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A g r o s c o p e
Identifier et conserver les ressources
phytogénétiques: pourquoi et comment?
Eric Droz, Agroscope, 1260 Nyon
Renseignements: Eric Droz, e-mail: eric.droz@agroscope.admin.ch, tél. +41 58 460 44 19, www.agroscope.ch
Figure 1 | Différents cultivars de pommes de terre au champ (photo Carole Parodi, Agroscope).
Introduction
L’Office fédéral de l’agriculture (OFAG) s’est engagé à
préserver et à utiliser durablement les ressources phyto­
génétiques pour l’alimentation et l’agriculture (RPGAA).
Ces ressources phytogénétiques se rapportent princi­
palement à d’anciennes variétés, autrefois ou margina­
lement cultivées dans notre pays, mais aussi à des va­
riétés issues de croisements effectués en Suisse ainsi
qu’aux variétés actuelles. Certains faits marquants de
cette démarche et de son origine sont rappelés ici.
362
Niveau international
Un Plan d’action mondial (PAM) pour la conservation
et l’utilisation durable des ressources phytogénétiques
pour l’alimentation et l’agriculture a été mis en place
sous l’égide de l’Organisation des Nations unies (FAO)
et officiellement adopté par les représentants de
150 pays au cours de la quatrième Conférence tech­
nique internationale sur les ressources phytogénéti­
ques, qui s’est tenue à Leipzig (D) du 17 au 23 juin 1996.
Des représentants de 155 pays ainsi que des secteurs
public et privé ont participé activement à l’élaboration
Revue suisse Viticulture, Arboriculture, Horticulture | Vol. 46 (6): 362–366, 2014
de ce plan mondial qui identifie les activités prioritaires
aux niveaux local, national, régional et international et
œuvre pour une coopération systématique, ration­
nelle, équilibrée et équitable entre les pays signataires
de la Déclaration de Leipzig issue de cette conférence
(http://www.pgrfa.org/gpa/dza/PAM.pdf).
Le plan et la déclaration mettent en évidence l’im­
portance des ressources phytogénétiques pour la sécu­
rité alimentaire et le développement durable, qui sont
menacées au même titre que la biodiversité. La diver­sité
de ces ressources prend toute son importance face à des
phénomènes comme les changements climati­ques, les
nouvelles maladies des végétaux ou les organismes nui­
sibles en provenance d’autres contrées. De nouvelles
variétés obtenues en utilisant le bagage génétique de
ces ressources pourraient offrir des solutions à ces pro­
blèmes tout en s’avérant durables et productives.
Un Traité international sur les ressources phytogé­
nétiques pour l’alimentation et l’agriculture a ensuite
été mis en place, visant à assurer la sécurité alimentaire
par le biais de la conservation de la biodiversité, de
l’échange et de l‘utilisation durable des ressources phy­
togénétiques, tout en garantissant le partage des béné­
fices. Adopté le 3 novembre 2001 par la 31e Conférence
de la FAO, le traité est entré en vigueur le 29 juin 2004.
Ces documents ont été retravaillés et, en 2011, un
deuxième Plan d’action mondial a été adopté par le
conseil de la FAO à Rome (I) (http://www.fao.org/do­
crep/015/i2624f/i2624f00.htm). Les principales modifi­
cations portent sur les nouveaux défis liés au change­
ment climatique et à l’insécurité alimentaire et visent à
tirer profit des nouvelles méthodologies d’informa­
tion, de communication et de biologie moléculaire.
En Suisse
A la suite de ces travaux, un Plan d’action national
(PAN) a été établi au niveau suisse. La coordination
entre banques de gènes, groupes de travail par plante
et utilisateurs est gérée aujourd’hui par l’OFAG. La
base de données nationale, accessible au public, a été
créée elle contient toutes les informations sur les res­
sources concernées par le PAN (www.bdn.ch). Les es­
pèces sont réunies en différents groupes: arbres frui­
tiers, graminées fourragères, grandes cultures, lé­
gumes, légumineuses fourragères, petits fruits, plantes
aromatiques et médicinales et vigne.
