Télécharger le protocole Point Fixe

Télécharger le protocole Point Fixe
Protocole POINT FIXE
– Suivi Vigie Chiro -
Pourquoi un nouveau protocole ?
Quel plan d’échantillonnage ?
Quel traitement pour les données ?
Version Mars 2014
Préambule :
Ce protocole standard de suivi est issu des retours d’expériences de
la phase de test Vigie Chiro « poste fixe » lancée en 2011, ainsi que la
réunion de travail du 27 janvier 2014 à laquelle ont participé Thomas
DARNIS de l’ONF, Jean Paul URCUN du Groupe Chiroptère Aquitaine,
Yves BAS & Alexandre HAQUART de Biotope, Thomas DUBOS du
Groupe Mammalogique Breton, Christian KERBIRIOU, Jean François
JULIEN et Grégoire LOIS du MNHN.
I. PROTOCOLE POSTE FIXE
Ce nouveau protocole « Poste fixe » est issu des possibilités ouvertes par les nouveaux
détecteurs-enregistreurs autonome comme le SM2BAT de Wildlife Acoustics, le D500X de
Petersson , le Batcorder d’ecoObs et probablement bien d’autres modèles sous peu et par les
développements récents de l’identification assistée par ordinateur. Ce nouveau suivi va reposer
sur l’enregistrement de nuit complète et génère donc un volume considérable de donnée par
échantillon. Le cout relativement faible du SM2BAT fait que nombreux chiroptérologues sont
maintenant familiers de ce matériel, ce qui permet d’envisager un suivi d’envergure basé sur
l’utilisation de ce type de matériel.
Complémentarité des protocoles - points faibles / points forts –
Le protocole routier permet
d’échantillonner une étendue
considérable, c’est donc un outil
idéal pour faire des prédictions
spatiales d’abondance. Le grand
nombre de points échantillonnés
permet rapidement de faire des
analyses
entre
habitats
et
abondances des espèces. Enfin, il
est ainsi particulièrement efficace
pour détecter des espèces à faible
densité comme les noctules.
Le protocole pédestre quant à lui
permet d’une part d’échantillonner
des habitats qui ne peuvent être
convenablement échantillonnée en
circuit routier (cœur de forêt,
marais…etc.) et de choisir des
habitats qui sont plus homogènes,
qu’en routier où il s’agit souvent de
lisières.
Le protocole poste fixe, du fait de
la
durée
d’échantillonnage
particulièrement longue (1 nuit
entière sur chaque site) qui permet
un meilleur aperçu de la
communauté de chiroptère utilisant
le site. Du fait de mobiliser un
détecteur / nuit pour chaque site, il
produit
par
contre
proportionnellement
moins
d’information sur les variations
spatiales d’abondance.
Potentielles analyses locales en fonction des protocoles retenus1
Routier
Tendance locale de population
Carte locale de prédiction des abondances (krigeage)
Relation habitat/abondance des espèces
Détection des espèces de haut vol
Détection des espèces de type « glaneuse »
Inventaire
Phénologie de l’activité des espèces
+++
+++++
++++
++++
+
++
+
Pédestre Poste fixe
++
++
+++
++
++
++
++
+++
++
+++
+++
++++
+++
++++
Point communs
Ces trois protocoles contribuent à l’évaluation des variations spatiales et temporelles des
abondances de chiroptères tout en tenant compte des habitats ou de l’influence des conditions
météorologiques. C’est donc aux volontaires de retenir le ou les protocoles à mettre en place et
ce en fonction de leurs matériels, de leur disponibilité, des souhaits d’analyses locales, etc.
