NextSeq 550 System Guide Translated into Spanish (15069765 01 ESP)

NextSeq 550 System Guide Translated into Spanish (15069765 01 ESP)
Guía del sistema NextSeq® 550
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
PROPIEDAD DE ILLUMINA
N.º de catálogo SY-415-9002DOC
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Octubre de 2015
Personalice una breve guía de flujo de trabajo integral con
la herramienta de selección de protocolos personalizados
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ii
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Historial de revisiones
Documento
Fecha
Descripción del cambio
N.º de material
20001843
N.º de documento
15069765 v01
Octubre
de 2015
Especificación de que un equivalente del proveedor recomendado
de NaOCl es un equivalente de laboratorio.
Incorporación de la recomendación del servicio de mantenimiento
preventivo anual.
Reorganización de la información de los capítulos Descripción
general y Primeros pasos. Incorporación de instrucciones para la
personalización de la configuración del sistema.
Eliminación de las instrucciones de Live Help del capítulo de solución
de problemas. Esta función se ha eliminado del software de control.
15069765 B
Mayo
de 2015
Corrección de la descripción de los depósitos reservados en el
cartucho de reactivo.
15069765 A
Mayo
de 2015
Publicación inicial.
Guía del sistema NextSeq 550
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N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Índice
Historial de revisiones
Índice
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Recursos adicionales
Componentes del instrumento
Descripción general de los consumibles de secuenciación
Capítulo 2 Primeros pasos
Puesta en servicio del instrumento
Personalización de la configuración del sistema
Personalización de la configuración del experimento
Consumibles y equipos proporcionados por el usuario
Capítulo 3 Secuenciación
Introducción
Flujo de trabajo de secuenciación
Preparación del cartucho de reactivo
Preparación de la celda de flujo
Preparación de bibliotecas para secuenciación
Configuración de un experimento de secuenciación
Supervisión del progreso del experimento
Lavado automático posterior al experimento
Capítulo 4 Lectura
Introducción
Flujo de trabajo de lectura
Descarga de la carpeta DMAP
Carga del BeadChip en el adaptador
Configuración de una lectura
Supervisión del progreso de lectura
Capítulo 5 Mantenimiento
iii
v
1
2
3
4
8
11
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13
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15
17
18
19
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21
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33
34
36
37
38
39
42
45
Introducción
Realización de un lavado manual
Actualizaciones de software
Apagado del instrumento
46
47
50
52
Apéndice A Solución de problemas
53
Introducción
Archivos de solución de problemas
Solución de errores de la comprobación automática
Contenedor de reactivos usados lleno
Flujo de trabajo de la rehibridación
Errores de lectura y BeadChip
Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas
Comprobación del sistema
Mensaje de error de RAID
Configuración de los parámetros del sistema
Guía del sistema NextSeq 550
54
55
57
60
61
63
65
66
69
70
v
Apéndice B Análisis en tiempo real
73
Descripción del análisis en tiempo real
Flujo de trabajo del análisis en tiempo real
74
76
79
Apéndice C Carpetas y archivos de resultados
Archivos de resultados de secuenciación
Estructura de las carpetas de resultados de secuenciación
Archivos de resultados de lectura
Estructura de carpetas de resultados de lectura
80
85
86
87
Índice alfabético
89
Asistencia técnica
93
vi
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Recursos adicionales
Componentes del instrumento
Descripción general de los consumibles de secuenciación
Guía del sistema NextSeq 550
2
3
4
8
1
Capítulo 1
Descripción general
Descripción general
Introducción
El sistema NextSeq® 550 de Illumina® es una solución única que proporciona una
transición perfecta entre la secuenciación de rendimiento elevado y la lectura de matrices.
Funciones de secuenciación
}
}
}
}
Secuenciación de alto rendimiento: El sistema NextSeq 550 permite realizar
secuenciaciones de exomas, genomas completos y transcriptomas, y admite bibliotecas
TruSeq® y Nextera®.
Tipos de celdas de flujo: Las celdas de flujo están disponibles en configuraciones que
permiten un rendimiento elevado y medio. Cada tipo de celda de flujo se suministra en
un kit con un cartucho de reactivo precargado compatible.
Análisis en tiempo real (RTA): El software de análisis integrado lleva a cabo un
análisis de datos integrado en el instrumento, que incluye el análisis de imágenes y las
llamadas de bases. El sistema NextSeq utiliza una implementación de RTA llamada
RTA v2, que incluye diferencias importantes en materia de arquitectura y funciones.
Para obtener más información, consulte Análisis en tiempo real en la página 73.
Integración de BaseSpace®: El flujo de trabajo de secuenciación está integrado en
BaseSpace, el entorno informático de genómica de Illumina para la colaboración y el
almacenamiento y análisis de datos. En el caso de los instrumentos configurados para
BaseSpace, la información de la biblioteca y los parámetros del experimento se
especifican en la pestaña Prep (Preparación) de BaseSpace. Los experimentos
configurados en BaseSpace aparecen en la interfaz del instrumento durante la
configuración del experimento. En el transcurso del experimento, los archivos de
resultados se envían en tiempo real a BaseSpace o a BaseSpace Onsite.
Características de la lectura de matrices
}
}
}
}
}
2
Lectura de matrices integrada en el software de control: El sistema NextSeq 550 le
permite realizar la transición entre la lectura de matrices y la secuenciación de
rendimiento elevado en el mismo instrumento mediante el mismo software de control.
Capacidad de adquisición de imágenes ampliada: El sistema de adquisición de
imágenes de NextSeq 550 incluye modificaciones de la platina y del software que
permiten adquirir imágenes de una superficie mayor para dar cabida a la lectura del
BeadChip.
Tipos de BeadChip: Entre los tipos de BeadChip compatibles se encuentran CytoSNP12, CytoSNP-850K y Karyomap-12.
Adaptador de BeadChips: Gracias al adaptador reutilizable de BeadChips, cargar un
BeadChip en el instrumento es muy sencillo.
Análisis de datos: Utilice el software BlueFuse® Multi para analizar los datos de
matrices.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
La documentación siguiente está disponible para su descarga del sitio web de Illumina.
Recurso
Descripción
Guía de preparación del centro
para el sistema NextSeq (n.º de
documento 15045113)
Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio,
los requisitos eléctricos y las cuestiones medioambientales.
Guía de cumplimiento y seguridad
del sistema NextSeq (n.º de
documento 15046564)
Proporciona información sobre las consideraciones de
seguridad operativa, las declaraciones de cumplimiento y el
etiquetado del instrumento.
Guía del usuario del lector de
RFID, n.º de modelo TR-001-44
(n.º de documento 15041950)
Proporciona información sobre el lector de RFID del
instrumento, las certificaciones de cumplimiento y las
consideraciones de seguridad.
Desnaturalización y dilución de
bibliotecas para el sistema NextSeq
(n.º de documento 15048776)
Proporciona instrucciones para la desnaturalización y dilución
de bibliotecas preparadas para un experimento de
secuenciación, así como para la preparación de un control PhiX
opcional. Este paso se aplica a la mayoría de los tipos de
bibliotecas.
Guía de cebadores personalizados
de NextSeq (n.º de documento
15057456)
Proporciona información sobre el uso de cebadores de
secuenciación personalizados en lugar de cebadores de
secuenciación de Illumina.
Ayuda de BaseSpace
(help.basespace.illumina.com)
Proporciona información sobre el uso de BaseSpace® y las
opciones de análisis disponibles.
Visite la página de asistencia de NextSeq 550 en el sitio web de Illumina para acceder a la
documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes.
Guía del sistema NextSeq 550
3
Recursos adicionales
Recursos adicionales
Descripción general
Componentes del instrumento
El sistema NextSeq 550 incluye un monitor de pantalla táctil, una barra de estado y tres
compartimentos.
Figura 1 Componentes del instrumento
A
B
C
D
E
Compartimento de imágenes: Alberga la celda de flujo para la secuenciación o el adaptador
de BeadChips para la lectura.
Monitor de pantalla táctil: Permite la configuración integrada en el instrumento mediante el
uso de la interfaz del software de control.
Barra de estado: Indica el estado del instrumento, es decir, si está en funcionamiento (azul), si
requiere atención (naranja), si está listo para la secuenciación (verde) o si se debe realizar un
lavado en las próximas 24 horas (amarillo).
Compartimento de tampones: Alberga el cartucho de tampones y el contenedor de
reactivos usados.
Compartimento de reactivos: Alberga el cartucho de reactivo.
Compartimento de adquisición de imágenes
En el compartimento de imágenes se encuentra la platina, que consta de tres pasadores de
alineación para posicionar la celda de flujo para la secuenciación o el adaptador de
BeadChips para la lectura. Una vez cargada la celda de flujo o el adaptador de BeadChips,
la puerta del compartimento de imágenes se cierra de forma automática y desplaza los
componentes hasta su sitio.
Compartimentos de reactivos y tampones
La configuración de un experimento de secuenciación en el NextSeq 550 requiere acceso al
compartimento de reactivos y al compartimento de tampones para la carga de los
consumibles del experimento y el vaciado del contenedor de reactivos usados.
4
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
A
B
C
D
E
Puerta del compartimento de reactivos: Cierra el compartimento de reactivos con un cierre
situado debajo de la esquina inferior derecha de la puerta. El compartimento de reactivos
alberga el cartucho de reactivo. Los reactivos se bombean y pasan por los dispensadores y el
sistema de fluídica y, a continuación, van a la celda de flujo.
Cartucho de reactivo: El cartucho de reactivo es un consumible precargado de un solo uso.
Cartucho de tampones: El cartucho de tampones es un consumible precargado de un solo
uso.
Contenedor de reactivos usados: Los reactivos usados se recogen para su desecho después
de cada experimento.
Puerta del compartimento de tampones: Cierra el compartimento de tampones con un
cierre situado debajo de la esquina inferior izquierda de la puerta.
Software de NextSeq
El software del instrumento cuenta con aplicaciones integradas que llevan a cabo
experimentos de secuenciación o lecturas de matrices.
} Software de control de NextSeq (NCS): El software de control le guía por los pasos de
configuración de un experimento de secuenciación o de una lectura de matrices.
} Software de análisis en tiempo real (RTA): En el caso de los experimentos de
secuenciación, RTA realiza análisis de imágenes y llamadas de bases durante el
experimento. El sistema NextSeq 550 utiliza RTA v2, que incluye diferencias
importantes de arquitectura y de funciones con respecto a las versiones previas. Para
obtener más información, consulte Análisis en tiempo real en la página 73.
Iconos de estado
En la esquina superior derecha de la pantalla de la interfaz del software de control, verá un
icono de estado que le notificará los cambios de las condiciones durante la configuración
del experimento o durante el experimento.
Icono de
estado
Nombre de estado
Descripción
Estado OK
El sistema está normal.
Procesamiento
El sistema está procesando.
Advertencia
Se ha producido una advertencia.
Las advertencias no detienen un experimento ni requieren
una acción antes de continuar.
Guía del sistema NextSeq 550
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Componentes del instrumento
Figura 2 Compartimentos de reactivos y tampones
Descripción general
Icono de
estado
Nombre de estado
Descripción
Error
Se ha producido un error.
Los errores precisan una acción antes de continuar con el
experimento.
Cuando se produce un cambio en las condiciones, el icono parpadea para avisarle.
Selecciónelo para ver una descripción de la condición. Seleccione Acknowledge (Aceptar)
para aceptar el mensaje y Close (Cerrar) para cerrar el cuadro de diálogo.
Botón de encendido
El botón de encendido que se encuentra en la parte delantera del NextSeq enciende la
alimentación del instrumento y de su ordenador. El botón de encendido lleva a cabo las
siguientes acciones en función del estado de la alimentación del instrumento.
Estado de alimentación
Acción
El instrumento está
apagado.
Pulse brevemente el botón para encender la alimentación.
El instrumento está
encendido.
Pulse brevemente el botón para apagar la alimentación. Aparece
un cuadro de diálogo en la pantalla para confirmar un apagado
normal del instrumento.
El instrumento está
encendido.
Mantenga pulsado el botón de encendido durante 10 segundos
para provocar un apagado forzado del instrumento y su
ordenador.
Utilice este método para apagar el instrumento solo si no
responde.
NOTA
El apagado del instrumento durante un experimento de secuenciación finaliza el experimento
de forma inmediata. La finalización de un experimento es definitiva. Los consumibles del
experimento no se pueden reutilizar y los datos de secuenciación del experimento no se
guardan.
Descripción general del adaptador reutilizable de BeadChips
El adaptador reutilizable de BeadChips alberga el BeadChip durante la lectura.
El BeadChip se asegura en el estante insertado del adaptador con la pinza de retención.
A continuación, se carga el adaptador de BeadChips sobre la platina en el compartimento
de adquisición de imágenes.
6
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Componentes del instrumento
Figura 3 Adaptador reutilizable de BeadChips
A
B
Adaptador de BeadChips
Pinza de retención
Guía del sistema NextSeq 550
7
Descripción general
Descripción general de los consumibles de
secuenciación
Para realizar un experimento de secuenciación en el sistema NextSeq 550, se necesita un kit
NextSeq 500/550 Kit de un solo uso. Cada kit incluye una celda de flujo y los reactivos
necesarios para llevar a cabo un experimento de secuenciación.
La celda de flujo, el cartucho de reactivo y el cartucho de tampón utilizan la identificación
por radiofrecuencia (RFID) para ofrecer precisión en la compatibilidad y el seguimiento de
los consumibles.
Etiquetado de compatibilidad del kit
Los componentes del kit están marcados con indicadores codificados por colores que
indican la compatibilidad entre las celdas de flujo y los cartuchos de reactivo. Utilice
siempre una celda de flujo y un cartucho de reactivo compatibles. El cartucho de tampones
es universal.
Cada celda de flujo y cartucho de reactivo viene marcado con High (Alto) o Mid (Medio).
Compruebe siempre la etiqueta cuando prepare los consumibles para un experimento.
Tipo de kit
Marcado de la
etiqueta
Componentes del kit de
rendimiento elevado
Componentes del kit de
rendimiento medio
Descripción general de la celda de flujo
Figura 4 Cartucho de la celda de flujo
A
B
C
Par de carriles A: carriles 1 y 3
Par de carriles B: carriles 2 y 4
Marco del cartucho de la celda de flujo
La celda de flujo es un sustrato elaborado con cristal en el que se generan grupos y se lleva
a cabo la reacción de secuenciación. La celda de flujo está revestida por el cartucho de la
celda de flujo.
8
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Aunque la celda de flujo tiene cuatro carriles, en la celda de flujo se secuencia una sola
biblioteca o un conjunto de bibliotecas agrupadas solamente. Las bibliotecas se cargan en el
cartucho de reactivo en un único depósito y se transfieren automáticamente a la celda de
flujo en los cuatro carriles.
Las imágenes de cada carril se adquieren en áreas de adquisición de imágenes pequeñas
denominadas placas. Para obtener más información, consulte Placas de la celda de flujo en la
página 81.
Descripción general del cartucho de reactivo
El cartucho de reactivo es un consumible de un solo uso con etiquetas de seguimiento de
identificación por radiofrecuencia (RFID) y depósitos con cierre metálico que está
precargado con reactivos de generación de grupos y de secuenciación.
Figura 5 Cartucho de reactivo
El cartucho de reactivo incluye un depósito designado para la carga de bibliotecas
preparadas. Una vez iniciado el experimento, las bibliotecas se transfieren de forma
automática del depósito a la celda de flujo.
Varios depósitos están reservados para el lavado automático posterior al experimento.
La solución de lavado se dispensa desde el cartucho de tampones hasta los depósitos
reservados, pasando por el sistema, hasta llegar al contenedor de reactivos usados.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los ojos,
puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de protección, como gafas de
protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los reactivos usados como residuos
químicos y deséchelos de acuerdo con las normas gubernamentales en materia de
seguridad de su región. Para obtener más información medioambiental, sanitaria y de
seguridad, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
Guía del sistema NextSeq 550
9
Descripción general de los consumibles de secuenciación
La celda de flujo contiene cuatro carriles y la adquisición de imágenes se realiza de dos en
dos.
} Las imágenes de los carriles 1 y 3 (par de carriles A) se adquieren al mismo tiempo.
} Las imágenes de carriles 2 y 4 (par de carriles B) se adquieren tras la adquisición de las
imágenes del par de carriles A.
Descripción general
Depósitos reservados
Figura 6 Depósitos numerados
Posición
7, 8 y 9
10
Descripción
Reservado para cebadores personalizados opcionales
Carga de bibliotecas
Para obtener información sobre los cebadores personalizados, consulte Guía de cebadores
personalizados de NextSeq (n.º de documento 15057456).
