Simplexa™ Influenza A H1N1 (2009)

Simplexa™ Influenza A H1N1 (2009)
Simplexa™ BKV
REF MOL2300
Rev. E
Ein Real-Time-PCR-Assay zur quantitativen In-vitroBestimmung des BK-Virus (BKV).
In-vitro-Diagnostikum
ANWENDUNGSBEREICH
Der Simplexa BKV-Assay von Focus Diagnostics dient der quantitativen In-vitro-Bestimmung der Nukleinsäuren des BK-Virus
(BKV) im Urin und/oder Plasma mit dem Integrated Cycler von 3M.
Dieser Assay ist für die Verwendung in Verbindung mit dem klinischen Bild sowie anderen Laborparametern des
Krankheitsverlaufs als Hilfsmittel zur Behandlung von mit BKV infizierten Patienten bestimmt.
Der Assay ist nicht zum Screening von Spendern vorgesehen. Der Assay darf nur fachgerecht eingesetzt werden.
ZUSAMMENFASSUNG UND ERLÄUTERUNG
Das BK-Virus (BKV) gehört zu den humanen Polyomaviren und ist ein unbehülltes Virus mit einem zirkulären, doppelsträngigen
DNA-Genom von 5.300 bp. Das BKV wurde erstmalig 1971 im Urin eines nierentransplantierten Patienten isoliert und als Mitglied
1
der Familie Polyomaviridae identifiziert. Im Erwachsenenalter beträgt die Seroprävalenz weltweit 70 % bis 90 %. Meist kommt es
2-7
vor dem vierten Lebensjahr zur Serokonversion.
Die Virämie bei Primärinfektion führt zur Besiedelung der Nieren, wo das Virus
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eine klinisch latente Infektion hervorrufen kann. Üblicherweise „schlummert“ das Virus, doch kann es in bestimmten
Patientenpopulationen, beispielsweise bei immunsupprimierten Patienten oder Schwangeren, immer wieder zur Reaktivierung
kommen. Diese Reaktivierung kann sich vielfältig manifestieren und reicht von einer subklinischen Virämie und Virurie bis hin zur
Nephropathie und Ureterstenose nach Nierentransplantation. Eine offenkundige klinische Erkrankung als Folge einer BKVInfektion ist selten, korreliert aber mit dem Grad der Immunsuppression.
Derzeit stellt die PCR das einzige zuverlässige Verfahren zum Nachweis und zur Quantifizierung des BKV dar. Bedingt durch das
langsame Wachstum und die Notwendigkeit spezieller Zelllinien liefert die Anzüchtung des Virus nur selten zeitnahe hilfreiche
9
Informationen zur Behandlung der Patienten. Serumassays sind ebenfalls kaum von Nutzen, da ein Großteil der Bevölkerung
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seropositiv für das BKV ist und die Erkrankung aus der Reaktivierung der latenten Infektion resultiert.
GRUNDLAGEN DES VERFAHRENS
Bei dem Test handelt es sich um ein Real-Time-PCR-System zur Amplifikation und Detektion. Der DNA-Nachweis des BK-Virus
im Urin und Plasma erfolgt durch eine bifunktionelle fluoreszierende Primersonde. Der Test besteht im Wesentlichen aus zwei
Schritten: (1) Extraktion von DNA aus Patientenproben, (2) Amplifizierung eines spezifischen Zielmoleküls (in jedem Analyt und
der internen Kontrolle) mithilfe einer bifunktionellen fluoreszierenden Primersonde und eines Rückwärts-Primers. Der Assay
liefert eine Zahl als Ergebnis; die virale DNA in der Probe wird über eine gut konservierte Zielregion im VP2-Gen des BKVGenoms identifiziert. Zur Überprüfung der Extraktion und zur Erkennung einer Hemmung der PCR wird eine interne Kontrolle
mitgeführt. Das aus jeder Probe gewonnene Amplifikationssignal wird mit einer Kalibrierkurve verglichen und quantifiziert.
MITGELIEFERTES MATERIAL
Das Simplexa
TM
BKV-Kit von Focus Diagnostics enthält ausreichend Reagenzien für 100 Bestimmungen.
Beschreibung des Kits
Bezeichnung der Komponente
Simplexa™ BKV Primer Mix
Simplexa™ Master Mix
Simplexa Extraction & Amplification Control DNA
Simplexa™ BKV Low Positive Control
Simplexa™ BKV High Positive Control
REF
EG-SYMBOL
AUF ETIKETT
MOL2301
REAG
MOL2000
REAG
MOL9001 CONTROL
MOL2302 CONTROL
MOL2303 CONTROL
A
B
IC
+
++
Kurzbezei
chnung
PM
MM
IC
LPC
HPC
Anzahl Reaktionen
Volumen
Deckelfar
Fläschch
pro
pro
be
en
Gefäß/Kit Fläschchen
Braun
2
50/100
50 µl
Grün
2
50/100
200 µl
Blau
3
50/150
250 µl
Weiß
6
1/6
200 µl
Rot
6
1/6
200 µl
Simplexa™ BKV Seite 2
Beschreibung der Komponente
Kit-Komponente
Beschreibung
Mit fluoreszierendem Farbstoff markierte Primer zur spezifischen Quantifizierung des BKV und der
internen Kontrolle.
Simplexa™ BKV Primer Mix (PM)
(Primer-Mix)
Simplexa™ Master Mix (MM)
(Master-Mix)
Simplexa™ Extraction &
Amplification Control DNA (IC) (DNA
für die Extraktions- und
Amplifikationskontrolle)
Simplexa™ EBV Positive Control
(LPC) (Niedrigpositiv-Kontrolle)
Simplexa™ EBV High Positive
Control (HPC) (HochpositivKontrolle)
Simplexa™ EBV Barcode Card
(Barcode-Karte)
Target
SondenFluorophor
(Farbstoff)
Exzitation
Emission
Zielgen
BKV
FAM
495 nm
520 nm
VP2-Gen
Interne
Kontrolle
Q670
644 nm
670 nm
A. thalianaGen
DNA-Polymerase, Puffer und dNTPs.