Quelque soit le protocole choisi
1. Ces protocoles sont à reconduire à l’identique d’une année sur l’autre (des années
manquantes n’empêchent pas le calcul des tendances mais sont à éviter le plus possible)
2. Deux passages sont à réaliser chaque année le premier entre le 15 juin et le 31 Juillet et
le second entre le 15 Août et le 31 Septembre, avec un minimum de 1 mois d’écart. Les
dates de passage devront être relativement constante au cours des années (+/- 10 jours si
possible)
3. Décrire les habitats sur les sites échantillonnés selon la typologie Vigie Chiro,
4. Renseigner date, heure et conditions météorologiques selon la typologie Vigie Chiro
Particularité du protocole Poste Fixe
L’unité d’enregistrement est la nuit entière, le choix d’une telle durée par rapport à 1h, 2h,
3h…d’enregistrement repose sur l’observation que l’activité des chauves-souris peut s’étaler
sur toute la nuit. Certes il leur faut bien souvent moins de temps, puisque l’activité de
nombreuses espèces diminue souvent fortement 3h après le coucher du soleil, cette période
d’activité est sans doute fortement influencée par les ressources alimentaires, les conditions
météorologique, l’état des individus…etc. La nuit entière s’affranchit de ce problème puisqu’on
considère alors le temps maximal disponible. Enfin si ce protocole a pour objectif une meilleure
évaluation de la communauté présente sur un site, on augmente la chance de capter les espèces
peu abondantes ou peu détectables mais dont l’activité est prolongée tout au long de la nuit
(Barbastelle, Minioptère, Myotis, Rhinolophes, etc).
1
Il s’agit uniquement de notre ressenti !
Plan d’échantillonnage du protocole Poste Fixe
Un des principes du suivi national des tendances de
populations repose sur la représentativité du plan
d’échantillonnage, cette représentativité inclut la distribution
spatiale des données comme la répartition entre habitats. Il
s’agit d’éviter que le suivi repose sur un trop petit nombre de
région, ou bien qu’il ne repose que sur des habitats particulier
(par ex : forêt) ou bien que sur des espaces protégés ! Dans
les deux premiers protocoles du suivi Vigie Chiro (routier et
pédestre) nous avons tenté d’éviter cela au travers de tirages
aléatoires des carrés, de tirages aléatoires du point de départ,
mais cela a surtout reposé sur l’appropriation de cette
nécessité de représentativité par les observateurs : ce sont
bien les observateurs qui réalisent un circuit routier
parcourant les principaux habitats de la zone, ou bien les
observateurs qui disposent leur points (notamment au moins
5 des 10 points dans les habitats les plus importants en terme
de surface dans le carré de 2km). Cette approche a jusqu’à
présent permis qu’à l’échelle du jeu de données collectées par
les observateur la proportion des habitats échantillonnés soit
très proche des proportions nationales.
France
Vigie Chiro
1ère étape :
Pour les observateurs qui souhaitent suivre le
protocole SM2, nous proposons l’approche
suivante : dans des carrés de 2 km attribué par le
1. tirage aléatoire d’un carré par le MNHN
MNHN (tirés aléatoirement à proximité de la
commune demandée par l’observateur, attribution
identique à celle du suivi pédestre). Il s’agit
également de la maille des carrés utilisés pour le
suivi des oiseaux communs STOC EPS. D’ailleurs,
si vous suivez déjà un carré dans le cadre du
protocole STOC-EPS ou du protocole pédestre de
Vigie-Chiro, vous pouvez demander à suivre le
même carré dans le cadre de Vigie-Chiro.
2ème étape :
Les observateurs choisissent le nombre de
point d’enregistrement qu’ils souhaitent
disposer dans ce carré en fonction du
temps et du matériel disponible (1 à 10).
Les 3 premiers points d’enregistrements ne
peuvent être effectués que sur les points
disposés par le Muséum selon la grille
systématique fournie. Par ordre de priorité
les points A1, B1, C1… La position des
points doit être respectée à 25 m près
maximum.
Si le point A1 ne peut être choisi pour des
raisons par exemple d’accessibilité, il faut
choisir le point de remplacement A2. Si les
2 points A sont inaccessibles, on passe
directement au point B1 ainsi de suite.
Au-delà de 3 points d’écoutes les points
suivant sont laissés à l’appréciation des
observateurs. Ils peuvent soit les disposer
sur les points D1, E1, F1….
Ou bien sur un tout autre secteur du carré
en respectant une distance d’au moins 200
mètres de tout autre point selon la curiosité
de l’observateur : mare, corridor, gîte
connu ou suspecté. Si des points sont
choisis hors grille, ils devront être nommés
Z1, Z2, Z3, etc, et leurs positions devront
ensuite être communiqué au MNHN. Les
tendances issues de ces points « choisis »
seront comparées aux points « imposés »
de façon à contrôler le biais de
représentativité.
