マニュアル SWIFT II

マニュアル SWIFT II
SWIFT II
取扱説明書
Version 2.0
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GE ヘルスケア バイオサイエンス株式会社
1.概要
1.1 はじめに
1.2 Installation of Software(ソフトウエアのインストール)
1.3 Helpful Hints(役に立つヒント)
1.4 Programme Style(プログラムの形式)
1.4.1 Main Toolbar(メインツールバー)
1.4.2 Typical Display(表示形式)
1.4.3 Mouse Click(マウスクリック)
1.4.4 Status Bar(ステータスバー)
1.4.5 Toolbar and Mouse Palette(ツールバーおよびマウスパレット)
1.5 Wavescan、Reaction Kinetics、Time Drive、Tm (モジュールの概要)
1.5.1 Setting up Parameters(パラメータの設定)
1.5.2 Running an Experiment(実行)
1.6 Quantification、Multi Wavelength、Fraction Analysis(モジュールの概要)
1.6.1 Running an Experiment(実行)
1.7 Security Facilities in SWIFT II(SWIFT II のセキュリティ機能)
1.7.1 Parameters Lock (パラメータのロック)
1.7.2 Audit Trail(監査トレイル)
2. 機器の管理
2.1 はじめに
2.1.1 Programme Appearance(プログラム構成)
2.1.2 Dynamic Data Exchange(ダイナミックデータ交換)
2.1.3 Specification(仕様)
2.2 Set up(セットアップ)
2.2.1 Setting up the instrument after software installation
(ソフトウエアインストール後のセットアップ)
2.2.2 Setting up an accessory(アクセサリーのセットアップ)
2.2.3 Using the Sipper with SWIFT II(SWIFT II でのシッパーの使用)
2.3 Command(コマンド)
3.メニュー説明およびアプリケーションウィンドウ
3.1 はじめに
3.2 Running in General(測定の実行)
3.3 Common Menu Descriptions(アプリケーションで使用されるメニュー)
3.3.1 File (ファイル)
3.3.2 Method(メソッド)
3.3.3 Edit (編集)
3.3.4 View (ビュー)
3.3.5 Run(実行)
3.3.6 Calculator(計算)
3.3.7 Post Run(ポストラン)
3.3.8 Window(ウィンドウ)
3.3.9 Help(ヘルプ)
3.3.10 Run time Menu(ランタイムメニュー)
3.3.11 Mouse options(マウスオプション)
3.4 Set-up(セットアップオプション)
3.4.1 Print Option(プリントオプション)
3.4.2 Line Styles(ラインスタイル)
3.4.3 GLP
3.4.4 Audit Trail(監査トレイル)
3.4.5 Directories(ディレクトリ)
3.4.6 Registration(登録)
3.4.7 Communications(コミュニケーション)
3.4.8 Spreadsheet(スプレッドシート)
3.4.9 Default Windows ( デ フ ォ ル ト ウ ィ ン ド ウ 表 示 ) -WS 、 RK 、 TD 、 Tm
3.4.10 Default Windows(デフォルトウィンドウ表示)-QA、MW、FA
3.5. Application Windows and Views(ウィンドウおよびビュー)
3.5.1 Main Window(メインウィンドウ)
3.5.2 Group Tree View(グループツリービュー)
3.5.3 Data View(データビュー)
3.5.4 Spreadsheet Data Points View (スプレッドシートビュー)
3.5.5 Derivative View(デリバティブビュー)
3.5.6 Results View(リザルトビュー)
3.5.7 Sample Results View(サンプルリザルトビュー)
3.5.8 Overlay View(オーバーレイビュー)
3.5.9 Michaelis Menten View(ミカエリス・メンテンビュー)
3.5.10 Run View(ランビュー)
3.6 Post Run and Other Functions(ポストランと他の機能)
3.6.1 Smoothing(スムージング)
3.6.2 Tm Calculator(Tm 計算機能)
3.6.3 Mathematics(計算機能)
3.6.4 Peak Find(ピーク検索機能)
3.6.5 Peak Area(ピーク領域機能)
3.6.6 Derivative(微分機能)
3.6.7 Overlay(オーバーレイ機能)
3.6.8 Slope(スロープ機能)(Reaction Kinetics)
3.6.9 Slope(スロープ機能)(Quantification)
4. WAVESCAN(波長スキャン)
4.1 はじめに
4.2 Wavescan Parameters(波長スキャンパラメータ)
4.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
4.2.2 Details Page(詳細ページ)
4.2.3 Display Page(表示ページ)
4.2.4 Run Options Page(ランオプションページ)
4.3 Wavescan Display Options(表示オプション)
4.4 Wavescan Data(波長スキャンデータ)
4.5 Wavescan Run(波長測定)
4.5.1 Standard Mode(スタンダードモード)
4.5.2 Repeat Mode(リピードモード)
4.5.3 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
4.6 Wavescan Post Run Options(ポストランオプション)
5. Reaction Kinetics(酵素カイネティクス)
5.1 はじめに
5.2 Reaction Kinetics Parameters( 酵素カイネティクスパラメータ)
5.2.1 New(新規)
5.2.1.1 Parameters Page(パラメータページ)
5.2.1.2 Details Page(詳細ページ)
5.2.1.3 Display Page(表示ページ)
5.2.1.4 Run Options Page(ランオプションページ)
5.2.2 File(ファイル)
5.3 Method(メソッド)
5.4 Reaction Kinetics Run(酵素カイネティクス測定)
5.4.1 Run(実行)
5.4.2 Run time Menu(ランタイムメニュー)
5.4.3 Run View(ランビュー)
5.5 Edit (編集)
5.6 Reaction Kinetics Display Option(表示オプション)
5.6.1 View
5.6.2 Using Michaelis Menten View (Michaelis Menten 表示オプションの利
用)
5.7 Reaction Kinetics Post Run Options(ポストランオプション)
5.7.1 Slope(スロープ機能)(Reaction Kinetics)
5.7.2 Mathematics(計算機能)
5.7.3 Derivative(微分機能)
5.7.4 Trace
5.8Michaelis Menten View Option(Michaelis Menten 表示オプション)
5.8.1 Michaelis Menten View(ミカエリス・メンテンビュー)
5.8.2 Viewing results(結果表示)
5.8.3 Overlaying results(オーバーレイ)
5.9 Window(ウィンドウ)
5.10 Help(ヘルプ)
6. TIME DRIVE(タイムドライブ)
6.1 はじめに
6.2 Time Drive Parameters(タイムドライブパラメータ)
6.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
6.2.2 Details Page(詳細ページ)
6.2.3 Display Page(表示ページ)
6.2.4 Run Option Page(ランオプションページ)
6.3 Time Drive Display Options(表示オプション)
6.4 Time Drive Data(タイムドライブデータ)
6.5 Time Drive Run(タイムドライブ測定)
6.5.1 Single Sample Mode(シングルサンプルモード)
6.5.2 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
6.6 Time Drive Post Run Options(ポストランオプション)
7. Quantification(定量)
7.1 はじめに
7.2 Quantification Parameters(定量パラメータ)
7.2.1 Standards Parameters and Details Page(スタンダードパラメータと詳細)
7.2.2 Standards Concentrations Page(スタンダード濃度)
7.2.3 Run Options Page(ランオプションページ)
7.3 Quantification Display Options(表示オプション)
7.4 Quantification Data(定量データ)
7.5 Quantification Run(定量測定)
7.5.1 Run>Standards
7.5.2 Run>Samples
7.5.3 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
7.6 Quantification Post Run Options(ポストランオプション)
8. Multi Wavelength(多波長測定)
8.1 はじめに
8.2 Multi Wavelength Parameters(多波長パラメータ)
8.2.1 Equations Page(方程式ページ)
8.2.2 Details Page(詳細ページ)
8.2.3 Run Options Page(ランオプションページ)
8.3 File (ファイル)
8.4 Method(メソッド)
8.5 Multi Wavelength Run(多波長測定)
8.5.1 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
8.6 Edit(編集)
8.7 Multi Wavelength View Options(表示オプション)
8.8 Calculator(計算)
8.9 Multi Wavelength Post Run Options(ポストランオプション)
8.10 Window(ウィンドウ)
8.11 Help(ヘルプ)
9. FRACTION ANALYSIS(フラクション解析)
9.1 はじめに
9.2 Fraction Analysis Parameters(フラクション解析パラメータ)
9.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
9.2.2 Display Page(表示ページ)
9.2.3 Run Options Page(ランオプションページ)
9.3 Fraction Analysis Display Options(表示オプション)
9.4 Fraction Analysis Data(フラクション解析データ)
9.5 Fraction Analysis Run(フラクション解析測定)
9.5.1 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
9.6 Fraction Analysis Post Run Options(ポストランオプション)
10. Tm, MELTING POINT(Tm 融点温度測定)
10.1 はじめに
10.1.1 温度コントロールユニットとセルフォルダ
10.1.2 温度コントロールユニットとセルホルダーの設置
10.1.3 推奨セル
10.2 Tm Parameters (Tm パラメータ)
10.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
10.2.2 Details Page(詳細設定ページ)
10.2.3 Post Run Display Page(ポストランディスプレイページ)
10.2.4 Run Options Page(ランオプションページ)
10.2.5 Tm File(Tm ファイル)
10.3 Method(メソッド)
10.4 Tm Run(実行)
10.4.1 Run Parameters(実行パラメータ)
10.4.2 Run Time View(ランタイムビュー)
10.5 Tm Data Edit(編集)
10.6 Tm View (ビュー)
10.7 Tm Post Run Options(Tmポストラン)
10.7.1Tm Calculation (Tm 値計算)
10.7.2 Derivative(微分)
10.7.3 Smoothing(スムージング)
10.7.4 Trace(トレース)
10.8 Window(ウィンドウ)
10.9 Help(ヘルプ)
11 菌培養液濁度測定
11.1 はじめに
11.2Culture Parameters(菌培養液濁度測定パラメータ)
11.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
11.2.2 Details Page(詳細ページ)
11.2.3 Split Details Page
11.2.4 Run Option
11.3 Post Run Display(測定データの表示形式)
11.4 Culture Data(測定データ)
11.5 Culture Run(測定の実施)
11.5.1 測定
11.5.2 Split (サンプルの分割測定)
11.5.3 Close (終了)
1. 概要
1.1 はじめに
Microsoft と International Business Machines Corporations 製品についてこのマニュア
ルの中で述べられていることは承認されています。
SWIFT II は Windows ィ 95/98/2000 や NT 環境で作動するアプリケーションソフトウエ
アで、以下のアプリケーションモジュールから構成されていますので、目的に応じたア
プリケーションをご使用いただけます。
SWIFT II –METHOD には以下のモジュールが含まれます。
SWIFT II -SCAN 波長スキャン用
(略 WS)
SWIFT II -KIN
酵素カイネティクス用
SWIFT II -TIME
タイムドライブ用
SWIFT II -QUANT定量用
(略 RK)
(略 TD)
(略 QA)
SWIFT II -MULTI 多波長測定用
(略 MW)
SWIFT II -FRAC フラクション解析用 (略 FA)
SWIFT II –Culture 培養液濁度測定用
SWIFT II –Tm
Tm 値測定用
(略 CU)
(略 Tm)
Instrument Control モジュールは、これらのアプリケーションモジュールのそれぞれにも
含まれており、測定をサポートします。ソフトウエアのインストール後、まずこのモジュー
ルの設定を確認し、分光光度計との接続等問題なく作動するか確認してください。
SWIFT II ソフトウエアは ISO9001 認可品質管理システムに適合する設計および製
造が行われています。
弊社にて推奨する PC と異なるタイプの PC をご使用の場合、 その PC に適切な操作
方法を本文中ご説明いたしかねることがございます。その場合の安全操作とメンテナ
ンスについてはご使用される PC のマニュアルをご覧ください。
このマニュアルは、お客様が Microsoft Windows 95/98/2000 や NT の基本的な知識を
お持ちであることを前提としています。各 Microsoft Windows の操作については
Microsoft Windows
User's Guide をご覧ください。
1.2 Installation of Software(ソフトウエアのインストール)
すべてのモジュールを(SWIFT II - METHOD)インストールする場合、約 10 メガバイト
のディスクスペースを必要とします。
SWIFT II - METHOD のインストール手順
Microsoft Windows 95/98/2000 へのインストール
・PC の CD-ROM ドライブにディスクを挿入します。
・
自動的にインストールを開始します。
・
Welcome メッセージが表示されたら Next をクリックします。
・デフォルトのフォルダ(ディレクトリ)は C:/PROGRAM FILES/SWIFT II/****です。
変更する場合は Browse を、そのまま操作する場合は Next を押してください。
・Set-up ページの Typical を選択し、Next を押します。
・表示される指示に従い、インストールを完了してください。
Microsoft Windows NT へのインストール
PC の CD-ROM ドライブにディスクを挿入します。自動的に使用可能なインストーラー
画面が表示されますので、指示に従ってインストールしてください。
もし、他のユーザーのアクセスを可能にする場合、システムのアドミニストレーターに以
下のように操作するよう伝えてください。
1.
フォルダ(ディレクトリ)をインストーラーのスタートメニューから All Users スタートメ
ニューへ移動してください:
Winnt/Profiles/”installer”/Start Menu/Programs/****
Winnt/Profiles/All Users/Start Menu/Programs/
2.
使用権限のある人に許可を与えてください:
Winnt/Profiles/All Users/Programs/****
マウス右側をクリックし、
Properties>Security>Permission>Add>Highlight”All User">Add>OK
の操作をしてください。
SWIFT II-METHOD の PROGRAM FILES フォルダには次のフォルダがインストールさ
れています。
フォルダ名
モジュール
内容
Instument
Instrument
分光光度計コントロールパネル
Wavescan
Wavescan
波長スキャン用
Kinetics Kinetics 酵素カイネティクス用
タイムドライブ用
TDrive
Tdrive
Quant
Quantity 定量用
Multi
Multi
多波長測定用
Fraction Fraction フラクション解析用
Culture Culture 菌培養液濁度測定
Tm
Tm
Tm 値測定用
1.3 Helpful Hints(役に立つヒント)
以下の点に留意してください:
・アプリケーションの起動には、Main Toolbar を使います。Main Toolbar は、SWIFT II
のインストール後、再起動(スタート> Windows の終了>コンピューターを再起動す
る)すると表示され、画面の上下左右どこにでも固定できます。
・SWIFT II で使用するファイルの種類(Parameter、Data、Method など)を区別しやすく
するため、以下の手順で Windows がファイルの拡張子を表示するように設定してくだ
さい。
スタート>マイ コンピューター>表示>オプション>表示
「登録されているファイルの拡張子は表示しない」のチェックボックスを OFF
にする。
・オンラインヘルプを参照するには、メニュー項目を選択したりダイアログボックスを呼
び出した後で、F1 キーを押すか、またはヘルプアイコンをクリックします。ヘルプの目
次が利用できます。
・携帯用コンピューターをお使いの場合は、コンピューターのセットアップでパワーマネ
ージメントシステムが OFF(または NEVER)に設定されていることを確認してください。
1.4 Programme Style(プログラムの形式)
1.4.1 Main Toolbar(メインツールバー)
SWIFT II-METHOD の Main Toolbar は 9 つのボタンで構成され、Instrument Control
を含めたすべてのアプリケーションに素早くアクセスできます。Main Toolbar は、
SWIFT II のインストール後、再起動(スタート>Windows の終了>「コンピューターを
再起動する」)すると表示され、画面の上下左右どの端にでも固定できます。また、スタ
ート>プログラム>SWIFT II>SWIFT II を選んで、画面上に呼び出せます。Main
Toolbar のオプションは、バーの上でマウスの右ボタンをクリックすると表示されます。
Always on top(常に手前に表示)
ツールバーをすべてのウィンドウの中で常に一
番手前に表示します。
Autohide(自動的に隠す)
使わないときはツールバーを非表示にします。ツールバ
ーが通常表示されている画面の端にマウスを動かすと、再び表示されます。
Autoload(自動起動)
Windows 起動時に、自動的にツールバーを呼び出しま
す。
About(バージョン情報)
Exit(終了)
著作の詳細を表示します。
ツールバーを閉じます。
1.4.2 Typical Display(表示形式)
このアプリケーションは Multiple Document Interface デザイン(MDI)を採用しており、メ
インウィンドウとメインウィンドウ内のいくつかのビューウィンドウから構成されています。
メインウィンドウのメニューはアクティブなビューウィンドウに対して有効で、ビューウィン
ドウにはメニューはありません。
制御や入力には多くの方法があります。すべてのコマンドはメニューから選択可能で
す。また、よく使用する機能はツールバーからも選択できます。マウスからの入力が必
要な機能はマウス(ツール)パレットから選択します。
Figure.1-アプリケーションウィンドウの例
1.4.3 Rigit Mouse Click(マウス右ボタンクリック)
Windows では操作するにあたり Windows 3.1 よりも頻繁にマウスの右ボタンをクリック
します。マウスの右ボタンをクリックすると、マウスポインターのあるアイテムに適用可能
な機能がポップアップメニューとして現れます。特性メニューを表示するには、メインウ
ィンドウ、ビューウィンドウ、ファイルマネージャー内のファイルの上でマウスの右ボタン
をクリックします。選択可能なメニューの内容は、既存のメニュー内に存在するものと同
じです。
Figure.2 –マウス右クリックメニュー例
1.4.4 Status Bar(ステータスバー)
ステータスバーはアプリケーションが起動している間、情報を表示します。メニューアイ
テムやツールバーボタンを選択すると、ステータスバーは選択したアイテムの目的を表
示します。グラフビュー上にマウスポインターがあるときマウスボタンを押すと、カーソル
の位置、情報が表示され、測定中であれば機器の状態が表示されます。メニューバー
のビューをクリックしてステータスバーの表示、非表示を選択できます。
Figure.3-ステータスバー
1.4.5 Toolbar and Mouse Palette(ツールバーおよびマウスパレット)
ツールバーには頻繁に使用するメニューコマンドが含まれており、それらのコマンドを
迅速に選択することを可能にしています。メニューバーのビューをクリックしてツールバ
ーの表示、非表示を選択できます。ツールバーに通常表示されるコマンドは:File
(New, Open, Save, Setup)、Edit (Cut, Copy, Paste)、View (Parameters, Graph, Options)、
Run (All Modes)、Print、Help、About です。ツールバーのスペース部分でマウスをクリ
ックすると、使いやすい位置に移動することが可能です。
Figure.4-アプリケーションツールバーの例
マウスパレットはすべてのマウスによるグラフ操作を含むポップアップツールバーです。
Zoom(グラフの拡大)、Add label(テキストの挿入)、Move(カーソル移動) 、Trace(グラ
フのトレース)、Define(領域設定)などのオプションがあります。Define オプションで領
域を設定すると、ポップアップメニューが表示されその領域での Autoscaling、Peak 検
索などができます。メニューバーのビューをクリックしてパレットの表示、非表示を選択
できます。また、パレットのスペース部分でマウスをクリックして、使いやすい位置に移
動することが可能です。
Figure.5-マウスパレットの例
1.5 Wavescan、Reaction Kinetics、Time Drive、Culture、Tm (モジュールの概要)
このマニュアルでは、たくさんの異なる種類のファイルが紹介されています。。
Method ファイルには、測定に必要な基本パラメータがあらかじめ設定されています。
Data ファイルには、測定データが保存されます。
Spreadsheet ファイルは、スプレッドシート(表計算)機能を使って作成されたテキストフ
ァイルです。Excel のような表計算パッケージソフトで処理可能なフォーマットで測定デ
ータが保存されています。
ファイルはすべて一般的な Windows の操作により開いたり、保存したりしますので、ロ
ングファイルネームや拡張子に対応し、さらにファイルの削除やファイル名の変更など
が行えます。
各モジュールは、Microsoft Excel のワークグループ機能と同じようなグループ概念に
基づいて設計されています。つまり、実際の測定結果である基本データファイルと、そ
れからいろいろな操作などにより作成したビュー(3.5 章参照)はすべて互いにリンクし
ていて、ひとつのファイルグループを形成しています。この内容については Index ビュ
ーで確認できます。同様に、データ項目についても、必要に応じてグループ化し、ひと
つのまとまりとして操作することが可能です。例えば、6 つの試料の分析を平行して実
行する場合、6 つの独立した分析と 6 つのデータファイルではなく、1 グループの分析
と 1 個のデータファイルが生成されます。
ひとつの実験が終了すると、Method(パラメータ)ファイルと Data(結果)ファイルの集
合がひとつのデータグループとして保存され、Index ビューに表示されます。こうして、
