MiSeqDx Reference Guide for Instruments with Dual Boot Configuration Translated into Spanish (15070067 A ESP)

MiSeqDx Reference Guide for Instruments with Dual Boot Configuration Translated into Spanish (15070067 A ESP)
Guía de referencia de MiSeqDx®
para instrumentos con configuración
de doble arranque
PARA USO DIAGNÓSTICO IN VITRO
PROPIEDAD DE ILLUMINA
N.º componente 15070067 Rev. A ESP
Marzo de 2015
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2
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3
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Historial de revisiones
N.º de
referencia
15070067_ESP
Revisión
Fecha
Descripción del cambio
A
Marzo
2015
Publicación inicial. Para los clientes que tienen un
instrumento con configuración de doble arranque,
esta guía sustituye a la Guía de referencia de MiSeqDx
(n.º de referencia 15038353_ESP).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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[Página en blanco intencionadamente]
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Índice
Historial de revisiones
Índice
iii
v
Capítulo 1 Primeros pasos
1
Uso previsto
Componentes
Inicio de MiSeqDx
Consumibles requeridos
Software antivirus
Capítulo 2 Software MiSeqDx
Introducción
Illumina User Management Software
Illumina Worklist Manager Software
MiSeq Operating Software (MOS)
Análisis en tiempo real (RTA)
MiSeq Reporter
Capítulo 3 Realización de un experimento
Introducción
Flujo de trabajo del MiSeqDx
Preparación del cartucho de reactivo
Inicio de sesión y seguimiento de solicitudes de secuenciación
Limpieza de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Carga de reactivos
Inicio del experimento
Supervisión del experimento
Capítulo 4 Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado en modo en espera
Apagado del instrumento
Capítulo 5 Solución de problemas
Introducción
Resolución de errores de configuración del experimento
Resolución del error de lectura de RFID
Prevención de reinicios durante un experimento
Solución de problemas de errores de velocidad de flujo
Realización de una prueba de volumen
Medición de los volúmenes de lavado esperados
Solución de errores de análisis de MiSeq Reporter
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Índice
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Asistencia técnica
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Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Capítulo 1 Primeros pasos
Uso previsto
Componentes
Inicio de MiSeqDx
Consumibles requeridos
Software antivirus
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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3
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8
1
Capítulo 1
Primeros pasos
Primeros pasos
Uso previsto
La plataforma MiSeqDx es un instrumento de secuenciación que mide las señales de
fluorescencia de nucleótidos marcados mediante el uso de celdas de flujo y reactivos
específicos del instrumento, hardware de adquisición de imágenes y software de análisis
de datos. La plataforma MiSeqDx está indicada para la resecuenciación selectiva de ADN
genómico humano de muestras de sangre total periférica.
La plataforma MiSeqDx no está indicada para la secuenciación de genoma completo o de
novo.
2
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Componentes
Componentes
MiSeqDx consta de los siguientes componentes exteriores:
A
B
C
D
E
F
Compartimento de la celda de flujo: Contiene la platina de la celda de flujo que alberga
la celda de flujo durante el experimento. Los motores de la platina de la celda de flujo
extraen la platina del módulo óptico cerrado para la carga de celdas de flujo y la
devuelven a su sitio cuando empieza el experimento.
Módulo óptico cerrado: Contiene los componentes ópticos que permiten la adquisición
de imágenes de la celda de flujo.
Barra de estado: Utiliza tres colores para indicar el estado del instrumento. El azul indica
que el instrumento está en funcionamiento, el naranja indica que el instrumento necesita
atención y el verde indica que el instrumento está listo para empezar el siguiente
experimento.
Monitor de pantalla táctil: Permite la configuración integrada en el instrumento y la
configuración del experimento a través de la interfaz del software.
Puerto USB externo: Facilita la transferencia de los archivos y los datos al ordenador del
instrumento desde el monitor de pantalla táctil.
Compartimento de reactivos: Mantiene los reactivos a las temperaturas adecuadas, las
soluciones de lavado y la botella de residuos. La puerta del compartimento de reactivos
se asegura con un cierre magnético.
La interfaz de MiSeqDx guía a los usuarios a través de los pasos de configuración del
experimento mediante el monitor de pantalla táctil.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
3
Primeros pasos
Compartimento de la celda de flujo
A
B
C
D
E
Platina de la celda de flujo
Puerta del compartimento de la celda de flujo
Cierre de la celda de flujo
Celda de flujo
Botón de apertura del cierre de la celda de flujo
El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, la estación
térmica y las conexiones del sistema de fluídica a la celda de flujo. La platina de la celda
de flujo sostiene la celda de flujo y el cierre de la celda de flujo la fija y la posiciona. Una
vez que se cierra la celda de flujo, dos pasadores situados cerca de la bisagra del cierre
posicionan automáticamente la celda de flujo.
La estación térmica, situada debajo de la platina de la celda de flujo, controla los cambios
de temperatura de la celda de flujo y se requiere para generar y secuenciar grupos.
Celda de flujo
A
B
C
Puerto de salida
Área de adquisición de imágenes
Puerto de entrada
La celda de flujo de MiSeqDx es un sustrato de vidrio, de un solo uso, en el que se generan
grupos y se lleva a cabo la reacción de secuenciación.
Los reactivos entran en la celda de flujo a través del puerto de entrada, pasan por el área
de adquisición de imágenes de carril único y salen de la celda de flujo por el puerto de
salida. Los residuos que salen de la celda de flujo se depositan en la botella de residuos.
Durante el experimento de secuenciación, el carril único se digitaliza en pequeñas áreas de
adquisición de imágenes, que se llaman placas.
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Componentes
Compartimento de reactivos
A
B
C
D
E
Refrigerador de reactivos
Mango del dispensador (se muestra en posición elevada)
Botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2]
Botella de residuos
Cartucho de reactivo
El compartimento de reactivos contiene el refrigerador de reactivos y las posiciones para la
botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y la botella de residuos.
El refrigerador de reactivos sujeta un cartucho de reactivo de un solo uso durante el
experimento. Durante el lavado del instrumento, sujeta la bandeja de lavado. El software
baja automáticamente los dispensadores al interior del depósito del cartucho de reactivo en
el momento adecuado del experimento, en función del proceso que se esté realizando.
A la derecha del refrigerador de reactivos hay dos ranuras que se adaptan a la forma de las
botellas de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y de residuos. El mango del dispensador fija
las botellas en su sitio y baja el dispensador adecuado al interior de cada botella.
Los reactivos se bombearán a través de los dispensadores, los conductos de fluídica y, a
continuación, la celda de flujo. El residuo de reactivo se enviará a la botella de residuos
durante el proceso.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
5
Primeros pasos
Inicio de MiSeqDx
NOTA
Illumina recomienda dejar siempre encendido el instrumento. Sin embargo, si se tiene que
apagar, siga el procedimiento de apagado descrito en Apagado del instrumento en la página 64.
Espere como mínimo 60 segundos antes de volver a colocar el interruptor de alimentación en
la posición de encendido.
1
Si MiSeqDx todavía no está encendido, inspeccione el lateral derecho del instrumento
para encontrar el interruptor de alimentación del panel trasero. Está situado en la
esquina inferior, directamente encima del cable de alimentación.
Figura 1 Ubicación del interruptor de alimentación
2
Mueva el interruptor de alimentación a la posición de encendido. El ordenador
integrado del instrumento se iniciará.
3
Inicie sesión en el sistema operativo.
Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente. El MiSeq
Operating Software (MOS) se inicia e inicializa el instrumento automáticamente.
Una vez completado el paso de inicialización, aparecerá la pantalla Welcome
(Bienvenida).
Figura 2 Pantalla Welcome (Bienvenida)
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Consumibles de secuenciación
Los consumibles de secuenciación necesarios para operar el MiSeqDx se proporcionan por
separado como parte de un kit de diagnóstico in vitro.
Consumibles proporcionados por el usuario
Antes de iniciar un experimento, asegúrese de que estén disponibles los siguientes
consumibles proporcionados por el usuario.
Consumible
Paños humedecidos en alcohol isopropilo al
70 %
o
etanol al 70 %
Toallita de laboratorio sin pelusa
Papel para lentes (10 x 15 cm [4 x 6 in])
Tween 20
Pinzas de plástico de punta cuadrada
(opcionales)
Agua sin ARNasa ni ADNasa
Finalidad
Limpieza del soporte de la celda de flujo
Limpieza de la platina de la celda de flujo
Limpieza de la celda de flujo
Limpieza del instrumento
Extracción de la celda de flujo del
contenedor de transporte de celdas de flujo
Limpieza del instrumento
Directrices para el agua sin ARNasa ni ADNasa
Utilice siempre agua sin ARNasa ni ADNasa para los procedimientos del instrumento.
No utilice nunca agua de grifo ni desionizada. Cualquiera de los siguientes son ejemplos
aceptables:
} Agua de 18 megaohmios (MΩ)
} Agua Milli-Q
} Agua Super-Q
} Agua de biología molecular
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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Consumibles requeridos
Consumibles requeridos
Primeros pasos
Software antivirus
Illumina recomienda encarecidamente instalar un software antivirus facilitado por el
usuario para proteger el ordenador de los virus informáticos.
Para evitar interferencias con el funcionamiento de MiSeqDx o pérdidas de datos, configure
las actualizaciones del software antivirus de la siguiente manera:
} Establezca análisis manuales en lugar de análisis automáticos.
} Lleve a cabo análisis solamente cuando el instrumento no esté en uso.
} Establezca la descarga de actualizaciones, pero no las instale sin la autorización del
usuario.
} No reinicie de forma automática el ordenador tras la actualización.
} Excluya la unidad de datos y el directorio de la aplicación de cualquier protección del
sistema de archivos en tiempo real.
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Capítulo 2 Software MiSeqDx
Introducción
Illumina User Management Software
Illumina Worklist Manager Software
MiSeq Operating Software (MOS)
Análisis en tiempo real (RTA)
MiSeq Reporter
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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37
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Capítulo 2
Software MiSeqDx
Software MiSeqDx
Introducción
El software que se describe en este capítulo se utiliza para configurar, procesar y analizar
datos de MiSeqDx.
Figura 3 Interacción entre los componentes de software de MiSeqDx
} Illumina Worklist Manager (IWM): Se utiliza para crear una hoja de muestras durante
la preparación de bibliotecas. La hoja de muestras garantiza un seguimiento de
muestras positivas durante todo el proceso. Este software se ejecuta fuera del
instrumento y la hoja de muestras se asocia con el experimento durante la
configuración de este en el instrumento MiSeqDx. Consulte la guía de referencia
específica del kit para obtener información sobre la generación de una hoja de
muestras. Consulte la sección Illumina Worklist Manager Software en la página 15.
} Illumina User Management Software: Se utiliza para conceder diferentes permisos de
nivel de acceso a los usuarios, según proceda. Este software se ejecuta fuera del
instrumento y los permisos se guardan en un archivo de base de datos, al que
MiSeqDx debe hacer referencia según su configuración. Consulte Illumina User
Management Software en la página 11.
} MiSeq Operating Software (MOS): Controla el funcionamiento del instrumento,
incluidos los diferentes ajustes de configuración. Este software se instala y se ejecuta en
el instrumento. Consulte MiSeq Operating Software (MOS) en la página 16.
} Análisis en tiempo real (RTA): Realiza el procesamiento de las imágenes y las
llamadas de bases (de aquí en adelante, análisis principal). Este software se instala y se
ejecuta en el instrumento. Consulte Análisis en tiempo real (RTA) en la página 36.
} MiSeq Reporter: Realiza análisis secundarios tales como el demultiplexado, la
alineación, las llamadas de variantes y la generación de informes. Las funciones
específicas compatibles varían en función del kit. Este software se puede instalar
dentro o fuera del instrumento. El resultado se ve a través de un explorador web.
Consulte la Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º de referencia 15038356_
ESP) específica del flujo de trabajo para obtener información sobre el análisis de datos.
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Los nombres de usuario, las contraseñas y los niveles de acceso se administran con
Illumina User Management Software, que crea un archivo de base de datos que activa los
permisos de inicio de sesión de los usuarios autorizados. El User Management Software no
está instalado en el ordenador del instrumento y está diseñado para su uso fuera del
instrumento.
