Unités d`Enseignement

Unités d`Enseignement
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Annexe 1
Licence de Biologie
U.E d’enseignement
Les programmes des UE se trouvent également sur internet :
http://omphale.math.u-psud.fr/~bpr/LICENCE/parcoursL.html
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
1
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 1, page 2 - 10
Semestre 2, page 11 - 29
Semestre 3, page 30 - 52
Semestre 4, page 53 - 79
Semestre 5, page 80 - 108
Semestre 6, page 109 - 143
===============================================================
Semestre 1
UE type
1
UEF
2
3
UEF
UEF
4
5a
UEF
UEC
Titre
CYCLES BIOLOGIQUES chez les ANIMAUX et les
VÉGÉTAUX
Biologie Cellulaire et Moléculaire
Architecture de la matière : de l'atome aux
macromolécules biologiques
Mathématiques de la modélisation I
Chimie expérimentale
5b
5c
5d
6.1
6.1
UEC
UEC
UEO
UEO
UEF
ENVIRONNEMENT GLOBAL
Structures – Fonctions : de la cellule à l'organe
libre
Projet Professionnel
INTRODUCTION A LA GEOLOGIE
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
ID
Biol 110
Parcours
Tous
ECTS
5
Biol 111
Chim101b
Tous
Tous
5
5
Math191
Chim 152
Tous
Tous
(aussi en S2)
tous
Tous
Tous
Tous
Tous
5
5
geos1003
Biol 112
Geos1001
5
5
5
2.5
2.5
2
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
CYCLES BIOLOGIQUES chez les ANIMAUX et les VÉGÉTAUX Biol 110 L1S1
Responsables : Jean-Pierre MULLER, Florence MOUGEL et Emmanuel PICARD
U.E.Obligatoire
tous les parcours de la mention biologie et mention biologie-chimie
Objectifs :
Par l’étude de deux modèles biologiques très différents, une plante et un animal :
- amener les étudiants à reconnaître l’unité et la diversité des modalités des grands processus biologiques
cellulaires et développementaux,
- donner une première approche des grandes fonctions réalisées par les organismes adultes.
- préparer les étudiants aux cours plus spécialisés par une approche générale et intégrée de la Biologie.
L’objectif commun des TP et TD en Biologie Végétale et Animale est de compléter, expliciter et illustrer
le cours en suivant au plus près sa progression, une démarche d’enseignement parallèle qui se terminera
par une séance de conclusions générales commune aux deux disciplines.
Volume horaire : Total : 50 h,
CM : 22 h, TD : 3h, EI : 13h, TP: 12h
Plan des enseignements :
CM : Un plan unique et deux cours menés en parallèle pour les deux organismes modèle (Plante :
le chêne et Arabidopsis ; Animal : la grenouille):
I.- Présentation du modèle, positionnement par rapport aux autres organismes animaux ou végétaux, plan
d’organisation, niveaux d’organisation et présentation des cycles de vie.
II.- L’organisme adulte : étude anatomique et fonctionnelle : appareils, organes ou grandes fonctions
réalisées.
III.- Reproduction et développement : organes reproducteurs, gamétogenèse, fécondation, embryogenèse
précoce et mise en place du plan d'organisation, organogenèse et développement post-embryonnaire.
IV.- Conclusions générales
EI et TD :
Biologie Végétale :
EI-1 Organisation des plantes ligneuses ; EI-2 Arabidopsis: présentation du modèle
EI-3 Gamétogenèse mâle et femelle chez les plantes ; EI-4 Spécificités de la cellule végétale
Biologie Animale :
EI-1 Les fonctions vitales ; EI-2 Le milieu intérieur ; EI-3 Gamétogénèse mâle et femelle chez les
Amphibiens ; EI-4 Mise en place du schéma corporel chez le xénope.
Séance commune de synthèse :
TD (3h) Comparaison organismes animaux et végétaux
TP :
Biologie Végétale :
TP1 Organisation générale d’une plante annuelle. Le Pois
TP2 Méristème: structure, fonctionement et rôle dans la croissance modulaire.
Biologie Animale :
TP1 Morpho-anatomie de la grenouille adulte - Etude du plan d'organisation d'un vertébré
TP2 Développement embryonnaire du xénope.
Equipe pédagogique :
Michel Dron, Marc Girondot, Jean-Pierre Muller. François Agnès, Solange Bertrandy, Florence Mougel ,
Jacques de Buyser, Céline Charon, Marianne Delarue, Marie Dufresne, Emmanuel Picard
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
3
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie Cellulaire et Moléculaire Biol 111
L1S1
Responsable : Leonard Rabinow
U.E. obligatoire
Objectifs : Introduction aux bases de la biologie cellulaire et moléculaire, et de la biochimie
Volume horaire :
Total : 50 h ; CM :
30 h. ; TD :
20 h.
Plan des enseignements :
CM : 17 séances de 2 h illustrent les fonctions cellulaires, les composantes de la cellule et leur rôle
fondamental, ainsi que le dynamisme de ces processus.
10 h. : Molécules du vivant : liaisons chimiques, acides nucléiques, acides
aminés et protéines, lipides, sucres, polysaccharides
12 h. : Biologie de la cellule : cycle cellulaire (mitose et méiose),
recombinaison, cytosquelette, trafic membranaire, transformation
énergétique
12h. : Expression génique : transcription et sa régulation, métabolisme des
ARNm, traduction
TD :
14 séances de 1h 30 complètent les cours magistraux
±1/3 d’entre elles viendront en appui des cours de biochimie et de biologie
moléculaire
les 2/3 restant sont destinés à :
-présenter les techniques principales en biologie cellulaire
-illustrer les cours magistraux et mettre en évidence la notion de
compartimentation de la cellule eucaryotique
-résoudre des exercices à base expérimentale, permettant d’analyser les
grandes fonctions cellulaires
Equipe pédagogique :
Jean-Claude Callen, Marie-Helène Cuif, Anne-Marie Deneubourg, Pierre Dutuit, Michel Jacquet, JeanMarc Jallon, Martin Kreis, Michel Laurent, Michel Lemullois, Oliver Nusse, Leonard Rabinow, Martine
Thomas, Dao Zhou
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
4
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Architecture de la matière : de l'atome aux macromolécules biologiques
101b
L1S1
Responsables :
U.E. obligatoire
Chim
Horst Frohlich
Objectifs :
Introduction aux modèles de description de la structure électronique des atomes et molécules ; structure
moléculaire ; généralités sur les états de la matière.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 18h, TD : 32h
Prérequis :
Aucun
Résumé :
Structure de la matière : introduction et modèles
Structure électronique des atomes :
Quantification des états et des énergies
Orbitales atomiques
Classification périodique des éléments et évolution de quelques grandeurs physiques (énergie d'ionisation,
affinité électronique, rayon atomique et ionique, électronégativité)
Structure électronique et géométrique des molécules :
Représentation de Lewis, résonance et mésomérie
Prévision de la géométrie par la méthode de Répulsion des Paires
Electroniques de la couche de Valence (VSEPR)
OM ? et ? : CH4, C2H4, C2H2
Théorie de la liaison de valence : hybridation des OA
Généralités sur les états de la matière (liquide, solide, matière molle) ; forces intermoléculaires ;
applications à la description de la structure des macromolécules du vivant.