ファイルが互いにリンクされます。Method ファイルの名前は、Parameters の Save 機能
で 定 義 し ま す 。 ま た 、 Data フ ァ イ ル の 名 前 は 、 パ ラ メ ー タ 設 定 で 定 義 し た 名 前
(Wavelength Scanning の場合は、scan がデフォルト)に日付と時間を付加したものにな
ります。もちろん、他の名前に変更することも可能です。
Figure. 6 -Windows のファイルダイアログの例
ファイルの保存や呼び出しはデフォルトのパス名で行われます。これは、セットアップ
オプションで定義することができ、Data ファイル、Method ファイル、監査ログファイル、
Spreadsheet ファイルのそれぞれについてデフォルトのパスを設定できます。
1.5.1 Setting up Parameters(パラメータの設定)
Method は、一組のパラメータ、いくつかのデータ、そしていくつかの結果によって構成
されています。パラメータには、データの生成や結果の計算に使用された情報が含ま
れています。測定 Method には、パラメータを一組だけ含むようになっていて、実行後
はこれらのパラメータは読み出し専用になり、修正することはできなくなります。パラメ
ータオプションで内容確認は可能です。ひとつまたは複数の測定メソッドは、ひとつの
データグループとして保存、操作することができます。
メソッド(Method)とは、一組または複数組のパラメータの集まりです。これらのパラメー
タは、一組の共通パラメータに、測定のために必要な固有のパラメータを追加したもの
です。Parameters オプションで、これらのパラメータを編集することができます。
Parameters オプションは、タブ付ダイアログボックスで表示され、Parameters(パラメー
タ)、Details(詳細)、Display(表示)、Run Options(実行オプション)の 4 つのページに
分かれています。Parameters タブには各測定に固有の設定内容が含まれ、Details タ
ブではこれ以外の測定に関しての情報(例えば測定名、濃度など)を設定します。
Display タブでは、データをどのように表示するかを設定します。また、Run Option タブ
では、測定後にデータ操作や印刷を自動的に行うかどうかや、データの表示について
設定できます。
パラメータには、測定時(ランタイム)にしか定義できないものもあります。これらのパラ
メータは、メソッドの中にデフォルト値として定義しておき、与えられたパラメータに機器
が対応していない場合は、測定時に修正することができます。これらの値はまた、デー
タのパラメータの中に保存しておいて参照することもできます。
1.5.2 Running an Experiment(測定)
パラメータを保存する場合、デフォルトでは、メソッドとして保存されます。ロックがかか
っていなければ、パラメータは編集可能です。メソッドは必要に応じて保存したり、編集
したりできます。
メソッドを実行すると、ランタイムパラメータがダイアログボックス中に表示されます。他
にも分析する試料がある場合は、追加することができます。実際に分析する試料よりも
多くの試料が定義されている場合は、この中から必要な試料だけを選択します。加え
られた変更は保存することができ、再保存されたメソッドは、新しく追加した試料の情報
も含めて、後日使用することができます。メソッドが実行されると、メソッド中に定義され
た各試料には、それぞれのパラメータのコピーとともに、それぞれ固有のデータ構造が
与えられ、このデータが実験の全過程を通して入力され処理されます。この後、メソッ
ドはデータグループとして再表示されます。
Index からランを選択すると、データグループから新しいメソッドへパラメータがコピーさ
れ、この新しいメソッドから測定が開始されます。メソッドもデータも選択していない状
態でランを選ぶと、新しい(デフォルトの)メソッドが作成されます。このメソッドは、Run
ダイアログボックスの Modify オプションを使って定義できます。
クイックランオプションを利用して測定を簡略化することもできます。メソッドが読み込ま
れていない状態で Run → Method を選択すると、一過程でメソッドを読み込んで実
行することができます。Run →
Default を選ぶとさらに素早く実行できます。この場
合は、standard(標準)と呼ばれるメソッドが読み込まれるか、または新しいメソッドが作
成されて、自動的に実行されます。
1.6 Quantification、Multi Wavelength、Fraction Analysis(モジュールの概要)
これらのアプリケーションでは、(1.5)で述べてきたようなグループの概念ではなく、もっ
と標準的な Method - Data アプローチを使っています。データは以下のような別々の部
分に分かれ、一部またはすべてのアプリケーションに適用されます。
Parameters(パラメータ)
3 つのアプリケーションすべてに適用。実行ごとの固有の情報を含む。
Standard Concentrations(標準濃度)
Quantification にのみ適用。標準濃度の値を含む。
Standards Data(標準データ)
Quantification にのみ適用。アプリケーションによって収集された標準データ
を含む。
Sample List(試料リスト)
3 つのアプリケーションすべてに適用。個々の試料に関する情報を含む。
Sample Data(試料データ)
3 つのアプリケーションすべてに適用。 各試料に対して収集されたデータ。
Results(結果)
3 つのアプリケーションすべてに適用。試料の情報およびデータと関連。
Spreadsheet(スプレッドシート)
3 つのアプリケーションすべてに適用。表計算ソフトウエアでの利用に適した
フォーマットにデータを変換。
これらのデータは、Method、Standard、Sample という 3 種類の保存形式で収集されま
す。それぞれのファイルの拡張子は、M、S、D となっています。
1.6.1 Running an Experiment(実行)
メソッドを作成するには New オプションを選びます。これにはデフォルトのパラメータセ
ットが含まれていて、標準や試料は定義されていません。このメソッドは編集可能で、
Parameter オプションを使うと標準濃度を定義できます。同様に、任意のメソッドを読み
込んで編集することができます。メソッドを読み込むと、試料リストがビューの中に表示
されます。測定する試料を定義するには、このリストを編集します。
各アプリケーションにより、測定方法が異なります。
Quantification
まず標準曲線を作成するために標準サンプルを測定します。これは保存して、以後テ
ンプレートとして利用できます。
標準サンプル測定後、各試料の測定を行います。まず初めに、試料の番号と ID が定
義され、その後、これらを実行すると、データが追加されるか、もしくは既存の試料デー
タが置き換えられます。
Multi Wavelength と Fraction Analysis
サンプルデータは、直接メソッドを実行して収集します。
実行中、ランタイムパラメータがダイアログボックスに表示されます。これらは必要に応
じて修正可能です。サンプルの追加測定を行うと、自動的にデータが追加されます。
実際に測定が必要なサンプルよりも多い数のサンプルが定義されている場合は、定義
されているサンプルのリストから必要なサンプルを選択します。メソッドを実行すると、
パラメータのコピーとともに、新しいデータ構造が作成されます。メソッド中に定義され
ている各試料が、このデータ構造に追加され、これらデータが実験の全過程を通じて
収集され、処理されます。
メソッドもデータも選択していない状態でランを選ぶと、新しいメソッドが作成されます。
これはランダイアログボックスの Modify オプションで定義することができます。
すべてのアプリケーションにおいて、クイックランオプションを利用して操作を簡略化で
きます。メソッドが読み込まれていない状態で Run → Method を選択すると、一過程
でメソッドを読み込んで測定できます。
Run → Default を選ぶとさらに素早く測定できます。この場合は、standard(標準)と
呼ばれるメソッドが読み込まれるか、または新しいメソッドが作成され、測定可能になり
ます。
1.7 Security Facilities(セキュリティ機能)
1.7.1 Parameters Lock (パラメータのロック)
メソッドの内容を変更できないようにパラメータをロックすることができます。入力可能な
文字に制限はありません。それぞれのメソッドに異なるパスワードを割り当てることがで
きます。ただし、これらのロックは編集のみを対象とすることに注意してください。また、
メソッドのロックは、このメソッドによって生成されるデータファイルに対するセキュリティ
を保証するものではなく、これらのデータファイルは開いたり参照したりすることが可能
です。SWIFT II ソフトウエアへのアクセスを禁止するには、専用のソフトウエアパッケー
ジを使用してコンピューター自体にパスワードロックをかける必要があります。
1.7.2 Audit Trail(監査トレイル)
Audit Trail(監査トレイル)は、使用者が行う操作、これに続く結果の編集やデータ処
理などを、読み出し専用 / 書き込み禁止のテキストファイルの形式で記録しておき、
管理者が後でチェックできるようにします。監査トレイルは、特別なファイルに作成・保
存され、*.LOG という拡張子によって見分けることができます。
監査トレイルの機能は、セットアップで設定し、管理者によって定義されたパスワードで
ロックすることができます。入力可能な文字に制限はありません。この機能はアプリケ
ーション全般に働きます。つまり、あるアプリケーションでこの機能を有効にすると、全
アプリケーションで有効になります。
監査トレイルファイル(*.LOG)にアクセスするには、Windows の「ノートパッド」または
「ワードパッド」を使用します。「ワードパッド」の場合はスタート>プログラム>アクセサ
リー>ワードパッドで起動し、ファイル>[開くを選択してダイアログを開き、「ファイルの
場所」で適当なフォルダ(デフォルトの場所は C:¥Program Files¥SWIFT II の中の各ア
プリケーションフォルダ)を選んだ後、「ファイル名」の欄に *.log と入力して改行キー
を打ち、目的の *.LOG ファイルをダブルクリックして開きます。ファイルの表示につい
ては制限がありません。つまり、Parameters の Lock / Unlock 機能と、Audit Trail の
Lock / Unlock 機能には制約されません。ただし、監査トレイルファイルは読み出し専
用で書き込み禁止になっていますので、オリジナルのファイルは上書きしたり変更した
りできません。
監査トレイルファイルを調べれば、データがオリジナルかどうかわかります。またファイ
ル名の変更も記録され、以後データに加えられたすべての操作は、新しい*.LOG ファ
イルに記録されます。
2. 機器の管理
2.1 はじめに
Instrument Control Panel(機器コントロールパネル)は、他のアプリケーションから独立
した、基礎的な動作モードを表示します。Instrument Control Panel を起動すると、必要
なコントロールデータ(例えば、機器の種類など)を読み込みます。
Figure.7-Instrument Control Panel
Instrument Control Panel には、セットアップ(2.2)と機器管理(2.3)の 2 つの機能があり
ます。
2.1.1 Programme Appearance(プログラム構成)
Instrument Control Panel は Title bar、Instrument Toolbar、Status bar、Application bar
そして Dialogue Box 機能を持つダイアログボックス型アプリケーションです。
Title bar はアプリケーションタイトルを表示します。
Figure.8-Instrument Control タイトルバー
Instrument Toolbar にはよく使用する機能のショートカットボタンがあります。
Figure. 9 -Instrument Control Toolbar ツールバー
Instrument Control Toolbar には順に次のボタンがあります。
Set-up
Connect/Disconnect
Set Peltier Temperature
Configure
Set Wavelength
Set Accessory
Log Reading
Print
Absorbance Mode
Cell position 1
About
Next cell
Help
Status bar にはテキスト区画と 4 つのインディケータ区画があります。
Figure. 10 -Instrument Control Status Bar ステータスバー
テキスト区画にはヘルプメッセージや選択したコントロール/メニューの動作内容が表
示されます。4 つの小さな区画は標準接続ポート、増設接続ポート、data logging
printer status、GLP printer status を表示します。
メニューはすべての使用可能コマンドを含んでおり、File、View、Command、Data Log、
Help にグループ分けされています。ここでは Instrument Control の Set-up と Command
オ プ シ ョ ン に つ い て 説 明 し ま す 。 そ の 他 の オ プ シ ョ ン に つ い て は 、 Section 3.3
「Command Menu の説明」をご参照ください。
分光光度計が接続されていない場合、Command オプションは Connect 以外反転表示
になっておらず、実行できません。
Figure.11-Instrument Control メニュー構成
ダイアログボックスの内容は Instrument Control を示しています。
Figure. 12 -Instrument Control Panel コントロールパネル
このパネルは分光光度計の状態を示しています。それぞれのボックスは波長(その下
はランプ状態)、測定値、サンプル位置、シッパーの状態(その下はペルチェアクセサ
リー温度表)を表示しています。
これらは他の SWIFT II アプリケーションによって記録された値を表示していても、機器
と接続していなければグレーで表示されます。
分光光度計の状態は適当なステータスウィンドウかプッシュボタンを選択して切り替え
ることができます。すべてのデータとコマンドはスタンダードダイアログコントロールを利
用して入力します。
Absorbance Mode 吸光度モードボックスでは以下の機能が利用できます。
1)Abs.:吸光度を測定する
2) %T:透過率を測定する
3)Conc. :既知サンプルの濃度を入力し、未知サンプルの値と比較する
4)Factor:吸光度値にファクターを掛ける
ファクターや濃度を入力する時は Conc./Factor いずれかを選択した後、数字ディスプ
レイボックスをクリックします。
2.1.2 Dynamic Data Exchange(ダイナミックデータ交換)
Instrument Control Panel に は 、 プ ロ グ ラ ム の 中 心 に Dynamic Data Exchange
( DDE )があります。これは Excel、Word ような他のパッケージが機器にコマンドを送
り、そこからデータの収集を可能にします。これらには Help Files に記載された DDE 言
語が含まれています。
2.1.3 Specification(仕様)
Instrument Control Panel の仕様は、接続している分光光度計の仕様を反映します。
Wavelength range 190.0〜1100.0nm、190.0〜900.0nm など
Temperature range 20℃から、取り付けられたアクセサリーにより 50℃、80℃、105℃な
ど
Absorbance range 機器に依存しており、ソフトウエアによって制限されることはありま
せん。吸光度を小数点以下 3 ケタで示し、%T は小数点以下1ケタ、濃度とファクター
は移動小数点形式で常に表示します。
2.2 Set up(セットアップ)
分光光度計を使用する前に、システムはアプリケーションとハードウエアに含まれる他
のコンポーネントの位置、状況、機能についてのいくつかの情報を必要とします。これ
らはセットアップダイアログボックスを経由して行います。
Figure.13-Setup 画面の選択
File->Setup menu を選択すると以下の tab page が存在します。
Figure.14-Schimes 画面
このページは、セットアップで登録した内容を名前をつけて保存し、必要な測定系で
呼び出して使えるようにします。複数の使用者がいる場合に、各使用者固有の設定が
ある場合に有用です。
Figure.15-Registration 画面
このページでは各種レポート、GLP ステートメントで作成されるファイルに、ユーザーに
ついての情報を追加することができます。パラメータにはユーザー名、所在地、分光
光度計のシリアル番号があります。接続している分光光度計のシリアル番号は必須項
目で、正確なシリアル番号を入力しなければアプリケーションは作動しません。
Figure.16-Communications 画面
このページは分光光度計のシルアルポートのロケーションと関連したハードウエアのセ
ットアップに使用します。パラメータは 分光光度計のタイプ、接続しているコムポート
番号、外部ペルティエ装置を接続しているか、している場合には使用しているコムポー
ト番号はどれかを設定します。また、Check for External Peltier にチェックを入れると接
続が正しいか確認が行われます。分光光度計のタイプは Instrumentation をクリックす
ると機種名が表示されますので、接続している機種名を選択し、OK を押します。
Figure.17-接続機器選択画面
Figure.18-Spreadsheet 画面
ここではデフォルトで、Direct to Excel にチェックが入っています。PC に Microsoft
Excel がインストールされていれば、測定データを直接 Excel 形式のファイルに保存で
きます。もうひとつの選択は To text file で、このオプションにチェックを入れると、
Spacing Type 選択画面が現れ、出力するスプレッドシートのフォーマットの変更が可能
になり、異なったスプレッドシートが作成できます。オプションはコロン、コンマ、スペー
スまたはタブ(タブがデフォルトで、Microsoft Excel 形式になります)およびユーザー定
義のなかから選択します。
Figure.19-Text file 設定画面
Figure.20-Language 選択画面
このダイアログボックスは選択可能な言語のリストを表示します。
言語には英語、フランス語、ドイツ語、イタリア語、スペイン語の項目がありますが、現
段階では英語のみ使用可能になっています。
Figure.21-GLP 設定画面
このページでは GLP レポートのレベルを設定することができます。Never,Always,Daily
および Weekly から選択します。その結果は保存され、Audit Trail に追加したり、プリン
トアウトしたりすることができます。Always は機器と接続されるたびに GLP status をモニ
ターします。
Figure.22-GLP 設定画面の選択例
Figure.23-Data logging 設定画面
このページはデータログの収集内容の処理方法をセットアップするために使用します。
データはプリンター、スプレッドシートファイルのいずれにも出力・保存できます。デー
タは既存のファイルに追加されます。Auto Read にチェックが入っていれば自動的に、
または、Log Reading(メニューバーまたはアイコン)を選択して手動でログとして保存で
きます。通常は Auto Read にチェックを入れておくことをお奨めします。
2.2.1 Setting up the instrument after software installation(ソフトウエアインストール後の
セットアップ)
はじめて分光光度計を作動させる場合、ダイアログボックス上で以下の設定をします。
・ユーザー情報を入力・登録する
ご使用機関名(必須ではありませんが、プリント時にヘッダーとして印刷される情報で
す。デフォルトでは製造元の Biochrom Ltd です)、所在地、分光光度計シリアル番号
(必須です)。→2.2、Registration 参照
・分光光度計タイプを選定する(必須です)。→2.2、Communication 参照
ソフトウエアの登録が完了した後、機器のセットアップをします。
・コムポートに分光光度計をつなぎ、必要に応じて、他の コムポートに外部ペルティエ
装置をつなぎます。
・コムポートの選択をします(必須です)。→2.2、Communication 参照
・Set-up ダイアログボックスを閉じ、 control Panel の Command をクリックし Connect オ
プションを選択します。
Figure.24-Command>Connect 選択画面
これでいままでの入力、登録、設定に間違いがなければ分光光度計と PC が接続され、
Instrument Control がアクティブになります。
2.2.2 Setting up an accessory(アクセサリーのセットアップ)
アクセサリーは分光光度計を接続すると自動的に認識されます。アクセサリーを変更し
たときはから Command をクリックし、Check Accessory ボタンを押して再認識させること
が必要です。
Figure.25-アクセサリー認識操作
装着しているアクセサリーを認識して、表示します。確認後 OK を押して次の操作を行
ってください。
同 じ 操 作 は Command の 中の Configure を クリ ッ ク し 、 下 記 画 面 の 中 の Check
Accessory をクリックすることでも可能です。
Figure.26-Configure 選択画面
Figure.27-Configure 画面
2.2.3 Using the Sipper(シッパーの使用)
シッパーのインストールにはシッパーに付属のアクセサリーユーザーマニュアルをご覧
ください。2.2.2 Setting up an accessory にしたがって、シッパーを認識させます。
Figure.28-シッパーの選択(アクセサリーの確認)
Figure.29-シッパー確認画面
OK を押して、次の操作に移ります。
Command をクリックし、Accessory ボタンを選択します。シッパーのセットアップ画面、
Pump Parameters ダイアログボックスが表示され、パラメータを選択できます。
Figure.30-シッパーパラメータ入力画面
シッパーパラメータには次のものがあります。
Mode:
測定した溶液の処理を示します。Waste では排液管へ送液されます。Return
では吸引した管へ送液します。
Sip Volume:
吸引される量を示しています(0.1〜60ml)
Pull Volume:
吸引される液が最適位置に入るまでの長さを示しており、設定した
量の空気が液の後に引き込まれます(0.0〜60ml)。
Settle Time:
読み取りが行われる迄の時間の長さを示し(0.0〜10.0 秒)、ペルチ
ェセルフォルダを使用している時に便利です。
シリンダーから液を吸引し(10〜120 秒間)、吸引された液体のボリ
Calibrate:
ュームを入力することによりキャリブレーション係数が算出されます。
Wash:
停止されるまでシッパーチューブを洗浄します。
測定操作中は以下のひとつを表示します。
Blank Display
サンプルがロードされていません。
"Busy" サンプルがロード中、あるいは戻している最中。
"Ret"
サンプルがロードされており、待機中。
シッパー操作手順はすべてのアプリケーションにおいて共通です。
1)シッパー正面のボタンは押された状態になっています。
2)設定した吸引量を、サンプル液に入れたチューブで吸引します。
3)分光光度計が「ビー」という音で知らせた後、試験管中の液からチューブを取り出し
ます。
4)設定した空気量が吸引され、フローセルへ残液を移します。
5)設定した settle time の間シッパーは作動せず、温度平衡を保ちます。
6)吸光度測定します。
7)シッパー正面のボタンを押してサンプルを試験管に戻します。シッパーが Waste モ
ードの場合は不要です。
2.3 Command(コマンド)
分光光度計が接続されると、メインダイアログボックスから制御できるようになり、分光光
度計の状態に関するステータス値が、このダイアログボックスに表示されます。
Figure.31-Command 選択画面
全ての作業は、ボタンやステータス上をクリックすることによって実行されます。パラメ
ータは、接続している分光光度計により異なり、また、アクセスのレベルは接続している
アクセサリーによっても制限されます。機能はクリックで直ちに実行されるか、あるいは
パラメータの変更を促すダイアログボックスが表示されます。
Command メニューでの使用可能な機能は以下の通りです。
Wavelength
Figure.32-波長入力画面
Wavelength をクリックしてダイアログボックスを開き、波長を入力します。波長の範囲は
190.0〜1100.0nm です(これは接続している分光光度計により異なります)。
Accessory
Accessory をクリックしてダイアログボックスを開き、サンプルアクセサリーをコントロー
ル可能にします。このページはその時使用しているアクセサリーに依存します。アクセ
サリーについての詳細は「アクセサリーのセットアップ」のセクションをご覧ください。セ
ルチェンジャーを使用している場合、Sample 1 および Next Sample はツールバーから
選択可能です。
Figure.33-セルポジション設定画面
Peltier
Peltier をクリックして温度を設定します。、20〜50℃または 20〜105℃(Tm 測定用のプ
ログラマブルペルチェアクセサリーを使用している場合)が可能な温度範囲です。
Absorbance Mode
Abs Mode をクリックすると、次の順にモードが変化し、そのときの測定値を表示しま
す。
Absorbance(吸光度)、%Transmission(%透過率)、Concentration(濃度)、Factor(フ
ァクター)。
これらは Reading Status の下に表示されているドットボタンで直接選択することもできま
す。濃度またはファクターを選択した場合、Command タブの Factor がアクティブになり、
クリックするとファクターの入力ができるようになります。
Figure.34-Factor 選択画面