Les observateurs souhaitant rendre compatible un suivi spécifique local et le suivi Vigie
Chiro, à l’aide du protocole poste fixe, peuvent nous contacter pour l’établissement d’un
plan d’échantillonnage ad hoc.
Conditions météorologiques
Par soucis d’efficacité et d’homogénéité, la pose des détecteurs doit se faire des conditions
météorologiques relativement favorables, on prendra comme critère par ordre de priorité :
1) pas de pluie prévue
2) pas de prévisions de rafales de vent supérieures à 30 km/h
3) une température relativement clémente en début de nuit, seuil à ajuster selon votre
contexte local (ex : 12°C dans le Bassin Parisien, 6-8°C en haute montagne, 15°C
en contexte méditerranéen, etc)
Si un épisode de mauvais temps prolongé (> 1 semaine) est prévu, vous pouvez faire une
entorse à ces règles en choisissant la moins mauvaise nuit au regard des critères
précédents.
Utilisation du matériel
Vous trouverez dans notre guide de prise en main du SM2BAT (document annexe) tous
les réglages demandés pour ce protocole dans le détail. Des conseils et recommandations
précises quant à la manière de poser le SM2BAT sur le terrain sont aussi incluses. Il est
très
important
de
suivre
scrupuleusement
ce
guide
pour
permettre
une
comparaison inter-annuelle des mesures d’activité (protocole standard), base
fondamentale du suivi Vigie Chiro. Il est également plus qu’intéressant que les réglages
soient constant entre sites et observateurs pour permettre aussi des comparaisons
spatiales diverses et variés (cartographie, habitats, utilisation du référentiel d’Alexandre
Haquart, etc).
Tous nos guides actuels concernent le SM2BAT car c’est actuellement le détecteur passif
très majoritairement utilisé par les chiroptérologues. Cependant si vous possédez un
autre type de détecteur passif (D500X, Batcorder…), n’hésitez pas à nous
contacter pour calibrer notre protocole à votre matériel, cela est possible à conditions de
réaliser un minimum de tests ensemble. Nous amenderons également nos guides de prise
en main au fur-et-à-mesure de l’arrivée de nouveaux détecteurs susceptibles d’être utilisé
pour le suivi (SM3, Cameleo, etc).
L’après-terrain
Une fois votre ou vos détecteurs récupérés, l’étape prioritaire consiste à copier vos
enregistrements sur un support qui pourra être envoyé à l’équipe Vigie-Chiro
(Christian KERBIRIOU et Jean-François JULIEN, CRBPO, MNHN, 55, rue Buffon 75005
PARIS, [email protected]). Ce support peut aussi bien être un lien FTP, des cartes SD
ou un disque dur compact et portable. Nous tacherons de vous aider au mieux dans cette
logistique, soit en vous fournissant un accès à un FTP performant, soit en vous fournissant
un support matériel approprié.
Evidemment, le traitement de vos données ne s’arrête pas là. L’avantage des détecteurs
passifs peut ici devenir un inconvénient car pour décortiquer le résultat de vos
enregistrements au plus vite, il n’est pas envisageable d’identifier les fichiers 1 par 1, vu
la quantité de données générées par ces échantillonnages de longue durée. Il est fréquent
que des milliers de passages de chiroptères soient enregistrés en une seule nuit par un
seul détecteur, tandis qu’autant de fichiers peuvent être générés par divers « parasites »
(orthoptères, pluie, chute d’eau, etc). Heureusement, des logiciels de tri automatique
permettent maintenant de réduire drastiquement le temps d’analyse manuelle.
En pratique, nous vous proposons, pour 2014, 3 options :
1) Après avoir envoyé vos enregistrements, vous demandez à l’équipe Vigie-Chiro de
faire tourner SonoChiro sur ceux-ci. Le tableau de sortie vous sera envoyé,
agrémenté d’un commentaire sur la probabilité de présence des espèces ou groupes
d’espèces et sur les niveaux d’activité présumés (cf. référentiel d’Alexandre
Haquart
;
http://www.le-
vespere.org/docs/telechargements/Haquart_2013_ACTICHIRO.pdf).