Ein 577 Basenpaare umfassendes DNA-Fragment aus dem Gen, das die N-Methyltransferase der großen
Untereinheit der Ribulose-1,5-bisphosphat-Carboxylase/Oxygenase der Pflanze Arabidopsis thaliana
kodiert.
BKV-Amplicon in humaner Basismatrix.
BKV-Amplicon in humaner Basismatrix.
Test-spezifische Parameter
ERFORDERLICHES, JEDOCH NICHT MITGELIEFERTES MATERIAL
1.
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a
b
Simplexa™ BKV Quantitation Standard Set ( REF MOL2310)
3M Integrated Cycler mit Integrated Cycler Studio-Software, Version 3.0 oder höher
Universal Discs zur Verwendung auf dem Integrated Cycler
Universal Disc-Abdeckfolie
a
Roche MagNA Pure LC und zugehöriges Verbrauchsmaterial
a
Roche MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit (Roche Kat.- Nr. 3038505001)
b
NucliSENS® easyMAG™ Gerät von bioMérieux und dazugehörige(s) Verbrauchsmaterial und Reagenzien
b
Biohit/bioMerieux Mehrkanalpipette
b
ELISA-Streifenplatte
Ein-, Mehrkanalmikropipette(n) und/oder Repetiermikropipette(n) mit einem Genauigkeitsbereich von 1-10 µl, 10-100 µl und
100-1000 µl
Gefrierschrank, -10 °C bis -30 °C (mit manueller Abtaufunktion), für die Lagerung der gefrorenen Kit-Komponenten
Gefrierschrank, -10 °C bis -30 °C (mit manueller Abtaufunktion), für die Lagerung der gefrorenen Proben
Kühlschrank mit 2 °C bis 8 °C (für Proben und aufgetaute Kit-Komponenten)
Biologische Sicherheitswerkbank (Laminarflow-Haube) für die Durchführung der Extraktionen
Mikrozentrifuge
Vortex-Mischer
Sterile, RNase/DNase-freie Einmalpipettenspitzen mit Aerosolbarriere
1,5 ml Polypropylen-Mikrozentrifugenröhrchen und Ständer (RNase-/DNase-freie Röhrchen werden empfohlen, sind aber
nicht vorgeschrieben)
Einweg-Schutzhandschuhe (ungepudert)
Nukleasefreies Wasser (zur Extraktion und als Leerwert-Kontrolle (NTC, No-Template Control))
Kühlständer für 1,5 ml Mikrozentrifugenröhrchen
Zur Verwendung beim Roche MagNA Pure LC-Extraktionsverfahren
Zur Verwendung beim bioMerieux easyMAG-Extraktionsverfahren
HALTBARKEIT UND HANDHABUNG
1.
2.
3.
4.
Reagenzien bei -10 bis -30 ℃ aufbewahren (keine Gefriergeräte mit Abtauautomatik verwenden).
Reagenzien vor Gebrauch bei Raumtemperatur auftauen lassen (Temperaturbereich ca. 18 °C bis 25 °C).
Kits und Reagenzien nach Ablauf des Verfallsdatums nicht mehr verwenden .
Das Reaktionsgemisch nach Zugabe des Master-Mix innerhalb einer Stunde verwenden. Das Reaktionsgemisch bei 2 °C bis
8 °C lagern, bis die PCR angesetzt werden kann.
5.
Nach dem ersten Auftauen können Primer-Mix, Master-Mix und
Amplifikationskontrolle maximal 30 Tage bei 2–8 °C aufbewahrt werden.
DNA
für
die
Extraktions-
und
Simplexa™ BKV Seite 3
6.
7.
Primer-Mix, Master-Mix, Positivkontrollen und DNA für die Extraktions- und Amplifikationskontrolle nicht wieder einfrieren.
Keine Reagenzien aus verschiedenen Kitchargen kombinieren.
WARNHINWEISE UND VORSICHTSMASSNAHMEN
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In-vitro-Diagnostikum
Alle Humanmaterialien sollten als potentiell infektiös behandelt werden. Das Ursprungsmaterial dieses Produktes
(einschließlich der Kontrollen) ist mit US-FDA- anerkannten Methoden auf HBs-Antigen, Hepatitis C-Antikörper und HIV-1/2
(AIDS) Antikörper untersucht und für negativ befunden worden. Dennoch gewährleistet keine der bekannten Testmethoden
absolute Garantie dafür, dass Produkte, die aus menschlichem Blut gewonnen wurden, die genannten oder andere infektiöse
Krankheiten nicht übertragen können. Alle Kontrollen, Serumproben und Geräte, die in Kontakt mit den Proben kommen,
sollten daher als potentiell infektiös angesehen und durch entsprechende biologische Sicherheitsmaßnahmen dekontaminiert
oder entsorgt werden. Die amerikanischen CDC und NIH empfehlen, dass möglicherweise infektiöse Substanzen
11,12
entsprechend Biosicherheitsstufe 2 gehandhabt werden.
Beim Umgang mit den Kit-Reagenzien persönliche Schutzausrüstung wie (jedoch nicht beschränkt auf) Handschuhe und
Laborkittel tragen. Hände nach der Durchführung des Tests gründlich waschen.
Nicht mit dem Mund pipettieren.
In Bereichen, in denen Kit-Reagenzien und/oder Humanproben gehandhabt werden, darf nicht geraucht, getrunken und
gegessen werden. In diesen Bereichen sollten auch keine Kontaktlinsen eingesetzt/herausgenommen und kein Make-up
aufgetragen werden.
Nicht verwendete Kit-Reagenzien bzw. Humanproben gemäß den örtlichen und nationalen Bestimmungen entsorgen.
Der Arbeitsablauf im Labor sollte nur in einer Richtung erfolgen: ausgehend vom/von den Prä-Amplifikationsbereich(en) in
Richtung Amplifikations-/Detektionsbereich:
Im folgenden Abschnitt wird der Ablauf der Arbeitsschritte von der
Probenextraktion bis zur Amplifikation mittels Real-Time-PCR beschrieben:
 Am Anfang steht die Probenextraktion, gefolgt von der Einstellung des Geräts zur Durchführung der Real-Time-PCR, der
Zubereitung der Reagenzien und schließlich der Amplifikation mittels Echtzeit-PCR.