Figure.35-Factor 入力画面
これで吸光度値にファクターを掛けた計算値を表示されます。
Reference
リファレンスを測定します。
Configure
このボタンは、 コンフィギュレーション・ダイアログボックスを開きます。分光光度計によ
り、表示内容が異なります。
Figure.36-Configuration 画面(左:重水素/タングステンランプ使用機器、右:キセノン
ランプ使用機器)
Lamp/Life
各ランプの使用時間を表示します。ランプ交換をした後など、Reset をクリックして0に
戻せます。
Baseline
新しいベースラインを決め、保存します。
Re-Calibrate
分光光度計の再キャリブレーションをします。
Calibration Log
問題を解決するためにサービスエンジニアに送付する FAX 用に calibration log をプリ
ントアウトできます。
Check Accessory
新しいアクセサリーを認識させます。前頁をご参照ください。
Diagnostics
Diagnostics report をプリントアウトできます。これをそのままサービスエンジニアに FAX
で送付することができます。
GLP Report
GLP status を収集し、自動的にプリントアウします。
Lamp Crossover Wavelength(重水素/タングステンランプ使用機器)
分光光度計が UV(重水素)から可視(タングステン)に変換させる波長を設定します。
範囲は 290-380nm で、分光光度計の電源が切れると自動的に 325nm へ戻ります。
Deuteriuim Lamps Save(重水素/タングステンランプ使用機器)
キャブレーション後に重水素ランプを自動的にスイッチオフにします。
3.メニュー説明およびアプリケーションウィンドウ
3.1 はじめに
このセクションではフローチャートにて SWIFT II の使用法を総合的に説明した後(3.2)、
各メニュー項目について詳しい説明をしています(3.3)。これらの項目はそれぞれ該当
するメニューバーのヘッダー毎にグループ化してありますが、各アプリケーションで共
通する部分が多くあります。
Set-up オプション(File>Set-up)については別途説明します(3.4)。
アプリケーション全体に使われるアプリケーションウィンドウ(またはビューウィンドウ)の
役割とそれらに関連するメニューについて詳細に記載しています(3.5)。また、アプリケ
ーションごとの相違はそれぞれのアプリケーションで説明します。
Post Run オプションの使用方法については最後に紹介します(3.6)。
3.2 Running in General(測定の実行)
SWIFT II ソフトウエアは連続使用が可能な限り簡単にできるように作成されています。
以下にそのフローチャートを示します。ショートカットは点線で示します。
Figure.37-SWIFT II の基本構成
3.3 Common Menu Descriptions(アプリケーションで使用されるメニュー)
すべてのアプリケーションで同じ表示になるのではないのですが、多くのアプリケーシ
ョンで共通です。
3.3.1 File (ファイル)
Figure.38-File メニュー例
New
新しい Method を作成します。自動的にデフォルトのパラメータ設定がロードされます。
ここでパラメータを必要な内容に変更します。
Figure.39-パラメータ設定画面例
ここで設定したパラメータを名前をつけて保存するには右にある Save をクリックします。
Figure.40-メソッド保存画面
名前をつけて保存の画面になりますので、適当なファイル名をつけて保存をクリックし
ます。
また、右側の Lock をクリックするとパスワード入力画面になります。この設定を変更され
たくない場合には適当なパスワードを入力してロックします。
Figure.41-パスワード入力画面
デフォルトメソッドのパラメータを変更しておく方法として、File を開いたときに表示され
る"Default.**M"ファイルを開いて各パラメータを入力し、上書き保存し、そのデフォル
トメソッドを再度使用することもできます。
Figure.42-デフォルトメソッドの選択例
"Default.**M"ファイルを開くと左下にファイル表示が出ます。ここで再度 file をクリック
すると先ほどより表示されるタブが増えています。
Figure.43-デフォルト選択操作画面例
再度 New をクリックするとパラメータ設定画面が現れますので、必要なパラメータに変
更後右側の Save をクリックするか、OK をクリックし、名前をつけて保存の画面でそのま
ま保存をクリックして上書き保存します。
プログラムは、パラメータダイアログボックスを自動的に開きます。このオプションはツー
ルバーから利用できます。
Open
Figure.44-OPEN
選択したディレクトリ中のファイルを開きます。アプリケーションによって異なるデータタ
イプがロードされます。
Figure.45-保存されているファイルの選択例
この画面で、ファイルの種類をクリックすると、保存されているさまざまなファイルにアク
セスできます。
Figure.46-ファイルタイプの選択例
Method
Method ファイルを開きます。
Data
Date ファイルを開きます。
Standards
Quantification 定量に関連した標準データを開きます。
Text
スプレッドシートファイルを開きます。
注意:キーボードの DELETE ボタンを押すとハイライトされたファイルを削除するコマン
ドになります。CTRL キーで複数ファイルを同時に開いたり(削除したり)できます。
Find
この機能は特定のサンプル名でディレクトリ内を検索し、そのサンプルを含んでいるフ
ァイルをロードします。Quantification, Multi Wavelength, Fraction Analysis にのみ限
定。
Figure.47-Find の選択画面
Figure.48-Find の設定画面
Close
このオプションは、選択しているビューを閉じます。
Save, Save As
これらのオプションはデータをファイルに保存します。正確な操作は現行の状況により
異なるので、Method File、Data File、Standard File または Spreadsheet File のいずれか
に保存されます。
Export
スプレッドシートでの読解に適したフォーマットでデータを保存します。Wavescan アプリ
ケーションでは J-CAMP フォーマットでも保存でき、市販されている Multi Component
Analysis ソフトパッケージなどに使用できます。
Set-up
このオプションはアプリケーションのさまざまな設定をするためのタブ付きダイアログボ
ックスを表示します。この章の「3.4
セットアップオプション」セクションをご覧ください。
Print
このオプションはレポートを印刷します。レポートのスタイルはビュータイプによって変
化します。Group Report、Data Report、Spreadsheet Report が可能です。内容は、
Set-up>Print Options ページ中の設定に依存します。
Print PreView
指 定 し た プ リ ン ト フ ォ ー マ ッ ト の プ リ ン ト プ レ ビ ュ ー を PC 画 面 に 表 示 し ま す 。
Set-up>Print Options ページでフォーマットを調整できます。
Print Set-up
プリンターを設定するために、Common Print Dialogue 機能を作動します。
Exit
アプリケーションを終了します。
3.3.2 Method(メソッド)
Figure.49-Default の選択画面
Default
ソフトウエアに予め設定されているメソッドで選択すると迅速にロードされます。
Figure.50-Method 選択画面
User Method
これはユーザーによって作成されたメソッドが、速くロードできます。最大 9 個のメッソッ
ドを設定できます。
Define Method
この機能では、ユーザー設定したメソッドを追加することができます。"Add"を押し、ダ
イアログボックスから必要なメソッドを選びます。メソッド名はテキスト上でダブルクリック
して変更できます。メソッドと名前をハイライトして Remove を押すと User Method から削
除されます。
Default Settings
derivatives の作成、ピーク検索、ピークエリア指定等の post run オプションを再設定で
きます。
Method ( Michaelis Menten View )
ディスプレイモードを Michaelis Menten、Lineweaver Burke、Hanes Woolf または Eadie
Hofstee から 1 つ選択できます。この方法は、全ての Data Set に適用できます。
3.3.3 Edit (編集)
このモードは、各アプリケーションでのデータがロードされているときにアクティブになり
ます。各選択可能な内容はアプリケーションに依存します。
Figure.51-Edit 画面例
Spreadsheet View
スプレッドシートビューをディスプレイ/編集モードに切り替えます。データが読み取り
専用の場合、この機能は使えません。
Sample List View
ランするサンプルのリストにサンプルを追加します。
Data Points(Michaelis Menten View)
ミカエリス・メンテンデータポイントの編集をします。データペアの付加と削除、そしてデ
ータペア値の変更が含まれます。全てのデータセットからの全てのデータペアの呼び
出しが可能です。
Clear(Group View List)
データセットからデータを削除します。データに関係しているビューはいずれも閉じら
れます。
Michaelis Menten View
ビューから全てのミカエリスメンテンデータセット を削除します。
Sample List
サンプルリストから全てのサンプルを削除します。
Results View
そのビュー内の全ての結果を削除します。
Merge
別グループ(別実験)のデータを 1 つのファイルにまとめます。この作業は View 内の
Overlay 機能を使用する前に行ってください。Index ダイアログボックスをクリックし、
Merge するファイルを選択してください。
Figure.52-Merge 画面
Delete (Result View)
ビューから現行のアイテムを削除します。
Cut
クリップ・ボード(内部のクリップ・ボード)に選択したアイテムをコピーし、グループから
削除します。
Copy
クリップ・ボード(内部のクリップ・ボード)に選択したアイテムをコピーします。
Paste
グループにクリップ・ボード(内部のクリップ・ボード)内のデータアイテムをペーストしま
す。
Copy Graph
ビットマップとしてクリップ・ボードにビューをコピーします。
Data 選択されたデータをテキストフォーマットでクリップ・ボードにコピーします。
Results クリップ・ボードに結果をテキストレポートのようにテキストでコピーします。
Label(Add、Edit、Move)
データビューにラベルを付加、編集、または移動します。このオプションはパレットから
利用できます。グラフを表示する全てのビューに適用できます。
Define Region
グラフの範囲を設定します。設定された範囲内のデータはピーク探索時にコピー、ス
ケールの修正またはデータ処理が可能になります。
3.3.4 View (ビュー)
Figure.53-View 画面例
Parameters
現行データのパラメータを表示します。このオプションは ツールバーから利用できま
す。正確な機能は、モードに依存します。
オーバーレイビューはオーバーレイの内容と機能とオフセットを設定するオーバーレイ
パラメータを表示します。
デリバティブビューは修正、再計算用デリバティブパラメータを表示します。
他のビューはスタンダードデータパラメータを表示します。
Graph
現行データの他の データビューを表示します。このオプションは、ツールバーから利
用できます。
Results
結果を表にして表示します。
Spreadsheet
現行データのスプレッドシートを表示します。すでに開いている場合は、最前面に表
示されます。このオプションはツールバーから利用できます。
Overlay
オーバーレイビューを表示します。現行データを自動的にロードします。別々のグル
ープ(実験)のデータの場合は Edit>Merge で初めにまずひとつにまとめてください。
Display
Set-up ダイアログのディスプレイページを開きます。選択されたビューオプションのみ
変更できます。このオプションでは、スケールの設定、Grid(グリッド)を On/Off すること
ができます。同様に Absorbance モードのデータを Abs または %T に設定することもで
きます。アプリケーションに特有のパラメータはここで On/Off ができます。
Scale(Auto、Full、Region、Zoom)
適切なスケーリング機能を適用します。Zoom はズームエリアをマウスで指定する必要
がありますが、Auto、Full、そして Region はそのまま適用されます。
Results (Michaelis Menten View)
結果を表示します。次の 3 つの形式で結果を表にします。1 つのメソッドで複数のデー
タセットを比較、3 つのメソッドで 1 つのデータセットを比較、現行の方法を使って 1 つ
のデータセットを詳細に表示。これら 3 つの方法はタブ付きダイアログボックスで表示さ
れるため、3 つの形式間の切り換えが簡単です。
Unscale
Zoom と Scale オプションを回復します。
Toolbar
ツールバーの表示/非表示を選択します。
Status Bar( アプリケーションコマンド )
ステータスバーの表示/非表示を選択します。
Mouse Palette( アプリケーションコマンド )
マウスパレットの表示/非表示を選択します。
3.3.5 Run(実行)
現行のメソッドを実行します。詳細は関連したアプリケーションをご覧ください。
Figure.54-Run 選択画面例
Default
Standard スタンダードと呼ばれるメソッドをロードし、実行します。メソッドが見つからな
い時は、代わりにデフォルト値を使って新しいメソッドを作成し、実行します。
Method
現行のメソッドを実行します。また、必要な場合メソッドをロードして実行します。
3.3.6 Calculator(計算)
入力したオリゴヌクレオチドの塩基配列の理論的隔解温度を算出する Tm 計算機能を
示します。
Multi Wavelength 多波長測定および Tm アプリケーションに含まれる機能です。
3.3.7 Post Run(ポストラン)
Figure.55-Post Run 選択画面例
Smoothing
選択したデータにスムージング機能(回旋フィルタ)を適用します。データポイント変換
ルーチンは、step interval を増やすことができます。正確な操作は、アプリケーションに
依存します。
Mathematics
数理ルーチン機能を選択したデータに使います。スキャン(またはアッセイ)データを
それぞれお互いに控除したり、定数を付加したりできます。各データポイントは Point を
使って操作できます(吸光度比など)。正確な操作は、アプリケーションに依存します。
Peak Find
データに ピーク検索機能を適用し、画面上にピーク位置を表示して、ピーク情報を示
すリザルトビューを作成します。この機能は、1 つのリザルトビューに対して全ての
Peak Find Results を表にでき、ピーク、谷、そして変曲点を比較することができます。正
確な操作は、アプリケーションに依存します。Peak Area ピークエリア(Dropped Baseline
または Sloping Baseline)を任意で指定された領域から計算し、リザルトビューでエリア
情報を示します。
Derivative
データにデリバティブ機能を適用し、デリバティブデータ結果をデリバティブビューに
表示します。正確な操作は、アプリケーションに依存します。
Slope(Reaction Kinetics)
データにスロープ 機能を適用し、スロープ結果をリザルトビューに表示します。この機
能は、1 つのダイアログボックスに全てのスロープ結果を表にすることもできるため、ス
ロープを比較することができます。
Slope(Quantification)
Spline、Linear Regression、Linear Interpolation から曲線に適用させる機能を選択でき、
ゼロ点を含むかも選べます。必要に応じて曲線を補外できます。
Tm Results
Tm 結果を表示します。
3.3.8 Window(ウィンドウ)
Tile
ディスプレイ上で見える全てのビューを並べて、メインウィンドウに全て表示します。
Figure.56-画面表示例(Tile 選択)
Cascade
全てのビューを順に重ねて表示します。
Figure.57-画面表示例(Cascade 選択)
Arrange Icons
メインウィンドウの下部に全てのアイコンを並べます。
View
特定のビューを選択し、それを前面に置き、必要に応じて拡大します。
3.3.9 Help(ヘルプ)
Using Help
ヘルプ機能の使い方を説明します。
Index
ヘルプ機能のインデックスを表示します。
About
製作者の情報を表示します。
3.3.10 Run time Menu(ランタイムメニュー)
Abort
スキャン /アッセイを中止します。表示されているダイアログボックスでは、現行のデ
ータを保存したり、必要に応じて破棄したりできます。使用中のアプリケーションや接
続されている分光光度計によっては、すぐに中止が実行されないこともあります。
Display Hide / Show
Run display ステータスボックスを表示(Show)または非表示(Hide)します。
Scale
集められたデータに Full Scale か Auto Scale 機能を適用し、新しいスケールで再び
グラフを表示します。
Pause / Start
Reaction Kinetics にのみ適用できます。マルチポイントカイネティクスが実行できるよう
に、アッセイを一時停止/再始動します。
Next
Reaction Kinetics のシリアルカイネティクスモードにのみ適用できます。現行のアッセイ
を終了しリストの次アッセイを開始します。
3.3.11 Mouse options(マウスオプション)
Figure.58-マウスパレット
Zoom
マウスで領域を指定すると、グラフ中のその領域を拡大できます。グラフが再プロットさ
れた後でこの領域のデータ軸が設定されます。
Label
グラフにラベルを付加します。ラベルの開始点からマウスでドラッグし、ダイアログボック
スにテキストを入れます。
Move
アイテム(Label、Offset、Peak area)をマウスのドラッグで移動します。
Trace
データ上でマウスをロックし、細十字線のポイントを移動してデータ値を確認できます。
Define Region
グラフ上で指定する領域を示します。一度領域を指定すると、その領域を編集するた
めのポップアップメニューが表示されます。指定した領域に適用できるオプションはア
プリケーションにより異なります。
Copy Data
領域内のデータを、新しいウィンドウにコピー。
Autoscale
与えられた範囲内で グラフが自動スケール化。
Peak Area
領域をピークエリア、dropped ベースライン、sloping ベー
スラインとして設定し、他のピーク情報に付加します。
Peak Search
領域内のエリアにピーク検索機能を適用します。
Slope Region
指定された領域内の勾配を計算します。
3.4 Set-up(セットアップオプション)
Figure.59-Setup オプションページ
Set-up には多くのオプションが含まれているため、別途説明します。実際の内容はア
プリケーションによって異なりますが、パラメータとオプションは共通しています。
3.4.1 Print Option(プリントオプション)
Figure.60-Print Option 設定画面
このオプションではレポートのプリントアウトをカスタマイズすることができます。適切な
レポートフォーマットを選ぶために Print Preview と合わせて使用してください。
Wavescan、Reaction Kinetics、Time Drive および Tm モジュールではデータのグルー
プ(プリントアウトには Index Window アイコンを選択)、各々のグラフ(プリントするデー
タウィンドウを選択)、スプレッドシート形式に合わせてレポートをカスタマイズできます。
Reaction Kinetics モジュールでは Michalis Menten 機能のプリントアウトもカスタマイズ
できます。
Quantification、Multi Wavelength および Fraction Analysis モジュールではグラフがひ
とつしか表示されないので他のグラフをカスタマイズすることはできません。
各レポートは様々な要素から構成されていますが、Add や Remove ボタンを使って任
意の順序に変えることができます。Configure ボタンはプリントアウト内容をさらにカスタ
マイズするオプションを呼び出します。Print Preview はプリント前のチェックに便利で
す。Reaction Kinetics ではさらに Michaelis Menten プリントアウトをカスタマイズできま
す。
Index Options
このオプションは、 Group Report のためのデフォルトオプションです。削除はできませ
ん。データセットをそれぞれ別々に印刷するか、1 つのレポートにまとめるかを決定しま
す。Overlay などのような全ての共通のビューを含むオプションも選択できます。
Header
このオプションは、最初のページのヘッダーの設定をします。ヘッダーは、日付と時間、
ダイアログボックスから入力するタイトルを含みます。タイトルは Registration で入力し
たデフォルトになっています。
GLP Report
このオプションは、データとともに保存されている GLP レポートを Report の一部にしま
す。PC 画面上でみることもできます(この場合 Set-up 内の GLP と Print with Data Log
オプションを選択する必要があります)。Set-up>GLP の GLP オプションが選択されてい
ない場合は適用しません。
Parameters
このオプションは、レポートに関係しているパラメータ/メソッドを印刷します。リストとし
て個別にプリントするか、グループ化して表にすることができます。オーバーレイビュー
を印刷する場合、全てのパラメータを表示するオプションが含まれます。
Graphs
このオプションは、レポートに関係しているグラフをプリントします。グラフのサイズおよ
びグループとしてグラフをプリントするオプションはそれぞれ自由に変更することができ
ます。
Results
このオプションはレポートに関係している結果または表をプリントします。結果は表にす
ることも、個別にプリントすることもできます。
Data Points
このオプションは、データポイントのリストを含みます。
Form Feed
このオプションは、レポート中の任意の位置に形式を追加しグラフや結果を別紙にプリ
ントします。
Text
このオプションは、テキストファイルをレポートに挿入できます。ファイル名をページの
左、中央または右にテキストをプリントするオプション選択できます。テキストファイルは、
フォーマットコードを含むことができます。
以下のように {
}のテキストはコントロールコードとして扱われます。
{Cnn} コラム nn においての次行を開始します。
{Ffbu} 次のテキストはフォントサイズ f 、太字 b または下線 u フォントを
使用します。
実際のレポートは、アプリケーションによって異なります。
3.4.2 Line Styles(ラインスタイル)
Figure.61-Line Style 設定画面
このオプションは、各アプリケーションで表示とプリントに使用される色とラインスタイル
を設定します。目的に応じて Colour(色)、Line style(線種)、Font Size(フォントサイ
ズ)を変更できます。各アイテムに、プリントと表示用に異なるパラメータを割り当てるこ
とができます。
アイテムはスクロールバーから選択します。アイテムをハイライトして Display または
Print をダブルクリックし、目的の色をパレットから選びます。
3.4.3 GLP
このオプションは GLP の情報を収集するかどうか設定します。GLP Enabled をオンにす
ると、装置のスイッチを入れて約 10 分後キャリブレーション終了時に GLP レポートがプ
リントアウトされます。GLP 情報はデータ同様保存できます。
Figure.62-GLP 設定
3.4.4 Audit Trail(監査トレイル)
このオプションは全てのデータおよび操作内容(スキャン、読取り、インスツルメントコマ
ンドまたはユーザーコマンドを実行したかどうか)を記録し、Audit Trail テキストファイル
に関連データファイルとともに保存することができます。データは、*.LOG 拡張子のテ
キストファイルとして保存されるので、NotePad または WordPad を使って、 レビューで
きます。特定のアプリケーションをパスワードで監査用にロックすることもできます。詳し
くはセクション 1-7 をご覧ください。
Figure.63-監査トレイル設定
3.4.5 Directories(ディレクトリ)
Figure.64-Directories 設定
このページは、デフォルトディレクトリ(正確にはフォルダ)を設定し Method、Data、
Exported、Audit Trail ファイルに保存します。各アプリケーションのディレクトリは、アプ
リケーション名に由来しています。他のドライブも使用できますが、ルートディレクトリに
は A:と B:のみ利用できます。デフォルトドライブでアプリケーションにアクセスします。
3.4.6 Registration(登録)
このオプションでは、ユーザーと装置の情報を入力できます。プリントされるレポートの
最上部に予め表示されるように設定されています。シリアルナンバーを入力し、ソフトウ
エアを作動します。シリアルナンバーがまちがっているとソフトウエアは作動しません。
Figure.65-登録ページ
3.4.7 Communications(コミュニケーション)
このオプションは、機種(Ultrospec 2000、3000、4000 )を設定します。コミュニケーショ
ンポートを、接続に応じて設定します。外部ペルティエ装置を使用する場合も同様に
設定します。
Figure.66-接続設定
3.4.8 Spreadsheet(スプレッドシート)
このオプションは、 スプレッドシート形式でデータを保存する時にスペーサーとして使