Se requiere un archivo de base de datos de usuario antes de ejecutar el MiSeq Operating
Software (MOS). Para obtener información sobre la vinculación entre el instrumento
MiSeqDx y el archivo de base de datos de usuarios, consulte Pantalla Run Options (Opciones
de experimento) en la página 21.
Inicio de User Management Software
Las instrucciones siguientes describen cómo descargar, instalar e iniciar el Illumina User
Management Software y cómo crear un archivo de base de datos de usuarios.
} Descarga del software: El Illumina User Management Software se puede descargar en
el sitio web de Illumina en http://www.illumina.com. Vaya a la página de asistencia de
MiSeqDx y haga clic en Downloads (Descargas). Se requiere una cuenta de
MyIllumina.
} Instalación del software: Illumina User Management Software puede ejecutarse en
cualquier plataforma de Windows. Para iniciar la instalación, haga doble clic en el
archivo Setup.exe. Se abrirá el asistente de instalación.
} Inicio del software: Para iniciar el software, vaya a Inicio | Todos los programas |
Illumina | Illumina User Management Software o haga clic en el icono del escritorio.
Illumina User Management Software se utiliza fuera del instrumento. Al abrir la aplicación
por primera vez, cree una cuenta de administrador y asígnele una contraseña.
Figura 4 Creación de una cuenta de administrador
Solo los usuarios asignados al nivel de acceso de administrador pueden añadir nuevos
usuarios, cambiar tipos de usuario, cambiar contraseñas de usuario o crear una base de
datos nueva.
Tras iniciar sesión, se abrirá la interfaz de Illumina User Management Software.
Uso de Illumina User Management Software
Utilice Illumina User Management Software para abrir un archivo de base de datos
existente, crear un nuevo archivo de base de datos, añadir o eliminar usuarios y asignar
contraseñas y tipos de usuario a los usuarios autorizados.
} Abrir un archivo de base de datos existente: Seleccione Browse (Examinar) y vaya a la
ubicación en la que se encuentra almacenado el archivo de base de datos. La ubicación
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
11
Illumina User Management Software
Illumina User Management Software
Software MiSeqDx
del archivo de base de datos se define en la ficha Folders Settings (Configuración de
carpeta) de la pantalla Run Options (Opciones de experimento). Para obtener más
información, consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la página 21.
Cuando se abra el archivo de base de datos, aparecerán los nombres de usuario que
contiene dicho archivo en la sección Database Contents and Settings (Configuración y
contenido de la base de datos).
} Crear un archivo de base de datos nuevo: Seleccione Create New (Crear nuevo) y
asigne un nombre al archivo de base de datos. El formato de archivo predeterminado
es *.db.
Figura 5 Interfaz de Illumina User Management Software
Los cambios que se realicen en el archivo de base de datos se guardan de manera
automática, excepto los cambios en los atributos de la sección User Information
(Información de usuario). Tras realizar cambios en la información del usuario, seleccione
Save (Guardar) antes de cerrar Illumina User Management Software.
Para asociar el archivo de base de datos con MiSeqDx, vaya a la ficha Folder Settings
(Configuración de carpeta) de la pantalla Run Options (Opciones de experimento) de
MiSeq Operating Software (MOS).
Adición o eliminación de usuarios
Cada usuario autorizado dispone de cuatro atributos que se asignan en el archivo de base
de datos: contraseña, tipo de usuario, duración de la contraseña y número de días que se
recuerda al usuario antes del vencimiento de la contraseña. Para obtener información sobre
las funciones específicas que se permiten a cada tipo de usuario, consulte Niveles de acceso
del usuario en la página 14.
} Añadir un nuevo usuario: Seleccione Add User (Añadir usuario). En la sección User
Information (Información de usuario), añada un nombre de usuario, asigne una
contraseña y seleccione un tipo de usuario en la lista desplegable User Type (Tipo de
usuario): Admin (Administrador), SuperUser (Superusuario) o User (Usuario). Haga
clic en Save (Guardar) para crear el nuevo usuario. El nombre y el tipo de usuario del
nuevo usuario aparecen en la sección Database Contents and Settings (Configuración y
contenido de la base de datos).
} Editar información de usuario: En la sección Database Contents and Settings
(Configuración y contenido de la base de datos), seleccione el usuario que desea editar.
Seleccione Edit (Editar). La sección User Information (Información de usuario) se activa.
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Figura 6 Adición de un nuevo usuario
Configuración de información de usuario
En la sección Database Contents and Settings (Configuración y contenido de la base de
datos), seleccione un usuario y, a continuación, seleccione Edit (Editar). Realice cualquiera
de los pasos siguientes y, a continuación, haga clic en Save (Guardar).
} Cambiar una contraseña: En la sección User Information (Información de usuario),
introduzca una nueva contraseña en el campo Password (Contraseña) y, a
continuación, vuelva a introducir la nueva contraseña en el segundo campo de
contraseña. Cualquier nivel de usuario puede cambiar su propia contraseña.
} Cambiar un tipo de usuario: En la sección User Information (Información de usuario),
seleccione un tipo de usuario de la lista desplegable User Type (Tipo de usuario):
Admin (Administrador), SuperUser (Superusuario) o User (Usuario). Solo un usuario
de nivel administrador puede cambiar un tipo de usuario.
} Configurar duración de contraseña: En la sección Database Contents and Settings
(Configuración y contenido de la base de datos), utilice la lista desplegable para
especificar el número de días que permanecerá activa la contraseña actual.
} Configurar recordatorio de modificación de contraseña: En la sección Database
Contents and Settings (Configuración y contenido de la base de datos), utilice la lista
desplegable para especificar el número de días de antelación con que se recordará al
usuario que modifique la contraseña antes de su vencimiento.
Visualización de registros
Haga clic en Show Logs (Mostrar registros) para abrir el registro de historial de cualquier
cambio que se haya realizado en un archivo de base de datos, así como la fecha y la hora
en que se realizó dicho cambio. Los registros son exclusivos del archivo de base de datos y
forman parte de este; además, no se almacenan como archivos separados. El registro que
aparece es específico del archivo de base de datos abierto que figure en la sección Select a
Database (Seleccionar una base de datos).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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Illumina User Management Software
} Eliminar usuario: En la sección Database Contents and Settings (Configuración y
contenido de la base de datos), seleccione el usuario que desea eliminar. Seleccione
Delete (Eliminar). El usuario se elimina del archivo de base de datos de autenticación
de usuarios.
Software MiSeqDx
Niveles de acceso del usuario
Los permisos de usuario se agrupan en los siguientes niveles de usuario y se asignan a
cada usuario en el archivo de la base de datos de autenticación de usuarios. Se debe
disponer de un tipo de usuario de nivel administrador para modificar las asignaciones de
tipo de usuario.
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Nivel
Permisos
Administrador
Permite el acceso a todas las funciones del software, el sistema operativo
Windows del ordenador del instrumento, las actividades de gestión de usuarios
y la función de gestión de datos.
Superusuario
Permite un acceso de nivel medio a las funciones del software, al sistema
operativo Windows del ordenador del instrumento y otras funciones.
Usuario
Permite el acceso para iniciar, supervisar, pausar y detener experimentos de
secuenciación de los kits de diagnóstico in vitro.
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
IWM es una aplicación basada en asistente diseñada para crear y editar hojas de muestras
para el instrumento MiSeqDx y el software de análisis Illumina. Seleccione las opciones de
hojas de muestras según el kit que vaya a utilizar. La creación de hojas de muestras se
produce durante la preparación de bibliotecas y se describe en las guías de referencia de los
kits. Durante la configuración del experimento en el MiSeqDx, selecciona una hoja de
muestras creada con el software IWM para utilizarla con el experimento.
Inicio del Illumina Worklist Manager Software
Las instrucciones siguientes describen cómo descargar, instalar e iniciar el software IWM.
Este se utiliza fuera del instrumento.
} Descarga del software: Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina para obtener el paquete de instalación del software IWM.
} Instalación del software: El software IWM puede ejecutarse en una plataforma
Windows 7. Para iniciar la instalación, descomprima el paquete de instalación del
software IWM. Haga doble clic en el archivo Setup.exe. Haga clic en Next (Siguiente)
en las indicaciones del asistente de instalación.
} Inicio del software: Para iniciar el software, vaya a Inicio | Todos los programas |
Illumina | Illumina Worklist Manager Software o haga clic en el icono del escritorio.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
15
Illumina Worklist Manager Software
Illumina Worklist Manager Software
Software MiSeqDx
MiSeq Operating Software (MOS)
La interfaz de MiSeq Operating Software (MOS) guía a los usuarios a través de los pasos
para cargar la celda de flujo y los reactivos antes de iniciar el experimento y, por tanto,
proporciona una descripción general de las estadísticas de calidad que se puede supervisar
a medida que progresa el experimento.
Durante el experimento, MOS activa la platina de la celda de flujo, dispensa reactivos,
controla la temperatura de la celda de flujo y captura imágenes de los grupos de la celda
de flujo. MOS lleva a cabo el experimento en función de los parámetros especificados en la
hoja de muestras.
Pantalla Welcome (Bienvenida)
La interfaz de MOS se abre en la pantalla Welcome (Bienvenida) cuando se inicia el
software.
Figura 7 Pantalla Welcome (Bienvenida)
} Sequence (Secuenciar): Esta opción abre una serie de pantallas de configuración del
experimento que guían a los usuarios a través de los pasos de la configuración del
experimento. Consulte Pantallas de configuración del experimento en la página 27.
} Perform Wash (Realizar lavado): Proporciona opciones para iniciar los siguientes tipos
de lavados del instrumento: un lavado de mantenimiento, un lavado en modo en
espera o un lavado posterior al experimento. Consulte Pantalla Perform Wash (Realizar
lavado) en la página 18.
} Manage Files (Administrar archivos): Permite mover, eliminar y cargar archivos en el
ordenador del instrumento. Consulte Pantalla Manage Files (Administrar archivos) en la
página 19.
} Run Options (Opciones de experimento): Proporciona opciones para el lavado
posterior al experimento, el cambio de las ubicaciones predeterminadas de las carpetas
de datos y la especificación de las preferencias de notificaciones por correo electrónico.
Consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la página 21.
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N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Indicadores de actividad
Cada pantalla de la interfaz presenta una serie de iconos en la esquina inferior derecha.
Cada icono es un indicador de actividad que muestra qué actividad está realizando el
instrumento.
Figura 8 Indicadores de actividad
De izquierda a derecha, los indicadores de actividad representan las siguientes actividades:
} Movimiento de la platina Y
} Movimiento de la platina Z
} Activación de la función de los componentes electrónicos
} Uso de la cámara
} Bombeo por el sistema de fluídica
Indicadores del sensor
Existen cuatro indicadores del sensor en la base de cada pantalla de la interfaz y cada uno
representa el estado de un componente del instrumento.
Figura 9 Indicadores del sensor
De izquierda a derecha, los indicadores del sensor representan los siguientes componentes:
} Puerta del compartimento de la celda de flujo en las posiciones abierta o cerrada
} Temperatura del refrigerador de reactivos en °C
} Temperatura de la celda de flujo en °C
} Estado de la conexión de BaseSpace® (esta opción no está disponible para kits de
diagnóstico in vitro)
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
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MiSeq Operating Software (MOS)
} Manage Instrument (Administrar instrumento): Proporciona opciones para ir a la
configuración del sistema, realizar una comprobación del sistema, actualizar
manualmente el software, reiniciar, reiniciar al modo de investigación o apagar el
instrumento. Consulte Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) en la
página 24.
Software MiSeqDx
Iconos de estado
En la esquina superior derecha de la pantalla Welcome (Bienvenida) verá un icono de
estado que le notificará de los cambios de las condiciones durante la configuración del
experimento o durante el experimento.
Icono de
estado
Nombre de estado
Descripción
Estado correcto
No hay cambios. El sistema está normal.
Atención
Información importante. Se recomienda realizar una acción.
Advertencia
Las advertencias no detienen un experimento. Sin embargo,
algunas podrían requerir una acción antes de continuar.