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
Colles : 4h
Equipe pédagogique : Horst Frohlich
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
5
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Mathématiques de la modélisation I
Math191
L1S1
Responsables :
M-A. Poursat et S. Lemaire
U.E. obligatoire
Objectifs :
Offrir à tous un enseignement qui fournit une nouvelle motivation des maths en biologie.
Favoriser l'acquisition d'une démarche de modélisation pour étudier/prévoir/interpréter le comportement
de systèmes biologiques.
Introduire les statistiques : quantifier la variabilité expérimentale et faire en sorte que tous les étudiants
aient confronté des résultats expérimentaux à des modèles grâce aux tests statistiques.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 20h, TD : 30,
Prérequis : aucun
Résumé :
Le fil conducteur de ce module est la modélisation de phénomènes biologiques et de données
expérimentales.
Introduction : exemples de modélisation détaillés pour introduire la notion de modèle de courbes et la
notion d'aléatoire liée aux données expérimentales (exemples possibles : courbes d'étalonnage d'un
dosage radioimmunologique, courbes d'évolution...), et motiver les deux parties du cours.
Partie I : étude de fonctions, à partir de modèles courants en biologie.
Variations, extremum, limites et asymptotes, régularité.
Calcul de paramètres caractéristiques d'une courbe, fonctions usuelles (polynomiales, log et exp, sin et
cos, sigmoïdales).
Dérivées, un peu d'optimisation numérique (application aux moindres carrés), approximation d'une
courbe par un polynôme.
Partie II : analyse statistique de résultats expérimentaux.
Introduire l'analyse de données plutôt que des manipulations de lois de probabilités. L'accent est mis sur
1- la compréhension de la notion de variable aléatoire et de test statistique,
2- une attitude critique par rapport aux conditions d'application d'un test.
Lien entre histogrammes des données et loi d'une variable aléatoire.
Description de la loi (fonction de répartition, espérance, variance). Exemples de lois : uniforme,
binomiale, gaussienne. calcul de probabilités d'événements (calcul de sommes ou calcul d'aires).
Echantillons, inégalité de Bienaymé-Tchebychev, loi des grands nombres.
Confrontation des données au modèle : choix de la loi, introduction aux tests par des calculs de P-value
(exemples particuliers : chi 2, proportion, moyenne).
Ajustement d'une courbe à un nuage de points, introduction aux modèles de régression (lien entre Partie I
et Partie II).
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
Proposition d'exercices sous WIMS, vérification en TD des notes de cours.
Ouvrages de référence :
Mathématiques pour les sciences de la vie, de la nature et de la santé, J-P et F Bertrandias, Presses
Universitaires de Grenoble.
Equipe pédagogique :
M-A. Poursat et S. Lemaire
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
6
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie expérimentale Chim 152
Responsables :
U.E. de découverte
Objectifs :
L1S1
Cécile Sicard-Roselli
familiariser les étudiants avec la chimie expérimentale et différentes techniques d'analyse chimique.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 14h, TD : 0, TP : 36h
Résumé :
Dans un premier temps, un aspect théorique devrait permettre à l'étudiant de connaître les principes de
bases des différentes techniques et leurs limites (précision des mesures, seuil de détection), permettant
alors le choix d'une technique appropriée pour un dosage spécifique. La deuxième partie sera une
approche expérimentale de méthodes telles que la chromatographie (en phase gazeuse, liquide ou sur
plaque), la spectroscopie d'absorption UV
Visible, l'absorption infra-rouge, le dosage par absorption atomique, des dosages basés sur l'acidobasicité, l'oxydo-réduction ou encore la complexation.
Travail expérimental
La partie expérimentale de ce module représente 36 heures qui représentent 12 séances de 3h de travail en
laboratoire. Les différents dosages ou analyses seront appliqués à des produits chimiques de la vie
courante telles que les cosmétiques par exemple.
Equipe pédagogique :
Cécile Sicard-Roselli
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
7
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
ENVIRONNEMENT GLOBAL
Responsables :
U.E. de découverte
geos1003
L1S1
Ch.Colin
Objectif : donner aux étudiants les bases nécessaires à la compréhension du fonctionnement des
enveloppes externes afin de pouvoir aborder les principaux enjeux environnementaux du XXIème siècle.
Contenu : Cours (30h) TD (20h) - Présentation des enveloppes externes de la Terre : circulation
océanique , dynamique atmosphérique, phénomènes météorologiques, l'eau continental. - Le bilan radiatif
de la planète. Le cycle du carbone et les problèmes liés aux gaz à effet de serre. Impact de l'homme sur
les équilibres climatiques. - Les changements climatiques du passé : les cycles glaciaires/interglaciaires. Réponse de la faune et de la flore aux changements globaux. Interactions entre biosphère et climat. - Le
cycle du CO2 et de l'H2O dans la croûte et le manteau. Interactions entre l'hydrosphère et l'atmosphère. Les ressources énergétiques : les grands enjeux du XXIème siècle.
Pré-requis : aucun
Volume horaire : 50h C 30h, TD : 20h
Equipe pédagogique :
Christophe Colin, Jean Bébien, Marc Girondot, Maurice Pagel, Giuseppe Siani
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
8
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Structures – Fonctions : de la cellule à l'organe
Biol 112
L1S1
Responsables: Jean-Claude CALLEN, Florence MOUGEL et Jacques de BUYSER
UE au choix.
________________________________________________________________________
Objectifs : L'objectif de cette unité d'enseignement est d'aborder les grandes fonctions du vivant en les
traitant depuis l'organisme jusqu'au niveau cellulaire. On prendra comme fil conducteur les fonctions
suivantes : croissance, nutrition, échanges gazeux, excrétion, maintien. Il s'agira de re-situer les différents
types cellulaires dans le contexte même des tissus et organes accomplissant une fonction. Les différents
niveaux d'organisation seront étudiés en parallèle et de manière comparative entre des organismes
animaux et des organismes végétaux. De même l'intégration de ces différentes fonctions sera mise en
évidence dans les organismes unicellulaires (procaryotes et eucaryotes).
Volume horaire : Total : 50 h , EI : 24 h, TP: 21 h, TD : 5 h
1 -Introduction générale (7h30) :
Présentation des techniques et outils utilisés (microscopie photonique, électronique, coloration..).
Présentation de différents types de cellules (préparations, coupes...).
Association des cellules en tissus.
2 – Intégration des grandes fonctions à l'échelle unicellulaire (3h):
Fonctionnement de la paramécie.