 Die Verbrauchsmaterialien und Instrumente dürfen nicht bereichsübergreifend zwischen den speziellen Probenextraktionsund Probenvorbereitungsbereichen verwendet werden. Sie sollten auch nicht zwischen den verschiedenen Bereichen
ausgetauscht werden.
 Verbrauchsmaterial und technische Ausstattung für die Probenvorbereitung dürfen nicht für die Reagenzienzubereitung
oder zum Bearbeiten amplifizierter DNA oder anderer Quellen der Zielnukleinsäure verwendet werden.
 Sämtliches Verbrauchsmaterial und sämtliche technischen Vorrichtungen für die Amplifikation müssen immer im Bereich
des Real-Time-PCR-Geräts verbleiben.
 Auch die persönliche Schutzausrüstung, wie z B. Laborkittel und Einmalhandschuhe, sollten bereichsspezifisch
gehandhabt werden.
Die Kontamination von Reagenzien bzw. Patientenproben kann zu einer Verfälschung der Testergebnisse führen. Unter
aseptischen Bedingungen arbeiten.
Die Reagenzien vorsichtig pipettieren und handhaben, um eine Kontamination mit Material aus benachbarten Kavitäten zu
verhindern.
Geeignete Pipettiertechniken anwenden und für die Dauer des Tests das gleiche Pipettierschema einhalten, um optimale und
reproduzierbare Werte zu erhalten.
Die Reagenzien nicht gegen Reagenzien anderer Kit-Chargen oder anderer Hersteller austauschen oder mit diesen mischen.
Die Verschlusskappen der Reagenzröhrchen nicht vertauschen. Dies könnte zur Kontamination führen und die
Testergebnisse beeinträchtigen.
Nur das in diesem Beipackzettel beschriebene Protokoll verwenden. Bei Nichteinhaltung des Protokolls oder der
angegebenen Zeiten sowie Temperaturen kann es zu fehlerhaften Testergebnissen kommen.
Der Testansatz sollte bei Raumtemperatur (Temperaturbereich ca. 18 °C bis 25 °C) erfolgen. Beim Mischen der Reagenzien
die Enzyme durch einen Kühlblock gekühlt halten.
Universal Discs, die bereits in Kontakt mit Patientenproben oder Reagenzien gekommen sind, nicht wieder verwenden.
Gebrauchte Discs ohne Abnehmen oder Entfernen der Abdeckfolie entsorgen.
Wenn verschiedene Simplexa™ Kits auf der gleichen Disc angesetzt werden, müssen die Positiv- und Leerwert-Kontrollen
aus jedem verwendeten Kit getestet werden.
Der Master-Mix enthält >1 % Glycerin, welches bei Einatmen oder Hautkontakt zu Reizungen führen kann. Nach Einatmen
oder Berührung sollten Erste-Hilfe-Maßnahmen eingeleitet werden.
Eine längere Aufbewahrung extrahierter Proben bei 2 °C bis 8 °C wird nicht empfohlen; die Leistung wurde unter diesen
Bedingungen nicht geprüft.
Das Kit bei offensichtlich angebrochener oder beschädigter Verpackung bzw. angebrochenem oder beschädigtem Inhalt nicht
verwenden und Focus Diagnostics kontaktieren. Kontaktadressen befinden sich auf der letzten Seite dieses Dokuments.
GEBRAUCHSANWEISUNG
A.
PROBENGEWINNUNG
Hierfür geeignet sind Urin- und Plasmaproben. Bei Plasmaproben keine Probenröhrchen mit Heparin als Antikoagulans
verwenden. Heparin inhibiert die PCR.
Simplexa™ BKV Seite 4
B.
PROBENEXTRAKTIONSBEREICH
In einem speziellen, der Extraktion von Proben und Kontrollen vorbehaltenen Bereich arbeiten. Die Vorbereitung der Proben
für die Extraktion wird auf einer biologischen Sicherheitswerkbank durchgeführt.
Extraktion mit dem MagNA Pure LC-Extraktionsverfahren von Roche
1. Die Extraktion von Nukleinsäuren aus Patientenproben und Assaykontrollen erfolgt mit dem Roche MagNA Pure Total
Nucleic Acid-Kitund dem Roche MagNA Pure LC Automated Nucleic Acid Extractor-Gerät.
Hinsichtlich der
Nukleinsäureextraktion mit diesem Kit die Gebrauchsanweisungen des Herstellers beachten.
2. Im Dropdownmenü „Protocol“ des MagNA Pure LC-Systems die Optionen „Total NA“ und anschließend „Total NA
Variable_elution_volume.blk“ wählen. Damit werden die passenden Einstellungen für den Lauf geladen.
3. Das Probenprotokoll sollte „Total NA Variable_elution_volume“ sein.
4. Als Probenvolumen sollte 200 µl und als Elutionsvolumen 50 µl eingestellt sein.
5. Das Verdünnungsvolumen sollte für alle Proben auf Null eingestellt sein.
6. Das „Post Elution Protocol“ muss auf „None“ eingestellt sein.
7. Darauf achten, dass Proben und Kontrollen sich auf der Probeneinsatz an der richtigen Position befinden.
8. Jede Probe, Niedrigpositiv- und Hochpositiv-Kontrolle 2-4 Sekunden vortexen und kurz zentrifugieren, um die
Inhaltsstoffe auf den Boden des Röhrchens zu ziehen.
9. 200 µl von jeder Probe, Niedrig- und Hochpositiv-Kontrolle sowie Leerwert-Kontrolle in die entsprechende Position der
Probeneinsatz pipettieren.
10. Den Füllpegel der Proben und Kontrollen in der Probeneinsatz einer Sichtprüfung unterziehen, um sicherzustellen, dass
Probe(n) zugegeben wurde(n).