Error
Los errores suelen detener los experimentos y requerir
acciones antes de continuar con el experimento.
Cuando se produce un cambio de estado, el icono cambia a la imagen asociada y parpadea
para llamar la atención. Si esto ocurre, seleccione el icono para abrir la ventana de estado,
que contiene una descripción general de la condición.
} Seleccione un elemento cualquiera de la lista para ver una descripción detallada del
estado, así como las instrucciones para resolver el problema (si procede).
} Seleccione Acknowledge (Aceptar) para aceptar el mensaje y Close (Cerrar) para cerrar
el cuadro de diálogo.
Los mensajes de la ventana de estado se pueden filtrar seleccionando los iconos situados
en el margen superior de la ventana. Al seleccionar un icono se muestra o se oculta el
estado.
Pantalla Perform Wash (Realizar lavado)
La pantalla Perform Wash (Realizar lavado) permite a los usuarios realizar los siguientes
tipos de lavado, así como consultar la fecha en que se realizó el último lavado:
} Maintenance Wash (Lavado de mantenimiento): El lavado de mantenimiento consta
de tres ciclos de lavado consecutivos que limpian en profundidad el sistema. Realice al
menos un lavado de mantenimiento cada 30 días. Consulte Procedimiento en la
página 59.
} Standby Wash (Lavado en modo en espera): El lavado en modo en espera prepara
correctamente los conductos de fluídica para permanecer inactivos y consta de dos
ciclos de lavado consecutivos. Realice un lavado en modo en espera si quiere que el
instrumento permanezca inactivo hasta siete días. Consulte Realización de un lavado en
modo en espera en la página 62.
Tras haber puesto el instrumento en modo inactivo, se debe realizar un lavado de
mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciación.
} Post-Run Wash (Lavado posterior al experimento): El lavado posterior al experimento
es el lavado estándar del instrumento que se realiza entre los experimentos de
secuenciación y consta de un solo ciclo de lavado. Para realizar un lavado posterior al
experimento en otro momento que no sea justo tras un experimento, utilice el comando
de la pantalla Perform Wash (Realizar lavado) para iniciar dicho lavado.
18
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Figura 10 Pantalla Perform Wash (Realizar lavado)
La pantalla Perform Wash (Realizar lavado) también incluye un comando que permite
levantar los dispensadores para que se pueda extraer el cartucho de reactivo del
instrumento en caso de error o de interrupción imprevista del experimento.
PRECAUCIÓN
Cierre siempre la puerta del refrigerador de reactivos después de cargar la bandeja de lavado
y antes de iniciar un lavado. De este modo, se evitarán las posibles lesiones que se podrían
producir si se tocan los dispensadores con las manos al bajarlos.
Pantalla Manage Files (Administrar archivos)
Utilice la función Manage Files (Administrar archivos) para mover, cargar o eliminar
archivos en el ordenador del instrumento. La pantalla se divide en cinco fichas: Runs
(Experimentos), Sample Sheets (Hojas de muestras), Manifests (Manifiestos), Genomes
(Genomas) y Recipes (Fórmulas).
Figura 11 Pantalla Manage Files (Administrar archivos)
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
19
MiSeq Operating Software (MOS)
MiSeqDx se puede configurar para realizar un lavado de mantenimiento entre
experimentos, en lugar de un lavado posterior al experimento. Para obtener más
información, consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la página 21.
Software MiSeqDx
Opciones de Manage Files (Administrar archivos)
En cualquier ficha de la pantalla Manage Files (Administrar archivos), seleccione Browse
(Examinar) para ir a cualquier archivo accesible para el instrumento.
Ficha*
Funciones
Runs (Experimentos)
Delete (Eliminar) o Move (Mover)
Sample Sheets (Hojas de
muestras)
Delete (Eliminar), Upload (Cargar) o Rename
(Renombrar)
Manifests (Manifiestos)
Delete (Eliminar) o Upload (Cargar)
* Los archivos de fórmulas y genomas están precargados para los kits de diagnóstico in vitro y no deben
modificarse.
} Delete (Eliminar): Seleccione la casilla de verificación situada junto al archivo o la
carpeta que se muestra y, a continuación, seleccione Delete (Eliminar). La función
Delete (Eliminar) está disponible en todas las fichas. Para eliminar archivos de
experimentos, se debe disponer de nivel de acceso de usuario administrador.
} Move (Mover): Solo está disponible para las carpetas de experimentos. Seleccione la
casilla de verificación situada junto al nombre de la carpeta, seleccione Move (Mover)
y, a continuación, vaya a una ubicación adecuada. Move (Mover) copia la carpeta del
experimento en la nueva ubicación y, a continuación, elimina la carpeta de su ubicación
anterior.
} Select All Files (Seleccionar todos los archivos): Seleccione la casilla de verificación
situada a la izquierda del botón Delete (Eliminar) y, a continuación, escoja una acción:
Delete (Eliminar) o Move (Mover). La acción se aplicará a todos los archivos o
carpetas.
} Upload Files (Cargar archivos): Si MiSeqDx no está conectado a una red, utilice esta
función para cargar archivos de hojas de muestras o archivos de manifiesto al
ordenador del instrumento desde una unidad USB. Seleccione Upload (Cargar) y vaya
a la ubicación de la unidad USB donde esté alojada la hoja de muestras. El archivo se
cargará en la carpeta indicada en el campo Directory (Directorio).
} Rename (Renombrar): Seleccione la casilla de verificación junto al archivo de hoja de
muestras y, a continuación, seleccione Rename (Renombrar). Utilice el teclado en
pantalla para cambiar el nombre de la hoja de muestras.
20
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La pantalla Run Options (Opciones de experimento) tiene tres fichas para especificar la
configuración predeterminada de un experimento: Run Settings (Configuración de
experimento), Folder Settings (Configuración de carpeta) y Email Notifications
(Notificaciones por correo electrónico).
Figura 12 Ficha Run Settings (Configuración de experimento) en la pantalla Run Options
(Opciones de experimento)
Ficha Run Settings (Configuración de experimento)
} Post-Run Wash Option (Opción de lavado posterior al experimento): Se debe realizar
un lavado del instrumento después de cada experimento. El software no continuará
con los pasos de configuración del siguiente experimento si no se ha realizado un
lavado. Este ajuste determina qué tipo de lavado se realizará de forma predeterminada
después de configurar un experimento aquí. Un lavado posterior al experimento tarda,
aproximadamente, 20 minutos, mientras que un lavado de mantenimiento tarda,
aproximadamente, 1 hora.
} Send Instrument Health (Enviar estado del instrumento): Este ajuste no se aplica a los
kits de diagnóstico in vitro.
} Replicate Analysis Locally (Replicar análisis de forma local): Este ajuste no se aplica a
los kits de diagnóstico in vitro.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
21
MiSeq Operating Software (MOS)
Pantalla Run Options (Opciones de experimento)
Software MiSeqDx
Ficha Folder Settings (Configuración de carpeta)
MiSeqDx requiere disponer de acceso a varios tipos de archivos almacenados en carpetas
de una red local o del ordenador del instrumento. Las opciones de la ficha Folder Settings
(Configuración de carpeta) le indican a MiSeqDx dónde se encuentran situadas esas
carpetas.
Figura 13 Ficha Folder Settings (Configuración de carpeta)
} Recipes (Fórmulas): Las fórmulas personalizadas no son compatibles con los kits de
diagnóstico in vitro.
} Sample Sheets (Hojas de muestras): Definen la ubicación predeterminada de las hojas
de muestras. Las hojas de muestras se crean antes de la preparación de las bibliotecas
y contienen los parámetros del experimento.
} Manifests (Manifiestos): La mayoría de los kits de diagnóstico in vitro utilizan archivos
de manifiesto que están precargados. En el caso de los kits que precisan el uso de un
grupo de oligonucleótidos personalizados, guarde el archivo de manifiesto asociado en
la carpeta especificada aquí.
} MiSeqOutput: Define la ubicación predeterminada de los archivos de resultados de
análisis. Illumina recomienda cambiar la ubicación predeterminada de la carpeta de
resultados a una ubicación de red para compartirla, almacenarla a largo plazo y, de
forma opcional, utilizar MiSeq Reporter sin conexión.
} User Database File (Archivo de base de datos de usuarios): Define el archivo de base
de datos de autenticación de usuarios, que contiene la lista de usuarios autorizados, las
contraseñas de usuario y el nivel de acceso asignado a cada usuario.
Para cambiar la ubicación de la carpeta del archivo de base de datos se debe disponer
de nivel de acceso de usuario administrador.
Para obtener más información, consulte Inicio de User Management Software en la
página 11.
22
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
MiSeqDx se puede configurar para que envíe una notificación por correo electrónico
cuando haya finalizado el análisis principal, cuando haya finalizado el análisis secundario
integrado en el instrumento o si se produce un error grave de software de MiSeqDx.
Para modificar la configuración de Email Notifications (Notificaciones por correo
electrónico), se debe disponer de nivel de acceso de usuario administrador.
Figura 14 Ficha Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico)
} Local SMTP email server address (Dirección de servidor de correo electrónico SMTP
local): Utilice el teclado en pantalla para introducir la dirección del servidor de correo
electrónico SMTP local. En caso necesario, póngase en contacto con el administrador de
la instalación para obtener esta información.
} Sender email address (Dirección de correo electrónico del remitente): Utilice el teclado
en pantalla para introducir la dirección del correo electrónico del remitente. Esta
dirección puede ser la dirección de correo electrónico de un usuario administrador o
una dirección diferente especificada para el envío de notificaciones por correo
electrónico. La dirección de correo electrónico del remitente debe tener el mismo
nombre de dominio que la dirección del servidor de correo electrónico.
} Recipient addresses (Direcciones de destinatarios): Utilice el teclado en pantalla para
introducir las direcciones de correo electrónico de cada destinatario de las
notificaciones. Separe cada dirección de correo electrónico con una coma. Seleccione
Test (Verificar) para enviar un mensaje de correo electrónico de prueba a los
destinatarios de las notificaciones.
} Notify via email when (Notificar por correo electrónico cuando): Seleccione la casilla
de verificación de cada uno de los eventos del experimento que desee que active una
notificación.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
23
MiSeq Operating Software (MOS)
Ficha Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico)
Software MiSeqDx
Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
La pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) contiene los controles para la
configuración del sistema, la solución de problemas, la actualización manual del software,
el reinicio o el apagado del software del instrumento.
Figura 15 Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
} System Settings (Configuración del sistema): Permite cambiar la configuración de IP, el
nombre de la máquina o el dominio. Consulte Pantalla System Settings (Configuración del
sistema) en la página 25.
} System Check (Comprobación del sistema): Proporciona soluciones a problemas con el
fin de comprobar el estado operativo de los componentes del instrumento. Consulte
Pantalla System Check (Comprobación del sistema) en la página 26.
} Manual Update (Actualización manual): Permite actualizar manualmente el software
del ordenador del instrumento. Consulte Pantalla Manual Update (Actualización manual)
en la página 27.
} Reboot (Reiniciar): Utilice el comando Reboot (Reiniciar) para reiniciar el software del
sistema. No hay ningún requisito para reiniciar el software como parte del
mantenimiento regular.
} Reboot to Research Mode (Reiniciar al modo de investigación): Utilice este comando
para cambiar el software del sistema al modo de investigación (RUO). En el modo de
investigación, utilice el comando Reboot (Reiniciar) para volver al modo de
diagnóstico.
Se requiere un nivel de acceso de usuario Admin (Administrador) o SuperUser
(Superusuario) para utilizar esta función.
NOTA
Si utiliza MiSeqDx en el modo de investigación, al volver al modo de diagnóstico se le
solicitará llevar a cabo un lavado posterior al experimento.
} Shut Down (Apagar): Utilice el comando Shut Down (Apagar) para apagar el software
de control y Windows en el ordenador del instrumento. Consulte Apagado del
instrumento en la página 64.
24
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Pantalla System Settings (Configuración del sistema)
La configuración del sistema suele definirse cuando el instrumento se instala y se inicia
por primera vez. Si tiene que modificar algún parámetro de la configuración debido a un
cambio de red o de instalación, utilice la función System Settings (Configuración del
sistema).