3 – Croissance et développement (3h) :
Étude du méristème de racine d'une plante et de son fonctionnement, mise en évidence de la zone
mitotique et de la zone d'élongation.
4 – Nutrition (10h30)
Étude du tube digestif de Vertébré (estomac et de l'intestin grêle). Relations avec l’appareil circulatoire.
Étude de la racine.
Échanges membranaires au niveau des cellules. Étude comparée des entérocytes (Vertébré) et des poils
absorbants de l'appareil racinaire des plantes.
Sécrétion protéique dans le pancréas, étude au niveau cellulaire.
Les fonctions exocrines des glandes digestives (glandes salivaires, foie et pancréas).
5 - Échanges gazeux (9h)
Niveau organe : Étude comparée du poumon et de la branchie. Relations avec l’appareil circulatoire.
Échanges gazeux au niveau d'une feuille.
Niveau cellule : Étude des pneumocytes. Caractérisation des différents types de cellules foliaires.
6 – Excrétion – osmorégulation (3h)
Organisation et fonctionnement du rein de Vertébré.
Rôle osmorégulateur de la branchie.
Relations avec l’appareil circulatoire.
7 – Maintien de l'organisme (9h)
Constitution et formation des matrices extracellulaires chez les animaux et les végétaux.
Le maintien de l'appareil aérien chez les végétaux. Étude de la tige.
Les tissus secondaires : bois et liège chez les plantes pérennes (arbres).
Posture et mouvement chez les Vertébrés : fonctionnement intégré « squelette, muscle et système
nerveux ». Relations avec l’appareil circulatoire.
8 – Synthèse (5h)
Coordination des différentes fonctions chez les organismes animaux.
Coordination des différentes fonctions chez les organismes végétaux.
_____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : François AGNES, Solange BERTRANDY, Line DUPORTETS, Danièle MARCHAL, Florence
MOUGEL, Fanny RYBAK, Jean-Claude CALLEN, Janine GRISVARD, Michel LEMULLOIS , Martine THOMAS, AnneMarie DENEUBOURG, Pierre DUTUIT, Jacques de BUYSER, Céline CHARON, Marianne DELARUE, Marie DUFRESNE.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
9
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
INTRODUCTION A LA GEOLOGIE
Geos 1001
L1S1
Responsables :
Pierre-Yves GILLOT
U.E. obligatoire pour la filière BCST
INTRODUCTION A LA GEOLOGIE : éléments de dynamique et d’histoire terrestre.
Objectifs : Présenter aux étudiants une approche naturaliste qui présente le cadre général de la dynamique
du globe et retrace les grandes lignes de l'histoire de la Terre à partir d'observations à sa surface.
Volume horaire :
Total : 25, CM : 15 h, TD : 10 h, TP :
Contenu:
1 - Introduction à la dynamique du globe. En partant de l'observation des alignements d'îles océaniques et
en raisonnant sur les conditions d'évolution du volcan à l'atoll et la construction coralliaire, nous
identifions les mouvements crustaux, les convections mantelliques, la subsidence crustale et les
conditions de développement de la vie.
2 - Observation de la déchirure continentale et l'ouverture océanique ; présentation des bassins
sédimentaires résultant de la distension ; les différentes natures sédimentaires et leur distribution spatiale ;
sédiments détritiques et biogéniques ; les séquences stratigraphiques et la paléontologie ; les
reconstitutions paléogéographiques par l'exemple de la marge nord-ouest Européenne, le bassin parisien
et le cours de la Loire et de la Seine.
3 - Le mouvement de convergence des masses continentales : la subduction et les fosses océaniques,
exemple de la ceinture péri-Pacifique et de la faille de S. Andrea. La collision et la formation des chaînes
de montagne par l'exemple de l'arc alpin. Volcans et séismes.
4 - Eléments d'histoire de la Terre, de la condensation du système solaire à l'apparition de l'homme :
différenciation des enveloppes, mouvement des masses continentales, les grandes crises et les grandes
coupures de l'histoire terrestre, grandes extinctions biologiques et changements globaux.
5 - Eléments de climatologie : l'hydrosphère et l'atmosphère.
Pré-requis : aucun
Ref. Biblio. : livres classiques de géologie générale du 1er cycle universitaire.
Equipe pédagogique : Pierre-Yves GILLOT et Elisabeth GIBERT
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
10
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 2
UE
1
2
3
type
UEF
UEF
UEF
Titre
Diversité du vivant et évolution
L’Approche Génétique du Monde Vivant
Introduction aux molécules organiques
4a
4b
5a
UEF Optique, Mécanique, Energie
UEF Physique générale
UEC Chimie expérimentale
5b
5c
5d.1
5d.2
5d.3
5d.4
5d.5
5d.6
5d.7
5d.8
6
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEF
(GEN1)
GEOLOGIE LOCALE ET REGIONALE
Analyse et probabilités
Ethologie : Comportement de l’animal dans son milieu
FLORISTIQUE
DECOUVERTE DES MILIEUX
Initiation à la Recherche sur les Plantes
Les Insectes dans la Biosphère
Biotechnologies - Bio-industries
Gènes, Mutants et Mutations
Formation pratique en biotechnologie
MÉTHODOLOGIE
Cursus "Biotechnologies"
1
UEF Biotechnologies - Bio-industries
5
UEF Formation pratique en biotechnologie
6
UEF Techniques de laboratoire
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
ID
Biol 120
Biol 121
Chim
151
Phys160
Phys
Chim
152
geos1005
Math 194
Biol 171
Biol 172
Biol 173
Biol 174
Biol 175
Biol 176
Biol 177
Biol
Biol 122
Parcours
Tous
Tous
Tous
ECTS
5
5
5
Tous
Bioconcours
Tous
(aussi en S1
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
Biol 176
Biol
Biol
Biotech
Biotech
Biotech
5
5
5
11
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Diversité du vivant et évolution
Responsable : Line Duportets
UE obligatoire
Biol 120
L1S2
tous les parcours de la mention biologie et mention biologie-chimie
Objectifs :
L'idée générale de ce module est de présenter la diversité du monde vivant en prenant l'Evolution comme
fil conducteur. Un aspect important de ce module concerne les méthodes de reconstruction des
phylogénies. Dans ce cas l'objectif est que les étudiants apprennent les méthodes de bases de
reconstruction, puissent avoir une vision critique et sachent les utiliser. Par ailleurs, les TP/TD de BA sur
les métazoaires se réfèreront en permanence à la phylogénie de ce groupe. Dans ces TP/TD, il a été
volontairement choisi de ne traiter en détail que les arthropodes et les vertébrés. Les TP/TD de BV
illustreront essentiellement l'évolution des cycles de reproduction séxuée des végétaux en relation avec
l'adaptation au milieu terrestre. L'objectif général des TP/TD est que les étudiants puissent acquérir des
méthodes de travail plutôt qu'un savoir encyclopédique.