Depósito extraíble de la posición n.º 6
El cartucho de reactivo precargado incluye un reactivo de desnaturalización en la
posición 6 que contiene formamida. Para garantizar un desecho seguro de cualquier
reactivo no usado tras el experimento de secuenciación, el depósito de la posición 6 es
extraíble. Para obtener más información, consulte Extracción del depósito usado de la posición
n.º 6 en la página 27.
Descripción general del cartucho de tampones
El cartucho de tampones es un consumible de un solo uso que contiene tres depósitos
precargados con tampones y una solución de lavado. El contenido del cartucho de
tampones es suficiente para la secuenciación de una celda de flujo.
Figura 7 Cartucho de tampones
10
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Capítulo 2 Primeros pasos
Puesta en servicio del instrumento
Personalización de la configuración del sistema
Personalización de la configuración del experimento
Consumibles y equipos proporcionados por el usuario
Guía del sistema NextSeq 550
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13
14
15
11
Capítulo 2
Primeros pasos
Primeros pasos
Puesta en servicio del instrumento
Coloque el interruptor de alimentación principal en la posición I (Encendido).
Figura 8 Interruptor de alimentación situado en la parte trasera del instrumento
1
Pulse el botón de encendido situado sobre el compartimento de reactivos. El botón de
encendido enciende la alimentación del instrumento, e inicia el ordenador integrado
del instrumento y el software.
Figura 9 Botón de encendido situado en la parte delantera del instrumento
12
2
Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente.
El Software de control de NextSeq (NCS) se inicia e inicializa el instrumento
automáticamente. Una vez finalizada la inicialización, se abre la pantalla Home
(Inicio).
3
Si el sistema se ha configurado para que solicite las credenciales de inicio de sesión,
inicie sesión con el nombre de usuario y la contraseña predeterminados:
} Nombre de usuario: sbsuser
} Contraseña: sbs123
Si no, inicie sesión con las credenciales específicas de su centro.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
El software de control incluye ajustes del sistema personalizables para las opciones de
puesta en marcha, preferencias de introducción de datos, ajustes de audio y nombre del
experimento.
Selección de la opción de encendido
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Customization (Personalización del instrumento).
2
Seleccione una de las siguientes opciones de puesta en marcha:
} Seleccione Kiosk Mode (Modo de pantalla completa) para usar la interfaz del
software de control en pantalla completa.
} Seleccione Windows Mode (Modo de Windows) para permitir el acceso a Windows
en el ordenador del instrumento. En este modo, probablemente se alterará la
interacción con la interfaz del software, como la ubicación de los botones.
3
Seleccione Save (Guardar) para guardar la configuración y pasar a la pantalla
siguiente.
Ajuste del indicador de audio y de la opción de entrada
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Customization (Personalización del sistema).
2
Seleccione la casilla de verificación Use on-screen keyboard (Utilizar teclado en
pantalla) para activar el teclado en pantalla e introducir datos en el instrumento.
3
Seleccione la casilla de verificación Play audio (Reproducir audio) para activar los
indicadores de audio en los eventos siguientes.
} Al inicializar el instrumento
} Cuando se inicia un experimento
} Cuando se producen ciertos errores
} Cuando sea necesaria la interacción del usuario
} Cuando finalice un experimento
4
Seleccione Save (Guardar) para guardar la configuración y pasar a la pantalla
siguiente.
Personalización de la identificación del instrumento
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Customization (Personalización del sistema).
2
Para asignar la imagen que desea para el instrumento, seleccione Browse (Examinar) y
vaya a la imagen.
3
En el campo Nick Name (Sobrenombre), introduzca el nombre de instrumento deseado.
4
Seleccione Save (Guardar) para guardar la configuración y pasar a la pantalla
siguiente.
La imagen y el nombre aparecen en la esquina superior izquierda de cada pantalla.
Guía del sistema NextSeq 550
13
Personalización de la configuración del sistema
Personalización de la configuración del sistema
Primeros pasos
Personalización de la configuración del experimento
El software de control incluye ajustes personalizables para establecer las preferencias de
configuración del experimento y para la purga de reactivos no usados.
Ajuste de las opciones de configuración del experimento
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Customization (Personalización del sistema).
2
Seleccione Save (Guardar) para pasar a la pantalla Run Customization
(Personalización del experimento).
3
Seleccione la casilla de verificación Use Advanced Load Consumables (Utilizar
consumibles de carga avanzada) para habilitar la opción de cargar todos los
consumibles en una sola pantalla.
4
Seleccione la casilla de verificación Skip Pre-Run Check Confirmation (Omitir
confirmación de comprobación previa al experimento) para iniciar automáticamente la
secuenciación o lectura después de que se lleve a cabo con éxito la comprobación
automática.
5
Seleccione Save (Guardar) para guardar la configuración y salir de la pantalla.
Ajuste de la opción de purga automática
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Customization (Personalización del sistema).
2
Seleccione Save (Guardar) para pasar a la pantalla Run Customization
(Personalización del experimento).
3
Seleccione la casilla de verificación Purge Consumables at End of Run (Purgar
consumibles al final del experimento) para purgar los reactivos no usados del cartucho
de reactivos y llevarlos al contenedor de reactivos usados de forma automática
después de cada experimento.
NOTA
La purga automática de consumibles añade más tiempo al flujo de trabajo.
4
14
Seleccione Save (Guardar) para guardar la configuración y salir de la pantalla.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
En el NextSeq 550 se emplean los consumibles y equipos siguientes.
Consumibles suministrados por el usuario para los experimentos de
secuenciación
Consumible
NaOH 1 N
(hidróxido sódico)
200 mM Tris-HCl, pH7
Paños humedecidos en alcohol
isopropilo al 70 %
o
etanol al 70 %
Guantes desechables sin polvo
Toallita de laboratorio sin
pelusa
Proveedor
Proveedor de laboratorio
general
Proveedor de laboratorio
general
VWR, n.º de catálogo 95041-714
(o equivalente)
Proveedor de laboratorio
general
Finalidad
Desnaturalización de bibliotecas,
dilución a 0,2 N
Desnaturalización de bibliotecas
Proveedor de laboratorio
general
VWR, n.º de catálogo 21905-026
(o equivalente)
Fines generales
Limpieza de la celda de flujo y
fines generales
Limpieza de la celda de flujo
Consumibles suministrados por el usuario para el mantenimiento del
instrumento
Consumible
NaOCl, 5 %
(hipoclorito de sodio)
Tween 20
Agua de laboratorio
Proveedor
Sigma-Aldrich, n.º de catálogo
239305
(o agua de laboratorio
equivalente)
Sigma-Aldrich, n.º de catálogo
P7949
Proveedor de laboratorio
general
Finalidad
Al lavar el instrumento con el
lavado manual posterior al
experimento; diluido al 0,12 %.
Al lavar el instrumento con las
opciones de lavado manual;
diluido al 0,05 %.
Lavado del instrumento (lavado
manual)
Directrices para el agua de laboratorio
Utilice siempre agua de laboratorio para llevar a cabo los procedimientos del instrumento.
No utilice nunca agua del grifo ni desionizada. A continuación, se muestran ejemplos de
aguas de laboratorio aceptables:
} Illumina PW1
} 18Agua de 18 megaohmios (MΩ)
} Agua Milli-Q
} Agua Super-Q
} Agua de biología molecular
Guía del sistema NextSeq 550
15
Consumibles y equipos proporcionados por el usuario
Consumibles y equipos proporcionados por el usuario
Primeros pasos
Equipo proporcionado por el usuario
Elemento
Congelador, entre –25 °C y –15 °C, sin hielo
Hielera
Frigorífico, entre 2 °C y 8 °C
16
Proveedor
Proveedor de laboratorio
general
Proveedor de laboratorio
general
Proveedor de laboratorio
general
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Capítulo 3 Secuenciación
Introducción
Flujo de trabajo de secuenciación
Preparación del cartucho de reactivo
Preparación de la celda de flujo
Preparación de bibliotecas para secuenciación
Configuración de un experimento de secuenciación
Supervisión del progreso del experimento
Lavado automático posterior al experimento
Guía del sistema NextSeq 550
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24
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32
17
Capítulo 3
Secuenciación
Secuenciación
Introducción
Para ejecutar un experimento de secuenciación en el sistema NextSeq 550, prepare un
cartucho de reactivo y una celda de flujo, y siga los mensajes del software para configurar e
iniciar el experimento. La generación de grupos y la secuenciación se realizan en el
instrumento. Tras el experimento, se inicia un lavado del instrumento de forma automática
mediante el uso de los componentes cargados en el instrumento.
Generación de grupos
Durante la generación de grupos, las moléculas individuales de ADN se unen a la
superficie de la celda de flujo y, a continuación, se amplifican para formar grupos.
Secuenciación
Las imágenes de los grupos se obtienen mediante el uso de química de secuenciación de
dos canales y combinaciones de filtro específicas para cada uno de los terminadores de
cadena marcados con fluorescencia. Tras finalizar la adquisición de imágenes de una placa
en la celda de flujo, se procede a la adquisición de imágenes de la placa siguiente.
El proceso se repite para cada ciclo de secuenciación. Después del análisis de imágenes, el
software ejecuta las llamadas de bases, el filtrado y la puntuación de calidad.
Supervise el progreso y las estadísticas del experimento desde la interfaz del software de
control, en la ficha Run (Experimento) de BaseSpace o en un ordenador conectado a la red
mediante el uso del software del visor del análisis de secuenciación (SAV). Consulte Visor
del análisis de secuenciación en la página 31.
Análisis
A medida que el experimento avanza, el software de control transfiere de forma automática
archivos de llamadas de bases (BCL) a BaseSpace o a la ubicación de salida especificada
para el análisis secundario.
En función de la aplicación, hay varios métodos de análisis disponibles. Para obtener más
información, consulte la Ayuda de BaseSpace (help.basespace.illumina.com).
Duración del experimento de secuenciación
La duración del experimento de secuenciación depende del número de ciclos realizados.
La longitud máxima del experimento es la de un experimento "paired-end" de 150 ciclos en
cada lectura (2 x 150), y hasta ocho ciclos más cada uno para dos lecturas de índice.
Para obtener más información sobre las duraciones previstas y otras especificaciones del
sistema, visite la página de especificaciones de NextSeq 550 en el sitio web de Illumina.
Número de ciclos de una lectura
En un experimento de secuenciación, el número de ciclos realizados en una lectura es de
un ciclo más que el número de ciclos analizados. Por ejemplo, un experimento "paired-end"
de 150 ciclos realiza dos lecturas de 151 ciclos (2 × 151) para un total de 302 ciclos. Al final
del experimento, se habrán analizado 2 × 150 ciclos. El ciclo adicional es necesario para los
cálculos de hebra retrasada y hebra adelantada.
18
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Para las configuraciones que utilizan BaseSpace o BaseSpace Onsite de Illumina: Configure el
experimento en la pestaña Prep (Preparación) de BaseSpace. Consulte la Ayuda de BaseSpace
(help.basespace.illumina.com).
Prepare un cartucho de reactivo nuevo: descongélelo e inspecciónelo.
Prepare una celda de flujo nueva: deje que alcance la temperatura ambiente, desenvuélvala e
inspecciónela.
Desnaturalice y diluya las bibliotecas (no se aplica a todos los tipos de bibliotecas). Consulte
Desnaturalización y dilución de bibliotecas para el sistema NextSeq (n.º de documento 15048776).
Cargue la dilución de bibliotecas en el cartucho de reactivo del depósito n.º 10.
En la interfaz del software, seleccione Sequence (Secuenciar) para iniciar los pasos de
configuración del experimento.
Cargue la celda de flujo.
Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a cargarlo.
Cargue el cartucho de tampones y el cartucho de reactivo.
Revise los parámetros del experimento y los resultados de la comprobación automática.
Seleccione Start (Iniciar).
Supervise el experimento desde la interfaz del software de control, en la ficha Run
(Experimento) de BaseSpace o en un ordenador conectado a la red mediante el uso del visor del
análisis de secuenciación.
El lavado del instrumento se inicia de forma automática tras finalizar la secuenciación.
Guía del sistema NextSeq 550
19
Flujo de trabajo de secuenciación
Flujo de trabajo de secuenciación
Secuenciación
Preparación del cartucho de reactivo
1
Extraiga el cartucho de reactivo del almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C
y –15 °C.
2
Introdúzcalo en un baño con agua a temperatura ambiente hasta que se descongele
(aprox. 60 minutos). No sumerja el cartucho.
3
Golpéelo ligeramente sobre la mesa para sacar el agua de la base y, a continuación,
seque la base.
NOTA
[Método alternativo] Descongele los reactivos durante toda la noche a una temperatura de
2 °C a 8 °C. Los reactivos requieren un mínimo de 18 horas para descongelarse. A esta
temperatura, los reactivos permanecen estables hasta una semana.
4
Invierta el cartucho cinco veces para que se mezclen los reactivos.
5
Inspeccione las posiciones 29, 30, 31 y 32 para asegurarse de que los reactivos estén
descongelados.
6
Golpee suavemente el cartucho contra la mesa para reducir las burbujas de aire.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los ojos,
puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de protección, como gafas de
protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los reactivos usados como residuos
químicos y deséchelos de acuerdo con las normas gubernamentales en materia de
seguridad de su región. Para obtener más información medioambiental, sanitaria y de
seguridad, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
20
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
1
Extraiga un nuevo embalaje de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura
de entre 2 °C y 8 °C.
2
Deje el paquete de la celda de flujo desenvuelto a temperatura ambiente durante
30 minutos.
NOTA
Si el embalaje de aluminio está intacto, la celda de flujo puede permanecer a temperatura
ambiente hasta 12 horas. Evite el enfriamiento y el calentamiento reiterados de la celda
de flujo.
3
Extraiga la celda de flujo del embalaje de aluminio.
Figura 10 Extracción del embalaje de aluminio
4
Abra el estuche de plástico transparente y extraiga la celda de flujo.
Figura 11 Extracción del estuche
5
Limpie la superficie de cristal de la celda de flujo con un paño humedecido con alcohol
sin pelusa. Seque el cristal con una toallita de laboratorio sin pelusa.
Inspección de la celda de flujo
1
Compruebe que los puertos de la celda de flujo no están obstruidos.
2
Compruebe que las juntas del puerto están colocadas y que los postes de plástico
blancos están visibles.
Guía del sistema NextSeq 550
21
Preparación de la celda de flujo
Preparación de la celda de flujo
Secuenciación
Figura 12 Componentes de la celda de flujo
A
B
C
D
E
3
Juntas del puerto (4)
Pinzas de retención (4)
Pinzas de resorte (4)
Marco del cartucho de la celda de flujo
Placa del soporte
Compruebe que las cuatro pinzas de retención blancas están fijadas en el borde de la
placa negra del soporte.
Si la placa no está fijada bajo las pinzas, presione suavemente la placa negra del
soporte y el marco blanco del cartucho entre sí hasta que la placa encaje bien bajo las
pinzas.
Figura 13 Inspección de la pinza de retención
A
B
4
Posición incorrecta: La pinza de retención no está fijada en el borde de la placa del soporte.
Posición correcta: La pinza de retención está fijada en el borde de la placa del soporte.
Asegúrese de que las cuatro pinzas de resorte metálicas queden en posición horizontal
en relación con la placa negra del soporte.
Figura 14 Inspección de la pinza de resorte
A
B
22
Posición incorrecta: La pinza de resorte no queda en posición horizontal en relación con la
placa del soporte.
Posición correcta: La pinza de resorte queda en posición horizontal en relación con la placa
del soporte.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
La concentración de carga y el volumen de las bibliotecas varían en función de la versión
de NCS que esté ejecutando.
Versión de software de
control
Volumen de
bibliotecas
Concentración de
bibliotecas
NCS v1.3 o posterior
1,3 ml
1,8 pM
NCS v1.2 o anterior
3 ml
3 pM
Desnaturalización y dilución de bibliotecas
Si el tipo de biblioteca lo necesita, desnaturalice y diluya las bibliotecas, y añada el control
PhiX. La concentración de carga y el volumen de las bibliotecas varía en función de la
versión de NCS que utilice. Para obtener más información, consulte la Desnaturalización y
dilución de bibliotecas para el sistema NextSeq (n.º de documento 15048776).
Carga de bibliotecas en el cartucho de reactivo
1
Limpie el sello metálico que cubre el depósito n.º 10 marcado como Load Library Here
(Cargar biblioteca aquí) con una toallita sin pelusa.
2
Perfore el sello con una punta de pipeta de 1 ml limpia.
3
Cargue las bibliotecas en el depósito n.º 10 marcado como Load Library Here (Cargar
biblioteca aquí). Evite tocar el sello metálico cuando dispense las bibliotecas.
Figura 15 Carga de bibliotecas
Guía del sistema NextSeq 550
23
Preparación de bibliotecas para secuenciación
Preparación de bibliotecas para secuenciación
Secuenciación
Configuración de un experimento de secuenciación
1
En la pantalla Home (Inicio), seleccione Experiment (Experimento) y, a continuación,
seleccione Sequence (Secuenciar).