Para utilizar esta función, se requiere nivel de acceso de usuario administrador.
Figura 16 Configuración del sistema
Póngase en contacto con el administrador de la instalación para informarse acerca de qué
configuración de red especificar.
Cambio de las credenciales del sistema
Modifique el nombre de usuario y la contraseña del sistema en la pantalla System Settings
(Configuración del sistema). Seleccione System Settings (Configuración del sistema) en la
pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) y, a continuación, seleccione Save
and Continue (Guardar y continuar) para pasar a la tercera pantalla de la serie de
pantallas.
Seleccione This account (Esta cuenta). Introduzca el nombre de dominio (Domain\MiSeq1,
por ejemplo) y la contraseña. Seleccione Save and Continue (Guardar y continuar). Las
credenciales de MiSeq Reporter y de BaseSpace también se actualizarán.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
25
MiSeq Operating Software (MOS)
} Minimize to Windows (Minimizar a Windows): Proporciona un acceso rápido al
sistema operativo del instrumento y a cualquier carpeta que se encuentre en el
ordenador del instrumento cuando se ejecute MOS en modo de pantalla completa en
lugar de en modo Windows.
Para utilizar esta función, se requiere nivel de acceso de usuario administrador o de
superusuario.
Software MiSeqDx
Figura 17 Configuración del sistema
Pantalla System Check (Comprobación del sistema)
System Check (Comprobación del sistema) es una pantalla que, normalmente, se utiliza
para ponerse en contacto con un representante del servicio de asistencia técnica de
Illumina durante una sesión de Live Help. No es necesario utilizar esta función durante el
funcionamiento normal ni para el mantenimiento del instrumento.
Algunas comprobaciones del sistema pueden realizarse antes de ponerse en contacto con el
servicio de asistencia técnica de Illumina, como la prueba de volumen. Una prueba de
volumen comprueba el estado del sistema de fluídica calculando el volumen de flujo a
medida que las burbujas pasan por los sensores. Para obtener más información, consulte
Realización de una prueba de volumen en la página 72.
Una vez finalizada la comprobación del sistema, los resultados de la prueba aparecerán en
la pantalla:
} Seleccione Show Details (Mostrar detalles) para ver un resumen de los resultados en la
interfaz del software.
} Seleccione Export Results (Exportar resultados) para exportar los resultados en formato
*.csv en una unidad USB.
Figura 18 Opciones de System Check (Comprobación del sistema)
26
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La función Manual Update (Actualización manual) se utiliza para actualizar el software de
control del instrumento y el software de análisis. Esta función no está disponible para
MiSeqDx. Todas las actualizaciones de software las realiza el personal de Illumina para
garantizar una configuración adecuada del sistema.
Pantallas de configuración del experimento
Tras seleccionar Sequence (Secuenciar) en la pantalla Welcome (Bienvenida), se abrirá una
serie de pantallas de configuración del experimento en el siguiente orden: Load Flow Cell
(Cargar celda de flujo), Load Reagents (Cargar reactivos), Review (Revisar) y Pre-Run
Check (Comprobación previa al experimento).
Pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo)
La pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo) aparece en el momento de cargar la
celda de flujo. Una vez cargada la celda de flujo, cierre la puerta del compartimento de la
celda de flujo y su cierre. El cierre y la puerta del compartimento deben estar cerrados antes
de iniciar el experimento.
Figura 19 Pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo)
Cuando la celda de flujo está cargada, el software lee y registra la RFID. Aparecerá una
confirmación de que la RFID se ha leído correctamente en la esquina inferior derecha de la
pantalla.
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de
identificación. Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes
con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo, Solución SBS de MiSeqDx [PR2])
sufra un error en un experimento. Para obtener más información, consulte Resolución del
error de lectura de RFID en la página 68.
Seleccione el icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla. El archivo de
ayuda contiene un vídeo que ilustra los pasos de carga de la celda de flujo.
Pantalla Load Reagents (Cargar reactivos)
La pantalla Load Reagents (Cargar reactivos) consta de dos pasos. En primer lugar, cargue
la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y la botella de residuos vacía y, a
continuación, cargue el cartucho de reactivo. Tras cargar la botella de Solución SBS de
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
27
MiSeq Operating Software (MOS)
Pantalla Manual Update (Actualización manual)
Software MiSeqDx
MiSeqDx [PR2] y el cartucho de reactivo, el software lee y registra la RFID. Aparecerá una
confirmación de que la RFID se ha leído correctamente en la esquina inferior derecha de la
pantalla.
Figura 20 Carga de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y la botella de residuos
Figura 21 Carga del cartucho de reactivo
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de
identificación. Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes
con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y Solución SBS de MiSeqDx
[PR2]) dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener más información,
consulte Resolución del error de lectura de RFID en la página 68.
NOTA
Cuando realice un experimento de diagnóstico in vitro, utilice solamente componentes del kit
de reactivos para diagnóstico.
Seleccione el icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla. El archivo de
ayuda contiene un vídeo que ilustra los pasos para la carga del cartucho de reactivo y la
carga de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2].
28
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Todos los experimentos deben disponer de una hoja de muestras. El software buscará de
forma predeterminada un archivo de hoja de muestras cuyo nombre coincida con el
número del código de barras del cartucho de reactivo cargado en el instrumento. Si no es
posible encontrar una hoja de muestras, se abre una ventana para localizar la hoja de
muestras.
Para evitar que el software realice búsquedas sin resultados, utilice el comando Change
Sample Sheet (Cambiar la hoja de muestras) de la pantalla Load Reagents (Cargar
reactivos) para dirigir al software a la hoja de muestras apropiada.
Pantalla Review (Revisar)
La pantalla Review (Revisar) confirma que el software ha encontrado la hoja de muestras
para el experimento e indica su nombre y los parámetros que aparecen en la hoja de
muestras.
Figura 22 Pantalla Review (Revisar)
Change Folders (Cambiar carpetas)
En la esquina inferior izquierda de la pantalla Review (Revisar), aparecen las ubicaciones
actuales de las carpetas que contienen las fórmulas, las hojas de muestras, los manifiestos
y los resultados. Para cambiar la ubicación de las carpetas, seleccione Change Folders
(Cambiar carpetas) y vaya a la ubicación deseada. Si utiliza esta opción de la pantalla
Review (Revisar), se cambiarán solo las ubicaciones de las carpetas del experimento actual.
No se encuentra la hoja de muestras
Si no se ha especificado ninguna hoja de muestras en la pantalla Load Reagents (Cargar
reactivos) y el software no puede encontrar una, vaya a la hoja de muestras asociada al
experimento. Después de localizar la hoja de muestras, seleccione Restart Check (Reiniciar
comprobación).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
29
MiSeq Operating Software (MOS)
Cambio de la hoja de muestras
Software MiSeqDx
Figura 23 No se encuentra la hoja de muestras
Pantalla Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento)
El software realiza automáticamente una comprobación previa al experimento de las
condiciones y los componentes necesarios del experimento antes de comenzar. Si se
produce algún error durante esta comprobación previa, aparecerá un mensaje en la
pantalla en el que se describirá el error y qué medida hay que adoptar para corregirlo.
Para obtener más información, consulte Resolución de errores de configuración del experimento
en la página 67.
Figura 24 Pantalla Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento)
Cuando la comprobación previa al experimento se realice correctamente, el botón Start Run
(Iniciar experimento) se activará.
Pantalla Sequencing (Secuenciación)
La pantalla Sequencing (Secuenciación) se abre cuando empieza el experimento. Esta
pantalla proporciona una representación visual del experimento en curso, incluidas las
intensidades y las puntuaciones de calidad (puntuaciones Q).
30
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
} Run Progress (Progreso del experimento): Muestra el progreso del experimento en una
barra de estado y recoge el número de ciclos finalizados.
} Intensity (Intensidad): Muestra el valor de las intensidades de grupos del percentil 90
para cada placa.
El gráfico del área Intensity (Intensidad) representa el número de placas que se están
digitalizando.
} Q-Score All Cycles (Puntuaciones Q de todos los ciclos): Muestra el porcentaje medio
de bases superiores a Q30, que se trata de un indicador de la puntuación de calidad
(puntuación Q). La puntuación Q es una predicción de la probabilidad de que se
produzca una llamada de bases incorrecta. Las puntuaciones Q se calculan tras el
ciclo 25.
Puntuación
Q
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilidad de llamada de bases
incorrecta
1 entre 10 000
1 entre 1000
1 entre 100
1 entre 10
} Cluster Density (K/mm²) (Densidad de grupos [K/mm²]): Muestra el número de grupos
por milímetro cuadrado para el experimento. Lo idóneo sería esperar una densidad de
grupos de 800 K/mm².
} Clusters Passing Filter (%) (Grupos que superan el filtro [%]): Muestra el porcentaje de
grupos que superan el filtro basado en el filtro de castidad de Illumina, que mide la
calidad. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.
NOTA
La castidad de una llamada de bases es la proporción de la intensidad de la señal más alta
dividida entre la suma de las dos señales más altas. Si existe más de una llamada de bases
con un valor de castidad inferior a 0,6 en los primeros 25 ciclos, las lecturas no superan el
filtro de calidad.
} Estimated Yield (Mb) (Rendimiento estimado [Mb]): Muestra el número proyectado de
bases llamadas del experimento en megabases. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
31
MiSeq Operating Software (MOS)
Figura 25 Pantalla Sequencing (Secuenciación)
Software MiSeqDx
Generación de plantillas
El análisis en tiempo real (RTA) utiliza los cuatro primeros ciclos del experimento de
secuenciación para la generación de plantillas. La generación de plantillas es el proceso en
el que se definen las posiciones de los grupos de toda la superficie de la celda de flujo de
acuerdo con las coordenadas X e Y.
Una vez generada la plantilla de las posiciones de los grupos, las imágenes generadas de
cada ciclo de adquisición de imágenes posterior se alinean con la plantilla. Se extraen las
intensidades de grupos individuales de los cuatro canales de color de nucleótidos y se
producen llamadas de bases desde las intensidades de grupos normalizadas.
Carpetas del experimento
Cada experimento de MiSeqDx genera tres carpetas de experimento, cada una con una
finalidad concreta:
} D:\Illumina\MiSeqTemp: Cuando el experimento comienza, la carpeta temporal del
experimento se copia en la unidad local del ordenador del instrumento y se utiliza
como área de trabajo para MOS y RTA. No es necesario acceder a la carpeta temporal.
El contenido de esta carpeta se elimina tras siete días.
} D:\Illumina\MiSeqOutput: RTA copia archivos de la carpeta temporal a la carpeta de
resultados. A medida que se generan los archivos del análisis principal, RTA vuelve a
copiar los archivos en la carpeta temporal y llena la carpeta de análisis. Las imágenes
de enfoque y en miniatura no se copian en la carpeta de análisis.
Se puede cambiar la ubicación de la carpeta de resultados en el campo Output Folder
(Carpeta de resultados) de la pantalla Run Options (Opciones de experimento). Para
obtener más información, consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la
página 21.
} D:\Illumina\MiSeqAnalysis: Cuando haya finalizado el análisis primario, MiSeq
Reporter accederá a la carpeta de análisis de la unidad local del instrumento para
iniciar el análisis secundario. Todos los archivos copiados en la carpeta de análisis se
copian en la carpeta de resultados. Para obtener más información, consulte la Guía de
referencia del software MiSeq Reporter (n.º de referencia 15038356_ESP).
Asignación de nombres a la carpeta raíz
El nombre de la carpeta raíz del experimento incluye la fecha del experimento, el número
del instrumento y la celda de flujo utilizada para el experimento. Las carpetas de los
experimentos tienen el mismo nombre de carpeta raíz en todos los experimentos.
De forma predeterminada, el nombre de la carpeta utiliza este formato:
AAMMDD_<número_instrumento>_<número_experimento>_A<códigobarras_célula_
flujo>
El número del experimento aumenta en incrementos de uno cada vez que se realiza un
experimento en un instrumento determinado.
32
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La duración del experimento depende del número de ciclos que se lleven a cabo. MiSeqDx
puede realizar un experimento de secuenciación "paired-end" de hasta 2 x 151 ciclos.