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 18h, TD :
20h, TP :
12h
Plan des enseignements :
CM :
Histoire des idées en systématique : Classifications utilitaires ; classification naturelle (Linné, Jussieu), ordre de la
Nature, le transformisme (Lamarck), révolution darwinienne : descendance avec modification, la théorie neutraliste de
l’évolution.
Les méthodes de reconstruction phylogénétique : La cladistique : états de caractère, homologie, convergence,
caractère dérivé partagé et ancêtre hypothétique commun, groupe extérieur, groupes monophylétique, paraphylétique,
polyphylétique ; principe de parcimonie, lecture d’un arbre. Les méthodes phénétiques : notion de distance, comparaison des
organismes 2 à 2.
La phylogénie moléculaire : Notion de caractère moléculaire, absence de polarisation a priori, l’alignement, homologie
de site, notion d’horloge moléculaire, neutralisme, importance des ARNr, artefact d’attraction des longues branches,
importance des “ râteaux ”.
L’arbre du vivant : Les trois domaines : bactéries, archées et eucaryotes, arbre non raciné ;
Diversité des archées et des bactéries ; les bactéries photosynthétiques ; chez les eucaryotes, monophylie des métazoaires,
monophylie des plantes vertes, monophylie des eumycètes, polyphylie des algues, importance de la biodiversité des protistes ;
les endosymbioses chloroplastiques ; l’endosymbiose mitochondriale.
Histoire de la vie sur Terre : Histoire rapide de la Terre : température, évolution de l’atmosphère ; l’importance de la
paléontologie ; dates importantes : 1ères traces de vie, de cellules eucaryotes, d’organismes multicellulaires, les ères
géologiques, phénomènes d’explosion (Ediacara, Burgess) et d’extinction (Permien, KT) ; sortie de l’eau, apparition des
tétrapodes et des plantes à fleurs.
Présentation des eucaryotes : Les “ algues ” : exemple de regroupement polyphylétique à unité écologique ; notion de
cycle de développement ; alternance de phases gamétophytique et sporophytique ; exemples de différentes solutions. Les
plantes terrestres : classification des archégoniates, le cycle de développement dans les différents groupes, réduction de la
phase gamétophytique. Les métazoaires : arbre moléculaire des métazoaires, les éponges, les diploblastes, les triploblastes ; les
coelomates, séparation protostomiens/deudérostomiens, position des grands phylums (mollusques, annélides, arthropodes,
échinodermes, vertébrés) ; utilisation des données embryologiques ; les grands plans d’organisation
TP et TD :
Evolution
TD. Les principes des phylogénies : Après un bref rappel historique des méthodes de classifications, les deux grandes
catégories de méthodes actuellement utilisées pour la reconstruction phylogénétique (distances et parcimonie) sont illustrées
sous forme d’exercices. Un rappel du vocabulaire associé aux arbres phylogénétiques est fait sous forme de questions aux
étudiants (notions d’homologie, d’homoplasie, de groupe mono-, para-, polyphylétique, etc.). (1h30)
TD. Systématique des Ratites : Cette séance illustre l’apport des phylogénies moléculaires pour la résolution de
problèmes d’ordre systématique, avec l’exemple du groupe des Ratites (oiseaux non volants). (1h30)
TD. Apport des phylogénies en écologie : Au cours de cette séance, la notion d’évolution de caractère à états multiples
est abordée à l’aide d’un exercice portant sur l’évolution du mode de reproduction chez les lézards et les serpents. (1h30)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
12
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TD. Apport des phylogénies en écologie évolutive : La notion de corrélation entre caractères est illustrée à l’aide de
l’exemple de l’évolution de la colonialité chez les oiseaux. La notion d’analyse comparative est abordée. Evolution des cycles
de reproduction chez les organismes photosynthétiques. (1h30)
Biologie végétale
TP Présentation du cycle de vie d’une Bryophyte Marchantia polymorpha. Le but est à travers l’observation de
différents stades (pré- et post-fécondation) de cette espèce de reconstituer le cycle de développement complet et de débuter une
réflexion sur la notion d’adaptation au milieu terrestre.(3h)
TP Evolution des cycles de reproduction sexuée en relation avec l’adaptation au milieu terrestre : deux
exemples seront abordés, une fougère homosporée (Ptéridophytes) et le faux-cyprès doré (Coniférophytes).(3h)
TD de synthèse : en reprenant les cycles de développement déjà étudiés et quelques autres plus complexes, réflexion sur les
caractères évolutifs associés à l’adaptation des végétaux au milieu terrestre. (2h)
Biologie Animale
TD. Présentation des Métazoaires : présentation des différents taxons à l’aide d’échantillons biologiques. (3h)
TP. Etude morphologique et anatomique du criquet : illustration du plan d’organisation d’un Arthropode. Les
différents appareils, structures et fonctions. (3h)
TP. Etude morphologique et anatomique de la souris blanche : illustration du plan d’organisation des Vertébrés.
Les différents appareils : structure et fonction. (3h)
TD. Analyse d’un article illustrant la diversité et l’histoire évolutive des Insectes. (1h30)
La séance permettra d’aborder les 3 points suivants : retracer l’histoire évolutive des Insectes sous forme d’un tableau ; situer
dans l’arbre phylogénétique les 3 innovations majeures qui seraient à l’origine de la radiation évolutive des Insectes : présence
d’ailes, présence d’un stade chrysalide, co-évolution avec les Angiospermes ; .intérêts et les limites des études
paléontologiques.
TD. « Evolution du membre chiridien des Tétrapodes » : illustration de la notion d’homologie structurale et
d’adaptation du squelette à différents modes de locomotion chez les Vertébrés. (3h)
TD. « Phylogénie et données morpho-anatomiques ». Le but est d’apprendre aux étudiants la méthode de
reconstruction phylogénétique en répondant à 2 questions : « les Artiodactyles forment-ils un groupe monophylétique ? » et
« Les animaux à sang chaud forment-ils un groupe monophylétique ? ». (3h)
TD. « Synthèse ». Cette séance permettra de faire réfléchir les étudiants, à l’issue des TP et TD, sur l’ « ancien » arbre et le
« nouveau ». Quels sont les caractères pertinents permettant d’aboutir au « nouvel » arbre ? (1h30)
Equipe pédagogique :
Pierre Capy, Dominique DeVienne, Sophie Nadot, Marie Dufresne, Line Duportets, Emmanuelle Baudry,
Solange Bertrandy, Laurent Coutte, Aurélie Hua-Van , Françoise Jamen, Claire Lavigne, Florence
Mougel, Fanny Rybak.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
13
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
L’Approche Génétique du Monde Vivant (GEN1)
Responsables :
U.E. obligatoire
Biol 121
L1S2
Pierre Henri Gouyon, Jacqueline Girard-Bascou
tous les parcours de la mention biologie et mention biologie-chimie
Objectifs : Introduction à la génétique appliquée aux procaryotes et eucaryotes (humain compris). Le
gène sera introduit comme unité d’information (modèle simple où à un gène correspond un produit actif)
et en terme de position (locus). La méthodologie génétique sera présentée par ses tests de bases mais sera
peu développée.
