洗,確保持續的效能:
} 從流控管線與吸管清洗任何剩餘的試劑
} 避免流控管線與吸管中的鹽分累積與結晶
} 避免前一次執行的交叉汙染
注意
若要執行 VeriSeq 工作流程,請務必遵循特定 VeriSeq 維護頻率指導原則。請參閱第 51 頁
上的 VeriSeq 工作流程的維修頻率。
維修頻率
依建議的間隔執行以下的維修程序。
表 1
活動
頻率
執行後清洗
在每次執行之後
維修清洗
每月
待機清洗
準備空載模式 (如果 ≥ 7 天未使用)
儀器關機
依情況需要
表 2
50
在正常操作期間維修
在空載模式維修 (≥ 7天未使用)
活動
頻率
待機清洗
每月
儀器關機
依情況需要
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
簡介
VeriSeq 工作流程的維修頻率
若要執行 VeriSeq 工作流程,請依建議間隔時間執行以下維修程序。
表 3
在正常操作期間維修
活動
頻率
執行後清洗
在每次執行之後
維修清洗
每月
在 [Perform Wash(進行清洗)] 畫面進行 [PostRun Wash(執行後清洗)]
在空載模式之後 (> 3 天未使
用)
待機清洗
準備空載模式 (如果 ≥ 7 天
未使用)
儀器關機
依情況需要
表 4
在空載模式維修 (≥ 7天未使用)
活動
頻率
待機清洗
每月
儀器關機
依情況需要
注意
對於 VeriSeq 工作流程,進行執行後清洗時,請務必清洗模板。請參閱第 55 頁上的 模板線
清洗程序。
MiSeq 系統使用指南
51
維修程序
儀器清洗
您可以從 [Perform Wash(進行清洗)] 畫面啟用三種類型的清洗:維修清洗、待機清洗與執
行後清洗。
} [Maintenance Wash(維修清洗)] — 維修清洗包含徹底清洗系統的三個連續清洗循環。
維修清洗至少要每 30 天進行一次。請參閱第 58 頁上的 執行維修清洗。
您可以設定儀器在兩次執行之間進行維護清洗。如需詳細資訊,請參閱第 18 頁上的 [Run
Options(執行選項)] 畫面。
} [Standby Wash(待機清洗)] — 待機清洗包含兩個連續的清洗循環,適當地準備流控管
線,以便空載待機。如果預期儀器會空載長達 7 天,進行待機清洗。請參閱第 61 頁上的
執行待機清洗。當儀器處於空載狀態時,在設定新的定序執行之前,必須先進行維護清洗。
執行 VeriSeq 工作流程的客戶,請參閱第 51 頁上的 VeriSeq 工作流程的維修頻率,以
取得關於何時進行待機清洗的說明。
} Post-Run Wash(執行後清洗)— 執行後清洗是在兩次定序執行之間執行的標準儀器清
洗。如果不是在執行後直接進行執行後清洗,請使用 [Perform Wash(進行清洗)] 畫面
上的指令來啟動清洗。
圖 23
[Perform Wash(進行清洗)] 畫面
選擇 [Raise Sippers(升起吸管)] 以手動升起試劑匣吸管,以從儀器移除試劑匣。如果執
行意外中斷,或是在執行期間發生錯誤,使用此指令。在這些情況下,吸管不會自動升起。
52
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
在完成定序執行之後,一定要進行儀器清洗。依照軟體的指示載入清洗零組件並執行清洗。執
行後清洗大約需要 20 分鐘。
Illumina 建議您在執行完成之後,直接進行清洗。在設定後續的執行之前,儀器清洗是必要
的。
備註
將用過的流通池留在儀器上。流通池必須載於儀器之上,以執行儀器清洗。
執行 MCS v2.5 或以上版本的用戶,可以選擇包含模板線清洗的執行後清洗。模板線清洗選項
會在執行後清洗畫面上選取。對於執行 VeriSeq 工作流程或其他高敏感應用程式(如體細胞變
異判定)的用戶,建議您選擇 [Post-Run Wash(執行後清洗)] 選項。
包含模板線清洗的執行後清洗,須使用次氯酸鈉和 MiSeq 管(零件編號 MS-102-9999)。清
洗需時大約 30 分鐘。請參閱第 55 頁上的 模板線清洗程序。
注意
若為維護清洗或待機清洗,請勿使用次氯酸鈉。
使用者提供的耗材
} Tween 20 (Sigma-Aldrich,目錄 # P7949)
} 實驗室等級的水
} 次氯酸鈉(用於包含模板線清洗的執行後清洗)
程序
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
MiSeq 系統使用指南
53
進行執行後清洗
進行執行後清洗
維修程序
2
以新鮮的清洗溶液準備清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
3
在執行完成時,選擇 [Start Wash(開始清洗)]。軟體自動升起試劑冷卻槽中的吸管。
4
請勿選擇執行後清洗畫面上的 [Perform optional template line wash(執行選擇性模
板線清洗)]。模板線清洗需要不同的程序。請參閱第 55 頁上的 模板線清洗程序。
5
打開試劑室門與試劑冷卻槽門,並從冷卻槽滑出用過的試劑匣。
6
將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止,然後關閉試劑冷卻槽門。
7
升起 PR2 瓶與廢棄物瓶前面的吸管把手,直到鎖定為止。