El comando Sequence (Secuenciar) abre la puerta del compartimento de imágenes,
suelta los consumibles del experimento anterior y abre el conjunto de pantallas de
configuración del experimento. Suele producirse un breve retraso.
Si el instrumento está configurado para BaseSpace, se le pedirá que inicie sesión en
BaseSpace. Si el instrumento está configurado para el modo independiente, el paso
siguiente consiste en cargar la celda de flujo.
Inicio de sesión en BaseSpace
1
Escriba el nombre de usuario y la contraseña en BaseSpace.
2
Seleccione Next (Siguiente).
Carga de la celda de flujo
1
Extraiga la celda de flujo usada del experimento anterior.
2
Alinee la celda de flujo sobre los pasadores de alineación y colóquela en la platina.
Figura 16 Carga de la celda de flujo
3
Seleccione Load (Cargar).
La puerta se cierra de forma automática, el ID de la celda de flujo aparece en pantalla,
y se comprueban los sensores.
4
Seleccione Next (Siguiente).
Vaciado del contenedor de reactivos usados
1
24
Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche los contenidos de conformidad
con las normativas aplicables.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
NOTA
Cuando retire el contenedor, coloque la otra mano debajo para sujetarlo.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los ojos,
puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de protección, como gafas de
protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los reactivos usados como residuos
químicos y deséchelos de acuerdo con las normas gubernamentales en materia de
seguridad de su región. Para obtener más información medioambiental, sanitaria y de
seguridad, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
2
Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones
hasta que se detenga. Oirá un clic que indica que el contenedor está colocado.
Figura 18 Carga del contenedor de reactivos usados vacío
Guía del sistema NextSeq 550
25
Configuración de un experimento de secuenciación
Figura 17 Extracción del contenedor de reactivos usados
Secuenciación
Carga del cartucho de tampones
1
Extraiga el cartucho de tampones usado del compartimento superior.
2
Deslice un nuevo cartucho de tampones dentro del compartimento de tampones hasta
que se detenga.
Oirá un clic que indica que el cartucho está colocado; el ID del cartucho de tampones
aparece en la pantalla y se comprueba el sensor.
Figura 19 Carga del cartucho de tampones
3
Cierre la puerta del compartimento de tampones y seleccione Next (Siguiente).
Carga del cartucho de reactivo
1
Retire el cartucho de reactivo usado del compartimento de reactivos. Deseche el
contenido no utilizado de conformidad con las normativas aplicables.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los
ojos, puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de protección, como gafas
de protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los reactivos usados como
residuos químicos y deséchelos de acuerdo con las normas gubernamentales en
materia de seguridad de su región. Para obtener más información medioambiental,
sanitaria y de seguridad, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
NOTA
Para garantizar un desecho seguro del reactivo no usado, el depósito de la posición 6 es
extraíble. Para obtener más información, consulte Extracción del depósito usado de la
posición n.º 6 en la página 27.
2
26
Deslice el cartucho de reactivo dentro del compartimento de reactivos hasta que el
cartucho se detenga y, a continuación, cierre la puerta del compartimento de reactivos.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
3
Seleccione Load (Cargar).
El software desplaza el cartucho hasta su sitio de forma automática (tarda unos 30
segundos), el ID del cartucho de reactivo aparece en la pantalla y se comprueban los
sensores.
4
Seleccione Next (Siguiente).
Extracción del depósito usado de la posición n.º 6
1
Tras la extracción del cartucho de reactivo usado del instrumento, retire la cubierta
protectora de goma sobre la ranura junto a la posición n.º 6.
Figura 21 Posición n.º 6 extraíble
A
B
Cubierta protectora de goma
Posición n.º 6
2
Presione la pestaña de plástico transparente y empuje hacia la izquierda para extraer el
depósito.
3
Deseche el depósito de conformidad con las normativas aplicables.
Especificación de los parámetros del experimento
Los pasos de la pantalla Run Setup (Configuración del experimento) varían en función de
la configuración del sistema:
} BaseSpace o BaseSpace Onsite: La pantalla Run Setup (Configuración del
experimento) recoge los experimentos que se configuraron mediante la pestaña Prep
(Preparación) de BaseSpace. Si el experimento previsto no aparece en la pantalla Run
Setup (Configuración del experimento), asegúrese de que el experimento esté marcado
para su secuenciación en BaseSpace.
} Independiente: La pantalla Run Setup (Configuración del experimento) incluye
campos para la definición de los parámetros del experimento.
Guía del sistema NextSeq 550
27
Configuración de un experimento de secuenciación
Figura 20 Carga del cartucho de reactivo
Secuenciación
Selección del experimento disponible (configuración de BaseSpace)
1
Seleccione un nombre de experimento de la lista de experimentos disponibles.
Utilice las flechas arriba y abajo para desplazarse por la lista o introduzca un nombre
de experimento en el campo Search (Buscar).
2
Seleccione Next (Siguiente).
3
Confirme los parámetros del experimento.
} Run Name (Nombre del experimento): Nombre del experimento asignado en
BaseSpace.
} Library ID (ID de biblioteca): Nombre de las bibliotecas agrupadas asignado en
BaseSpace.
} Recipe (Fórmula): Nombre de la fórmula, bien NextSeq High (Alto) o bien NextSeq
Mid (Medio) en función del cartucho de reactivo utilizado en el experimento.
} Read Type (Tipo de lectura): Lectura única o "paired-end".
} Read Length (Longitud de lectura): Número de ciclos de cada lectura.
} [Opcional] Cebadores personalizados, si corresponde.
4
[Opcional] Seleccione el icono Edit
(Editar) para cambiar los parámetros del
experimento. Cuando termine, seleccione Save (Guardar).
} Run parameters (Parámetros del experimento): Cambie el número de lecturas o el
número de ciclos por lectura.
} Custom primers (Cebadores personalizados): Cambie la configuración de los
cebadores personalizados. Para obtener más información, consulte la Guía de
cebadores personalizados de NextSeq (n.º de documento 15057456).
} Purge consumables for this run (Purgar consumibles para este experimento): Cambie
el parámetro para purgar los consumibles de forma automática tras el experimento
actual.
5
Seleccione Next (Siguiente).
Introducción de los parámetros del experimento (configuración
independiente)
28
1
Introduzca el nombre de experimento que desee.
2
[Opcional] Introduzca el ID de biblioteca que desee.
3
En la lista desplegable Recipe (Fórmula), seleccione una fórmula. Solo se muestran las
fórmulas compatibles.
4
Seleccione un tipo de lectura: Single Read (Única) o Paired End ("Paired-end").
5
Introduzca el número de ciclos de cada lectura en el experimento de secuenciación.
} Read 1 (Lectura 2): Introduzca un valor de, como máximo, 151 ciclos.
} Read 2 (Lectura 2): Introduzca un valor de, como máximo, 151 ciclos. Este valor
suele coincidir con el número de ciclos de la lectura 1.
} Index 1 (Índice 1): Introduzca el número de ciclos necesario para el cebador del
índice 1 (i7).
} Index 2 (Índice 2): Introduzca el número de ciclos necesario para el cebador del
índice 2 (i5).
El software de control confirma las entradas con los criterios siguientes:
} El número total de ciclos no supera el máximo número permitido de ciclos.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
6
[Opcional] Si utiliza cebadores personalizados, seleccione la casilla de verificación de
los cebadores usados. Para obtener más información, consulte la Guía de cebadores
personalizados de NextSeq (n.º de documento 15057456).
} Read 1 (Lectura 1): El cebador personalizado para la lectura 1.
} Read 2 (Lectura 2): El cebador personalizado para la lectura 2.
} Index 1 (Índice 1): El cebador personalizado para el índice 1.
} Index 2 (Índice 2): El cebador personalizado para el índice 2.
7
[Opcional] Seleccione el icono Edit
(Editar) para cambiar los parámetros del
experimento. Cuando termine, seleccione Save (Guardar).
} Output folder location (Ubicación de la carpeta de resultados): Cambie la ubicación
de la carpeta de resultados para el experimento actual. Seleccione Browse
(Examinar) para ir a una ubicación de red.
} Purge consumables for this run (Purgar consumibles para este experimento): Cambie
el parámetro para purgar los consumibles de forma automática tras el experimento
actual.
} Use run monitoring for this run (Utilizar supervisión del experimento para este
experimento): Cambie el ajuste para utilizar la supervisión del experimento en
BaseSpace.
8
Seleccione Next (Siguiente).
Revisión de la comprobación automática
El software ejecuta una comprobación automática del sistema. Durante la comprobación,
aparecen los indicadores siguientes en la pantalla:
} Marca de verificación gris: Todavía no se ha efectuado la comprobación.
}
}
}
Icono
de progreso: La comprobación está en curso.
Marca de verificación verde: Se ha superado la comprobación.
X roja: No se ha superado la comprobación. Todos los elementos que no la superen
precisan una acción antes de continuar. Consulte Solución de errores de la comprobación
automática en la página 57.
Para detener una comprobación automática en curso, seleccione el icono
inferior derecha. Para reiniciar la comprobación, seleccione el icono
reanuda la primera comprobación incompleta o con error.
en la esquina
. La comprobación
Para ver los resultados de cada comprobación dentro de una categoría, seleccione el icono
para ampliar la categoría.
Inicio del experimento
Una vez finalizada la comprobación automática, seleccione Start (Iniciar). Empieza el
experimento de secuenciación.
Para configurar el sistema de forma que el experimento se inicie de forma automática
después de que se lleve a cabo con éxito la comprobación, consulte Ajuste de las opciones de
configuración del experimento en la página 14.
Guía del sistema NextSeq 550
29
Configuración de un experimento de secuenciación
} Los ciclos para la Lectura 1 son superiores a los cinco ciclos utilizados para la
generación de plantillas.
} Los ciclos de la lectura del índice no superan los ciclos de la lectura 1 y la lectura 2.
Secuenciación
Supervisión del progreso del experimento
1
Supervise el progreso del experimento, las intensidades y las puntuaciones de calidad
mientras los criterios de medición aparecen en la pantalla.
Figura 22 Progreso y criterios de medición del experimento de secuenciación
Run progress (Progreso del experimento): Muestra el paso actual y el número de ciclos
completados para cada lectura. La barra de progreso no es proporcional a la velocidad
del experimento de cada paso. Utilice el tiempo restante de la esquina superior derecha
para determinar la duración real.
B Q-Score (Puntuación Q): Muestra la distribución de las puntuaciones de calidad
(puntuaciones Q). Consulte Puntuación de calidad en la página 78.
C Intensity (Intensidad): Muestra el valor de las intensidades de grupos del percentil 90
para cada placa. Los colores del diagrama indican cada base: rojo es A, verde es C, azul
es G y negro es T. Los colores coinciden con los indicadores de las bases utilizados en el
software de análisis de secuenciación (SAV).
D Cluster Density (K/mm²) (Densidad de grupos [K/mm²]): Muestra el número de grupos
detectado para el experimento.
E Clusters Passing Filter (%) (Grupos que superan el filtro [%]): Muestra el porcentaje de
grupos que superan el filtro. Consulte Grupos que superan el filtro en la página 75.
F Estimated Yield (Gb) (Rendimiento estimado [Gb]): Muestra el número proyectado de
bases para el experimento.
G Flow cell image (Imagen de la celda de flujo): Muestra el proceso actual en cada par de
carriles. Mientras se adquieren imágenes de un par de carriles, el otro par de carriles está
en un paso de química.
A
NOTA
Tras seleccionar Home (Inicio), no es posible volver a ver los criterios de medición del
experimento. No obstante, puede acceder a los criterios de medición del experimento en
BaseSpace o desde un ordenador independiente mediante el uso del visor del análisis de
secuenciación (SAV).
Ciclos de criterios de medición del experimento
Los criterios de medición del experimento aparecen en distintos puntos de un experimento.
} Durante los pasos de generación de grupos no se muestran los criterios de medición.
} Los primeros cinco ciclos se reservan para la generación de plantillas.
} Los criterios de medición del experimento aparecen tras el ciclo 25, incluida la
densidad de grupos, los grupos que superan el filtro, el rendimiento y las puntuaciones
de calidad.
30
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
En función de la configuración de análisis seleccionada, durante el experimento aparece un
icono en la pantalla para indicar el estado de la transferencia de datos.
Estado
Illumina
BaseSpace
BaseSpace
Onsite
Instrumento
independiente
Conectado
Conectado y
transfiriendo datos
Desconectado
Si la transferencia de datos se interrumpe durante el experimento, los datos se almacenan
temporalmente en el ordenador del instrumento. Al restablecer la conexión, la transferencia
de datos se reanuda de manera automática. Si la conexión no se restablece antes de
finalizar el experimento, se deben eliminar manualmente los datos del ordenador del
instrumento para que pueda empezar el siguiente experimento.
Servicio de copia de experimento
El paquete de software del sistema NextSeq incluye un servicio de copia de experimento.
RTA v2 solicita al servicio que copie los archivos desde una ubicación de origen hasta una
ubicación de destino y el servicio procesa las solicitudes de copia en el orden recibido. Si se
produce una excepción, el archivo se vuelve a poner en la cola para copia según el número
de archivos que haya en la cola de copias.
Visor del análisis de secuenciación
El software del visor del análisis de secuenciación (SAV) muestra los criterios de medición
de la secuenciación generados durante el experimento. Estos datos aparecen en forma de
diagramas, gráficos y tablas según los datos generados por RTA y escritos en los archivos
InterOp. Los datos se actualizan conforme avanza el experimento. Seleccione Refresh
(Actualizar) en cualquier momento durante el experimento para ver los datos actualizados.
Si desea obtener más información, consulte la Guía del usuario del visor del análisis de
secuenciación (n.º de referencia 15020619).
El SAV se incluye en el software instalado en el ordenador del instrumento. También
puede instalar el SAV en otro ordenador conectado a la misma red que el instrumento para
supervisar de manera remota los criterios de medición del experimento.
Guía del sistema NextSeq 550
31
Supervisión del progreso del experimento
Transferencia de datos
Secuenciación
Lavado automático posterior al experimento
Cuando finaliza el experimento de secuenciación, el software inicia un lavado automático
posterior al experimento con una solución de lavado que se suministra con el cartucho de
tampones y NaOCl suministrado en el cartucho de reactivo.
El lavado automático posterior al experimento dura alrededor de 90 minutos. Al finalizar
el lavado, el botón Home (Inicio) se activa. Los resultados de secuenciación permanecen
visibles en la pantalla durante el lavado.
Después del lavado
Después del lavado, los dispensadores permanecen bajados para evitar que entre aire en el
sistema. Deje los cartuchos en su lugar hasta el próximo experimento.
32
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Capítulo 4 Lectura
Introducción
Flujo de trabajo de lectura
Descarga de la carpeta DMAP
Carga del BeadChip en el adaptador
Configuración de una lectura
Supervisión del progreso de lectura
Guía del sistema NextSeq 550
34
36
37
38
39
42
33
Capítulo 4
Lectura
Lectura
Introducción
Para realizar una lectura en el sistema NextSeq 550, son necesarios los componentes del
experimento siguientes:
} Un BeadChip tintado e hibridizado
} El adaptador reutilizable del BeadChip
} Archivos Decode Map (DMAP) para el BeadChip que esté usando
} Un archivo de manifiesto para el BeadChip que esté usando
} Un archivo de grupos para el BeadChip que esté usando
Los archivos de resultados se generan durante la lectura y, después, se ponen en cola para
transferirlos a la carpeta de resultados especificada.
Lleve a cabo el análisis con el software BlueFuse Multi, que precisa que los datos de lectura
estén disponibles en el formato de archivo de llamada de genotipo (GTC). De forma
predeterminada, el sistema NextSeq 550 genera un archivo de formato GTC con los datos
normalizados y las llamadas de genotipo asociadas. Otra opción consiste en configurar el
instrumento para que genere archivos de datos de intensidad (IDAT) adicionales. Para
obtener más información, consulte Configuración de lectura del BeadChip en la página 72.
Decode File Client
La carpeta DMAP contiene información que determina las ubicaciones de las bolas en el
BeadChip y cuantifica la señal asociada a cada bola. Una carpeta DMAP se corresponde
unívocamente con un código de barras del BeadChip.
La utilidad Decode File Client le permite descargar las carpetas DMAP directamente de los
servidores de Illumina utilizando un protocolo HTTP estándar.
Para acceder a la utilidad Decode File Client, diríjase a la página de asistencia de Decode
File Client en el sitio web de Illumina (support.illumina.com/array/array_software/decode_
file_client/downloads.html). Instale el Decode File Client en un ordenador que tenga acceso
a la ubicación de red de la carpeta DMAP.
Para obtener más información, consulte Descarga de la carpeta DMAP en la página 37.