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 20h, TD : 30h, TP : 0
Plan des enseignements :
CM (20 h) :
Qu’est-ce qu’un gène ?
Génomes de procaryotes et d’eucaryotes (organites compris)
Haploïdie ou diploïdie des organismes eucaryotes
Polymorphisme
Mutations, marqueurs moléculaires (origine et diversité)
Dominance / récessivité procaryotes et eucaryotes
Intérêt du test de complémentation fonctionnelle
Brassage génétique à la méiose
Recombinaison génétique
Sexualité chez les eucaryotes et les procaryotes
Analyse de pedigrees humains
Notion de distance génétique chez les procaryotes et les eucaryotes
Mutagenèse
Transgenèses (cas simples) procaryotes et eucaryotes
TD de 3h :
TD1 : mutations, génotypes et phénotypes procaryotes et eucaryotes
TD2 : les conséquences génétiques de la méiose
TD3 : marqueurs moléculaires
TD4 : dominance / récessivité
TD5 : test de complémentation fonctionnelle chez procaryotes et eucaryotes
TD6 : cartographies simples
TD7 : transgénèse procaryotes et eucaryotes
TD8 : pedigrees humains
TD9 : histoire de gènes bactériens
TD10 : histoire du gène « Master » de l’œil de la drosophile
Equipe pédagogique :
P.H. Gouyon (PR), D. Coen (PR), A. Sainsard-Chanet (PR), C. Astier (PR), J. Girard-Bascou (MC), E.
Espagne (MC), A. Hua Van (MC), P. Uguen (MC), A. Boivin (MC), F. Agnès (MC), C. Lefebvre (MC),
A. Helbling (MC), M. Heude (MC).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
14
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Introduction aux molécules organiques
Responsables :
U.E. obligatoire
Objectifs :
Chim 151
L1S2
Christian Girard
Description et représentation des molécules en chimie organique.
Détermination de la structure des composés organiques par spectroscopie.
Effets électroniques
Volume horaire :
Total : 50, CM : 19h, TD : 19h, TP : 12h
Prérequis :
Architecture de la matière : de l'atome au solide
Résumé :
Isomérie de constitution
Introduction à la nomenclature des composés organiques.
Stéréoisomérie
Conformation des composés acycliques et cycliques, cas du cyclohexane
Structures chirales, énantiomérie
Activité optique et rotation spécifique
Configuration absolue R et S
Diastéréoisomérie
Alcènes Z et E.
Introduction à la détermination de la structure des composés organiques par spectroscopie.
Détermination des groupements fonctionnels par spectroscopie infrarouge
Détermination du squelette de la molécule par résonance magnétique nucléaire (RMN)
Détermination de la masse de la molécule et sa composition atomique par spectrométrie de masse
Effets électroniques
Effets inductif et mésomère.
Aromaticité
Effets électroniques sur l'acidité ou la basicité des composés organiques.
Travaux expérimentaux :
Modélisation moléculaire,
Interprétation de spectre RMN et IR
Equipe pédagogique :
Christian Girard, David Bonnafé
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
15
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Optique, Mécanique, Energie
Phys160
L1S2
Responsables :
R. Parentani
U.E. au choix
Résumé :
contenu: 1) Propriétés de la lumière et optique géométrique :
a) ondes électro-magnétiques, longueur d'onde, photon et relation énergie-longueur d'onde,
b) Propagation des ondes lumineuses et optique géométrique,
c) Lois de Snell-Descartes, images optiques et lentilles minces,
d) Applications: l'oeil, le microscope et le pouvoir séparateur.
2) Mécanique :
a) vitesse, accélération et lois de Newton,
b) Forces et énergie potentielle, forces dissipatives,
c) Conservation et non-conservation de l'énergie,
d) Conservation de l'impulsion lors des chocs.
3) Applications:
a) le dipôle électrique
b) le mouvement Brownien des molécules
c) Hydrostatique (atmosphère terrestre) et Hydrodynamique (Bernoulli)
d) L'origine moléculaire de la Pression et de la Température
Commentaires: Les TP illustrent les principes de l'optique
Prerequis: maîtrise des concepts mathématiques de base : dérivée, vecteur, fonctions trigonométriques
Volume horaire :
Total : 50, CM : 21h, TD : 21h, TP : 8h
Equipe pédagogique : R. Parentani
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
16
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physique générale
Phys
L1S2
Responsable: E. VELU
UE au choix, conseillée au cursus bioconcours
Objectifs et programme : Préparation au concours B ENSA, acquisition des connaissances pré requises
pour l’entrée dans les écoles agronomiques
- Mécanique du point : énergies cinétique, potentielle, mécanique. Équilibres. Théorèmes de l'énergie
cinétique, de l'énergie mécanique.
- Mécanique des systèmes : moment d'une force, équilibre d'un solide. Forces intérieures et extérieures.
Énergies cinétique, potentielle, interne, mécanique. Chocs : conservation de la quantité de mouvement,
choc élastique frontal, choc mou.
- Électrostatique : charges ponctuelles, champ et potentiel électriques. Champ uniforme. Dipôles, dipôle
dans un champ électrique. Conducteurs en équilibre : condensateur plan.
- Phénomènes de transport : courant électrique, loi d'Ohm, effet Joule, lois de Kirchhoff. Diffusion
moléculaire : 1ère et 2e lois de Fick à une dimension, régime permanent, analogie avec la loi d'Ohm
Volume horaire : total 50h; CM : 25 h; TD : 25 h
Equipe pédagogique : E. VELU
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
17
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
GEOLOGIE LOCALE ET REGIONALE
Responsables :
U.E. de découverte
geos1 005 L1S2
Véronique ANSAN
Objectif : Ce module a pour objet l’introduction à la géologie à l’échelle locale et régionale basée sur des
exemples pris dans le bassin parisien et sa périphérie. On effectuera la reconnaissance des formations
géologiques locales et régionales (Campus d’Orsay et vallée de Chevreuse, plateau de Saclay…), de leur
géométrie, des formes du paysage associées, des ressources en eaux de surface et souterraines de
l’utilisation de ces matériaux dans l’activité humaine (meulière, grès, argile,…).
Volume horaire :
Total : 50, CM : 23h, TD : 19h, TP : 8h
Contenu : Il s’agira de cours-TD-TP intégrés basés sur des exemples régionaux, que ce soient
l’acquisition des bases de la lecture des cartes topographiques et géologiques (relations relief, réseau
hydrographique, distribution de sources, lithologie, géologie), la réalisation de coupes morphogéologiques. L’étudiant réalisera une analyse complémentaire sur le terrain des formes du paysage
(géomorphologie), en relation avec la lithologie, ainsi que l’acquisition et le traitement des données de
topographie, à l'aide d’instruments de mesures variés (niveaux optiques de précision, théodolite, GPS,
boussoles, décamètres).