う記号を設定します。予め Microsoft Excel には Tab が設定されています
Figure.67-データ保存選択
3.4.9 Default Windows(デフォルトウィンドウ表示)-WS、RK、TD、Tm
Figure.68-デフォルトウィンドウ表示設定-WS、RK、TD、Tm
このオプションでは Index Window を new、load、run および lose focus(他ウィンドウが
選択された場合)で、自動的に最小化して表示するよう設定できます。これらオプショ
ンを予め選択しておくことをおすすめします。また、選択したアプリケーションウィンドウ
をディスプレイスクリーン大に拡大するか、ビューウィンドウ(post run オプションの表を
含む)をディスプレイスクリーン大に拡大するかを選ぶこともできます。
3.4.10 Default Windows(デフォルトウィンドウ表示)-QA、MW、FA
Figure.69-デフォルトウィンドウ表示設定-QA、MW、FA
このオプションではアプリケーションウィンドウをディスプレイスクリーン大に拡大するか、
ラン実行前後に何を表示するかを選択できます。Tile ビューを選択した場合はスクリー
ン大にウィンドウが拡大されます。
Multi Wavelength(多波長)アプリケーションはグラフ表示されないため、このオプション
について多少制限があります。
3.5. Application Windows and Views(ウィンドウおよびビュー)
3.5.1 Main Window(メインウィンドウ)
全てのアプリケーションで使用されるメインウィンドウにはタイトルバー、メニューバー、
ツールバーそしてステータスバーがあり単独でコントロールできる複数のビューウィンド
ウが含まれます。メインメニューバーがビューウィンドウの内容にあわせて変化するた
め、ビューウィンドウにはメニューバーがありませんが、各々のコントロールバーがあり
ます。メインウィンドウ は、アプリケーション全体にわたってデータウィンドウを保持し、
コントロールします。
Figure.70-メインウィンドウ例
メインウィンドウはアプリケーションのセットアップや書類の作成、ロードのための機能
等、固有のデータやビューと関連のない全ての基礎機能を含みます。
Figure.71-メインメニュー例
ビューは、メインウィンドウ内のウィンドウで、個々のタイトルバーを持ち境界線で囲まれ
ています。このウィンドウは(メインウィンドウ内に)アイコン化できます。ビューウィンドウ
は、データを様々な形で表示します。これらのビューウィンドウは他のアプリケーション
ウィンドウと同様に扱うことができますが、メインウィンドウ内での操作に制限されます。
ビューウィンドウには独自のメニューがあり、作動中はメインメニューをビューウィンドウ
ではなくメインウィンドウに表示します。
3.5.2 Group Tree View(グループツリービュー)
このビューは、グループの構造と内容を表示します。これはツリーの形で情報を表示し
ます。グループ名、その中に保存されたデータ、ビューがあります。グループ ツリー
(またはコンテンツビュー)内のアイテムはツリー構造内の +− ボタンを使って拡大・
縮小できます。 記号はアイテムが選択されているかどうかを示します。
Figure.72-グループツリービュー例
このビューは new、load、 run および focus 変更時(他ウィンドウが選択された場合)に
自動的に最小化することができます。
グループ内の全てのファイルをアクティブするにはマージン変更またはプリント前にア
イテムを選択しておいてください。
Figure.73-グループメニュー例
3.5.3 Data View(データビュー)
Figure.74-Data View 例(Wavescan グラフ)
このビューは、データを X 軸に対してプロットしたグラフで表示します。スケールは、オ
ートスケール、ズーム、固定領域のいずれかを View メニュー内 Scale コマンドで設定で
きます。カーソルを使ってデータ中の特定の項目を指し示したり、ラベルをビュー上で
付加したりして(Edit メニューの label コマンドで設定)情報を見やすく強調することがで
きます。アプリケーションには、データ毎に複数のデータビューがあり、各ビューは、異
なる表示値を持つことができます。このビューはまた、アプリケーションによって得られ
たスロープ、ピークデータ、ラベルなどを表示します。グリッドはオプションであり(View
メニュー内の Display コマンドで設定)、ラインスタイルと色はユーザーが定義します
(3.4.2 をご参照ください)。グラフのフォーマット化にはパラメータ設定を使用します。
Figure.75-データメニュー例
3.5.4 Spreadsheet Data Points View (スプレッドシートビュー)
Figure.76-スプレッドシート表示例
このビューは、 スプレッドシート形式でデータを表示します。データポイントはカラムに
一覧化され、Edit(編集)モードを選択して編集できます。各データポイントは、波長、
時間、サンプル番号などのアプリケーションに応じた測定項目値、それに該当する吸
光度値を含みます。
Edit(編集)モードでは、ダイアログバーはビューの上位にあり、現在選択されている測
定項目値とデータポイントを表示します。このデータポイントは新しい値で編集すること
ができます。入力した値は、 記号を選択して決定します。カーソルを他のセルへ移動
するか、あるいは X 記号を選択することにより、もとの値を復帰できます。データセット
あたりスプレットシートビューひとつを作成できます。 データフォーマットと測定項目値
の長さにより、データは 1 つまたは複数のカラムに分けて表示されます。
Figure.77-スプレッドシートメニュー例
3.5.5 Derivative View(デリバティブビュー)
Figure.78-Derivative View 例
このビューはもとのデータに上書きしたデリバティブデータを表示することを除いては、
データビューに相似ています。データごとに複数のデリバリティブを表示でき、各ビュ
ーごとに異なる表示も可能です。このビューでは、使用されたラベルも表示します。
Figure.79-Delivative メニュー例
3.5.6 Results View(リザルトビュー)
Figure.80-リザルトビュー例
このビューは、フォームビューです。結果値はアプリケーション毎に適当なダイアログフ
ォーマットを使って表示します。リザルトビューは、各アプリケーションによって異なり、
その内容は関連したアプリケーションのセクションで説明しています。リザルトビューに
は他のビューと同様メニューとさらにいくつかのボタンとコントロールがあります。
Figure.81-リザルトメニュー例
3.5.7 Sample Results View(サンプルリザルトビュー)
Figure.82-サンプルリザルトビュー例
このビューは、Multi Wavelength、Quantification、および Fraction Analysis アプリケー
ションで使用したサンプルのリストを作成、保存、編集することができます。メソッドには
パラメータ設定とサンプルリストがあるため、このセクションではサンプルリストを扱いま
す。
Figure.83-サンプルリザルトメニュー例
3.5.8 Overlay View(オーバーレイビュー)
Figure.84-オーバーレイビュー例
このビューは特定のデータとは関連していませんが、指定されたデータをオーバーレ
イするために必要なデータをデータセットから取り込みます。このオプションは現在の
グループ範囲内のデータのみオーバーレイできます。他のデータをオーバーレイため
には、そのデータが入っているファイルを Edit>Merge でまとめてください。オーバーレ
イビューは選択されたデータで作成されますが、さらに追加したり削除したりできます。
データを個々のプロットを分けるために、オフセット値をオーバーレイ範囲内に使用し
ます。このビューでは、使用されているラベル、スロープ、ピークデータを(View メニュ
ー内の Display コマンドで)表示します。オーバーレイビューは複数作成できます。
Figure.85-オーバーレイメニュー例
3.5.9 Michaelis Menten View(ミカエリス・メンテンビュー)
このビューは特定のデータ配列と関連していませんが、ロードされているアッセイから
得られるデータを持っています。ミカエリス・メンテンビューはアプリケーションの View メ
ニューから作成されます。
以下の定義をご参照ください。:
・データポイントはカイネティックス解析の濃度とスロープから成ります。
・データセットは、スロープとインターセプトを得るために分析された複数のデータポイ
ントから成ります。
このビューは少なくともひとつあるいはそれ以上のデータセットのプロットにより構成さ
れており、さらに結果を得るために使用されるスロープ、インターセプトも含みます。グ
ラフは Michaelis Menten、Lineweaver Burke、Hanes Woolf、Eadie Hofstee の 4 種類か
ら選択して表示することができます。
ビューは複数のデータセットを表示できるので、ミカエリスメンテンプロットを相互比較し
た( Overlaid )結果を表にすることができます。
Figure.86-Michaelis Menten メニュー
3.5.10 Run View(ランビュー)
このビューは実験中にのみ表示される特別なビューで、集められたデータを表示しま
す。このビューは、データが集められている間、アプリケーションウィンドウ大に拡大さ
れます。
メニューにあるコマンドは、実験および実行中に停止する必要が生じた他のアプリケー
ションを停止するコントロール機能です。
ビューには、現在の分光光度計の状態を表示するステータスバーがあり、集められた
結果を表示するコントロールバーをオプションで表示することもできます。
Figure.87-Run View メニュー例
3.6 Post Run and Other Functions(ポストランと他の機能)
3.6.1 Smoothing(スムージング)
Figure.88-Filter 選択画面
この機能は、グラフのスムージングを実行します。これは plot step の変更によるデータ
の平均化機能、様々な幅の回旋フィルターによるスムージングを含みます。
3.6.2 Tm Calculator(Tm 計算機能)
Figure.89-Tm 値計算
Tm 計算機能は Multi Wavelength および Tm アプリケーションに含まれており、既知塩
基配列をもつオリゴヌクレオチドの理論的 Tm 値を既知の熱力学値をもとに計算しま
す。
塩基配列は RNA あるいは ssDNA サンプル(前者では T の代わりに U 使用)として画
面に入力します。計算式が適合される範囲は 16〜64mer です。
オリゴヌクレオチドの液中濃度(ug/ml)と塩およびバッファーの合計モル濃度(mol/
l)を入力します。< >キーを使って配列中に塩基を挿入できます。
この計算機能では、オリゴヌクレオチドの分子量および濃度(pmol/ul)を表示するた
めシークエンシングなどに便利です。
背景にメソッドがロードされている場合は、計算値をプリントすることもできます。
3.6.3 Mathematics(計算機能)
計算機能は、2 つのオプションから構成されており、Scan スキャンデータ(Wavelength
Scanning)および Assay アッセイデータ(Reaction Kinetics、TimeDrive)を操作します。
1)Scan and Assay(スキャン/アッセイにおける計算機能)
スキャン、アッセイは他のスキャンやアッセイと加減乗除でき、別のスキャン/アッセイ
領域内に保存された新しい結果と共に記録できます。
注意:データは Absorbance 吸光度モードにおいてのみ操作されます。%T モードでデ
ータを操作すると、吸光度に変換され、%T では新たに表示されます。
Figure.90-計算式入力画面例
Scan Maths/Assay Math 機能はスキャン/アッセイ結果と定数を使って、方程式を
作ることができます。操作するスキャン/アッセイはすべてと同じグループ内にまとめて
(Merge 機能)あらかじめ背景に立ち上げておきます。これらは Scan/Assay ボタンで
選択でき、タイトル一覧はダイアログボックスに表示されます。選択されたスキャン/ア
ッセイにはこれらの情報が表示されるボックスの下部に示されます。方程式は順に特
定されますので、テキストボックスをハイライトして内容を入力して保存できます。
スキャン操作機能は、異なるタイプのデータを並べることができます。異なる軸を用い
たスキャンまたはアッセイについては、データは最大公約数まで約分することが必要で
す(例えば 1nm とか最大公約期間など)。
2)Point(ポイント)
Point Maths 機能により、定数と特定の吸光度値を使って計算できます。例えば、
360nm における吸光度に 14 を掛けたことを示しています。この機能は特定のスキャン
における吸光度比を検出するために、また特定吸光度に入力したファクターを掛け合
わせて濃度を算出するために利用できます。このような計算式はテキストボックスをハ
イライトして内容を入力し保存できます。
Figure.91-計算式入力画面例
複数の点を操作し、もとのスキャン/アッセイデータとともに保存、プリントできます。各
操作時に Store Result を押し、Review Result で確認してください。プリント時には Print
を押すか、またはオプションを閉じて File>Print オプションを選んでください。核酸スキ
ャンでは(Abs260 x 50)および(Abs260 /280)が実測スキャンとともにプリントできま
す。
3.6.4 Peak Find(ピーク検索機能)
この機能は Peak Search のアルゴリズムを実行します。ピーク検索実行前に Default
Setting メニュー内の Search オプションで設定できます。これらのパラメータは機能を使
用するとロードされ保存されます。
Figure.92-ピーク検索設定画面
Peak Search ページは、ピーク領域パラメータをカスタマイズできます。この機能は、
Peaks(ピーク)、Troughs(谷)、Inflection Points(変曲点)の検索を設定できます。感度
値はそれぞれに定義できます。Peak Width(ピーク幅)も、広いピークと狭いピークを考
慮に入れるようにセットできます。さらに、補入されたピークの高さを計算するように設
定することもできます。
Figure.93-ピーク検索結果表示例
ピーク検索の結果は、Peak Find Results ビューに表示されます。ピーク検索の結果は、
同時に表示された異なるスキャンの中で一致するすべてのピークをリストまたは表にし
て表示できます。これらの結果は File>Print オプションでプリントできます。
3.6.5 Peak Area(ピーク領域機能)
この機能は Peak Area のアルゴリズムを Dropped Baseline または Sloping Baseline 方式
で実行します。
Figure.94-ピーク領域決定パラメータ
Peak Area コマンド内の Define Area オプションで Dropped Baseline から Sloping Base
Line を選択すると、ピーク領域をマウスで定義できます。スロープ感度で設定された開
始・終了点の間の領域を計算します。
Figure.95-ピーク領域検索結果例
ピーク領域検索の結果は、Peak Area Results ビューに表示されます。ここではピーク領
域と定義領域の開始・終了に波長が示されます。ピーク領域は%Area として定義する
こともできます。
3.6.6 Derivative(微分機能)
微分機能は、1 次、2 次、4 次微分を実行し、データをデリバティブビューに保存しま
す。
これらの機能は微分パラメータと結果をフォーマット、表示、印刷することもできます。
Figure.96-微分パラメータ選択画面
各アプリケーションでは微分ビューをカスタマイズできます。オプションとして、1 次、2
次、4 次微分および、もとのデータを強調する Enhanced があります。各微分グラフでは、
もとのデータの様に同じグラフに合うようにそれぞれスケールを調節します。その際もと
のデータは X 軸のゼロ値に合わせることもオプションで選べます(オートスケールを選
択するようお薦めします)。アプリケーションでピーク検索機能が使える場合は、それを
微分データに適用できます。
アプリケーションによっては、1 次微分のみが算出可能で、その場合関連したパラメー
タだけが利用できます。
微分グラフの両端が短く見える理由はアルゴリズムに必要なデータポイントの数による
ものです。その度合はたたみ込み(合成積)と感度設定により変化します。
3.6.7 Overlay(オーバーレイ機能)
オーバーレイ機能はオーバーレイビューとオーバーレイデータのスケール調節、表示、
管理を行います。これはオフセットの適用、グループとしてのデータ配列管理、そして
オーバーレイデータ、結果、パラメータの表示とプリントを含みます。
Figure.97-オーバーレイパラメータ設定画面
Figure.98-ページオフセット設定画面
Figure.99-機能選択画面
微分データとアプリケーションの結果を含むすべてのデータは1つのグラフにオーバ
ーレイできます。その内容は、View メニュー内の Display オプションで設定することが
できます。オーバーレイ機能にはスキャン/アッセイの追加・削除、個々のデータにオ
フセットを付加する等、追加機能と、データウィンドウにある全ての機能を備えています。
パラメータオプションは、スキャン/アッセイのリストを表示するダイアログを開き、そこ
からデータパラメータを選択できます。
3.6.8 Slope(スロープ機能)(Reaction Kinetics)
このグループの機能は、Reaction Kinetics でスロープを計算します。これにはスロープ、
インターセプト、スロープの標準偏差を計算する機能が含まれます。
メニューオプション:
Auto Region
この機能は、Kinetics Assay で自動的にスロープと結果を計算します。まずスロープの
開始と終了の時間を求め、直線回帰法を用いてこれら 2 点間の変曲点を計算します。
これは選択したアッセイ毎に実行します。
Define Region
この機能は、2 点間の直線回帰スロープを計算します。
2 つの点はマウスを用いて、目的の領域を選択したり、キーボードから値を入力しても
定義できます。
Display Results
この機能ではスロープ結果(Slope、Result、Quality)を複数アッセイの場合は表で、ス
ロープ一種の場合はそれのみを表示します。Full results では変曲点、開始終了時間
を含むすべての結果を詳しく表示します。
Figure.100-スロープ結果表示例
Figure.101-結果選択表示画面
注意:手動でスロープを描く場合にはまず領域を定義して枢軸点を求め、Mouse
Palette から Move を選び、2つの線が交差する点にカーソルを当てドラッグしてもう一
方の点を任意の位置まで移動します。
3.6.9 Slope(スロープ機能)(Quantification)
このグループの機能は Quantification アプリケーションでスロープを計算します。曲線
調整に関する詳細は付録に記してあります。
メニューオプション:
Spline
標準曲線上のすべてのデータポイントに最も適合する曲線を計算します。3 点以上の
データポイントが必要です。酵素免疫解析など、S 状曲線の実験結果に利用できま
す。
Linear Regression(直線回帰)
標準曲線上のデータポイントに最も適合する直線を最小 2 乗法(直線回帰)により計算
します。
Linear Interpolation(直線補入)
標準曲線上の連続したデータポイントを一群の直線で結合します。グロブリン型分析
など、双曲線の実験結果に利用できます。
Manual
マウスを動かして、手動で直線を引くことができます。
Force Zero
データポイントとして原点を含みます。Spline および Interpolation では曲線が原点を
通過しますが、最小 2 乗法で点として認識されている Linear Regression では必ずしも
通過するわけではありません。
4. WAVESCAN(波長スキャン)
4.1 はじめに
Wavelength Scanning アプリケーションは、分光光度計の操作パラメータの範囲内で
吸光度または透過率モードで単サンプルもしくは複数のサンプルの波長スキャンに使
用できます。スムージング(smoothing)、および 1 次、2 次、4 次微分を含む、幅広いポ
ストランデータ処理、さらにスペクトルのオーバーレイ(overlay)、加減乗除、定数をかけ
る(または定数を加える)ことができます。スキャンデータ上の 2 点の吸光度比を計算す
ることもできます。ピーク領域を決定し、オフセットスペクトルをオーバーレイすることも
できます。繰り返しスキャンができるので、簡単なカイネティクスの解析ができます。ス
ペクトルは市販の Multi Component Analysis ソフトウエアに出力するために適したフ
ォーマット( JCAMP* )で保存することができます。
*
JCAMP はスペクトルの共通化を目的とした、システムに依存せず幅広く利用
できるフォーマットで、世界中の多くの分析アプリケーションが JCAMP へのエ
クスポートに対応しています。各メーカーの異なるデータ/異機種間の共通圧縮
フォーマットとしての利用はもちろん、ASCII形式で変換すると、波数と縦軸強度
をもつテキストファイルに変換し、表計算ソフト等で自由に再グラフ化が可能で
す。
このアプリケーションでは、Common Menu Descriptions の章(3.3)に記述されているメ
ニューを使います。若干異なる部分は、データを直接操作する Post Run Menu オプシ
ョンです。 Post Run Menu では(下図)、ビューメニューによっては限定されますが、す
べての機能が利用できます。
Figure.102-Post Run Menu 例
4.2 Wavescan Parameters(波長スキャンパラメータ)
測定に必要なパラメータは、下記のように 4 ページに分割されています。これらのペー
ジでは、データ収集過程について様々な要素を説明します。Parameter Sheet を開ける
と、状況に応じてこれらのページがいくつか、またはすべてが表示されます。New を
選択すると、全 4 ページを順に見ることができます。
パラメータに連携したデータがある場合、そのパラメータは読み取り専用で、変更する
ことはできません。同様に、Parameter で lock 機能を使用すると、設定したメソッドを起
動、表示、実行できますが、パラメータを変更することはできません。
4.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
Figure.103-パラメータ設定画面
このページでは、スキャンパラメータを設定します。ここでは共通(Common) と 個別
(Individual )スキャンパラメータの 2 つのセクションに分けられています。共通スキャン
パラメータは、全体のために一度設定します。各スキャンごとには個別スキャンパラメ
ータを設定できます。
共通パラメータ:
Sample
測定するサンプル数を設定します。Sample n of N はスキャンを行う全サンプ
ル(N)中の N
番目のサンプルであることを示します。
Reference
リファレンスの測定法を設定します。リファレンスをとらない(None)、
一連のスキャン前に一度リファレンスをとる(Before First Scan)、リピート設定時各サン
プルのスキャン前にリファレンスをとる(Before Each Scan)の設定が行えます。
Filename(Data)
このオプションは、データに関する未使用のファイル名を作成しま
す。
Method このオプションでは Standard(スタンダード)か Repeat(リピート)かを設定しま
す。Repeat の場合はリピート(繰り返し測定の)回数とリピートスキャン間の間隔を設定
します。
Temperature
す。
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度の設定をしま
個別パラメータ:
Sample n of N
各スキャン用に個別にスキャンパラメータをセットできます。Details
ページ*と合わせて使用してください。
Start Wavelength
スキャンの開始波長を設定します。範囲は 190nm~です。
End Wavelength
スキャンの終了波長を設定します。範囲は ~1100nm です。
Step
データポイントの間隔を決定します。(0.1nm、0.2nm、0.5nm、1.0nm から選
択)。これは分光光度計の機種により異なります。
Scan Speed
スキャン速度を決定します。データポイント間の間隔ステップにより
異なります。データポイント間の間隔ステップは接続された分光光度計の機種により異
なります。下記の数値は Ultrospec 4000 使用時の表示でスキャン速度 6200nm/分ス
ペクトル時より詳しく分析するためにそれよりも低い速度を使います。
Step
Scan speed (nm/minute)
1.0 nm
6200 / 3500 / 2500
0.5 nm
3500 / 2200 / 1450
0.2 nm
3100 / 1550 / 700
0.1 nm
1550 / 880 / 450
*一度パラメータを設定した後、右上側のサンプル番号を変更することによって、個別
スキャンパラメータにアクセスできます。個別スキャンパラメータを変更して個々のスキ
ャンをカスタマイズできます。
4.2.2 Details Page(詳細ページ)
Figure.104-詳細設定画面
詳細ページでは、ユーザーパラメータを設定します。
Title
グラフに表示するタイトル
Operator オペレータ名
Comments
適用する備考
Filename
データのファイル名。これは自動的に作成されます。
Date
サンプルを測定した時刻と日付。
Sample
個別サンプルパラメータが見られます。
Update all Scan
全サンプルに共通の詳細が設定できます。
メソッドを実行すると、データと結果に対するファイル名が設定できます。これは、パラメ
ータページで設定したファイル名に測定した日時が付加されたものです。一度パラメ
ータを設定した後、右下のサンプル番号を変更することにより、個別スキャンパラメータ
にアクセスでき、変更して個々のスキャンをカスタマイズできます。
4.2.3 Display Page(表示ページ)
Figure.105-表示内容設定画面
この表示ページでは、スキャン中にどのようにスキャンデータを表示するかを設定しま
す。
Minimum Abs.
ランビューのための初期の最小吸光度を設定します。範囲は 0.0
〜3.0 です。
Maximum Abs.
