cBot 2 System Guide Translated into Spanish (15065681 v01 ESP)

cBot 2 System Guide Translated into Spanish (15065681 v01 ESP)
Guía del sistema cBot™ 2
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N.º de documento 15065681 v01 ESP
Enero de 2016
Personalización de una breve guía de flujo de trabajo de extremo a extremo
con Custom Protocol Selector (Selector de protocolos personalizados)
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N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Historial de revisiones
Documento
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01
N.º de referencia 15065681 Rev. A
Guía del sistema cBot 2
Fecha
Enero de
2016
Julio de
2015
Descripción del cambio
Actualización de las descripciones de software para el
software de cBot v3.0, que es compatible con el HiSeq
3000/4000 SR Cluster Kit.
Adición de la siguiente información:
• Fórmula y duración de la generación de grupos para
la celda de flujo del HiSeq 3000/4000 SR.
• PhiX y los volúmenes de las bibliotecas al
procedimiento de adición de PhiX para las bibliotecas
agrupadas en una celda de flujo de HiSeq 3000/4000.
• Recomendación para el servicio de mantenimiento
preventivo anual.
Actualización de las instrucciones para descargar los
componentes del experimento para incluir las opciones
de almacenamiento de celdas de flujo.
Desplazamiento de información sobre solución de
problemas al apéndice A.
Descripciones del software simplificadas al principio de
la guía.
Inclusión de la Guía de configuración del sistema cBot (n.º
de documento 1000000005301) en la lista de Recursos
adicionales.
Publicación inicial.
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N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Contenido
Historial de revisiones
Contenido
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Recursos adicionales
Componentes de cBot 2
Consumibles de Illumina
Placas de reactivos de cBot
Capítulo 2 Primeros pasos
Encendido de cBot 2
Compatibilidad de la versión de los componentes del experimento
Consumibles que debe proporcionar el usuario
Capítulo 3 Preparación de reactivos
Introducción
Celda de flujo de HiSeq X
Celda de flujo de HiSeq 3000/4000
Celda de flujo de rendimiento elevado de HiSeq
Celda de flujo de HiSeq Rapid
Capítulo 4 Generación de grupos con seguimiento de muestras
iii
v
1
2
3
4
8
11
13
14
15
17
19
20
21
26
30
31
33
Introducción
Generación de grupos con flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Carga de consumibles
Carga del distribuidor
Selección de un protocolo
Lectura de consumibles
Realización de una comprobación previa al experimento
Supervisión del experimento
Descarga de componentes del experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Confirmación de la administración de reactivos (Opcional)
34
35
36
37
39
41
42
43
44
46
48
49
Capítulo 5 Generación de grupos sin seguimiento de muestras
51
Introducción
Generación de grupos sin flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Selección de un protocolo
Carga de consumibles
Realización de una comprobación previa al experimento
Supervisión del experimento
Descarga de componentes del experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Confirmación de la administración de reactivos (Opcional)
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53
54
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61
63
65
66
Capítulo 6 Mantenimiento
Realización de un mantenimiento periódico
Guía del sistema cBot 2
67
68
v
Realización del lavado de mantenimiento mensual
Cambio de la placa adaptadora
Actualización del software
Actualización de fórmulas
Apagado de cBot 2
69
71
73
75
76
Apéndice A Solución de problemas
79
Pausa o cancelación de un experimento
Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo
Solución de problemas de experimentos
Reinicio del lector de códigos de barras externo
Edición de protocolos
80
81
84
85
86
Índice alfabético
89
Asistencia técnica
93
vi
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Recursos adicionales
Componentes de cBot 2
Consumibles de Illumina
Placas de reactivos de cBot
Guía del sistema cBot 2
2
3
4
8
11
1
Capítulo 1
Descripción general
Descripción general
Introducción
El sistema cBot 2 utiliza amplificación para crear cientos de millones de plantillas de ADN
de molécula única de forma simultánea.
El software de cBot suministra reactivos y controla los tiempos de reacción, la velocidad de
flujo y las temperaturas. La configuración y el funcionamiento se llevan a cabo integrados
en el instrumento desde la interfaz de software mediante el monitor de pantalla táctil. Unos
lectores de códigos de barras integrados en el instrumento registran los reactivos, la celda
de flujo y la cadena molde empleados para cada experimento.
Una opción de seguimiento inequívoco de las muestras permite realizar una lectura de
códigos de barras interna para mejorar el control de las bibliotecas que se secuenciarán en
HiSeq. Se cargan los consumibles y se cierra la tapa del instrumento. A continuación, los
lectores internos registran el ID de la placa de reactivos, la celda de flujo y las gradillas de
ocho tubos.
Figura 1 cBot 2
Hay disponibles varios kits de generación de grupos para su uso en cBot. Utilice un kit que
sea compatible con el instrumento de secuenciación y el tipo de experimento de
secuenciación que desee realizar. Para obtener una lista de los kits disponibles, consulte
Consumibles de Illumina en la página 8.
Diferencias de flujo de trabajo para Illumina SeqLab
Si está utilizando el sistema cBot 2 como componente de Illumina SeqLab, su flujo de
trabajo difiere del flujo de trabajo descrito en esta guía. Las diferencias introducidas por
Clarity LIMS X Edition afectan a todos los pasos desde la preparación de bibliotecas hasta
la secuenciación. Visite la página de asistencia de Illumina SeqLab en el sitio web de
Illumina para generar una guía de flujo de trabajo personalizada para su experimento.
2
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
La documentación siguiente está disponible para su descarga desde el sitio web de
Illumina.
Recurso
Descripción
Guía de preparación del centro
para el sistema cBot (n.º de
documento 15053710)
Ofrece especificaciones en cuanto al espacio de laboratorio, los
requisitos eléctricos y las instrucciones y consideraciones
medioambientales para la configuración del instrumento.
Guía de cumplimiento y
seguridad del sistema cBot 2 (n.º
de documento 15065643)
Proporciona información sobre el etiquetado del instrumento,
las certificaciones de conformidad y las cuestiones de seguridad.
Guía de desnaturalización y
dilución de bibliotecas para
sistemas HiSeq y GAIIx (n.º de
documento 15050107)
Proporciona instrucciones para la desnaturalización y dilución
de bibliotecas preparadas antes de la secuenciación y la
preparación de un control PhiX. Este paso se aplica a la mayoría
de los tipos de bibliotecas y celdas de flujo.
Visite la página de asistencia de cBot 2 del sitio web de Illumina para acceder a la
documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes.
Guía del sistema cBot 2
3
Recursos adicionales
Recursos adicionales
Descripción general
Componentes de cBot 2
El sistema cBot 2 utiliza sensores para detectar la presencia de componentes del
experimento y muestra mensajes cuando falta un componente o se ha instalado de forma
incorrecta. La platina térmica y la platina de reactivos se encuentran debajo de la tapa del
instrumento. Un interruptor magnético mantiene la tapa cerrada y un sensor detecta si se
abre. Por motivos de seguridad, el software del instrumento le pide que cierre la tapa antes
de continuar con el experimento.
Figura 2 Componentes de cBot 2
Platina térmica: Contiene la celda de flujo y controla la temperatura de la celda de flujo
durante el experimento.
B Platina de reactivos: Contiene la placa de reactivos, las cadenas molde de la biblioteca y los
cebadores específicos de cBot. Para experimentos con seguimiento de muestras, un lector de
códigos de barras situado detrás de la platina de reactivos registra el ID de la placa de
reactivos y la gradilla de ocho tubos que incluye la cadena de molde.
C Compartimento de la botella de residuos: Contiene la botella de residuos controlada
mediante un sensor que recoge los reactivos usados.
D Lector de códigos de barras externo: registra el ID único de la placa de reactivos y la celda
de flujo empleadas en cada experimento que no incluya el seguimiento de las muestras.
E Interruptor de alimentación: Enciende el instrumento. El botón de arranque, situado a la
izquierda del compartimento de la botella de residuos, inicia el software del instrumento.
F Monitor de pantalla táctil: Ofrece el estado visual y la configuración del experimento
integrado en el instrumento del proceso de generación de grupos.
G Lector de códigos de barras de celdas de flujo: registra el ID único de la celda de flujo
empleada en cada experimento con seguimiento de muestras.
A
Platina térmica
La platina térmica contiene la celda de flujo y el distribuidor, que se encuentra por encima
de la celda de flujo. La abrazadera de la celda de flujo fija la celda de flujo y el distribuidor
en su sitio.
4
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Figura 3 Platina térmica
A
B
C
D
E
Abrazadera de salida
Distribuidor y placa adaptadora de la celda de flujo
Abrazadera de la celda de flujo
Platina térmica
Peine dispensador
El distribuidor es un componente de un solo uso que suministra reactivos desde la placa
de reactivos hasta la celda de flujo. Los dispensadores del peine dispensador perforan los
tubos de reactivos con cierre metálico de la placa de reactivos. El extremo de salida del
distribuidor transfiere los residuos al contenedor de residuos. La abrazadera de salida fija
el extremo de salida del distribuidor en su sitio.
Placas adaptadoras de celdas de flujo
cBot lleva a cabo la generación de grupos en las celdas de flujo de HiSeq y GAIIx.
Al cambiar entre tipos de celdas de flujo, cambie la placa adaptadora de la platina de la
celda de flujo. Para obtener más información, consulte Cambio de la placa adaptadora en la
página 71.
Platina de reactivos
La platina de reactivos contiene la placa de reactivos de cBot. La placa de reactivos está
bloqueada en su posición con la palanca de la placa de reactivos. Dos portagradillas de
ocho tubos situados delante de la placa de reactivos contienen cebadores adicionales y la
cadena molde de la biblioteca preparada. El lado izquierdo de la fila de la cadena molde
está recortado para corregir la orientación de la gradilla de ocho tubos utilizada con el flujo
de trabajo de seguimiento de la muestra.
Guía del sistema cBot 2
5
Componentes de cBot 2
ADVERTENCIA
No toque el bloque térmico de aluminio de la platina térmica. El calentador conlleva peligro
de quemadura grave mientras está en funcionamiento. Para obtener más información sobre
la seguridad, consulte la Guía de cumplimiento y seguridad del sistema cBot 2 (n.º de documento
15065643).
Descripción general
Figura 4 Platina de reactivos de cBot 2
A
B
C
D
Palanca de la placa de reactivos
Fila de la cadena molde
Fila del cebador
Placa de reactivos de cBot
Software de cBot
La interfaz del software de cBot proporciona información para configurar el instrumento y
supervisar el progreso de la generación de grupos. Durante un experimento de generación
de grupos, se emplean las pantallas siguientes: la pantalla de inicio, las pantallas de
configuración del experimento y la pantalla de estado del experimento.
Utilice la interfaz del software para configurar el seguimiento inequívoco de las muestras,
los requisitos de entrada, las preferencias de lavado, las notificaciones por correo
electrónico y el control remoto.
Iconos de estado del sensor
Situados en la parte inferior de la pantalla, los iconos de estado del sensor indican si un
componente se ha instalado correctamente y está listo para el experimento.
Icono
Indicación
Placa adaptadora de la celda de flujo de GAIIx instalada.
Placa adaptadora de la celda de flujo de HiSeq instalada.
Tipo de placa adaptadora de la celda de flujo desconocido.
La tapa del instrumento está abierta.
La tapa del instrumento está cerrada.
Hay una botella de residuos y está lista para el uso.
La botella de residuos está llena.
Falta la botella de residuos.
6
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Componentes de cBot 2
Icono
Indicación
El refrigerante circula y el nivel de refrigerante es bueno.
Advertencia: El refrigerante circula, pero el nivel de refrigerante es
bajo.
Error: El refrigerante no circula, pero el nivel de refrigerante es bueno.
Error: El refrigerante no circula y el nivel de refrigerante es bajo.
El distribuidor está cargado y el peine dispensador está asegurado.
Falta el distribuidor o el peine dispensador no está asegurado.
Configuración
Utilice la interfaz del software para configurar el seguimiento inequívoco de las muestras,
los ajustes del sistema, los requisitos de entrada y las preferencias de lavado. Mediante el
uso de una conexión de red, puede activar el control remoto, las alertas de correo
electrónico y el soporte de LIMS. Estos ajustes configuración se pueden modificar según sea
necesario antes de iniciar cada experimento.
Para obtener instrucciones sobre la configuración, consulte la Guía de configuración del
sistema cBot (n.º de documento 1000000005301).
Guía del sistema cBot 2
7
Descripción general
Consumibles de Illumina
Los reactivos de cBot se suministran en una placa de reactivos que se carga directamente
en el instrumento después de la descongelación. Las placas de los reactivos de cBot se
suministran en los siguientes kits de Illumina.
Existen descripciones de los contenidos de los kits y más documentación sobre los kits
disponibles en la página de asistencia de cBot 2 en el sitio web de Illumina. Si desea
obtener instrucciones para la preparación de reactivos, consulte Preparación de reactivos en
la página 19.
Kits de generación de grupos para HiSeq
Cada kit contiene una celda de flujo de HiSeq, un distribuidor específico según la celda de
flujo y los reactivos necesarios para agrupar la celda de flujo en cBot.
Nombre del kit
N.º de catálogo del kit
Kit HiSeq 3000/4000 SR Cluster Kit
N.º de catálogo GD-410-1001
Kit HiSeq 3000/4000 PE Cluster Kit
N.° de catálogo PE-410-1001
Kit HiSeq SR Cluster Kit v4
N.º de catálogo GD-401-4001
Kit HiSeq PE Cluster Kit v4
N.° de catálogo PE-401-4001
Kit TruSeq SR Cluster Kit v3 - HS
N.º de catálogo GD-401-3001
Kit TruSeq PE Cluster Kit v3 - HS
N.° de catálogo PE-401-3001
HiSeq Rapid Duo cBot Sample Loading Kit
N.º de catálogo CT-403-2001
TruSeq Rapid Duo cBot Sample Loading Kit
N.º de catálogo CT-402-4001
Kits de generación de grupos para HiSeq X
Cada kit contiene varias celdas de flujo de HiSeq X, distribuidores específicos según la
celda de flujo y los reactivos necesarios para agrupar cada celda de flujo en cBot. Los kits
de paquete de una sola unidad contienen consumibles para la agrupación de dos celdas de
flujo y los kits de paquetes de 10 unidades contienen consumibles para agrupar 20 celdas
de flujo.