Número de ciclos de una lectura
El número de ciclos realizados en una lectura es un ciclo más que el número de ciclos
analizados. El ciclo adicional resulta necesario para los cálculos de hebra retrasada y hebra
adelantada.
Por ejemplo, un experimento de 150 ciclos "paired-end" realiza dos lecturas de 151 ciclos
(2 x 151) para un total de 302 ciclos. Al final del experimento, se habrán analizado 2 x 150
ciclos.
Espacio necesario en disco
El ordenador integrado del instrumento ofrece una capacidad de almacenamiento
aproximada de 550 GB.
Antes de iniciar un experimento, el software comprueba el espacio disponible en el disco.
Si no hay suficiente espacio libre en el disco para el experimento, aparecerá un mensaje del
software. Dicho mensaje informará de cuánto espacio en disco es necesario para el
experimento y cuánto espacio en disco es preciso liberar para poder continuar el
experimento.
Si se le indica que libere espacio en disco, vaya a la pantalla Welcome (Bienvenida) y
seleccione Manage Files (Administrar archivos). En la pantalla Manage Files (Administrar
archivos), seleccione la ficha Runs (Experimentos). Mueva o elimine las carpetas de
experimentos anteriores como proceda. Para obtener más información, consulte Pantalla
Manage Files (Administrar archivos) en la página 19. Después de liberar el espacio en disco
necesario, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
Pausa o detención de un experimento
MiSeqDx está diseñado para realizar un experimento de principio a fin sin necesidad de
que intervenga el usuario. No obstante, se puede pausar o detener un experimento en la
pantalla Sequencing (Secuenciación).
Pausa de un experimento
Se puede poner en pausa un experimento durante la secuenciación si es necesario (por
ejemplo, para vaciar la botella de residuos o comprobar el volumen restante en la botella
de Solución SBS de MiSeqDx [PR2]) y, después, reiniciarlo para continuar con la
secuenciación.
PRECAUCIÓN
No pause un experimento durante la generación de grupos o en los primeros cinco
ciclos de la secuenciación. No es posible reanudar un experimento puesto en pausa en
ese momento.
Para pausar un experimento en la pantalla Sequencing (Secuenciación), seleccione Pause
(Pausar). El comando actual finaliza. Tras ello, se pausa el experimento, la celda de flujo
cambia a un estado seguro y el botón cambia a Resume (Reanudar). En este momento
puede vaciar la botella de residuos, por ejemplo. Seleccione Resume (Reanudar) para
continuar con el experimento.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
33
MiSeq Operating Software (MOS)
Duración del experimento
Software MiSeqDx
Figura 26 Pantalla Sequence (Secuenciar) de un experimento pausado
Detención de un experimento
En caso necesario, se puede detener un experimento durante la secuenciación (por ejemplo,
si el experimento se configuró incorrectamente, si la calidad de los datos es deficiente o si
se produce un error en el hardware).
Para detener un experimento en la pantalla Sequencing (Secuenciación), seleccione Stop
(Detener). Cuando se detiene un experimento, el comando actual no se realiza y la platina
de la celda de flujo se mueve hacia delante. El análisis principal continúa en el último ciclo
finalizado.
Figura 27 Detención de un experimento
La detención de un experimento es definitiva. No es posible reanudar un experimento tras
detenerlo. La única opción disponible es realizar un lavado del instrumento.
Live Help
MiSeqDx debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active la opción
Live Help. La función Live Help es una herramienta de asistencia en línea que permite a
un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina visualizar su pantalla de
MiSeqDx con su permiso y compartir el control del instrumento. Usted tendrá el control
principal y podrá cerrar la sesión de uso compartido de la pantalla en cualquier momento.
34
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Figura 28 Menú Help (Ayuda)
Para activar una conexión, solicite un código único de acceso al servicio de asistencia
técnica de Illumina, introduzca dicho código en la pantalla de Live Help y, a continuación,
seleccione Next (Siguiente).
Figura 29 Pantalla de Live Help
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
35
MiSeq Operating Software (MOS)
Puede acceder a Live Help desde el icono de ayuda de la pantalla Welcome (Bienvenida).
Software MiSeqDx
Análisis en tiempo real (RTA)
El software de análisis principal integrado, Análisis en tiempo real (RTA), realizará
análisis de imágenes y llamadas de base, y asignará una puntuación de calidad a cada
base de cada ciclo. Las imágenes se almacenan temporalmente en la carpeta del
experimento para su procesamiento con RTA y, a continuación, se eliminan
automáticamente cuando el análisis de RTA finaliza.
36
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
MiSeq Reporter es el software de análisis secundario de MiSeqDx que procesa las llamadas
de bases generadas durante el análisis principal y proporciona información sobre cada
muestra en función de la información especificada en la hoja de muestras. Para obtener
más información, consulte la Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º de referencia
15038356_ESP).
Secuenciación durante el análisis
Los recursos informáticos del instrumento MiSeqDx se han concebido para secuenciar o
analizar. Si se inicia un nuevo experimento de secuenciación en MiSeqDx antes de que
finalice el análisis secundario de un experimento anterior, aparece un cuadro de diálogo de
confirmación. Tras confirmar el experimento de secuenciación, se detiene el análisis
secundario.
Para reiniciar el análisis secundario, utilice la función Requeue (Volver a poner en cola) de
la interfaz de MiSeq Reporter después de finalizar el nuevo experimento de secuenciación.
En ese punto, el análisis secundario comienza desde el principio.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
37
MiSeq Reporter
MiSeq Reporter
[Página en blanco intencionadamente]
38
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Capítulo 3 Realización de un experimento
Introducción
Flujo de trabajo del MiSeqDx
Preparación del cartucho de reactivo
Inicio de sesión y seguimiento de solicitudes de secuenciación
Limpieza de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Carga de reactivos
Inicio del experimento
Supervisión del experimento
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
40
41
43
44
45
47
49
52
53
39
Capítulo 3
Realización de un experimento
Realización de un experimento
Introducción
Para realizar un experimento en MiSeqDx, siga los pasos de configuración descritos en este
capítulo. Una vez iniciado el experimento, el usuario no tendrá que intervenir más.
Cuando haya finalizado el experimento de secuenciación, realice un lavado del
instrumento.
40
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Asegúrese de que las bibliotecas de muestras ya estén cargadas en el cartucho de reactivo
antes de configurar el experimento. Se deben seguir estos pasos con todos los protocolos de
ensayos.
Prepare el cartucho de reactivo y, a continuación, cargue la
biblioteca agrupada en el depósito designado.
En la interfaz de software, seleccione Sequence
(Secuenciar) para iniciar los pasos de configuración del
experimento.
Lave y seque completamente la celda de flujo.
Siga las indicaciones del software para cargar la celda de
flujo.
Siga las indicaciones del software para cargar la botella de
Solución SBS de MiSeqDx [PR2]. Asegúrese de que la
botella de residuos esté vacía, cargue el cartucho de
reactivo y seleccione una hoja de muestras.
Revise los parámetros del experimento y los resultados de
comprobación anteriores al experimento.
Seleccione Start Run (Iniciar experimento).
Si lo desea, supervise el experimento en la pantalla
Sequencing (Secuenciación).
Generación de grupos
Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de ADN se unen a la superficie de
la celda de flujo y, a continuación, se amplifican por puente para formar grupos.
Secuenciación
Después de la generación de grupos, estos se digitalizan con combinaciones de LED y
filtros específicos de cada uno de los cuatro dideoxinucleótidos marcados con tinta
luminiscente. Después de finalizar la adquisición de imágenes de una de las placas de la
celda de flujo, la celda de flujo se mueve a su sitio para exponer la siguiente placa.
El proceso se repite hasta que se digitalizan todas las placas. Después del análisis de
imágenes, el software realiza un análisis principal, que incluye las llamadas de bases, el
filtrado y la puntuación de calidad.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
41
Flujo de trabajo del MiSeqDx
Flujo de trabajo del MiSeqDx
Realización de un experimento
Análisis
Una vez completado el experimento, se inicia automáticamente el software de análisis
MiSeq Reporter para llevar a cabo el análisis secundario. Se puede supervisar el análisis
secundario con una conexión a Internet desde otro ordenador. Consulte la Guía de referencia
del software MiSeq Reporter (n.º de referencia 15038356_ESP).
42
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Las instrucciones siguientes describen cómo descongelar el cartucho de reactivo con un
baño de agua a temperatura ambiente. Este método conlleva aproximadamente una hora.
1
Extraiga el cartucho de reactivo almacenado a una temperatura de entre
-25 °C y -15 °C.
2
Sumerja el cartucho de reactivo en un baño de agua con suficiente agua desionizada a
temperatura ambiente como para sumergir la base del cartucho de reactivo hasta la
línea de agua impresa en este. Tenga en cuenta que el agua no debe sobrepasar la línea
de nivel máximo de agua.
Figura 30 Línea de nivel máximo de agua
3
Descongele el cartucho de reactivo en el baño de agua a temperatura ambiente durante
aproximadamente una hora o hasta que se haya descongelado.
4
Saque el cartucho del baño de agua y dé unos suaves toques en la mesa para que el
agua salga de la base del cartucho. Seque la base del cartucho. Asegúrese de que no
haya salpicaduras de agua en la parte superior del cartucho de reactivo.
Inspección del cartucho de reactivo
1
Invierta el cartucho de reactivo diez veces para mezclar los reactivos descongelados y,
a continuación, compruebe visualmente que todas las posiciones estén descongeladas.
NOTA
Es esencial que los reactivos del cartucho estén completamente descongelados y
mezclados para garantizar una correcta secuenciación.
2
Inspeccione visualmente los reactivos de las posiciones 1, 2 y 4 para asegurarse de que
se han mezclado completamente y no presentan precipitados.
3
Golpee suavemente el cartucho en la mesa para reducir las burbujas de aire en los
reactivos.
NOTA
Los tubos del dispensador de MiSeqDx acceden al fondo de cada depósito para aspirar
los reactivos, de modo que resulta importante que estos no presenten burbujas de aire.
4
Coloque el cartucho de reactivo en hielo o almacénelo a una temperatura de entre 2 °C
y 8 °C (hasta seis horas) hasta que esté listo para configurar el experimento. Para
obtener unos resultados óptimos, proceda directamente con la carga de la muestra y la
configuración del experimento.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
43
Preparación del cartucho de reactivo
Preparación del cartucho de reactivo
Realización de un experimento
Carga de bibliotecas de muestras en cartuchos
Después de preparar el cartucho de reactivo de MiSeqDx para su uso, estará listo para
cargar las muestras.
1
Utilice una punta de pipeta de 1 ml independiente, limpia y vacía para perforar el sello
metálico situado sobre el depósito del cartucho de reactivo etiquetado como Load
Samples (Carga de muestras).
NOTA
No perfore ninguna otra posición de reactivo. Las demás posiciones de reactivo se
perforan automáticamente durante el experimento.
2
Pipetee 600 µl de las bibliotecas de muestra de DAL en el depósito de Load Samples
(Cargas de muestras). Proceda con cuidado para evitar tocar el sello metálico al
dispensar la muestra.
Compruebe la presencia de burbujas de aire en el depósito después de la carga de la
muestra. Si hay burbujas de aire, golpee suavemente el cartucho contra el banco de
trabajo para eliminar las burbujas.
Figura 31 Carga de bibliotecas
3
Continúe directamente con los pasos de configuración del experimento mediante el uso
de la interfaz de MiSeq Operating Software (MOS).
Inicio de sesión y seguimiento de solicitudes de
secuenciación
44
1
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Sequence (Secuenciar).
2
Si se abre la pantalla de inicio de sesión, introduzca los credenciales de usuario
adecuadas y, a continuación, seleccione Next (Siguiente). Vuelve a seleccionar
Sequence (Secuenciar) después de iniciar sesión.
3
Siga las indicaciones para cargar la celda de flujo y los reactivos, y configurar el
experimento (se describe en las siguientes secciones).
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La celda de flujo está sumergida en tampón de almacenamiento en un contenedor de
celdas de flujo.
1
Utilice un nuevo par de guantes sin polvo.
2
Utilice unas pinzas de plástico para agarrar la celda de flujo por la base del cartucho
de plástico y extráigala del contenedor de celdas de flujo.