2) Soit vous disposez du logiciel SonoChiro (http://www.leclub-biotope.com/fr/370sonochiro-version-fr.html) et vous pouvez réaliser le traitement automatique vousmême.
3) Soit
vous
disposez
du
(http://binaryacoustictech.com/batpages_files/scanr.htm)
logiciel
vous
SCAN’R
réalisez
vous-
même un traitement automatique provisoire en utilisant le script R fourni par
l’équipe Vigie-Chiro
Si vous optez pour les options 2 ou 3, nous vous demanderons de nous faire parvenir le
tableau de tri automatique accompagné de vos vérifications manuelles, en plus des fichiers
sons. Cela permettra à l’équipe Vigie-Chiro de valider une partie de vos identifications et
de vous en faire un retour au plus vite.
Par la suite, à partir de 2015, nous devrions avoir mis en place un portail Web interactif
permettant aux observateurs d’obtenir un retour plus rapide et automatique sur les
résultats de leurs relevés.
Pour ceux qui ne sont pas encore familier du traitement automatique, sachez qu’il vous
donne 2 possibilités de lecture. L’une, rapide, permet avec quelques clés, de lister les
espèces potentiellement présentes en les classant entre très probable et très douteux
suivant les indices de confiance et le nombre de contact obtenu.
La seconde consiste à utiliser les tableaux de sorties du logiciel pour cibler les séquences
à vérifier et repérer les erreurs systématiques. Dans la mesure de votre expérience, cela
vous permettra d’obtenir une liste d’espèce certaine, voire d’estimer l’activité par
espèce ou groupes d’espèces.
Cependant, tant que les logiciels de tri automatique et les connaissances en identification
acoustique continueront de progresser, il sera préférable de revenir sur l’ensemble des
données à chaque fois que l’on voudra calculer les tendances des populations suivies. Ainsi,
pour cette première année, l’effort sera plutôt porté sur un retour rapide mais
non détaillé vers les observateurs, et donc une automatisation maximale de la chaîne
de traitement.
Exemples de données obtenues à partir d’un carré VigieChiro « Point Fixe »
Commune de Combaillaux - Hérault
Les points A1, B1, C1, D1 et E1 ne posent pas de problème d’accessibilité et sont donc
échantillonnés.
Nombre de contacts obtenus par nuit d’enregistrement (fiction inspirée de faits réels…) :
Points
passages
Eptser
Hypsav
Minsch
MyoGT
Myosp
Nyclei
Pipkuh
Pipnat
Pippip
Pippyg
Pleaus
Rhifer
Rhihip
A1
1
2
1
6
1
3
4
B1
2
1
3
29
1
8
1
4
1
D1
2
1
13
2
4
2
10
3
5
12
68
7
1
15
18
C1
2
1
37
14
1
1
1
1
93
9
16
1
3
1
E1
2
5
21
1
15
4
11
10
1
38
6
36
197
75
9
34
2
11
27
16
2
2
Sur un seul point :
Montferrier (34) - 15/06/2013
lisière forêt/vignes
Nombre de contacts / heure
40
35
30
25
Nyclei
20
Pipkuh
15
Pippip
10
Pippyg
5
0
21
22
23
0
1
2
Tranches horaires
3
2
1
2
1
31
4
Quelques exemples de phénologie horaire d’activité :
-
1
4
5
10
5
58
7
1
5
7
8
24
10
-
sur plusieurs points d’un même carré pour 1 espèce :
Activité de la Sérotine commune
RN de la Massane (66) - 6&7/07/2012
160
Nombre de contacts / heure
140
120
100
Col Ouest
Col Est
80
Ripisylve aval
60
Ripisylve amont
40
Hetraie / Versant
20
0
21
22
23
0
1
2
Tranches horaires
3
4
5
6
Was this manual useful for you? yes no
Thank you for your participation!

* Your assessment is very important for improving the work of artificial intelligence, which forms the content of this project

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