8
Nombre del kit
N.º de catálogo del kit
HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5
N.⁰ de catálogo FC-501-2501
HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5 (paquete de 10 unidades)
N.⁰ de catálogo FC-501-2521
HiSeq X Five Reagent Kit v2.5
N.⁰ de catálogo FC-502-2501
HiSeq X Five Reagent Kit v2.5 (paquete de 10 unidades)
N.⁰ de catálogo FC-502-2102
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Cada kit contiene una celda de flujo de GA, un distribuidor específico según la celda de
flujo y los reactivos necesarios para agrupar una celda de flujo en cBot. Para obtener una
descripción del contenido del kit e instrucciones para la preparación de los reactivos,
consulte la documentación del kit.
Nombre del kit
N.º de catálogo del kit
Kit TruSeq PE Cluster v2 - GA (cBot)
N.° de catálogo PE-300-2001
TruSeq SR Cluster Kit v2 - GA (cBot)
N.º de catálogo GD-300-2001
Kits de rehibridación
Utilice un kit de rehibridación de cBot para realizar la rehibridación del cebador de Lectura
1 para la recuperación de experimentos o tras ampliar el almacenamiento de celdas de
flujo.
Nombre del kit
N.° de catálogo
Kit de rehibridación de cebadores HiSeq X cBot MultiPrimer Rehybridization Kit v2
N.º de catálogo GD-305-2001
Kit de rehibridación de cebadores HiSeq 3000/4000 cBot
Multi-Primer Rehybridization Kit
N.º de catálogo GD-310-1001
Kit de rehibridación de cebadores TruSeq v2 cBot MultiPrimer Rehybridization Kit
N.º de catálogo GD-304-2001
Para obtener más información, consulte la guía de rehibridación de su celda de flujo:
} HiSeq X: Rehibridación del cebador de Lectura 1 en una celda de flujo de HiSeq X (n.º de
documento 15053711)
} HiSeq 3000/4000: Rehibridación del cebador de Lectura 1 en una celda de flujo de HiSeq
3000/4000 (n.º de documento 15058794)
} TruSeq v3 o TruSeq v2 (GAIIx): Rehibridación del cebador de Lectura 1 en una celda de flujo
de TruSeq v3 o TruSeq v2 (n.º de documento 15018149)
Cebador de secuenciación Lectura 1 para bibliotecas de Nextera
El cebador de secuenciación Lectura 1 (HP6) suministrado en los siguientes kits no es
compatible con las bibliotecas de Nextera:
} TruSeq Cluster Kit v3 - HS
} TruSeq Cluster Kit v2 - GA
Si va a realizar secuenciaciones de bibliotecas de Nextera, utilice el cebador de
secuenciación Lectura 1 (HP10) independientemente del tipo de experimento que esté
llevando a cabo. HP10 se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box.
Guía del sistema cBot 2
9
Consumibles de Illumina
Kits de generación de grupos para GAIIx
Descripción general
Nombre del kit
N.° de catálogo
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box, "singleread" (de lectura individual)
N.º de catálogo FC-121-1003
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box, "pairedend"
N.º de catálogo PE-121-1003
Los demás kits de cBot incluyen HP10, que es compatible con las bibliotecas de TruSeq y
de Nextera.
10
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
La configuración de la placa de reactivos es distinta según el tipo de kit, incluido el
número de filas que contienen reactivo.
Cada gradilla de ocho tubos se etiqueta con el nombre del reactivo seguido de un número.
El número indica la fila que ocupa en la placa de reactivos. Si una gradilla de ocho tubos
queda desplazada, utilice el número de fila de la etiqueta para volver a colocar la gradilla
en la posición correcta.
Tipo de celda de
flujo
Descripción de la placa de reactivos
HiSeq X y
HiSeq 3000/4000
Contiene doce filas con ocho pocillos profundos cada una. Cada
reactivo ocupa toda una fila de ocho pocillos. No todas las filas
contienen reactivo.
HiSeq de alto
rendimiento
(HiSeq v4)
Contiene ocho filas con gradillas de ocho tubos con cierre metálico
llenos de reactivos para la generación de grupos. Las filas de la 9 a la
12 están vacías.
HiSeq de alto
rendimiento
(TruSeq v3)
La placa de reactivos contiene once filas con gradillas de ocho tubos
con cierre metálico llenos de reactivos para la generación de grupos.
La fila 12 está vacía.
HiSeq Rapid
Contiene tres filas con gradillas de ocho tubos con cierre metálico
llenos de reactivos para la hibridación de cadenas molde y primeras
extensiones. Las filas de la 4 a la 12 están vacías.
Guía del sistema cBot 2
11
Placas de reactivos de cBot
Placas de reactivos de cBot
Descripción general
ADVERTENCIA
Excepto la placa de reactivos rápida de HiSeq, estos grupos de reactivos contienen
formamida, una amida alifática que es una toxina reproductiva probable. Evite su
inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar
lesiones. Deseche los contenedores y el contenido no utilizado de acuerdo con las
normativas de seguridad oficiales de su zona. Si desea obtener más información, consulte
la hoja de datos de seguridad de este kit, en support.illumina.com/sds.html.
12
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 2 Primeros pasos
Encendido de cBot 2
Compatibilidad de la versión de los componentes del experimento
Consumibles que debe proporcionar el usuario
Guía del sistema cBot 2
14
15
17
13
Capítulo 2
Primeros pasos
Primeros pasos
Encendido de cBot 2
A
B
14
Botón de arranque
Interruptor de alimentación
1
Cambie el interruptor de alimentación situado en el lado derecho del instrumento a la
posición ON (Encendido).
2
Pulse el botón de arranque en la parte izquierda del compartimento de la botella de
residuos para iniciar el software.
Cuando el proceso de encendido finaliza, aparece la pantalla de inicio.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Para obtener unos resultados y un rendimiento óptimos, utilice siempre versiones
compatibles del software y de los kits de cBot.
Versión de kit
Versión de fórmula
Versión del software
HiSeq 3000/4000 Cluster Kit
Fórmulas de la versión 1.0
cBot v3.0.46 o posterior (kit SR)
cBot v2.0.34 o posterior (kit PE)
HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5
Fórmulas de la versión 2.0
cBot v2.0.29 o posterior
HiSeq X Five Reagent Kit v2.5
Fórmulas de la versión 2.0
cBot v2.0.29 o posterior
HiSeq Cluster Kit v4
Fórmulas de la versión 9.0
cBot v2.0.16 o posterior
HiSeq Rapid Duo cBot Sample
Loading Kit
Fórmulas de la versión R
cBot v1.5 o posterior
TruSeq Rapid Duo cBot Sample
Loading Kit
Fórmulas de la versión R
cBot v1.5 o posterior
Caja TruSeq Dual Index
Sequencing Primer Box
Fórmulas de la versión 8.0
(HiSeq)
Fórmulas de la versión 7.0
(GA)
cBot v1.4.36 o posterior
TruSeq Cluster Kit v3 - HS
Fórmulas de la versión 8.0
cBot v1.4 o posterior
TruSeq Cluster Kit v2 - GA
Fórmulas de la versión 7.0
cBot v1.3 o posterior
Fórmulas y tipos de celdas de flujo de cBot
Celda de flujo
Nombre de fórmula principal
Celda de flujo de tramas de HiSeq
3000/4000
HiSeq_3000_4000_SR_HD_Exclusion_Amp_v1.0
HiSeq_3000_4000_HD_Exclusion_Amp_v1.0
Celda de flujo de tramas de HiSeq X
Ten v2.5
HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0
Celda de flujo de tramas de HiSeq X
Five v2.5
HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0
Celda de flujo de HiSeq v4
SR_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0
PE_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0
Celda de flujo de TruSeq v3
SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0
PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0
SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0
PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0
Celda de flujo de HiSeq Rapid v2
RR_TemplateHyb_FirstExt_vR¹
Guía del sistema cBot 2
15
Compatibilidad de la versión de los componentes del experimento
Compatibilidad de la versión de los componentes del
experimento
Primeros pasos
Celda de flujo
Nombre de fórmula principal
Celda de flujo de TruSeq Rapid
RR_TemplateHyb_FirstExt_vR¹
Celda de flujo de GAIIx v2
SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0²
PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0²
SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0²
PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0²
¹ Solo se utiliza con los kits Rapid Duo.
² Para acceder a las fórmulas v7, vaya a la ubicación C:\Illumina\cBot\bin\Recipes\Hidden de la
unidad del instrumento. Copie las fórmulas en C:\Illumina\cBot\bin\Recipes.
16
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Los siguientes consumibles suministrados por el usuario siguientes son los que se emplean
para la preparación de reactivos de generación de grupos en los kits de HiSeq X y HiSeq
3000/4000. Asegúrese de que utiliza la gradilla de ocho tubos adecuada para el flujo de
trabajo.
Los kits de HiSeq X y HiSeq 3000/4000 presentan un paso de desnaturalización antes de la
generación de grupos en el sistema cBot 2. Con estos kits, las bibliotecas se desnaturalizan
en la gradilla de ocho tubos antes de añadir la mezcla de reacción de ExAmp.
Componente
Proveedor
Finalidad
NaOH 1 N
Proveedor de
laboratorio general
Uso para la desnaturalización de bibliotecas.
200 mM Tris-HCl,
pH 8.0
Proveedor de
laboratorio general
Uso para la desnaturalización de bibliotecas
tras su dilución con NaOH 0,1 N.
Agua de laboratorio
Millipore o
proveedor de
laboratorio general
Uso para la desnaturalización de bibliotecas.
Gradillas de ocho
tubos con etiquetas
de código de barras,
0,2 ml
Illumina, n.º de
catálogo 20002011
Utilícelas para la mezcla de bibliotecas y de
reacción de ExAmp en el sistema cBot
(generación de grupos con flujo de trabajo de
seguimiento de muestras).
Gradillas de 8 tubos,
0,2 ml
Fisher Scientific, n.º de
catálogo AB-0264
Utilícelas para la mezcla de bibliotecas y de
reacción de ExAmp en el sistema cBot
(generación de grupos con flujo de trabajo de
seguimiento de muestras).
Gradilla de ocho
tapas, plana
Fisher Scientific, n.º de
catálogo AB-0784
Utilícela para tapar las gradillas de ocho tubos
no etiquetadas cuando no estén cargadas en el
sistema cBot.
Tubo de
microcentrífuga,
1,5 ml
VWR,
n.º de catálogo
20170-038*
Uso para la preparación de la mezcla maestra
de la reacción de ExAmp.
* o equivalente
Guía del sistema cBot 2
17
Consumibles que debe proporcionar el usuario
Consumibles que debe proporcionar el usuario
18
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 3 Preparación de reactivos
Introducción
Celda de flujo de HiSeq X
Celda de flujo de HiSeq 3000/4000
Celda de flujo de rendimiento elevado de HiSeq
Celda de flujo de HiSeq Rapid
Guía del sistema cBot 2
20
21
26
30
31
19
Capítulo 3
Preparación de reactivos
Preparación de reactivos
Introducción
Las instrucciones de preparación de reactivos dependen del kit de reactivos que utilice.
Las instrucciones se clasifican según el tipo de celda de flujo e incluyen el modo de alta
productividad de HiSeq X, HiSeq 3000/4000 y HiSeq y el modo rápido de HiSeq. Si desea
obtener instrucciones sobre la preparación de reactivos para una celda de flujo de GAIIx,
consulte la guía correspondiente a su kit de generación de grupos:
} Guía de preparación de reactivos del kit TruSeq PE Cluster Kit v2 (n.º de referencia 15019437)
} Guía de preparación de reactivos del kit TruSeq SR Cluster Kit v2 (n.º de referencia 15019436)
Después de preparar los reactivos de generación de grupos, podrá cargarlos en cBot
cuando así se lo solicite el software.
Mejores prácticas
}
}
}
}
20
Lleve guantes limpios para preparar los reactivos de generación de grupos.
No extraiga la tapa protectora de plástico transparente de la placa de reactivos hasta
que no esté listo para cargar reactivos en cBot. No perfore los sellos metálicos.
Sujete las placas de reactivos que contengan gradillas de ocho tubos por la base para
evitar que se salgan los tubos de reactivos. Asegúrese de que los tubos están bien
fijados a la placa de reactivos antes y después de realizar una agitación en un
mezclador de vórtice o una inversión. Los tubos sueltos pueden dañar el distribuidor
de cBot.
Durante la generación de grupos en una celda de flujo de HiSeq X o HiSeq 3000/4000,
prepare siempre NaOH recién diluido para desnaturalizar bibliotecas. Este paso es vital
para el proceso de desnaturalización. Para evitar ligeros errores de pipeteo, prepare al
menos 1 ml de NaOH 0,1 N recién diluido.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Prepare la celda de flujo de tramas HiSeq X y, a continuación, prepare los reactivos de
generación de grupos. Para preparar los reactivos de generación de grupos, descongele la
placa de reactivos de cBot y prepare la mezcla maestra ExAmp.
Si utiliza el kit de paquetes de diez unidades, prepare cuatro celdas de flujo y descongele
cuatro placas de reactivos de cBot. Asegúrese de que existan cuatro instrumentos cBot
disponibles. Los reactivos no se pueden almacenar tras su preparación.
NOTA
Las instrucciones de preparación de reactivos descritas en esta guía no se aplican al flujo de
trabajo automático que se utiliza para Illumina SeqLab. Para obtener instrucciones sobre el
flujo de trabajo de Illumina SeqLab, consulte support.illumina.com/custom-protocolselector.html.
Acerca de los reactivos
}
}
}
}
Los reactivos ExAmp son viscosos, en especial EPX2 y EPX3. Aspire y dispense los
reactivos lentamente para realizar un pipeteo preciso.
EPX3 no se vierte al invertirlo debido a su viscosidad.
Nunca realice una mezcla vorticial de los reactivos de ExAmp y tampoco los vuelva a
congelar tras descongelarlos.
La mezcla maestra ExAmp puede presentar un aspecto turbio; es normal. Si la solución
se separa en una parte turbia y otra clara, realice un suave pipeteo para mezclar los
líquidos.
Preparación de la celda de flujo
1
Extraiga un nuevo paquete de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura
de entre 2 y 8 °C.
2
Deje el paquete de la celda de flujo a temperatura ambiente durante al menos
30 minutos.
NOTA
Si el embalaje de aluminio está intacto, la celda de flujo puede permanecer a temperatura
ambiente hasta 12 horas. Puede volver a almacenar la celda de flujo envasada a una
temperatura de entre 2 y 8 °C para su uso posterior solo una vez.Evite el enfriamiento y
el calentamiento repetidos de la celda de flujo.
3
Utilice un nuevo par de guantes sin polvo.