11. Die DNA zur Extraktions- und Amplifikationskontrolle zweimal pulsvortexen und kurz zentrifugieren, um die Inhaltsstoffe
auf den Boden des Röhrchens zu ziehen.
12. Für je 16 Proben (1-16 Proben) 100 µl der (IC) in 6 ml Lysepuffer in ein konisches Röhrchen pipettieren. Kurz auf dem
Vortex mischen. In das entsprechende Fach des MagNA Pure Extraktionsgerätes geben.
o Werden beispielsweise mehr als 16 Proben (17-32 Proben) extrahiert, müssen 200 µl der IC in 12 ml Lysepuffer in
ein konisches Röhrchen pipettiert werden. Kurz auf dem Vortex mischen. In das entsprechende Fach des MagNA
Pure Extraktionsgerätes geben.
13. Die Probeneinsatz in das MagNA Pure LC Automated Nucleic Acid-Extraktionsgerät überführen und die Extraktion
starten.
14. Nach Abschluss der Nukleinsäureextraktion kann die Kartusche mit den extrahierten Kontrollen und Patientenproben aus
dem MagNA Pure-Extraktor herausgenommen und verschlossen werden. Die extrahierte DNA vor der Verwendung bei
2 °C bis 8 °C aufbewahren. Die Langzeitauflagerung extrahierter Proben bei dieser Temperatur wird nicht empfohlen.
Extrahierte DNA-Proben beim Laden der Disc auf einem Kühlblock aufbewahren.
Extraktion mit dem NucliSENS® easyMAG™-Extraktionsverfahren von bioMérieux
1. Zur Bedienung von Gerät und Software ist das Benutzerhandbuch des NucliSENS® easyMAG™ zu beachten.
2. In der NucliSENS® easyMAG™ Software die Vorlage „Generic“ [Allgemein] mit folgenden Einstellungen wählen:
Default Request [Standardanfrage]: Generic 2.0.1 (oder äquivalent)
Run Name Prefix [Anfangskode der Laufbezeichnung: (beliebig)
Sample ID prefix [Anfangskode der Proben-ID]: (beliebig)
Sample Type [Probentyp]: Primary [Primär]
Workflow Defaults [Standardarbeitsabläufe]: On-board lysis Incubation [Lyse-Inkubation im Gerät]
On-board Silica Incubation [Inkubation mit Silica im Gerät]
Sample Addition Guidance Off [Hinweise zur Zugabe von Proben Aus]
Reagent Tracking [Rückverfolgung der Reagenzien]: Lysis, Silica, Internal Control reagent tracking disabled
[Rückverfolgung von Lyse-Reagenz, Silica und interner Kontrolle deaktiviert]
3. Die individuellen Probendaten in der Bildschirmmaske „Extraction Request“ [Extraktionsanforderung] wie folgt eingeben:
Sample ID [Proben-ID]: (Probenbezeichnung eingeben)
Request [Anfrage]: Generic 2.0.1 (oder äquivalent)
Volume [Volumen] (mL): 0,200
Eluate [Eluat] (µL): 50
Type [Typ]: Primary [Primär]
Priority [Priorität]: Normal
Matrix: Other [Andere]
4. Nach den Angaben im Benutzerhandbuch in der NucliSENS® easyMAG™ Software einen „Extraction Run“
[Extraktionslauf] erstellen.
5. Jede Probe, Niedrigpositiv- und Hochpositiv-Kontrolle 2-4 Sekunden vortexen und kurz zentrifugieren, um die
Inhaltsstoffe auf den Boden des Röhrchens zu ziehen.
6. 200 µl der Probe, der Niedrig-/Hochpositiv- und der Leerwert-Kontrolle in Probengefäße pipettieren.
7. Die interne Kontrolle zweimal (2x) pulsvortexen und kurz zentrifugieren, um die Inhaltsstoffe auf den Boden des
Röhrchens zu ziehen.
8. In jede Proben- und Kontroll-Kavität 5 µl interne Kontrolle pipettieren. Bei jeder Kavität die Pipettenspitze wechseln.
9. Nach den Angaben im Benutzerhandbuch das/die Probengefäß(e), neue Verbrauchsmaterialien für den Aspirator und
die Reagenzien in das easyMAG™ Gerät laden.
Simplexa™ BKV Seite 5
10. Die Lyse im Gerät starten und die lysierten Proben 10 Minuten inkubieren, bevor das magnetische Silica-Gemisch
zugegeben wird.
11. Das magnetische Silica-Gemisch während der Lyse-Inkubation vorbereiten. Silica durchmischen und mit nukleasefreiem
Wasser verdünnen, indem 1 Teil magnetisches Silica zu 3 Teilen nukleasefreiem Wasser gegeben wird (z. B. 270 µl
magnetisches Silica + 810 µl nukleasefreies Wasser). Je Probe mindestens 135 µl magnetisches Silica-Gemisch
vorbereiten.
12. Zum Übertragen des Silica-Gemisches in die Kavitäten der ELISA-Streifen das magnetische Silica-Gemisch anmischen
und 1 Spitze sowie den Betriebsmodus P2 der Biohit-Pipette verwenden. Auf Start drücken, um 1050 µl des
magnetischen Silica-Gemisches anzusaugen, und nochmals auf Start drücken, um das erste Volumen zurück in das
Röhrchen mit Silica-Gemisch auszuwerfen. Auf Start drücken, um je 125 µl des magnetischen Silica-Gemisches in 8
einzelne Kavitäten des ELISA-Streifens zu pipettieren. Bedarfsweise für weitere ELISA-Streifen wiederholen.
13. Nach der 10-minütigen Lyseinkubation 8 Spitzen (je ELISA-Streifen) und den Betriebsmodus P3 der Biohit-Pipette
verwenden, um jeder Probe im Probengefäß 100 µl des magnetischen Silica-Gemisches zuzusetzen. Die Spitzen in die
Kavitäten der ELISA-Streifen geben und Start drücken, um das magnetische Silica-Gemisch zu mischen und
anzusaugen.
