epBlue PCR-Assistant epMotion 5073

epBlue PCR-Assistant epMotion 5073
tienungsanleitung
DE)
Bedienungsanleitung
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PCR-Assistant
Software-Bedienungsanleitung
Copyright© 2013 Eppendorf AG, Hamburg. No part of this publication may be reproduced without the prior
permission of the copyright owner.
Eppentdorf®, the Eppendorf logo, epMotion® and epT.I.P.S. ® and are registered trademarks of Eppendorf
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LightCycler® and MagNA Pure® are registered trademarks of Roche Diagnostics.
Registered trademarks are not marked in all cases with ® in this manual.
The software of the device (firmware) contains open source software. License information is available on
request from Eppendorf AG.
Only for epMotion M5073 and M5073c: NOTICE TO PURCHASER; LIMITED LICENSE FOR RESEARCH
USE ONLY.
This product and its use may be covered by one or more patents owned by Gen-Probe Incorporated. The
purchase price for this product includes only limited, nontransferable rights under certain claims of certain
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are conveyed. Purchaser is not granted any rights under patents of Gen-Probe Incorporated to use this
product for any commercial use. Further information regarding purchasing a license under patents of
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commercial use, may be obtained by contacting Gen-Probe Incorporated, Attn: Business Development
Department, 10210 Genetic Center Drive, San Diego, California 92121-4362, U.S.A.
5075 902.109-01/042013
Anwendungshinweise
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
1
1.1
Anwendungshinweise
Anwendung dieser Anleitung
Die Bedienungsanleitung Ihrer epMotion besteht aus einer Anleitung zur Hardware und einer Anleitung
zur Software. Für optionale Software-Erweiterungen existieren Kurzanleitungen.
Die Bedienungsanleitung ist Teil des Produkts.
Die aktuelle Version der Bedienungsanleitung finden Sie auf unserer Internetseite www.eppendorf.com.
 Lesen Sie die Bedienungsanleitung vollständig, bevor Sie die das Gerät verwenden.
 Bewahren Sie die Bedienungsanleitung gut erreichbar auf.
 Geben Sie das Gerät nur mit Bedienungsanleitung weiter.
 Wenn die Bedienungsanleitung verloren gegangen ist, ersetzen Sie diese sofort. Wenden Sie sich dazu
an die Eppendorf AG.
1.2
Darstellungskonventionen
Darstellung
Bedeutung

Handlung
1.
2.
Handlungen in vorgegebener Reihenfolge
•
Text
Liste
Bezeichnung von Feldern in der Software
Nützliche Informationen
3
4
Produktbeschreibung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
2
2.1
Produktbeschreibung
Software-Beschreibung
Der PCR Assistant bietet schrittweise gestaltete Arbeitsabläufe für spezielle Applikationen auf der epMotion
5073. Sie können den PCR Assistant nutzen, ohne Erfahrung im Programmieren von Applikationen zu
besitzen.
Für den PCR Assistant benötigen Sie die Dosierwerkzeuge TS 50 und TS 300. Diese Dosierwerkzeuge
werden zusammen mit der epMotion P5073 geliefert.
Der PCR Assistant besteht aus 4 Assistenten. Damit können Sie folgende PCR-Arbeitabläufe durchführen:
PCR-Assistant Compose Mastermix - Mastermix erstellen
• Gestalten Sie PCR-Mastermixe aus fertigen Mastermixen oder einzelnen Komponenten wie Puffern,
Polymerasen, dNTPs, Primern, Sonden. Der PCR Assistant berechnet, welches Volumen für jede
Komponente benötigt wird.
PCR-Assistant Normalisation - Konzentrationen normalisieren
• Verdünnen Sie DNA/RNA-Proben, um gleiche Konzentrationen jeder Probe zu erhalten. Sie können die
Konzentrationen manuell eingeben oder aus einer Datei importieren.
PCR-Assistant Dilution Series - Verdünnungsreihen erstellen
• Verdünnen Sie DNA/RNA-Standards in Serie, um Kalibrationskurven für quantitative PCR zu erhalten.
PCR-Assistant Setup Reactions - Reaktionen erstellen
• Erstellen Sie komplette Reaktionen, indem Sie Proben mit Mastermixen kombinieren. Erstellen Sie
Replikate einer Reaktion.