Les principaux buts du PAN sont d’inventorier les
RPGAA, d’entretenir les collections existantes et de
renforcer les activités de conservation ex situ, mais
­aussi d’assurer une conservation à long terme et bien
ciblée de ces plantes et de favoriser leur utilisation du­
rable. Un fort accent est mis sur la coopération entre
Résumé
Identifier et conserver les ressources phytogénétiques: pourquoi et comment? | Agroscope
L’Organisation des Nations unies a mis
en place un Plan d’action mondial pour
préserver la biodiversité des ressources
phytogénétiques pour l’alimentation
et l’agriculture. La Suisse, en tant que pays
signataire, a développé son propre Plan
d’action national en accord avec les directives
internationales. Les principales activités liées
à ce plan consistent à établir un inventaire
des ressources phytogénétiques, choisir les
variétés et accessions en fonction des critères
définis, conserver de manière appropriée
et durable ces variétés, les décrire
morphologiquement, les identifier et les
authentifier. Ces tâches ont été réparties
dans différents groupes d’experts
en fonction des espèces concernées.
Pour certaines espèces, l’identification
et l’authentification utilisent des techniques
de profilage moléculaire et l’accent est mis
sur l’établissement de collaborations
internationales pour valider les variétés
et leurs profils génétiques.
programmes nationaux et institutions internationales
(FAO) ainsi que sur le partage des avantages et des
connaissances. L’accès au matériel génétique et aux
technologies doit être assuré afin de promouvoir les
échanges de RPGAA. Une clause du traité vise aussi à
confirmer les besoins et les droits des agriculteurs.
Conservation et identification
Une fois l’inventaire des variétés disponibles complété,
les différents groupes de travail ont dû prendre des
décisions afin de définir les variétés à conserver. Les
consignes indiquent que les critères prioritaires sont:
les variétés suisses, les espèces sauvages indigènes uti­
lisées pour l’agriculture et l’alimentation, les espèces
sauvages indigènes progénitrices de variétés cultivées,
les variétés étrangères ayant un lien avec le patrimoine
socioculturel suisse, les variétés étrangères rares, le
matériel génétique particulier (curiosités, mutants,
etc.) et les accessions avec un nom inconnu, sans nom
ou avec un nom collectif.
Selon les différentes espèces, les types de conserva­
tion varient beaucoup. Les arbres fruitiers et les vignes
sont conservés in situ dans des vergers et des vignobles.
Les plantes qui sont reproduites par graines, comme
les céréales et de nombreux légumes, sont conservées
ex situ sous forme de semences dans la banque de
gènes nationale maintenue par Agroscope. D’autres
Revue suisse Viticulture, Arboriculture, Horticulture | Vol. 46 (6): 362–366, 2014

363
Agroscope | Identifier et conserver les ressources phytogénétiques: pourquoi et comment?
encore sont multipliées de manière végétative (par
exemple: les tubercules pour les pommes de terre, les
boutures pour les fraisiers) et conservées ex situ sous
forme de boutures in vitro.
Les variétés sélectionnées font l’objet d’une des­
cription morphologique extensive. Avec l’avènement
du profilage par microsatellites (un type de marqueur
génétique), il est devenu possible de caractériser géné­
tiquement les accessions pour certaines espèces. En
comparant les profils des accessions, de nombreuses
erreurs ont été mises en évidence: dans le cas de la
pomme de terre, par exemple, plusieurs accessions
portant une appellation locale sont en fait des variétés
reconnues officiellement (tabl.1). Dans d’autres cas,
plusieurs appellations locales correspondent à la même
variété: ainsi, huit accessions de pommes de terre
bleues (Blaue Emmensteg, Blaue Fankaus, Blaue Hin­
delbank, Blaue PSR, Blaue Suti, Blaue Uttwil, Blaue
Zimmerli et Bleue) ont été déclarées synonymes de la
Blaue Schweden. D’autres incohérences peuvent pro­
venir d’erreurs d’étiquetage, de collecte ou de manipu­
lations diverses. Certains cas toutefois ne peuvent pas
être élucidés par des marqueurs de type microsatel­
lites, notamment les mutations ponctuelles se tradui­
sant par exemple par des fleurs ou des fruits de couleur
inhabituelle, des différences de forme des feuilles, de