34
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Para cada BeadChip, el software necesita acceder a un archivo de grupos y a uno de
manifiesto. Cada archivo de grupos y de manifiesto es único para un tipo de BeadChip.
Compruebe que utiliza archivos de grupos que incluyen NS550 en el nombre de archivo.
Estos archivos son compatibles con el sistema NextSeq.
} Archivo de manifiesto: Los archivos de manifiesto describen el SNP o contenido de
sonda de un BeadChip. Los archivos de manifiesto emplean el formato *.bpm.
} Archivos de grupos: Los archivos de grupos describen las posiciones de los grupos
para la matriz de genotipado de Illumina y se emplean cuando se analizan los datos
para hacer la llamada de genotipo. Los archivos de grupos emplean el formato *.egt.
La ubicación de los archivos se especifica en la pantalla BeadChip Scan Configuration
(Configuración de lectura del BeadChip). En la pantalla Home (Inicio) de NCS, seleccione
Manage Instrument (Administrar instrumento), System Configuration (Configuración del
sistema) y, a continuación, BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del
BeadChip).
Cuando el instrumento NextSeq 550 se instala, el representante de Illumina descarga estos
archivos y especifica la ruta en el software de control. No es necesario cambiar estos
archivos, salvo en el caso de que se produzca una pérdida o de que haya una nueva
versión disponible. Para obtener más información, consulte Sustitución de los archivos de
manifiesto y archivos de grupos en la página 64.
Guía del sistema NextSeq 550
35
Introducción
Archivos de grupos y archivos de manifiesto
Lectura
Flujo de trabajo de lectura
Descargue la información de DMAP y guárdela en la ubicación de la carpeta DMAP especificada.
Cargue el BeadChip en el adaptador de BeadChips.
Cargue el adaptador de BeadChips en el instrumento.
Especifique los parámetros de lectura: la ubicación de la carpeta DMAP y la ubicación de los
resultados.
Revise los resultados de la comprobación automática.
Seleccione Start (Iniciar).
Supervise la lectura desde la interfaz del software de control.
36
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Puede acceder a la carpeta DMAP usando el Decode File Client por la cuenta o por el
BeadChip (vista predeterminada).
Acceso a la carpeta DMAP por la cuenta
1
En la pestaña principal del Decode File Client, seleccione una opción de descarga:
} AutoPilot (Piloto automático)
} All BeadChips not yet downloaded (Todos los BeadChips no descargados aún)
} All BeadChips (Todos los BeadChips)
} BeadChips by Purchase Order (BeadChips por orden de compra)
} BeadChips by barcode (BeadChips por código de barras)
2
Introduzca la información requerida.
3
Localice la carpeta DMAP que desea descargar.
4
Compruebe que dispone de suficiente espacio libre en el destino de la descarga.
5
Inicie la descarga. El estado de la descarga se puede ver en la pestaña Download
Status and Log (Estado y registro de la descarga).
6
Guarde la carpeta DMAP en la ubicación de la carpeta DMAP especificada.
Acceso a la carpeta DMAP por el BeadChip
1
Determine los BeadChips utilizando dos de las opciones siguientes:
} BeadChip barcode (Código de barras del BeadChip)
} BeadChips box ID (ID de la caja del BeadChip)
} Purchase order number (N.º de orden de compra)
} Sales order number (N.º de pedido)
2
Localice la carpeta DMAP que desea descargar.
3
Compruebe que dispone de suficiente espacio libre en el destino de la descarga.
4
Inicie la descarga. El estado de la descarga se puede ver en la pestaña Download
Status and Log (Estado y registro de la descarga).
5
Guarde la carpeta DMAP en la ubicación de la carpeta DMAP especificada.
Guía del sistema NextSeq 550
37
Descarga de la carpeta DMAP
Descarga de la carpeta DMAP
Lectura
Carga del BeadChip en el adaptador
1
Presione sobre la pinza de retención del adaptador. La pinza se inclina ligeramente
hacia atrás para abrirse.
2
Sujetando el BeadChip por los bordes, posiciónelo con el código de barras cerca de la
pinza de retención y colóquelo en la plataforma empotrada del adaptador.
Figura 23 Carga del BeadChip en el adaptador
3
Mediante las aberturas situadas a cada lado del BeadChip, compruebe que este está
colocado en la plataforma empotrada del adaptador.
Figura 24 El BeadChip se coloca y se asegura
4
Libere con cuidado la pinza de retención para asegurar el BeadChip.
5
Inspeccione el BeadChip desde un lateral para comprobar que está bien asentado en el
adaptador. Si es necesario, vuelva a colocarlo.
Figura 25 Inspección de la posición del BeadChip
A
B
38
Posición correcta: El BeadChip se asienta bien en el adaptador al soltar la pinza.
Posición incorrecta: El BeadChip no se asienta bien en el adaptador al soltar la pinza.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
1
En la pantalla Home (Inicio), seleccione Experiment (Experimento) y, a continuación,
seleccione Scan (Leer).
El comando Scan (Leer) abre la puerta del compartimento de imágenes, suelta los
consumibles del experimento anterior (si hay) y abre el conjunto de pantallas de
configuración de la lectura. Suele producirse un breve retraso.
Descarga de consumibles de secuenciación
Si hay consumibles de secuenciación usados cuando configura una lectura, el software le
solicita que descargue el cartucho de reactivo y el cartucho de tampones para poder
proceder con el paso siguiente.
1
Si se lo pide, retire los consumibles de secuenciación usados durante el experimento de
secuenciación anterior.
a
b
Retire el cartucho de reactivo del compartimento de reactivos. Deseche el contenido
no usado de conformidad con las normativas aplicables.
Retire el cartucho de tampones usado del compartimento de tampones.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los
ojos, puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de protección, como gafas
de protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los reactivos usados como
residuos químicos y deséchelos de acuerdo con las normas gubernamentales en
materia de seguridad de su región. Para obtener más información medioambiental,
sanitaria y de seguridad, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
2
Cierre la puerta del compartimento de reactivos y la del compartimento de tampones.
Guía del sistema NextSeq 550
39
Configuración de una lectura
Configuración de una lectura
Lectura
Carga del adaptador de BeadChips
1
Utilice los pasadores de alineación para posicionar el adaptador de BeadChips en la
platina.
Figura 26 Carga del adaptador de BeadChips
2
Seleccione Load (Cargar).
La puerta se cierra de forma automática, el ID del BeadChip aparece en pantalla, y se
comprueban los sensores. Suele producirse un breve retraso. Si no se puede leer el
código de barras del BeadChip, aparece un cuadro de diálogo que le permite introducir
el código de barras manualmente. Consulte El software no puede leer el código de barras
del BeadChip en la página 63.
3
Seleccione Next (Siguiente).
Configuración de la lectura
40
1
En la pantalla Scan Setup (Configuración de lectura), confirme la información
siguiente:
} Barcode (Código de barras): El software lee el código de barras del BeadChip al
cargar el BeadChip. Si el código de barras se ha introducido de forma manual, el
botón Edit (Editar) aparece para poder modificarlo.
} Type (Tipo): El campo para el tipo de BeadChip se rellena automáticamente en
función del código de barras del BeadChip.
} DMAP Location (Ubicación de DMAP): La ubicación de la carpeta DMAP se
especifica en la pantalla BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del
BeadChip). Si desea cambiar la ubicación solo para la lectura actual, seleccione
Browse (Examinar) y vaya a la ubicación correcta.
} Output Location (Ubicación de resultados): La ubicación de los resultados se
especifica en la pantalla BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del
BeadChip). Si desea cambiar la ubicación solo para la lectura actual, seleccione
Browse (Examinar) y vaya a la ubicación deseada.
2
Seleccione Next (Siguiente).
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
El software ejecuta una comprobación automática del sistema. Durante la comprobación,
aparecen los indicadores siguientes en la pantalla:
} Marca de verificación gris: Todavía no se ha efectuado la comprobación.
}
}
}
Icono
de progreso: La comprobación está en curso.
Marca de verificación verde: Se ha superado la comprobación.
X roja: No se ha superado la comprobación. Todos los elementos que no la superen
precisan una acción antes de continuar. Consulte Solución de errores de la comprobación
automática en la página 57.
Para detener una comprobación automática en curso, seleccione el icono
inferior derecha. Para reiniciar la comprobación, seleccione el icono
reanuda la primera comprobación incompleta o con error.
en la esquina
. La comprobación
Para ver los resultados de cada comprobación dentro de una categoría, seleccione el icono
para ampliar la categoría.
Inicio de la lectura
Una vez finalizada la comprobación automática, seleccione Start (Iniciar). Comenzará la
lectura.
Para configurar el sistema de forma que la lectura se inicie de forma automática después
de que se lleve a cabo con éxito la comprobación, consulte Ajuste de las opciones de
configuración del experimento en la página 14.
Guía del sistema NextSeq 550
41
Configuración de una lectura
Revisión de la comprobación automática
Lectura
Supervisión del progreso de lectura
1
Supervise el progreso de la lectura mediante la imagen del BeadChip. Cada color de la
imagen indica el estado de la lectura.
} Gris claro: No escaneada.
} Gris oscuro: Escaneada pero no registrada.
} Verde: Escaneada y registrada correctamente.
} Rojo: Error en la lectura y el registro.
Si falla el registro, puede volver a realizar la lectura de las muestras que contienen
secciones fallidas. Consulte Fallo de lectura del BeadChip en la página 63.
2
Seleccione la imagen del BeadChip para cambiar entre la vista completa y la vista
detallada de una muestra seleccionada.
} En la vista completa se ven las muestras que están en el BeadChip y las secciones
que hay en cada muestra.
} En la vista detallada se ve cada sección de la muestra seleccionada.
Figura 27 Imagen del BeadChip: vista completa y vista detallada
NOTA
La finalización de una lectura es definitiva. Si finaliza una lectura antes de que esta haya
terminado, los datos de la lectura no se guardan.
Transferencia de datos
Cuando finaliza la lectura, los datos se ponen en cola para transferirlos a la carpeta de
resultados de lectura. Los datos se guardan de forma temporal en el ordenador del
instrumento. Cuando se inicia una lectura posterior, la carpeta temporal se elimina del
ordenador del instrumento de forma automática.
El tiempo necesario para la transferencia de datos depende de su conexión de red. Antes de
empezar una nueva lectura, asegúrese de que los datos se han guardado en la carpeta de
resultados. Para comprobarlo, asegúrese de que en la carpeta del código de barras hay
archivos GTC. Para obtener más información, consulte Estructura de carpetas de resultados de
lectura en la página 87.
Si se interrumpe la conexión, la transferencia de datos se reanuda automáticamente cuando
se restablece la conexión. Cada archivo tiene un temporizador de una hora que empieza a
contar cuando el archivo se pone en cola para su transferencia a la carpeta de resultados.
42
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Guía del sistema NextSeq 550
43
Supervisión del progreso de lectura
Si se agota el tiempo del temporizador o si el instrumento se reinicia antes de que finalice
la transferencia, los datos no se guardan en la carpeta de resultados.
44
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Capítulo 5 Mantenimiento
Introducción
Realización de un lavado manual
Actualizaciones de software
Apagado del instrumento
Guía del sistema NextSeq 550
46
47
50
52
45
Capítulo 5
Mantenimiento
Mantenimiento
Introducción
Los procedimientos de mantenimiento incluyen lavados manuales del instrumento y
actualizaciones del software del sistema cuando están disponibles.
} Lavados del instrumento: Realizar un lavado automático posterior al experimento
después de cada experimento de secuenciación mantiene el rendimiento del
instrumento. No obstante, es preciso realizar un lavado manual periódicamente en
determinadas condiciones. Consulte Realización de un lavado manual en la página 47.
} Actualizaciones de software: Cuando hay disponible una versión actualizada del
sistema, puede instalar la actualización de forma automática a través de una conexión
a BaseSpace o de forma manual si descarga previamente el instalador del sitio web de
Illumina. Consulte Actualizaciones de software en la página 50.
Mantenimiento preventivo
Illumina le recomienda que programe un servicio de mantenimiento preventivo cada año.
Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial regional o con
el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento
preventivo facturable.
46
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Los lavados manuales se inician en la pantalla Home (Inicio). Entre las opciones de lavado
se incluye el lavado rápido y el lavado manual posterior al experimento.
Tipos de lavado
Descripción
Lavado rápido
Lava el sistema con una solución de lavado proporcionada por el
usuario de agua de laboratorio y Tween 20 (cartucho de lavado de
tampones).
• Necesario cada 14 días que el instrumento permanece inactivo con
el cartucho de reactivo y cartucho de tampones colocados.
• Necesario cada 7 días que el instrumento permanece en un estado
seco (con el cartucho de reactivo y el cartucho de tampones
quitados).
• Necesario después de un apagado.
Duración: 20 minutos
Lavado manual
posterior al experimento
Duración: 90 minutos
Lava el sistema con una solución de lavado proporcionada por el
usuario de agua de laboratorio y Tween 20 (cartucho de lavado de
tampones), e hipoclorito de sodio al 0,12 % (cartucho de lavado de
reactivos).
Necesario en caso de no haber llevado a cabo un lavado automático
posterior al experimento.
Para llevar a cabo un lavado manual, se debe usar el cartucho de lavado de reactivos y el
cartucho de lavado de tampones que vienen con el instrumento, así como una celda de
flujo usada. Una celda de flujo usada se puede utilizar hasta 20 veces para los lavados del
instrumento.
Figura 28 Cartucho de lavado de reactivos y cartucho de lavado de tampones
Preparación para un lavado manual posterior al experimento
Consumibles proporcionados por
el usuario
• NaOCl
Guía del sistema NextSeq 550
Volumen y descripción
1 ml, diluido al 0,12 %
Se carga en el cartucho de lavado de reactivos (en la
posición n.º 28).
47
Realización de un lavado manual
Realización de un lavado manual
Mantenimiento
Consumibles proporcionados por
el usuario
• Tween 20 al 100 %
• Agua de laboratorio
Volumen y descripción
Se utiliza para realizar una solución de lavado Tween 20 de
125 ml al 0,05 %.
Se carga en el cartucho de lavado de tampones (en el
depósito central).
NOTA
Utilice siempre una dilución de NaOCl nueva preparada en las últimas 24 horas. Si prepara
un volumen superior a 1 ml, almacene la dilución restante a una temperatura entre 2 °C y
8 °C para utilizarla en las próximas 24 horas. De lo contrario, deseche la dilución de NaOCl
restante.
1
Combine los siguientes volúmenes en un tubo de microcentrifugado para conseguir
1 ml de NaOCl al 0,12 %:
} NaOCl al 5 % (24 µl)
} Agua de laboratorio (976 µl)
2
Invierta el tubo para mezclar.
3
Añada 1 ml de NaOCl al 0,12 % al cartucho de lavado de reactivos. El depósito
correcto es equivalente a la posición n.º 28 en el cartucho precargado.
Figura 29 Carga de NaOCl
4
Combine los siguientes volúmenes para que dé como resultado una solución de lavado
de Tween 20 al 0,05 %:
} Tween 20 al 100 % (62 µl)
} Agua de laboratorio (125 ml)
5
Añada 125 ml de solución de lavado al depósito central del cartucho de lavado de
tampones.
6
Seleccione Perform Wash (Realizar lavado) y, a continuación, seleccione Manual PostRun Wash (Lavado manual posterior al experimento).
Preparación para un lavado rápido
Consumibles proporcionados por
el usuario
• Tween 20 al 100 %
• Agua de laboratorio
48
Volumen y descripción
Se utiliza para realizar una solución de lavado Tween 20 de
40 ml al 0,05 %.
Se carga en el cartucho de lavado de tampones (en el
depósito central).
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Combine los siguientes volúmenes para que dé como resultado una solución de lavado
de Tween 20 al 0,05 %:
} Tween 20 al 100 % (20 µl)
} Agua de laboratorio (40 ml)
2
Añada 40 ml de solución de lavado al depósito central del cartucho de lavado de
tampones.
3
Seleccione Perform Wash (Realizar lavado) y, a continuación, seleccione Quick Wash
(Lavado rápido).
Carga de una celda de flujo usada y de los cartuchos de lavado
1
Si no hay ninguna celda de flujo usada, cargue una celda de flujo usada. Seleccione
Load (Cargar) y, a continuación, seleccione Next (Siguiente).
2
Retire el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de conformidad con las
normativas aplicables.
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una
toxina reproductiva probable. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la
piel o los ojos, puesto que puede provocar lesiones. Utilice equipo de
protección, como gafas de protección, guantes y bata de laboratorio. Trate los
reactivos usados como residuos químicos y deséchelos de acuerdo con las
normas gubernamentales en materia de seguridad de su región. Para obtener
más información medioambiental, sanitaria y de seguridad, consulte la hoja de
datos de seguridad (SDS) de este kit en support.illumina.com/sds.html.
3
Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones
hasta que se detenga.