4
Abra el embalaje de aluminio desde el extremo que posee el sello angulado. Utilice la
celda de flujo en un plazo de cuatro horas desde la apertura del embalaje de aluminio.
Guía del sistema cBot 2
21
Celda de flujo de HiSeq X
Celda de flujo de HiSeq X
Preparación de reactivos
Figura 5 Abra el paquete de la celda de flujo
5
Retire el estuche del embalaje de aluminio.
Figura 6 Extracción del embalaje de aluminio
6
Abra el estuche y extraiga la celda de flujo.
Figura 7 Extracción de la celda de flujo del estuche
7
Limpie la celda de flujo con un paño de alcohol sin pelusa. Séquela mediante una
toallita sin pelusa.
8
Reserve a temperatura ambiente.
Descongelación de la placa de reactivos de cBot
22
1
Extraiga la placa de reactivos de cBot del almacenamiento desde -25 °C hasta -15 °C.
2
Introdúzcala en un baño con agua a temperatura ambiente hasta que se descongele
durante 60 minutos.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Extraiga un tubo de cada uno de los siguientes reactivos de su almacenamiento a una
temperatura de entre -25 °C y -15 °C.
} Kit de paquetes de una sola unidad: EPX1, EPX2, EPX3 y RSB. Cada tubo contiene
suficiente reactivo para una celda de flujo.
} Kit de paquetes de 10 unidades: EPX1M, EPX2M, EPX3M y RSB. Cada tubo
contiene suficiente reactivo para cuatro celdas de flujo.
2
Descongele a temperatura ambiente durante diez minutos.
3
Reserve en hielo.
Preparación de una dilución nueva de NaOH
1
Combine los siguientes volúmenes en un tubo de microcentrífuga para preparar 1 ml
de 0,1 N de NaOH:
} Agua de laboratorio (900 µl)
} Preparado de NaOH 1 N (100 µl)
2
Invierta para mezclar.
Desnaturalización de bibliotecas y adición de control PhiX opcional
La concentración de carga de bibliotecas depende de las bibliotecas que se vayan a
secuenciar. Las instrucciones siguientes se aplican a bibliotecas TruSeq Nano DNA (350 bp) o TruSeq DNA PCR-Free (350 bp). Realice la dilución con la concentración
adecuada para el tipo de biblioteca.
} Una concentración de carga de ADN demasiado alta provoca un % PF reducido.
} Una concentración de carga de ADN demasiado baja provoca un % PF reducido, así
como un elevado porcentaje de duplicados que afecta de forma negativa a la
profundidad de cobertura.
Repita estas instrucciones para cada celda de flujo que vaya a secuenciar.
1
Diluya la biblioteca o el conjunto de bibliotecas a la concentración adecuada:
} Bibliotecas de ADN TruSeq Nano: diluir con 2-3 nM en RSB.
} Bibliotecas de muestras libres de PCR de ADN TruSeq: diluir con 1-2 nM en RSB.
2
[Opcional] Añada control PhiX no desnaturalizado de Illumina al 1 % a las bibliotecas no
desnaturalizadas:
} Bibliotecas de ADN TruSeq Nano: añadir 0,5 µl de PhiX de 2-3 nM a 50 µl de
biblioteca de 2-3 nM.
} Bibliotecas de muestras libres de PCR de ADN TruSeq: añadir 0,5 µl de PhiX de
1-2 nM a 50 µl de biblioteca de 1-2 nM.
3
Número de tubos de una gradilla de ocho tubos:
} Para la generación de grupos con seguimiento de muestras: Desde el extremo con la
clave, etiquete los tubos de 8 a 1.
Guía del sistema cBot 2
23
Celda de flujo de HiSeq X
Descongelación de EPX1, EPX2, EPX3 y RSB
Preparación de reactivos
} Para la generación de grupos sin seguimiento de muestras: Etiquete los tubos de 1 a
8. Al preparar cuatro celdas de flujo, plantéese añadir otro indicador en la gradilla
de ocho tubos para un realizar un seguimiento adecuado.
4
Desnaturalice la biblioteca en la gradilla de ocho tubos del modo siguiente:
a
b
c
d
5
Añada 5 µl de biblioteca no desnaturalizada al fondo de cada pocillo.
Añada 5 µl de NaOH 0,1 N recién diluido. Realice un pipeteo suave para
mezclarlo.
Incube a temperatura ambiente durante ocho minutos.
Añada 5 µl de Tris-HCl 200 mM, pH 8.0. Realice un pipeteo suave para mezclarlo.
Resérvelo sobre hielo hasta que esté listo para añadir la mezcla maestra ExAmp.
PRECAUCIÓN
Prepare y añada la mezcla maestra ExAmp en un plazo de 30 minutos.
Preparación de la placa de reactivos de cBot
1
Invierta la placa para mezclar.
2
Agite en un vórtice para eliminar cualquier burbuja de aire atrapada.
3
Golpee sobre una superficie dura para recoger cualquier gota de reactivo. De forma
alternativa, pulse en centrifugar.
4
Reserve en hielo.
Preparación de la reacción de ExAmp
Prepare la mezcla maestra de la reacción de ExAmp inmediatamente antes de su uso. Siga
las instrucciones adecuadas según la cantidad de celdas de flujo que prepare.
Reacción de ExAmp para una celda de flujo (kit de paquetes de una
unidad)
1
Invierta EPX1 y EPX2 para mezclarlos.
2
Centrifugue brevemente EPX1, EPX2 y EPX3.
3
Prepare la mezcla maestra ExAmp en el tubo de 1,5 ml del modo siguiente.
a
b
c
Añada 210 µl de EPX1.
Añada 30 µl de EPX2. Realice un pipeteo suave para mezclarlo.
Añada 110 µl de EPX3. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Asegúrese de que
no hay burbujas en la parte inferior del tubo.
4
Añada 35 µl de la mezcla maestra en la parte inferior de cada pocillo de la gradilla de
ocho tubos. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Cambie las puntas entre
muestras.
5
Centrifugue brevemente y, a continuación, colóquela sobre hielo hasta que esté
preparado para cargar cBot.
PRECAUCIÓN
Cargue la gradilla de ocho tubos en cBot en un plazo de 15 minutos.
24
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Invierta EPX1M y EPX2M para mezclarlos.
2
Centrifugue brevemente EPX1M, EPX2M y EPX3M.
3
Añada los volúmenes siguientes en un tubo de 1,5 ml en el orden que se indica:
a
b
c
Añada 756 µl de EPX1M.
Añada 108 µl de EPX2M. Realice un pipeteo suave para mezclarlo.
Añada 396 µl de EPX3M. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Asegúrese de
que no hay burbujas en la parte inferior del tubo.
4
Añada 35 µl de la mezcla maestra en la parte inferior de cada pocillo de las gradillas
de ocho tubos. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Cambie las puntas entre
muestras.
5
Centrifugue brevemente la gradilla de ocho tubos. A continuación, colóquela sobre
hielo hasta que esté preparado para cargar cBot.
PRECAUCIÓN
Cargue la mezcla maestra ExAmp y la solución de la biblioteca en cBot en un plazo de
15 minutos.
Guía del sistema cBot 2
25
Celda de flujo de HiSeq X
Reacción de ExAmp para cuatro celdas de flujo (kit de paquetes de 10
unidades)
Preparación de reactivos
Celda de flujo de HiSeq 3000/4000
Prepare la celda de flujo de tramas HiSeq 3000/4000 y, a continuación, prepare los
reactivos de generación de grupos. Para preparar los reactivos de generación de grupos,
descongele la placa de reactivos cBot y prepare la mezcla maestra de reacción de ExAmp.
Acerca de los reactivos
}
}
}
}
Los reactivos ExAmp son viscosos, en especial EPX2 y EPX3. Aspire y dispense los
reactivos lentamente para realizar un pipeteo preciso.
EPX3 no se vierte al invertirlo debido a su viscosidad.
Nunca realice una mezcla vorticial de los reactivos de ExAmp y tampoco los vuelva a
congelar tras descongelarlos.
La mezcla maestra ExAmp puede presentar un aspecto turbio; es normal. Si la solución
se separa en una parte turbia y otra clara, realice un suave pipeteo para mezclar los
líquidos.
Preparación de la celda de flujo
1
Extraiga un nuevo paquete de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura
de entre 2 y 8 °C.
2
Deje el paquete de la celda de flujo a temperatura ambiente durante al menos
30 minutos.
NOTA
Si el embalaje de aluminio está intacto, la celda de flujo puede permanecer a temperatura
ambiente hasta 12 horas. Puede volver a almacenar la celda de flujo envasada a una
temperatura de entre 2 y 8 °C para su uso posterior solo una vez.Evite el enfriamiento y
el calentamiento repetidos de la celda de flujo.
3
Utilice un nuevo par de guantes sin polvo.
4
Abra el embalaje de aluminio desde el extremo que posee el sello angulado. Utilice la
celda de flujo en un plazo de cuatro horas desde la apertura del embalaje de aluminio.
Figura 8 Abra el paquete de la celda de flujo
5
26
Retire el estuche del embalaje de aluminio.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Celda de flujo de HiSeq 3000/4000
Figura 9 Extracción del embalaje de aluminio
6
Abra el estuche y extraiga la celda de flujo.
Figura 10 Extracción de la celda de flujo del estuche
7
Limpie la celda de flujo con un paño de alcohol sin pelusa. Séquela mediante una
toallita sin pelusa.
8
Reserve a temperatura ambiente.
Descongelación de la placa de reactivos de cBot
1
Extraiga la placa de reactivos de cBot del almacenamiento desde -25 °C hasta -15 °C.
2
Coloque la placa de reactivos al baño maría con el agua a temperatura ambiente
durante 60 minutos.
Descongelación de EPX1, EPX2, EPX3 y RSB
1
Extraiga EPX1, EPX2, EPX3 y RSB de su almacenamiento a una temperatura de entre
-25 °C y -15 °C.
2
Descongele a temperatura ambiente durante diez minutos.
3
Reserve en hielo.
Preparación de una dilución nueva de NaOH
1
Combine los siguientes volúmenes en un tubo de microcentrífuga para preparar 1 ml
de 0,1 N de NaOH:
} Agua de laboratorio (900 µl)
Guía del sistema cBot 2
27
Preparación de reactivos
} Preparado de NaOH 1 N (100 µl)
2
Invierta para mezclar.
Desnaturalización de bibliotecas y adición de control PhiX opcional
La concentración de carga de bibliotecas depende de las bibliotecas que se vayan a
secuenciar. Deberán seguirse estas instrucciones en el caso de bibliotecas compatibles con
Illumina y se deberá prever el tamaño de fragmento habitual para el tipo de biblioteca
asociada. Asegúrese de que realiza la dilución con la concentración adecuada para el tipo
de biblioteca.
} Una concentración de carga de ADN demasiado alta provoca un % PF reducido.
} Una concentración de carga de ADN demasiado baja provoca un % PF reducido, así
como un elevado porcentaje de duplicados que afecta de forma negativa a la
profundidad de cobertura.
1
Diluya la biblioteca o el conjunto de bibliotecas a la concentración adecuada.
Tipo de biblioteca
TruSeq DNA PCR-Free
TruSeq Nano DNA
Exome de captura rápida de
Nextera
TruSeq Stranded Total RNA
TruSeq Stranded mRNA
2
[Opcional] Añada control PhiX no desnaturalizado de Illumina al 1 % a las bibliotecas no
desnaturalizadas.
Tipo de biblioteca
TruSeq DNA PCR-Free
TruSeq Nano DNA
Exome de captura rápida de
Nextera
TruSeq Stranded Total RNA
TruSeq Stranded mRNA
3
Dilución
Diluir con 1-2 nM en RSB.
Diluir con 2-3 nM en RSB.
Adición
Añadir 5 µl de PhiX de 100-200 pM a 45 µl de biblioteca
de 1-2 nM.
Añadir 5 µl de PhiX de 200-300 pM a 45 µl de biblioteca
de 2-3 nM.
Número de tubos de una gradilla de ocho tubos:
} Para la generación de grupos con seguimiento de muestras: Desde el extremo con la
clave, etiquete los tubos de 8 a 1.
} Para la generación de grupos sin seguimiento de muestras: Etiquete los tubos de 1
a 8.
4
Desnaturalice la biblioteca en la gradilla de ocho tubos del modo siguiente:
a
b
c
d
28
Añada 5 µl de biblioteca no desnaturalizada al fondo de cada pocillo.
Añada 5 µl de NaOH 0,1 N recién diluido. Realice un pipeteo suave para
mezclarlo.
Incube a temperatura ambiente durante ocho minutos.
Añada 5 µl de Tris-HCl 200 mM, pH 8.0. Realice un pipeteo suave para mezclarlo.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Resérvelo sobre hielo hasta que esté listo para añadir la mezcla maestra ExAmp.
PRECAUCIÓN
Prepare y añada la mezcla maestra ExAmp en un plazo de 30 minutos.
Preparación de la placa de reactivos de cBot
1
Invierta la placa para mezclar.
2
Agite en un vórtice para eliminar cualquier burbuja de aire atrapada.
3
Golpee sobre una superficie dura para recoger cualquier gota de reactivo. De forma
alternativa, pulse en centrifugar.
4
Reserve en hielo.
Preparación de la reacción de ExAmp
Prepare la mezcla maestra de reacción de ExAmp inmediatamente antes del uso.
1
Invierta EPX1 y EPX2 para mezclarlos.
2
Centrifugue brevemente EPX1, EPX2 y EPX3.
3
Prepare la mezcla maestra ExAmp en el tubo de 1,5 ml del modo siguiente.
a
b
c
Añada 210 µl de EPX1.
Añada 30 µl de EPX2. Realice un pipeteo suave para mezclarlo.
Añada 110 µl de EPX3. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Asegúrese de que
no hay burbujas en la parte inferior del tubo.
4
Añada 35 µl de la mezcla maestra en la parte inferior de cada pocillo de la gradilla de
ocho tubos. Realice un pipeteo suave para mezclarlo. Cambie las puntas entre
muestras.
5
Ponga la tapa en los tubos y centrifúguelos brevemente.
6
Colóquelos sobre hielo hasta que esté listo para cargar cBot.
PRECAUCIÓN
Cargue la gradilla de ocho tubos en cBot en un plazo de 15 minutos.
Guía del sistema cBot 2
29
Celda de flujo de HiSeq 3000/4000
5
Preparación de reactivos
Celda de flujo de rendimiento elevado de HiSeq
Para preparar reactivos, descongele e inspeccione la placa de reactivos. La descongelación
de la placa de reactivos dura, aproximadamente, 60 minutos si se emplea para ello un
baño maría a temperatura ambiente. De manera alternativa, puede descongelar los
reactivos a entre 2 °C y 8 °C durante toda la noche, sin superar las 16 horas.