14. Das magnetische Silica-Gemisch in das jeweilige Probengefäß geben und die Pipettenspitze(n) in die Proben
eintauchen. Sie sollten sich unterhalb des Flüssigkeitsspiegels befinden. Auf Start drücken, um durch ansaugen und
wieder abgeben das magnetische Silica mit den Proben zu mischen (3x). Die Pipettenspitzen müssen unterhalb des
Flüssigkeitsspiegels bleiben, damit der Mischvorgang korrekt ausgeführt wird.
15. Für jedes weitere Probengefäß Schritt 13 und 14 wiederholen.
16. Nach Zugabe des magnetischen Silica-Gemisches zu allen Probengefäßen den Extraktionslauf starten.
17. Nach Abschluss des Laufs das(die) Probengefäß(e) aus dem Gerät nehmen. Werden die Proben nicht sofort
weiterverarbeitet, sind sie in individuelle Röhrchen zu überführen, um das Risiko, dass magnetisches Silica zurück in die
Probe fällt, zu minimieren. Die extrahierte DNA bis zum Gebrauch bei 2 °C bis 8 °C aufbewahren. Die Langzeitlagerung
extrahierter Proben bei dieser Temperatur wird nicht empfohlen. Extrahierte DNA-Proben beim Beschicken der Disc auf
einem Kühlblock aufbewahren.
C.
EINSTELLUNG DES GERÄTS FÜR DIE REAL-TIME-PCR
1. Einzelheiten darüber, wie die Integrated Cycler Studio Software zu konfigurieren ist, um eine Assaydefinition
hinzuzufügen, einen Lauf einzustellen und die Läufe auf dem Integrated Cycler zu analysieren, sind der
Bedienungsanleitung des Integrated Cycler zu entnehmen.
Hinweis: Vor Durchführung eines Vorhersagelaufes muss eine valide Standardkurve (Kalibrierungslauf) eingerichtet werden.
D.
REAGENZIENZUBEREITUNGSBEREICH
TM
Ein für die Vorbereitung des Reaktionsgemisches für den Simplexa BKV-Assay reservierter Bereich.
1. Primer-Mix und Master-Mix bei Raumtemperatur (etwa 18 °C bis 25 °C) auftauen. Jedes Röhrchen im Kit enthält eine für
50 Reaktionen ausreichende Reagenzienmenge. Vor jedem Gebrauch die Primer-Mix- und Master-Mix-Komponenten
durch sechs- bis achtmaliges vorsichtiges Umdrehen durchmischen und dann kurz zentrifugieren, um die Inhaltsstoffe
auf den Boden des Röhrchens zu ziehen.
2. In ein Polypropylen-Mikrozentrifugenröhrchen entsprechender Größe jede Komponente in dem in der folgenden Tabelle
angegebenen Volumen pipettieren, um das erforderliche Volumen des Reaktionsgemisches zuzubereiten.
Reaktionsgemischvolumen
Reagens
Simplexa™ Master Mix
Simplexa™ BKV Primer Mix
Gesamtvolumen
3.
4.
5.
6.
E.
ReaktionsgemischVolumen / 1
Reaktion
4,0 µl
1,0 µl
5,0 µl
ReaktionsgemischVolumen / 10
Reaktionen
40 µl
10 µl
50 µl
Das Reaktionsgemisch durch Umdrehen des Röhrchens oder durch 8- bis 10-maliges Pipettieren vorsichtig mischen.
Kurz zentrifugieren, um die Inhaltsstoffe auf den Boden des Röhrchens zu ziehen.
Mit der Vorbereitung der PCR fortfahren.
Das Reaktionsgemisch innerhalb einer Stunde nach Zubereitung verwenden. Sofern die PCR-Vorbereitung nicht sofort
nach dem Ansetzen des Reaktionsgemisches erfolgt, sollte dieses bei 2 °C bis 8 °C gelagert werden.
BEREICH FÜR DIE REAL-TIME-PCR-AMPLIFIKATION
In einem speziellen, der Vorbereitung der Universal Disc mit 96 Kavitäten für den Simplexa™ BKV-Assay vorbehaltenen
Bereich arbeiten.
Bei der Durchführung folgender Vorbereitungsschritte das beispielhafte Disc-Layout in Abschnitt C beachten:
1. In jede Kavität 5,0 µl des Reaktionsgemischs pipettieren.
2. 5,0 µl der extrahierten Positivkontrollen in die Kavität „HPC und LPC“ pipettieren.
3. 5,0 µl der extrahierten Patientenprobe in die entsprechende Kavität „S“ pipettieren.
4. 5,0 µl der extrahierten Leerwert-Kontrolle in die Kavität „NTC“ pipettieren.
5. Die Disc mit dem Universal Disc Cover Tape abdecken.
6. Den Deckel des Integrated Cycler öffnen.
Simplexa™ BKV Seite 6
7.
8.
9.
10.
F.
Die verschlossene Universal Disc auf die Platte legen.
Den Deckel vorsichtig schließen.
Auf Run [Lauf] klicken.
Auf Start klicken.
DATENANALYSE
1. Nach Beendigung des Laufs auf Analyze [Analysieren] klicken.
2. Die Farbstoffe einzeln prüfen oder durch Anklicken des Markierungsfeldes neben jedem Farbstoff alle Farbstoffe
(Kanäle) auswählen.
3. Durch Anklicken von Print Preview [Druckvorschau] (rechts unten) wird eine Zusammenfassung der prädiktiven Werte
ausgegeben. Zur Vorschau der Amplifikationskurven das Häkchen im Markierungsfeld Include Graphs [Mit Kurven]
setzen. Durch Setzen des Häkchens im Markierungsfeld Include Calibration Result [Mit Kalibrierungsergebnis] wird
dem Vorhersagelauf der Kalibrierungsbericht hinzugefügt. Die Seiten mithilfe der Pfeiltasten links oben im Fenster Print
Preview [Druckvorschau] durchblättern.