4
Extraiga el cartucho de tampones usados del experimento anterior, si todavía no lo ha
hecho.
5
Cargue el cartucho de lavado de tampones que contiene la solución de lavado.
6
Extraiga el cartucho de reactivo usado del experimento anterior, si todavía no lo ha
hecho.
7
Cargue el cartucho de lavado de reactivos.
8
Seleccione Next (Siguiente). La comprobación previa al lavado comienza de forma
automática.
Inicio del lavado
1
Seleccione Start (Iniciar).
2
Cuando finalice el lavado, seleccione Home (Inicio).
Después del lavado
Después del lavado, los dispensadores permanecen bajados para evitar que entre aire en el
sistema. Deje los cartuchos en su lugar hasta el próximo experimento.
Guía del sistema NextSeq 550
49
Realización de un lavado manual
1
Mantenimiento
Actualizaciones de software
Las actualizaciones de software se suministran en un paquete llamado System Suite, que
incluye el software siguiente:
} Software de control de NextSeq (NCS)
} Fórmulas de NextSeq
} RTA v2
} Software de servicio de NextSeq (NSS)
} Visor del análisis de secuenciación (SAV)
} BaseSpace Broker
Puede instalar las actualizaciones de software de forma automática con una conexión a
Internet o de forma manual desde una ubicación de red o USB.
} Actualizaciones automáticas: Si el instrumento está conectado a una red con acceso a
}
Internet, aparecerá un icono
de alerta en el botón Manage Instrument (Administrar
instrumento) de la pantalla Home (Inicio) cuando haya una actualización disponible.
Actualizaciones manuales: Descárguese el instalador de System Suite de la página de
asistencia técnica de NextSeq 550 en el sitio web de Illumina.
Actualización automática de software
1
Seleccione Manage Instrument (Administrar instrumento).
2
Seleccione Software Update (Actualización del software).
3
Seleccione Install the update already downloaded from BaseSpace (Instalar la
actualización descargada de BaseSpace).
4
Seleccione el icono Update (Actualizar) para iniciar la actualización. Se abre un cuadro
de diálogo para confirmar el comando.
5
Siga los mensajes del asistente de instalación:
a
b
c
Acepte el acuerdo de licencia.
Revise las notas de la versión.
Revise la lista de software incluido en la actualización.
Al finalizar la actualización, el software de control se reinicia automáticamente.
NOTA
Si se incluye una actualización de firmware, es necesario efectuar un reinicio automático del
sistema después de que el firmware se haya actualizado.
Actualización manual de software
50
1
Descárguese el instalador System Suite del sitio web de Illumina y guárdelo en una
ubicación de red.
Otra opción consiste en copiar el archivo de instalación del software en una unidad
USB portátil.
2
Seleccione Manage Instrument (Administrar instrumento).
3
Seleccione Software Update (Actualización del software).
4
Seleccione Manually install the update from the following location (Instalar
manualmente la actualización desde la siguiente ubicación).
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Seleccione Browse (Examinar) para ir a la ubicación de la carpeta del archivo de
instalación del software y, a continuación, seleccione Update (Actualizar).
6
Siga los mensajes del asistente de instalación:
a
b
c
Acepte el acuerdo de licencia.
Revise las notas de la versión.
Revise la lista de software incluido en la actualización.
Al finalizar la actualización, el software de control se reinicia automáticamente.
NOTA
Si se incluye una actualización de firmware, es necesario efectuar un reinicio automático del
sistema después de que el firmware se haya actualizado.
Guía del sistema NextSeq 550
51
Actualizaciones de software
5
Mantenimiento
Apagado del instrumento
1
Seleccione Manage Instrument (Administrar instrumento).
2
Seleccione System Power Options (Opciones de alimentación del sistema).
3
Seleccione Shut Down (Apagar).
El comando Shut Down (Apagar) cierra el software de forma segura y apaga la
alimentación del instrumento. Espere al menos 60 segundos antes de volver a
encenderlo.
PRECAUCIÓN
No cambie la posición del instrumento. Si lo mueve de forma indebida, la alineación óptica
podría verse afectada y comprometer la integridad de los datos. Si debe cambiar la posición
del instrumento, póngase en contacto con el representante de Illumina.
52
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Apéndice A Solución de problemas
Introducción
Archivos de solución de problemas
Solución de errores de la comprobación automática
Contenedor de reactivos usados lleno
Flujo de trabajo de la rehibridación
Errores de lectura y BeadChip
Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas
Comprobación del sistema
Mensaje de error de RAID
Configuración de los parámetros del sistema
Guía del sistema NextSeq 550
54
55
57
60
61
63
65
66
69
70
53
Apéndice A
Solución de problemas
Solución de problemas
Introducción
Para cuestiones técnicas, visite las páginas de asistencia de NextSeq 550 en el sitio web de
Illumina. Las páginas de asistencia proporcionan acceso a la documentación, las descargas
y las preguntas frecuentes.
Inicie sesión en su cuenta de MyIllumina para acceder a los boletines de asistencia.
Si tiene problemas con la calidad o el rendimiento de los experimentos, póngase en
contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Consulte Asistencia técnica en la
página 93.
Le recomendamos que comparta un enlace al resumen del experimento en BaseSpace con
el servicio de asistencia técnica de Illumina para facilitar la solución de problemas.
54
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Es posible que el representante del servicio de asistencia técnica de Illumina le solicite que
proporcione copias de archivos específicos del experimento o de la lectura para solucionar
problemas. Los archivos siguientes se suelen emplear para la solución de problemas.
Archivos de solución de problemas para los experimentos de
secuenciación
Archivo clave
Carpeta
Descripción
Archivo de información
del experimento
(RunInfo.xml)
Carpeta raíz
Contiene la siguiente información:
• Nombre del experimento
• Número de ciclos del experimento
• Número de ciclos de cada lectura
• Si la lectura es una lectura indexada
• Número de sectores y placas de la celda de flujo
Archivo de parámetros
del experimento
(RunParameters.xml)
Carpeta raíz
Contiene información sobre los parámetros y
componentes del experimento. La información
incluye el RFID, el número de serie, el número de
referencia y la fecha de caducidad.
Archivo de
configuración de RTA
(RTAConfiguration.xml)
Data\Intensities
Contiene los parámetros de configuración de
RTA para el experimento.
El archivo RTAConfiguration.xml se crea al inicio
del experimento.
Archivos InterOp (*.bin)
InterOp
Archivos de informes binarios empleados para el
visor del análisis de secuenciación.
Los archivos InterOp se actualizan durante el
experimento.
Archivos de registro
Registros
Los archivos de registro describen cada paso que
realiza el instrumento en cada ciclo y enumeran
las versiones de software y firmware utilizadas
con el experimento. El archivo denominado
[Nombre del instrumento]_CurrentHardware.csv
muestra los números de serie de los componentes
del instrumento.
Archivos de registro de
errores (*ErrorLog*.txt)
Registros
de RTA
Registro de errores de RTA.
Los archivos de registro de errores se actualizan
siempre que se produce un error.
Archivos de registro
global (*GlobalLog*.tsv)
Registros
de RTA
Registro de todos los eventos de RTA.
Los archivos de registro global se actualizan
durante el experimento.
Archivos de registro de
carril (*LaneLog*.txt)
Registros
de RTA
Registro de eventos de procesamiento de RTA.
Los archivos de registro de carril se actualizan
durante el experimento.
Guía del sistema NextSeq 550
55
Archivos de solución de problemas
Archivos de solución de problemas
Solución de problemas
Errores de RTA
Para solucionar los errores de RTA, compruebe primero el registro de errores del RTA que
se almacena en la carpeta RTALogs. Este archivo no está presente si un experimento se ha
realizado con éxito. Incluya el registro de errores al notificar los problemas al servicio de
asistencia técnica de Illumina.
Archivos de solución de problemas para las lecturas de matrices
56
Archivo clave
Carpeta
Descripción
Archivo de
parámetros de la
lectura
(ScanParameters.xml)
Carpeta
raíz
Contiene información sobre los parámetros de la lectura.
La información incluye la fecha de lectura, el código de
barras del BeadChip, la ubicación del archivo de grupos y
la ubicación del archivo de manifiesto.
Archivos de registro
Registros
Los archivos de registro describen todos los pasos
llevados a cabo en el instrumento durante la lectura.
Archivos de criterios
de medición
[Código
de
barras]
Los criterios de medición se proporcionan como criterios
de medición de la muestra y como criterios de medición
de la sección.
[código de barras]_sample_metrics.csv: Para cada
muestra y canal (rojo y verde), enumera Percent Off
Image (Porcentaje fuera de imagen), Percent Outliers
(Porcentaje de valores atípicos), P05, P50, P95, Avg
FWHM Avg (Prom. FWHM medio), FWHM Stddev
(desviación estándar de FWHM) y Min Registration Score
(Puntuación mínima de registro).
[código de barras]_section_metrics.csv: Para cada sección
y placa, recoge Laser Z-position (Posición Z del láser),
Through Focus Z-position (Posición de Z a través del
enfoque), Red FWHM (FWHM rojo), Green FWHM
(FWHM verde), Red Avg Pixel Intensity (Intensidad
media de píxeles rojos), Green Avg Pixel Intensity
(Intensidad media de píxeles verdes), Red Registration
Score (Puntuación de registro rojo) y Green Registration
Score (Puntuación de registro verde).
Archivo de relectura
[Código
de
barras]
[código de barras]_rescan.flowcell: Recoge las
ubicaciones de placas ajustadas para una relectura, que
incluyen un solapamiento de placa a placa progresivo.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Si se producen errores durante la comprobación automática, lleve a cabo las medidas
recomendadas que se indican a continuación para solucionar el error. Las comprobaciones
automáticas son distintas para la secuenciación y para las lecturas de matrices.
Comprobaciones para los experimentos de secuenciación
Si falla una comprobación previa al experimento, la identificación de radiofrecuencia
(RFID) del cartucho de reactivo no se bloquea y puede usarse en un experimento posterior.
Sin embargo, la RFID se bloquea una vez que se han perforado los cierres metálicos.
Comprobaciones del
sistema
Acción recomendada
Doors Closed (Puertas
cerradas)
Asegúrese de que las puertas del compartimento estén
cerradas.
Consumables Loaded
(Consumibles cargados)
Los sensores de los consumibles no registran debidamente.
Asegúrese de que todos los consumibles estén bien cargados.
En las pantallas de configuración del experimento, seleccione
Back (Atrás) para volver al paso de carga, y repita la
configuración del experimento.
Required Software
(Software necesario)
Faltan los componentes críticos del software.
Lleve a cabo una actualización manual del software para
restablecer todos los componentes del software.
Instrument Disk Space
(Espacio de disco del
instrumento)
El disco duro del instrumento no tiene suficiente espacio para
ejecutar un experimento. Es posible que no se hayan
transferido los datos de un experimento anterior.
Borre los datos del experimento del disco duro del
instrumento.
Network Connection
(Conexión de red)
La conexión de red se ha interrumpido. Compruebe el estado
de la red y la conexión de red física.
Network Disk Space
(Espacio de disco de la red)
La cuenta de BaseSpace o el servidor de red están llenos.
Temperature
(Temperatura)
Acción recomendada
Temperature
(Temperatura)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Temperature Sensors
(Sensores de temperatura)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Fans (Ventiladores)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Guía del sistema NextSeq 550
57
Solución de errores de la comprobación automática
Solución de errores de la comprobación automática
Solución de problemas
Sistema de adquisición
de imágenes
Acción recomendada
Imaging Limits (Límites de
adquisición de imágenes)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Z Steps-and-Settle
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Bit Error Rate (Tasa de
errores de bits)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Flow Cell Registration
(Registro de la celda de
flujo)
Es posible que la celda de flujo no esté bien colocada.
• En las pantallas de configuración del experimento,
seleccione Back (Atrás) para volver al paso de la celda de
flujo. La puerta del compartimento de adquisición de
imágenes se abre.
• Descargue y vuelva a cargar la celda de flujo para
asegurarse de que está bien colocada.
Administración de
reactivos
Acción recomendada
Valve Response
(Respuesta de la válvula)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Pump (Bomba)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Buffer Mechanism
(Mecanismo de los
tampones)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Spent Reagents Empty
(Reactivos usados
vaciados)
Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a cargar el
contenedor ya vacío.
Comprobaciones para las lecturas de matrices
58
Comprobaciones del
sistema
Acción recomendada
Doors Closed (Puertas
cerradas)
Asegúrese de que las puertas del compartimento estén
cerradas.
Consumables Loaded
(Consumibles cargados)
Los sensores de los consumibles no registran debidamente.
Asegúrese de que todos los consumibles estén bien cargados.
En las pantallas de configuración del experimento, seleccione
Back (Atrás) para volver al paso de carga, y repita la
configuración del experimento.
Required Software
(Software necesario)
Faltan los componentes críticos del software.
Lleve a cabo una actualización manual del software para
restablecer todos los componentes del software.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Acción recomendada
Verify Input Files
(Verificar archivos de
entrada)
Compruebe que la ruta del archivo de grupos y del archivo de
manifiesto es correcta y que están los archivos.
Instrument Disk Space
(Espacio de disco del
instrumento)
El disco duro del instrumento no tiene suficiente espacio para
ejecutar un experimento. Es posible que no se hayan
transferido los datos de un experimento anterior.
Borre los datos del experimento del disco duro del
instrumento.
Network Connection
(Conexión de red)
La conexión de red se ha interrumpido. Compruebe el estado
de la red y la conexión de red física.
Network Disk Space
(Espacio de disco de la red)
La cuenta de BaseSpace o el servidor de red están llenos.
Sistema de adquisición
de imágenes
Acción recomendada
Imaging Limits (Límites de
adquisición de imágenes)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Z Steps-and-Settle
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Bit Error Rate (Tasa de
errores de bits)
Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Auto-Center
(Autocentrado)
Descargue el adaptador de BeadChips. Compruebe que el
BeadChip está bien colocado en el adaptador y, a
continuación, vuelva a cargar el adaptador.
Guía del sistema NextSeq 550
59
Solución de errores de la comprobación automática
Comprobaciones del
sistema
Solución de problemas
Contenedor de reactivos usados lleno
Inicie siempre un experimento con un contenedor de reactivos usados vacío.
Si inicia un experimento sin un contenedor vacío, cuando el contenedor se llena, los
sensores del sistema activan el software para que detenga el experimento. Los sensores del
sistema no pueden pausar un experimento durante la generación de grupos, la resíntesis
"paired-end" ni el lavado automático posterior al experimento.
Cuando el experimento se pausa, se abre un cuadro de diálogo con opciones para levantar
los dispensadores y vaciar el contenedor lleno.
Vaciado del contenedor de reactivos usados
60
1
Seleccione Raise Sippers (Levantar los dispensadores).
2
Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de manera
adecuada.
3
Vuelva a colocar el contenedor vacío en el compartimento de tampones.
4
Seleccione Continue (Continuar). El experimento se reanuda automáticamente.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Es posible que se deba realizar un experimento de rehibridación si los criterios de medición
generados durante los primeros ciclos muestran intensidades por debajo de 2500. Algunas
bibliotecas de baja diversidad pueden mostrar intensidades por debajo de 1000, lo que es
previsible y no puede resolverse con la rehibridación.
NOTA
El comando End Run (Finalizar experimento) es definitivo. No es posible reanudar el
experimento, no se pueden reutilizar sus consumibles y tampoco se guardan los datos de
secuenciación del experimento.
Cuando el usuario finaliza un experimento, el software lleva a cabo los pasos siguientes
antes de que el experimento termine:
} Coloca la celda de flujo en un estado seguro.
} Desbloquea la RFID de la celda de flujo para un experimento posterior.
} Asigna una fecha de caducidad de rehibridación a la celda de flujo.
} Guarda los archivos de registro del experimento de los ciclos completados. Suele
producirse un retraso.
} Se salta el lavado automático posterior al experimento.
Cuando el usuario inicia un experimento de rehibridación, el software lleva a cabo los
pasos siguientes para realizar el experimento:
} Crea una carpeta del experimento en función del nombre único del experimento.
} Comprueba que la fecha de rehibridación de la celda de flujo no haya pasado.
} Ceba los reactivos. Suele producirse un retraso.
} Se salta el paso de generación de grupos.
} Elimina el cebador de Lectura 1 anterior.
} Hibrida un cebador de Lectura 1 nuevo.
} Continúa con la Lectura 1 y el resto del experimento según los parámetros
especificados del experimento.
Puntos para finalizar un experimento de rehibridación
Únicamente es posible llevar a cabo la rehibridación más tarde si finaliza el experimento
en los siguientes puntos:
} Después del ciclo 5: Las intensidades aparecen tras el registro de plantilla, que exige
los primeros cinco ciclos de secuenciación. Aunque finalizar un experimento después
del ciclo 1 es seguro, se recomienda hacerlo después del ciclo 5. No finalice un
experimento durante la generación de grupos.