8
移除 PR2 瓶,並以清洗瓶取代。
備註
在每次執行之後棄置 PR2 瓶。不要重覆使用任何剩餘的 PR2。
9
移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
警告
此組試劑含有甲醯胺,這是一種可能具有生殖毒性的脂肪族醯胺。吸入、誤食、皮膚接觸與眼
睛接觸都可能造成人員傷害。請依照您所在地區的政府安全標準來處置容器及任何未使用的內
容物。如需詳細資訊,請參閱本組件的安全資料表,網址
為:support.illumina.com/sds.html。
10 慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
11 關閉試劑室門。
12 選擇 [Next(下一步)]。執行後清洗開始。
在清洗完成之後,將使用過的流通池、清洗托盤,以及含有剩餘清洗溶液的清洗瓶留在儀器
上。
注意
吸管留在下方位置是正常的。將未使用的清洗溶液留在清洗托盤與清洗瓶之內,以避免吸管乾
掉,並讓空氣進入系統。
54
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
注意
進行此執行後清洗程序需要 MCS v2.5 或以上版本,此版本包含模板線清洗。如需詳細資訊,
請參閱第 53 頁上的 進行執行後清洗。
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
2
以實驗室等級用水準備新鮮的次氯酸鈉清洗溶液,步驟如下:
a 將 30 µl 的 6% 次氯酸鈉添加到 870 µl 的實驗室等級用水。這會形成 1:30 的次
氯酸鈉稀釋液。
b 在 Illumina 提供的 MiSeq 管(零件編號 MS-102-9999)中,將 50 µl 的 1:30
次氯酸鈉稀釋液添加到 950 µl 的實驗室等級用水。
注意
使用正確濃度的次氯酸鈉非常重要。請務必檢查產品標籤上的次氯酸鈉百分比。如果濃度
過高,可能會使後續執行的叢集生成失敗。如果無法取得 6% 的次氯酸鈉,可將 0.01%
的次氯酸鈉加入實驗室等級用水,製作 1 ml 溶液。
注意
若為維護清洗或待機清洗,請勿使用次氯酸鈉。
3
以新鮮的清洗溶液準備清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
MiSeq 系統使用指南
55
進行執行後清洗
模板線清洗程序
維修程序
4
將含有 0.01% 次氯酸鈉清洗溶液的 MiSeq 管插入清洗托盤的位置 17,直到管頸與托盤
齊高。該管會取代位置 17 的 Tween 20 和實驗室等級用水清洗溶液。
圖 24
MiSeq 管在清洗托盤的位置 17
注意
務必只將含有次氯酸鈉的 MiSeq 管插入托盤的位置 17。將管子插入其他位置,可能會造
成後續執行的叢集生成失敗,且可能損害 MiSeq 儀器的流控系統。
5
在執行完成時,選擇 [Start Wash(開始清洗)]。軟體自動升起試劑冷卻槽中的吸管。
6
在 [Post-Run Wash(執行後清洗)] 畫面上選擇 [Perform optional template line
wash(進行選擇性模板線清洗)]。
注意
若為執行 VeriSeq 工作流程的用戶,[Perform optional template line wash(進行選
擇性模板線清洗)]選項已為您預先選取。MCS 會追蹤每次執行後所進行的執行後清洗類
型。如果 [Post-Run Wash(執行後清洗)] 程序沒有選擇 [Perform optional template
line wash(進行選擇性模板線清洗)],下次您開始定序執行時,[Run Review(執行檢
視)] 畫面上會顯示訊息提醒您。
7
打開試劑室門與試劑冷卻槽門,並從冷卻槽滑出用過的試劑匣。
8
將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止,然後關閉試劑冷卻槽門。
9
升起 PR2 瓶與廢棄物瓶前面的吸管把手,直到鎖定為止。
10 移除 PR2 瓶,並以清洗瓶取代。
注意
在每次執行之後棄置 PR2 瓶。不要重覆使用任何剩餘的 PR2。
56
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
警告
此組試劑含有甲醯胺,這是一種可能具有生殖毒性的脂肪族醯胺。吸入、誤食、皮膚接觸與眼
睛接觸都可能造成人員傷害。請依照您所在地區的政府安全標準來處置容器及任何未使用的內
容物。如需詳細資訊,請參閱本組件的安全資料表,網址
為:support.illumina.com/sds.html。
12 慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
13 關閉試劑室門。
14 選擇 [Next(下一步)]。執行後清洗開始。
在清洗完成之後,將使用過的流通池、清洗托盤,以及含有剩餘清洗溶液的清洗瓶留在儀器
上。
注意
吸管留在下方位置是正常的。將未使用的清洗溶液留在清洗托盤與清洗瓶之內,以避免吸管乾
掉,並讓空氣進入系統。
MiSeq 系統使用指南
57
進行執行後清洗
11 移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