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3
3.1
Bedienung
Applikation vorbereiten
3.1.1
Labware-Bibliothek aktualisieren
Sie können eine Vielzahl von Platten, Gefäßen und Racks kombinieren und auf der epMotion einsetzen.
Aktualisieren Sie die Labware-Bibliothek folgendermaßen:
1. Prüfen, ob Labware-Definition und Labware-Kombination in der Labware-Bibliothek vorhanden sind.
2. Wenn die Labware-Definition nicht in der Labware-Bibliothek vorhanden ist, Labware-Definition
importieren.
3. Wenn die Labware-Kombination nicht vorhanden ist, Labware-Kombination anlegen, z.B. Gefäße und
Racks.
4. Um eine übersichtliche Auswahl erhalten, nicht benötigte Labware deaktivieren.
Informationen, wie Sie Labware-Definitionen erhalten und wie Sie mit Labware-Definitionen
arbeiten, finden Sie in der Software-Bedienungsanleitung.
3.1.2
Gefäße und Adapter vorbereiten
Bereiten Sie die Gefäße und Platten wie folgt vor:
1. Gefäße öffnen.
2. Gefäße so in das Rack setzen, dass die Deckel die Gefäßöffnungen nicht verdecken.
3. PCR-Platten ohne Vollrand (Typ skirted) in einen Thermoblock PCR 96 setzen.
Beachten Sie das Füllvolumen der Reaktionsgefäße.
Wenn das benötigte Volumen das zulässige Füllvolumen übersteigt, startet Ihre Applikation
nicht.
3.1.2.1 Thermoblock PCR 96 mit PCR-Reaktionsgefäßen bestücken
Wenn Sie mit PCR-Gefäßen mit anhängenden Deckeln arbeiten, bestücken Sie den Thermoblock PCR 96
folgendermaßen:
Abb. 3-0: Gefäßdeckel 45° zur Oberfläche des Thermoblocks gedreht
1. PCR-Gefäße spaltenweise in die Positionen des Thermoblocks setzen, beginnend mit Spalte 1.
2. Jede 2. Spalte freilassen.
3.1.3
Gefäße befüllen
 Positionieren Sie die Proben in der Quell-Labware reihenweise.
Beginnen Sie bei Racks mit Position 1.
Beginnen Sie bei Platten mit Position A1.
5
6
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.2
Assistant verwenden
3.2.1
Assistant starten
1. epMotion einschalten.
Der Startbildschirm von epBlue erscheint.
Abb. 3-1: Bereich
Abb. 3-2: PCR-Assistant
Abb. 3-2: Bereich PCR-Assistant
2. Im Bereich PCR-Assistant eine Applikation wählen. Auf das Symbol der Applikation drücken.
Die Applikation wird geöffnet, der Startbildschirm erscheint.
Alle Applikationen bestehen aus mehreren Programmschritten. Jeder Programmschritt wird in einem
Fenster angezeigt. Alle Fenster sehen einheitlich aus.
Abb. 3-3: ompose Matermix
2
1
4
3
5
6
Abb. 3-3: Startbildschirm des Assistant Compose Matermix
1 Menü eppendorf
5 Informationsbereich
Informationen zum Menü eppendorf finden Sie in
Zugriff zu allen Programmschritten. Wenn Sie auf
der Software-Bedienungsanleitung.
einen Programmschritt drücken, wird dieser im
Arbeitsbereich angezeigt.
2 Statusbereich
Status der epMotion
6 Navigationsbereich
Button Back - zum vorigen Schritt gehen.
3 Uhr
Button Next - zum nächsten Schritt gehen.
4 Arbeitsbereich
Button Cancel - Assistant beenden.
Informationen zum aktuellen Programmschritt
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.2.2
Informationen eingeben
Der Bedienung des EasyCon ist in der Software-Bedienunganleitung beschrieben.
Bildschirmtastatur automatisch einblenden.
 Wenn Sie ein Eingabefeld gewählt haben, blendet der PCR Assistant automatisch eine Tastatur ein.
Bildschirmtastatur manuell einblenden.
 Im Menü eppendorf den Eintrag Show keyboard wählen.
Eingaben prüfen
Abb. 3-4: Konflikt durch eine Eingabe
Abb. 3-4: Konflikt durch eine Eingabe
 Der PCR Assistant prüft jede Eingabe. Wenn eine Eingabe zu einem Konflikt führt, erscheint ein
Ausrufezeichen. Um mehr Informationen zu erhalten, auf das Ausrufezeichen drücken.