} Lectura 1 o Lectura de índice 1: Finalice el experimento antes de iniciar la resíntesis
"paired-end". La celda de flujo no se puede guardar para la posterior rehibridación una
vez iniciada la resíntesis "paired-end".
Consumibles necesarios
Un experimento de rehibridación requiere un cartucho de reactivo y un cartucho de
tampones de NextSeq nuevos, independientemente de cuándo se detuviera el experimento.
Finalización del experimento actual
1
Seleccione End Run (Finalizar experimento). Cuando se le pregunte si quiere confirmar
el comando, seleccione Yes (Sí).
Guía del sistema NextSeq 550
61
Flujo de trabajo de la rehibridación
Flujo de trabajo de la rehibridación
Solución de problemas
2
Cuando se le pregunte si quiere guardar la celda de flujo, seleccione Yes (Sí). Tenga en
cuenta la fecha de caducidad para la rehibridación.
3
Retire la celda de flujo guardada y resérvela a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C
hasta que esté listo para configurar el experimento de rehibridación.
NOTA
Puede almacenar la celda de flujo hasta siete días a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C en
el estuche protector de plástico sin el paquete desecante. Para obtener mejores resultados,
rehibride la celda de flujo guardada en un plazo de tres días.
Realización de un lavado manual
1
En la pantalla Home (Inicio), seleccione Perform Wash (Realizar lavado).
2
En la pantalla Wash Selection (Selección de lavado), seleccione Manual Post-Run
Wash (Lavado manual posterior al experimento). Consulte Realización de un lavado
manual en la página 47.
NOTA
Si no ha retirado el cartucho de reactivo y el cartucho de tampones del experimento que se
ha detenido, puede utilizarlos para el lavado manual. En caso contrario, realice el lavado
manual con el cartucho de lavado de reactivos y el cartucho de lavado de tampones.
Configuración de un experimento nuevo en la ficha Prep de BaseSpace
1
Si el instrumento está configurado para BaseSpace o en BaseSpace Onsite, configure un
experimento nuevo en la ficha Prep (Preparación) con los mismos parámetros que el
experimento original.
SUGERENCIA
Haga clic en la ficha Pools (Grupos), seleccione el ID de grupo adecuado para conservar los
parámetros del experimento anterior y, a continuación, asigne un nombre único al
experimento nuevo.
Configuración de un experimento en el instrumento
62
1
Prepare un cartucho de reactivo nuevo.
2
Si se ha almacenado la celda de flujo guardada, deje que alcance la temperatura
ambiente (entre 15 y 30 minutos).
3
Limpie la celda de flujo guardada y cárguela.
4
Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de manera
adecuada; a continuación, vuelva a cargar el contenedor vacío.
5
Cargue el nuevo cartucho de tampones y el nuevo cartucho de reactivo.
6
En la pantalla Run Setup (Configuración del experimento), seleccione una de las
siguientes opciones:
} BaseSpace o BaseSpace Onsite: Seleccione el experimento y confirme sus
parámetros.
} Independiente: Introduzca el nombre del experimento y especifique los mismos
parámetros que en el experimento original.
7
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con la comprobación previa al experimento,
e inicie el experimento.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
El software no puede leer el código de barras del BeadChip
Si aparece el cuadro de diálogo de error de código de barras, seleccione entre estas
opciones:
} Seleccione Rescan (Volver a realizar la lectura). El software intenta leer el código de
barras de nuevo.
} Seleccione el campo de texto y escriba el código de barras numérico tal y como se
muestra en la imagen. En función del BeadChip, los números del código de barras
tienen hasta 12 dígitos. Seleccione Save (Guardar). La imagen del código de barras se
guarda en la carpeta de resultados.
} Seleccione Cancel (Cancelar). La puerta del compartimento de adquisición de
imágenes se abre para descargar el adaptador de BeadChips.
Fallo de lectura del BeadChip
Las imágenes se registran después de su lectura. El registro identifica las bolas
relacionando su ubicación en la imagen leída con la información que figura en el archivo
del mapa de bolas, o carpeta DMAP.
Las secciones que han dado fallo en el registro se indican en rojo en la imagen del
BeadChip.
Figura 30 BeadChip en el que se muestran las secciones fallidas
Una vez que finaliza la lectura y que los datos de esta se guardan en la carpeta de
resultados, el botón Rescan (Volver a realizar la lectura) se activa.
Cuando se selecciona Rescan (Volver a realizar la lectura), el software lleva a cabo los
pasos siguientes:
} Vuelve a realizar la lectura de las muestras que contienen secciones fallidas usando un
solapamiento de placa a placa progresivo.
} Genera los archivos de resultados en la carpeta de resultados original.
} Sobrescribe los archivos de resultados anteriores correspondientes a las secciones
fallidas.
} Aumenta de uno en uno el contador de lecturas para cada relectura, pero lo hace en
segundo plano. El software no cambia el nombre de la carpeta de resultados.
Relectura o inicio de una nueva lectura
1
Seleccione Rescan (Volver a realizar la lectura) para realizar la lectura de muestras que
contienen secciones fallidas.
Guía del sistema NextSeq 550
63
Errores de lectura y BeadChip
Errores de lectura y BeadChip
Solución de problemas
2
Si la lectura sigue dando error, termínela.
3
Retire el BeadChip y el adaptador y compruebe que el BeadChip no está sucio ni tiene
polvo. Utilice aire comprimido u otro método comprimido de desempolvadura para
quitar la suciedad.
4
Vuelva a cargar el BeadChip e inicie una lectura nueva.
Cuando se inicia una nueva lectura, el software lleva a cabo los siguientes pasos:
} Realiza la lectura de todo el BeadChip.
} Genera los archivos de resultados en una carpeta de resultados nueva.
} Aumenta de uno en uno el contador de lecturas en función del recuento de lecturas
de la última relectura.
Sustitución de los archivos de manifiesto y archivos de grupos
1
Diríjase a la página de asistencia técnica de Illumina (support.illumina.com)
correspondiente al BeadChip que está utilizando y, a continuación, haga clic en la
pestaña Downloads (Descargas).
2
Descargue los archivos que se deben sustituir o actualizar y cópielos en la ubicación de
red deseada.
NOTA
Asegúrese de seleccionar archivos de grupos y de manifiesto que sean compatibles con
el sistema NextSeq 550. Los archivos compatibles llevan NS550 en el nombre del
archivo.
3
Solo si ha cambiado la ubicación, actualícela en la pantalla BeadChip Scan
Configuration (Configuración de lectura del BeadChip) de la forma siguiente:
a
b
c
4
64
En la pantalla Home (Inicio) de NCS, seleccione Manage Instrument (Administrar
instrumento).
Seleccione Configuración del sistema.
Seleccione BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del BeadChip).
Seleccione Browse (Examinar) y vaya a la ubicación de los archivos sustituidos o
actualizados.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
No modifique las fórmulas originales: realice siempre una copia de la original con un
nuevo nombre. Si se modifica una fórmula original, el actualizador de software ya no
podrá reconocerla para las actualizaciones posteriores, y no se instalarán versiones más
recientes.
Guarde las fórmulas personalizadas en la carpeta de fórmulas correspondiente. Las
carpetas de fórmulas se organizan como se indica a continuación.
Custom (Personalizadas)
High (Alto): Fórmulas personalizadas que se utilizan con un kit de rendimiento
elevado.
Mid (Medio): Fórmulas personalizadas que se utilizan con un kit de
rendimiento medio.
High (Alto): Fórmulas originales que se utilizan con un kit de rendimiento elevado.
Mid (Medio): Fórmulas originales que se utilizan con un kit de rendimiento medio.
Wash (Lavado): Contiene la fórmula de lavado manual.
Guía del sistema NextSeq 550
65
Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas
Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas
Solución de problemas
Comprobación del sistema
No se precisa ejecutar ninguna comprobación del sistema durante el funcionamiento
normal o para el mantenimiento del instrumento. No obstante, un representante del
servicio de asistencia técnica de Illumina puede solicitarle que ejecute una comprobación
del sistema para solucionar posibles problemas.
NOTA
Si debe realizar un lavado del instrumento, hágalo antes de iniciar una comprobación del
sistema.
Al iniciar una comprobación del sistema, automáticamente se cierra el software de control
y se inicia el software de servicio de NextSeq (NSS). El software de servicio se inicia y se
abre la pantalla Load (Cargar), que está configurada para utilizar la opción de carga
avanzada.
Figura 31 Comprobaciones del sistema disponibles
Las casillas de verificación desactivadas de la pantalla Select (Selección) indican pruebas
que requieren la asistencia de un representante de campo de Illumina.
Realización de una comprobación del sistema
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Check (Comprobación del sistema). Cuando se le pregunte si quiere cerrar el software
de control, seleccione Yes (Sí).
2
Cargue los consumibles como se describe a continuación:
a
b
c
d
66
Si todavía no hay ninguna celda de flujo usada en el instrumento, cargue una
celda de flujo usada.
Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a colocarlo en el instrumento.
Cargue el cartucho de lavado de tampones que contiene 120 ml de agua de
laboratorio en el depósito central.
Cargue el cartucho de lavado de reactivos. Asegúrese de que el cartucho de lavado
de reactivos está limpio y vacío.
3
Seleccione Load (Cargar). El software mueve la celda de flujo y el cartucho de lavado
de reactivos a su posición. Seleccione Next (Siguiente).
4
Seleccione Next (Siguiente). Se inicia la comprobación del sistema.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
[Opcional] Cuando finalice la comprobación del sistema, seleccione View (Ver) junto al
nombre de la comprobación para ver los valores asociados a cada comprobación.
6
Seleccione Next (Siguiente). Se abre el informe de comprobación del sistema.
7
Seleccione Save (Guardar) para guardar el informe en un archivo comprimido. Vaya a
una ubicación de red para guardar el archivo.
8
Cuando termine, seleccione Exit (Salir).
9
Cuando se le pregunte si quiere cerrar el software de servicio y reiniciar el software de
control, seleccione Yes (Sí). El software de control se reinicia automáticamente.
Comprobaciones de movimiento
Comprobación del
sistema
Descripción
BSM
Comprueba la ganancia y la distancia del mecanismo de tubos
para botellas (BSM) para confirmar que el módulo funciona
correctamente.
FCLM & FAM (FCLM y
FAM)
Comprueba la ganancia y la distancia del mecanismo de carga de
la celda de flujo (FCLM) y del módulo de automatización de
fluidos (FAM) para confirmar que los módulos funcionan
correctamente.
Stage Tests (Pruebas de
platina)
Comprueba los límites de desplazamiento y el rendimiento de la
platina XY y las seis platinas Z, una para cada cámara.
Comprobación del sistema óptico
Comprobación del
sistema
Flow Cell Registration
(Registro de la celda de
flujo)
Descripción
Mide la inclinación de la celda de flujo en un plano óptico,
comprueba la función de la cámara, comprueba el módulo de
adquisición de imágenes y verifica el registro de la celda de flujo
en la posición correcta de adquisición de imágenes.
Comprobaciones de la fluídica
Comprobación del
sistema
Descripción
Valve Response
(Respuesta de la
válvula)
Comprueba la precisión de los movimientos de la válvula y la
bomba, así como la amplitud de movimiento de la jeringa de la
bomba.
Pressure Decay (Caída
de la presión)
Comprueba la tasa de fuga de un sistema de fluídica con cierre,
que confirma que la celda de flujo está bien montada en la
posición de secuenciación.
Flow Rate (Velocidad
de flujo)
Comprueba el funcionamiento de los sensores de burbujas, que
se utilizan para detectar la presencia de aire en los conductos de
reactivo. Mide la velocidad de flujo para detectar oclusiones o
fugas.
Guía del sistema NextSeq 550
67
Comprobación del sistema
5
Solución de problemas
Comprobaciones térmicas
Comprobación del
sistema
68
Descripción
Fans (Ventiladores)
Comprueba la velocidad de los ventiladores del sistema en pulsos
por minuto (PPM) para confirmar que los ventiladores funcionan.
Los ventiladores que no funcionan devuelven un valor negativo.
Thermal Probes
(Sondas térmicas)
Comprueba la temperatura media de cada sensor térmico. Los
sensores térmicos que no funcionan devuelven un valor
negativo.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
El ordenador del NextSeq está equipado con dos discos duros. Si un disco duro empieza a
fallar, el sistema genera un mensaje de error de RAID y le sugiere que se ponga en contacto
con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Normalmente, es necesario sustituir el
disco duro.
Puede proceder con los pasos de configuración del experimento y el funcionamiento
normal. El propósito del mensaje es planificar los trabajos de mantenimiento de forma
anticipada para evitar interrupciones en el funcionamiento normal del instrumento. Para
continuar, seleccione Acknowledge (Aceptar) y, a continuación, Close (Cerrar).
Guía del sistema NextSeq 550
69
Mensaje de error de RAID
Mensaje de error de RAID
Solución de problemas
Configuración de los parámetros del sistema
El sistema se configura durante la instalación. No obstante, si es necesario realizar un
cambio o si el sistema se debe volver a configurar, utilice las opciones de configuración del
sistema.
} Network Configuration (Configuración de red): Proporciona opciones para la
configuración de la dirección IP, dirección del servidor de nombre de dominio (DNS),
nombre del ordenador y nombre del dominio.
} BaseSpace Configuration (Configuración de BaseSpace): Proporciona opciones de
métodos de análisis, entre los que se incluyen BaseSpace, BaseSpace Onsite, el modo
independiente y la supervisión del experimento en BaseSpace, así como ajustes para
un inicio de sesión en BaseSpace predeterminado y la generación de informes de
estado del instrumento.
} BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del BeadChip): Proporciona
opciones para especificar la ubicación de la carpeta DMAP predeterminada, la
ubicación de la carpeta de resultados, el formato de archivo de las imágenes guardadas
y el tipo de archivo de resultados.
Ajuste de la configuración de red
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Configuration (Configuración del sistema).
2
Seleccione Network Configuration (Configuración de red).
3
Seleccione Obtain an IP address automatically (Obtener una dirección IP de forma
automática) para obtener la dirección IP mediante un servidor DHCP.
NOTA
El protocolo de configuración de host dinámico (DHCP, por sus siglas en inglés) es un
protocolo de red estándar que se utiliza en redes IP para distribuir de forma dinámica los
parámetros de configuración de la red.
Si no, también puede seleccionar Use the following IP address (Utilizar la dirección IP
siguiente) para conectar el instrumento a otro servidor de forma manual como se
indica a continuación. Póngase en contacto con su administrador de red para obtener
las direcciones específicas de su centro.
} Introduzca una dirección IP. La dirección IP es una serie de cuatro números
separados por un punto, similar a 168.62.20.37, por ejemplo.
} Introduzca la máscara de subred, que es una subdivisión de la red IP.
} Introduzca la puerta de enlace predeterminada, que es el enrutador de la red que se
conecta a Internet.
4
70
Seleccione Obtain a DNS address automatically (Obtener una dirección DNS de forma
automática) para conectar el instrumento al servidor de nombres de dominio asociado
a la dirección IP.
Si no, también puede seleccionar Obtain a DNS address automatically (Obtener una
dirección DNS de forma automática) para conectar el instrumento al servidor de
nombres de dominio de forma manual como se indica a continuación.
} Introduzca la dirección DNS deseada. La dirección DNS es el nombre del servidor
utilizado para traducir nombres de dominio en direcciones IP.
} Introduzca la dirección DNS alternativa. La dirección alternativa se utiliza si la DNS
no puede traducir un nombre de dominio concreto en una dirección IP.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Seleccione Save (Guardar) para pasar a la pantalla Computer (Ordenador).
NOTA
Al ordenador del instrumento se le asigna un nombre en el momento de su fabricación.
Cualquier modificación del nombre del ordenador puede afectar a la conectividad y
requerir un administrador de red.
6
Conecte el ordenador del instrumento a un dominio o grupo de trabajo como se explica
a continuación.
} Instrumentos conectados a Internet: Seleccione Member of domain (Miembro de
dominio) y, a continuación, introduzca el nombre de dominio asociado a la conexión
a Internet de su centro. Para realizar cambios en el dominio, se precisa un nombre de
usuario y contraseña de administrador.
} Instrumentos no conectados a Internet: Seleccione Member of work group
(Miembro de grupo de trabajo) y, a continuación, introduzca el nombre del grupo de
trabajo. El nombre del grupo de trabajo es exclusivo de su centro.
7
Seleccione Save (Guardar).
Ajuste de la configuración de BaseSpace
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Configuration (Configuración del sistema).
2
Seleccione BaseSpace Configuration (Configuración de BaseSpace).
3
Seleccione entre las opciones siguientes para especificar la ubicación a la que se
transfieren los datos para los análisis posteriores.