4. Den Bericht nach Bedarf Print [Ausdrucken] oder Save [Abspeichern].
5. Die prädiktiven Werte ggf. exportieren.
QUALITÄTSKONTROLLE
Jedes Labor sollte, ausgehend von den vor Ort geltenden Gesetzen, Bestimmungen und der üblichen guten Laborpraxis eigene
Qualitätskontrollbereiche wie auch die Häufigkeit der Qualitätskontrollen ermitteln.
ERSTELLUNG VON ERGEBNISBERICHTEN
1.
Laufvalidität
Durch Überprüfung der BKV- und IC-Ergebnisse für die Niedrigpositiv-Kontrolle (LPC), Hochpositiv-Kontrolle (HPC)
und Leerwert-Kontrolle (NTC) die Validität des Laufs ermitteln. Damit der Lauf als valide gilt, müssen alle drei
Kontrollen die Akzeptanzkriterien erfüllen. Bei ungültigem Lauf müssen alle Patientenproben erneut getestet
werden.
Akzeptanzkriterien
Kontrolle
No-Template Control (NTC)
Low Positive Control (LPC)
High Positive Control (HPC)
2.
BKV
Nicht detektiert
Innerhalb des Toleranzwertes auf dem
chargenspezifischen Etikett
Innerhalb des Toleranzwertes auf dem
chargenspezifischen Etikett
DNA für die Extraktions- und
Amplifikationskontrolle (IC)
Detektiert
nicht zutreffend
nicht zutreffend

Der Leerwert (NTC) entspricht den Akzeptanzkriterien, falls kein BKV detektiert und die interne Kontrolle (IC)
nachgewiesen wurde. Die Detektion von BKV in der Leerwert-Kontrolle zeigt an, dass die Proben möglicherweise
während der Verarbeitung kontaminiert wurden.

Die Niedrigpositiv-Kontrolle (LPC) erfüllt die Akzeptanzkriterien, falls die in der LPC detektierte BKV-Konzentration
innerhalb der Toleranzgrenzen (wie auf dem chargenspezifischen Etikett angegeben) liegt. Die IC sollte
nachgewiesen werden, dies ist aber nicht zwingend erforderlich.

Die Hochpositiv-Kontrolle (HPC) erfüllt die Akzeptanzkriterien, falls die in der HPC detektierte BKV-Konzentration
innerhalb der Toleranzgrenzen (wie auf dem chargenspezifischen Etikett angegeben) liegt. Die IC sollte
nachgewiesen werden, dies ist aber nicht zwingend erforderlich.
Interpretation der Ergebnisse
Interpretation der Ergebnisse
Beispiel
1
2
3
4
5
BKV-Wert
Nicht detektiert
< 510 Kopien/ml
X Kopien/ml
8
> 1 x 10 Kopien/ml
Nicht detektiert
IC-Wert
Detektiert
n. z.
n. z.
n. z.
Nicht detektiert
Interpretation
BKV nicht detektiert
BKV detektiert, unterhalb LLoQ (Lower Limit of Quantitation)
BKV-Nachweis in der bestimmten Konzentration
BKV detektiert, oberhalb ULoQ (Upper Limit of Quantitation)
Ungültig, erneut extrahieren und Test wiederholen
Simplexa™ BKV Seite 7
3.
Validität der Probenergebnisse
Eine Probe ist valide, falls entweder
1.
kein BV detektiert und die IC nachgewiesen wurde oder
2.
BKV detektiert wurde. Bei BKV-positiven Ergebnissen muss die interne Kontrolle nicht unbedingt nachgewiesen
werden.
Die Amplifikationskurven aller Ergebnisse sind zu überprüfen, insbesondere wenn eine „Data Quality“-Meldung
[Datenqualität] vorliegt. Eine gültige Amplifikationskurve zeigt einen glatten exponentiellen Anstieg. Weitere
Einzelheiten dazu finden sich im Benutzerhandbuch.
3.
EINSCHRÄNKUNGEN
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
Die Personen, die die Analyse durchführen, sollten sich vor Durchführung des Assays eingehend mit den Testverfahren und
der Ergebnisinterpretation vertraut gemacht haben.
Zur Quantifizierung unbekannter Patientenproben speichert die 3M Integrated Cycler Studio-Software die letzte gültige
Kalibrierungsdatei. Die Quantifizierungsstandards und Patientenproben müssen mit der identischen Methodik extrahiert
werden, da es ansonsten zu fehlerhaften Testergebnissen kommen kann.
Bei der Überwachung eines Patienten muss das für die Bestimmung der ersten Probe verwendete Extraktionsverfahren für
alle weiteren Bestimmungen verwendet werden.
Alle Testergebnisse aus diesen und anderen Tests müssen im Zusammenhag mit der klinischen Anamnese, den
epidemiologischen Daten und allen anderen Daten, die dem zuständigen Arzt vorliegen, gesehen werden.
Die Prävalenz der Infektion beeinflusst den prädiktiven Wert des Assays.
Wie bei anderen Tests auch, schließt ein negatives Ergebnis eine BKV-Infektion nicht aus.
Falls der die Infektion verursachende Organismus Genmutationen, Insertionen, Deletionen oder Rearrangements aufweist
oder wenn die Testung im Frühstadium der Erkrankung erfolgt, kann es zu falsch negativen Ergebnissen kommen.
Falsch negative Ergebnisse können auftreten, wenn in der Probe aufgrund von Fehlern bei Entnahme, Transport oder
Verarbeitung zu wenig Erreger vorhanden sind.
Wie bei anderen Testverfahren kann es auch hier zu falsch positiven Ergebnissen kommen. Eine Wiederholung des Tests
oder die Durchführung des Tests mit einem anderen Gerät könnte in manchen Fällen indiziert sein.
Dieser Assay kann keine Erkrankung ausschließen, die durch andere bakterielle oder virale Erreger verursacht wird.
Die Leistung dieses Assays wurde nicht für das Screening von Urin oder Plasma auf das Vorliegen von BKV bestimmt.
Dieser Assay ist nicht als Screeningtest oder Diagnostikum zum Nachweis des Vorliegens von BKV in Urin oder Plasma
bestimmt.