Acerca de los reactivos
}
Al agitar o invertir la placa de reactivos de cBot, ponga la mano en la parte superior de
los tubos.
Descongelación de la placa de reactivos de cBot
1
Extraiga la placa de reactivos de cBot del almacenamiento desde -25 °C hasta -15 °C.
2
Asegúrese de que las gradillas de tubos están bien fijadas en la placa.
3
Introdúzcala en un baño con agua a temperatura ambiente hasta que se descongele
durante 60 minutos.
Preparación de la placa de reactivos de cBot
1
Invierta la placa de cBot para mezclar los reactivos.
2
Agite en un vórtice para eliminar cualquier burbuja de aire atrapada.
3
Golpee sobre una superficie dura para recoger cualquier gota de reactivo de la parte
inferior de los tubos. De forma alternativa, pulse en centrifugar.
4
Asegúrese de que los tubos no presentan burbujas de aire, están bien fijados y se
encuentran ordenados según los números.
5
De inmediato, continúe con la configuración de cBot.
6
Si está secuenciando bibliotecas de Nextera en una celda de flujo de TruSeq v3,
continúe con Preparación de HP10 (TruSeq v3) antes de configurar cBot.
Preparación de HP10 (TruSeq v3)
Prepare HP10 para el uso en cBot solo cuando esté utilizando bibliotecas Nextera en una
celda de flujo de TruSeq v3. HP10 también es compatible con otros tipos de bibliotecas de
Illumina.
30
1
Extraiga HP10 de su almacenamiento a una temperatura de entre -25 y -15 °C.
2
Descongélelo en un vaso de agua desionizada a temperatura ambiente durante 20
minutos.
3
Añada 150 µl de HP10 a cada tubo en una gradilla de ocho tubos.
4
Reserve en hielo.
5
De inmediato, continúe con la configuración de cBot.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Para preparar reactivos, descongele e inspeccione la placa de reactivos. La descongelación
de la placa de reactivos dura, aproximadamente, 30 minutos si se emplea para ello un
baño maría a temperatura ambiente. De manera alternativa, puede descongelar los
reactivos a entre 2 °C y 8 °C durante toda la noche, sin superar las 16 horas.
Acerca de los reactivos
}
Al agitar o invertir la placa de reactivos de cBot, ponga la mano sobre la superficie de
los tubos.
Descongelación de la placa de reactivos de cBot
1
Extraiga la placa de reactivos de cBot del almacenamiento desde -25 °C hasta -15 °C.
2
Asegúrese de que las gradillas de tubos están bien fijadas en la placa.
3
Introdúzcala en un baño con agua a temperatura ambiente hasta que se descongele
durante 60 minutos.
Preparación de la placa de reactivos de cBot
1
Invierta la placa de reactivos de cBot para mezclar los reactivos.
2
Agite en un vórtice para eliminar cualquier burbuja de aire atrapada.
3
Golpee sobre una superficie dura para recoger cualquier gota de reactivo de la parte
inferior de los tubos. De forma alternativa, pulse en centrifugar.
4
Inspeccione los tubos para comprobar que no presentan burbujas de aire, están bien
fijados y se encuentran ordenados según los números de la etiqueta.
5
De inmediato, continúe con la configuración de cBot.
Guía del sistema cBot 2
31
Celda de flujo de HiSeq Rapid
Celda de flujo de HiSeq Rapid
32
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 4 Generación de grupos con seguimiento de muestras
Introducción
Generación de grupos con flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Carga de consumibles
Carga del distribuidor
Selección de un protocolo
Lectura de consumibles
Realización de una comprobación previa al experimento
Supervisión del experimento
Descarga de componentes del experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Confirmación de la administración de reactivos (Opcional)
Guía del sistema cBot 2
Capítulo 4
Generación de grupos con
seguimiento de muestras
34
35
36
37
39
41
42
43
44
46
48
49
33
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Introducción
Es posible realizar la generación de grupos con seguimiento de muestras para todas las
celdas de flujo de HiSeq, a excepción de TruSeq Rapid (v1). Todos los pasos de generación
de grupos se realizan en cBot, a excepción de la preparación de bibliotecas para la
secuenciación y la preparación de reactivos. Los pasos de la generación de grupos para
una celda de flujo de HiSeq Rapid v2 se componen únicamente de la hibridación de la
cadena molde y de la primera extensión. Los demás pasos se llevan a cabo en el HiSeq.
La configuración de cBot para la generación de grupos sin seguimiento de muestras
incluye los pasos para cargar los componentes del experimento, seleccionar un protocolo y
leer los consumibles. Los lectores internos registran los datos obligatorios, como el ID de
reactivo y de la celda de flujo, una vez que se han cargado los consumibles y se cierra la
tapa del instrumento. Se muestran las entradas manuales y del sistema en la pantalla, si es
necesario.
Para obtener información sobre la configuración de cBot para realizar el seguimiento de las
muestras, consulte la Guía de configuración del sistema cBot (n.º de referencia 1000000005301).
Preparación de bibliotecas
Antes de configurar cBot para la generación de grupos, prepare las bibliotecas para la
secuenciación. El proceso será diferente en función del tipo de biblioteca y el tipo de celda
de flujo.
} La mayoría de las bibliotecas de las celdas de flujo de TruSeq y las celdas de flujo de
HiSeq requiere un paso de desnaturalización y dilución. Para obtener más información,
consulte la Guía de desnaturalización y dilución de bibliotecas para sistemas HiSeq y GAIIx
(n.º de referencia 15050107).
} El protocolo de desnaturalización es distinto para las celdas de flujo de tramas de
HiSeq X y HiSeq 3000/4000. Desnaturalice bibliotecas para su uso en estos tipos de
celdas de flujo únicamente tal y como se describe en las instrucciones de preparación
de cada tipo de celda de flujo. Para obtener más información, consulte Preparación de
reactivos en la página 19.
34
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Prepare la placa de reactivos y la celda de flujo. Consulte Preparación de
reactivos en la página 19.
Prepare las bibliotecas para la secuenciación y cárguelas en una gradilla de
ocho tubos etiquetados con código de barras.
Realice un lavado previo al experimento.
Cargue los consumibles y el distribuidor de cBot y cierre la tapa del
instrumento.
Seleccione un protocolo y lea los consumibles.
Seleccione Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento) para
iniciar la comprobación previa al experimento automatizada.
Seleccione Start (Iniciar). Supervise el progreso del experimento desde la
pantalla de estado del experimento.
[Opcional] Descargue los componentes del experimento y confirme la
administración de reactivos.
Lleve a cabo un lavado posterior al experimento.
Guía del sistema cBot 2
35
Generación de grupos con flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Generación de grupos con flujo de trabajo de
seguimiento de muestras
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Se recomienda realizar un lavado antes de la generación de grupos en cBot.
1
Seleccione User Name (Nombre de usuario).
2
Con el teclado en pantalla, escriba su nombre y, a continuación, seleccione Enter
(Intro).
3
Seleccione Start (Iniciar).
4
Si la casilla de verificación Manifold removed (Distribuidor extraído) no está
seleccionada en la pantalla Wash (Lavado), extraiga el distribuidor.
5
Levante la tapa del instrumento por el asa de la parte frontal de la tapa.
6
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada.
7
Cierre la tapa del instrumento.
8
Seleccione la casilla de verificación Reservoir filled with water (Depósito llenado con
agua).
9
Seleccione Wash (Lavado).
10 Tras finalizar el lavado, elimine el exceso de agua del depósito de lavado con una
toallita sin pelusa.
Figura 11 Secado del depósito de lavado
11 Seleccione la casilla de verificación Wash reservoir dry (Depósito de lavado seco).
12 Seleccione Next (Siguiente).
36
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Desde la pantalla Load Consumables (Carga de consumibles), utilice las siguientes
instrucciones para cargar la placa de reactivos de cBot, la celda de flujo y la gradilla de
ocho tubos etiquetados con código de barras que contienen las bibliotecas preparadas. En
función del protocolo seleccionado, el software le solicita que cargue una gradilla de ocho
tubos de los cebadores adicionales.
Carga de la placa de reactivos
1
Quite la tapa de plástico transparente de la placa de reactivos de cBot.
2
Levante la tapa del instrumento por el asa de la parte frontal de la tapa.
3
[Para los reactivos de TruSeq v3] Retire la lámina roja:
a
b
4
Sujete cada extremo de la gradilla de tubos de la fila 10 y retire la lámina roja de la
gradilla de ocho tubos. Deseche la lámina como corresponde.
Seleccione la casilla de verificación que aparece en pantalla para indicar que se ha
retirado la lámina.
Tire de la palanca de la placa de reactivos hacia usted y coloque la placa de reactivos
en la platina de reactivos con la etiqueta de código de barras orientada hacia la parte
trasera del instrumento.
Figura 12 Colocación de la placa de reactivos
5
Suelte la palanca para fijar la placa de reactivos.
Carga de la celda de flujo
1
Levante la abrazadera de la celda de flujo.
2
Lave la placa adaptadora de la platina térmica con una pequeña cantidad de agua
desionizada y, a continuación, séquela con un paño sin pelusa. Evite la entrada de
fluidos en el interior del instrumento.
3
Extraiga la celda de flujo del almacenamiento:
} Todas las celdas de flujo, a excepción de las de HiSeq X y HiSeq 3000/4000:
Extraiga la celda de flujo del tubo de almacenamiento con pinzas de plástico.
Enjuague con agua desionizada y, a continuación, seque con una toallita de limpieza
para gafas con un movimiento de barrido. Guarde el tubo y el tampón para un
almacenamiento posterior.
} Celdas de flujo de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: La celda de flujo de tramas está
lista para su uso tras la preparación de la celda de flujo.
Guía del sistema cBot 2
37
Carga de consumibles
Carga de consumibles
Generación de grupos con seguimiento de muestras
4
Coloque la celda de flujo en la platina térmica con los orificios de la celda de flujo
orientados hacia arriba.
El carril 1 está en el lado derecho con la esquina recortada.
Carga de cadenas molde
1
Cargue la gradilla de ocho tubos que contiene las bibliotecas en la fila de la cadena
molde del portagradillas de tubos. Asegúrese de que esté bien fijado.
2
Continúe del modo indicado a continuación.
} Si utiliza cebadores adicionales, continúe con la sección Carga de cebadores.
} Si no está utilizando cebadores adicionales, seleccione la casilla de verificación
Consumables Loaded (Consumibles cargados) y pase a Carga del distribuidor en la
página 39.
Carga de cebadores
La pantalla Load Primers (Carga de cebadores) aparece para los flujos de trabajo que
permiten utilizar cebadores personalizados o que requieren cebadores adicionales.
La secuenciación de las bibliotecas de Nextera en una celda de flujo de TruSeq v3 requiere
que cargue una gradilla de ocho tubos que contenga HP10.
1
Cargue la gradilla de ocho tubos que contiene los cebadores en la fila del cebador del
portagradillas de tubos.
Los tubos están numerados de derecha a izquierda para alinearse con la orientación de
la celda de flujo.
HiSeq X, HiSeq 3000/4000,
HiSeq v4 y TruSeq v3 (HiSeq)
38
HiSeq Rapid v2
2
Seleccione la casilla de verificación Consumables Loaded (Consumibles cargados).
3
Seleccione Next (Siguiente).
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Desde la pantalla Manifold (Distribuidor), cargue el distribuidor del mismo kit de
generación de grupos que la celda de flujo.
1
Inspeccione los dispensadores del peine dispensador para detectar daños. Asegúrese de
que las juntas de goma negras estén colocadas correctamente.
2
Coloque el distribuidor sobre la celda de flujo con el peine dispensador mirando hacia
la parte delantera de cBot.
3
Alinee el distribuidor con los pasadores guía de la platina térmica y colóquelo en su
sitio sobre la celda de flujo. Colóquelo correctamente para que cree un sellado
hermético.
4
Seleccione la casilla de verificación Manifold seated over flow cell (Distribuidor
colocado sobre celda de flujo).
5
Cierre la abrazadera de la celda de flujo para ajustar el distribuidor.
Figura 13 Cierre de la abrazadera de la celda de flujo
6
Seleccione la casilla de verificación Flow cell clamp closed (Abrazadera de celda de
flujo cerrada).
7
Conecte el extremo del puerto de salida del distribuidor al puerto de salida situado en
el depósito de lavado. Asegúrese de que el puerto de salida esté asentado
uniformemente.
Figura 14 Fijación del extremo de salida
A
B
Puerto de salida
Abrazadera de salida
8
Cierre la abrazadera de salida para fijar el extremo de salida del distribuidor.
9
Seleccione la casilla de verificación Outlet clamp closed (Abrazadera de salida
cerrada).
Guía del sistema cBot 2
39
Carga del distribuidor
Carga del distribuidor
Generación de grupos con seguimiento de muestras
10 Alinee el peine dispensador con los 2 pasadores guía de metal situados en la parte
delantera de la platina térmica.
Figura 15 Fijación del peine dispensador
A
B
Pasadores guía de metal
Lengüetas de plástico
11 Ajuste bien el peine dispensador en su sitio mediante las lengüetas de plástico situadas
a cada lado del peine.
12 Asegúrese de que los peines estén rectos y perpendiculares con respecto a la placa de
reactivos y de que la casilla de verificación Sipper comb in place (Peine dispensador
en su sitio) esté seleccionada.
13 Cierre la tapa del instrumento y seleccione Next (Siguiente).
NOTA
No vuelva a abrir la tapa a menos que lo solicite el software. Si la tapa está abierta, se
deben volver a leer y validar todos los consumibles durante la comprobación previa al
instrumento. Un fallo de validación durante la comprobación previa al experimento
requiere la cancelación del instrumento.
40
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Selección de un protocolo
Selección de un protocolo
1
Seleccione Experiment Name (Nombre del experimento).
2
Con el teclado en pantalla, escriba el nombre del experimento y, a continuación,
seleccione Enter (Intro).
3
Seleccione la fórmula adecuada para su experimento en la lista de protocolos.
Desplácese para ver todos los protocolos disponibles.
4
Seleccione Next (Siguiente).
Guía del sistema cBot 2
41
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Lectura de consumibles
Los lectores de códigos de barras internos leen y registran todos los ID de los consumibles.
El software le guía a través de cada lectura en una serie de pantallas, empezando por la
pantalla Reagents (Reactivos). Si la lectura es correcta, el ID del consumible aparece en la
pantalla.