Gefäßpositionen eingeben
 Die Positionen eines Racks sind reihenweise nummeriert. Die obere linke Position hat die Ziffer 1.
Geben Sie die Gefäßposition in einem Rack als Ziffer ein.
 Die Reihen einer Platte sind durch Buchstaben gekennzeichnet, die Spalten durch Ziffern. Um die
Position eines Wells anzugeben, geben Sie Reihe und Spalte ein, z. B. A1.
3.2.3
Assistant beenden
1. Um den Assistant zu beenden, Button Cancel drücken.
Eingegebene Werte werden nicht gespeichert.
2. Alternativ Exit to Start Screen im Menü eppendorf drücken.
3.3
Applikation erstellen
3.3.1
Labware und Pipettenspitzen wählen
3.3.1.1 Quell-Labware für Proben wählen
Zu Beginn einer Applikation wählen Sie die Labware. Der Assistant zeigt, die in der Labware-Bibliothek
vorhandene Labware. Im Feld Labware-Information wird die Beschreibung der Labware angezeigt.
Abb. 3-4: Fenster Select Labware for samples
7
8
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Um Labware zu wählen, gehen Sie wie folgt vor:
Voraussetzung
• Das Fenster Select labware for samples (source 1) ist geöffnet.
1. Um den Füllstand der Labware mit dem optischen Sensor zu prüfen, Checkbox Do you want level
detection in labware? aktivieren.
In der Checkbox erscheint ein grüner Haken.
Wenn der optische Sensor den Füllstand der Gefäße nicht prüft, geben Sie das Volumen der Labware
nach dem Start der Applikation manuell ein.
Der optische Sensor prüft den Füllstand von Platten nicht. Geben Sie das Volumen der Wells nach dem
Start der Applikation ein.
2. In der Spalte Labware Library auf das gewünschte Labwareverzeichnis drücken.
Die in diesem Verzeichnis vorhandene Labware wird angezeigt.
Abb. 3-5: Fenster
Abb. 3-6: Select Labware for samples
Abb. 3-6: Fenster Select Labware for samples
3. Um Labware zu wählen, im Labwareverzeichnis auf die Labware drücken.
Informationen zur gewählten Labware werden in der Spalte Labware information gezeigt.
4. Um in der Labware-Bibliothek eine Ebene nach oben zu gelangen, Pfeiltaste drücken.
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Besonderheiten beim Assistant Setup Reactions
Abb. 3-7: Fenster
Abb. 3-7: Fenster Select labware for samples in der Applikation Setup Reactions
Button Pipette
Proben pipettieren
Button Mulitdispense
Proben dispensieren
5. Um Proben zu pipettieren, Button Pipette wählen.
6. Um Proben zu dispensieren, Button Multidispense wählen.
Der gewählte Button wird blau hinterlegt.
7. Button Next drücken.
3.3.1.1 Quell-Labware für Diluent wählen
Abb. 3-8: Fenster
Abb. 3-9: Select Labware for diluent
Abb. 3-9: Fenster Select Labware for diluent
9
10
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Um Labware zu wählen, gehen Sie wie folgt vor:
Voraussetzung
• Das Fenster Select labware for diluent (source 2) ist geöffnet.
1. Um Proben und Diluent in derselben Labware zu platzieren, Checkbox Do you want to place the diluent
in the sample (source 1) labware as well? aktivieren.
In dieser Checkbox erscheint ein grüner Haken. Für den Diluent wird die Labware verwendet, die im
Schritt 1 ausgewählt wurde.
Die Einstellungen des optischen Sensors von Schritt 1 werden übernommen. Die Checkbox Do you want
level detection in labware? ist nicht akiv.
2. Um den Füllstand der Labware mit dem optischen Sensor zu prüfen, Checkbox Do you want level
detection in labware? aktivieren.
In der Checkbox erscheint ein grüner Haken.
Wenn die Chexbox Do you want to place the diluent in the sample (source 1) labware as well? aktiviert
wurde, ist die Checkbox Do you want level detection in labware? nicht aktiv.
3.3.1.1 Ziel-Labware wählen
Um die Ziel-Labware zu wählen, gehen Sie wie folgt vor:
Voraussetzung
• Das Fenster Select labware for destination ist geöffnet.