維修程序
執行維修清洗
每 30 天執行一次維修清洗,以確保最佳的性能。維修清洗包括一連串的三個清洗步驟,使用
實驗室等級的水混合 Tween 20 的清洗溶液。保留大約 90 分鐘以完成清洗。
使用者提供的耗材
} Tween 20 (Sigma-Aldrich,目錄 # P7949)
} 實驗室等級的水
程序
1
確定使用過的流通池載於儀器之上。
2
從 [Welcome(歡迎)] 畫面中選擇 [Perform Wash(執行清洗)]。
3
從 [Perform Wash(執行清洗)] 畫面中選擇 [Maintenance Wash(維修清洗)]。軟體
自動升起試劑冷卻槽中的吸管。
執行首次清洗
1
58
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
以新鮮的清洗溶液準備清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
3
將清洗托盤與清洗瓶載於儀器之上:
a 打開試劑室門與試劑冷卻槽門,從冷卻槽滑出用過的試劑匣或清洗托盤。
b 將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑冷卻槽門。
c 升起 PR2 瓶與廢棄物瓶前方的吸管把手,直到鎖定為止,以清洗瓶取代 PR2 瓶。
注意
在每次執行之後棄置 PR2 瓶。不要重覆使用任何剩餘的 PR2。
d
e
f
4
移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
關閉試劑室門。
選擇 [Next(下一步)]。首次清洗開始。
執行第二次清洗
注意
每個清洗步驟一定要使用新鮮的清洗溶液。重覆使用前一次清洗的清洗溶液,會讓廢
棄物再次進入流控管線。
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
2
在首次清洗完成時,移除清洗托盤與清洗瓶,並棄置剩餘的清洗溶液。
3
以新鮮的清洗溶液重新裝填清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
4
載入清洗托盤與清洗瓶,如下:
a 將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑冷卻槽門。
b 載入清洗瓶並慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
c 關閉試劑室門。
MiSeq 系統使用指南
59
執行維修清洗
2
維修程序
5
選擇 [Next(下一步)]。第二次清洗開始。
執行最後清洗
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
2
在第二次清洗完成時,移除清洗托盤與清洗瓶,並棄置剩餘的清洗溶液。
3
以新鮮的清洗溶液重新裝填清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
4
載入清洗托盤與清洗瓶,如下:
a 將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑冷卻槽門。
b 載入清洗瓶並慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
c 關閉試劑室門。
5
選擇 [Next(下一步)]。最後清洗開始。
清洗之後
在清洗完成之後,將使用過的流通池、清洗托盤,以及含有剩餘清洗溶液的清洗瓶留在儀器
上。
注意
吸管留在下方位置是正常的。將未使用的清洗溶液留在清洗托盤與清洗瓶之內,以避
免吸管乾掉,並讓空氣進入系統。
60
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
如果在未來的七天沒有使用儀器的計畫,執行待機清洗,讓儀器準備空載待機。待機清洗執行
二次連續的清洗,清洗任何殘餘試劑或鹽分累積的每個位置。每次清洗需時大約 60 分鐘。預
留 2 小時以完成待機清洗。
在完成待機清洗時,儀器處於待機模式,[Welcome(歡迎)] 畫面上出現顯示儀器狀態的訊
息。在儀器處於待機模式時,在啟用定序執行之前,必須進行維修清洗。
備註
Illumina 建議在儀器空載期間,每 30 天 執行一次待機清洗。若要執行 VeriSeq 工
作流程,請參閱第 51 頁上的 VeriSeq 工作流程的維修頻率
使用者提供的耗材
} Tween 20 (Sigma-Aldrich,目錄 # P7949)
} 實驗室等級的水
程序
1
確定使用過的流通池載於儀器之上。
2
從 [Welcome(歡迎)] 畫面中選擇 [Perform Wash(執行清洗)]。
3
從 [Wash Options(清洗選項)] 畫面中選擇 [Standby Wash(待機清洗)]。軟體自動
升起試劑冷卻槽中的吸管。
執行首次清洗
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
MiSeq 系統使用指南
61
執行待機清洗
執行待機清洗
維修程序
2
以新鮮的清洗溶液準備清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
3
將清洗托盤與清洗瓶載於儀器之上:
a 打開試劑室門與試劑冷卻槽門,從冷卻槽滑出用過的試劑匣或清洗托盤。
b 將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑冷卻槽門。
c 升起 PR2 瓶與廢棄物瓶前方的吸管把手,直到鎖定為止,以清洗瓶取代 PR2 瓶。
注意
在每次執行之後棄置 PR2 瓶。不要重覆使用任何剩餘的 PR2。
d
e
f
4
移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
關閉試劑室門。
選擇 [Next(下一步)]。首次清洗開始。
執行第二次清洗
注意
每個清洗步驟一定要使用新鮮的清洗溶液。重覆使用前一次清洗的清洗溶液,會讓廢
棄物再次進入流控管線。
62
1
以 Tween 20 與實驗室等級的水準備新鮮的清洗溶液如下:
a 將 5 ml 的 100% Tween 20 添加到 45 ml 的實驗室等級的水。這形成 10% 的
Tween 20。
b 將 25 ml 的 10% Tween 20 添加到 475 ml 的實驗室等級的水。這形成 0.5% 的
Tween 20 清洗溶液。
c 翻轉五次混合。
2
在首次清洗完成時,移除清洗托盤與清洗瓶,並棄置剩餘的清洗溶液。
3
以新鮮的清洗溶液重新裝填清洗零組件如下:
a 將 6 ml 的清洗溶液添加到清洗托盤的每個貯池內。
b 將 350 ml 清洗溶液添加到 500 ml 清洗瓶。
4
載入清洗托盤與清洗瓶,如下:
a 將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑冷卻槽門。
b 載入清洗瓶並慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
c 關閉試劑室門。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
選擇 [Next(下一步)]。第二次清洗開始。
清洗之後
在清洗完成之後,將使用過的流通池、清洗托盤,以及含有剩餘清洗溶液的清洗瓶留在儀器
上。
注意
吸管留在下方位置是正常的。將未使用的清洗溶液留在清洗托盤與清洗瓶之內,以避
免吸管乾掉,並讓空氣進入系統。
MiSeq 系統使用指南
63
執行待機清洗
5
維修程序
軟體更新
如果您的系統透過網際網路連接到網路,您可以從 [Welcome(歡迎)] 螢幕自動更新儀器軟
體。
在有軟體更新可用時,[Welcome(歡迎)] 畫面會出現 [Update Available(有更新可用)]
按鈕。否則此按鈕是看不到的。
如要開始軟體更新,選擇 [Update Available(有更新可用)]。一個對話方塊開啟確認指
令,此時儀器需要重新開機。在重新開機時,自動開始安裝更新。
如果您的儀器未連線到網際網路,您可以手動更新軟體。
[Manual Update(手動更新)] 畫面
瀏覽可安裝軟體檔案的位置,使用 [Manual Update(手動更新)] 功能從 MiSeq 介面更新
儀器控制軟體與分析軟體。
選擇 [Browse(瀏覽)] 導覽到新版軟體可安裝檔案的位置。當可安裝軟體檔案的路徑出現於
螢幕上,選擇 [Update(更新)]。
如果您的儀器連線到網路,您可以自動更新您的軟體。如需詳細資訊,請參閱第 64 頁上的 軟
體更新。
64
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
儀器最好一直維持開機狀態。然而,如果儀器必須要關機,使用以下的程序關閉 Windows 與準
備流控管線。
1
執行維修清洗。如需詳細資訊,請參閱第 58 頁上的 執行維修清洗。
2
移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
3
關閉試劑室門。
4
從 [Manage Instrument(管理儀器)] 畫面選擇 [Shut Down(關機)]。此指令關閉軟
體。
5
將電源開關撥到 OFF 位置。
備註
在任何時間進行儀器關機時,等待至少 60 秒,再將電源開關轉回到 ON 位置。
MiSeq 系統使用指南
65
儀器關機
儀器關機
66
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
章節 4 疑難排解
簡介
彙整記錄進行疑難排解
軟體設定
暫停或停止執行
解決執行設定錯誤
解決 RFID 讀取失敗
流率誤差疑難排解
執行容積檢測
測量預期的清洗容積
MiSeq 系統使用指南
章節 4
疑難排解
68
69
71
75
77
78
80
81
84
67
疑難排解
簡介
此章節說明在連絡 Illumina 技術支援之前,可以採取的常見疑難排解步驟。對於大部分的錯
誤,螢幕上會出現矯正該錯誤的指示訊息。
對於技術問題,請造訪 Illumina 網站的 MiSeq 支援網頁,以存取常見問題集,或是登入您
的 MyIllumina 帳號以存取支援公佈欄。
對於執行品質或性能的問題,請連絡 Illumina 技術支援。如需詳細資訊,請參閱第 89 頁上
的 技術協助。
Illumina 技術支援代表一般會要求特定執行檔案的複本,以進行疑難排解。您可以使用
[Manage Files(管理檔案)] 畫面中的 [Bundle Logs(彙整記錄)] 標籤,彙集並壓縮疑