l’habitus général de la plante, etc. Le travail avec les
microsatellites s’effectuant par sondage dans le ba­
gage génétique, une mutation ponctuelle a très peu
Tableau 1 | Variétés officielles de pommes de terre connues
sous une appellation locale. La date du Catalogue universel
des variétés de pommes de terre indique l’inscription
officielle de la variété
Appellation locale
364
Variété officielle
Aargauer Müsli
Ratte
Date
1872
Acht Wochen Nüdeli
Ratte
1872
Müsli Oberkirch
Ratte
1872
Virgule Béroche
Ratte
1872
Marseille
Institut de Beauvais
1884
King Charles
King Edward
1902
Behaarte Kartoffeln
Allerfrüheste Gelbe
1922
Weisse Lötschentaler
Maritta
1947
Roosevelt
Roseval
1950
Mittelfrühe Lötschentaler
Ostara
1962
Vriner
Désirée
1962
Lumbrein
Désirée
1962
Guarda
Christa
1975
Bondo
Granola
1975
Walviertler Delikatess
Charlotte
1981
Baselbieter Müsli
Franceline
1993
de chances d’être repérée de cette manière. D’autres
facteurs peuvent modifier l’aspect morphologique des
plantes: des conditions climatiques extrêmes, des ca­
rences en eau ou en minéraux et surtout des maladies,
en particulier les viroses. Dans ces cas, le profilage est
efficace et permet de confirmer l’identité d’une plante
affectée par les facteurs précités.
Authentification
Grâce à la disponibilité de marqueurs microsatellites
pour plusieurs des espèces concernées par le PAN, le
profilage a bien progressé, notamment pour les maïs,
les arbres fruitiers, les baies, les vignes et les pommes
de terre. Après avoir identifié les doublons et autres
erreurs en les comparant avec les bases de données in­
ternes, la deuxième étape consiste à vérifier au niveau
international si les variétés conservées dans le cadre du
PAN correspondent bien à leurs homonymes interna­
tionaux, donc à les authentifier et, si les accessions à
profil unique au niveau suisse ou portant une appella­
tion locale sont bien des variétés originales, à valider
leur unicité.
Pour certaines espèces, plusieurs centaines de mar­
queurs microsatellites sont à disposition dans la littéra­
ture. Au début de la plupart des projets, chaque groupe
de recherche a sélectionné une série de marqueurs,
adaptés aux outils disponibles dans son laboratoire et à
la différenciation de son échantillonnage de variétés.
Pour certaines espèces, un réseau international bien
établi a permis très tôt de sélectionner un set de mar­
queurs communs à tous les laboratoires, chaque labo­
ratoire complétant ce set en fonction de ses besoins. En
revanche, pour d’autres espèces, notamment celles de
moindre importance économique, l’établissement de
réseaux prend plus de temps et, dans l’intervalle, les
groupes de recherche ont dû progresser de manière
indépendante pour caractériser leurs variétés. En fonc­
tion des marqueurs choisis, certains appareillages ou
modes opératoires fournissent des résultats peu com­
patibles d’un laboratoire à l’autre.
Ainsi, dans certains cas, les accessions peuvent être
authentifiées relativement aisément car il existe des
bases de données publiques ou d’accès plus restreint
qui permettent de confronter les profils génétiques
obtenus avec des marqueurs communs. Dans d’autres
cas, le nombre de marqueurs communs est trop faible,
certains d’entre eux ne sont pas compatibles, les
­collaborations pas encore fonctionnelles ou les résul­
tats confidentiels, et il est donc très difficile d’authen­
tifier les accessions. De plus, de nombreuses variétés
n’ont pas encore été génotypées, donc aucun profil
n’est disponible.
Revue suisse Viticulture, Arboriculture, Horticulture | Vol. 46 (6): 362–366, 2014
Identifier et conserver les ressources phytogénétiques: pourquoi et comment? | Agroscope
Pour pallier ces difficultés, il est possible, pour au­
tant qu’elles soient disponibles, de commander des
variétés à d’autres collections et d’en effectuer le pro­
filage afin de confirmer des homonymies par caractéri­
sation génétique. Cette procédure se heurte parfois à
des problèmes: par exemple, la pomme de terre Welt­
wunder inscrite sur la liste suisse des variétés de
pommes de terre de 1925 à 1957 ne figure sur aucune
liste internationale. Comment se fait-il qu’une variété
cultivée pendant plus de trente ans en Suisse soit in­
trouvable ailleurs? Actuellement, aucun moyen ne per­
met d’authentifier cette accession.