Pré-recquis : aucun
Commentaires : Ce module permet à l’étudiant de faire le lien entre les observations et les mesures sur le
terrain et les cartes ainsi réalisées. Ce module permet à l’étudiant de mieux connaître son environnement
proche. Ce module constitue un pré-requis pour des modules plus en aval (stage de terrain, cartographie,
paléogéographie, prospection géophysique,…). Des sorties sur le campus et en dehors du campus sont
prévues.
Référence biblio : www.geosciences.u-psud.fr/ObjectifTerre/Index.html
Equipe pédagogique : Véronique Ansan, Jean Bébien, Laure Dupeyrat, Christelle Marlin
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
18
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Analyse et probabilités
Responsables :
U.E. de découverte
Objectifs :
Prérequis :
Math 194
L1S2
R. Fahlaoui
Mathématiques de la modélisation I (Math191)
Résumé :
Développements limités : calcul de limites, recherche de branches infinies ,...
Fractions rationnelles : Décomposition en éléments simples
Intégrales: méthodes de calcul: intégrations par parties, changement de variables. Application à l'étude
des variables aléatoires à densité.
Equations différentielles d'ordre 1.
Définition d'un équivalent, calcul de limites, suites convergentes, divergentes, suite récurrentes.
Séries à termes positifs, comparaison séries et intégrales. Application à l'étude des variables aléatoires
discrètes, des couples de variables discrètes.
Unité de 75h obligatoire pour les étudiants préparant les concours agro-véto. Une version allégée de 50h
sera ouverte aux autres étudiants
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
19
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Ethologie : Comportement de l’animal dans son milieu
Biol 171
L1S2
Responsable : Fanny Rybak
UE de découverte
_________________________________________________________________________
Objectifs :
Le module vise à éveiller les étudiants à l’éthologie en présentant l’historique, les concepts, les méthodes
et la démarche éthologiques.
Ce module optionnel fera le lien entre l’écologie et les neurosciences. Dans ce cadre, l’étude du
comportement animal sera présentée sous ses différents aspects, allant du comportement en milieu naturel
jusqu’aux bases biologiques des comportements, avec des exemples pris dans l’ensemble du règne
animal.
Ce module peut être suivi par les étudiants se destinant à une formation en Ecologie, en Biologie
intégrative et en Neurosciences.
L’enseignement sera fait sous forme de cours, TD, TP et sorties sur le terrain.
Il est souhaitable que les différents thèmes soient abordés par un angle de discussions et d’analyses de
données faites par les étudiants (sur TP, articles, films, etc..)
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 5h, TD : 10h, TP : 35h
Thématiques proposées :
Intro/Historique
Eco-éthologie - écologie comportementale
Génétique et comportement
Hormones et comportement
Interactions sociales/sociétés animales
Communications
Comportements alimentaires
Comportements sexuels
Comportements parentaux
Processus cognitifs et apprentissage
Ontogenèse
Ethologie humaine
Thème intégratif : les oiseaux
Ce thème permettra de développer différents aspects de l’éthologie des oiseaux, en allant d’un aspect
naturaliste jusqu’à la neurobiologie. Il permettrait de traiter de façon intégrative les questions soulevées
dans ce module (aspects naturalistes avec sortie sur le terrain, relations au milieu, communication
acoustique entre congénères, comportements de cour, bases neurobiologiques et neuroendocriniennes du
chant, génétique ?…)
___________________________________________________________________________
Equipe enseignante : F. Rybak, H. Courvoisier, P. Le Maréchal, L. Duportets, F. Mougel-Imbert, J.
Lecomte, F. Courchamp, A.-C Julliard
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
20
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
FLORISTIQUE
Biol 172
L1S2
Responsable : Christian BOCK
UE de découverte
Objectifs :
Cet enseignement est destiné à faire acquérir aux étudiants une connaissance concrète de la Flore de la
région par l’acquisition de techniques d’identification, et d’observations concrètes sur le terrain (campus
et environs).
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 5h, TD : 10h, TP : 35h
Programme :
Les Gymnospermes du campus : principaux taxons, caractères de reconnaissance, biologie, place dans
les étages de végétation
Présentation des principales familles d’Angiospermes représentées dans la région et de leurs espèces les
plus représentatives :
Apiacées, Astéracées, Boraginacées, Brassicacées, Caryophyllacées, Cypéracées, Ericacées,
Euphorbiacées, Fabacées, Juncacées, Lamiacées, ex –Liliacées et voisines, Plantaginacées, Poacées,
Scrophulariacées , Solanacées, Renonculacées, Rosacées….
Les descriptifs d’une espèce :
- les caractères morphologiques, et anatomiques
-les caractères biologiques : type biologique, phénologie, biologie florale, particularités de la nutrition,
-les caractères chimiques (métabolisme secondaire, nature des réserves., utilisations).
-les caractères biogéographiques : répartition géographique ,étage de végétation, cortège floristique.
- les caractères autécologiques :climat, type d’humus, propriétés du sol,
-la localisation : biotopes, formations végétales, groupements végétaux.
Les plantes comme indicateurs des paramètres du milieu:
Notions sur la conservation et la gestion des espèces et des biocénoses
Enseignement :
Les connaissances des notions de base sont présentées sous forme de cours à partir de l’étude de
documents (notions de biogéographie, écologie, phylogénie) Des sorties sur le terrain (campus et
environs) permettent de situer certaines espèces dans leur contexte et de pratiquer déterminations et
études
d’échantillons en salle.
Période d’enseignement :
Etant basé sur l’étude concrète d’échantillons frais, il est nécessaire de situer ce module entre mars et
juin.
Evaluation :
Evaluation des connaissances de base et de la pratique de détermination, Connaissance de plantes
communes du campus et de la région . Réalisation d’un herbier en temps libre avec commentaires.
Public concerné :
Filière enseignement des SVT, écologie, environnement.
__________________________________________________________________________
Enseignants :
Christian BOCK, Laure BARTHES, Sophie NADOT
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
21
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
DECOUVERTE DES MILIEUX
Biol 173
L1S2
Responsable : Christian BOCK
UE de découverte
___________________________________________________________________________
Objectifs :
Cet enseignement est destiné à faire acquérir aux étudiants une connaissance concrète des biocénoses de
quelques milieux typiques de notre région, et d’aborder l’étude des contraintes écologiques qui les
caractérisent.
Les différents aspects envisagés sont :
-la reconnaissance des divers groupes systématiques ,
-les principes et méthodes de détermination des communautés,
-la mise en évidence des interactions entre constituants de la biocénose présidant aux réseaux trophiques
et aux cycles de la matière,
-la dynamique des biocénoses et les principes de gestion conservatoire.