1
Seleccione Scan (Leer) y, a continuación, Next (Siguiente) en cada una de las siguientes
pantallas:
} Reagents (Reactivos): Registra el ID del kit de reactivos.
} Flow Cell (Celda de flujo): Registra el ID de la celda de flujo.
} Tube Strips (Gradillas de tubos): Registra el ID de la cadena molde de la biblioteca.
2
Si está utilizando cebadores personalizados o adicionales, registre el nombre del
cebador del modo siguiente.
a
b
3
Seleccione Enter Primer Name (Introducir nombre del cebador) en la pantalla
Primers (Cebadores).
Con el teclado en pantalla, introduzca el nombre del cebador y, a continuación,
seleccione Enter (Intro).
Seleccione Pre Check (Comprobación previa).
Errores de lectura
Si se produce un fallo en la lectura, realice los siguientes pasos.
1
Abra la tapa del instrumento y extraiga el consumible con un error indicado.
2
Limpie el código de barras con una toallita de limpieza sin pelusa.
3
Vuelva a cargar el consumible y cierre la tapa.
4
Seleccione Scan (Leer) para repetir la lectura.
5
Si la lectura falla dos veces más, continúe con los pasos 6 a 8. Si no, continúe con la
configuración del experimento.
6
Abra la tapa del instrumento y extraiga el consumible.
7
Seleccione Scan (Leer) para activar el lector de códigos de barras externo y,
a continuación, lea el código de barras del consumible. De forma alternativa, seleccione
el icono del teclado, escriba el ID y seleccione Enter (Intro).
Un pitido audible indica una lectura correcta y el ID aparece en la pantalla.
NOTA
El seguimiento inequívoco de las muestras se realiza solo con los consumibles que se
leen internamente. Si utiliza el lector de códigos de barras externo o el teclado en
pantalla para registrar un ID de consumible, el seguimiento de muestras concluye para
ese consumible.
8
42
Vuelva a cargar el consumible y cierre la tapa para continuar con la configuración del
experimento.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
La comprobación previa al experimento lee los sensores del instrumento para detectar la
correcta instalación de los componentes del experimento y, a continuación, comprueba el
fluido mediante los sensores de burbujas para detectar si hay aire en los conductos. Si se
abrió la tapa después de la pantalla Manifold (Distribuidor), la comprobación previa al
experimento también vuelve a leer los consumibles y verifica que los ID de los consumibles
coinciden con la lectura inicial.
La comprobación previa al experimento tarda aproximadamente tres minutos.
1
Tras la correcta finalización de la comprobación previa al experimento, seleccione Start
(Iniciar).
Se abre la pantalla de estado del experimento y empieza la ejecución.
Errores en los componentes del experimento
Si la comprobación previa al experimento falla por errores relacionados con los
componentes del experimento o la apertura de la tapa, realice los siguientes pasos:
1
Compruebe que los componentes del experimento que han provocado algún error estén
presentes y se hayan cargado correctamente.
2
Seleccione Rerun Check (Volver a realizar la comprobación) para repetir la
comprobación.
3
Si la comprobación sigue fallando, seleccione Cancel Run (Cancelar experimento) para
finalizar el experimento y configurar uno nuevo.
Fallo de comprobación del flujo
El fallo de comprobación del flujo lo puede causar una celda de flujo cargada de forma
incorrecta, un distribuidor defectuoso o una obstrucción en los conductos. Antes de ignorar
la comprobación del flujo, consulte Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo en
la página 81.
Guía del sistema cBot 2
43
Realización de una comprobación previa al experimento
Realización de una comprobación previa al
experimento
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Supervisión del experimento
1
Utilice la pantalla de estado del experimento para supervisar el experimento en curso.
La pantalla de estado del experimento proporciona el estado del experimento y los
siguientes datos:
} La fecha y la hora de inicio, la fecha y la hora de fin y el tiempo restante.
} Los pasos del protocolo de generación de grupos con la barra de estado de cada
paso.
} El reactivo en uso en ese momento.
} La temperatura en ese momento (°C).
} El estado del comando en el paso en el que se encuentre.
Figura 16 Pantalla de estado del experimento.
2
Espere hasta que se complete el experimento:
} HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE o HiSeq X: El experimento dura, aproximadamente,
3 horas.
} HiSeq 3000/4000 SR: Dura, aproximadamente, 4 horas.
} HiSeq Rapid v2: Dura, aproximadamente, 1 hora.
} TruSeq v3: Dura, aproximadamente, 5 horas.
3
Una vez completado el experimento, deje la celda de flujo en el instrumento durante
toda la noche. Si no, proceda con la descarga de los componentes del experimento.
El cBot 2 mantiene la celda de flujo a 20 °C.
Informe de datos del experimento
El informe de datos del experimento proporciona un resumen del experimento en curso.
Muestra la siguiente información:
} Nombre del protocolo
} ID de la celda de flujo
} ID de reactivo
} Nombre de la cadena molde
} Hora de inicio y fin
44
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Al final del experimento, se abre automáticamente el informe de datos del experimento
para indicarle que el experimento ha finalizado.
Guía del sistema cBot 2
45
Supervisión del experimento
Puede ver el informe en cualquier momento durante el experimento. Seleccione Menu
(Menú) y, a continuación, Run Data (Datos del experimento).
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Descarga de componentes del experimento
1
Una vez completado el experimento, seleccione Unload (Descargar) para continuar.
Figura 17 Experimento completado, descarga de componentes
2
Levante la tapa del instrumento.
3
Abra la abrazadera de salida que fija el extremo de salida del distribuidor.
4
Desconecte del puerto de salida el extremo de salida del distribuidor situado en el
depósito de lavado.
5
Extraiga de los pasadores guía de metal el peine dispensador mediante las lengüetas
de plástico situadas a ambos lados del peine.
6
Abra la abrazadera de la celda de flujo.
7
Extraiga el distribuidor. Asegúrese de que la celda de flujo permanezca en la platina
térmica.
8
Levante la celda de flujo de la platina térmica.
9
Almacene la celda de flujo de un modo adecuado:
} Celdas de flujo de TruSeq v2, TruSeq v3 y HiSeq v4: Almacene el tampón de
almacenamiento en el tubo de la celda de flujo a una temperatura entre 2 °C y 8 °C.
La celda de flujo permanece estable tras la hibridación del cebador hasta diez días si
se ha almacenado correctamente en el tubo de la celda de flujo.
} Celdas de flujo de HiSeq y TruSeq Rapid: Realice el experimento de secuenciación
el mismo día que la carga de bibliotecas.
} Celda de flujo de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: Almacénela en un tampón de
almacenamiento durante un máximo de 48 horas a una temperatura de entre 2 °C
y 8 °C.
10 Tire hacia usted de la palanca de la placa de reactivos para soltarla. Retire la placa de
reactivos de la platina de reactivos.
46
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
11 Retire la gradilla de ocho tubos que contiene las bibliotecas.
12 Retire la gradilla de ocho tubos que contiene los cebadores adicionales si procede.
13 Seleccione la casilla de verificación para indicar que ha descargado los reactivos, las
cadenas molde y los cebadores.
14 Elija una opción de lavado:
} Seleccione Wash (Lavado) para continuar con el lavado posterior al experimento.
} Seleccione Exit (Salir) para ignorar el lavado posterior al experimento si la opción de
ignorar está disponible.
Guía del sistema cBot 2
47
Descarga de componentes del experimento
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
que puede alterar la capacidad reproductora. Evite su inhalación, ingestión y el
contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones. Utilice un equipo
de protección que incluya protección ocular, guantes y bata de laboratorio. Manipule
los reactivos usados como residuos químicos y deséchelos según se establece en las
normativas de seguridad oficiales de su zona. Si desea obtener información sobre
seguridad, salud y medio ambiente, consulte la hoja de datos de seguridad de este kit, en
support.illumina.com/sds.html.
Generación de grupos con seguimiento de muestras
Realización de un lavado posterior al experimento
48
1
Lave la placa de la platina térmica con agua desionizada para eliminar todas las sales.
Séquela con una toallita de limpieza sin pelusa.
2
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada y cierre
la tapa del instrumento.
3
Seleccione la casilla de verificación para indicar que hay agua y, a continuación,
seleccione Wash (Lavado).
4
Cuando haya finalizado el lavado, elimine el exceso de agua restante del depósito de
lavado. Evite los puertos de salida para impedir que las fibras entren en los orificios.
5
Seleccione la casilla de verificación para indicar que el depósito de lavado está seco y,
a continuación, seleccione Exit (Salir).
La pantalla de inicio se abre y cBot 2 está listo para otro experimento.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Puede confirmar la administración de reactivos individuales de la placa de reactivos
suministrada en cualquier kit, excepto los kits de HiSeq X y HiSeq 3000/4000.
1
Compruebe visualmente los cierres metálicos superiores de cada gradilla de tubos para
asegurarse de que todos los cierres estén perforados.
2
Suelte todas las gradillas de tubos de la base de la placa de reactivos del modo
siguiente.
a
b
3
Sujete la placa de reactivos firmemente con las puntas de los dedos por debajo de
la base.
Presione ligeramente hacia arriba en los tubos del centro de la gradilla de tubos.
Compruebe visualmente los tubos para asegurarse de que haya un volumen similar en
cada uno de ellos.
NOTA
Es normal que existan pequeñas diferencias.
Figura 18 Ejemplo de administración correcta de reactivos (celda de flujo de ocho carriles)
Figura 19 Ejemplo de administración correcta de reactivos (celda de flujo de dos carriles)
4
Si la administración de reactivos se realizó de forma incorrecta y los tubos de reactivos
con cierre metálico están perforados, póngase en contacto con el servicio de asistencia
técnica de Illumina.
5
Compruebe la gradilla de ocho tubos que contiene las cadenas molde de la biblioteca.
6
Si ha utilizado cebadores adicionales con el experimento, compruebe la gradilla de
ocho tubos que contiene los cebadores.
Guía del sistema cBot 2
49
Confirmación de la administración de reactivos (Opcional)
Confirmación de la administración de reactivos
(Opcional)
50
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 5 Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Introducción
Generación de grupos sin flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Selección de un protocolo
Carga de consumibles
Realización de una comprobación previa al experimento
Supervisión del experimento
Descarga de componentes del experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Confirmación de la administración de reactivos (Opcional)
Guía del sistema cBot 2
Capítulo 5
Generación de grupos sin
seguimiento de muestras
52
53
54
55
56
60
61
63
65
66
51
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Introducción
Todos los pasos de generación de grupos se realizan en cBot, a excepción de la preparación
de bibliotecas para la secuenciación y la preparación de la placa de reactivos de cBot. Los
pasos de la generación de grupos para una celda de flujo rápida se componen únicamente
de la hibridación de la plantilla y de la primera extensión. Los demás pasos se llevan a
cabo en el instrumento de secuenciación.
La configuración de cBot para la generación de grupos sin seguimiento de muestras
incluye la selección de un protocolo y, después, la carga de los consumibles. Todos los
consumibles se leen con el lector de códigos de barras externo o introduciéndolos
manualmente.
Preparación de bibliotecas
Antes de configurar cBot para la generación de grupos, prepare las bibliotecas para la
secuenciación. El proceso será diferente en función del tipo de biblioteca y el tipo de celda
de flujo.
} La mayoría de las bibliotecas de las celdas de flujo de TruSeq y las celdas de flujo de
HiSeq requiere un paso de desnaturalización y dilución. Para obtener más información,
consulte la Guía de desnaturalización y dilución de bibliotecas para sistemas HiSeq y GAIIx
(n.º de referencia 15050107).
} El protocolo de desnaturalización es distinto para las celdas de flujo de tramas de
HiSeq X y HiSeq 3000/4000. Desnaturalice bibliotecas para su uso en estos tipos de
celdas de flujo únicamente tal y como se describe en las instrucciones de preparación
de cada tipo de celda de flujo. Para obtener más información, consulte Preparación de
reactivos en la página 19.
52
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Prepare la placa de reactivos y la celda de flujo. Consulte Preparación de
reactivos en la página 19.
Prepare las bibliotecas para la secuenciación y cárguelas en una gradilla de
ocho tubos.
Realice un lavado previo al experimento.
Seleccione un protocolo, lea y cargue los consumibles y cargue las
gradillas de tubos que contienen las bibliotecas preparadas.
Seleccione Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento) para
iniciar la comprobación previa al experimento automatizada.
Seleccione Start (Iniciar). Supervise el progreso del experimento desde la
pantalla de estado del experimento.
Descargue los componentes del experimento y confirme la administración
de reactivos.
Lleve a cabo un lavado posterior al experimento.
Guía del sistema cBot 2
53
Generación de grupos sin flujo de trabajo de seguimiento de muestras
Generación de grupos sin flujo de trabajo de
seguimiento de muestras
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Realización de un lavado previo al experimento
Se recomienda realizar un lavado antes de la generación de grupos en cBot.
1
Seleccione User Name (Nombre de usuario).
2
Con el teclado en pantalla, escriba su nombre y, a continuación, seleccione Enter
(Intro).
3
Seleccione Start (Iniciar).
4
Si la casilla de verificación Manifold removed (Distribuidor extraído) no está
seleccionada en la pantalla Wash (Lavado), extraiga el distribuidor.
5
Levante la tapa del instrumento por el asa de la parte frontal de la tapa.
6
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada.
7
Cierre la tapa del instrumento.
8
Seleccione la casilla de verificación Reservoir filled with water (Depósito llenado con
agua).
9
Seleccione Wash (Lavado).
10 Tras finalizar el lavado, elimine el exceso de agua del depósito de lavado con una
toallita sin pelusa.
Figura 20 Secado del depósito de lavado
11 Seleccione la casilla de verificación Wash reservoir dry (Depósito de lavado seco).
12 Seleccione Next (Siguiente).
54
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Seleccione Experiment Name (Nombre del experimento).
2
Con el teclado en pantalla, escriba el nombre del experimento y, a continuación,
seleccione Enter (Intro).
3
Seleccione la fórmula adecuada para su experimento en la lista de protocolos.
Desplácese para ver todos los protocolos disponibles.
4
Seleccione Next (Siguiente).
Guía del sistema cBot 2
55
Selección de un protocolo
Selección de un protocolo
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Carga de consumibles
El software le guía a través de los pasos necesarios para cargar la placa de reactivos de
cBot, la celda de flujo, el distribuidor de cBot y la gradilla de ocho tubos que contiene las
bibliotecas preparadas. En función del protocolo de generación de grupos seleccionado, el
software le solicita que cargue una gradilla de ocho tubos de los cebadores adicionales.