1. Um die Quell-Labware auch als Ziel-Labware zu verwenden, Checkbox Do you want to place ... in the
source labware as well? aktivieren.
Diese Option ist nicht in allen PCR-Assistants verfügbar.
2. Labware wählen, (siehe Quell-Labware für Proben wählen auf S. 7).
Wenn Sie den Thermoblock in jeder zweiten Spalte mit PCR-Gefäßen bestückt haben,
verwenden Sie die Labware-Definition Thermoblock with Plates > EP_Tube_Thermo_0_2_48.
3.3.1.2 Pipettenspitzen wählen
Sie benötigen Pipettenspitzen 50 μL und Pipettenspitzen 300 μL. Für Pipettierschritte mit Volumina ≤
50 μL wird das Dosierwerkzeug TS 50 verwendet. Für Pipettierschritte mit Volumina > 50 μL wird das
Dosierwerkzeug TS 300 verwendet.
Sie können Pipettenspitzen mit oder ohne Filter wählen. Gehen Sie folgendermaßen vor:
Voraussetzung
• Das Fenster Type of pipette tips ist geöffnet.
1. Um Pipettenspitzen mit Filter zu nutzen, Checkbox Use filter tips aktivieren.
2. Um Pipettenspitzen ohne Filter zu nutzen, Checkbox Use filter tips deaktivieren.
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.3.2
Assistant Compose Mastermix
Voraussetzung
• Labware und Pipettenspitzen wurden gewählt (siehe S. 7).
• Fenster Type of pipette tips ist geöffnet.
1. Button Next drücken.
Das Fenster Define required mastermix volume erscheint.
Abb. 3-10: Fenster
Abb. 3-11: Define required mastermix volume
Abb. 3-11: Fenster Define required mastermix volume
Eingabefeld Total number of reactions
Zahl der Reaktionen pro Mastermix
Eingabefeld Sample (template) volume per reaction
Probenvolumen pro PCR-Reaktion.
Eingabefeld Total volume (sample + mastermix) per Eingabefeld Excess volume per mastermix
reaction
Zusätzliches Mastermix-Volumen, z.B. um das
Gesamtvolumen pro PCR-Reaktion.
Totvolumen des Zielgefäßes auszugleichen.
Der Assistant berechnet aus diesen Eingaben das erforderliche Volumen des Mastermix. Wenn Sie
mehrere Mastermixe erzeugen, werden die Eingaben für alle Mastermixe verwendet.
2. Eingabefelder ausfüllen.
3. Button Next drücken.
Das Fenster Define name and postions of mastermix volume erscheint.
4. Name und Position des Mastermix in der Ziel-Labware definieren. Für jeden Mastermix, der erstellt
werden soll, eine Zeile in der Tabelle anlegen.
Die Eingabe des Namens ist optional.
5. Button Next drücken.
Das Fenster Define mastermix components erscheint.
Abb. 3-12: Fenster
11
12
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Abb. 3-13: Define mastermix components
Abb. 3-13: Fenster Define mastermix components
Registerkarte mastermix 1
Button Delete
Jeder Mastermix wird in einer Registerkarte
Tabellenzeile löschen
dargestellt. Jede Komponente wird in einer Zeile
Button Pdf Preview
dargestellt.
Mastermix als PDF-Datei anzeigen
Button Add
Tabellenzeile hinzufügen
Button Edit
Tabellenzeile bearbeiten
6. Um eine Komponente des Mastermix zu bearbeiten, auf die entsprechende Zeile drücken.
Die Zeile wird blau hinterlegt.
7. Button Edit drücken.
Für die Komponente des Mastermix erscheint eine Eingabemaske.
Abb. 3-14: Eingabemaske
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Abb. 3-15: Define mastermix components
Abb. 3-15: Eingabemaske Define mastermix components
Eingabefeld component name
Name der Komponente
Eingabefeld Stock concentration
Ausgangskonzentration der Komponente
Eingabefeld position in source
Position der Komponente in der Quell-Labware
Eingabefeld Final concentration
Endkonzentration der Komponente in der
PCR-Reaktion
Button Concentration
Komponente durch Eingabe von Ausgangs- und
Endkonzentration definieren.
Button Volume
Komponente durch Eingabe des Volumens pro
Reaktion definieren.