難排解所需的檔案。請參閱第 69 頁上的 彙整記錄進行疑難排解。
68
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
[Bundle Logs(彙整記錄)]功能可協助客戶彙集和壓縮檔案,以便將記錄傳送至 Illumina
技術支援進行疑難排解。
[Bundle Logs(彙整記錄)]標籤
從 [Manage Files(管理檔案)] 畫面的 [Bundle Logs(彙整記錄)] 標籤中,選擇多個檔
案,組成一個包裹。接著,系統會自動壓縮包裹中的檔案。
注意
彙整記錄功能一次可以將單次執行的多個檔案彙整為一個包裹類型。每次執行都要重覆進行
[Bundle Logs(彙整記錄)]程序,並依 Illumina 技術支援的要求彙整類型。
1
從 [Manage Files(管理檔案)] 畫面選擇 [Bundle Logs(彙整記錄)] 標籤。
2
選擇 [Browse(瀏覽)],前往 MiSeqOutput 資料夾的所在位置。
3
依照 Illumina 技術支援的要求,按一下執行旁的藍色方框,以及包裹類型旁的藍色圓
圈。
4
選擇 [Bundle Logs(彙整記錄)]。
5
[Bundle Files(彙整檔案)] 畫面會隨即開啟並顯示包裹的相關資訊,包括包裹中所包
含的個別檔案清單。
如欲瞭解[Bundle Logs(彙整記錄)]功能中個別資料夾與檔案的更多資訊,請參閱
MiSeq 輸出與分析資料夾快速參考卡(章節 # 15034791)。
6
選擇 [Next(下一步)]。
7
瀏覽至您想要儲存壓縮包裹檔案的位置。
8
按一下 [Save(儲存)]。
9
隨即會開啟 [Bundle Files(彙整檔案)] 訊息。
10 檔案完成彙整之後,[Bundle Logs(彙整記錄)] 標籤會重新開啟。
11 將已壓縮的包裹檔案傳送至 Illumina 技術支援。
MiSeq 系統使用指南
69
彙整記錄進行疑難排解
彙整記錄進行疑難排解
疑難排解
圖 25
70
彙整記錄標籤
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
軟體設定
軟體設定
MCS 包含多個畫面,可存取用以設定系統及管理儀器的指令。
[System Settings(系統設定)] 畫面
[System Settings(系統設定)] 一般是在儀器初次安裝與首次啟動時設定的。如果由於網路
或設施變更而需要進行任何的設定變更,請使用 [System Settings(系統設定)] 功能。
圖 26
系統設定
連絡設施管理員以取得關於輸入哪些網路設定的資訊。
MiSeq 系統使用指南
71
疑難排解
變更系統資格
在 Systems Settings [系統設定] 畫面變更系統使用者名稱與密碼。選擇 [Manage
Instrument(管理儀器)] 畫面上的 [System Settings(系統設定)],然後選擇 [Save
and Continue(儲存與繼續)],以前進到一系列畫面中的第三個畫面。
選擇 [This account(此帳號)]。輸入網域名稱 (例如 網域\MiSeq1) 與密碼。選擇 [Save
and Continue(儲存與繼續)]。MiSeq 通報器 與 BaseSpace 憑證也更新了。
圖 27
72
系統設定
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
[System Check(系統檢查)] 螢幕一般是在 [Live Help(即時協助)] 工作階段中,用於
和 Illumina 技術支援代表連線。在正常操作或儀器維修時不需要使用此功能。
有些系統檢查可以在連絡 Illumina 技術支援之前進行,例如 [Volume Test (容積檢
測)]。容積檢測透過估算氣泡在通過感應器時的流通容積,以檢查流控系統的狀況。如需詳細
資訊,請參閱第 81 頁上的 執行容積檢測。
在完成系統檢查時,測試結果會出現於螢幕上。
} 選擇 [Show Details(顯示詳細資料)] 以便在軟體介面上查看結果摘要。
} 選擇 [Export Results(匯出結果)] 以 *.csv 檔案格式將結果匯出到 USB 隨身碟。
圖 28
MiSeq 系統使用指南
系統檢查選項
73
軟體設定
[System Check(系統檢查)] 螢幕
疑難排解
即時協助
MiSeq 必須要連線到網際網路,才能啟用 [Live Help(即時協助)]。[Live Help(即時協
助)] 功能是線上協助工具,由 Illumina 技術支援代表在您的許可之下,檢視 MiSeq 畫
面,並共用儀器的控制。您具備覆寫控制,可以隨時終止共用畫面工作階段。
從 [Welcome(歡迎)] 畫面上的 [help(說明)] 圖示存取 [Live Help(即時協助)]。
圖 29
[Help Menu(說明功能表)]
如要啟用連線,向 Illumina 技術支援取得一組唯一的存取碼,在 [Live Help(即時協助)]
畫面上輸入該存取碼,然後選擇 [Next(下一步)]。
圖 30
74
[Live Help(即時協助)] 畫面
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