Carga de la placa de reactivos
1
Quite la tapa de plástico transparente de la placa de reactivos de cBot.
2
Seleccione Scan Reagent ID (Leer ID de reactivos) para activar el lector de códigos de
barras externo.
3
Levante la tapa del instrumento por el asa de la parte frontal de la tapa.
4
[Para los reactivos de TruSeq v3 y TruSeq v2] Retire la lámina roja:
a
b
5
Sujete cada extremo de la gradilla de tubos de la fila 10 y retire la lámina roja de la
gradilla de ocho tubos. Deseche la lámina como corresponde.
Seleccione la casilla de verificación que aparece en pantalla para indicar que se ha
retirado la lámina.
Tire de la palanca de la placa de reactivos hacia usted y coloque la placa de reactivos
en la platina de reactivos:
} Todas las placas de reactivos excepto las de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: Coloque
la fila 1 directamente detrás de los portagradillas de tubos. La esquina biselada de la
placa está colocada en la esquina delantera derecha.
} Placas de reactivos de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: Coloque la placa con la etiqueta
del código de barras orientada hacia la parte posterior del instrumento. Las esquinas
biseladas de la placa están colocadas directamente detrás de los portagradillas de
tubos.
Figura 21 Colocación de la placa de reactivos
6
Suelte la palanca para fijar la placa de reactivos.
7
Seleccione la casilla de verificación en pantalla para indicar que ha cargado la placa de
reactivos y, a continuación, seleccione Next (Siguiente).
Carga de la celda de flujo
1
56
Levante la abrazadera de la celda de flujo.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Lave la placa adaptadora de la platina térmica con una pequeña cantidad de agua
desionizada y frote con una toallita de limpieza sin pelusa para secarla.
3
Extraer la celda de flujo del almacenamiento:
} Todas las celdas de flujo, a excepción de las de HiSeq X y HiSeq 3000/4000:
Extraiga la celda de flujo del tubo de almacenamiento con pinzas de plástico. Lave
la celda de flujo con agua desionizada y séquela suavemente con una toallita de
limpieza.Guarde el tubo y el tampón para un almacenamiento posterior.
} Celdas de flujo de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: La celda de flujo de tramas está
lista para su uso tras la preparación de la celda de flujo.
4
Seleccione Scan Flow Cell ID (Leer ID de celda de flujo) para activar el lector de
códigos de barras externo.
5
Para leer el ID de la celda de flujo, acerque el tubo o el paquete de la celda de flujo
etiquetado a la bandeja del lector de códigos de barras con el código orientado hacia el
instrumento.
6
Coloque la celda de flujo en la platina térmica con los orificios de la celda de flujo
orientados hacia arriba.
} Celdas de flujo de HiSeq y HiSeq X: El carril 1 se encuentra en la parte derecha con
la esquina grabada.
} Celdas de flujo de GAIIx: El carril 8 se encuentra en la parte derecha con el ID del
código de barras.
7
Seleccione la casilla de verificación para indicar que ha cargado la celda de flujo y, a
continuación, seleccione Next (Siguiente).
Carga del distribuidor
Utilice el distribuidor del mismo kit de generación de grupos que la celda de flujo.
1
Inspeccione los dispensadores del peine dispensador para detectar daños. Asegúrese de
que las juntas de goma negras estén colocadas correctamente.
2
Coloque el distribuidor sobre la celda de flujo con el peine dispensador mirando hacia
la parte delantera de cBot.
3
Alinee el distribuidor con los pasadores guía de la platina térmica y colóquelo en su
sitio sobre la celda de flujo. Colóquelo correctamente para que cree un sellado
hermético.
4
Seleccione la casilla de verificación Manifold seated over flow cell (Distribuidor
colocado sobre celda de flujo).
5
Cierre la abrazadera de la celda de flujo para ajustar el distribuidor.
Figura 22 Cierre de la abrazadera de la celda de flujo
Guía del sistema cBot 2
57
Carga de consumibles
2
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
6
Seleccione la casilla de verificación Flow cell clamp closed (Abrazadera de celda de
flujo cerrada).
7
Conecte el extremo del puerto de salida del distribuidor al puerto de salida situado en
el depósito de lavado. Asegúrese de que el puerto de salida esté asentado
uniformemente.
Figura 23 Fijación del extremo de salida
A
B
Puerto de salida
Abrazadera de salida
8
Cierre la abrazadera de salida para fijar el extremo de salida del distribuidor.
9
Seleccione la casilla de verificación Outlet clamp closed (Abrazadera de salida
cerrada).
10 Alinee el peine dispensador con los 2 pasadores guía de metal situados en la parte
delantera de la platina térmica.
Figura 24 Fijación del peine dispensador
A
B
Pasadores guía de metal
Lengüetas de plástico
11 Ajuste bien el peine dispensador en su sitio mediante las lengüetas de plástico situadas
a cada lado del peine.
12 Asegúrese de que los peines estén rectos y perpendiculares con respecto a la placa de
reactivos y de que el la casilla de verificación del Sipper comb in place (Peine
dispensador en su sitio) esté seleccionada.
13 Seleccione la casilla de verificación Sipper comb in place (Peine dispensador en su
sitio) y, a continuación, seleccione Next (Siguiente).
58
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Seleccione Enter Template Name (Introducir nombre de cadena molde).
2
Con el teclado en pantalla, introduzca el ID de la cadena molde y, a continuación,
seleccione Enter (Intro).
3
Cargue la gradilla de ocho tubos que contiene las bibliotecas preparadas en la fila de
cadenas molde.
4
Seleccione la casilla de verificación para indicar que ha cargado las cadenas molde.
5
Si utiliza cebadores adicionales, continúe con la sección Carga de cebadores. En caso
contrario, cierre la tapa de cBot y seleccione Next (Siguiente) para pasar a Realización de
una comprobación previa al experimento en la página 60.
Carga de cebadores
La pantalla Load Primers (Carga de cebadores) aparece para los flujos de trabajo que
permiten utilizar cebadores personalizados o requieren cebadores adicionales.
La secuenciación de las bibliotecas de Nextera en una celda de flujo de TruSeq v3 o TruSeq
v2 requiere que cargue una gradilla de ocho tubos que contenga HP10.
1
Seleccione Enter Primer Name (Introducir nombre de cebador).
2
Con el teclado en pantalla, introduzca el nombre del cebador y, a continuación,
seleccione Enter (Intro).
3
Cargue la gradilla de ocho tubos que contiene los cebadores en la fila de cebadores.
Asegúrese de que el orden de los tubos numerados se corresponde con la orientación
de los carriles de la celda de flujo:
} Celdas de flujo de HiSeq y HiSeq X: Los tubos están numerados de derecha a
izquierda.
} Celdas de flujo de GAIIx: Los tubos están numerados de izquierda a derecha.
HiSeq X, HiSeq 3000/4000,
HiSeq v4 y
TruSeq v3 (HiSeq)
HiSeq Rapid v2, TruSeq
Rapid (HiSeq)
TruSeq v2 (GAIIx)
4
Seleccione la casilla de verificación para indicar que los cebadores están cargados y
cierre la tapa del instrumento.
5
Seleccione Next (Siguiente).
Guía del sistema cBot 2
59
Carga de consumibles
Carga de cadenas molde
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Realización de una comprobación previa al
experimento
La comprobación previa al experimento lee los sensores del instrumento para detectar la
correcta instalación de los componentes del experimento y, a continuación, comprueba el
fluido mediante los sensores de burbujas para detectar si hay aire en los conductos. La
comprobación previa al experimento dura, aproximadamente, tres minutos.
1
Tras la correcta finalización de la comprobación previa al experimento, seleccione Start
(Iniciar).
Se abre la pantalla de estado del experimento y empieza la ejecución.
Errores en los componentes del experimento
Si la comprobación previa al experimento falla debido a que se producen errores
relacionados con los componentes del experimento, realice lo siguiente:
1
Compruebe que los componentes del experimento que han provocado algún error estén
presentes y se hayan cargado correctamente.
2
Seleccione Rerun Check (Volver a ejecutar comprobación) para repetir la
comprobación del sensor.
3
Si la comprobación sigue fallando, seleccione Cancel Run (Cancelar experimento) para
finalizar el experimento y configurar uno nuevo.
Fallo de comprobación del flujo
El fallo de comprobación del flujo lo puede causar una celda de flujo cargada de forma
incorrecta, un distribuidor defectuoso o una obstrucción en los conductos. Antes de ignorar
la comprobación del flujo, consulte Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo en
la página 81.
60
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Utilice la pantalla de estado del experimento para supervisar el experimento en curso.
La pantalla de estado del experimento proporciona el estado del experimento y los
siguientes datos:
} La fecha y la hora de inicio, la fecha y la hora de fin y el tiempo restante.
} Los pasos del protocolo de generación de grupos con la barra de estado de cada
paso.
} El reactivo en uso en ese momento.
} La temperatura en ese momento (°C).
} El estado del comando en el paso en el que se encuentre.
Figura 25 Pantalla de estado del experimento.
2
Espere hasta que se complete el experimento:
} HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE o HiSeq X: El experimento dura, aproximadamente,
3 horas.
} HiSeq 3000/4000 SR: Dura, aproximadamente, 4 horas.
} HiSeq Rapid v2 o TruSeq Rapid: Dura, aproximadamente, 1 hora.
} TruSeq v2 o TruSeq v3: Dura, aproximadamente, 5 horas.
3
Una vez completado el experimento, deje la celda de flujo en el instrumento durante
toda la noche. Si no, proceda con la descarga de los componentes del experimento.
El cBot 2 mantiene la celda de flujo a 20 °C.
Informe de datos del experimento
El informe de datos del experimento proporciona un resumen del experimento en curso.
Muestra la siguiente información:
} Nombre del protocolo
} ID de la celda de flujo
} ID de reactivo
} Nombre de la cadena molde
} Hora de inicio y fin
Guía del sistema cBot 2
61
Supervisión del experimento
Supervisión del experimento
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Puede ver el informe en cualquier momento durante el experimento. Seleccione Menu
(Menú) y, a continuación, Run Data (Datos del experimento).
Al final del experimento, se abre automáticamente el informe de datos del experimento
para indicarle que el experimento ha finalizado.
62
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Una vez completado el experimento, seleccione Unload (Descargar) para continuar.
Figura 26 Experimento completado, descarga de componentes
2
Levante la tapa del instrumento.
3
Abra la abrazadera de salida que fija el extremo de salida del distribuidor.
4
Desconecte del puerto de salida el extremo de salida del distribuidor situado en el
depósito de lavado.
5
Extraiga de los pasadores guía de metal el peine dispensador mediante las lengüetas
de plástico situadas a ambos lados del peine.
6
Abra la abrazadera de la celda de flujo.
7
Extraiga el distribuidor. Asegúrese de que la celda de flujo permanezca en la platina
térmica.
8
Levante la celda de flujo de la platina térmica.
9
Almacene la celda de flujo de un modo adecuado:
} Celdas de flujo de TruSeq v2, TruSeq v3 y HiSeq v4: Almacene el tampón de
almacenamiento en el tubo de la celda de flujo a una temperatura entre 2 °C y 8 °C.
La celda de flujo permanece estable tras la hibridación del cebador hasta diez días si
se ha almacenado correctamente en el tubo de la celda de flujo.
} Celdas de flujo de HiSeq y TruSeq Rapid: Realice el experimento de secuenciación
el mismo día que la carga de bibliotecas.
} Celda de flujo de HiSeq X y HiSeq 3000/4000: Almacénela en un tampón de
almacenamiento durante un máximo de 48 horas a una temperatura de entre 2 °C
y 8 °C.
10 Tire hacia usted de la palanca de la placa de reactivos para soltarla. Retire la placa de
reactivos de la platina de reactivos.
Guía del sistema cBot 2
63
Descarga de componentes del experimento
Descarga de componentes del experimento
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
que puede alterar la capacidad reproductora. Evite su inhalación, ingestión y el
contacto con la piel o los ojos puesto que puede provocar lesiones. Utilice un equipo
de protección que incluya protección ocular, guantes y bata de laboratorio. Manipule
los reactivos usados como residuos químicos y deséchelos según se establece en las
normativas de seguridad oficiales de su zona. Si desea obtener información sobre
seguridad, salud y medio ambiente, consulte la hoja de datos de seguridad de este kit, en
support.illumina.com/sds.html.
11 Retire la gradilla de ocho tubos que contiene las bibliotecas.
12 Retire la gradilla de ocho tubos que contiene los cebadores adicionales si procede.
13 Seleccione la casilla de verificación para indicar que ha descargado los reactivos, las
cadenas molde y los cebadores.
14 Elija una opción de lavado:
} Seleccione Wash (Lavado) para continuar con el lavado posterior al experimento.
} Seleccione Exit (Salir) para ignorar el lavado posterior al experimento si la opción de
ignorar está disponible.
64
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
1
Lave la placa de la platina térmica con agua desionizada para eliminar todas las sales.
Séquela con una toallita de limpieza sin pelusa.
2
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada y cierre
la tapa del instrumento.
3
Seleccione la casilla de verificación para indicar que hay agua y, a continuación,
seleccione Wash (Lavado).
4
Cuando haya finalizado el lavado, elimine el exceso de agua restante del depósito de
lavado. Evite los puertos de salida para impedir que las fibras entren en los orificios.
5
Seleccione la casilla de verificación para indicar que el depósito de lavado está seco y,
a continuación, seleccione Exit (Salir).
La pantalla de inicio se abre y cBot 2 está listo para otro experimento.
Guía del sistema cBot 2
65
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Generación de grupos sin seguimiento de muestras
Confirmación de la administración de reactivos
(Opcional)
Puede confirmar la administración de reactivos individuales de la placa de reactivos
suministrada en cualquier kit, excepto los kits de HiSeq X y HiSeq 3000/4000.
1
Compruebe visualmente los cierres metálicos superiores de cada gradilla de tubos para
asegurarse de que todos los cierres estén perforados.
2
Suelte todas las gradillas de tubos de la base de la placa de reactivos del modo
siguiente.
a
b
3
Sujete la placa de reactivos firmemente con las puntas de los dedos por debajo de
la base.
Presione ligeramente hacia arriba en los tubos del centro de la gradilla de tubos.
Compruebe visualmente los tubos para asegurarse de que haya un volumen similar en
cada uno de ellos.
NOTA
Es normal que existan pequeñas diferencias.