Milieux étudiés :
Les études de terrain nécessiteront des déplacements dans la région.
Les principaux milieux envisagés :
Forestier: (campus, Rambouillet)
Dulçaquicole: un ruisseau, (Rémarde)
Un étang (Rambouillet)
Milieu tourbeux et landes tourbeuses (Rambouillet)
Pelouses et prairies (PNR Chevreuse)
Milieux calcaires: de la biocénose pionnière à la forêt calcaricole (Bouville)
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 5h, TD : 10h, TP : 35h
Type d’enseignement :
Etude concrète sur le terrain : récolte de données systématiques, mesures de paramètres
environnementaux, puis exploitation des données en salle.
Contraintes :
Activités groupées par journée (½ journée sur le terrain + ½ journée en salle
A réaliser sur avril mai juin.
____________________________________________________________
Enseignants : C. BOCK, A.LOUVEAUX, P. LE MARECHAL, X (Hydrobiologie)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
22
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Initiation à la Recherche sur les Plantes
Biol 174
L1S2
Responsable : Martine THOMAS
UE de découverte
Objectifs : Cet enseignement a pour but de fournir à l’étudiant un premier contact avec les différents
aspects de la recherche sur les plantes. Les relations entre la plante et son environnement seront abordées
par des approches de génétique et de physiologie végétale. Ce module comporte un volet expérimental
fort voyageant de la plante entière au niveau moléculaire, basé sur une participation active de l’étudiant,
complété par des visites et des discussions.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 8 h, TD : 12 h, EI : 7 h, TP : 23 h
Plan des enseignements :
L’enseignement mêlera étroitement des notions succinctes de cours permettant aux étudiants d’acquérir
ou de retrouver les notions de base nécessaires à une participation active des étudiants dans la mise en
place et la réalisation des expériences. Les séances de TD ou EI seront consacrées à l’analyse et à
l’interprétation des résultats expérimentaux (travail de groupe). Au moins deux visites d’organismes de
recherche permettront d’illustrer cet enseignement.
Les thèmes choisis permettront d’aborder simplement plusieurs grandes fonctions de la vie d’une plante:
La plante et son environnement abiotique
- Influence de facteurs de l’environnement sur le processus de germination. Comparaison du
comportement de différentes espèces ainsi que de plantes mutantes par rapport aux sauvages (9h)
- Recherche de marqueurs moléculaires associés au poids du grain chez le haricot. Acquisition de
bases de génétique végétale au travers d’applications en amélioration des plantes (10h)
Les interaction entre la plante et des micro-organismes
- Influence de la symbiose luzerne / bactérie Rhizobium sur la fixation de l’azote. Utilisation de
souches bactériennes mutantes pour la compréhension du processus (12h)
- Introduction ludique à la phytopathologie au travers d’un logiciel interactif de diagnostique et des
méthodes de lutte contre les maladies des plantes (6h)
- Transformation de plantes supérieures via Agrobacterium tumefaciens. Notions de base sur les
plantes transgéniques et production de plantes transgéniques de tabac (9h).
Visites d’organismes de recherche et d’installations de culture des plantes (IBP, Ferme du Moulon,
INRA…) (4h)
Equipe pédagogique :
Marianne DELARUE, Delphine SICARD, Martine THOMAS
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
23
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Les Insectes dans la Biosphère (diversité et rôles)
Biol 175
L1S2
Responsable : Danièle Marchal
UE de découverte
___________________________________________________________________________
I- Abondance, Diversité et Adaptabilité des Insectes : 3h EI 6h TP
Les raisons de leur succès ( adaptations anatomiques et physiologiques)
Présentation phylogénétique - Les méthodes d’évaluation du nombre d’espèces
Développement post- embryonnaire : manipulation et reconnaissance de divers types de larves et
nymphes d’Holométaboles avec une clé de détermination (TP)
Critères de reconnaissance des principaux ordres d’Insectes- utilisation de faunes (TP)
II- Place des Insectes dans les chaînes trophiques : 3h EI
Interactions entre les êtres vivants : mutualisme, neutralisme, antagonisme
Régimes alimentaires des Insectes : phytophagie, zoophagie, saprophagie
III- Relations Plantes-Insectes : 9h EI 6h TP
Phytophagie : réactions de défense des plantes et adaptation des Insectes
Pièces buccales des phytophages (TP)
Ravageurs des cultures et denrées stockées- espèces invasives
Pollinisation entomophile
Pièces buccales de l’abeille et du papillon- Autres adaptations chez l’Abeille (TP)
Exemples de coévolution plantes –Insectes
IV- Relations interspécifiques animales : 7h 30 EI illustrées par des films et des échantillons
Stratégies de défense des Insectes
Insectes hématophages et vecteurs : rôle dans la transmission du paludisme, des trypanosomoses et
des filarioses - Insectes responsables des myiases
Insectes entomophages prédateurs et parasitoïdes
V- Relations intraspécifiques : 3h EI
Stratégies reproductrices- Grégarisation - Insectes sociaux
VI- Les Insectes recycleurs : 1h 30 EI 3h TP
Coprophagie- nécrophagie
Etude du bois mort et de la litière sur le campus- Utilisation de faunes (TP)
VII- La lutte contre les Insectes : 7h 30 EI
Lutte chimique- Lutte biologique et Lutte intégrée
Utilisation d’OGM : discussion autour d’articles sur le sujet
Travail personnel demandé aux étudiants : Préparation d’un exposé oral sur un thème choisi au début
de l’enseignement . Rétroprojecteur ou vidéo- projecteur seront à la disposition des étudiants pour ce
travail qui comptera dans l’évaluation .
___________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Laurent Coutte, Line Duportets, Alain Louveaux, Danièle Marchal, Sophie Nadot, et des intervenants
extérieurs IRD/CNRS et INRA
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
24
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biotechnologies - Bio-industries
Biol 176
L1S2
Responsables : Robert AUFRERE - Gilles HENCKES
UE de découverte
________________________________________________________________
Objectif :
Découvrir les différentes activités et les différents métiers dans les bio-industries au travers d'exemples
concrets.
Préparation des étudiants au DEUST de Biotechnologies et à la Licence professionnelle de Biologie
Appliquée à l’entreprise.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 10 h, TD : 40 h
Programme :
- Etude de fillières, produits et procédés des bio-industries
- Etude de différentes fonctions et différents postes dans les bio-industries
- Projet personnel : étude de cas, recherche d'un contrat d'apprentissage, ...