Eingabefeld volume/reaction
Volumen der Komponente für eine Reaktion
Feld volume/mastermix
Berechnetes Volumen des Mastermixes
8. Um Eingaben zu speichern, Button Save drücken.
Die Eingabemaske wird geschlossen.
9. Eingabefelder für alle Komponenten ausfüllen.
10. Komponenten für alle Mastermixe definieren.
11. Button Next drücken.
Das Fenster Overwiev worktable erscheint (siehe S. 22).
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14
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.3.3
Assistant Normalization
Voraussetzung
• Labware und Pipettenspitzen wurden gewählt (siehe S. 7).
• Fenster Type of pipette tips ist aufgerufen.
1. Button Next drücken.
Das Fenster Define concentrations and labware positions erscheint.
Abb. 3-16: Fenster
Abb. 3-17: Define concentrations and labware positions
Abb. 3-17: Fenster Define concentrations and labware positions
Eingabefeld Final concentration for all samples
Endkonzentration aller Proben
Eingabefeld Probenvolumen oder Endvolumen
Probenvolumen oder Endvolumen
Eingabefeld Position of diluent in ...
Position des Diluenten in der Quell-Labware
Button Load input file
Quellpositionen und Probenkonzentrationen aus
einer CSV-Datei importieren.
Button Fixed final volume
Normalisierung mit festgelegtem Endvolumen für Probentabelle
Verdünnungen durchführen. Probenvolumen und
Darstellung von Position, Konzentration, Name
Diluentvolumen variieren.
und Volumen jeder Probe. Jede Tabellenzeile
entspricht einer Probe.
Button Fixed sample volume
Normalisierung mit festgelegtem Probenvolumen
durchführen. Diluentvolumen und Endvolumen
variieren.
2. Eingabefelder ausfüllen.
3. Für jede Probe eine Tabellenzeile anlegen.
4. Um eine Probe zu bearbeiten, Tabellenzeige markieren und Button Edit drücken.
Eine Eingabemaske erscheint.
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Abb. 3-18: Eingabemaske
Abb. 3-19: Define concentrations and labware positions
Abb. 3-19: Eingabemaske Define concentrations and labware positions
Eingabefeld Name
Name der Probe, optional
Eingabefeld Source position
Position der Probe in der Quell-Labware
Eingabefeld Destination position
Position der Probe in der Ziel-Labware
Eingabefeld Sample Conc.
Ausgangskonzentration der Probe
Feld Final Conc.
Endkonzentration der Probe
Der Wert aus dem Eingabefeld Final concentration
for all samples wird übernommen.
Feld Sample Volume
Zu pipettierendes Probenvolumen, von der
Software berechnet
Feld Dilution Volume
Zu pipettierendes Diluenten-Volumen, von der
Software berechnet
5. Eingabefelder ausfüllen
6. Um die Eingaben zu speichern, Button Save drücken.
Die Eingabemaske wird geschlossen.
7. Alle Proben bearbeiten.
15
16
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
CSV-Import
8. Alternativ Probentabelle mit einer CSV-Datei erstellen. Dazu CSV-Datei mit dem Button Load input File
laden.
Die CSV-Datei muss folgende Spaltenüberschriften besitzen:
Abb. 3-20: CSV-Datei in einem Tabellenkalkulationsprogramm
Abb. 3-20: CSV-Datei in einem Tabellenkalkulationsprogramm
Abb. 3-21: CSV-Datei im Editor
Abb. 3-21: CSV-Datei im Editor
9. Button Next drücken.
Das Fenster Overwiev worktable erscheint (siehe S. 22).
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.3.4
Assistant Dilution Series
Voraussetzung
• Labware und Pipettenspitzen wurden gewählt (siehe S. 7).
• Fenster Type of pipette tips ist aufgerufen.
1. Button Next drücken.
Das Fenster Define dilution parameters erscheint.
Abb. 3-22: dilution parameters
Abb. 3-22: Fenster Define dilution parameters
Eingabefeld Diluent position in ...
Position des Diluent in der Quell-Labware
Eingabefeld Number of dilution steps
Zahl der Verdünnungsschritte
Button Arrange diluted samples by column
Button Fixed final volume
Verdünnungsreihe spaltenweise in Ziel-Labware
festes Endvolumen verwenden
anordnen
Eingabefeld Fixed final volume
Button Arrange diluted samples by row
Endvolumen
Verdünnungsreihe zeilenweise in Ziel-Labware
Button Fixed sample volume
anordnen
festes Probenvolumen verwenden
Eingabefeld Dilution factor 1/x
Eingabefeld Fixed sample volume
Verdünnungsfaktor
Probenvolumen
2. Eingabefelder ausfüllen.
Die Verdünnungsreihe muss in eine Zeile oder in eine Spalte der Ziel-Labware passen.