MiSeq 的設計是要在不需要使用者介入之下,從開始到結束完成執行。然而,還是可以從
[Sequencing(定序)] 畫面暫停或停止執行。
暫停執行
在完成之前,您可以暫停執行。例如,如果您懷疑廢棄物瓶已滿,可以暫停執行。您可以恢復
暫停的執行。
小心
在叢集生成期間和在定序的前八個循環之間,請勿暫停執行。在這段時間期間暫停的執
行無法恢復。請參閱第 44 頁上的 執行計量,以瞭解 MiSeq 試劑匣組件的循環資訊。
在選擇 [Pause(暫停)] 時,目前的指令已經完成,之後執行暫停,流通池置於安全的狀態。
如要從 [Sequencing(定序)] 畫面暫停執行,選擇 [Pause(暫停)]。按鈕變更為
[Resume(復原)]。在準備恢復執行時,選擇 [Resume(復原)]。
圖 31
MiSeq 系統使用指南
暫停執行的 [Sequence(定序)] 畫面
75
暫停或停止執行
暫停或停止執行
疑難排解
停止執行
在執行完成之前,您可以使用 [Sequencing(定序)] 畫面上的 [Stop(停止)] 按鈕停止定
序的執行。如果執行設定不正確、資料品質不佳或是遭遇硬體錯誤,您也可以停止執行。
在停止執行時,目前的指令並未完成,流通池台架移到往前的位置。主要分析繼續最後完成的
循環。
圖 32
停止執行
停止執行是最終結果。停止的執行無法復原。唯一的選項是進行儀器清洗。
76
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
如果執行前檢查的任何檢查失敗,該項目旁邊會出現一個紅色的圖示
與如何矯正的訊息。
錯誤
測量的流率
可用的磁碟空間
網路連線啟用
主要分析就緒
現在的樣本工作表
MiSeq 系統使用指南
。螢幕上出現說明錯誤
行動
流率檢查畫面開啟。使用下拉清單或螢幕上的鍵盤輸入以下的資訊:
• 溶液:PR2
• 容積: 250
• 吸液率: 2500
• 擴散率: 2500
選擇 [Pump(抽吸)]。如果誤差持續存在,請將容積設定為抽吸 500
微升PR2,並再次重複流程。在抽吸液體時,選擇 [Restart Check(重
新啟動檢查)]。
在執行前檢查成功之後,[Start Run(開始執行)] 按鈕會啟用。
如果流量檢查再度失敗,重新定位流通池,以確定流量不會因為沒有對
齊而中斷。檢查流通池墊片是否有棉絮或不規則。
如果磁碟空間太少,會出現指示需要多少磁碟空間的訊息。使用
[Manage Files(管理檔案)] 功能從儀器電腦清出所需的空間。
確定網路線插入儀器。
如果沒有恢復網路連線,選擇 [Manage Instrument(管理儀器)] 畫面
上的 [Reboot(重新開機)],以進行軟體的重新開機。
如果還是沒有恢復網路連線,選擇 [Manage Instrument(管理儀器)]
畫面上的 [Shut Down(關機)],然後使用電源開關關閉儀器。等待至
少 60 秒之後,再打開儀器電源與啟用軟體。
從前一次執行的主要分析不完整。允許主要分析完成的預設時間是 1 小
時,螢幕上出現倒數計時。選項是等待 1 小時或選擇 [Terminate
Analysis(終止分析)]。次要分析因為任何未完成的循環而停止。
如果您的執行沒有使用試劑匣 ID 命名您的樣本工作表,儀器無法自動
找到適當的樣本工作表。瀏覽到執行的樣本工作表。
如果您的執行使用試劑匣 ID 命名您的樣本工作表,要確定樣本工作表
位於預設的樣本工作表資料夾。檢查 [Welcome(歡迎)] 畫面上 [Run
Options(執行選項)] 中的預設資料夾位置。
確定樣本工作表的副檔名是 *.csv。
如果樣本工作表遺失,建立一份並複製到 [Run Options(執行選項)]
所指定的樣本工作表位置。
在找到樣本工作表時,選擇 [Restart Check(重新啟動檢查)]。
77
解決執行設定錯誤
解決執行設定錯誤
疑難排解
解決 RFID 讀取失敗
如果系統無法讀取耗材的 RFID,可以從 Illumina 網站取得一個臨時的略過編碼。臨時的略
過編碼會在七天內過期。
1
在進行之前一定要選擇 [Retry(重試)]。如果 RFID 第二次失敗,選擇 [Get Code(取
得編碼)]。
2
從可以上網的電腦進入 my.illumina.com,然後登入您的 MyIllumina 帳號。
3
從 MyIllumina 網頁按一下 [Account(帳號)]。在 [Resources(資源)] 欄位中按一
下 [MiSeq Self-Service(MiSeq 自助服務)]。
4
在 "[MiSeq Self-Service(MiSeq 自助服務)] 網頁上,輸入 MiSeq 序號。
5
從 [Type of Override Code(覆寫編碼類型)] 下拉清單中選擇 [RFID Override
(RFID 覆寫)]。
圖 33
78
[MiSeq Self Service(Miseq 自助服務)] 網頁
6
如要生成編碼,選擇 [Get Code(取得編碼)]。
7
返回 MCS 介面並選擇 [Enter Code(輸入編碼)]。
8
使用螢幕上的鍵盤輸入臨時的略過編碼,然後選擇 [Next(下一步)]。
9
輸入流通池、PR2 瓶或試劑匣的條碼號碼。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