} Seleccione BaseSpace para enviar los datos de secuenciación a BaseSpace de
Illumina. [Opcional] Seleccione la casilla de verificación Output Folder (Carpeta de
resultados), seleccione Browse (Examinar), y vaya a una ubicación de red secundaria
en la que guardar los archivos BCL además de en BaseSpace.
} Seleccione BaseSpace Onsite. En el campo Server Name (Nombre del servidor),
introduzca la ruta completa de su servidor de BaseSpace Onsite. [Opcional]
Seleccione la casilla de verificación Output Folder (Carpeta de resultados), seleccione
Browse (Examinar), y vaya a una ubicación de red secundaria en la que guardar los
archivos BCL además de en el servidor de BaseSpace Onsite.
} Seleccione Standalone instrument (Instrumento independiente) para guardar los
datos en una ubicación de red solamente. Seleccione Browse (Examinar) para ir a la
ubicación de red deseada. El software de control genera el nombre de las carpetas de
resultados de forma automática.
} [Opcional] Seleccione Use Run Monitoring (Utilizar supervisión del experimento)
para supervisar el experimento con las herramientas de visualización de BaseSpace.
Es preciso contar con una conexión a Internet y con credenciales de BaseSpace.
4
Seleccione Save (Guardar) para pasar a la pantalla de BaseSpace.
Guía del sistema NextSeq 550
71
Configuración de los parámetros del sistema
5
Solución de problemas
5
Si ha seleccionado BaseSpace o BaseSpace Onsite, ajuste los parámetros de BaseSpace
de la forma siguiente.
} Introduzca un User Name (Nombre de usuario) y Password (Contraseña) de
BaseSpace para registrar el instrumento en BaseSpace.
} Seleccione Use default login and bypass the BaseSpace login screen (Utilizar inicio
de sesión predeterminado e ignorar la pantalla de inicio de sesión de BaseSpace)
para establecer el nombre de usuario y contraseña registrados como el inicio de
sesión predeterminado. Esta configuración se salta la pantalla de BaseSpace durante
la configuración del experimento.
6
Si ha seleccionado BaseSpace, seleccione Send instrument health information to
Illumina (Enviar la información de estado del instrumento a Illumina) para enviar
archivos de registro a Illumina. Esta opción no está disponible con BaseSpace Onsite.
7
Seleccione Save (Guardar).
Configuración de lectura del BeadChip
1
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Configuration (Configuración del sistema).
2
Seleccione BeadChip Scan Configuration (Configuración de lectura del BeadChip).
3
Para especificar una ubicación predeterminada para la carpeta DMAP, seleccione
Browse (Examinar) y vaya a la ubicación de la carpeta que desee de la red del centro.
NOTA
Antes de cada lectura, descargue y copie el contenido DMAP en esta ubicación. El
contenido DMAP es necesario para cada BeadChip, y se corresponde unívocamente con
el código de barras del BeadChip.
72
4
Para especificar una ubicación de resultados predeterminada, seleccione Browse
(Examinar) y vaya a la ubicación que desee dentro de la red del centro.
5
Seleccione un formato de archivo de imagen para las imágenes guardadas. El tipo de
imagen predeterminado es JPG.
6
Seleccione un formato de archivo de resultados para los datos de la lectura. El tipo de
archivo de resultados predeterminado es GTC solamente.
7
Seleccione Save (Guardar).
8
En la pantalla Scan Map (Mapa de lecturas), especifique la ruta completa del archivo
de grupos y del archivo de manifiesto para cada tipo de BeadChip. Seleccione Browse
(Examinar) para cada tipo de archivo y vaya a la carpeta que contiene estos archivos.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Apéndice B Análisis en tiempo real
Descripción del análisis en tiempo real
Flujo de trabajo del análisis en tiempo real
Guía del sistema NextSeq 550
74
76
73
Apéndice B
Análisis en tiempo real
Análisis en tiempo real
Descripción del análisis en tiempo real
El sistema NextSeq 550 emplea una implementación del software de Análisis en tiempo
real (RTA) denominada RTA v2. RTA v2 se ejecuta en el ordenador del instrumento y
extrae las intensidades de las imágenes, realiza las llamadas de bases y asigna una
puntuación de calidad a la llamada de bases. RTA v2 y el software de control se
comunican a través de una interfaz web HTTP y archivos de memoria compartidos. Si
RTA v2 se cierra, el procesamiento no se reanuda y los datos del experimento no se
guardan.
NOTA
No se calcula el rendimiento de demultiplexado. En consecuencia, la pestaña Index (Índice)
del visor del análisis de secuenciación (SAV) aparece vacía.
Entradas de RTA v2
RTA v2 precisa las siguientes entradas principales:
} Las imágenes de las placas contenidas en la memoria del sistema local.
} RunInfo.xml, que se genera automáticamente al inicio del experimento y proporciona el
nombre del experimento, el número de ciclos, el número de placas de la celda de flujo e
indica si una lectura ha sido indexada.
} RTA.exe.config, que es un archivo de configuración de software en formato XML.
RTA v2 recibe comandos del software de control que indican la ubicación de RunInfo.xml
y si se ha especificado una carpeta de resultados opcional.
Archivos de resultados de RTA v2
Las imágenes de cada canal pasan a la memoria como placas. Las placas son pequeñas
áreas de adquisición de imágenes en la celda de flujo definidas como el campo de visión
por la cámara. A partir de estas imágenes, el software produce un resultado en forma de
conjunto de archivos de filtro y archivos de llamadas de bases clasificadas por calidad.
Todos los demás archivos admiten archivos de resultados.
74
Tipo de archivo
Descripción
Archivos de llamadas
de bases
Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases
(*.bcl) agregado para cada carril y para cada ciclo. El archivo de
llamadas de bases agregado contiene la llamada de bases y la
puntuación de calidad asociada para cada grupo en ese carril.
Archivos de filtro
Cada placa produce información de filtro que se agrega a un archivo
de filtro (*.filter) para cada carril. El archivo de filtro especifica si un
grupo ha superado los filtros.
Archivos de ubicación
de grupos
Los archivos de ubicación de grupos (*.locs) contienen las coordenadas
X e Y para cada grupo de una placa. Durante la generación de
plantillas, se genera un archivo de ubicación de grupos para cada
carril.
Archivos de índice de
llamadas de bases
Para preservar la información de placas original, se genera un archivo
de índice de llamadas de bases (*.bci) para cada carril. El archivo de
índice contiene un par de valores para cada placa, que son el número
de placa y el número de grupos para esa placa.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
RTA v2 proporciona criterios de medición en tiempo real de experimentos de calidad
guardados como archivos InterOp. Los archivos InterOp son archivos de resultados
binarios que contienen criterios de medición relacionados con placas, ciclos y lecturas y
son necesarios para la visualización de criterios de medición en tiempo real con el visor
del análisis de secuenciación (SAV). Para obtener la última versión de SAV, visite la
página de descargas de SAV en el sitio web de Illumina.
Grupos que superan el filtro
Durante el experimento, RTA v2 filtra datos sin procesar para eliminar las lecturas que no
satisfagan el umbral de calidad de datos. Los grupos solapados y de baja calidad se
eliminan.
En el caso del análisis de dos canales, RTA v2 utiliza un sistema basado en la población
para determinar la castidad de una llamada de bases. Los grupos que superan el filtro (PF),
si no hay más de una llamada de bases en los primeros 25 ciclos, tienen un valor de
castidad <0,63. Los grupos que no superan el filtro no son llamadas de bases.
Tratamiento de errores
RTA v2 crea archivos de registro y los guarda en la carpeta RTALogs. Los errores se
registran en un archivo de errores en formato *.tsv.
Los archivos de error y de registro siguientes se transfieren al destino de salida final al
término del proceso:
} *GlobalLog*.tsv resume los eventos importantes del experimento.
} *LaneNLog*.tsv enumera los eventos de procesamiento para cada carril.
} *Error*.tsv enumera los errores que se han producido durante un experimento.
} *WarningLog*.tsv enumera las advertencias que se han producido durante un
experimento.
Guía del sistema NextSeq 550
75
Descripción del análisis en tiempo real
Los archivos de resultados se utilizan para los análisis sucesivos en BaseSpace. De manera
alternativa, utilice el software de conversión bcl2fastq para la conversión FASTQ y
soluciones de análisis de otros proveedores. Los archivos de NextSeq requieren
bcl2fastq v2.0 o versiones posteriores. Para obtener la última versión de bcl2fastq, visite la
página de descargas de NextSeq en el sitio web de Illumina.
Análisis en tiempo real
Flujo de trabajo del análisis en tiempo real
Generación de plantillas
Asigna las ubicaciones de grupos.
Registro y extracción de
intensidad
Registra la ubicación de cada grupo en la celda de flujo y determina
un valor de intensidad para cada grupo.
Corrección de hebra
retrasada
Llamada de bases
Puntuación de calidad
Corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada.
Determina una llamada de bases para cada grupo.
Asigna una puntuación de calidad a cada llamada de bases.
Generación de plantillas
El primer paso en el flujo de trabajo del análisis en tiempo real es la generación de
plantillas, que define la posición de cada grupo en una placa mediante el uso de las
coordenadas X e Y.
La generación de plantillas requiere datos de imagen de los primeros cinco ciclos del
experimento. Tras el último ciclo de la plantilla para la adquisición de imágenes de una
placa, se genera la plantilla.
NOTA
Para detectar un grupo durante la generación de plantillas, debe haber como mínimo una
base distinta de G en los primeros cinco ciclos. Para los secuenciadores de índice, RTA v2
precisa como mínimo una base distinta de G en los primeros dos ciclos.
La plantilla se utiliza como referencia para el siguiente paso de registro y extracción de
intensidad. Las posiciones de los grupos para el conjunto de la celda de flujo se escriben en
archivos de ubicación de grupos (*.locs), uno para cada carril.
Registro y extracción de intensidad
El registro y la extracción de intensidad se inician tras la generación de plantillas.
} El registro alinea imágenes producidas durante cada ciclo de imágenes posterior en
relación con la plantilla.
} La extracción de intensidad determina un valor de intensidad para cada grupo de la
plantilla para una imagen determinada.
Si se produce un error en el registro de cualquier imagen en un ciclo, no se generará
ninguna llamada de bases para esa placa en ese ciclo. Utilice el software del visor del
análisis de secuenciación (SAV) para examinar las imágenes en miniatura e identificar las
imágenes que no se han podido registrar.
Corrección de hebra retrasada
Durante la reacción de secuenciación, cada cadena de ADN de un grupo se amplía en una
base por cada ciclo. La hebra retrasada y la hebra adelantada se producen cuando una
cadena queda fuera de la fase en relación con el ciclo de incorporación actual.
} La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa.
} La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza.
76
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
A
B
Lectura con una base con hebra retrasada
Lectura con una base con hebra adelantada
RTA v2 corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada, lo que maximiza la
calidad de datos en cada ciclo durante el experimento.
Llamada de bases
La llamada de bases determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa
determinada en un ciclo específico. El NextSeq 550 utiliza la secuenciación de dos canales,
que precisa solo dos imágenes para codificar los datos para cuatro bases de ADN, un canal
rojo y un canal verde.
Las intensidades extraídas de una imagen en comparación con otra imagen redundan en
cuatro poblaciones distintas, cada una de las cuales corresponde a un nucleótido. El
proceso de llamada de bases determina a qué población pertenece cada grupo.
Figura 33 Visualización de intensidades de grupos
Tabla 1 Llamadas de bases en secuenciación de dos canales
Base
Canal rojo
Canal
verde
A
1
(encendido)
1
(encendido)
Grupos que presentan intensidad en el canal rojo y
verde.
C
1
(encendido)
0 (apagado)
Grupos que presentan intensidad solo en el canal
rojo.
G
0 (apagado)
0 (apagado)
Grupos que no presentan intensidad en una
ubicación de grupos conocida.
T
0 (apagado)
1
(encendido)
Grupos que presentan intensidad solo en el canal
verde.
Guía del sistema NextSeq 550
Resultado
77
Flujo de trabajo del análisis en tiempo real
Figura 32 Hebra retrasada y hebra adelantada
Análisis en tiempo real
Puntuación de calidad
Una puntuación de calidad, o puntuación Q, es una predicción de la probabilidad de
obtener una llamada de bases incorrecta. Una puntuación Q más alta implica que una
llamada de bases tiene más calidad y una mayor probabilidad de que sea correcta.
La puntuación Q es una forma concisa de comunicar probabilidades de error pequeñas.
Las puntuaciones de calidad se representan como Q(X), donde X es la puntuación. En la
siguiente tabla figura la relación entre la puntuación de calidad y la probabilidad de error.
Puntuación Q, Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilidad de error
0,0001 (1 de cada 10 000)
0,001 (1 de cada 1000)
0,01 (1 de cada 100)
0,1 (1 de cada 10)
NOTA
La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred.
La puntuación de calidad calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases
y, a continuación, utiliza los valores de los predictores para determinar la puntuación Q en
la tabla de calidad. Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de
calidad con una precisión óptima para experimentos generados mediante una
configuración de plataforma de secuenciación y versión de análisis químico específicas.
Tras determinar la puntuación Q, los resultados se registran en los archivos de llamadas
de bases (*.bcl).
78
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Apéndice C Carpetas y archivos de resultados
Archivos de resultados de secuenciación
Estructura de las carpetas de resultados de secuenciación
Archivos de resultados de lectura
Estructura de carpetas de resultados de lectura
Guía del sistema NextSeq 550
80
85
86
87
79
Apéndice C
Carpetas y archivos de
resultados
Carpetas y archivos de resultados
Archivos de resultados de secuenciación
80
Tipo de archivo
Descripción del archivo, ubicación y nombre
Archivos de llamadas
de bases
Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases,
agregado en un archivo para cada carril y para cada ciclo. El archivo
agregado contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad
codificada para cada grupo en ese carril.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan en una
carpeta para cada carril.
[Ciclo].bcl.bgzf, donde [Ciclo] representa el número de ciclo en cuatro
dígitos. Los archivos de llamadas de bases se comprimen mediante el
uso de la compresión de bloques gzip.
Archivo de índice de
llamadas de bases
Para cada carril, un archivo de índice binario recopila la información de
placas original en un par de valores para cada placa, que son el
número de placa y el número de grupos para la placa.
Los archivos de índice de llamadas de bases se generan al crear por
primera vez un archivo de llamadas de bases para ese carril.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan en una
carpeta para cada carril.
s_[Carril].bci
Archivos de ubicación
de grupos
Para cada placa, las coordenadas X e Y para cada grupo se agregan a
un archivo de ubicación de grupos para cada carril. Los archivos de
ubicación de grupos son el resultado de la generación de plantillas.
Data\Intensities\L00[X]: Los archivos se almacenan en una carpeta
para cada carril.
s_[carril].locs
Archivos de filtro
El archivo de filtro especifica si un grupo ha superado los filtros. La
información de filtro se agrega a un archivo de filtro para cada carril y
lectura.
Los archivos de filtro se generan en el ciclo 26 mediante el uso de 25
ciclos de datos.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan en una
carpeta para cada carril.
s_[carril].filter
Archivos InterOp
Archivos de informes binarios utilizados por el visor del análisis de
secuenciación (SAV). Los archivos InterOp se actualizan durante el
experimento.
Carpeta InterOp
Archivo de
configuración de RTA
El archivo de configuración de RTA, que se crea al inicio del
experimento, contiene los parámetros de configuración del
experimento.
[Carpeta raíz], RTAConfiguration.xml
Archivo de información
del experimento
Indica el nombre del experimento, el número de ciclos de cada lectura,
si la lectura es una lectura indexada y el número de sectores y placas
de la celda de flujo. El archivo de información del experimento se crea
al inicio del experimento.
[Carpeta raíz], RunInfo.xml
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Descripción del archivo, ubicación y nombre
Archivos de vistas en
miniatura
Una imagen en miniatura para cada canal de color (rojo y verde) para
las placas 1, 6 y 12 de todas las cámaras, superficies superiores e
inferiores, en cada ciclo durante la adquisición de imágenes.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1]: Los archivos se almacenan en una
carpeta para cada carril y una subcarpeta para cada ciclo.
s_[carril]_[placa]_[canal].jpg: En el nombre de archivo, la placa se
representa con un número de cinco dígitos que indica la superficie, el
sector, la cámara y la placa. Para obtener más información, consulte
Numeración de placas en la página 83 y Asignación de nombre a imágenes
en miniatura en la página 83.
Placas de la celda de flujo
Las placas son pequeñas áreas de adquisición de imágenes en la celda de flujo definidas
como el campo de visión por la cámara. El número total de placas depende del número de
imágenes de carriles, sectores y superficies adquiridas en la celda de flujo, así como del
funcionamiento conjunto de las cámaras para la obtención de las imágenes.
} Las celdas de flujo de rendimiento elevado tienen un total de 864 placas.