Beispiel: In einem Rack mit 24 Positionen (4 Reihen und 6 Spalten) wird eine
Verdünnungsreihe reihenweise angeordnet. Der erste Verdünnungsschritt wird in die Gefäße
in der 2. Spalte durchgeführt. Maximal sind 5 Verdünnungsschritte möglich.
3. Button Next drücken.
Das Fenster Define labware positons erscheint.
Abb. 3-23: Fenster
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Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Abb. 3-24: Define labware positons
Abb. 3-24: Fenster Define labware positons
Tabelle
Jede Tabellenzeile steht für eine Verdünnungsreihe. Die Tabelle zeigt die Quellposition der Probe und
die erste und die letzte Verdünnungsposition.
4. Für jede Verdünnungsreihe eine Tabellenzeile anlegen. Dazu Button Add drücken.
5. Um eine Verdünnungsreihe zu bearbeiten, Tabellenzeige markieren und Button Edit drücken.
Für jede Verdünnungsreihe erscheint eine Eingabemaske.
Abb. 3-25: abware positions
Abb. 3-25: Eingabemaske Fenster Define labware positions
Eingabefeld Source Position
Quellposition der unverdünnten Probe
Eingabefeld First step
Position des 1. Verdünnungsschritts.
Feld Last step
Berechnete Position des letzen
Verdünnungsschritts.
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
6. Eingabefelder ausfüllen.
7. Button Save drücken.
Die Eingabemaske wird geschlossen.
8. Alle Verdünnungsreihen bearbeiten.
9. Button Next drücken.
Das Fenster Overwiev worktable erscheint (siehe S. 22).
3.3.5
Assistant Setup Reactions
Voraussetzung
• Labware und Pipettenspitzen wurden gewählt (siehe S. 7).
• Fenster Type of pipette tips ist aufgerufen.
1. Button Next drücken.
Das Fenster Define Mastermixes erscheint.
Abb. 3-26: Fenster
Abb. 3-27: Define Mastermixes
Abb. 3-27: Fenster Define Mastermixes
Spalte Position in ...
Position des Mastermix in der Quell-Labware
2. Eingabefelder ausfüllen.
3. Button Next drücken.
Das Fenster Define reaction volume erscheint.
Abb. 3-28: Fenster
Spalte Name
Name des Mastermix, optional
19
20
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Abb. 3-29: Define reaction volume
Abb. 3-29: Fenster Define reaction volume
Eingabefeld Sample volume per reaction
Probenvolumen pro Reaktion
Eingabefeld Mastermix volume per reaction
Volumen des Mastermix pro Reaktion
4. Eingabefelder ausfüllen.
5. Button Next drücken.
Das Fenster Define number of reactions erscheint.
Abb. 3-30: Fenster
Abb. 3-31: Define number of reactions
Abb. 3-31: Fenster Define number of reactions
Eingabefeld Number of samples (templates)
Anzahl der Proben inklusive Standards und
Kontrollen
Buttons Arrangement in destination
Anordnung von Proben, Mastermixen und
Replikaten in der Ziel-Labware
Eingabefeld Number of replicate reactions per
Checkbox Center destination
sample
Proben in der Mitte der Ziel-Labware anordnen
Zahl der Reaktionsansätze pro Probe (Replikate)
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
6. Eingabefelder ausfüllen.
7. Button Next drücken.
Das Fenster Arrangement in destination erscheint.
Abb. 3-32: Fenster
Abb. 3-33: Arrangement in destination
Abb. 3-33: Fenster Arrangement in destination
Übersicht Destination Pattern Layout
Übersicht über das gewählte Pattern
Button Export as CSV
Pattern der Ziel-Labware als CSV-Datei
exportieren
Button Export as PDF
Pattern der Ziel-Labware als PDF-Datei
exportieren
8. Um das Pattern der Ziel-Labware als CSV-Datei zu exportieren, Button Export as CSV drücken.
9. Um das Pattern der Ziel-Labware als PDF-Datei zu exportieren, Button Export as PDF drücken.
10. Button Next drücken.
Das Fenster Overwiev worktable erscheint (siehe S. 22).