ランビューのための初期の最大吸光度を設定します。範囲は 0.0
〜3.0 です。
Abs / %T mode
スキャン中の表示モードを設定します。
4.2.4 Run Options Page(ランオプションページ)
Figure.106-ランオプション設定画面
このページは測定が完了した後、自動的に実行する操作を設定します。
以下のオプションがあります。
Post Run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet データをスプレッドシート形式で保存します。
Print
データを Print オプションによって設定した形式でプリントします。
View
Individual Graphs スキャン測定毎に個々のグラフが作成されます。
Overlay graphs
集められたすべてのスキャンデータを重ねて表示しま
Spreadsheet
集められたすべてのデータを、一連のスプレッドシートビ
す。
ューに表示します。
Functions
Derivatives
各スキャンのデリバティブビューを自動的に 作成しま
Peak Find
デフォルト設定を使って、ピーク検索アルゴリズムが、各
す。
スキャンに適用されます。
Autoscale
作成されたビューを自動的にサイズ調節して適切な軸を
使ってスキャンを表示します。
Defaults Settings
Function 内のデフォルト値を設定するために使用しま
す。
4.3 Wavescan Display Options(表示オプション)
Figure.107-表示設定画面
Wavescan アプリケーションの View>Display の表示オプションではグラフ軸の設定およ
びグラフグリッド線の表示を選択します。さらにグラフ表示オプションを吸光度(Abs)か
透過率(%T)か選ぶこともできます。これらの操作では、データはそのままで、表示の
み変更されます。
Figure.108-表示画面オプション設定画面
アプリケーションに特有で、ON/OFF 選択ができるオプションは、Peak Find、および
Peak Area です。
Peak Find を選択すると、Peak をどの程度敏感に認識するかを設定することが可能で
す。また、各 Peak に番号をつけることができます。
Figure.109-Peak Find 詳細設定画面
各 Peak の数値データを出力できます。
Figure.110-Peak Find 結果例
各 Peak に番号をつけてグラフを出力できます。
Figure.111-表示グラフ例
Peak Area を選ぶと、Baseline の設定をして、面積を算出できます。
Figure.112-面積算出画面
各 Peak のデータ出力が可能です。
Figure.113-測定結果表示例
Peak の面積に色をつけて出力できます。色は、設定ができます。
Figure.114-表示グラフ加工例
4.4 Wavescan Data(波長スキャンデータ)
データは吸光度測定値と波長から構成され、多数のデータ配列で保存されます。実
測データをスプレッドシートビューで表示編集することはできますが、通常は、データビ
ューに表示されます。データの範囲の限定は無く、浮動小数点形式になっています。
データは小数点第 3 位まで、あるいは五文字表示のいずれかを選択できます。グラフ
は波長に対して Abs あるいは%T をプロットします。
4.5 Wavescan Run(波長測定)
選択された Method/Data に保存されているパラメータを使って、スキャンを実行しま
す。既存のデータファイルである場合は、メソッドを残してデータが削除されます。前述
どおり、メソッドはパラメータダイアログボックスに表示され変更が可能になります。これ
らのパラメータは、新規メソッドとして保存できます。
これで保存されたメソッドは実行できます。Methods は、2 つの測定モードのいずれか
で作動します。
4.5.1 Standard Mode(スタンダードモード)
まずサンプルをロードします。この場合は通常 1 つのリファレンスといくつかのサンプル
を順にセルチェンジャーに置いていきます。
必要に応じてリファレンスをスキャンします。これはグラフには表示されませんが、ステ
ータスディスプレイに表示されます。そしてスキャンはひとつずつ全てが完了するまで、
実行されます。リファレンスをサンプル測定の間に再び測定することもできます。
4.5.2 Repeat Mode(リピードモード)
まずサンプルをロードします。通常この場合はセルチェンジャーにリファレンスとサンプ
ルを 1 つずつ置きます。
必要に応じて、リファレンスをスキャンします。これはグラフには表示されませんが、ス
テータスディスプレイに表示されます。スキャンはひとつずつ全てが完了するまで、各
測定の間に時間をおいて実行されます。
4.5.3 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
シッパーを使用する場合、リファレンスおよびサンプルはそれぞれ 1 つずつロードしま
す。アプリケーションではダイアログボックスが表示されるので、シッパーボタンを押し、
サンプル/リファレンスをロードします。洗浄液をロードするオプションは、ブランク溶液
をロードし、次のサンプルに備えます。サンプル/リファレンス/洗浄液は新しいサン
プルをロードする前に戻す必要があります。
4.6 Wavescan Post Run Options(ポストランオプション)
スキャン終了後、ポストランオプションが使用できます。このオプションはプリントと保存
の前に、必要な機能を実行し、ビューを作成します。
Post Run オプションには Smoothing、Mathematics、Peak Find、Peak Area、Derivatives
があり、本マニュアルの第 3 章にて詳しく説明しています。
5. Reaction Kinetics(酵素カイネティクス)
5.1 はじめに
Reaction Kinetics は、吸光度の経時変化を測定することにより、酵素反応速度(酵素カ
イネティクス)を算出するアプリケーションです。1サンプルずつもしくは複数サンプルを
並行して測定することができます。エステラーゼのようにゆっくり作用する酵素もしくは、
ペルオキシダーゼや LDH のように非常に早く作用する酵素も、モニターできます。複
数の波長を同時に測定することもできます。
マルチポジションセルチェンジャーを用いて、室温または温度制御下において最大 8
つのサンプルを並行して解析できます。反応速度を算出するために、サンプルデータ
の最少二乗分析または、自動直線検索を行うことができます。結果の解析するために、
複数の結果の加減乗除、比較のためのオーバーレイ、反応速度の一次関数を得るこ
ともできます。酵素活性は、反応曲線のスロープを変換するために適当なファクターと
単位を入力して、自動的に計算できます。Lineweaver Burke、Hanes Woolf、Eadie
Hofstee 計算式を使って、Vmax、Km、Kcat そして Hill 係数が求められます。データ
はその他の解析ソフトで使用するためにスプレッドシートで出力することもできます。
View 内にある Michaelis Menten Plot は測定結果についてスロープおよび濃度データ
を表示させることができます。
5.2 Reaction Kinetics Parameters( 酵素カイネティクスパラメータ)
5.2.1 New(新規)
測定に必要な設定項目は、Parameters、Details、Display、Run Options の 4 ページに
分割されています。New を選択すると、4 ページすべてが表示されます。Parameters に
連携したデータがある場合、その項目はグレーに反転し読み取り専用となり、変更する
ことはできません。また、lock 機能を使用すると、設定したメソッドを起動、表示、実行
できますが、内容の変更をすることはできません。設定完了後は Save を押すことにより、
User Method として保存ができ、Method ですばやく呼び出せるようになります。
5.2.1.1 Parameters Page(パラメータページ)
このページでは、アッセイパラメータの設定をします。
②
①
③
④
Figure. 115 – パラメータ設定画面
①Method
―Serial Mode
1 サンプルずつアッセイが測定されます。測定時間が短い場合や lag phase がな
い(直ちに反応が開始する)場合に通常使います。マルチポジションセルチェン
ジャーを使用しているときは、常に同じ位置で測定します。アッセイ開始前にリ
ファレンス測定をすることができます。アッセイは設定間隔で設定時間行いま
す。
サンプル添加のために(マルチポイントカイネティクス)アッセイは必要に応じて
任意で停止、再開することができます。この一時停止は算出されたスロープ数
に加算されます。
No. of Assays
測定サンプル数を設定します。
Wavelength
アッセイ時の波長を設定します。
なお、シッパーを使用する場合は、このシリアルモードしか使用できません。
―Parallel Mode
複数サンプルを並行して測定します。反応速度もしくは速度の傾きが一定の場
合、使いやすいモードです。基質の添加、混合の時間が厳密でなくてもよい場
合お勧めします。各アッセイの開始前にリファレンス測定することができます。こ
のモードでは、マルチポイントカイネティクスを行うことはできません。
No. of Assays
測定サンプル数を設定します。
Wavelength
アッセイ時の波長を設定します。
―Synchronised
複数サンプルを並行、同調して測定します。シンクロ時間を設定することにより、
測定を同調させることができます。各アッセイをアッセイ時間が長い場合、特に
lag phase があるパラレルアッセイに使用します。各々の吸光度測定の間隔時間
は Parallel Mode での測定より長くなります。
No. of Assays
測定サンプル数を設定します。
Wavelength
アッセイ時の波長を設定します。
Figure.116-シンクロ設定画面
―Multi wave
サンプルひとつにつき、複数の波長における測定を同時にできます。各々の吸
光度測定の間隔時間はそのため長くなります。
No. of Wavelength 測定する波長の数を設定します。
Wavelengths
アッセイ時の波長を設定します。No. of Wavelength で設
定した数に従いひとつずつ波長を設定します。
Figure.117-Multi wave 設定画面
②Assay Parameters
Time Units 時間単位を設定します。
Lag Time
アッセイ開始前の間隔または時間を示します。Synchronised が設
定されている場合は、同時進行時間×サンプル数より大きくなるはずです。
Duration
アッセイにかかる時間を示します。範囲は時間単位により異なりま
Period
データをとる間隔です。Synchronised が設定されている場合は、こ
す。
の間隔時間は同時進行時間×サンプル数より大きくなるはずです。最小間隔は全て
の波長を読み取るための時間を考慮に入れます(初期設定は 15 秒)
③Reference
Set Reference
リファレンスを適用するかを設定します。Serial モードの
Repeat Reference では各アッセイ前にリファレンスが測定されます。
Run Reference
Parallel モード、Synchronised モードで、リアルタイムでリ
ファレンス測定値をサンプル測定値から差し引くことができます。
④その他
Temparature
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度の設
定をします。
Filename(Data)
保存するファイル名を入力します。
5.2.1.2 Details Page(詳細ページ)
このページではユーザーパラメータを設定します。この項目は初期設定のままで、特
に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Parameters の Method で設定した No. of Assays もしくは No. of Wavelength の数に応じ
て右下の Assays の数を変更することにより、個々の項目をアッセイごとに別々に設定
することができます。Update all assays をチェックすると、すべて共通の設定ができま
す。
Figure.118-詳細設定画面
Title
グラフに表示するタイトル
Operator
オペレータ名
Comments コメント
Factor
算出したスロープに適用するファクター
Concentration
基質濃度をあらかじめ入力しておくと、測定データととも
に保存され、ミカエリス-メンテン式に適用します(値は 0.001〜10,000)。1 アッセ
イもしくは 1 波長につき、1 サンプルを設定できます。
Units
濃度の単位を設定します。
Assay No.
Parameters で設定した Assay No.の数に従い、個々のアッセイにつ
いて Details の設定をします。
Filename
Parameters で設定したファイル名。1 アッセイごとにサンプルを測定
した時刻と日付がついた名前が自動的に作成されます。
Update all assays
Parameters で設定した Assay No.にかかわらず、共通項
目として Details の設定ができます。
5.2.1.3 Display Page(表示ページ)
このページでは、測定中にどのようにアッセイ状況を表示するかを設定します。この項
目は初期設定のままで、特に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Figure. 119-表示画面設定画面
Default time units 時間単位を設定します。
Minimum Abs.
結果の初期表示の最小吸光度を設定します。範囲は 0.0
~3.0 です。
Maximum Abs.
結果の初期表示の最大吸光度を設定します。範囲は 0.0
~3.0 です
5.2.1.4 Run Options Page(ランオプションページ)
このページは測定が完了した後、自動的に実行する操作を設定します。この項目は初
期設定のままで、特に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Figure. 120-ランオプション設定画面
以下のオプションがあります。
Post Run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet
Print
データをスプレッドシート形式で保存します。
データを Print Option によって設定された形式でプリントします。
Print Option プリントアウトするデータを選択します。インデックス、グラフ、スプレ
ッドシート、Michalis Menten 機能のプリントアウトをそれぞれカスタマイズできます。各
レポートは Add や Remove ボタンを使って任意の順序に変えることができます。
Configure ボタンはプリントアウト内容をさらにカスタマイズするオプションを呼び出しま
す。ここで設定した内容は File>Print preview で確認できます。
Figure.121-プリントオプション設定画面
View
Individual Graphs
アッセイ毎に個々のグラフが作成されます。
Overlay graphs
集められたすべてのアッセイ結果を重ねて表示します。
Spreadsheet 集められたすべてのデータを一連のスプレッドシートビューに表示
します。
Function
Derivatives 各アッセイのデリバティブビューを自動的に作成します。
Auto Slopes 最も急な領域のスロープを自動的に算出し、表示します。
Auto Scale 作成されたビューを自動的にサイズ調節して適当な軸を使ってア
ッセイを表示します。
Define Slope Region スロープを算出する領域をあらかじめアッセイ開始前に
設定します。
Defaults Function 内のデフォルト値を設定するために使用します。
5.2.2 File (ファイル)
File 内のオプションについて説明します。
New
新しい Method を作成し、そしてデフォルト値をセットします。あればデフォル
トメソッドがロードされますが、なければ設定したデフォルトが使用されます。デフォルト
メソッドのパラメータを変更するには"Default.**M"ファイルに新しい値を入れて上書き
保存してください。プログラムは、パラメータダイアログボックスを自動的に開きます。こ
のオプションはツールバーから利用できます。
Open
選択したディレクトリ中のファイルを開きます。アプリケーションによって異な
るデータタイプがロードされます。
Close
このオプションは、選択しているビューを閉じます。
Save, Save As
これらのオプションはデータをファイルに保存します。正確な操作
は 現 行 の 状 況 に よ り 異 な る の で 、 Method File 、 Data File 、 Standard File ま た は
Spreadsheet File のいずれかに保存されます。
Export
スプレッドシートでの読解に適したフォーマットでデータを保存します。
Set-up
このオプションはアプリケーションのさまざまな設定をするためのタブ付きダイ
アログボックスを表示します。
Print
こ の オ プ シ ョ ン は レ ポ ー ト を 印 刷 し ま す 。 Index 、 Graph 、 Spreadsheet 、
Michaelis Menten の各レポートについて印刷が可能です。内容は、 File>Set-up>Print
Options ページで設定が可能です。
Print Preview
指定したプリントフォーマットのプリントプレビューを PC 画面に表示
します。Set-up>Print Options ページでフォーマットを調整できます。
Print Set-up
プリンターを設定するために、Common Print Dialogue 機能を作動
します。
Exit
アプリケーションを終了します。
5.3 Method(メソッド)
Method 内のオプションについて説明します。すでに Parameters の設定が済み、これ
から測定するとき、Default で測定するとき、各メソッドを呼び出すときに使用します。
Default ソフトウエアに予め設定されているメソッドで選択すると迅速にロードされま
す。
User Method
ユーザーによって作成されたメソッドが、速くロードできます。最大
9 個のメソッドを設定できます。
Define Method
この機能では、ユーザー設定したメソッドを追加することができます。
"Add"を押し、ダイアログボックスから必要なメソッドを選びます。メソッド名はテキスト上
でダブルクリックして変更できます。メソッドと名前をハイライトして Remove を押すと
User Method から削除されます。
Default Settings
表示範囲の設定、表示形式の設定、一次微分の作成等の post
run オプションを再設定できます。
Method ( Michaelis Menten View を使用している時に表示されます )
デ ィ ス
プレイモードを Michaelis Menten、Lineweaver Burke、Hanes Woolf または Eadie
Hofstee から 1 つ選択できます。この方法は、全ての Data Set に適用できます。
5.4. Reaction Kinetics Run(実行)
5.4.1Run(実行)
Run
現行のメソッドを実行します。
Default
Standard スタンダードと呼ばれるメソッドをロードし、実行します。メソッドが見
つからない時は、代わりにデフォルト値を使って新しいメソッドを作成し、実行します。
Method 現行のメソッドを実行します。また、必要な場合メソッドをロードして実行しま
す。
5.4.2 Run time Menu(ランタイムメニュー)
実行中に表示されるメニューについて説明します。
Abort
測定を中止します。表示されるダイアログボックスで、現行のデータを保存/
破棄を選択できます。使用中のアプリケーションや接続されている分光光度計によっ
ては、すぐに中止が実行されないこともあります。
Display Hide / Show
Run display ステータスボックスを表示(Show)または非表
示(Hide)します。
Scale
データに Full Scale か Auto Scale 機能を適用し、新しいスケールで再びグ
ラフを表示します。
Pause / Start
Reaction Kinetics にのみ適用できます。マルチポイントカイネティク
スが実行できるように、アッセイを一時停止/再始動します。
Next
Reaction Kinetics のシリアルカイネティクスモードにのみ適用できます。現行
のアッセイを終了しリストの次アッセイを開始します。
5.4.3 Run View(ランビュー)
このビューは測定中にのみ表示される特別なビューで、集められたデータを表示しま
す。このビューは、測定中、アプリケーションウィンドウ大に拡大されます。
Figure.122-Run 画面例
ビューには、現在の分光光度計の状態を表示するステータスバーがあり、集められた
結果を表示するコントロールバーをオプションで表示することもできます。
5.5 Edit (編集)
Edit 内のオプションについて説明します。表示している View により、内容が異なりま
す。
Index View
データセットからデータを削除します。データに関係しているビュ
Clear
ーはいずれも閉じられます。
Merge assays 別グループ(別実験)のデータを 1 つのファイルにまとめます。この
作業は View 内の Overlay 機能を使用する前に行ってください。Group ダイアログボッ
クスをクリックして Merge を起動してください。
Copy
クリップ・ボードに選択したアイテムをコピーします。
Paste
グループにクリップ・ボード内のデータアイテムをペーストします。
Cut クリップ・ボードに選択したアイテムをコピーし、グループから削除します。
Graph View
Clear データセットからデータを削除します。データに関係しているビューはいずれ
も閉じられます。
Copy Graph
ビットマップとしてクリップ・ボードにビューをコピーします。
Copy data
クリップ・ボードに選択したアイテムをコピーします。
Label(Add、Edit、Move) データビューにラベルを付加、編集、または移動します。
このオプションはパレットから利用できます。
Spreadsheet View
Edit
スプレッドシートビューをディスプレイ/編集モードに切り替えます。データ
が読み取り専用の場合、この機能は使えません。
Clear データセットからデータを削除します。データに関係しているビューはいずれ
も閉じられます。
Copy クリップ・ボード(内部のクリップ・ボード)に選択したアイテムをコピーします。
Michaelis Menten View
Data Points
ミカエリス・メンテンデータポイントの編集をします。データペアの付
加と削除、そしてデータペア値の変更が含まれます。全てのデータセットからの全ての
データペアの呼び出しが可能です。
Copy Graph
ビットマップとしてクリップ・ボードにビューをコピーします。
Label(Add、Edit、Move) データビューにラベルを付加、編集、または移動します。
このオプションはパレットから利用できます。
5.6 Reaction Kinetics Display Options(表示オプション)
5.6.1View
View 内のオプションについて説明します。表示している View により、内容が異なりま
す。
Parameters
Graph
現行データのパラメータを表示します。
現行データの他の データビューを表示します。このオプションは、ツールバ
ーから利用できます。
Results
結果を表にして表示します。
Spreadsheet
現行データのスプレッドシートを表示します。すでに開いている場
合は、最前面に表示されます。このオプションはツールバーから利用できます。
Overlay オーバーレイビューを表示します。現行データを自動的にロードします。
別々のグループ(実験)のデータの場合は Edit>Merge であらかじめひとつにまとめてく
ださい。
Michaelis Menten Plot
Michaelis Menten Plot の設定をします。詳しくは 5.8
Michaelis Menten 表示オプションの利用で説明します。
Display Set-up ダイアログのディスプレイページを開きます。選択されたビューオプシ
ョンのみ変更できます。このオプションでは、スケールの設定、Grid(グリッド)の On/Off
などの設定をすることができます。これらの操作では、データはそのままで表示のみ変
更されます。
Figure. 123 – 画面表示設定画面
アプリケーションに応じて、ON/OFF 選択ができるオプションは以下のとおり
です。
Derivative 微分データ
Slope Lines 傾き
Multi Point Breaks
多点表示
Offset Axis Lines
軸の補正
Scale(Auto、Full、Region、Zoom)
適切なスケーリング機能を適用します。Zoom
はズームエリアをマウスで指定する必要がありますが、Auto、Full、そして Region はそ
のまま適用されます。
Unscale Zoom と Scale オプションを回復します。
Toolbar ツールバーの表示/非表示を選択します。
Status Bar
ステータスバーの表示/非表示を選択します。
Mouse Palette
マウスパレットの表示/非表示を選択します。
5.6.2Results (Michaelis Menten View)
結果を表示します。次の 3 つの形式で結果を表にします。1 つのメソッドで複数のデー
タセットを比較、3 つのメソッドで 1 つのデータセットを比較、現行の方法を使って 1 つ
のデータセットを詳細に表示。これら 3 つの方法はタブ付きダイアログボックスで表示さ
れるため、3 つの形式間の切り換えが簡単です。
5.7 Reaction Kinetics Post Run Options(ポストランオプション)
スキャン終了後、ポストランオプションが使用できます。このオプションはプリントと保存
の前に、必要な機能を実行し、ビューを作成します。Post Run オプションには Slope、
Mathematics、Derivative および Trace があります。
5.7.1 Slope(スロープ機能)(Reaction Kinetics)
このグループの機能は、Reaction Kinetics でスロープを計算します。これにはスロープ、
インターセプト、スロープの標準偏差を計算する機能が含まれます。
Auto Region
この機能は、Kinetics Assay で自動的にスロープと結果を計算しま
す。まずスロープの開始と終了の時間を求め、直線回帰法を用いてこれら 2 点間の変
曲点を計算します。これは選択したアッセイ毎に実行します。
Define Region
この機能は、2 点間の直線回帰スロープを計算します。2 つの点は
マウスを用いて、目的の領域を選択もしくは、キーボードから値を入力して定義できま
す。
Display Results
この機能ではスロープ結果(Slope、Result、Quality)を複数アッセ
イの場合は表で、スロープ一種の場合はそれのみを表示します。Full results では変曲
点、開始終了時間を含むすべての結果を詳しく表示します。
Figure.124-SlopeResult 例
Figure.125-単一データ表示例
注意:手動でスロープを描く場合にはまず領域を定義して枢軸点を求め、Mouse
Palette から Move を選び、2つの線が交差する点にカーソルを当てドラッグしてもう一
方の点を任意の位置まで移動します。
5.7.2 Mathematics(計算機能)
計算機能は、Assay と Point の 2 つのオプションから構成されており、アッセイデータを
操作します。
Assay
結果は他のアッセイ結果と加減乗除でき、別のアッセイ領域内に保存された
新しい結果と共に記録できます。
Figure.126-計算式入力画面
Assay Math 機能はアッセイ結果と定数を使って、方程式を作ることができます。操作
するアッセイはすべてと同じグループ内にまとめて(Merge 機能)あらかじめ背景に立
ち上げておきます。これらは Assay ボタンで選択でき、タイトル一覧はダイアログボック
スに表示されます。選択されたアッセイにはこれらの情報が表示されるボックスの下部
に示されます。方程式は順に特定されますので、テキストボックスをハイライトして内容
を入力して保存できます。
Point
Point Maths 機能により、定数と特定の吸光度値を使って計算できます。例え
ば、360nm における吸光度に 14 を掛けたことを示しています。この機能は特定のスキ
ャンにおける吸光度比を検出するために、また特定吸光度に入力したファクターを掛
け合わせて濃度を算出するために利用できます。このような計算式はテキストボックス
をハイライトして内容を入力し保存できます。
Figure.127-計算式入力画面
複数の点を操作し、もとのアッセイデータとともに保存、プリントできます。各操作時に
Store Result を押し、Review Result で確認してください。プリント時には Print を押すか、
またはオプションを閉じて File>Print オプションを選んでください。
5.7.3 Derivative(微分機能)
微分機能は、1 次微分を実行し、データをデリバティブビューに保存します。これらの
機能は微分パラメータと結果をフォーマット、表示、印刷することもできます。
Figure.128-微分パラメータ設定画面
各アプリケーションでは微分ビューをカスタマイズできます。1 次微分の算出が可能で
す。微分グラフの両端が短く見える理由はアルゴリズムに必要なデータポイントの数に
よるものです。その度合はたたみ込み(合成積)と感度設定により変化します。
5.7.4 Trace
データ上でマウスをロックし、細十字線のポイントを移動してデータ値を確認できます。
データ値は SWIFT アプリケーションウィンドウの左下に表示されます。
5.8 Michaelis Menten 表示オプションの利用
View > Michaelis Menten Plot のウィンドウでは、一組の分析に対して Michaelis
