Le contenu de PubMed Les "plus" de PubMed Vérifier une

Le contenu de PubMed Les "plus" de PubMed Vérifier une
Recherche simple
Pour débuter une recherche dans PubMed :
 Entrer un ou plusieurs mots dans la fenêtre de recherche,
puis
 Cliquer sur le bouton Search.
Cette section garde en
mémoire
les
recherches
effectuées pendant la session
de travail. Le système numérote chaque étape par ordre de
recherche.
Cliquer sur les numéros pour :
PubMed®, portail de recherche d’informations médicales,
est produit par la National Library of Medicine (NLM) aux
Etats Unis.
Les termes de recherche peuvent être combinés à l’aide
des opérateurs booléens AND, OR, NOT.
A la saisie d’un terme, Pubmed propose les expressions
voisines les plus fréquentes.




Affiner la recherche
En haut de l’écran, s’affichent les options Limits et Details.
Utiliser cette fonction pour limiter la recherche:
par date de publication, type d’article, langue,
âge, genre, type de journaux.
Elles permettent de contrôler les limites et d’accéder à la
"traduction" de la requête.
Il est accessible gratuitement sur le web à l’adresse :
http://pubmed.gov
Le contenu de PubMed
®
 Medline , base de données de plus de 19 millions de
références d'articles issus de 4 800 revues médicales de
1949 à nos jours.
 références "en traitement", n’ayant pas encore bénéficié
de l’indexation MeSH spécifique à Medline.
 quelques références fournies par les éditeurs, mais qui
ne sont pas complètement indexées, car de nature nonbiomédicales.
 liens sur les bases de données en génétique et
protéomique.
Les "plus" de PubMed
 outils spécifiques destinés à la recherche clinique :
« clinical queries ».
 assistance à la formulation de la recherche grâce au
vocabulaire MeSH qui fonctionne comme un guide dans
la terminologie utilisée par la base de données.
 espace personnel de travail (MyNCBI) permettant de
sauvegarder les données et les stratégies de recherches,
et de recevoir des veilles automatiques.
 liens vers le texte intégral pour certains articles, selon les
droits d’accès autorisés par les éditeurs de revues.
Cette alerte signale l’activation des
limites.
Sur la page d'affichage des résultats, à gauche :
 Filter your results propose des sous-ensembles
Review : accès direct aux références des articles faisant
une synthèse d’information.
Free full text : accès direct aux références offrant un lien
sur le texte intégral accessible sans restriction.
 Search details : affiche la "traduction" de la requête.
Le système cherche, entre autres, les mots-clés MeSH
correspondants aux termes saisis.
 Related articles : ce lien situé sous chaque référence,
offre la possibilité de trouver des articles dont le contenu
est proche de la référence choisie.
Recherche avancée
Utiliser le formulaire Search Builder pour construire une
recherche pas à pas en sélectionnant différents champs.
Contact : Bibliothèque Universitaire de médecine au CHUV (BiUM) www.chuv.ch/bdfm
tél ++41 21 314 50 82 – email bdfm@chuv.ch

MeSH Database
Des mots clé sont attribués aux articles selon un
vocabulaire médical contrôlé, nommé Medical Subject
Headings (MeSH).
Cette option sur la page d’accueil
permet d’identifier clairement les
termes MeSH utiles à la recherche.