PR2 瓶
試劑匣
條碼號碼位置
在流通池容器標籤上的條碼上方。
流通池條碼號碼開頭為 A (標準)、G (微) 或 D (奈米)。範例:A0E61
在 PR2 瓶標籤上的條碼下方。
範例:MS0011881-PR2
在試劑匣標籤上的條碼下方。
範例:MS0010744-300
10 如果您要輸入試劑匣的略過編碼,請輸入組件的版本號碼。選擇 [Enter Reagent Kit
Barcode(輸入試劑組條碼)],以手動輸入試劑匣條碼號碼與組件版本號碼。
小心
輸入不正確的試劑組版本對定序資料會有不良的影響。
11 選擇 [Enter(輸入)]。
MiSeq 系統使用指南
79
解決 RFID 讀取失敗
耗材
流通池
疑難排解
流率誤差疑難排解
流率是指液體通過流控系統的速度(微升/分鐘)。這是在每次執行的執行前檢查期間測量的。
如果系統無法測量流率,您會在再度檢查流率之前,得到透過系統抽吸少許試劑 (PR2) 的提
示。
1
使用下拉清單或螢幕上的鍵盤輸入以下的資訊:
• 溶液:PR2
• 容積:250 微升
• 吸液率:2500 微升/分鐘
• 擴散率:2500 微升/分鐘
2
選擇 [Pump(抽吸)]。
圖 34
80
測量流率
3
在完成抽吸步驟時,選擇 [Restart Check(重新啟動檢查)]。
4
如果持續出現誤差,請設定容積為抽吸 500 微升 PR2,並再次重複流程。如果第二次嘗試
仍然無法解決誤差,請連絡 Illumina 技術支援。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
流控管線阻塞會造成試劑傳送不良,因而影響定序結果。如果疑似流控管線阻塞,執行容積檢
測。
容積檢測透過估算二個氣泡在通過感應器時之間的容積,以檢查流控系統的狀況。如要執行容
積檢測,清洗托盤與清洗瓶必須裝入實驗室等級的水,且用過的流通池必須就定位。依照螢幕
上的指示執行檢測。
1
確定使用過的流通池載於儀器之上。
2
從 [Manage Instrument(管理儀器)] 畫面選擇 [System Check(系統檢查)]。
3
選擇 [Conduct Volume Test(執行容積檢測)],然後選擇 [Next(下一步)]。
圖 35
系統檢查畫面
4
以 6 ml 的實驗室等級的水填入清洗托盤的每個貯池。
5
以 350 ml 的實驗室等級的水填入 500 ml 的清洗瓶。
6
將清洗托盤與清洗瓶載於儀器之上。
a 打開試劑室門與試劑冷卻槽門,將清洗托盤滑入試劑冷卻槽,直到停止為止。關閉試劑
冷卻槽門。
b 拉高吸管把手直到鎖定為止,並載入清洗瓶。
c 移除廢棄物瓶,並適當棄置內容物。將廢棄物瓶放回試劑室。
MiSeq 系統使用指南
81
執行容積檢測
執行容積檢測
疑難排解
d
7
慢慢降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
依照螢幕上的指示,移除清洗瓶吸管的任何液滴,如下:
a 依照指示,慢慢升起吸管把手並檢查清洗瓶吸管是否有出現大水滴。
b 依照指示,慢慢降低吸管把手到進入水裡,讓表面張力移除液滴。
c 依照指示,慢慢升起吸管把手並檢查清洗瓶吸管是否有出現大水滴。
d 依照指示,慢慢完全降低吸管把手,確定吸管降低進入清洗瓶與廢棄物瓶。
圖 36
8
82
從吸管移除液滴
選擇 [Next(下一步)]。容積檢測開始。
在容積檢測完成時,螢幕上會出現結果。
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
執行容積檢測
圖 37
容積檢測結果
如果未能通過檢測,請執行維修清洗。請參閱第 58 頁上的 執行維修清洗。
9
在完成維修清洗時,重複容積檢測。
MiSeq 系統使用指南
83
疑難排解
測量預期的清洗容積
測量預期的清洗容積確認清洗液控的執行有效率。
1
在開始清洗之前,清空廢棄物瓶。
2
在清洗完成時,測量廢棄物瓶的清洗容積。
清洗類型
執行後清洗
執行後清洗 (包括模板線清洗)
待機清洗
維修清洗
84
預期的清洗容積
17.25 ml
25.5 ml
46 ml
17.25 ml
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
索引
索引
I
InterOp 資料夾
更
26
更新軟體;軟體:更新
M
MiSeq 通報器:概覽;次要分
析;CompletedJobInfo.xml
系
24
R
RFID:追蹤;即時分析;MiSeq 通報器
2
RunInfo.xml 26
runParameters.xml 26
V
VeriSeq 工作流程:維修頻率
51
工
工作流程;叢集生成;定序
64
31
分
分析:在定序期間 24
分析:選項;BlueFuse;VeriSeq 工作
流程:次要分析 23
系統帳號名稱;網域名稱;密碼,變
更;MiSeq 通報器:憑
證;BaseSpace:憑證 72
系統設定;IP 位址;網域名稱;網路設
定 71
協
協助,即時協助;即時協助
74
定
定序分析檢視器 22
定序螢幕;監視執行;定序分析檢視器
43
狀
狀態警訊圖示;圖示:狀態警訊;圖示:
錯誤與警告 15
活
即
活動指示器;圖示:活動指示器
即時分析:結果;樣本工作表:執行資料
夾;RTAcomplete.txt;RunInfo.