Menten のデータ処理を行った結果を表示できます。Michaelis Menten のデータ配列
を作成するには、まず、適切な分析をデータファイルとして読み込み、勾配を最適化し
ておきます(オリジナルのパラメータを適切な因数で換算し、勾配が有意な単位になる
ようにします)。
Edit > Data Points > Add Set を選択し、ファイル名および分析名を勾配、濃度の
値とともに設定します。これらは別々に選択することも、一度に選択することもできます。
それぞれのファイル名に対して一連のデータ入力欄が表示され、パラメータ設定時
( Parameters > Details )に基質の濃度が入力されていなかった場合は、ここで入力
できます。完了すると、値が表示されます。
OK ボタンを押すと、[S](基質濃度)に対する V(反応速度)のプロット、すなわち
Michaelis Menten プロットが表示されます。
Figure.129-データ確認、操作画面
Figure.130-グラフ表示例
5.8.1 Michaelis Menten View(ミカエリス・メンテンビュー)
このビューは、測定されたアッセイデータから作成されます。
・データポイントはカイネティックス解析の濃度とスロープから成ります。
・データセットは、スロープとインターセプトを得るために分析された複数のデータポイ
ントから成ります。
このビューは少なくともひとつあるいはそれ以上のデータセットのプロットにより構成さ
れており、さらに結果を得るために使用されるスロープ、インターセプトも含みます。グ
ラフは Michaelis Menten、Lineweaver Burke、Hanes Woolf、Eadie Hofstee の 4 種類か
ら選択して表示することができます。
ビューは複数のデータセットを表示できるので、ミカエリスメンテンプロットを相互比較し
た( Overlaid )結果を表にすることができます。
Figure.131-メニュー
5.8.2 Viewing results(結果表示)
View > Results > Selected を選ぶと、対象となっているメソッドについて、勾配、切
片、Km、Vmax、直線性、Hill 係数が表示されます。Eo すなわち酵素の濃度の値を入
力すると、Kcat(Vmax/Eo)が求められ、Kcat/Km すなわち特異定数が表示されます。
これは、Eo の値を入力した後で結果欄をクリックすると表示できます。
Figure.132-測定結果表示例
Figure. 133 - Michaelis Menten 結果- All(全体表示)
View>Results>All を選ぶと、Lineweaver Burke、Eadie Hofstee、Hanes Woolf の各
プロット結果が表示され、比較することができます。
5.8.3 Overlaying results(オーバーレイ)
異なるレベルの酵素阻害剤を使って行った実験に対して Lineweaver Burke 分析のオ
ーバーレイを行うと、発生している阻害のタイプについての情報が得られます。これは、
現在表示されている Michaelis Menten プロットの上に、データポイントのセットを新たに
入力することによって可能です。
5.9 Window(ウィンドウ)
Tile
ディスプレイ上で見える全てのビューを並べて、メインウィンドウに全て表示し
ます。
Cascade 全てのビューを順に重ねて表示します。
Arrange Icons
View
メインウィンドウの下部に全てのアイコンを並べます。
特定のビューを選択し、それを前面に置き、必要に応じて拡大します。
5.10 Help(ヘルプ)
Using Help
ヘルプ機能の使い方を説明します。
Index
ヘルプ機能のインデックスを表示します。
About
製作者の情報を表示します。
6. TIME DRIVE(タイムドライブ)
6.1 はじめに
Time Drive アプリケーションは吸光度の変化をリアルタイムにオンラインモニタリングす
るために使用されます。クロマトグラフィーカラム、発酵器、細胞培養液、生産プロセス
(最長 100 日)などで、必要に応じていくつかの波長を同時にモニターできます。
このアプリケーションでは Common Menu Descriptions の章(3.3)に記述されているメニ
ューを使用します。若干異なる部分は、直接データを操作する Post Run Menu オプシ
ョンです(右図)。ビューメニューによって限定されますが、すべての機能が利用できま
す。
Figure.134-Post Run メニュー
6.2 Time Drive Parameters(タイムドライブパラメータ)
パラメータの設定は、4 ページに分割されています。Parameter sheet を開けると、状況
に応じてこれらのページがいくつかまたはすべてが表示されます。新規作成(New)を
クリックすると、設定画面が開きます。
Figure.135-File 選択画面
Figure.136-パラメータ入力画面
測定結果がある場合(データを Open した場合)、パラメータは確認専用で、設定内容
の確認は可能ですが、変更することはできません。
Figure.137-パラメータ確認画面
同様に、Parameter で lock 機能を使用すると、設定したメソッドを起動、表示、実行でき
ますが、パラメータを変更することはできません。
6.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
Figure.138-パラメータ入力画面
このページでは、アッセイパラメータを設定します。
Time Units
時間単位を設定します。
Lag Time アッセイ開始前の間隔または時間を示します。
Duration アッセイの開始から終了までの時間で、範囲は時間単位により異なります。
Period
データをとる間隔です。
Wavelength(s)
アッセイ時の波長を設定します。例えば 3 波長で行う場合、n of N
の N を 3 に設定し、1、2、3 の波長をそれぞれ入力してください。
Filename(Data)
データを保存するファイル名を作成します。
Temperature
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度の設定をしま
す。
Reference
リファレンス測定の適用形態を設定します。
None(測定しない)、Blank を使用して測定する、測定開始時のサンプルを使用する、
およびラグタイム終了時の測定データを使用するから選択します。
6.2.2 Details Page(詳細ページ)
Figure.139-詳細入力画面
このページではユーザー情報を設定します。(必須ではありません。)
Title
グラフに表示するタイトル
Operator オペレータ名
Comments
Assay
適用する備考
個々のパラメータを見ることができます。
Filename ファイル名。パラメータ画面で設定・入力したファイル名に時刻と日
付が自動的に付加された名称が作成されます。
Enabled
チェックが入っている場合だけ、上記設定が可能になり
ます。
Update all assays
チェックすると、全サンプルに共通の詳細が設定できま
す。
パラメータ設定画面で入力した Assay 数だけ、Assay の番号が表示できます。サンプ
ル番号を変更することにより、個別情報を変更し、各アッセイをカスタマイズすることが
できます。Update all assays にチェックが入っている場合はすべて共通なので各アッセ
イの情報は変更できなくなります。
6.2.3 Display Page(表示ページ)
Figure.140-表示設定画面
このページは、測定中の表示方法を設定します。
Default time units 初期時間単位を設定します。
Minimum Abs.
ランビューのための初期の最小吸光度を設定します。範
囲は 0.0〜3.0 です。
Maximum Abs.
ランビューのための初期の最大吸光度を設定します。範
囲は 0.0〜3.0 です。
Incremental Save
自動的にデータを保存します。保存期間を設定すること
ができます。
Initial axis duration データが蓄積されるごとに軸が拡大するように、X 軸を自
動的に調節します。
6.2.4 Run Option Page(ランオプションページ)
Figure.141-ランオプション設定画面
このページは測定が完了した後、自動的に実行する操作を設定します。ここで設定し
ていなくても、必要な情報や、データは測定後の Post Run で設定・確認・印刷等行え
ます。
以下のオプションがあります。
Post Run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet データをスプレッドシート形式で保存します。
Print
データを Print オプションによって設定された形式でプリントしま
す。
View
Individual Graphs アッセイ毎に個々のグラフが作成されます。
Overlay graphs
集められたすべてのアッセイ結果を重ねて表示します。
Spreadsheet
集められたすべてのデータを一連のスプレッドシートビュ
ーに表示します。
Function
Derivative
各アッセイのデリバティブビューを自動的に作成します。
Peak Find
ピーク検索アルゴリズムが、初期設定パラメータを使って
適用されます。
Auto Scale
使ってアッセイを表
作成されたビューを自動的にサイズ調節して適当な軸を
示します。
Defaults Function 内のデフォルト値を設定するために使用します。
6.3 Time Drive Display Options(測定後の表示オプション)
Figure.142-View 選択画面
View>Details の表示オプションではグラフ軸の設定およびグラフグリッド線の表示を選
択できます。さらに時間軸形式の変更も行えます。これらの操作では、データはそのま
まで表示のみ変更されます。
Figure.143-表示オプション設定画面
Figure.144-グラフ表示例
Grid を None から Solid に変更した場合、下図のように変更されます。
Figure.145-グラフ操作例
さらに Option タブでは、アプリケーションに特有な、Derivative、Peak Find、Peak Area
および Offset Axis Lines の選択、変更が可能です。
Figure.146-表示オプション選択画面
6.4 Time Drive Data(タイムドライブデータ)
データは 吸光度測定値と時間から構成され、多数のデータ配列で保存されます。実
測データをスプレッドシートビューで表示、編集できますが、通常はグラフ表示されま
す。
Figure.147-View 選択画面
Figure.148-データ表示例
6.5 Time Drive Run(タイムドライブ測定)
選択した Method/Data に保存されているパラメータを使って測定します。既存のデー
タファイルである場合は、メソッドを残してデータが削除されます。メソッドはパラメータ
ダイアログボックスに表示され、変更が可能になります。これらのパラメータは、新規メ
ソッドとして保存できます。
Figure.149-測定時画面表示例
測定中は上記のような画面になり、次の測定までの時間や終了までの時間、および各
ポイントでの吸光度が表示されます。また Abort が表示され、測定を停止したい場合選
択できるようになります。
6.5.1 Single Sample Mode(シングルサンプルモード)
このモードでは 1 つの同じサンプルに複数のアッセイを実行します。測定間隔がすべ
てのデータを集めるために十分な時間である場合、各アッセイにはそれぞれの異なっ
た Wavelength、lag time、duration、period を使うことができます。パラメータ設定画面で、
必要な内容を入力します。
Figure.150-パラメータ設定画面例
Figure.151-パラメータ設定画面例(2)
6.5.2 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
シッパーを利用する場合、シングルサンプルアッセイのみが適用できます。
6.6 Time Drive Post Run Options(ポストランオプション)
スキャン終了後、ポストランオプションが使用できます。
Post Run オプションには測定内容により Mathematics、Peak Find、Peak Area、
Derivative および Trace が選択できるようになります。
Figure.152-Post Run(Math)
Figure.153-Post Run(Peak Find)
Figure.154-Post Run(Peak Area)
7. Quantification(定量)
7.1 はじめに
Quantification(定量)は、既知濃度と比較することで未知の濃度を測定する機能で
す。
このアプリケーションは 3 つのモードで作動します。
Factor
サンプルの濃度をその吸光度から既知のファクターを使って計算します。
Standard Curve
既知濃度の一連の Standard(標準)吸光度値をグラフ化し、Sample
(サンプル)濃度を算出します。例えば、ブラッドフォード法を用いたタンパク質量決定、
廃液中の金属錯体や塩、および殺菌剤の検出などがあげられます。
Substrate Concentration
既知濃度の一連の Standard 吸光度値における一定時間
内の変化をグラフ化し、Sample 濃度を算出します。このような酵素を利用した基質濃
度分析は、食品業界では構成物質定量(でんぷん、エタノール、糖分、乳酸など)用
に、また、一般試薬キットを用いた臨床化学解析(凝固因子、コレステロール、ぶどう糖、
クレアチン、尿素など)用にルーチン的に利用されます。
このプログラムはこの分析のために任意で設定したアッセイ時間の開始・終了時に吸
光度を測定することにより至適化されています。(アッセイ時間は酵素反応の直線領域
内に設定します)。
既存のデータは File>Find で検索、ロードすることができます。新規サンプルデータは
これら既存データに付加することで、品質管理等でのファイリング作業を簡略化できま
す。
この定量分析では、Standard は 20 個まで、Sample は 500 個まで測定できます。曲線
調節オプションとして linear regression、liner interpolation、spline および manual の 4
種類が利用できます。
多サンプルを測定するためにセル 2 つで反応する場合、各サンプルについて異なるリ
ファレンスの測定を行う必要がある場合には、マルチセルチェンジャーを 2 連セルチェ
ンジャーとして設定し、それぞれの測定結果を 1 つの表にまとめる機能を利用すること
ができます。
7.2 Quantification Parameters(定量パラメータ)
測定は Standards および Samples の 2 段階で行われます。Samples では、対応する
Standards データがある場合または Factor モードの場合にのみ測定できます。Standard
Parameters を設定後 Run>Standards で Standard Curve が表示されます。それに対応す
るサンプルは Run>Samples で測定します。この時点で Sample Parameters が表示され
ます。
Standard の測定に必要なパラメータ設定は、3 ページに分割されています。これらのペ
ージでは、データ収集過程の様々な要素を説明しています。Parameter Sheet を開ける
と、状況に応じてこれらのページのいくつか、またはすべてのページが表示されます。
パラメータに連携したデータがある場合、そのパラメータは読み取り専用で、変更する
ことはできません。同様に、Parameter で lock 機能を使用するとメソッドを起動、表示、
実行できますが、パラメータを変更することはできません。
7.2.1 Standards Parameters and Details Page(スタンダードパラメータと詳細)
Figure.155-パラメータ設定画面
詳細事項を設定します:
Title
グラフに表示するタイトル
Operator オペレータ名
Comments
適用する備考
Filename データのファイル名。これはサンプルを測定した時間と日付同様
自動的に作成されます。
パラメータを設定します:
Wavelength
データ収集時の波長
Temperature
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度を選
択します。
Method Substrate Concentration、Standard Curve または Factor から選択し
ます。選択するメソッドによりパラメータが異なります。
Substrate Concentration 設定時にのみ対応するパラメータです:
Assay Lag Time
測定の開始時間を設定します。
Assay Duration
次測定の開始時間を設定します。
Method 平行して(parallel)アッセイを行うか設定します。
Factor 設定時にのみ対応するパラメータです:
Factor
測定吸光度値に適用するファクターを設定します。
注意:Factor モードが選択されている場合に Standard ページは作動しません。
7.2.2 Standards Concentrations Page(スタンダード濃度)
Figure.156-スタンダード濃度入力画面
Standard ページではスタンダードのサンプルの数およびそれぞれの濃度を入力します。
Edit、Remove ボタンで初期設定を変更し、Add ボタンでスタンダードを追加してくださ
い。各スタンダードの濃度はダイアログボックスに表示されます。
Concentration
Units
入力したスタンダードとその濃度を一覧表示します。
データに適用する単位
Standard Replicates 各濃度において測定されるスタンダードの数
7.2.3 Run Options Page(ランオプションページ)
このページは測定中および完了後、次に実行する操作を設定します。
Figure.157-ランオプション設定画面
オプションは以下のとおりです:
Post run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet データをスプレッドシート形式で保存します。
Print
データを Print のオプションによって設定された形式でプリントしま
す。
Sample handling
Repeat reference
各サンプル測定(または繰り返し測定)前にリファレンスを
測定します。セル位置 1 に入れてください。
リファレンスを繰り返し測定しない場合(Repeat reference が OFF の場合)は、必要なリ
ファレンスは 1 つです。
Samples 使用するセル位置の数を定義します。セルチェンジャーは n 個の
セル位置にあるサンプルのみを読み取るように設定されます(セルの数が限られてい
る場合に便利です)。Substrate Concentration には適用できません。シングルセルフォ
ルダ使用の場合(シッパーを利用する場合など)ここで入力するセル位置数は無効に
なります。
リファレンスを繰り返し測定する場合(Repeat reference が ON の場合)は、各サンプル
測定(または繰り返し測定の各グループ)用にリファレンスが必要です。マルチポジショ
ンセルチェンジャー使用の場合はリファレンスをセル位置 1 に設置してください。
Samples 各リファレンスについて使用するサンプル繰り返し測定数(繰り返し
測定するリファレンス含む)を設定します。2 回繰り返して測定する場合には「3」と入力
します。セルチェンジャーはここで入力されたセル位置数のみ読み取りをします(セル
の数が限られている場合に便利です)。Substrate Concentration には適用できません。
7.3 Quantification Display Options(表示オプション)
Quantification アプリケーションの View>Display の表示オプションでは、あらかじめ
View>Graph または View>Results モードが選択されている場合によりその内容が異な
ります。
View>Graph 表示オプションではグラフグリッド線の表示を選択します。さらに、繰り返
し測定値および Standards と Samples の平均値の表示を設定します。
Figure.158-グラフオプション設定画面
View>Results 表示オプションでは、結果を表または行で表示するか、繰り返し測定値
および標準誤差を表示するか選択します。日付、時間も表示できます。
Figure.159-リザルトオプション設定画面
7.4 Quantification Data(定量データ)
データは吸光度測定値と濃度から構成されています。
Standard には入力した濃度値、繰り返し測定された吸光度値、平均吸光度値、および
繰り返し測定の標準平均値が含まれています。
Figure.160-結果表示例
Sample には反復測定された吸光度値と平均吸光度値、繰り返し測定された濃度と平
均濃度値から成ります。View>Results オプションで表示されます。
Figure.161-結果表示例(2)
Standard Curve はサンプル結果とともにデータビューに表示されます。
Figure.162-グラフ表示例
濃度は測定後編集することができます(吸光度値は不可)。表示されている曲線の編
集を行うためには、View>Results から Samples を選択します。
View>Display で Tabulate Results オプションを OFF にします。任意の濃度値をダブル
クリックして、編集できるようになります(監査機能が選択されている場合はこの変更事
項は記録されます)。
7.5 Quantification Run(定量測定)
選択した Method/Data に保存されているパラメータを用いて、データを収集します。
既存のデータファイルである場合は、メソッドを残してデータが削除されます。メソッド
はパラメータダイアログボックスに表示され、変更が可能になります。これらのパラメー
タは新規メソッドとして保存できます。
7.5.1 Run>Standards
Figure.163-Run 選択画面
各スタンダードの濃度が表示され、つづいてそれぞれの吸光度値が表示されます。
Figure.164-結果表示例
各スタンダードの反復測定値は、保存され、平均値が計算されます。平均吸光度値を
使ってスタンダード曲線を作成します。
Figure.165-グラフ表示例
注意:スタンダードを保存するために個別のファイル名が作成されますが、変更もでき
ます。
7.5.2 Run>Samples
各サンプルの番号と名前が Samples Parameters から適用されます。
下図のダイアログボックスが Run>Samples で表示されます。ここではサンプルとそれら
の測定方法を設定します。ページにはサンプル名、サンプル反復測定数、ファイル名
およびこれらのサンプルを既存ファイルに添付するかを設定します。
Figure.166-サンプル入力画面
Sample ぺージではサンプル数を入力します。Add sample ボタンを押してひとつずつ
順に、または多数の場合には New Samples で任意の数を入力します。
オプションは以下のとおりです。
Append 既存データに結果を添付するかを設定します。選択した場合は、
データがすでにロードされているため既存のファイル名が表示されます。
Filename データを保存するためのファイル名を設定します。
Sample Title
サンプルリストが表示され、これにサンプルを別に加減で
きます。必要に応じて内容の簡単な説明などを個別に入力できます。
Sample Replicates 各サンプルについての反復測定数を設定します。
New Samples
新規のサンプルに属性名を設定します。番号は自動的
に増分します。
Figure.167-ランオプション設定画面
各サンプルの各反復測定値をスタンダード曲線と比較します。各サンプル結果は収集
されリアルタイムで表示されます。これらの結果は前サンプルに加えられるか、もしくは
新規リストが作成されます。新規リストが作成される場合、それに保存されるサンプル
には個別のファイル名が作成されますが、変更することもできます。既存リストに加えら
れる場合は、もとのそのファイル名が使用されます。
Figure.168-結果表示例
7.5.3 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
シッパーを利用する場合、リファレンスまたはサンプルをひとつずつロードします。ダイ
アログボックスが表示され、シッパーボタンを押します。そこでサンプル/リファレンス
がロードされます。洗浄液をロードするオプションでは、ブランク液がロードされ、サン
プルのロードに備えます。新たなサンプルをロードするときにはサンプル/リファレンス
/洗浄液が必要です。
7.6 Quantification Post Run Options(ポストランオプション)
データ収集終了後ポストランオプションが使用できます。プリントと保存の前に、必要な
機能を実行し、ビューを作成します。
Slope 中のチェックを変更することで、同一のデータから異なる形式のグラフが作成で
きます。
Figure.169-グラフ表示例
Figure.170-グラフ表示例(変更後)
8. Multi Wavelength(多波長測定)
8.1 はじめに
Multi Wavelength(多波長測定)アプリケーションでは特定の多波長におけるサンプル
の吸光度をそれぞれ比較し、任意のファクターを入力して分析します。ファクター入力
は順序に従って行い、ユーザーの目的にあった数式を設定、メソッドとして保存できる
ので、実験系に合わせてプログラムをカスタマイズできます。
一般的な数式タイプは以下のとおりです。
Absorbance Ratio サンプル定量および純度分析(例:DNA/RNA)
Absorbance Difference 障害物によって生じるバックグラウンド吸光度を補正します。
3 Point Net スロープベースラインを含む濁液の正確なピーク高および領域を定義しま
す。
Multiple Wavelength 多波長をリスト化し、自動的に測定します。
さらに特有の数式は以下のとおりです。
QC of batch vitamin A purity Parameter={(A325×6.815) - (A334×4.260) - (A310×
2.555)}/A325
Cobalt and Nickel determination Cobalt(g/l)={(12.259×A511) - (0.302×A720)}×
dilution factor
Niclel(g/l)={(-0.403×A511) - (27.407×A720)}×dilution factor
既存のデータはFile>Find で検索、ロードできます。新規サンプルデータはこれら既
存データに付加することで品質管理等においてもファイリングを簡略化できます。
8.2 Multi Wavelength Parameters(多波長パラメータ)
測定に必要な設定項目は、Equations、Details、Run Optionsの3ページに分割されて
います。Newを選択すると、3ページすべてが表示されます。
パラメータに連携しているデータが保存されると、そのパラメータは読み取り専用になり、
変更することはできません。同様にParameter lock機能を使用した場合、メソッドをロー
ド、表示、起動することはできますがパラメータを変更することはできません。
8.2.1 Equations Page(方程式ページ)
このページでは、方程式のパラメータを設定できます。
Figure. 171- 設定画面
WavelengthとEquation Listという2つのセクションがあります。
Wavelengthセクションでは、波長値を設定して、これに名前を付ける事ができます。
1) Add Wavelengthボタンを押して、Wavelengthダイアログボックスを表示しま
す。名前と波長値の設定をします。Titleに名前を付けると、Equation List
に一般的な方程式を設定するとき、波長値を変更しても、方程式を初めか
ら定義するという操作を繰り返す必要がなくなります。
Figure. 172 –波長設定
Include all wavelength のチェックボックスをONにすると、リスト中の波長について、使
用したすべての試料の吸光度が計測され、数学的なデータ操作を行わずに、吸光度
の出力結果を得ることができます。
Edit Wavelength
選択した波長を変更します。
Remove Wavelength 選択した波長を削除します
Equation List セクションでは、設定された波長、定数、式の結果を組み合わせて、段
階的に方程式を作成していくことができます。
Figure. 173 –計算式の編集
1) Add Equationボタンを押すと、Equation Editorのダイアログボックスが表示
され、方程式を作成できます
2) Titleに名前をつけます。Titleとは、式の結果の一覧表や出力結果に表示
される文字列です。
3) 四則演算子、カッコ、Constant、Wavelengthなどを使って、式を入力しま
す。
Constant
定数が入力できます。
Wavelength Select wavelengthダイアログボックスが表示されます。
Wavelength Atを選んで波長値を入力したり、Wavelength Valueまた
はWavelength Parameterを選んであらかじめ定義した名前や値を選
択したりできます。
Figure. 174 -Select Wavelength in Equation Editor
Wavelength At
規定した波長での吸光度
Wavelength Value
波長自体の値
Wavelength Parameter
Wavelengthセクションで命
名した波長での吸光度
Result ボタンを押すと、既存の有効な方程式の一覧から式のタイト
ルを選択して、先に求めた式の結果を方程式中に挿入することができま
す。
Clearボタンは入力した式をすべて消去します。
Back Spaceボタン(←)は、最後に入力されたパラメータを削除します。
方程式の途中からは編集できません。
Precision of resultでデータを見やすく表示するために、小数点以下
の桁数を指定できます。