A l’échelle internationale, les réseaux se créent et les
collaborations s’intensifient. Au sein du programme
européen axé sur la conservation à long terme des res­
sources génétiques ECPGR (European Cooperative Pro­
gramme for Plant Genetic Resources), le projet AEGIS
(A European Genebank Integrated System) a été déve­
loppé pour améliorer la conservation des pommes de
terre au niveau européen. Un laboratoire écossais a
génotypé 433 accessions provenant de huit pays euro­
péens, dont 25 de Suisse. Les résultats ont été présentés
au début de juillet au congrès EAPR (European Associa­
tion for Potato Research) à Bruxelles (http://documents.
plant.wur.nl/cgn/pgr/AEGISpotato/).
Certains résultats concernent les anciennes variétés
conservées en Suisse, à l’exemple de l’accession suisse
Lauterbrunnen, qui a un profil identique à celui de la
variété Robjin conservée au Royaume-Uni et en Alle­
magne; cette variété a d’ailleurs été inscrite dans le ca­
talogue mondial en 1926 par la Hollande. Cette acces­
sion, considérée comme unique jusqu’à présent en
Suisse, est en fait une variété de provenance étrangère
revêtue d’une appellation locale.
En revanche, deux accessions locales suisses, la Safier
et la Rote Lötschentaler (fig. 2), ont un profil identique
actuellement sans équivalent dans l’échantillonnage
du projet AEGIS. Elles restent considérées comme
uniques en attendant de pouvoir être comparées avec
davantage de profils.
Il arrive aussi que des accessions qui portent le même
nom aient des profils différents. Les génotypa­
ges
d’échantillons de l’étranger et ceux du projet AEGIS
montrent que les accessions d’Eigenheimer de France,
d’Allemagne et du Royaume-Uni sont identiques, alors
que celles de Suisse et des Etats-Unis, différentes l’une
de l’autre, ne correspondent pas aux premières. L’échan­
tillon suisse démontrerait une confusion avec l’Erdgold,
morphologiquement très proche, tandis qu’une acces­
sion portant le nom local de Tennaer correspond aux
accessions européennes d’Eigenheimer.
Dans certains cas, il est difficile de savoir quel con­
servatoire possède la variété authentique: la Rosafolia
suisse a un profil identique à la Centrifolia anglaise,
alors qu’il existe une Centrifolia suisse avec un profil dif­
férent. De même, la Voran irlandaise est différente de
la Voran suisse.
Le projet AEGIS a traité trois accessions d’Alma en
provenance de Suisse, de Tchécoslovaquie et d’Allema­
gne, toutes munies de profils différents, tandis que le
catalogue Mondial ne mentionne qu’une seule Alma
originaire de Tchécoslovaquie et inscrite en 1978. De son
côté, la base de données http://www.plantbreeding.
wur.nl/potatopedigree/ recense quatre cultivars Alma
issus de croisements différents (Allemagne 1904, Hol­
lande 1928, Tchécoslovaquie 1978 et Autriche 1984).
Dans ce cas, il paraît judicieux de maintenir trois acces­
sions avec des profils différents dans les collections
européennes.
Toutes ces situations et ces exemples montrent
bien que le travail d’authentification n’en est qu’à ses
débuts!
Figure 2 | Les variétés suisses Safier et Rote Lötschentaler sont identiques mais, portent un nom différent.
Revue suisse Viticulture, Arboriculture, Horticulture | Vol. 46 (6): 362–366, 2014
365
Key words: biodiversity, phytoge­
netic resources, genotyping, iden­
tification, conservation.
Identifizierung und Erhaltung
pflanzengenetischer Ressourcen:
Wie und warum?
Die Vereinten Nationen haben
einen globalen Aktionsplan zur
Erhaltung der pflanzengeneti­
schen Ressourcen für Ernährung
und Landwirtschaft eingerichtet.