Figura 32 Extracción de la celda de flujo
3
Enjuague ligeramente la celda de flujo con agua sin ARNasa ni ADNasa y asegúrese
de que tanto el cartucho de plástico como el de cristal se enjuaguen completamente
para eliminar el exceso de sales. El exceso de sales puede afectar a la colocación de la
celda de flujo en el instrumento. Si las sales se secan en el área de adquisición de
imágenes, esta también se verá afectada.
Figura 33 Enjuague de la celda de flujo
4
Seque bien la celda de flujo y el cartucho con una toallita limpialentes sin pelusa, y
tenga especial cuidado alrededor de la junta del puerto de la celda de flujo negra
(marcada en naranja en la ilustración siguiente). Seque con suaves golpecitos la zona
de las juntas y el cristal adyacente.
Figura 34 Junta y puertos de la celda de flujo
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
45
Limpieza de la celda de flujo
Limpieza de la celda de flujo
Realización de un experimento
5
Con un paño humedecido en alcohol, limpie el cristal de la celda de flujo. Asegúrese de
que en el cristal no haya pelusas, fibras de tejido, huellas u otras marcas. Evite usar el
paño humedecido en alcohol en la junta del puerto de la celda de flujo.
Figura 35 Secado de la celda de flujo
6
46
Seque el exceso de alcohol con una toallita limpialentes sin pelusa. Inspeccione
visualmente la zona para asegurarse de que los puertos de la celda de flujo no estén
obstruidos y de que las juntas estén bien asentadas alrededor de los puertos de la celda
de flujo.
Si las juntas parecen estar desplazadas, vuelva a apretarlas para colocarlas en su sitio
con cuidado hasta que queden perfectamente asentadas alrededor de los puertos de la
celda de flujo.
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
1
Levante la puerta del compartimento de la celda de flujo y, a continuación, pulse el
botón de apertura situado a la derecha del cierre de la celda de flujo. Se abrirá el cierre
de la celda de flujo.
Figura 36 Apertura del cierre de la celda de flujo
2
Inspeccione visualmente la platina de la celda de flujo para asegurarse de que no
presente pelusas. Si hubiera pelusa o cualquier otro desecho, limpie la platina de la
celda de flujo con un paño humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa
humedecida en etanol o isopropanol. Limpie con cuidado la superficie de la platina de
la celda de flujo hasta que esté totalmente limpia y seca.
3
Coloque la celda de flujo en la platina sosteniéndola por los bordes del cartucho de la
celda de flujo.
Figura 37 Colocación de la celda de flujo en la platina
4
Pulse suavemente el cierre de la celda de flujo para cerrarlo sobre la celda de flujo.
NOTA
Al cerrarse la celda de flujo, dos pasadores de alineación situados cerca de la bisagra del
cierre de la celda de flujo alinearán y posicionarán correctamente la celda de flujo. Sonará
un clic que indica que el cierre de la celda de flujo está en posición segura.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
47
Carga de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Realización de un experimento
Figura 38 Cierre de la celda de flujo
5
Compruebe la esquina inferior izquierda de la pantalla para confirmar que la RFID de
la celda de flujo se ha leído correctamente.
NOTA
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de
identificación. Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes
con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y Solución SBS de MiSeqDx [PR2])
dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener más información, consulte
Resolución del error de lectura de RFID en la página 68.
48
6
Cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo.
7
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo). Se
abrirá la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La carga de reactivos consta de dos pasos. Primero, cargue la botella de Solución SBS de
MiSeqDx [PR2] y asegúrese de que la botella de residuos esté vacía; a continuación, cargue
el cartucho de reactivo.
Carga de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y comprobación de la botella de
residuos
1
Retire la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] del almacenamiento a una
temperatura de entre 2 °C y 8 °C. Invierta cuidadosamente la botella de Solución SBS
de MiSeqDx [PR2] para mezclarla y, a continuación, retire la tapa.
2
Abra la puerta del compartimento de reactivos.
3
Levante el mango del dispensador hasta que quede fijado en su sitio.
4
Coloque la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] en la muesca de la derecha del
refrigerador de reactivos.
Figura 39 Carga de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2]
5
Asegúrese de que la botella de residuos esté vacía. Si no lo está, vacíe el contenido en el
contenedor de residuos adecuado.
6
Baje lentamente el mango del dispensador. Asegúrese de que los dispensadores se
introduzcan en las botellas de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y de residuos.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
49
Carga de reactivos
Carga de reactivos
Realización de un experimento
Figura 40 Bajada del mango del dispensador
7
Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla que la RFID de la botella de
Solución SBS de MiSeqDx [PR2] se haya leído correctamente.
NOTA
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de
identificación. Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres
componentes con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y Solución SBS
de MiSeqDx [PR2]) dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener más
información, consulte Resolución del error de lectura de RFID en la página 68.
8
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
Carga del cartucho de reactivo
NOTA
No deje la puerta del refrigerador de reactivos abierta durante largos períodos de tiempo.
1
Abra la puerta del refrigerador de reactivos.
2
Sujete el cartucho de reactivo por el extremo que tiene la etiqueta de Illumina e
introdúzcalo en el refrigerador de reactivos hasta que el cartucho se detenga.
Figura 41 Carga del cartucho de reactivo
50
3
Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
4
Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla si la RFID del cartucho de
reactivo se ha leído correctamente.
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
5
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
6
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos). Se abrirá la
pantalla Review (Revisar).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
51
Carga de reactivos
NOTA
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de
identificación. Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes
con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y Solución SBS de MiSeqDx [PR2])
dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener más información, consulte
Resolución del error de lectura de RFID en la página 68.
Realización de un experimento
Inicio del experimento
Tras cargar la celda de flujo y los reactivos, revise los parámetros del experimento y realice
una comprobación previa al experimento antes de iniciarlo.
Revisión de parámetros del experimento
1
Revise Worklist Name (Nombre de la lista de trabajo), Analysis Workflow (Flujo de
trabajo de análisis) y Read Length (Longitud de lectura). Estos parámetros se
especifican en la hoja de muestras.
2
Revise las ubicaciones de las carpetas en la esquina inferior izquierda.
Si es necesario realizar algún cambio, seleccione Change Folders (Cambiar carpetas).
Una vez realizados los cambios, seleccione Save (Guardar) y, a continuación, Next
(Siguiente).
3
Seleccione Next (Siguiente). Se abrirá la pantalla Pre-Run Check (Comprobación previa
al experimento).
Revisión de la comprobación previa al experimento
El sistema lleva a cabo una comprobación de todos los componentes del experimento, del
espacio en el disco y de las conexiones de red antes de iniciar el experimento.
Si algún elemento no supera la comprobación previa al experimento, aparecerá un mensaje
en pantalla con instrucciones sobre cómo corregir el error. Para obtener más información,
consulte Resolución de errores de configuración del experimento en la página 67.
Cuando todos los elementos hayan superado con éxito la comprobación previa al
experimento, seleccione Start Run (Iniciar experimento).
Nota importante antes de iniciar el experimento
ADVERTENCIA
MiSeqDx es sensible a las vibraciones. Si toca el instrumento después de iniciar un
experimento, el resultado de la secuenciación se puede ver perjudicado.
Después de seleccionar Start Run (Iniciar experimento), no abra las puertas del
compartimento de reactivos ni el compartimento de la celda de flujo. Evite, asimismo, tocar
el monitor del instrumento salvo si tiene que pausar el experimento. Para obtener más
información, consulte Pausa de un experimento en la página 33.
52
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
1
Durante el experimento, supervise el progreso, las intensidades y las puntuaciones de
calidad en la pantalla Sequencing (Secuenciación). La pantalla Sequencing
(Secuenciación) solo puede visualizarse. Para obtener más información, consulte
Pantalla Sequencing (Secuenciación) en la página 30.
Figura 42 Pantalla Sequencing (Secuenciación)
2
Cuando el experimento haya finalizado, aparecerá el botón Next (Siguiente). Revise los
resultados en la pantalla Sequencing (Secuenciación) antes de continuar.
NOTA
La pantalla Sequencing (Secuenciación) permanecerá visible hasta que seleccione Next
(Siguiente). Tras seleccionar Next (Siguiente), no es posible volver a la pantalla
Sequencing (Secuenciación).
3
Seleccione Next (Siguiente) para salir de la pantalla Sequencing (Secuenciación) y
proceda con un lavado posterior al experimento.
Métricas del experimento
Las métricas del experimento aparecen en la pantalla Sequencing (Secuenciación) en
diferentes puntos de un experimento. Durante los pasos de generación de grupos, no se
mostrarán las métricas. Cuando empiece la secuenciación, las métricas siguientes
aparecerán en los ciclos indicados:
Ciclo
Ciclo 1-4
Ciclo 4–25
Desde el ciclo 25 hasta que finalice el
experimento
Criterio de medición
Intensidad
Intensidad y densidad de grupos
Intensidad, densidad de grupos, % de PF, rendimiento
y puntuaciones Q
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
53
Supervisión del experimento
Supervisión del experimento
[Página en blanco intencionadamente]
54
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Capítulo 4 Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado en modo en espera
Apagado del instrumento
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
Capítulo 4
Procedimientos de
mantenimiento
56
57
59
62
64
55
Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Realice siempre un lavado del instrumento cuando finalice el experimento de
secuenciación.
El lavado regular del instrumento garantiza un rendimiento continuo de la siguiente
manera:
} Limpia el reactivo restante de los dispensadores y los conductos de fluídica.
} Evita la acumulación y cristalización de sales en los dispensadores y los conductos de
fluídica.
} Evita la contaminación cruzada con el experimento anterior.
Frecuencia del mantenimiento
Lleve a cabo las tareas de mantenimiento descritas en este capítulo en los intervalos que
figuran en las siguientes tablas.
Tabla 1 Mantenimiento durante el funcionamiento normal.
Actividad
Lavado
posterior al
experimento
Diaria
Mensual
Según sea
necesario
Después de cada
experimento
X
Lavado de
mantenimiento
Para preparar
para inactividad
(≥7 días sin usar)
Lavado en
modo en espera
X
Apagado del
instrumento
Tabla 2 Mantenimiento durante inactividad (≥7 días sin usar)
Actividad
Lavado en modo
en espera
Apagado del
instrumento
Diaria
Mensual
Según sea
necesario
X
X
Mantenimiento preventivo
Illumina recomienda llevar a cabo un mantenimiento preventivo por año natural. Si no
dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el gestor de cuentas regional o
con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de
mantenimiento preventivo facturable.
56
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Lleve a cabo siempre un lavado del instrumento después de terminar un experimento de
secuenciación. Siga las indicaciones del software para cargar los componentes del lavado y
realizar dicho lavado. El lavado posterior al experimento dura aproximadamente 20
minutos.
El software no continuará con los pasos de configuración del siguiente experimento si no
se ha realizado un lavado.
NOTA
Deje la celda de flujo usada en el instrumento. Debe haber una celda de flujo cargada en el
instrumento para llevar a cabo un lavado del instrumento.
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.º de catálogo P7949)
} Agua sin ARNasa ni ADNasa
Procedimiento
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
En la pantalla de lavado posterior al experimento, seleccione Start Wash (Iniciar
lavado). El software eleva automáticamente los dispensadores del refrigerador de
reactivos. Espere varios segundos para asegurarse de que los dispensadores estén
completamente elevados antes de continuar.
4
Abra la puerta del compartimento de reactivos y del refrigerador de reactivos, y
extraiga el cartucho de reactivo usado del refrigerador.
5
Deslice la bandeja de lavado para introducirla en el refrigerador de reactivos hasta que
llegue al tope y, seguidamente, cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
6
Levante el mango del dispensador situado delante de la botella de Solución SBS de
MiSeqDx [PR2] y de la botella de residuos hasta que quede fijado en su sitio.
7
Extraiga la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y sustitúyala por la botella de
lavado.
NOTA
Deseche la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] después de cada experimento. No
reutilice la Solución SBS de MiSeqDx [PR2] restante.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
57
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Procedimientos de mantenimiento
8
Retire la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
ADVERTENCIA
Este conjunto de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una
toxina reproductiva probable. Evite su inhalación o ingestión, o el contacto con la
piel o los ojos, pues podrían producirse lesiones. Deseche los contenedores y el
contenido no utilizado de acuerdo con las normativas de seguridad oficiales de su
zona. Para obtener más información, consulte la hoja de datos de seguridad de este kit
en support.illumina.com/sds.html.