Equation Editorの使い方の例を示します。
この例では、次の方程式を入力する方法について示しています。
Cobalt (g/l) = ((12.259 * A511) - (0.302 * A720)) * 100
1) Equation ListセクションのAdd Equationボタンを押します。
2) Titleを入力します(Cobalt (g/l))。
3) 「(」を2回押します。
4) Constantボタンを押し、12.259 と入力します。
5)を押します。
6) Wavelengthボタンを押し、Wavelength Atに511と入力します。
7) 「)」を押します。
8) 「-」を押し、「(」を押します。
9) Constantボタンを押し、0.302 と入力します。
10) 「*」を押します。
11) Wavelengthボタンを押し、Wavelength Atに720と入力します。
12) 「)」を2回押します。
13) 「*」を押します。
14) Constantボタンを押し、100 と入力します。
15) OKボタンを押します。
16) 式をチェックします。
17) Saveボタンを押します。
8.2.2 Details Page(詳細ページ)
Figure. 175 -詳細入力画面
このページではユーザーのパラメータを設定します。
Title グラフに表示するタイトル
Operator 使用者名
Comments コメント
Filename データのファイル名。これは自動的に作成されます。
Date サンプルを測定した時間と日付。
Temperature ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度を設定します。
8.2.3 Run Option Page(ランオプションページ)
このページでは測定中および測定後に実施する操作を設定します。
Figure. 176-ランオプション設定画面
オプションは以下のとおりです。
Post run
Save 測定終了後データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet データをスプレッドシート形式で保存します。
Print データをprintオプションで設定した形式でプリントします。
Sample handling
Repeat reference 各サンプル測定(または繰り返し測定)前にリファレンスを測定します。
セル位置1に入れてください。
リファレンスを繰り返し測定しない場合(Repeat referenceがOFFの場合)は、必要なリフ
ァレンスは1つです。
Samples 使用するセル位置の数を設定します。セルチェンジャーはn個のセル位置に
あるサンプルのみを読み
取るように設定されます(セルの数が限られている場合に便利です)。シングルセルフ
ォルダ使用の場合(シッパーを利用する場合など)ここで入力するセル位置数は無効
になります。
リファレンスを繰り返し測定する場合(Repeat referenceがONの場合)は各サンプル測
定(または繰り返し測定の各グループ)用にリファレンスが必要です。マルチポジション
セルチェンジャー使用の場合はリファレンスをセル位置1に設定してください。
Samples 各リファレンスについて使用するサンプル測定数(繰り返し測定するリファレ
ンス含む)を設定し
ます。2回繰り返して測定する場合には、「3」と入力します。セルチェンジャーはここで
入力された
セル位置数のみ読み取りをします(セルの数が限られている場合に便利です)。
8.3 File (ファイル)
File 内のオプションについて説明します。
New
新しい Method を作成し、そしてデフォルト値をセットします。あればデフォル
トメソッドがロードされますが、なければ設定したデフォルトが使用されます。デフォルト
メソッドのパラメータを変更するには"Default.**M"ファイルに新しい値を入れて上書き
保存してください。プログラムは、パラメータダイアログボックスを自動的に開きます。こ
のオプションはツールバーから利用できます。
Open
選択したディレクトリ中のファイルを開きます。アプリケーションによって異な
るデータタイプがロードされます。
Find
特定のサンプル名でディレクトリ内を検索し、そのサンプルを含んでいるファ
イルをロードします。
Close
このオプションは、選択しているビューを閉じます。
Save, Save As
これらのオプションはデータをファイルに保存します。正確な操作
は 現 行 の 状 況 に よ り 異 な る の で 、 Method File 、 Data File 、 Standard File ま た は
Spreadsheet File のいずれかに保存されます。
Export
スプレッドシートでの読解に適したフォーマットでデータを保存します。
Set-up
このオプションはアプリケーションのさまざまな設定をするためのタブ付きダイ
アログボックスを表示します。
Print
このオプションはレポートを印刷します。Index、Graph、Spreadsheet、の各レ
ポートについて印刷が可能です。内容は、 File>Set-up>Print Options ページで設定
が可能です。
Print Preview
指定したプリントフォーマットのプリントプレビューを PC 画面に表示
します。Set-up>Print Options ページでフォーマットを調整できます。
Print Set-up
プリンターを設定するために、Common Print Dialogue 機能を作動
します。
Exit
アプリケーションを終了します。
8.4 Method(メソッド)
Methodsには、あらかじめAbsorbance Difference Measurement、Absorbance Ratio
Measurement、3 Point Net、DNA、RNA、Christian Warbergについての式が設定され
ています。各メソッドを選択後、左クリックでParameters(各種設定)、Display(Resultの
表示内容)の確認、Run(測定)ができます。
Absorbance Difference Measurement( 吸光度差測定)
吸光度差測定は、対象波長付近で吸収を持つ不純物についての補正を行う方法で
す。その不純物が色素試薬とは独立の自然の吸光度を持つ場合、基準液についての
「基準設定」はできません。例としてはヘモグロビン存在下のメトヘモグロビンの測定な
どがあります。以下の図はその原理を示したものです。
化合物
不純物
Aλ1-Aλ2=吸光度差
Figure.177-吸光度差の利用を示す図
Absorbance Ratio Measurement(吸光度比測定)
吸光度比は、純粋サンプルと比較して、サンプル調製における不純物の存在を測定
するものです。その測定で使用する2つの波長は、対象の基質のピーク吸光度波長(l
max)と不純物のピーク吸光度波長です。純粋化合物のサンプル(すなわち、不純物
が存在しない)が測定用に入手できれば、予想吸光度比を計算することができます。
以降のサンプルがその結果と異なると、以下の図に示すようにサンプル中に不純物が
存在することを示しています。
Figure.178-吸光度比の表現
1) 化合物および不純物の重なったスペクトル
2) 純粋化合物(不純物が存在しない)のスペクトル
3) 不純物の入った化合物のスペクトル吸光度比の利用を示すグラフ
吸光度比は、品質管理やサンプル純度が重要となるDNAやRNAのような実験室規模
の検査に使用されます。DNAとRNAは260nmで吸収を持ちますが、その調製時に生
成し得るタンパク質不純物は280nmで吸収を持ちます。
3 Point Net( 3 点ネット)
3点ネットによって、傾斜したベースライン上に吸光度ピークがある場合、その吸光度ピ
ークの真のピーク高さを測定することができます。例としては、血清中のヘモグロビン
や羊水および混濁サンプル中のビリルビンの関与する測定があります。対象ピークλ2
の両側にある2つの波長λ1とλ3での吸光度を測定し、単位波長当たりの吸光度の変
化率(傾き)を計算します。真のピーク高さは、(λ2で測定した吸光度)-(λ1での吸
光度+λ2のバックグラウンド吸光度(傾きから計算))となります。
DNA
DNAの定量、純度確認についての式が設定されています。DNA溶液は光路長10
mmのセルで測定したときの260 nmにおける吸光度が1.0の場合、濃度が50 μgであ
ることが知られており、この値をもとに定量することができます。セルの光路長が違う場
合、希釈率を式に加える場合などは変更する必要があります。
DNA conc.= {Abs @260.0} * 50
DNA purity={Abs @260.0} / {Abs @280.0}
RNA
RNAの定量、純度確認についての式が設定されています。RNA溶液は光路長10 mm
のセルで測定したときの260 nmにおける吸光度が1.0の場合、濃度が40 μgであるこ
とが知られており、この値をもとに定量することができます。セルの光路長が違う場合、
希釈率を式に加える場合などは変更する必要があります。
RNA conc.= {Abs @260.0} * 40
RNA purity={Abs @260.0} / {Abs @280.0}
Christian Warberg(280 nm吸光度測定によるタンパク質定量)
ChristianとWarbergの式により、280 nmにおける吸光度に基づきタンパク質の定量を
行います。タンパク質はチロシン、トリプトファン、フェニルアラニンなどのアミノ酸残基
による280 nmの吸収に基づいて定量することができますが、この値はアミノ酸組成に
依存しタンパク質間でかなり異なります。したがって、特定のタンパク質を定量するに
は、そのタンパク質に特異的な定数を決定しておく必要があります。
タンパク質溶液に核酸が混入している場合には、核酸の260 nmでの強い吸収がタン
パク質の280 nmでの測定値に大きな影響を及ぼします。この影響は、酵母エノラーゼ
結晶をもちいたChristianとWarbergの式で補償することができます。
Protein conc. (mg/ml) = (1.55 * {Abs @280.0}) - (0.76 * {Abs @260.0})
特定のタンパク質に対して計算式をカスタマイズするときは、各吸光度の定数1.55およ
び0.76を変更してください。
User Method
ユーザーによって作成されたメソッドが、迅速にロードできます。最
大 9 個のメソッドを設定できます。
Define Method
この機能では、ユーザー設定したメソッドを追加することができます。
"Add"を押し、ダイアログボックスから必要なメソッドを選びます。メソッド名はテキスト上
でダブルクリックして変更できます。メソッドと名前をハイライトして Remove を押すと
User Method から削除されます。
8.5 Multi Wavelength Run(多波長測定)
選択したMethod/Dataに保存された設定項目を用いて測定を開始します。下図ダイ
アログボックスがRun>Samplesで表示されます。ここではサンプルとそれらの測定方法
を設定します。ここではサンプル名、ファイル名およびこれらのサンプルを既存ファイ
ルに添付するかを設定します。
Run Samples
Sampleページではサンプル数を入力します。Add sampleボタンを
押してひとつずつ順に、または多数の場合にはDefine Samplesで任意の数を入力しま
す。
Figure. 179 -サンプルパラメータ
Filename データを保存するためのファイル名を定義します。
Sample Title サンプルリストが表示され、これにサンプルを別に加減できます。必
要に応じて内容の簡単な説明などを個別に入力できます。
Define Samples Define New Samplesダイアログが開きます。
Figure. 180-新規サンプル設定
Sample Name(s)新規のサンプルにサンプル名を設定します。
Number of Samples
サンプル番号は自動的に増分します。
Clear existing samples
チェックを入れると、過去のサンプルを削除しま
す。
Add sample
Remove sample
Clear All
Append 既存データに結果を添付するかを設定します。選択した場合は、データ
がすでにロードされているため既存のファイル名が表示されます。
Run Option
Parametersで設定したRun Optionの内容と同じです。ここで変更す
ることも可能です。
ParametersダイアログでOKボタンを押すと、各サンプルの各波長の測定を開始し、サ
ンプルデータに保存されます。各サンプル結果は測定中リアルタイムで表示されま
す。
Figure. 181 -Run dialogue box (データ表示中)
これらの結果は前サンプルに加えられるか、もしくは新規リストが作成されます。新規リ
ストが作成される場合、それに保存されるサンプルには特有の名前が作成されますが、
変更することもできます。既存リストに加えられる場合は、もとのそのファイル名が使用
されます。
8.5.1 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
シッパーを利用する場合、リファレンスまたはサンプルをひとつずつロードします。ダイ
アログボックスが表示され、シッパーボタンを押します。そこでサンプル/リファレンス
がロードされます。洗浄液をロードするオプションは、ブランク液がロードされ、サンプ
ルのロードに備えます。新たなサンプルをロードするときにはサンプル/リファレンス/
洗浄液が必要です。
8.6 Edit(編集)
Clear
データセットからデータを削除します。データに関係しているビューはいずれ
も閉じられます。
Delete Del
ビューから現行のアイテムを削除します。
8.7 Multi Wavelength View Options(表示オプション)
Parameters
現行データのパラメータを表示します。
Display 部分的あるいは全体的に計算過程を表示させることができます。結果は
horizontal(行)またはvertical(列)で表示、プリントできます。これは、Results表示で設
定します。
Figure. 182 -Multi Wavelength Display Options 表示オプション
Toolbar ツールバーの表示/非表示を選択します。
Status Bar
ステータスバーの表示/非表示を選択します。
8.8 Calculator(計算)
入力したオリゴヌクレオチドの塩基配列の理論的融解温度を算出するTm計算機能を
示します。
Figure.183-Tm 計算
Tm 計算機能は既知塩基配列をもつオリゴヌクレオチドの理論的 Tm 値を既知の熱
力学値をもとに計算します。塩基配列は RNA あるいは ssDNA サンプル(前者では T
の代わりに U 使用)として画面に入力します。計算式が適合される範囲は 16〜64mer
です。オリゴヌクレオチドの液中濃度(μg/ml)と塩およびバッファーの合計モル濃度
(mol/l)を入力します。< >キーを使って配列中に塩基を挿入できます。
この計算機能では、オリゴヌクレオチドの分子量および濃度(pmol/μl)を表示するた
めシークエンシングなどに便利です。
背景にメソッドがロードされている場合は、計算値をプリントすることもできます。
8.9 Multi Wavelength Post Run Options(ポストランオプション)
Multi Wavelengthアプリケーションにはポストランオプションはありません。
8.10 Window(ウィンドウ)
Tile
ディスプレイ上で見える全てのビューを並べて、メインウィンドウに全て表示し
ます。
Cascade 全てのビューを順に重ねて表示します。
Arrange Icons
View
メインウィンドウの下部に全てのアイコンを並べます。
特定のビューを選択し、それを前面に置き、必要に応じて拡大します。
8.11 Help(ヘルプ)
Using Help
ヘルプ機能の使い方を説明します。
Index
ヘルプ機能のインデックスを表示します。
About
製作者の情報を表示します。
9. FRACTION ANALYSIS(フラクション解析)
9.1 はじめに
Fraction Analysis アプリケーションは、クロマトグラフィーで回収された多数の微量溶液
を分析するために使用します。測定した吸光度値は棒グラフまたは折れ線グラフに表
示され、領域を特定して、ズームによりさらに調べることができます。
既存のデータは File>Find で検索、ロードすることができます。新規サンプルデータは
これら既存データに付加することで品質管理等においてファイリングを簡略化できま
す。
9.2 Fraction Analysis Parameters(フラクション解析パラメータ)
測定に必要なパラメータは、下記のように 3 ページに分割されています。これらのペー
ジでは、データ収集に必要な要素を設定できます。Parameter Sheet を開けると、状況
に応じてこれらのページが部分的または全体的に表示されます。New を選択すると、3
ページすべてを開くことができます。
パラメータに連携しているデータが保存されていると、パラメータは読み取り専用になり、
変更することはできません。同様に Parameter lock 機能使用するとメソッドをロード、表
示、起動できますが、パラメータを変更することはできません。
9.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
Figure.184-パラメータ設定画面
このページでは、ユーザーパラメータを設定します。
Title
グラフ表示するタイトル
Operator オペレータ名
Comments
適用する備考
Filename データのファイル名。これは自動的に作成されます。
Date
サンプルを測定した時間と日付
Wavelength
データ収集時の波長
Temperature
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度を設
定します。
9.2.2 Display Page(表示ページ)
Figure.185-グラフ表示設定画面
このページは測定中の実験の表示方法を設定します。
Grid
グリッドの表示
Graph
折れ線または棒グラフの選択
Axis
実測値の選択またはパーセント表示の選択
9.2.3 Run Options Page(ランオプションページ)
Figure.186-ランオプション設定画面
このページは測定中および終了後に実行する操作を設定します。
以下のオプションがあります。
Post run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet Save Spread Sheet データをスプレッドシート形式で保存
します。
Print
Print オプション 機能で設定した形式でデータをプリントします。
Graph
Display Graph
測定前にグラフを表示します。
Autoscale測定後グラフを自動的にスケールします。
Full-Scale
測定後グラフを最大サイズに拡大します。
Sample handling
Repeat reference
各サンプル測定(または繰り返し測定)前にリファレンスを
測定します。セル位置 1 に入れてください
リファレンスを繰り返し測定しない場合(Repeat reference が off の場合)は、必要なリフ
ァレンスは 1 つです。
Samples 使用するセル位置の数を設定します。セルチェンジャーは n 個のセル位置
にあるサンプルのみを読み取るように設定されます(セルの数が限られている場合に
便利です)。シングルセルフォルダ使用の場合(シッパーを利用する場合など)ここで
入力するセル位置数は無効になります。
リファレンスを繰り返し測定する場合(Repeat reference が on の場合)は各サンプル測
定(または繰り返し測定の各グループ)用にリファレンスが必要です。マルチポジション
セルチェンジャー使用の場合はリファレンスをセル位置 1 に設定してください。
Figure.187-リファレンス測定設定
Samples 各リファレンスについて使用するサンプル測定数(繰り返し測定するリファレ
ンス含む)を設定します。2 回繰り返して測定する場合には、「3」と入力します。セルチ
ェンジャーはここで入力されたセル位置数のみ読み取りをします(セルの数が限られて
いる場合に便利です)。
n position changer セルチェンジャーは n 個のセル位置にあるサンプルのみを読み取
るように設定されます(セルの数が限られている場合に便利です)。
reference リファレンスは常にセル位置 1 に設定されます(サンプル毎に異なるリファレ
ンスを使う場合に便利です)。
9.3 Fraction Analysis Display Options(表示オプション)
Figure.188-グラフ表示設定画面
Fraction Analysis アプリケーションの view>Details の表示オプションではグラフ軸の設
定およびグラフグリッド線の表示を選択します。これらは Graph ビューに表示されます。
Results ビューでは表示されません。
アプリケーションに特有で、ON/OFF 選択ができるオプションはグラフおよび軸フォー
マットです。
9.4 Fraction Analysis Data(フラクション解析データ)
データは特定波長に対する吸光度値と分画番号がになっています。実測データは
Results ビューまたは Graph ビューで表示され、Graph ビューでは折線または棒グラフ
でフォーマットできます。個々の分画結果は削除できますが、データは修正できませ
ん。
Results ビュー
Figure.189-結果表示例
Figure.190-グラフ表示例(棒グラフを指定した場合)
9.5 Fraction Analysis Run(フラクション解析測定)
選択された Method/Data に保存されているパラメータを用いて、データを収集します。
既存のデータファイルである場合は、メソッドを残してデータが削除されます。メソッド
はパラメータダイアログボックスに表示され、変更が可能になります。これらのパラメー
タは新規メソッドとして保存できます。各サンプルの番号と名前は Samples Parameters
から適用されます。
下図のダイアログボックスが Run>Samples で表示されます。ここではサンプルとそれら
の測定方法を設定します。ページにはサンプル名、ファイル名およびこれらのサンプ
ルを既存ファイルに添付するかを設定します。
Figure.191-サンプル設定画面
Samples ページではサンプル数を入力します。Add sample ボタンを押
してひとつずつ順に、または多数の場合には New Samples で任意の数を入力します。
オプションは以下のとおりです。
Append 既存データに結果を添付するかを設定します。選択した場合は、
データがすでにロードされているため既存のファイル名が表示されます。
Filename データを保存するためのファイル名を設定します。
Sample Title
サンプルリストが表示され、これにサンプルを別に加減で
きます。必要に応じて内容の簡単な説明などを個別に入力できます。
New Samples
新規のサンプルに属性名を設定します。番号は自動的
に増分します。
Figure.192-サンプル追加画面
各サンプルの番号と名前は Sample List から適用されます。任意の波長での吸光度測
定値は各分画毎に測定され、サンプルデータに保存されます。各サンプル結果は収
集されるリアルタイムで表示されます。これらの結果は前サンプルに加えられるか、もし
くは新規リストが作成されます。新規リストが作成される場合、それに保存されるサンプ
ルには特有の名前が作成されますが、変更することもできます。既存リストに加えられ
る場合は、もとのそのファイル名が使用されます。
Figure.193-測定中画面
9.5.1 Use with Sipper(シッパーを用いた測定)
シッパーを使用する場合、リファレンスまたはサンプルをひとつずつロードします。ダイ
アログボックスが表示されシッパーボタンを押します。そこでサンプル/リファレンスが
ロードされます。洗浄液をロードするオプションでは、ブランク液がロードされ、サンプ
ルのロードに備えます。新たなサンプルをロードするときにはサンプル/リファレンス/
洗浄液が必要です。
9.6 Fraction Analysis Post Run Options(ポストランオプション)
Fraction Analysis アプリケーションには Post Run オプションはありません。
10. Tm, MELTING POINT(Tm 融点温度測定)
10.1 はじめに
Tm アプリケーションは、指定された温度域において加熱/冷却を一定速度で行い、
核酸溶液および核酸/タンパク質混合液の 260nm における吸光度を測定し、核酸サン
プルの Tm 決定に用いられます。Tm(融点温度)は 50%の核酸が変性する温度で、塩
基組成や、水素結合による塩基間の相互作用により変化する物理的特性です。ゲノム
DNA のような大きな DNA 断片や核酸とタンパク質が相互作用をしているような場合、
Tm 値を実験的に決定しなくてはなりませんが、塩基組成が既知である合成オリゴヌク
レオチドやプライマーの場合は、既成の熱力学的数値による Tm の理論的計算が可
能です。Tm の定量結果は 1 次微分で解析できます。
このアプリケーションでは、温度設定をするためペルティエ温度コントロールユニットお
よび、耐熱性のセルフォルダが必要です。
10.1.1 温度コントロールユニットとセルフォルダ
必要なユニットは下記のとおりです。
Figure.193 - ペ ル テ ィ エ 電 子 温 度 コ ン ト ロ ー ル ユ ニ ッ ト
80-2105-49
Figure.194-Tm 値測定用プログラマブルペルティエセルフォルダ 80-2107-14
ペルティエ電子温度コントロールユニットはコンピューター制御と
なり、ユニット正面部のスイッチによる温度設定はできません。
このアクセサリーを使用するには、RS232C のスペアシリアルのインターフェイスが必要
です。コンピューターのシリアルマウスを使用する場合、全部で三種のシリアルインタ
ーフェイスが必要となります。(マウス用、Ultrospec 用、ペルティエ電子温度コントロー
ルユニット用の 3 つです。)足りないときには、シリアルインターフェイスを拡張してくだ
さい。
10.1.2 温度コントロールユニットとセルフォルダの設置
既存のセルフォルダをはずし、付属のベースプレートプラグと交換し、フィンガーロック
を後方に押して据え付けます。
・セルフォルダ背面のケーブルをサンプルコンパートメント内部の該当ソケットにつなぎ
ます。
・付属の 15-15 ピンケーブルで、分光光度計背面部のインターフェイス(AUX)と、ペル
チティエ電子温度コントロールユニットのアクセサリソケットをつなぎます。
・付属の 15-15 ピンケーブルで、コンピューター背面部のスペアのシリアルインターフェ
イス RS232 と、ペルティエ電子温度コントロールユニットの RS232 ソケットをつなぎま
す。
・この装置は、SWIFT-Tm ソフトウエアで制御をします。
10.1.3 推奨セル
この装置には、光路長 10mm の UV 吸収型石英セルをご使用ください。またサンプル
溶液の蒸発を防ぐため、栓付きタイプのセルをご使用ください。
スタンダードセル(栓付)2000μl
80-2002-70
セミマイクロブラックセル(栓付) 500μl
80-2002-81
50μl またはそれ以下の微量測定用のセルはご使用になれません。
10.2 Tm Parameters (Tm パラメータ)
測定に必要な設定項目は、Parameters、Details、Display、Run Optionsの4ページに分
割されています。Newを選択すると、4ページすべてが表示されます。
Parametersに連携しているデータが保存されると、その項目は読み取り専用になり、変
更することはできません。同様にlock機能を使用した場合、メソッドをロード、表示、起
動することはできますが項目を変更することはできません。
10.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
このページではTm測定に必要な各項目を設定できます。
Figure 195 -パラメータ設定画面
Assay Parameters:
Wavelength
測定波長を設定します。
Temperature
開始温度と終了温度をそれぞれ設定します。20~105℃の間で入
力できます。
Heating rate
加熱温度を設定します。毎分0.1~3.0℃の間で入力できます。
Cooling rate
冷却温度を設定します。毎分0.1~2.0℃の間で入力できます。
Assay 同じパラメータで複数サンプルを測定する場合、必要に応じてサンプル数
を設定します
Filename (Data)
Assayで設定した複数サンプルを測定する場合必要に応
じ、ファイル名を設定します。この名前に測定日時をつけたものがFilenameとなります。
Operation:
Heating
加熱のみの設定です。
Heating & Cooling 加熱後、冷却します。
Delay サンプルの加熱/冷却間の遅延時間を分・秒で定義します。
Reference
None リファレンスを取りません
Before Run
測定前にリファレンスを取ります。
Before Each Run
1サンプルごと測定前にリファレンスを取ります。
10.2.2 Details Page(詳細設定ページ)
このページではユーザーパラメータを設定します。この項目は初期設定のままで、特
に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Figure 196 -詳細入力画面
Title
グラフに表示するタイトル
Operator
オペレータ名
Comments コメント
Assay
Parametersで設定したAssay No.の数に従い、個々のアッセイにつ
いてDetailsの設定をします。
Filename
Parametersで設定したファイル名。1アッセイごとにサンプルを測定
した時刻と日付がついた名前が自動的に作成されます。
10.2.3 Post Run Display Page(ポストランディスプレイページ)
このページでは、測定後にどのようにアッセイ状況を表示するかを設定します。この項
目は初期設定のままで、特に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Figure 197 – ポストラン表示設定画面
Maximum Abs.
