L`interface PubMed - La Revue du Praticien

L`interface PubMed - La Revue du Praticien
RR PubMed en 10 leçons : n
o
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Philippe Eveillard
L’interface PubMed
Les médecins confondent souvent MEDLINE et PubMed, au détriment de MEDLINE qui a pratiquement disparu du vocabulaire des praticiens.
Dans la page d’accueil de PubMed figure une liste de services dont le principal fleuron est la banque
de données du MeSH (MeSH Database).
MEDLINE : premiers pas en 1971
MEDLINE est la banque de données bibliographiques de la National Library of Medicine (NLM)
des États-Unis.
C’est en 1971 que le système MEDLARS (Medical Literature Analysis and retrieval System), lancé
quelques années auparavant, devient MEDLINE
(MEDLARS On-line) en passant d’une interrogation par courrier à une recherche en ligne.
Aujourd’hui, MEDLINE est une banque de plus
de 19 millions de références provenant de 5 600
périodiques édités en 39 langues… mais 91 %
des articles référencés dans MEDLINE sont publiés
en langue anglaise (chiffres de la période 20052009).
PubMed : l’interface en libre
accès
PubMed est l’interface d’interrogation :
– de la banque de données MEDLINE (19 millions
de références indexées à l’aide du thesaurus
MeSH) ;
– des références non encore indexées ni ajoutées
dans MEDLINE (articles très récents) ;
– des références très anciennes, avant 1966
(OLDMEDLINE) qui n’ont pas encore été actualisées.
Le 26 juin 1997, le vice-président des États-Unis,
Albert Gore, a mis en accès libre et gratuit l’interrogation de MEDLINE par l’intermédiaire de
PubMed. C’est la première date marquante de
l’histoire de l’Internet et de la médecine*.
Accueil : la fenêtre et les services
La page d’accueil de PubMed comprend 3 parties.
La partie supérieure est occupée par la fenêtre
d’interrogation et quelques liens. Trois d’entre eux
méritent d’être mentionnés : limits, destiné à res-
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treindre le champ des requêtes ; My NCBI, qui fait
office de coffre-fort des références et des équations de recherche ; et help, dont l’activation affiche le manuel d’aide de l’interface.
La partie moyenne de la page est divisée en
3 colonnes. Les guides et tutoriels occupent la
colonne de gauche, les outils celle du milieu et
les ressources complémentaires celle de droite.
Tous ces services ne présentent pas le même intérêt. Certains sont indispensables, d’autres le sont
beaucoup moins.
La partie inférieure, sans intérêt pour le clinicien,
rassemble les différentes ressources du National
Centrer for Biotechnology Information.
MeSH Database : le service plus
Dans la hiérarchie des services de PubMed, la
banque de données du MeSH (MeSH Database)
est au sommet. Elle est l’élément clé d’une des
stratégies de recherche les plus performantes
(la stratégie MeSH Database + Limits). Enfin, elle
est le dernier recours quand l’utilisateur butte
sur la traduction d’un mot clé en langage MeSH.
Plus en retrait se positionnent les services : Clinical Queries avec sa gamme de « filtres cliniques »
élaborés par le « Hedges Team de l’Université
McMaster », Single Citation Matcher, qui trouve
une référence à partir de 2 ou 3 de ses composants, la banque de données des périodiques
(Journals in NCBI Database) et celle des essais
cliniques (Clinical Trials).
On peut passer sous silence PubMed mobile car
aucun médecin n’est suffisamment insensé pour
se lancer dans une recherche bibliographique dans
le métro ou au lit du malade…
* L’histoire de MEDLINE et de PubMed est détaillée dans le wiki
de la bibliothèque universitaire de médecine de Lausanne :
http://bium.ch/wiki/doku.php?id=developpements:medline_
et_pubmed
Un screencast (v. précédent numéro) relatif à l’interface PubMed
est en ligne sur : www.larevue du praticien.fr
LA REVUE DU PRATICIEN VOL. 62
Janvier 2012
TOUS DROITS RESERVES - LA REVUE DU PRATICIEN
HELP !
Les outils d’aide ne manquent
pas.
• Dans le sommaire du
manuel « PubMed
help… », le chapitre
« appendice » est le plus
instructif. Il renferme la liste
des champs, des types de
publication et des
qualificatifs (avec leurs
relations hiérarchiques).
Il fournit le détail des filtres
des Clinical Queries.
• Les tutoriels transforment
le mode d’emploi de
l’interface en « jeu de
piste ». Ils font la part belle
à la recherche « à la
Google » en occultant ce
qui rend la recherche dans
PubMed performante (le
langage MeSH) et ce qui
en fait l’originalité
(l’affiliation
descripteur/qualificatif).
• Une des particularités de
PubMed est son
évolutivité. Des
modifications (le plus
souvent minimes) sont
régulièrement apportées à
l’interface. La seule façon
d’être tenu au courant de
ces évolutions est de
consulter le NLM Technical
Bulletin*. Pour cela, le plus
simple est de lui accrocher
un fil RSS.
* Dans son Technical Bulletin,
la NLM met en ligne les
modifications au fur et à mesure
de leur intégration dans PubMed.
Ces modifications sont
rassemblées tous les 2 mois dans
un numéro du « bulletin ». Les
premiers datent de janvier 1970 à
une époque où la banque de
données bibliographiques
s’appelait encore MEDLARS.
http://www.nlm.nih.gov/pubs/
techbull/
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