Figura 27 Ejemplo de administración correcta de reactivos (celda de flujo de ocho carriles)
Figura 28 Ejemplo de administración correcta de reactivos (celda de flujo de dos carriles)
66
4
Si la administración de reactivos se realizó de forma incorrecta y los tubos de reactivos
con cierre metálico están perforados, póngase en contacto con el servicio de asistencia
técnica de Illumina.
5
Compruebe la gradilla de ocho tubos que contiene las cadenas molde de la biblioteca.
6
Si ha utilizado cebadores adicionales con el experimento, compruebe la gradilla de
ocho tubos que contiene los cebadores.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Capítulo 6 Mantenimiento
Realización de un mantenimiento periódico
Realización del lavado de mantenimiento mensual
Cambio de la placa adaptadora
Actualización del software
Actualización de fórmulas
Apagado de cBot 2
Guía del sistema cBot 2
68
69
71
73
75
76
67
Capítulo 6
Mantenimiento
Mantenimiento
Realización de un mantenimiento periódico
Lleve a cabo los pasos de mantenimiento básico descritos en esta sección para garantizar
un rendimiento óptimo.
Mantenimiento
Lavado del
instrumento
Frecuencia
Entre un
experimento y
otro y si el
instrumento está
inactivo durante
más de un día.
Vaciado de la
botella de
residuos
Limpieza de las
superficies
Entre cada
experimento.
Limpie las
ventanas del
lector de código
de barras
externo y de la
celda de flujo
Lavado de
mantenimiento
Una vez a la
semana.
Comprobación
del nivel de
refrigerante
Cada 3 meses.
Una vez a la
semana.
Una vez al mes.
Descripción
Lleve siempre a cabo un lavado del instrumento
después de cada experimento para eliminar las sales y
las enzimas del hardware del instrumento y evitar
obstrucciones.
Si el instrumento ha permanecido inactivo más de
24 horas, se recomienda llevar a cabo un lavado previo
al experimento. Para obtener más información, consulte
Realización de un lavado previo al experimento en la
página 54.
Para asegurarse de que el experimento no se
interrumpa, vacíe la botella de residuos entre
experimentos.
Utilice agua desionizada y una toallita de limpieza sin
pelusa para limpiar la superficie de la platina térmica y
la platina de reactivos. Limpie la superficie de la cadena
molde y los portagradillas de tubos de los cebadores.
Utilice agua desionizada y una toallita de limpieza sin
pelusa para limpiar las ventanas del lector de códigos de
barras externo y de la celda de flujo.
Utilice DECON al 5 % (o 100 mM de NaOH) para
eliminar los restos de reactivos de los componentes
internos de cBot e inhibir la proliferación de
microorganismos. Para obtener más información,
consulte Realización del lavado de mantenimiento mensual
en la página 69.
Asegúrese de que el refrigerante verde se pueda ver a
través de la ventana del refrigerante en el panel trasero
del instrumento. Si es necesario, utilice un espejo para
ver la ventana del refrigerante.
Si el nivel de refrigerante está bajo, utilice una moneda
ancha o un destornillador estándar para extraer la tapa
del depósito de refrigerante y llene el depósito justo por
debajo de la tapa del depósito.
Utilice solo refrigerante de Illumina (n.º
de referencia 1003709). Si necesita más refrigerante,
póngase en contacto con un científico de aplicación de
campo o un ingeniero de servicio de campo de Illumina.
Mantenimiento preventivo
Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no
dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con
el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento
preventivo facturable.
68
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Realice un lavado de mantenimiento mensual con DECON al 5 % para retirar las trazas de
los reactivos de los componentes de cBot internos e inhibir la proliferación de
microorganismos. Si no hay DECON disponible, sustitúyalo por 100 mM de NaOH.
El lavado de mantenimiento requiere, aproximadamente, 10 minutos de participación
activa y consta de cuatro pasos: un lavado con agua, un lavado con DECON o NaOH y
dos lavados más con agua.
Lavado con agua
1
Compruebe que se hayan retirado todos los componentes del experimento.
2
Desde la pantalla de inicio, seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Manual
Commands (Comandos manuales) para abrir la pantalla Manual Commands
(Comandos manuales).
3
Seleccione Commands (Comandos) para abrir la ficha Commands (Comandos).
4
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada.
5
Seleccione Wash (Lavado).
6
Una vez realizado el lavado, elimine el exceso de agua del depósito de lavado con una
toallita sin pelusa. Evite los puertos de salida para impedir que las fibras entren en los
orificios.
Lavado con DECON (o NaOH)
1
Rellene el depósito de lavado con 10 ml de DECON al 5 % o 100 mM de NaOH.
2
Seleccione Wash (Lavado).
3
Una vez completado el lavado, póngase un par de guantes nuevos.
4
Elimine el DECON al 5 % que queda en el depósito de lavado con una toallita sin
pelusa. Evite los puertos de salida.
PRECAUCIÓN
DECON es una solución altamente alcalina.
5
Continúe inmediatamente con el lavado con agua para evitar que la solución de
DECON se seque y obstruya los orificios del depósito de lavado.
Lavado con agua (primer aclarado)
1
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada.
2
Seleccione Wash (Lavado).
3
Una vez realizado el lavado, elimine el agua que queda en el depósito de lavado con
una toallita sin pelusa. Evite los puertos de salida.
Lavado con agua (aclarado final)
1
Llene el depósito de lavado con aproximadamente 12 ml de agua desionizada.
2
Seleccione Wash (Lavado).
Guía del sistema cBot 2
69
Realización del lavado de mantenimiento mensual
Realización del lavado de mantenimiento mensual
Mantenimiento
70
3
Tras finalizar el lavado, elimine el agua que queda en el depósito de lavado con una
toallita sin pelusa. Evite los puertos de salida.
4
Cierre la tapa del instrumento.
5
Vacíe la botella de residuos.
El sistema cBot está listo para el siguiente experimento de generación de grupos.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Puede utilizar una celda de flujo de HiSeq o de GAIIx en cBot. Cada tipo de celda de flujo
requiere que haya instalada una placa adaptadora específica. Los iconos de la pantalla de
inicio indican la placa adaptadora que está instalada.
NOTA
El cBot se envía con la placa adaptadora de HiSeq instalada.
1
Abra la tapa del instrumento con cuidado por el asa de la parte frontal de la tapa.
2
Levante la abrazadera de la celda de flujo.
3
Afloje los dos tornillos de tipo Phillips que fijan la placa adaptadora.
Figura 29 Placa adaptadora de la celda de flujo
A
B
Tornillos de fijación
Placa adaptadora
4
Levante la placa adaptadora existente de la platina térmica y apártela.
5
Si hay sales en la platina térmica, límpiela con una toallita de limpieza sin pelusa
ligeramente humedecida con agua.
6
Coloque la nueva placa adaptadora en la platina térmica. Alinee el brazo del sensor
con la ranura correspondiente en el lado derecho de la platina térmica.
Figura 30 Posición del brazo del sensor
A
B
C
7
Placa adaptadora de GAIIx
Placa adaptadora de HiSeq
Brazo del sensor de la placa adaptadora
Apriete los dos tornillos para fijar la placa adaptadora. Para lograr una transferencia
de calor óptima, asegúrese de que la placa adaptadora está en posición horizontal y
que los tornillos están completamente ajustados.
Guía del sistema cBot 2
71
Cambio de la placa adaptadora
Cambio de la placa adaptadora
Mantenimiento
8
72
Limpie la placa adaptadora instalada con una toallita de limpieza sin pelusa
humedecida en agua. Séquela con una toallita limpia.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Mediante el software cBot v1.3, o posterior, puede actualizar el software del instrumento
mediante una unidad flash USB.
1
Introduzca la unidad flash USB que contiene el instalador de la nueva versión del
software (por ejemplo, cBotSetupX86_1.3.1.0.exe) en uno de los puertos USB de la parte
delantera del instrumento.
El instalador debe encontrarse en el directorio raíz de la unidad flash USB en lugar de
en una carpeta.
PRECAUCIÓN
La unidad USB debe permanecer en la ranura USB durante el proceso de actualización.
No utilice el instrumento durante la actualización.
2
Seleccione Menu (Menú) en la esquina superior izquierda de la pantalla de inicio y, a
continuación, seleccione Configure (Configurar).
Figura 31 Menú de la pantalla de inicio
3
Utilice el teclado que aparece en pantalla para introducir la contraseña
predeterminada, admin, y, a continuación, seleccione Enter (Intro).
4
Seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Upgrade (Actualizar).
5
Se abre un cuadro de diálogo con un mensaje sobre la versión del software:
Mensaje
The software installer version is greater than the
version currently installed on the cBot (La versión
del instalador de software es posterior a la versión
instalada actualmente en cBot).
cBot cannot find a valid software installer (cBot no
encuentra un instalador de software válido).
Acción
Seleccione OK (Aceptar) para
continuar con la instalación de la
versión más reciente.
Puede introducir una actualización de
cBot válida y seleccionar OK
(Aceptar) para volver a intentarlo o
Cancel (Cancelar) para cancelar la
actualización.
The software installer version is equal or lower
Seleccione Cancel (Cancelar) para
than the version currently installed on the cBot (La cancelar la actualización u OK
versión del instalador de software es la misma o
(Aceptar) para proceder a la
una anterior a la versión instalada actualmente en instalación de una versión anterior.
cBot).
Guía del sistema cBot 2
73
Actualización del software
Actualización del software
Mantenimiento
74
6
Cuando haya finalizado la actualización y se esté reiniciando el instrumento, extraiga
la unidad flash USB.
7
Si aparece un error BOOTMGR, conecte un teclado y un ratón al sistema cBot y pulse
Ctrl+Alt+Del para reiniciar el instrumento.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Actualice las versiones de las fórmulas independientemente de las actualizaciones de
software mediante una unidad flash USB que contenga el instalador de fórmulas.
1
Introduzca la unidad flash USB que contiene el nuevo instalador de fórmulas en uno
de los puertos USB de la parte delantera del instrumento.
El instalador debe encontrarse en el directorio raíz de la unidad flash USB en lugar de
en una carpeta.
2
Seleccione Menu (Menú) en la esquina superior izquierda de la pantalla de inicio y, a
continuación, seleccione Configure (Configurar).
Figura 32 Menú de la pantalla de inicio
3
Utilice el teclado que aparece en pantalla para introducir la contraseña
predeterminada, admin, y, a continuación, seleccione Enter (Intro).
4
Seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Upgrade Recipes (Actualizar fórmulas).
Una vez completada la actualización, el sistema cBot se reinicia automáticamente. El
proceso de reinicio tarda unos 10 minutos.
PRECAUCIÓN
La unidad USB debe permanecer en la ranura USB durante el proceso de actualización.
No utilice el instrumento durante la actualización.
5
Cuando haya finalizado el reinicio y se haya abierto la pantalla de inicio de sesión,
extraiga la unidad flash USB.
Guía del sistema cBot 2
75
Actualización de fórmulas
Actualización de fórmulas
Mantenimiento
Apagado de cBot 2
El sistema cBot 2 está diseñado para realizar la ejecución en estado inactivo desde la
pantalla de inicio, por lo que no es necesario apagarlo entre experimentos.
1
Seleccione Menu (Menú) en la esquina superior izquierda de la pantalla de inicio y, a
continuación, seleccione Configure (Configurar).
Figura 33 Menú de la pantalla de inicio
2
Utilice el teclado que aparece en pantalla para introducir la contraseña
predeterminada, admin, y, a continuación, seleccione Enter (Intro).
3
En la pantalla de configuración, seleccione Menu (Menú) y, a continuación, seleccione
Shut Down Station (Apagar estación).
El software de cBot se apaga.
Figura 34 Shut Down Station (Apagar estación)
4
76
Una vez apagado el software, cambie el interruptor de alimentación a la posición OFF
(Apagado).
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Los científicos de aplicación de campo o los ingenieros de servicio de campo cualificados
de Illumina utilizan la opción de reinicio en modo ingeniero de servicio de campo (FSE)
para actualizar el software o realizar el mantenimiento del instrumento.
Guía del sistema cBot 2
77
Apagado de cBot 2
Reinicio en modo FSE
78
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Apéndice A Solución de problemas
Pausa o cancelación de un experimento
Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo
Solución de problemas de experimentos
Reinicio del lector de códigos de barras externo
Edición de protocolos
Guía del sistema cBot 2
80
81
84
85
86
79
Apéndice A
Solución de problemas
Solución de problemas
Pausa o cancelación de un experimento
Utilice los comandos de la pantalla de estado del experimento para pausar o abortar un
experimento.
} Pause (Pausar): Finaliza el comando en curso del protocolo y, a continuación, pausa el
experimento. Espere unos minutos a que el experimento se ponga en pausa. Una vez
que el experimento está en pausa, los dispensadores se levantan de los tubos de
reactivo, la platina de reactivos regresa a su posición inicial y el botón Pause (Pausar)
se convierte en el botón Resume (Reanudar).
} Si el experimento está activo, seleccione Pause (Pausar) para ponerlo en pausa.
} Si el experimento está pausado, seleccione Resume (Reanudar) para reanudarlo.
} Abort Run (Cancelar experimento): Finaliza el experimento sin la opción de
reanudarlo. Seleccione Unload (Descargar) para descargar los componentes del
experimento.
80
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Realice el siguiente procedimiento para solucionar un fallo de comprobación del flujo. No
seleccione la opción de ignorar la comprobación del flujo hasta que no haya finalizado este
procedimiento para determinar las siguientes condiciones:
} La celda de flujo está correctamente colocada en el instrumento.
} El distribuidor y el hardware funcionan correctamente.
NOTA
Si se ignora la comprobación del flujo, es posible que la generación de grupos se realice de
forma incorrecta en algunos carriles.
Dado que los distintos tipos de celdas de flujo emplean diferentes comprobaciones del flujo,
asegúrese de que utiliza la combinación correcta de celda de flujo, distribuidor y fórmula.
1
Asegúrese de que tiene suficiente HT1 en la fila 1 de la placa de reactivos y rellénelo
según sea necesario.
2
Observe qué carriles no realizan la comprobación de flujo. Esta información se
suministra en la esquina superior izquierda de la pantalla de la interfaz.
} Si fallan los ocho carriles, es probable que la celda de flujo esté mal cargada. Quite el
distribuidor y compruebe que los orificios de la celda de flujo están orientados hacia
arriba, así como que la orientación de la celda de flujo es la correcta.
} Si solo fallan algunos carriles, es posible que la celda de flujo no se asiente. Quite el
distribuidor, vuelva a colocar la celda de flujo y vuelva a instalar el distribuidor.