表示する吸光度の最大値。 設定範囲は 0.0 ~ 3.0です。
Minimum Abs.
表示する吸光度の最小値。 設定範囲は 0.0 ~ 3.0です。
グラフのグリッド表示。
Grid
10.2.4 Run Options Page(ランオプションページ)
このページは測定が完了した後、自動的に実行する操作を設定します。この項目は初
期設定のままで、特に問題ありません。必要に応じて入力・設定してください。
Figure 198-ランオプション設定画面
Post Run
Save
測定終了後、データを自動的に保存します。
Save Spreadsheet
Print
データをスプレッドシート形式で保存します。
Print Option によって設定された形式でプリントします。
View
Individual Graphs
アッセイ毎に個々のグラフが作成されます。
Spreadsheet 集められたすべてのデータを一連のスプレッドシートビューに表示
します。
Function
Derivatives 各アッセイのデリバティブビューを自動的に作成します。
Auto temp region
Define temp region
Defaults Setting
吸光度変更が生じる温度範囲を自動的に表示します。
Default Setting で定義した温度範囲を表示します。
デフォルト値を設定するために使用します。
10.2.5 Tm File(Tm ファイル)
Open
選択したディレクトリ中のファイルを開きます。
Close
選択しているビューを閉じます。
Save,
Save As データをファイルに保存します。保存先は現行の状況により異なり、
Method File、Data File、Standard File または Spreadsheet File のいずれかに保存されま
す。
Export
スプレッドシートでの読解に適したフォーマットでデータを保存します。
Set-up
このオプションはアプリケーションのさまざまな設定をするためのタブ付きダイ
アログボックスを表示します。この章の「3.4
セットアップオプション」セクションをご覧く
ださい。
Print
このオプションはレポートを印刷します。レポートのスタイルはビュータイプに
よって変化します。Group Report、Data Report、Spreadsheet Report が可能です。内容
は、 Set-up>Print Options ページ中の設定に依存します。
Print Preview
指定したプリントフォーマットのプリントプレビューを PC 画面に表示
します。Set-up>Print Options ページでフォーマットを調整できます。
Print Set-up
プリンターを設定するために、Common Print Dialogue 機能を作動
します。
Exit
アプリケーションを終了します。
10.3 Method(メソッド)
Default
SWIFT II ソフトウエアにあらかじめ設定されている Method です。選択すると
迅速にロードされます。
User Method
ユーザーによって作成された Method をロードします。最大 9 個の
Method を設定できます。
Define Method
ユーザー設定した Method を追加することができます。選択すると、
ダイアログボックスが表示されますので、"Add"を押し、さらに表示されたダイアログボッ
クスから必要な Method を選びます。メソッド名はテキスト上でダブルクリックして変更で
きます。Method と名前をハイライトして Remove を押すと User Method から削除されま
す。
Default Settings
post run オプションを再設定できます。
10.4 Tm Run(実行)
現行のメソッドを実行します。システムは設定温度まで加熱されます。平衡に達するま
で数分かかります。その後、リファレンスをセットし、サンプルを挿入します。システムは
設定された割合で加熱されます。Heating and Cooling を選択している場合、最終目的
温度に達してから、温度が下がり始めるまで遅延が生じます。
10.4.1 Run Parameters(実行パラメータ)
Run を選択すると接続機器を認識するので、分光光度計が初期化されます。設定のた
めにダイアログボックス(Run Parameters)が現われます。
Filename ファイルダイアログボックスから選択します。区別のために、-1、-2 と番号付け
をします。
Reference
リファレンスを測定するかどうかを設定します。
Options Setup メニューから Control Options ダイアログボックスを呼び出し、プリントす
る際のデータの体裁のフォーマットや、実験終了後に必要な操作を決定します。
OK を選択すると、サンプルフォルダのロードが必要になります。プログラムは、
Parameters で設定された温度に到達するまで、開始しません。ある条件では、プログラ
ムが優先することもあります。
10.4.2 Run Time View(ランタイムビュー)
データは測定と同時に(リアルタイムで)表示されます。解析中の未処理のデータは、
小さなウィンドウに表示されます。実験が終了すると、Run ウィンドウは自動的に閉じら
れ、データが表示されます。Heating and Cooling を選択している場合、目的温度に到
達してから、cooling によって温度が下がり始めるまで遅延が生じます。実験が終了す
ると、Run ウィンドウは自動的に閉じられ、データが表示されます。
Abort
アボートオプションは解析中のみ使用可能で、直ちに測定を停止します。停
止までのデータを保存するためのオプションがあります。
Hide/Show Display 解析を受ける未処理のデータ(現在の解析の段階、残り時間、次
のデータ測定点までの時間、現時点での最新吸光度や勾配)は、リアルタイムで表示
されています。解析中は、測定のデータを表示しているので、Menu バー上のオプショ
ンを使用します。
Window Window メニューには、ウィンドウ表示、拡大、結果の算出法の定義、グラフ
のラベル付けのための、オプションがあります。
10.5 Tm Data Edit(編集)
このモードは、データがロードされているときにアクティブになります。
Copy Graph
ビットマップとしてクリップ・ボードにビューをコピーします。
Copy Data 選択されたデータをテキストフォーマットでクリップ・ボードにコピーします。
Label(Add、Edit、Move)
データビューにラベルを付加、編集、または移動します。
このオプションはパレットから利用できます。グラフを表示する全てのビューに適用でき
ます。
10.6 Tm View (ビュー)
Parameters
現行データのパラメータを表示します。
Spreadsheet
現行データのスプレッドシートを表示します。すでに開いている場
合は、最前面に表示されます。
Overlay オーバーレイビューを表示します。現行データを自動的にロードします。
Display Set-up ダイアログのディスプレイページを開きます。選択されたビューオプシ
ョンのみ変更できます。このオプションでは、吸光度及び時間軸の設定、Grid(グリッ
ド)を On/Off することができます。ここでは、データの変更ではなく、表示の変更のみ
可能です。
Figure 199 - Display Options
Calculator
入力したオリゴヌクレオチドの塩基配列の理論的隔解温度を算出
する Tm 計算機を表示します。
Figure.200-Tm 計算画面
Tm 計算機能は既知塩基配列をもつオリゴヌクレオチドの理論的 Tm 値を既知の熱
力学値をもとに計算します。塩基配列は RNA あるいは ssDNA サンプル(前者では T
の代わりに U 使用)として画面に入力します。計算式が適合される範囲は 16〜64mer
です。オリゴヌクレオチドの液中濃度(μg/ml)と塩およびバッファーの合計モル濃度
(mol/l)を入力します。< >キーを使って配列中に塩基を挿入できます。
この計算機能では、オリゴヌクレオチドの分子量および濃度(pmol/μl)を表示するた
めシークエンシングなどに便利です。
背景にメソッドがロードされている場合は、計算値をプリントすることもできます。
Scale (Auto、Full、Region、Zoom)
適切なスケーリング機能を適用します。Zoom
はズームエリアをマウスで指定する必要がありますが、Auto、Full、そして Region はそ
のまま適用されます。
Unscale Zoom と Scale オプションを回復します。
Toolbar ツールバーの表示/非表示を選択します。
Status Bar
ステータスバーの表示/非表示を選択します。
Mouse Palette
マウスパレットの表示/非表示を選択します。
10.7 Tm Post Run Options(Tmポストラン)
10.7.1Tm Calculation (Tm 値計算)
このオプションは、変性開始点と、終結点を自動で決定
Auto Calculation
します。Tm は、これらの二つの温度の中間点として計算されます。温度値を見るには、
Display Results を開きます。
Manual このオプションは、変性の開始点から終結点までをマウスをドラッグす
ることにより、手動で決定します。Tm は、これらの二つの特定温度の中間点として計算
されます。温度値を見るには、Display Results を開きます。
Clear Results
Display Results
表示した結果を消去します。
Auto もしくは Manual で設定された方法により計算された
Tm を表示します。加熱曲線の場合でも冷却曲線の場合でも、セルフォルダ
のセンサーの温度とサンプルの温度(別々に測定されたとして)の間の温度の
変動を考慮に入れるために、温度係数が入力できます。
Figure.201-測定例
10.7.2 Derivative(微分)
解析データを一次微分します。設定後、OK ボタンを押すと Derivative ウィンドウが表
示され、結果は自動的にオリジナルデータ上にオーバーレイされます。
Figure.202-微分解析設定画面
Display Original Data
First Derivative
Offset
オリジナルデータの表示の有無を選択します。
一次微分データの表示の有無を選択します。
オリジナルデータから一次微分の結果を差し引きます。
Convolution (Wide, Medium, Narrow)
たたみ込みの設定をします。
Figure.203-微分解析結果表示例
10.7.3 Smoothing(スムージング)
選択したデータにスムージング機能を適用します。
Figure.204-スムージング処理例
10.7.4 Trace(トレース)
データ上でマウスをロックし、細十字線のポイントを移動してデータ値を確認できます。
データ値は SWIFT アプリケーションウィンドウの左下に表示されます。
Figure.205-Trace(トレース)例
10.8Window(ウィンドウ)
Cascade 全てのビューを順に重ねて表示します。
Tile
ディスプレイ上で見える全てのビューを並べて、メインウィンドウに全て表示し
ます。
Arrange Icons
メインウィンドウの下部に全てのアイコンを並べます。
10.9Help(ヘルプ)
Using Help
ヘルプ機能の使い方を説明します。
Index
ヘルプ機能のインデックスを表示します。
About
製作者の情報を表示します。
11 菌培養液濁度測定
11.1 はじめに
特定の波長、もっぱら 600nm が多いのですが、分光光度計を用いて菌の増殖度合い
を見積もったり増殖曲線を描いたりすることがよく行われます。SWIFT-II ソフトウエアの
Culture アプリケーションは、増殖の度合いが異なるサンプルでも測定データを自動的
に保存できますので、あとからの確認が簡単にできます。また、菌の培養で誘導をかけ
た場合と誘導をかけない場合などの比較データを同一のグラフ上に表示したりするこ
ともできます。また、他の解析に用いるためにデータはエクセル形式で保存・移動させ
ることも可能です。
菌の培養はたとえば 500ml 培養フラスコで行い、その 1ml をモニター用に使用します。
ご注意いただきたいのは、菌培養液のようなにごったサンプル測定では、分光光度計
での測定であっても吸光度を測定しているわけではありません。測定値は、検出器に
入る散乱光の割合であって、分子の吸光によるものではありません。そのため、測定
結果は分光光度計の光学測定系に依存します。同一サンプルを異なる分光光度計で
測定した場合に、同じ結果が得られるとは限りません。必要なら用いる分光光度計で、
実際の菌体数と吸光度の関係を測定し、較正することをお奨めします。
このアプリケーションでは Common Menu Descriptions の章(3.3)に記述されているメニ
ューを使用します。若干異なる部分は、直接データを操作する Post Run Menu オプシ
ョンです(右図)。
Figure.206-ポストランメニュー
11.2Culture Parameters(菌培養液濁度測定パラメータ)
パラメータの設定は、4 ページに分割されています。Parameter sheet を開けると、状況
に応じてこれらのページがいくつかまたはすべてが表示されます。新規作成(New)を
クリックすると、設定画面が開きます。
Figure.207-New の選択
測定結果がある場合(データを Open した場合)、パラメータは確認専用で、設定内容
の確認は可能ですが、変更することはできません。
Figure.208-パラメータ確認画面
11.2.1 Parameters Page(パラメータページ)
Figure.209-パラメータ設定画面
Wavelength(s)
アッセイ時の波長を設定します。
Sample いくつのサンプル(最大 24)を測定するか入力します。例えば 3 サンプルを異
なるパラメータで測定する場合、n of N の N を 3 に設定し、1、2、3 のパラメータをそれ
ぞれ入力してください。Details とあわせて設定します。
Filename(Data)
データを保存するファイル名を作成します。
References リファレンス測定をしない、測定開始時、またはすべての測定前に行うか
ら選択します。
Temperature
ペルティエ装置の使用/不使用の選択と作動温度の設定をしま
す。
11.2.2 Details Page(詳細ページ)
Figure.210-詳細入力画面
このページではユーザー情報を設定します。(必須ではありません。)
Title
グラフに表示するタイトル
Operator オペレータ名
Comments
Assay
適用する備考
個々のパラメータを見ることができます。
Filename ファイル名。パラメータ画面で設定・入力したファイル名に時刻と日
付が自動的に付加された名称が作成されます。
Enabled
チェックが入っている場合だけ、上記設定が可能になり
ます。
Update all assays
チェックすると、全サンプルに共通の詳細が設定できま
す。
パラメータ設定画面で入力した Assay 数だけ、Assay の番号が表示できます。サンプ
ル番号を変更することにより、個別情報を変更し、各アッセイをカスタマイズすることが
できます。Update all assays にチェックが入っている場合はすべて共通なので各アッセ
イの情報は変更できなくなります。
11.2.3 Split Details Page
Figure.211-Split Details 入力画面
Split Size Original Assay を含めた Split データの総数
Split Titleデフォルトでは Original Assay、Split 1,2,・・となりますが、必要に応じて変更
できます。
11.2.4 Run Option
このページは測定が完了した後、自動的に実行する操作を設定します。ここで設定し
ていなくても、必要な情報や、データは測定後の Post Run で設定・確認・印刷等行え
ます。
以下のオプションがあります。
Figure.212-ランオプション設定画面
View 測定終了後、グラフの表示を行うか、重ねがきするか結果の表示をするかを選
択します。
Sample Handling
セルチェンジャー使用時、いくつのセルを使用して測定するかを
入力します。
11.3 Post Run Display(測定データの表示形式)
Figure.213-ポストランオプション設定画面
測定結果の表示で、グラフの設定を行います。縦軸、グリッドおよび横軸の時間表示
を選択設定します。これは測定データを呼び出した時にも View>Display で変更可能
です。
Figure.214-Display 呼び出し
11.4 Culture Data(測定データ)
Figure.215-結果表示設定画面
測定結果は時間とそのときの測定値として記録されます。パラメータ設定画面の Run
Option 画面で、Show Graphs にチェックが入っていれば測定結果はグラフとともに表
示されます。測定後は必要に応じて各データを確認することができます。
Figure.216-Result 呼び出し
View>Results をクリックするとデータ画面が現れます。
Figure.217-結果表示例
11.5 Culture Run(測定の実施)
Figure.218-Run の選択
Run をクリックすると、Default、Method および以前測定したことがあれば Last の選択が
可能になります。Default を選択すると、パラメータ設定画面になります。各パラメータを
入力して測定します。
Figure.219-パラメータ設定画面
Method を選択すると、Method 選択画面になります。必要な Method を選択して、開く
をクリックするとパラメータの確認画面が開きますので、OK をクリックします。
Figure.220-メソッド呼び出し
Last を選択すると、前回測定した内容でパラメータ設定画面が現れますので、内容を
確認して測定を開始します。
11.5.1 測定
続いて Dialog Box が開きますので、測定内容が正しいか確認して、OK をクリックしま
す。
Figure.221-Dioalog
マルチセルチェンジャーを使用している場合には、各セル位置の情報が表示されます
ので、確認して OK を押すと測定が開始します。
Figure.222-マルチセルチェンジャー装着時の確認画面
Figure.223-Run>Method 選択
一回の測定が終了するとデータが表示されます。培養状況を確認しながら、次の測定
を行う場合には、Run>Method をクリックします。電源を切ったあとに同じ Method を行
う場合には、Method 呼び出し画面が現れますので、選択するか、Last で前回の
Method を呼び返すこともできます。
また、Split 処理をせずに測定した場合には、次回の測定を行う場合に Split 処理する
かどうかの選択ができるようになります。
測定が開始されると、Data Box とグラフ画面が表示されます。
Figure.224-実行中結果表示例
11.5.2 Split (サンプルの分割測定)
培養状況などで、同一サンプルを再度希釈して測定したデータをとりたい場合に使用
します。
Figure.225-Split 選択時の画面表示例
Split を選択すると、もとのサンプル系列に設定した Split の数だけデータ名が追加され、
それらを測定することができます。各サンプル系列に適当な Factor を掛けることもでき
ます。
11.5.3 Close (終了)
Figure.226-Close の選択
は一連の測定を終了する場合に使用します。Close で終了しない場合、ファイルを閉じ
たり、他のアプリケーションを使ったりしても、スタート時間が記憶され、次回の測定は
その時間経過後という内容で測定されます。
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