 Dans la fenêtre, taper un terme ou un concept particulier.
 Un ou plusieurs termes sont proposés
cliquer sur le terme le plus approprié pour afficher les
qualificatifs (subheadings) ou d'autres options (Major
topic) qui permettent d'affiner la recherche.
 Après avoir sélectionné un terme, utiliser le menu Send
To.
 Choisir l'option Search Box with AND afin que le terme
choisi soit pris en compte pour la recherche.
Vérifier une référence
Single Citation Matcher : le lien figure sous Pubmed
Tools au bas de l’écran. Ce service permet de vérifier et
retrouver une référence en utilisant les éléments connus
(auteurs, mot du titre, journal, année).
Combiner les recherches avec AND, OR, NOT,
Sauvegarder les recherches dans son compte MyNCBI,
Relancer une recherche en cliquant sur: Go,
Effacer les recherches.
 Répéter l'opération pour d'autres concepts, si nécessaire,
afin deconstruire l’équation de recherche.
Choisir dans la liste : All Fields, Author, Journal, MeSH
Terms etc, et combiner les champs par AND, OR, NOT.
 Terminer en cliquant sur Search PubMed.
BiUM/CHUV/2009 d’après les documents de la NLM
Recherches cliniques : Clinical Queries
My NCBI : espace de travail personnel
L'option Clinical Queries sous la rubrique More
resources en bas de l’écran Advanced Search, permet
de retrouver plus facilement les articles de recherche
clinique, ciblés sur la médecine fondée sur les preuves
(evidence-based medicine).
My NCBI est un espace de travail permettant de :
 Sauvegarder des dossiers permanents de références
Collections.
 Sauvegarder des stratégies My Saved Searches.
 Recevoir les nouvelles références par mail.
 Search by Clinical Study Category pour chercher par
catégorie d'étude clinique.
Cliquer ensuite sur le bouton Apply : les références s’affichent
alors dans le format et l’ordre désirés.
Sauvegarder les résultats
Menu
pour
sauvegarder
les
références
sélectionnées.
Les notices peuvent être envoyées à choix :
 dans un fichier texte File
 par e-mail
 dans un dossier permanent Collections via my NCBI
 dans un panier: sélectionner Clipboard, puis cliquer sur
Add to Clipboard
 Saisir un terme dans la fenêtre de recherche, puis
 Sélectionner une catégorie : etiology, diagnosis, etc.,
 Préciser les critères de sensibilité et spécificité :
. narrow, specific search (recherche étroite, seuls les
articles les plus pertinents sont retenus)
ou
. broad, sensitive search (recherche plus large : les
articles pertinents + quelques articles connexes).
L’icône permet d’accéder au contenu du
panier. ATTENTION, le contenu de ce
panier s’efface après 8 heures d'inactivité
Pour exporter des références dans un logiciel
bibliographique (Endnote, RefMan), enregistrer les
références sélectionnées dans un fichier .txt File, en
sélectionnant impérativement le format MEDLINE:
 Find Systematic Reviews aide à trouver les revues
systématiques,
méta-analyses,
revues
d'essais
cliniques, conférences de consensus et guides de
pratique clinique.
 Medical Genetics Searches pour les filtres
spécifiques à la génétique médicale.
Afficher, sauvegarder et imprimer
Ce fichier .txt sera ensuite importé dans le logiciel.
Imprimer les résultats
 Afficher
les résultats
PubMed affiche par défaut les références trouvées
dans un format court (Summary). Le menu Display
Settings permet de changer le format, ex. (Abstract).
Pour imprimer, sélectionner les références désirées, choisir le
format dans le menu Display Settings (voir section
précédente : Afficher les résultats) et utiliser ensuite la fonction
impression du navigateur.
Il faut au préalable réer un compte gratuit avec login et
password en cliquant sur My NCBI.
Utiliser les options Search Filters et Preferences pour
personnaliser l’interface et disposer de filtres spécifiques
(accessibles aussi avec l’option Manage Filters dans
l’écran principal de recherche).
Sauvegarder ses stratégies avec RSS
Cette fonction, indépendante de My NCBI,
est disponible dans l’écran d’affichage des
références. L’icône permet d’activer un flux pour recevoir,
lors des mises à jour de Pubmed, les nouvelles
références correspondant à la stratégie enregistrée.
Liens sur le texte des articles
Les références PubMed proposent souvent un lien sur la
le texte de l’article, soit sur le site PubMed Central
(archives ouvertes d'articles biomédicaux) ou sur les sites
des éditeurs.
En utilisant le lien Pubmed depuis la page de la
bibliothèque universitaire de médecine, chaque référence
sera accompagnée du bouton
Ce menu propose plusieurs options :
 Obtenir le texte intégral en ligne: si l'article est
disponible online et si l’UNIL et le CHUV ont souscrit les
licences.
 Rechercher le document dans la bibliothèque de
médecine au CHUV : le titre de la revue est envoyé
dans la base Perunil qui affiche l’état des collections.
 Commander le document via le réseau des
bibliothèques
médicales :
le
formulaire
est
automatiquement rempli, il faut ajouter ses coordonnées
personnelles. L'article est ensuite recherché et fourni
par la bibliothèque de médecine. Pour les coûts, se
renseigner.
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