21
22
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.4
Worktable bestücken
Abb. 3-33: Fenster: Übersicht Worktable
1. epMotion-Worktable entsprechend der Darstellung bestücken.
2. Dosierwerkzeug TS 50 auf Platz T1 positionieren. Dosierwerkzeug TS 300 auf Platz T2 positionieren.
3. Abfallbox leeren.
3.5
Applikation starten
Wenn die Eingaben vollständig sind, starten Sie die Applikation. Gehen Sie wie folgt vor:
Voraussetzung
• Das Fenster Overview worktable ist geöffnet.
1. Um die Applikation unter einem neuen Namen zu sichern, Button Save drücken.
Gespeicherte Applikation können im epBlue Studio geöffnet und geändert werden. Die Beschreibung
dazu finden Sie in der Software-Bedienungsanleitung.
2. Um die Applikation zu starten, Button Run drücken.
Das Fenster Options > Levelsensor settings erscheint
Abb. 3-34: Fenster
Abb. 3-34: Fenster Options > Levelsensor settings
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3. Parameter des optischen Sensors wählen.
Wenn Sie die Checkbox Levels deaktivieren, wird die Füllstandserkennung für diesen Lauf
ausgeschaltet.
Wenn Sie die Checkbox Levels aktivieren, wird die Füllstanderkennung für diesen Lauf eingeschaltet.
Der optische Sensor führt die Füllstandserkennung bei der Labware durch, für die Sie die Checkbox Do
you want level detection in labware? aktiviert haben (Abb. 3-4 auf S. 7).
Informationen zur Verwendung des optischen Sensors finden Sie in der
Software-Bedienungsanleitung.
4. Wenn die Füllstandserkennung für die Labware ausgeschaltet ist oder Platten vewendet werden,
Flüssigkeitsvolumen eingeben.
5. Button Run drücken.
Das Fenster Run Visualizer erscheint.
Abb. 3-35: Fenster
Abb. 3-36: Run Visualizer
Abb. 3-36: Fenster Run Visualizer
Lauf unterbrechen.
Lauf beenden. Wenn der Lauf unterbrochen ist,
wird der Button aktiv.
Lauf fortsetzen. Wenn der Lauf unterbrochen ist,
wird der Button sichtbar und aktiv.
Einzelnen Schritt durchführen. Wenn der Lauf
unterbrochen ist, wird der Button aktiv.
6. Applikation mit den Buttons steuern.
7. Wenn die Applikation beendet ist, auf den Button Exit to Start Screen drücken.
23
24
Bedienung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
3.6
Protokoll anzeigen und als PDF-Datei speichern
Die Software speichert die zuletzt ausgeführte Applikation jedes Assistants automatisch. Sie können sich
die Applikation und das Protokoll in epBlue Studio anzeigen lassen. Speicherort ist der Ordner mit dem
Namen des Assistants. Beim Start einer neuen Applikation wird die vorhandene Applikation überschrieben.
Um sich das Protokoll der letzten Applikation anzusehen und als PDF-Datei zu speichern gehen Sie
folgendermaßen vor:
1. epBlue Studio starten. Dazu auf dem Startbildschirm auf das Symbol epBlue Studio klicken.
Die Registerkarte Home wird geöffnet
2. Im Bereich Tasks die Funktion Create/edit applications wählen.
Abb. 3-37: Fenster
Abb. 3-38: Create / edit applications
Abb. 3-38: Fenster Create / edit applications
Das Fenster Create / edit applications erscheint.
3. In der Spalte Folder auf den Ordner des verwendeten PCR Assistant drücken.
Die Applikation erscheint in der Spalte Application.
4. Applikation öffnen. Dazu auf den Button Open Application drücken.
5. Registerkarte Logs wählen.
6. Protokoll wählen.
Das Protokoll wird angezeigt.
7. Um das Protokoll als PDF-Datei zu speichern, Button Seitenansicht drücken.
8. USB-Speichermedium an das EasyCon anschließen.
9. Auf das Symbol PDF drücken.
10. Dateiname und Speicherpfad angeben.
11. Auf den Button Speichern drücken.
Das Protokoll wird gespeichert.