Die Leistungsfähigkeit dieses Assays bezüglich möglicherweise interferierender endogener oder exogener Substanzen wurde
nicht ermittelt.
SPEZIFISCHE LEISTUNGSDATEN
METHODENVERGLEICH
An der Studie zur klinischen Übereinstimmung nahm eine interne Prüfstelle teil. Die Referenzwerte wurden mit Hilfe eines im
Labor entwickelten Hochleistungstests (LDT, Laboratory Developed Test) erstellt. Die Studie zur BKV-Detektion und Quantifizierung untersuchte 150 Plasma- und 125 Urinproben. Die Probenextraktion erfolgte mit dem MagNa PureExtraktionsverfahren. Die in die Auswertung einfließenden Proben (Plasma: 75; Urin: 55) lagen innerhalb des kombinierten
Messbereiches des Referenz-LDT und des Simplexa BKV-Assays. Die Passing-Bablock-Regression ergab für Plasma eine
Steigung von 1,05 sowie einen Achsenabschnitt von -0,83 und für Urin eine Steigung von 1,05 sowie einen Achsenabschnitt von 0,82.
Simplexa™ BKV Seite 8
Klinische Proben mit Ergebnissen im linearen Bereich des Simplexa BKV-Assays wurden auch mittels easyMAG-Extraktion
getestet. Diese Proben verhielten sich äquivalent zu den mit MagNA Pure extrahierten Proben (für Plasma ergab sich eine
Steigung von 0,98 sowie ein Achsenabschnitt von -0,03 und für Urin eine Steigung von 1,06 sowie ein Achsenabschnitt von -0,4).
ANALYSEEMPFINDLICHKEIT / NACHWEISGRENZE
Die Nachweisgrenze (LoD, Limit of Detection) errechnete sich aus künstlichen Proben eines BKV-Stammes mit bekannter
Bestandskonzentration, der einer klinisch negativen Plasma- bzw. Urinmatrix zugesetzt wurde. Die Probengruppe umfasste
Negativproben (Plasma- und Urinmatrix ohne Zusatz) und seriell verdünnte Proben mit unterschiedlicher Konzentration im
Bereich der ungefähren Nachweisgrenze (ermittelt im Rahmen einer früheren Testphase). Zu jeder Kombination aus
Extraktionssystem (easyMAG, MagNA Pure) und Probentyp (Plasma, Urin) wurden 24 Kopien aus drei (3) unterschiedlichen
Extraktionen und PCR-Läufen für jeden Konzentrationsspiegel mittels Probit-Analyse ausgewertet, um die geringste
Konzentration zu ermitteln, die sich mit einer Wahrscheinlichkeit von 95 % noch genau detektieren ließ. Die Nachweisgrenze
wurde für jedes der beiden Extraktionsverfahren sowie für jeden Probentyp ermittelt. Die einzelnen Werte für die Nachweisgrenze
sind in der folgenden Tabelle aufgeführt. Basierend auf der höchsten, für alle Extraktionsverfahren und Probentypen ermittelten
Nachweisgrenze wurde eine Nachweisgrenze von 510 Kopien/ml festgelegt.
Simplexa™ BKV Seite 9
Plasma
Urin
MagNA Pure
easyMag
MagNA Pure
easyMag
510
385
503
253
Kopien/ml
ANALYTISCHE REAKTIVITÄT / KREUZREAKTIVITÄT
Aus Studien ist bekannt, dass die Primer BKV-spezifisch sind und keine Kreuzreaktion mit anderen Erregern aufweisen, u. a. mit
HIV-1, HIV-2, HSV-1, HSV-2, HHV-6, JCV, VZV, EBV, CMV, Staphylococcus saprophyticus, Enterococcus, Candida,
Enterobacter, Citrobacter, E. coli, Klebsiella und Proteus mirabilis. Weiterhin ist auch aus den Datenbanken der
Nukleinsäuresequenzen ersichtlich, dass die Primer BKV-spezifisch sind und keine signifikante Homologie mit anderen Erregern
oder menschlicher DNA aufweisen.
INTERFERENZ
Die Leistungsfähigkeit dieses Assays bezüglich möglicherweise interferierender Substanzen wurde nicht ermittelt. Der
automatisierte Nukleinsäureextraktionsprozess mit dem MagNA Pure-System oder dem NucliSENS easyMAG entfernt
Verunreinigungen effektiv aus den Proben, da die Nukleinsäuren während der Extraktion isoliert und gewaschen werden. Die
internen Kontrollen machen den Endnutzer auf eine mögliche Hemmung der PCR aufmerksam; wenn das Target und die interne
Kontrolle nicht detektiert werden, ist die Messung ungültig.
REPRODUZIERBARKEIT
Die Untersuchung zur Reproduzierbarkeit wurde auf zwei Integrated Cycler-Systemen durchgeführt – mit einem Bediener je
System und zwei Läufen pro Tag über fünf Tage. Die Probengruppe zur Reproduzierbarkeit umfasste Kontrollen (NTC, HPC und
LPC), Quantifizierungsstandards (QS-1 bis QS-5), negative Pools (Plasma- und Urinmatrix ohne Zusatz) und positive BKV-Pools
in Plasma- und Urinmatrizen mit drei unterschiedlichen Konzentrationen, d. h. einen schwach positiven Pool (Zusatzkonzentration
von etwa der zwei- bis vierfachen Nachweisgrenze (LoD), einen mittelstarken Pool (etwa die 8- bis 10-fache LoD) und einen
schwach positiven Pool (oberer Bestimmungsbereich des Assays). Für die Studie wurden vier Kopien jeder Panelprobe getestet,
was für jedes Panelelement insgesamt 80 Bestimmungen ergab. Die Ergebnisse zur Reproduzierbarkeit jeder Panelprobe sind in
der nachstehenden Tabelle aufgelistet.