} Las celdas de flujo de rendimiento medio tienen un total de 288 placas.
Tabla 2 Placas de la celda de flujo
Componente de la
celda de flujo
Rendimiento
elevado
Rendimiento
medio
Carriles
4
4
Un carril es un canal físico
con puertos de entrada y
salida específicos.
Superficies
2
2
La imagen de la celda de
flujo se adquiere en dos
superficies, la superior y la
inferior. Primero se
adquiere la imagen de la
superficie superior de una
placa y, a continuación, la
imagen de la superficie
inferior de la misma placa
antes de pasar a la placa
siguiente.
Sectores por carril
3
1
Un sector es una columna
de placas en un carril.
Segmentos de cámara
3
3
El instrumento utiliza seis
cámaras para la adquisición
de imágenes de la celda de
flujo en tres segmentos por
carril.
Placas por sector por
segmento de cámara
12
12
Una placa es el área de la
celda de flujo que la cámara
ve como una imagen.
Guía del sistema NextSeq 550
Descripción
81
Archivos de resultados de secuenciación
Tipo de archivo
Carpetas y archivos de resultados
Componente de la
celda de flujo
Rendimiento
elevado
Rendimiento
medio
864
288
Total de imágenes de
placas
Descripción
El número total de placas
equivale a carriles ×
superficies × sectores ×
segmentos de cámara ×
placas por sector por
segmento.
Numeración de carriles
Las imágenes de los carriles 1 y 3, conocidos como par de carriles A, se adquieren al
mismo tiempo. Las imágenes de los carriles 2 y 4, conocidos como par de carriles B, se
adquieren tras la adquisición de las imágenes del par de carriles A.
Figura 34 Numeración de carriles
A
B
Par de carriles A: carriles 1 y 3
Par de carriles B: carriles 2 y 4
Numeración de sectores
Las imágenes de cada carril se adquieren en tres sectores. Los sectores están numerados del
1 al 3 para las celdas de flujo de rendimiento elevado.
Figura 35 Numeración de sectores
Numeración de cámaras
El sistema NextSeq 550 utiliza seis cámaras para la adquisición de imágenes de la celda de
flujo.
Las cámaras están numeradas del 1 al 6. Las cámaras del 1 al 3 realizan la adquisición de
imágenes del carril 1. Las cámaras del 4 al 6 realizan la adquisición de imágenes del carril
3. Tras la adquisición de imágenes de los carriles 1 y 3, el módulo de adquisición de
imágenes se desplaza sobre el eje X para la adquisición de imágenes de los carriles 2 y 4.
82
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Numeración de placas
Hay 12 placas en cada sector de cada segmento de cámara. Las placas están numeradas
del 01 al 12, con independencia del número de sector o segmento de cámara, y se
representan con dos dígitos.
Figura 37 Numeración de placas
El número de placa completo incluye cinco dígitos para la representación de la ubicación,
tal y como se indica a continuación:
} Superficie: 1 representa la superficie superior y 2 representa la superficie inferior.
} Sector: 1, 2 o 3
} Cámara: 1, 2, 3, 4, 5 o 6
} Placa: 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 o 12
Ejemplo: El número de placa 12508 indica la superficie superior, sector 2, cámara 5 y
placa 8.
El número de placa completo de cinco dígitos se utiliza en el nombre de los archivos de
imágenes en miniatura y los archivos empíricos de hebras. Si desea obtener más
información, consulte Archivos de resultados de secuenciación en la página 80.
Asignación de nombre a imágenes en miniatura
Se genera una imagen en miniatura para cada canal de color (rojo y verde) para las placas
1, 6 y 12 de todas las cámaras, superficies superiores e inferiores en cada ciclo durante la
adquisición de imágenes. Las imágenes en miniatura se generan en el formato de archivo
JPG.
Se asigna a cada imagen un nombre con el número de placa tal y como indica la
convención de nomenclatura siguiente, que siempre empieza por s_:
Guía del sistema NextSeq 550
83
Archivos de resultados de secuenciación
Figura 36 Numeración de cámaras y segmentos (Se muestra una celda de flujo de rendimiento
elevado)
Carpetas y archivos de resultados
}
}
}
Carril: 1, 2, 3 o 4
Placa: Número de placa de cinco dígitos que indica la superficie, el sector, la cámara y
la placa
Canal: Rojo o verde
Ejemplo: s_3_12512_green.jpg, que indica el carril 3, la superficie superior, el sector 2,
la cámara 5, la placa 12 y el canal verde.
84
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
El software de control genera el nombre de las carpetas de resultados de forma automática.
Data (Datos)
Intensities (Intensidades)
BaseCalls
L001: Archivos de llamadas de bases para el carril 1, agregados en un
archivo por ciclo.
L002: Archivos de llamadas de bases para el carril 2, agregados en un
archivo por ciclo.
L003: Archivos de llamadas de bases para el carril 3, agregados en un
archivo por ciclo.
L004: Archivos de llamadas de bases para el carril 4, agregados en un
archivo por ciclo.
L001: Un archivo *.locs agregado para el carril 1.
L002: Un archivo *.locs agregado para el carril 2.
L003: Un archivo *.locs agregado para el carril 3.
L004: Un archivo *.locs agregado para el carril 4.
Images (Imágenes)
Focus (Enfoque)
L001: Imágenes de enfoque para el carril 1.
L002: Imágenes de enfoque para el carril 2.
L003: Imágenes de enfoque para el carril 3.
L004: Imágenes de enfoque para el carril 4.
InterOp: Archivos binarios utilizados por el visor del análisis de secuenciación (SAV).
Logs (Registros): Archivos de registro que describen los pasos operativos.
Recipe (Fórmula): Archivo de la fórmula específico del experimento con el nombre del
ID del cartucho de reactivo.
RTALogs (Registros de RTA): Archivos de registro que describen los pasos del análisis.
Thumbnail_Images (Imágenes_en_miniatura): Imágenes en miniatura para las placas
1, 6 y 12 en cada sector de cada ciclo.
RTAComplete.xml
RTAConfiguration.xml
RunInfo.xml
RunNotes.xml
RunParameters.xml
Guía del sistema NextSeq 550
85
Estructura de las carpetas de resultados de secuenciación
Estructura de las carpetas de resultados de
secuenciación
Carpetas y archivos de resultados
Archivos de resultados de lectura
86
Tipo de archivo
Descripción del archivo, ubicación y nombre
Archivos GTC
Archivo de llamada de genotipo. Se genera un archivo GTC para cada
muestra que se escanea en el BeadChip. En el nombre del archivo se
incluye el código de barras y la muestra escaneada.
[código de barras]_[muestra].gtc
Archivos de imagen
Los archivos de imagen se nombran de acuerdo con el área escaneada
del BeadChip. En el nombre se incluye el código de barras, la muestra
y la sección en el BeadChip, el sector y el canal de adquisición de
imágenes (rojo o verde).
[código de barras]_[muestra]_[sección]_[sector]_[cámara]_[placa]_
[canal].jpg
• Código de barras: El nombre de archivo comienza con el código de
barras del BeadChip.
• Muestra: Un área del BeadChip, numerada como fila (R0X) de arriba
a abajo, y columna (C0X) de izquierda a derecha.
• Sección: Fila numerada dentro de una muestra.
• Sector: Las imágenes de los BeadChips se adquieren en forma de
colección de placas superpuestas. Por tanto, para adquirir la imagen
de la sección solo se utiliza un sector.
• Cámara: La cámara empleada para capturar la imagen.
• Placa: Un área de adquisición de imágenes definidas como campo de
visión por la cámara.
• Canal: Un canal es verde o rojo.
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
[Fecha]_[Nombre de instrumento]_[N.º de lectura]_[Código de barras]
[Código de barras]
Config
Effective.cfg: Registra los ajustes de configuración utilizados durante la
lectura.
Focus (Enfoque): Contiene archivos de imagen usados para enfocar la lectura.
Logs (Registros): Contiene archivos de registro en los que se recogen todos los
pasos llevados a cabo durante la lectura.
PreScanDiagnosticFiles (ArchivosdeDiagnósticoPrevioalaLectura)
[Fecha_Hora] Barcode Scan (Lectura de código de barras)
ProcessedBarcode.jpg: Imagen del código de barras del BeadChip.
Diagnóstico de lectura (archivos de registro)
PreScanChecks.csv: Registra los resultados de la comprobación
automática.
Archivos GTC: Archivos de llamada de genotipo (un archivo por muestra).
Archivos IDAT: [Opcional] Archivos de datos de intensidad (dos archivos por
muestra; uno por cada canal).
Archivos de imagen: Imágenes de la lectura correspondientes a cada muestra,
sección, sector, cámara, placa y canal.
[Código de barras]_muestra_criteriodemedición.csv
[Código de barras]_sección_criteriodemedición.csv
ScanParameters.xml
Guía del sistema NextSeq 550
87
Estructura de carpetas de resultados de lectura
Estructura de carpetas de resultados de lectura
88
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
A
actualización de software 50
adaptador
carga del BeadChip 40
descripción general 6
orientación del BeadChip 38
administrar instrumento
apagado 52
personalización 13
adquisición de imágenes, secuenciación
de dos canales 77
ajustes de configuración 70
alertas de estado 5
análisis
archivos de resultados 80
análisis en tiempo real
hebra retrasada 76
análisis principal
pureza de la señal 75
apagado del instrumento 52
archivos de entrada, lectura
archivos de grupos 35, 64
archivos de manifiesto 35, 64
carpeta DMAP 34
carpeta DMAP, descarga 37
archivos de filtros 80
archivos de llamadas de bases 80
archivos de registro
GlobalLog 75
LaneNLog 75
archivos de resultados 80
archivos de resultados de lectura
GTC, IDAT 86
archivos de resultados,
secuenciación 80
archivos GTC 86
archivos InterOp 55, 80
archivos locs 80
asistencia técnica 93
ayuda
documentación 3
ayuda, técnica 93
B
barra de estado 4
BaseSpace 2
iconos de transferencia 31
inicio de sesión 24
BeadChip
adaptador 6, 38
análisis 2
cargando 40
fallo de registro 63
no se puede leer el código de
barras 63
orientación del código de barras 38
tipos 2
Guía del sistema NextSeq 550
botón de encendido 6, 12
C
carpeta DMAP
Decode File Client 34
descargando 37
cartucho de reactivo
depósito n.º 28 48
descripción general 9
preparación 20
cartucho de tampones 10, 26
celda de flujo
adquisición de imágenes 82
asignación de nombre de archivo de
imagen 83
descripción general 8
embalaje 21
inspección 21
juntas del puerto 21
limpieza 21
numeración de carriles 82
numeración de placas 83
número de sector 82
pares de carriles 8
pasadores de alineación 24
placas 81
rehibridación 61
tipos 2
ciclos de una lectura 18
compartimento de adquisición de
imágenes 4
compartimento de imágenes 4
compartimento de reactivos 4
compartimento de tampones 4
compatibilidad
celda de flujo, cartucho de reactivo 8
seguimiento de RFID 8-9
componentes
barra de estado 4
compartimento de adquisición de
imágenes 4
compartimento de imágenes 4
compartimento de reactivos 4
compartimento de tampones 4
comprobación del sistema 66
comprobación previa al
experimento 29, 41
configuración de BaseSpace 28
configuración del experimento, opción
avanzada 14
configuración independiente 28
consumibles 8
agua de laboratorio 15
cartucho de reactivo 9
cartucho de tampones 10
celda de flujo 8
consumibles de lavado 48
89
Índice alfabético
Índice alfabético
Índice alfabético
consumibles para lavado 47
experimentos de secuenciación 15
mantenimiento del instrumento 15
consumibles proporcionados por el
usuario 15
consumibles suministrados por el
usuario 15
criterios de medición
ciclos de densidad de grupos 30
ciclos de intensidad 30
llamada de bases 77
criterios de medición del
experimento 30
D
Decode File Client 34
acceso por el BeadChip 37
acceso por la cuenta 37
directrices para el agua de
laboratorio 15
documentación 3, 93
duración del experimento 18
E
empírico de hebras 76
errores de la comprobación previa al
experimento 57
errores y advertencias 5
en archivos de resultados 75
F
filtro de castidad 75
flujo de trabajo
BeadChip 40
cartucho de reactivo 20, 26
cartucho de tampones 26
celda de flujo 24
comprobación previa al
experimento 29, 41
criterios de medición del
experimento 30
descripción general 19, 36
duración del experimento 18
hipoclorito de sodio 48
inicio de sesión en BaseSpace 24
modo BaseSpace 28
modo independiente 28
opción de carga avanzada 14
preparación de la celda de flujo 21
reactivos usados 24
secuenciación 76
flujo de trabajo de secuenciación 76
formación en línea 3
formamida, posición 6 27
G
generación de plantillas 76
grupos que superan el filtro 75
H
hebra retrasada, hebra adelantada 76
hipoclorito de sodio, lavado 48
90
I
iconos
errores y advertencias 5
estado 5
imágenes en miniatura 81
instrumento
ajustes de configuración 70
botón de encendido 6
puesta en servicio 12
intensidades 77
interruptor de alimentación 12
L
lavado
automático 32
componentes para lavado 47
consumibles proporcionados por el
usuario 47
lavado manual 47
lavado del instrumento 47
lavado posterior al experimento 32
llamada de bases 77
longitud de lectura 18
M
mantenimiento del instrumento
consumibles 15
mantenimiento preventivo 46
mensaje de error de RAID 69
N
nombre de avatar 13
nombre de instrumento,
personalización 13
nombre de usuario y contraseña del
sistema 12
numeración de cámaras 82
numeración de carriles 82
numeración de placas 83
numeración de sectores 82
O
opción de carga avanzada 13-14
P
parámetros del experimento
editar parámetros 28
modo BaseSpace 28
modo independiente 28
pares de carriles 82
personalización 13
preventivo, mantenimiento 46
probabilidad de error 78
puntuaciones de calidad 78
algoritmo Phred 78
puntuaciones Q 78
purgar consumibles 14
R
reactivos
desecho correcto 26
en kit 8
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
V
visor del análisis de secuenciación 18
S
secuenciación
consumibles suministrados por el
usuario 15
seguimiento de RFID 8
servicio de asistencia al cliente 93
servicio de copia de experimento 31
software
actualización automática 50
actualización manual 50
ajustes de configuración 70
análisis de imágenes, llamada de
bases 5
configuración del instrumento 13
duración del experimento 18
inicialización 12
integrado en el instrumento 5
software BlueFuse Multi 2
software de análisis en tiempo real 2, 5
resultados 80
software de control 5
solución de problemas
archivos específicos de la lectura 56
archivos específicos del
experimento 55
comprobación del sistema 66
comprobación previa al
experimento 57
contenedor de reactivos usados 60
criterios de medición de baja
calidad 61
fallo de registro de lectura 63
no se puede leer el código de barras
del BeadChip 63
opciones de contacto 54
sustitución de archivos de grupos y
de manifiesto 64
superan el filtro (PF) 75
T
transferencia de datos
datos de lectura 42
iconos de actividad 31
servicio de copia de experimento 31
U
ubicación de carpetas 28
ubicación de grupos
archivos 80
generación de plantillas 76
usuario y contraseña 12
Guía del sistema NextSeq 550
91
Índice alfabético
reactivos usados
contenedor lleno 60
desecho 24, 49
rehibridación del cebador 61
rehibridación, Lectura 1 61
resultados de lectura
GTC, IDAT 86
RTA v2
cierre 74
descripción general 74
tratamiento de errores 75
RunInfo.xml 55, 80
Índice alfabético
92
N.º de material 20001843
N.º de documento 15069765 v01 ESP
Si necesita asistencia técnica, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Tabla 3 Información de contacto general de Illumina
Sitio web
Correo
electrónico
www.illumina.com
techsupport@illumina.com
Tabla 4 Números del Servicio de asistencia al cliente de Illumina
Zona
Número de contacto
Zona
Norteamérica
1.800.809.4566
Irlanda
Alemania
0800.180.8994
Italia
Australia
1.800.775.688
Noruega
Austria
0800.296575
Nueva Zelanda
Bélgica
0800.81102
Países Bajos
Dinamarca
80882346
Reino Unido
España
900.812168
Suecia
Finlandia
0800.918363
Suiza
Francia
0800.911850
Otros países
Número de contacto
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Hojas de datos de seguridad (SDS): Están disponibles en el sitio web de Illumina en
support.illumina.com/sds.html.
Documentación del producto: Está disponible para su descarga en PDF en el sitio web
de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación,
haga clic en Documentation & Literature (Documentación y publicaciones).
Guía del sistema NextSeq 550
93
Asistencia técnica
Asistencia técnica
*20001843*
*20001843*
N.º de material 20001843
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 (EE. UU.)
+ 1 800 809 ILMN (4566)
+ 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica)
techsupport@illumina.com
www.illumina.com
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