Die Schweiz als Unterzeichner­
staat hat einen nationalen
Aktionsplan gemäss den interna­
tionalen Richtlinien entwickelt.
Die wichtigsten Aktivitäten im
Rahmen dieses Plans sind: Auf­
listung der pflanzengenetischen
Ressourcen, Selektion von Sorten
und Akzessionen nach definier­
ten Kriterien, angepasste
und nachhaltige Pflege, morpho­
logische Beschreibung sowie ge­
netische Identifikation und Bestä­
tigung der Sortenechtheit. Die
Bearbeitung von Sorten nach
Aktionsplan wurden an unter­
schiedliche Experten­gruppen
übergeben, welche über die ent­
sprechende Erfahrung verfügen.
Zur sicheren Bestätigung der
Sortenechtheit mit bekannter
Technik zur Erstellung des geneti­
schen Fingerabdrucks ist der
Aufbau von internationaler
Zusammenarbeit zwischen den
Experten unbedingt erforderlich.
Conclusions
• Les différents cas de figure montrent que chaque
variété ne doit pas être préservée par un seul
conservatoire, mais qu’une duplication
des ressources phytogénétiques pour l’alimentation
et l’agriculture (RPGAA) est nécessaire et permet
d’éviter que certaines accessions disparaissent
à la suite d’une contamination, d’un dépérissement,
d’un accident ou d’une erreur d’étiquetage.
• Le profilage génétique à large échelle s’avère
nécessaire pour authentifier les accessions des
différents pays et nuancer l’énoncé des résultats.
• Les différents groupes chargés de conserver
les RPGAA dans le cadre du Programme d’action
366
Riassunto
Identification and conservation
of plant genetic resources:
why and how?
The Organization of the United
Nations has set up a global action
Plan to preserve the biodiversity
of plant genetic resources for
food and agriculture. Switzerland,
as a signatory, has developed
its own national action Plan in
accordance with international
guidelines. The main activities
related to this Plan are to esta­
blish an inventory of plant genetic
resources, select the accessions
and varieties according to the
defined criteria, maintain in
appropriate and sustainable ways
these varieties, describe them
morphologically, identify and
authenticate them. These tasks
were divided into different
groups of experts depending on
the species concerned. For some
species, the identification and
authentication use molecular
profiling techniques and emphasis
is placed on establishing interna­
tional collaborations to validate
varieties and their genetic profiles.
Zusammenfassung
Summary
Agroscope | Identifier et conserver les ressources phytogénétiques: pourquoi et comment?
Identificare e conservare
le risorse fitogenetiche:
perché e come?
L’Organizzazione delle Nazioni
Unite ha istituito un piano
d’azione mondiale per preser­
vare la biodiversità delle risorse
fitogenetiche per l’alimentazio­
ne e l’agricoltura. La Svizzera,
come firmatario, ha sviluppato
un proprio piano d’azione
nazionale conformemente alle
linee guida internazionali. Le
princi­pali attività legate a questo
piano consistono nello stabilire
un inventario delle risorse
fitogenetiche, selezionare
le varietà e adesioni secondo
i criteri definiti, conservare in
modo appropriato e sostenibile
queste varietà, descriverle
morfologicamente, identificarle
e autentificarle. Questi compiti
sono stati suddivisi in diversi
gruppi di esperti in funzione
delle speci in questione.
Per certe speci, l’identificazione
e l’autentificazione utilizzano
delle tecniche di profilatura
molecolare e l’accento è posto
sull’allestimento di collabo­
razioni internazionali per
validare le varietà e i loro
profili genetici.
national poursuivent leur important travail
d’inventaire, de description, de choix,
de conservation et d’identification.
• En fonction des espèces, la problématique varie
beaucoup même si les lignes directrices sont
semblables. Les collaborations entre laboratoires
internationaux s’étoffent, mais il reste un énorme
travail d’authentification, de comparaison
et d’échange de données pour optimiser
la conservation au niveau mondial.

Bibliographie
b Anonyme, 2009-10. World Catalogue of Potato Varieties. AgriMedia,
Pieterse L. and Hils U. (Eds.), 330 p.
Revue suisse Viticulture, Arboriculture, Horticulture | Vol. 46 (6): 362–366, 2014
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