Simplexa™ BKV – Reproduzierbarkeit
Standardabweichung
Von
Von
Erwartete
Geometrischer
LogSystem Tag
Konzentration
Mittelwert
Mittelwert
Anzahl der
zu
zu
Probenbezeichnung
(Kopien/ml)
(Kopien/ml) (Kopien/ml) Messergebnisse* System Tag
NTC
0
HPC
5,08 x 10
7
LPC
QS-1
QS-2
QS-3
QS-4
QS-5
Nicht detektiert
Nicht
detektiert
0
Von
Lauf Innerhalb
zu
eines
Lauf
Laufs
Gesamt
Nicht zutreffend (n. z.)
4,81 x 10
7
7,682
74
0,026
0,012 0,025
0,024
0,045
6,32 x 10
3
6,44 x 10
3
3,809
80
0,014
0,034 0,015
0,045
0,060
4,70 x 10
8
8
5,29 x 10
6
2,74 x 10
4
5,83 x 10
3
1,05 x 10
3
>1 x 10
n. z.
0
5,35 x 10
6
n. z.
6,728
79
0,016
0,021 0,024
0,024
0,043
5,56 x 10
4
4,745
80
0,000
0,021 0,014
0,021
0,032
5,89 x 10
3
3,770
80
0,005
0,025 0,017
0,047
0,056
1,02 x 10
3
3,007
80
0,008
0,031 0,000
0,083
0,089
Plasma
Hochkonzentrierter
Pool
1,00 x 10
7
9,11 x 10
6
6,960
74
0,016
0,009 0,026
0,019
0,037
Mittelstarker Pool
5,00 x 10
3
4,71 x 10
3
3,673
80
0,022
0,050 0,025
0,048
0,076
Schwachkonzentrierter
Pool
2,00 x 10
3
1,44 x 10
3
3,158
80
0,063
0,050 0,000
0,098
0,126
Neg Pool
0
Nicht
detektiert
0
Nicht detektiert
n. z.
Simplexa™ BKV Seite 10
Simplexa™ BKV – Reproduzierbarkeit
Standardabweichung
Von
Von
Erwartete
Geometrischer
LogSystem Tag
Konzentration
Mittelwert
Mittelwert
Anzahl der
zu
zu
Probenbezeichnung
(Kopien/ml)
(Kopien/ml) (Kopien/ml) Messergebnisse* System Tag
Von
Lauf Innerhalb
zu
eines
Lauf
Laufs
Gesamt
Urin
Hochkonzentrierter
Pool
1,00 x 10
7
5,75 x 10
6
6,760
80
0,000
0,104 0,014
0,013
0,105
Mittelstarker Pool
5,00 x 10
3
2,87 x 10
3
3,458
80
0,000
0,061 0,022
0,081
0,104
Schwachkonzentrierter
Pool
2,00 x 10
3
1,12 x 10
3
3,048
79
0,088
0,049 0,000
0,090
0,135
Neg Pool
0
Nicht
detektiert
0
Nicht detektiert
n. z.
* Anzahl der Ergebnisse innerhalb des linearen Bereiches des Simplexa BKV-Assays.
LINEARITÄT
Die Bestimmung der Linearität erfolgte unter Verwendung von Proben, für die ein BKV-Stamm mit bekannter
Bestandskonzentration einer klinisch negativen Urin- bzw. Plasmamatrix zugesetzt wurde. Die Probengruppe umfasste 10 Pools
bekannter Kopienzahl, verteilt über den erwarteten linearen Bereich. Mindestens 3 Konzentrationen der Pools lagen an der
Quantifizierungsuntergrenze (LLOQ), 2 lagen an der Quantifizierungsobergrenze (ULOQ) und die verbleibenden Pools verteilten
sich etwa gleichmäßig zwischen der LLOQ und der ULOQ. Jede Probe wurde im Zufallsverfahren in mindestens 3 Replikaten
getestet. Die Linearität wurde für jeden Probentyp mit jedem der beiden Extraktionsverfahren ermittelt. Die einzelnen Werte für
den Messbereich sind in der folgenden Tabelle aufgeführt.
Plasma
MagNA Pure
Kopien/ml
250 bis 1,00 × 10
Urin
easyMag
8
MagNA Pure
8
250 bis 1,00 × 10
easyMag
8
500 bis 1,00 × 10
8
250 bis 1,00 × 10
Simplexa™ BKV Seite 11
Simplexa™ BKV Seite 12
MESSBEREICH
8
Alle Extraktionsverfahren und Probentypen waren bis zu einer Konzentration von 1 × 10 Kopien/ml linear. Der Messbereich des
Assays wurde ausgehend von der Nachweisgrenze festgelegt, da diese höher war als die Untergrenze der Linearität, und lag
8
8
damit zwischen  510 Kopien/ml und  1 × 10 Kopien/ml. Proben oberhalb des linearen Bereiches werden als > 1 × 10
Kopien/ml ausgewiesen und Proben unterhalb von 510 als < 510 Kopien/ml. .
KONTAMINATION DURCH VERSCHLEPPUNG
Die Amplifikation von Verschleppungen wurde mit anderen Assays für das Gerät und die Universal Disc ermittelt. Die Studien
zielten darauf ab, Kontaminationen in hoch negativen Proben festzustellen. Die Studie bestand daraus, eine hoch positive und
eine hoch negative Probe abwechselnd auf jeder Disc zu platzieren. Der Verschleppungseffekt wurde durch Vergleich der
beobachteten Negativrate für die hoch negative Probe mit der erwarteten Rate unter normalen Bedingungen der
Testwiederholung bestimmt. In den bisherigen Untersuchungen wurde keine signifikante Kontamination durch Verschleppung
festgestellt.
LITERATUR
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Padgett, B.L. and Walker, D.L. (1973). "Prevalence of antibodies in human sera against JC virus, an isolate from a case of
progressive multifocal leukoencephalopathy". J. Infect. Dis. 127 (4): 467-470.
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of Maryland. J Infect Dis 1973; 128:784.
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Clinical Laboratory Standards (NCCLS). Protection of Laboratory Workers from Instruments, Biohazards and Infectious
Disease Transmitted by Blood, Body Fluids and Tissue (NCCLS M29-A).
Simplexa™ BKV Seite 13
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