Problembehebung
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
4
4.1
Problembehebung
Fehlermeldungen
Informationen zu Fehlermeldungen finden Sie in der Software-Bedienungsanleitung und in der
Hardware-Bedienungsanleitung der epMotion.
Wenn ein Fehler auftritt, prüfen Sie zuerst folgendes:
Symptom/Meldung
Mögliche Ursache
Abhilfe
Vor dem Start der
Applikation erscheint eine
Fehlermeldung.
• Ein Volumen in der Applikation ist
gröβer als das Füllvolumen des
gewählten Gefäßes.
 Wählen Sie ein Gefäß, das
dieses Volumen aufnimmt.
Ihre Labware erscheint
nicht in der Auswahl.
• Die Labware-Bibliothek enthält keine
Definition dieser Labware.
 Importieren Sie die
Labware-Definition in die
Labware-Bibliothek.
 Aktivieren Sie die Labware in
der Labware-Bibliothek.
• Die Labware wurde in der
Labware-Bibliothek deaktiviert.
Der optische Sensor
erkennt den Füllstand
nicht.
• Auf der Flüssigkeit befindet sich
Schaum.
Der optische Sensor
erkennt den Füllstand
nicht.
• Im Gefäß befindet sich zu wenig
Flüssigkeit. Die Detektionsgrenze des
optischen Sensors ist unterschritten.
• Die Oberfläche der Flüssigkeit ist
uneben, z. B. durch den Meniskus der
Flüssigkeit oder durch Schaumbildung
 Gefäße kurz zentrifugieren.
 Gefäße danach kurz vortexen
oder schütteln.
 Volumen manuell eingeben.
25
26
Bestellinformationen
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
5
5.1
Bestellinformationen
Bestellinformationen
Umfangreiche Bestellinformationen zu Pipettenspitzen, Labware und Zubehör finden Sie in der
Hardware-Bedienungsanleitung.
5.1.1
Dosierwerkzeuge
Best.-Nr.
(International)
Beschreibung
5280 000.010
Einkanal-Dosierwerkzeug TS 50
Volumenbereich 1 μL - 50 μL
5280 000.037
Einkanal-Dosierwerkzeug TS 300
Volumenbereich 20 μL - 300 μL
5.1.2
Pipettenspitzen
Best.-Nr.
(International)
Beschreibung
0030 014.413
epT.I.P.S. Motion Filter 50 µL
10 Racks à 96 Spitzen
PCR clean
0030 014.456
epT.I.P.S. Motion Filter 300 µL
10 Racks à 96 Spitzen
PCR clean
5.1.3
Verbrauchsmaterial
Best.-Nr.
(International)
Beschreibung
0030 123.301
Eppendorf Safe-Lock Tube 0.5 mL
500 Stück, farblos
PCR clean
0030 123.328
Eppendorf Safe-Lock Tube 1.5 mL
1 000 Stück, farblos
PCR clean
0030 123.344
0030 128.648
Eppendorf Tubes 5.0 mL
PCR clean, 1 000 Stück, farblos
twin.tec PCR Plate 96, skirted
Wells farblos, 25 Stück
low profile, Rahmen farblos
Bestellinformationen
PCR-Assistant
Deutsch (DE)
Best.-Nr.
(International)
Beschreibung
0030 128.575
twin.tec PCR Plate 96, semi-skirted
Wells farblos, 25 Stück
standard profile, Rahmen farblos
0030 133.307
0030 133.366
twin.tec PCR Plate 96 unskirted
Wells farblos, 20 Stück
low profil, Rahmen farblos
standart profil, Rahmen farblos
0030 132.513
twin.tec real-time PCR Plate 96 skirted
Wells weiß, 25 Stück
Rahmen weiß
0030 132.548
twin.tec real-time PCR Plate 96 semi-skirted
Wells weiß, 25 Stück
Rahmen weiß
0030 132.700
twin.tec real-time PCR Plate 96 unskirted
Wells weiß, 20 Stück
low profile, Rahmen weiß
0030 124.332
PCR Tubes 0,2 mL
1 000 Stück
PCR clean, farblos
0030 124.820
PCR Tube Strips + Cap Strips
flach, 10 × 12 Streifen
0030 127.811
PCR Film
selbstklebend, 100 Stück
0030 127.820
PCR Foil
selbstklebend, 100 Stück
0030 132.904
Masterclear real-time PCR Film
selbstklebend, 100 Stück
27
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