9
Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores se
introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
10 Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
11 Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado posterior al experimento.
Cuando haya terminado el lavado, deje la celda de flujo utilizada, la bandeja de lavado y
la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en la posición bajada, lo que es normal. Deje la solución de
lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los
dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
58
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Realice un lavado de mantenimiento cada 30 días para garantizar un rendimiento óptimo.
El lavado de mantenimiento incluye una serie de tres pasos de lavado con una solución de
lavado de agua sin ARNasa ni ADNasa mezclada con Tween 20. Espere aproximadamente
90 minutos a que finalice el lavado.
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.º de catálogo P7949)
} Agua sin ARNasa ni ADNasa
Procedimiento
1
Asegúrese de que haya una celda de flujo usada cargada en el instrumento.
2
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Perform Wash (Realizar lavado).
3
En la pantalla Perform Wash (Realizar lavado), seleccione Maintenance Wash (Lavado
de mantenimiento). El software eleva automáticamente los dispensadores del
refrigerador de reactivos.
Realización del primer lavado
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento:
a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y deslice la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizados hacia
fuera del refrigerador.
b Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
c Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de Solución SBS de
MiSeqDx [PR2] y la botella de residuos hasta que quede fijado en su sitio y
sustituya la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] por la botella de lavado.
NOTA
Deseche la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] después de cada experimento.
No reutilice la Solución SBS de MiSeqDx [PR2] restante.
d
Retire la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
59
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado de mantenimiento
Procedimientos de mantenimiento
e
f
4
Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores se
introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el primer lavado.
Realización del segundo lavado
NOTA
Utilice siempre solución de lavado nueva para cada paso de lavado. La reutilización de la
solución de lavado del lavado anterior puede devolver residuos a los conductos de fluídica.
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el primer lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado, y deseche la solución de lavado restante.
3
Rellene los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado de la siguiente forma:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador. Asegúrese
de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el segundo lavado.
Realización del lavado final
60
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el segundo lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado, y deseche la solución de lavado restante.
3
Rellene los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado de la siguiente forma:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador. Asegúrese
de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado final.
Después del lavado
Cuando haya terminado el lavado, deje la celda de flujo utilizada, la bandeja de lavado y
la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en la posición bajada, lo que es normal. Deje la solución de
lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los
dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
61
Realización de un lavado de mantenimiento
4
Procedimientos de mantenimiento
Realización de un lavado en modo en espera
Si no tiene pensado utilizar el instrumento en los próximos siete días, prepárelo para que
permanezca inactivo realizando un lavado en modo en espera. Un lavado en modo en
espera realiza dos lavados consecutivos que irrigan cada posición para limpiar cualquier
residuo de reactivos o acumulación de sal. Cada lavado tarda, aproximadamente,
60 minutos. Espere alrededor de 2 horas para que el lavado en modo en espera finalice.
Cuando el lavado en modo en espera haya finalizado, el instrumento estará en modo en
espera y aparecerá un mensaje en la pantalla Welcome (Bienvenida) en el que se indica el
estado del instrumento. Cuando el instrumento está en modo en espera, se debe realizar un
lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciación.
NOTA
Illumina recomienda repetir el lavado en modo en espera cada 30 días de inactividad del
instrumento.
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.º de catálogo P7949)
} Agua sin ARNasa ni ADNasa
Procedimiento
1
Asegúrese de que haya una celda de flujo usada cargada en el instrumento.
2
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Perform Wash (Realizar lavado).
3
En la pantalla Wash Options (Opciones de lavado), seleccione Standby Wash (Lavado
en modo en espera). El software eleva automáticamente los dispensadores del
refrigerador de reactivos.
Realización del primer lavado
62
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento:
a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y deslice la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizados hacia
fuera del refrigerador.
b Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de Solución SBS de
MiSeqDx [PR2] y la botella de residuos hasta que quede fijado en su sitio y
sustituya la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] por la botella de lavado.
NOTA
Deseche la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] después de cada experimento.
No reutilice la Solución SBS de MiSeqDx [PR2] restante.
d
e
f
4
Retire la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores se
introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el primer lavado.
Realización del segundo lavado
NOTA
Utilice siempre solución de lavado nueva para cada paso de lavado. La reutilización de la
solución de lavado del lavado anterior puede devolver residuos a los conductos de fluídica.
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua sin ARNasa ni ADNasa
de la siguiente forma:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
Estos volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de
Tween 20 al 0,5 %.
c Invierta varias veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el primer lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado, y deseche la solución de lavado restante.
3
Rellene los componentes de lavado con solución de lavado nueva de Tween 20 al
0,5 % de la siguiente forma:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado de la siguiente forma:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador. Asegúrese
de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el segundo lavado.
Después del lavado
Cuando haya terminado el lavado, deje la celda de flujo utilizada, la bandeja de lavado y
la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en la posición bajada, lo que es normal. Deje la solución de
lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los
dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
63
Realización de un lavado en modo en espera
c
Procedimientos de mantenimiento
Apagado del instrumento
Se recomienda dejar siempre encendido el instrumento. Sin embargo, si se debe apagar el
instrumento, siga este procedimiento para apagar Windows y preparar los conductos de
fluídica.
1
Realice un lavado de mantenimiento. Para obtener más información, consulte
Procedimiento en la página 59.
2
Retire la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
3
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
4
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione Shut Down
(Apagar). Este comando apaga el software.
Figura 43 Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
5
Mueva el interruptor de alimentación a la posición de apagado.
NOTA
Cada vez que se apague el instrumento, espere un mínimo de 60 segundos antes de volver a
poner el interruptor de alimentación en la posición de encendido.
64
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Capítulo 5 Solución de problemas
Introducción
Resolución de errores de configuración del experimento
Resolución del error de lectura de RFID
Prevención de reinicios durante un experimento
Solución de problemas de errores de velocidad de flujo
Realización de una prueba de volumen
Medición de los volúmenes de lavado esperados
Solución de errores de análisis de MiSeq Reporter
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
66
67
68
70
71
72
74
75
65
Capítulo 5
Solución de problemas
Solución de problemas
Introducción
Esta sección describe los pasos de solución de problemas habituales que puede seguir antes
de ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Con la mayoría de
los errores, aparece un mensaje en pantalla con instrucciones para corregir el error.
Para cuestiones técnicas, visite las páginas de asistencia de MiSeqDx en el sitio web de
Illumina para acceder a las preguntas frecuentes. También puede iniciar sesión en su
cuenta de MyIllumina con el fin de acceder a los boletines de asistencia.
Si tiene problemas con la calidad o el rendimiento del experimento, póngase en contacto
con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Para obtener más información, consulte
Asistencia técnica en la página 79.
Es posible que el representante del servicio de asistencia técnica de Illumina le solicite que
proporcione copias de archivos específicos del experimento para solucionar problemas. Los
archivos siguientes se encuentran en el nivel raíz de la carpeta de resultados del
experimento:
} SampleSheet.csv
} RunParameters.xml
} RunInfo.xml
} Carpeta InterOp
66
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Si alguna de las comprobaciones previas al experimento da error, aparecerá un icono rojo
junto al elemento. Aparecerá un mensaje en pantalla que describirá el error y la acción
necesaria para corregirlo.
Error
Flow Rate Measured
(Velocidad de flujo medida)
Free Disk Space (Liberar
espacio en disco)
Network Connection
Active (Conexión de red
activa)
Primary Analysis Ready
(Análisis principal
preparado)
Sample Sheet Present
(Hoja de muestras presente)
Acción
Se abre la pantalla de comprobación de la velocidad de flujo. Utilice la lista
desplegable o el teclado en pantalla para introducir lo siguiente:
• Solution (Solución): PR2
• Volume (Volumen): 250
• Aspirate Rate (Velocidad de aspiración): 2500
• Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2500
Seleccione Pump (Bombear). Si el error continúa, defina el volumen para que
bombee 500 µl de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] y repita el proceso. Una vez
bombeados los fluidos, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
Cuando la comprobación previa al experimento se realice correctamente, el
botón Start Run (Iniciar experimento) se activará.
Si la comprobación del flujo vuelve a dar error, coloque la celda de flujo de
nuevo para asegurarse de que el flujo no se interrumpa debido a una alineación
incorrecta. Compruebe que no haya pelusas ni irregularidades en las juntas de la
celda de flujo.
Si queda poco espacio en el disco, aparecerá un mensaje que indicará la cantidad
de espacio en el disco necesaria. Utilice la función Manage Files (Administrar
archivos) para obtener el espacio necesario en el ordenador del instrumento.
Asegúrese de que el cable de red esté conectado al instrumento.
Si la conexión de red no se restablece, seleccione Reboot (Reiniciar) en la pantalla
Manage Instrument (Administrar instrumento) para reiniciar el software.
Si la conexión sigue sin restablecerse, seleccione Shut Down (Apagar) en la
pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) y, a continuación,
apague el instrumento con el interruptor de alimentación. Espere al menos
60 segundos y, a continuación, encienda el instrumento e inicie el software.
El análisis principal del experimento anterior no ha finalizado. El tiempo
predeterminado para la finalización del análisis principal es 1 hora y aparece una
cuenta atrás en la pantalla. Las opciones son esperar 1 hora o seleccionar la
opción Terminate Analysis (Finalizar análisis). Los ciclos incompletos conllevan
la detención de los análisis secundarios.
Si no se le asigna a la hoja de muestras el ID del cartucho de reactivo como
nombre para el experimento, el instrumento no podrá localizar
automáticamente la hoja de muestras correcta. Vaya a la hoja de muestras del
experimento.
Si se le asigna a la hoja de muestras el ID del cartucho de reactivo como nombre
para el experimento, asegúrese de que la hoja de muestras se encuentre en la
carpeta predeterminada de la hoja de muestras. Compruebe la ubicación de la
carpeta predeterminada en Run Options (Opciones de experimento) de la
pantalla Welcome (Bienvenida).
Asegúrese de que la extensión del archivo de la hoja de muestras sea *.csv.
Si falta la hoja de muestras, cree una y cópiela en las ubicaciones de las hojas de
muestras especificadas en Run Options (Opciones de experimento).
Después de localizar la hoja de muestras, seleccione Restart Check (Reiniciar
comprobación).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
67
Resolución de errores de configuración del experimento
Resolución de errores de configuración del
experimento
Solución de problemas
Resolución del error de lectura de RFID
En
}
}
}
los siguientes casos se producen errores de RFID:
El componente cargado no forma parte de ningún kit de diagnóstico in vitro.
El componente cargado no forma parte del kit que indica la hoja de muestras.
Hay un fallo técnico con la lectura de la etiqueta de RFID del componente.
Los pasos que se indican a continuación pueden servir para solucionar los errores de RFID
que deriven de un fallo técnico.
NOTA
En un experimento de diagnóstico se permite un error de lectura de RFID. Si no se
puede leer la RFID de dos consumibles, el software no puede continuar con el paso
siguiente de la configuración del experimento. Si esto ocurre, póngase en contacto
con el servicio de asistencia técnica de Illumina.
Celda de flujo
1
Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar. Para ello, abra y
cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo.
2
Si la RFID falla una segunda vez, seleccione Get Code (Obtener código).
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para obtener un
código de bypass de RFID temporal. Un código de bypass temporal caduca en siete
días.
3
Introduzca el código de bypass temporal con el teclado en pantalla.
4
Seleccione Next (Siguiente).
5
Introduzca la siguiente información:
} Número del código de barras de la celda de flujo, que se encuentra en la etiqueta del
contenedor de celdas de flujo justo debajo del código de barras
} Número de referencia de la celda de flujo
6
Seleccione Next (Siguiente) para ir a la pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo).
7
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con el paso siguiente de la configuración del
experimento.
Botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2]
1
Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar. Para ello, suba y
baje el mango del dispensador de reactivo.
2
Si la RFID falla una segunda vez, seleccione Get Code (Obtener código).