xml;status.xml;執行資料夾:
主要分析檔案 46
即時分析:模板生成;模板生成 44
流
技
技術輔導;協助、技術;客戶支援;說明
書 89
MiSeq 系統使用指南
14
流控:疑難排解;容積檢測;疑難排解:
流控 81
流率,疑難排解:流率;流控:疑難排解
80
流通池:上蓋顏色;PGS;VeriSeq 工作
流程:流通池 35
流通池:基因模板編號;基因模板編號
47
流通池:清潔 35
85
索引
流通池:單通道;模板生成 22
流通池:概覽;零組件:流通池 6
流通池室;零組件:流通池室;流通池夾
5
耗
耗材:由 Illumina 供應;試劑:成套試
劑 8
耗材:使用者提供;使用者提供的耗材
9
耗材:實驗室等級用水;實驗室等級用水
指導原則 9
停
停止執行
移
移動檔案與資料夾;刪除檔案與資料夾;
複製檔案與資料夾;處方,管理;
樣本工作表:複製到儀器;資訊清
單檔案:複製到儀器;基因組參
考;執行資料夾:管理 16
軟
76
軟體:初始化;開啟儀器;電源開關;使
用者名稱;密碼 10
軟體:儀器上 12
參
參考基因組:檔案格式;資訊清單檔案:
定義;樣本工作表:定義;執行資
料夾:定義;分析工作流程:定義
11
執
執行設定畫面 15, 34
執行期間;軟體:執行期間;工作流程:
執行期間;基因序列長度 22
執行資料夾:temp、output、
analysis;即時分析:執行資料夾
25
執行資料夾:內容 25
執行資料夾:命名 25
執行選項;資料夾位置:預設設定;清
洗:執行後清洗設定;電子郵件提
示;VeriSeq 工作流程:本機複製
分析 18
基
基因序列長度;基因序列中的循環
22
清
清洗:待機;待機清洗 61
清洗:執行後;執行後清洗;模板線清洗
53
清洗:準備空載;儀器空載;流控:清洗
61
86
清洗:準備關機;儀器關機 65
清洗:維修;維修清洗;待機清洗;清
洗:待機 52
清洗:優點 50
清洗容積;清洗:預期的容積 84
感
感應器指示燈;流通池門感應器;試劑冷
卻槽、溫度;BaseSpace:連線;
圖示:感應器 14
試
試劑:載入 39
試劑匣;零組件:試劑匣 7
試劑室;零組件:試劑室;吸管把手;廢
棄物瓶 6
試劑室;零組件:試劑室;流通池室;零
組件:流通池室;光學模組;零組
件:光學模組 4
資
資料夾位置:針對此次的執行
42
載
載入試劑:PR2;PR2,載
入;RFID:PR2 39
載入試劑:匣;RFID:試劑匣
40
疑
疑難排解:RFID;RFID:疑難排
解;MiSeq 自助服務;流通池:字
母指定器 78
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
索引
疑難排解:針對特定執行檔案 68
疑難排解:彙整記錄;彙整記錄 17,
68-69
磁
磁碟空間:磁碟空間不足;樣本工作表:
找不到;網路連線;初始化;疑難
排解:執行設定錯誤 77
磁碟空間:檢查;軟體:磁碟空間檢查
27
維
維修清洗;清洗:維修;流控:清洗
58
儀
儀器設定;軟體:儀器設定;重新開機軟
體;儀器關機;Windows,最小化
到 21
暫
暫停執行
75
樣
樣本工作表:變更
41
歡
歡迎畫面
MiSeq 系統使用指南
12
87
索引
88
章節 # 15027617 修訂版 O CHT
技術協助
技術協助
如需技術協助,請聯絡 Illumina 技術支援。
表 5
Illumina 一般連絡資訊
地址
5200 Illumina Way
San Diego, CA 92122 USA
網站
www.illumina.com
電子郵件
[email protected]
表 6 Illumina 客戶支援電話號碼
地區
連絡電話
北美
1.800.809.4566
奧地利
0800.296575
比利時
0800.81102
丹麥
80882346
芬蘭
0800.918363
法國
0800.911850
德國
0800.180.8994
愛爾蘭
1.800.812949
地區
義大利
荷蘭
挪威
西班牙
瑞典
瑞士
英國
其他國家
聯絡電話
800.874909
0800.0223859
800.16836
900.812168
020790181
0800.563118
0800.917.0041
+44.1799.534000
安全資料表
安全資料表 (SDS) 可在以下 Illumina 網站取得:support.illumina.com/sds.html。
產品說明書
PDF 檔的產品說明書可從 Illumina 網站下載。前往 support.illumina.com,選擇產
品,然後按一下 [Documentation & Literature(說明書與文獻)]。
MiSeq 系統使用指南
89
*15027617*
*15027617*
第 # 15027617 章 O 修訂版 CHT
Illumina
San Diego, California 92122 U.S.A.
+1.800.809.ILMN (4566)
+1.858.202.4566 (北美以外)
[email protected]
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