3
Seleccione Rerun Check (Volver a ejecutar comprobación) para repetir la
comprobación de flujo por segunda vez.
4
Si la comprobación del flujo falla una segunda vez, tome nota de los carriles que fallan
y lleve a cabo una de las acciones siguientes:
} Si fallan los ocho carriles, es probable que el distribuidor esté defectuoso. Sustitúyalo
por uno nuevo.
} Si han fallado distintos carriles, probablemente no sea problema del distribuidor.
Compruebe los volúmenes de HT1 de la fila 1 para asegurarse de que los tubos
contienen los mismos volúmenes.
5
Seleccione Rerun Check (Volver a ejecutar comprobación) para repetir la
comprobación de flujo por tercera vez.
} Si la comprobación de flujo falla después de sustituir el distribuidor, vaya al paso 6.
} Si la comprobación falla y no tiene que sustituir el distribuidor, vaya al paso 7.
6
Si la comprobación de flujo falla por tercera vez después de sustituir el distribuidor, es
posible que haya un atasco en el hardware.
a
b
Compruebe los volúmenes de HT1 de la fila 1 para asegurarse de que los tubos
contienen los mismos volúmenes. Unos volúmenes más elevados en los tubos que
se corresponden con los carriles que presentan repetidos fallos de comprobación
del flujo indican una obstrucción en el hardware.
Descargue los componentes del experimento y lleve a cabo un lavado de
mantenimiento.
Guía del sistema cBot 2
81
Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo
Solución de problemas de fallo de comprobación del
flujo
Solución de problemas
c
d
7
Después del lavado, apague el instrumento con el interruptor de alimentación. Tras
unos segundos, encienda el interruptor de alimentación y pulse el botón de
arranque para reiniciar el software. El ciclo de encendido del instrumento reinicia
el número de intentos de comprobación previa al experimento permitidos.
Siga los mensajes del software para volver a cargar los componentes del
experimento y configure el experimento.
Si la comprobación de flujo falla por tercera vez, puede ignorar con total seguridad la
comprobación del flujo:
a
b
Seleccione Bypass Flow Check (Ignorar comprobación de flujo) para continuar con
el experimento.
Después del experimento, compruebe que se ha administrado el reactivo de todos
los tubos.
Diagrama de flujo para la solución de problemas
El siguiente diagrama de flujo ilustra el procedimiento para la solución de problemas. En
los pasos para repetir la comprobación del flujo se incluye un número que indica cuántos
intentos de los permitidos se han realizado hasta dicho momento del procedimiento.
82
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo
Figura 35 Diagrama de flujo para la solución de problemas
Guía del sistema cBot 2
83
Solución de problemas
Solución de problemas de experimentos
Utilice la siguiente tabla para resolver los problemas encontrados durante un experimento
de generación de grupos.
Problema
Temperatura fuera de
rango
El refrigerante circula, pero
el nivel es bajo
84
Causa posible
Suele indicar que cBot no ha
alcanzado la temperatura
determinada en el tiempo
previsto. También puede indicar
un posible fallo en la placa de
control.
El refrigerante se ha evaporado
lentamente y ahora el nivel es
bajo.
El refrigerante no circula y
el nivel de refrigerante es
bajo
Puede que el nivel de
refrigerante sea demasiado bajo
para generar flujo.
El refrigerante no circula y
el nivel de refrigerante no
es bajo
El instrumento está
bloqueado
Posible fallo de la bomba de
refrigerante.
Posible error de software.
Acción
Escriba un correo electrónico
al servicio de asistencia técnica
de Illumina.
Añada refrigerante de
Illumina (n.º
de referencia 1003709) al
depósito de refrigerante.
Añada refrigerante de
Illumina (n.º
de referencia 1003709) al
depósito de refrigerante.
Escriba un correo electrónico
al servicio de asistencia técnica
de Illumina.
Escriba un correo electrónico
al servicio de asistencia técnica
de Illumina.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
El lector de códigos de barras externo está listo para su uso cuando recibe el sistema cBot.
Si el lector de códigos de barras se reinicia con una configuración incorrecta, siga estas
instrucciones para restablecer la configuración predeterminada.
1
Imprima el código de barras.
Figura 36 Restauración del código de barras predeterminado
2
En la pantalla de inicio, seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Manual
Commands (Comandos manuales).
3
Seleccione la ficha General para acceder a las entradas de control manual del lector de
códigos de barras.
Figura 37 Manual Commands (Comandos manuales), ficha General
4
Seleccione Turn Off (Apagar) y, a continuación, Turn On (Encender) para activar el
lector de códigos de barras.
Verá la línea láser en la placa del lector debajo de la pantalla LCD.
5
Coloque el código de barras debajo del lector de códigos de barras externo.
6
Seleccione Turn Off (Apagar) y, a continuación, Turn On (Encender) para leer el
código de barras.
Un pitido indica que la lectura se ha realizado correctamente.
Guía del sistema cBot 2
85
Reinicio del lector de códigos de barras externo
Reinicio del lector de códigos de barras externo
Solución de problemas
Edición de protocolos
Utilice Protocol Editor (Editor de protocolos) para editar los protocolos a fin de que se
ajusten a sus necesidades. Puede que quiera repetir los pasos de un protocolo, o cambiar el
número de ciclos de amplificación en la sección de química.
Cada protocolo consta de dos secciones principales:
} Sección de análisis químicos: Contiene instrucciones para los reactivos de bombeo, los
cambios de temperatura y los tiempos de espera. Esta sección de protocolos aparece en
la parte superior de la pantalla Protocol Editor (Editor de protocolos).
} Sección de protocolos: Contiene una serie de pasos que constan de definiciones de
análisis químicos. Esta sección aparece en la parte inferior de la pantalla Protocol
Editor (Editor de protocolos).
Si edita un protocolo existente, asegúrese de cambiar el nombre del protocolo.
Editor de protocolos
86
1
En la pantalla de inicio, seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Protocol Editor
(Editor de protocolos).
2
En Protocol Editor (Editor de protocolos), seleccione Menu (Menú) y, a continuación,
seleccione el comando adecuado:
} Open (Abrir): Abre un protocolo existente.
} Seleccione Load from Library (Cargar desde la biblioteca): Carga una definición de
química existente o paso de protocolo almacenado en la biblioteca cBot.
} Seleccione New Chemistry Definition (Nueva definición de química) o New
Protocol Step (Nuevo paso de protocolo): Crea una definición o paso y lo almacena
en la biblioteca de cBot.
3
Utilice la flecha de dirección hacia abajo situada a la izquierda del paso para ampliar
los comandos del paso. Utilice la flecha de dirección hacia arriba para contraer los
comandos.
4
Para editar un paso de una definición de química, selecciónelo.
Las opciones para cambiar la bomba, la rampa de temperatura o los comandos de
espera aparecen en el panel de la derecha.
5
Para editar un paso del protocolo, seleccione el paso.
Las opciones para cambiar el número de ciclos de la definición de química
seleccionada aparecen en el panel de la derecha.
6
Utilice los iconos del editor de protocolos situados a la derecha del nombre del paso
para reorganizar, eliminar o copiar pasos y comandos.
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Edición de protocolos
Figura 38 Editor de protocolos, pasos ampliados
A
B
C
Sección de análisis químicos
Sección de análisis químicos ampliada
Sección de protocolos
Iconos del editor de protocolos
Icono
Descripción
Mueve el paso seleccionado debajo del siguiente paso del protocolo.
Mueve el paso seleccionado encima del paso anterior del protocolo.
Elimina el paso seleccionado.
Repite el paso seleccionado.
Guarda los cambios en la biblioteca de protocolos.
Guía del sistema cBot 2
87
88
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
A
activación del lector externo 42
administración de reactivos,
incorrecta 49, 66
almacenamiento de celdas de flujo 37,
46, 57, 63
apagado 76
asistencia técnica 93
ayuda
documentación 3
ayuda, técnica 93
B
bibliotecas
carga 38, 59
concentración de carga 23, 28
desnaturalización 23, 28
dilución 23, 28
botella de residuos 68
C
cadenas molde
carga 59
carga de bibliotecas 38
cebador
nombre, introducción 42
cebadores
carga 59
nombre, introducción 59
orientación gradilla de tubos 59
personalización 59
celdas de flujo
colocación 38, 57
compatibilidad del seguimiento de
muestras 34
fórmulas compatibles 15
lectura de códigos de barras 42
limpieza 21, 26
paquete 21, 26
placas adaptadoras 71
preparación para carga 37, 57
cierres no perforados 49, 66
Clarity LIMS X Edition 2
colocación de celdas de flujo 38, 57
comandos manuales 69
compatibilidad de versiones
consumibles 15
software 15
componentes 4
comprobación del flujo 60
solución de problemas de fallos 81
comprobación previa al experimento
errores 60
realización 60
configuración 6-7
configuración de seguimiento de
muestras 34
Guía del sistema cBot 2
configuración, ayuda 34
consumibles
compatibilidad de versiones 15
descarga 46, 63
consumibles suministrados por el
usuario
preparación de reactivos 17
consumibles, suministrados por el
usuario
preparación de reactivos 17
D
DECON 69
DECON al 5 % 69
depósito de lavado 36, 54
desconexión 76
descongelación de la placa de
reactivos 22, 27
descripción general
flujo de trabajo de generación de
grupos 53
flujo de trabajo de seguimiento de
muestras 35
desnaturalización 34, 52
desnaturalización de bibliotecas 23, 28
detener un experimento 80
dilución 34, 52
distribuidor
abrazadera del puerto de salida 39,
58
peine dispensador 4, 39, 58
distribuidores 39, 57
documentación 3, 93
documentación del kit 8
duración del lavado de
mantenimiento 69
E
editor de protocolos 86
iconos 87
error de lectura de código de barras 42
errores de componentes del
experimento 60
errores de software 84
estado del sensor, iconos 6
estado del sistema 6
estado inactivo 76
experimento
inicio 60
extracción de gradillas de ocho
tubos 49, 66
extraer gradillas de ocho tubos 49, 66
F
fallo de comprobación del flujo
solución de problemas 82
89
Índice alfabético
Índice alfabético
Índice alfabético
fallo de comprobación previa al
experimento 43
fallo de lectura 42
fallos de comprobación del flujo 84
fila de la cadena molde 38
flujo de trabajo
preparación de la celda de flujo 21,
26
fórmulas
actualización 75
lista 15
H
HP10, preparación 30
I
iconos
estado del sensor 6
ignorar comprobación del flujo 81
Illumina SeqLab 2
informe de datos del experimento 44,
61
intervalo de temperatura 84
R
NaOH 69
números de referencia
refrigerante 84
reacción de ExAmp
preparación de cuatro celdas de
flujo 25
preparación de una celda de flujo 24
reactivos
lectura de códigos de barras 42
reactivos de generación de grupos
preparación 20
reactivos ExAmp
acerca de 21, 26
descongelación 23, 27
preparación 29
preparación de cuatro celdas de
flujo 25
preparación de una celda de flujo 24
reactivos, preparación
celda de flujo de GAIIx 20
celda de flujo de HiSeq X 21
HiSeq 3000/4000 26
rápida 31
rendimiento elevado 30
reanudar un experimento 80
refrigerante
nivel 68
números de referencia 84
repetición de comprobaciones del
sensor 43
requisitos del experimento
configurar 7
resumen del experimento 44, 61
roja, lámina 37, 56
P
S
L
lámina roja 37, 56
lavado
placas adaptadoras 37, 57
lavado del instrumento 48, 65
lavado posterior al experimento 68
lavado previo al experimento 68
lavados 36, 54
frecuencia 68
lector de códigos de barras externo
configuración 85
limpieza 68
reinicio 85
lectores 4
M
mantenimiento 48, 65, 69, 77
cuidado periódico 68
mantenimiento preventivo 68
mensajes de error 84
metal no perforado 49, 66
mezcla maestra ExAmp 29
modo FSE 77
N
PhiX
adición 23, 28
porcentaje de adición 23, 28
placa de reactivos 5
colocación 37, 56
configuraciones 11
descongelación 22, 27, 30-31
preparación 24, 29
placa de reactivos, rápido
preparación 31
90
placa de reactivos, rendimiento elevado
preparación 30
placas adaptadoras 71
lavado 37, 57
placas de reactivos de cBot 11
platina de reactivos 5
platina térmica 4
lavado 48, 65
prácticas recomendadas
preparación de reacticos 20
preparación de reactivos
prácticas recomendadas 20
preventivo, mantenimiento 68
problemas del distribuidor 84
problemas del refrigerante 84
procedimientos posteriores al
experimento 46, 63
protocolo
selección 41, 55
protocolos de química 86
protocolos, edición 86
sales, eliminación 48, 65
seguimiento de muestras
acerca de 2
compatibilidad de la celda de
flujo 34
configuración 34
sensores 4
servicio de asistencia al cliente 93
software
actualización 73
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Índice alfabético
compatibilidad de versiones 15
solución de problemas
fallo de comprobación del flujo 81
sustitutivo de DECON 69
T
temperatura fuera del intervalo 84
terminar un experimento 80
V
volúmenes administrados 49, 66
Guía del sistema cBot 2
91
Índice alfabético
92
N.º de material 20004364
N.º de documento 15065681 v01 ESP
Si necesita asistencia técnica, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Tabla 1 Información de contacto general de Illumina
Sitio web
Correo electrónico
www.illumina.com
techsupport@illumina.com
Tabla 2 Números del Servicio de asistencia al cliente de Illumina
Zona
Número de contacto
Zona
Norteamérica
1.800.809.4566
Italia
Australia
1.800.775.688
Japón
Alemania
0800.180.8994
Noruega
Austria
0800.296575
Nueva Zelanda
Bélgica
0800.81102
Países Bajos
China
400.635.9898
Reino Unido
Dinamarca
80882346
Singapur
España
900.812168
Suecia
Finlandia
0800.918363
Suiza
Francia
0800.911850
Taiwán
Hong Kong
800960230
Otros países
Irlanda
1.800.812949
Número de contacto
800.874909
0800.111.5011
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020790181
0800.563118
00806651752
+44.1799.534000
Hojas de datos de seguridad (SDS): Disponibles en el sitio web de Illumina en
support.illumina.com/sds.html.
Documentación del producto: Disponible para su descarga en PDF desde el sitio web de
Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación,
seleccione Documentation & Literature (Documentación y bibliografía).
Guía del sistema cBot 2
93
Asistencia técnica
Asistencia técnica
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 EE. UU.
+1 800 809 ILMN (4566)
+1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica)
techsupport@illumina.com
www.illumina.com
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Thank you for your participation!

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