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para obtener un
código de bypass de RFID temporal. Un código de bypass temporal caduca en siete
días.
3
Introduzca el código de bypass temporal con el teclado en pantalla.
4
Seleccione Next (Siguiente).
5
68
Introduzca la siguiente información:
} Número del código de barras de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2], que se
encuentra en la etiqueta de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2] justo debajo
del código de barras
} Número de referencia de la botella de Solución SBS de MiSeqDx [PR2]
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Seleccione Next (Siguiente) para ir a la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
7
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con el paso siguiente de la configuración del
experimento.
Cartucho de reactivo
1
Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar. Para ello, abra y
cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
2
Si la RFID falla una segunda vez, seleccione Get Code (Obtener código).
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para obtener un
código de bypass de RFID temporal. Un código de bypass temporal caduca en siete
días.
3
Introduzca el código de bypass temporal con el teclado en pantalla.
4
Seleccione Next (Siguiente).
5
Introduzca la siguiente información:
} Número del código de barras del kit de reactivos, que se encuentra en la etiqueta del kit
justo debajo del código de barras
} Número de referencia del kit de reactivos
Figura 44 Introducción de la información sobre reactivos
6
Seleccione Next (Siguiente) para volver a la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
7
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con el paso siguiente de la configuración del
experimento.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
69
Resolución del error de lectura de RFID
6
Solución de problemas
Prevención de reinicios durante un experimento
Si MiSeqDx se reinicia en mitad de un experimento, puede deberse a que el software de
Windows Update de la red se ha configurado para instalar automáticamente
actualizaciones de software. Es posible que este ajuste se haya desactivado durante la
instalación. Póngase en contacto con el departamento de TI local si desea obtener ayuda
para inhabilitar las actualizaciones automáticas del sistema operativo Windows que se
ejecuta en segundo plano en MiSeqDx.
70
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
La velocidad de flujo es la velocidad a la que los fluidos pasan por el sistema de fluídica
(µl/min). Se mide antes de cada experimento durante la comprobación previa. Si el sistema
no puede medir la velocidad de flujo, tendrá que bombear un volumen determinado de
reactivo (Solución SBS de MiSeqDx [PR2]) por el sistema antes de volver a comprobar la
velocidad de flujo.
1
Utilice la lista desplegable o el teclado en pantalla para introducir la información
siguiente:
• Solution (Solución): PR2
• Volume (Volumen): 250 µl
• Aspirate Rate (Velocidad de aspiración): 2500 µl/min
• Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2500 µl/min
2
Seleccione Pump (Bombear).
Figura 45 Medición de la velocidad de flujo
3
Cuando haya finalizado el paso de bombeo, seleccione Restart Check (Reiniciar
comprobación).
4
Si el error continúa, defina el volumen para que bombee 500 µl de Solución SBS de
MiSeqDx [PR2] y repita el proceso una vez más. Si el segundo intento no resuelve el
error, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
71
Solución de problemas de errores de velocidad de flujo
Solución de problemas de errores de velocidad de flujo
Solución de problemas
Realización de una prueba de volumen
Una obstrucción en los conductos de fluídica podría provocar una administración de
reactivos incorrecta y afectar a los resultados de secuenciación. Si sospecha que existe una
obstrucción en los conductos de fluídica, realice una prueba de volumen.
La prueba de volumen comprueba el estado del sistema de fluídica mediante el cálculo del
volumen entre dos burbujas a medida que pasan por los sensores. Para realizar una
prueba de volumen, se debe cargar la bandeja de lavado y la botella de lavado con agua
sin ARNasa ni ADNasa. Además, debe haber una celda de flujo usada. Siga las
indicaciones que aparecen en pantalla para realizar la prueba.
1
Asegúrese de que haya una celda de flujo usada cargada en el instrumento.
2
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Check (Comprobación del sistema).
3
Seleccione Conduct Volume Test (Realizar prueba de volumen) y, a continuación,
seleccione Next (Siguiente).
Figura 46 Pantalla System Check (Comprobación del sistema)
72
4
Llene cada depósito de la bandeja de lavado con 6 ml de agua sin ARNasa ni
ADNasa.
5
Llene la botella de lavado de 500 ml con 350 ml de agua sin ARNasa ni ADNasa.
6
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento.
a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y deslice la bandeja de lavado hacia el interior del refrigerador de
reactivos hasta que se detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Levante el mango del dispensador hasta que quede fijado en su sitio y cargue la
botella de lavado.
c Retire la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
d Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores se
introducen en la botella de lavado y en la de residuos.
7
De acuerdo con las indicaciones en pantalla, elimine las gotas del dispensador de la
botella de lavado de la siguiente forma:
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
b
c
d
Cuando se le indique, levante lentamente el mango del dispensador y compruebe
que no haya gotas de agua de gran tamaño en el dispensador de la botella de
lavado.
Cuando se le indique, baje lentamente el mango del dispensador hacia el agua lo
suficiente como para permitir que la tensión superficial elimine la gota.
Cuando se le indique, levante lentamente el mango del dispensador y compruebe
que no haya gotas de agua de gran tamaño en el dispensador de la botella de
lavado.
Cuando se le indique, baje lentamente el mango del dispensador hasta el punto
máximo, asegurándose de que los dispensadores se introducen en la botella de
lavado y en la de residuos.
Figura 47 Eliminación de la gota del dispensador
8
Seleccione Next (Siguiente). Se iniciará la prueba de volumen.
Cuando la prueba de volumen haya finalizado, los resultados aparecerán en la
pantalla.
Figura 48 Resultados de la prueba de volumen
Si no se supera la prueba, realice un lavado de mantenimiento. Consulte Procedimiento
en la página 59.
9
Cuando haya finalizado el lavado de mantenimiento, repita la prueba de volumen.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
73
Realización de una prueba de volumen
a
Solución de problemas
Medición de los volúmenes de lavado esperados
La medición de los volúmenes de lavado esperados confirma que la fluídica de lavado
funciona correctamente.
1
Antes de empezar el lavado, vacíe la botella de residuos.
2
Cuando haya terminado el lavado, mida el volumen de lavado de la botella de
residuos.
Tipo de lavado
Lavado posterior al experimento
Lavado en modo en espera
Lavado de mantenimiento
74
Volumen de lavado esperado
17,25 ml
46 ml
17,25 ml
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Para obtener información sobre la solución de problemas relacionados con los errores de
análisis, consulte la Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º de referencia 15038356_
ESP). Incluye instrucciones sobre cómo volver a poner en cola el análisis si se ha utilizado
la hoja de muestras incorrecta.
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
75
Solución de errores de análisis de MiSeq Reporter
Solución de errores de análisis de MiSeq Reporter
[Página en blanco intencionadamente]
76
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
A
Índice
Índice
copiar archivos y carpetas 19
abrazadera de la celda de flujo 4
alertas de correo electrónico 21
análisis
durante la secuenciación 37
análisis en tiempo real
carpeta del experimento 32
generación de plantillas 32
apagado del instrumento 64
apagar el instrumento 24
archivo de manifiesto
copiar en el instrumento 19
asistencia al cliente 79
asistencia técnica 79
autenticación de usuarios 11
ayuda, Live Help 34
ayuda, técnica 79
D
B
filtro de castidad 30
fluídica
lavado 59, 62
solución de problemas 72
velocidad de flujo 71
flujo de trabajo
duración del experimento 33
fórmulas, gestionar 19
BaseSpace
conexión 17
credenciales 25
botella de residuos 5
C
carga de la celda de flujo 27
carga de reactivos 28
cartucho 50
solución SBS 49
carpetas del experimento
asignación de nombres 32
gestionar 19
temporal, resultados, análisis 32
celda de flujo
carga 47
cargar 27
limpieza 45
resumen 4
ciclos de una lectura 33
compartimento de la celda de flujo 3-4
compartimento de reactivos 3, 5
componentes
celda de flujo 4
compartimento de la celda de
flujo 3-4
compartimento de reactivos 3, 5
módulo óptico 3
conexión de red 67
configuración de red 25
configuración del instrumento 24
configuración del sistema 25
consumibles
proporcionados por el usuario 7
proporcionados por Illumina 7
contraseña 6
contraseña, cambio 25
contraseñas 11
densidad de grupos 30
detención de un experimento 34
dirección IP 25
documentación 79
duración del experimento 33
E
eliminar archivos y carpetas 19
encender el instrumento 6
espacio en disco
comprobación 33
poco espacio en disco 67
F
G
generación de plantillas 32
H
hoja de muestras
copiar en el instrumento 19
no encontrada 67
software 15
I
icono de alerta de estado 18
iconos
alerta de estado 18
errores y advertencias 18
indicadores de actividad 17
sensores 17
inactividad del instrumento 62
indicadores de actividad 17
indicadores del sensor 17
inicialización 67
intensidades 30
interruptor de alimentación 6
L
lavado de mantenimiento 18, 59
lavado en modo en espera 18, 62
lavado posterior al experimento 57
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
77
Índice
lavados
configuración de lavado posterior al
experimento 21
en modo en espera 62
mantenimiento 18, 59
modo en espera 18
posterior al experimento 57
preparar para apagar 64
preparar para inactividad 62
ventajas 56
volúmenes esperados 74
Live Help 34
llamadas de bases 30
longitud de lectura 33
M
mango del dispensador 5
MiSeq Reporter
credenciales 25
modo de investigación 24
módulo óptico 3
mover archivos y carpetas 19
N
nombre de cuenta del sistema 25
nombre de dominio 25
nombre de usuario 6
O
opciones de experimento 21
P
pantalla de secuenciación 30, 53
pantalla Welcome (Bienvenida) 16
pantallas de configuración del
experimento 27
pausa de un experimento 33
proporcionados por el usuario,
consumibles 7
prueba de volumen 72
puntuaciones Q 30
Illumina User Management
Software 11
Illumina Worklist Manager
Software 15
inicialización 6
User Management 11
Worklist Manager 15
solución de problemas
archivos específicos del
experimento 66
fluídica 72
RFID 68
velocidad de flujo 71
solución SBS, cargar 49
solucionar problemas
errores de configuración de
experimento 67
supervisar el experimento 30
supervisión del experimento 53
U
ubicaciones de las carpetas
configuración predeterminada 21
para el experimento actual 29
User Management Software 11
V
velocidad de flujo, solución de
problemas 71
visor del análisis de secuenciación 53
volúmenes de lavado 74
W
Windows, minimizar 24
Worklist Manager, software 15
R
reactivos
carga 28, 49
suministrados en un kit 7
referencias del genoma 19
refrigerador de reactivos,
temperatura 17
reiniciar software 24
RFID
cartucho de reactivo 50
celda de flujo 47
solución de problemas 68
solución SBS 49
S
sensor de la puerta de la celda de
flujo 17
software
comprobación de espacio en
disco 33
configuración del instrumento 24
duración del experimento 33
78
N.º de referencia 15070067 Rev. A ESP
Si necesita asistencia técnica, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Tabla 3 Información de contacto general de Illumina
Sitio web
Correo electrónico
www.illumina.com
techsupport@illumina.com
Tabla 4 Números del servicio de asistencia al cliente de Illumina
Zona
Número de contacto
Zona
Norteamérica
1.800.809.4566
Irlanda
Alemania
0800.180.8994
Italia
Australia
1.800.775.688
Noruega
Austria
0800.296575
Nueva Zelanda
Bélgica
0800.81102
Países Bajos
Dinamarca
80882346
Reino Unido
España
900 812 168
Suecia
Finlandia
0800.918363
Suiza
Francia
0800.911850
Otros países
Número de contacto
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Hojas de datos de seguridad
Las hojas de datos de seguridad están disponibles en el sitio web de Illumina en
support.illumina.com/sds.html.
Documentación del producto
La documentación del producto en PDF está disponible para su descarga en el sitio web
de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación,
haga clic en Documentation & Literature (Documentación y literatura).
Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque
79
Asistencia técnica
Asistencia técnica
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 EU.UU.
+1.800.809.ILMN (4566)
+1.858.202.4566 (fuera de Norteamérica)
techsupport@illumina.com
www.illumina.com
Emergo Europe
Molenstraat 15
2513 BH La Haya
Países Bajos
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