Moyens :
- Conférences
- Visite d'entreprises
- TD et ateliers
- Travaux personnels
___________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Robert AUFRERE, Gilles HENCKES
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
25
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Gènes, Mutants et Mutations
Biol 177
L1 S2
Responsable : : Eric Espagne, Aurélie Hua Van
UE de découverte
Objectifs : Introduire et discuter les notions de gènes, mutants et mutations chez divers organismes.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 5 h, TD : 10 h; TP : 35 h
Plan des enseignements :
TP de 3h
TP 1 : Un gène, une protéine, l’exemple de l’hémoglobine
TP 2 : Les pigments de l’œil de la Drosophile chez différents mutants
TP 3 : Microbiologie : résistance aux antibiotiques chez les bactéries (crible, mutagénèse UV)
TP 4 : Les groupes sanguins
TP 5 : Polymorphisme végétal vu par des zymogrammes
Travail en ateliers sur différents thèmes avec recherches bibliographiques :
1 : Les caractères et les gènes : histoire et exercices
2 : L’origine du polymorphisme
3 : Les techniques de microbiologie
4 : Les trois conditions des études de Mendel et les 3 lois de Mendel
5 : Le brassage génétique lié à la sexualité
6 : Biotechnologies : les ferments du lait, du pain, de la bière
7 : L’innovation génétique (transgénèse)
8 : Les organismes modèles en génétique
9 : Le paradoxe de l’ADN : L’ADN pour identifier des membres d’une famille ou pour identifier des
criminels
10 : Le gène, objet ou information
11 : Les chromosomes en mitose et méiose
Equipe pédagogique :
E. Espagne (MC), A. Hua Van (MC), J. Girard-Bascou (MC), P. Uguen (MC), F. Agnès (MC), C.
Lefebvre (MC), A. Boivin (MC), M. Heude (MC), A. Helbling (MC).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
26
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Formation pratique en biotechnologie
Biol L1S2
Responsables : Robert AUFRERE et Gilles HENCKES
UE de découvert, obligatoire pour le cursus "Biotechnologie"
________________________________________________________________
Objectifs :
Module de formation pratique s’adressant aux étudiants désirant choisir un parcours professionnel
(DEUST de Biotechnologies, Licence Professionnelle de Biologie Appliquée à l’entreprise) et destiné à
les préparer à leur futur environnement de formation par alternance (entreprise ou laboratoire).
Formation aux techniques et aux appareillages de base du laboratoire.
Acquisition de méthodes de travail propres au travail de technicien.
Entraînement à la communication scientifique et technique.
Volume horaire :
Total : 90 h , TD : 20h, TP : 70h
Contenu :
Réalisation d'une suite d’expérimentations (mutagenèse
d'un microorganisme, caractérisations
biochimiques des mutants) alliant les différentes techniques de base de microbiologie et de biochimie.
Techniques : pesées, pipetages, dilutions, pHmétrie, travail stérile, centrifugation, spectrophotométrie,
microscopie optique, ...
Méthodes de travail : maintenance du laboratoire et de son matériel; réalisation de protocoles
expérimentaux ; méthodes de calcul; élaboration de fiches techniques; tenue d'un cahier de laboratoire;
analyse critique des résultats d'expériences; initiation à l'anglais scientifique, exposés des travaux (oral,
écrit), ...
Équipe pédagogique :
Robert AUFRERE, Gilles HENCKES, Sylviane LIOTENBERG, Catherine DREUX, Claire HULEUX
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
27
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
MÉTHODOLOGIE
Biol 122
L1S2
Responsable : Maurice Wegnez
U.E. Obligatoire
Objectifs
Le but est d’améliorer les méthodes d’acquisition de connaissances tout en « découvrant » une discipline.
Ce module sera accessible dans différentes disciplines au choix de l’étudiant (Biologie : Biologie du
Développement, Génétique, Biologie Végétale... ; Chimie : Analyse Chimique).
Plan des enseignements
TD :
1) Amélioration de la prise de notes.
Analyse d’images et de figures, distinction entre protocole expérimental et retranscription graphique
d’une expérience.
3) Recherche d’information pertinente sur INTERNET.
4) Rédaction du résumé d’un texte.
5) Lecture critique d’un article de vulgarisation.
●
Recherche bibliographique sur un sujet proposé par un enseignant ou choisi par l’étudiant avec l’accord
d’un enseignant.
Trois «exercices» devront être accomplis par chaque étudiant : Rapport écrit, Prestation orale, Poster.
Volume horaire :
Total : 50 heures
Équipe pédagogique : Fabienne Chalvet, Darion Coen, Michel Laurent, Jean-Pierre Muller, Jean-Louis
Prioul, Martine Thomas, Maurice Wegnez…..
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
28
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Techniques de laboratoire
Biol
L1S2
Responsables : Robert AUFRERE et Gilles HENCKES
UE de découverte, obligatoire pour le cursus "Biotechnologie"
________________________________________________________________
UE de méthodologie pour le cursus "Biotechnologie"
Objectifs :
Module de formation pratique s’adressant aux étudiants désirant choisir un parcours professionnel
(DEUST de Biotechnologies, Licence Professionnelle de Biologie Appliquée à l’entreprise) et destiné à
les préparer à leur futur environnement de formation par alternance (entreprise ou laboratoire).
Apprendre à réaliser une série d'expériences en situation réelle avec soin et rigueur.
Développer initiative, autonomie, prise de responsabilité et sens de l'organisation dans ce contexte.
Volume horaire :
Total : 90 h , TD : 20h, TP : 70h
Contenu des enseignements :
Réalisation d'une suite d’expérimentations alliant différentes techniques de microbiologie et de biochimie
en associant les étudiants à la production en masse d’une enzyme purifiée.
Techniques : techniques de base de microbiologie et de biochimie, production de biomasse par
fermentation, extraction et purification de protéines, chromatographie, électrophorèse, tests d’activité et
de pureté, …
Équipe pédagogique :
Robert AUFRERE, Gilles HENCKES, Sylviane LIOTENBERG, Catherine DREUX, Claire HULEUX
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
29
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 3
UE
1
2
3a
3b
4a
4b
5a.1
type
UEF
UEF
UEF
UEF
UEF
UEF
UEC
5a.2 UEC
5a.3 UEC
5a.4 UEC
5b
UEC
5c
UEC
5d.1
5d.2
5d.3
5d.4
5e.1
5e.2
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
5e.3 UEC
5e.4
5e.5
5e.6
5e.7
6
UEC
UEC
UEC
UEC
UEO
Titre
Introduction à l’Analyse Génétique (GEN2)
Biochimie
Informatique appliquée à la biologie
Thermodynamique et rayonnement
Mathématiques de la modélisation 2
Algèbre et statistiques
Réactivité des molécules organiques
ID
Biol 202
Biol 200
Biol 201
Phys
Math291
Math294
Chim251
Physico-chimie des eaux naturelles
Energétique et transformations biologiques en milieu
aqueux
Chimie générale et organique
Paléontologie générale +
Sols et formations
La physique et les méthodes expérimentales en
biologie
Microbiologie générale
Découverte du paysagisme
Sport nature
Ergonomie : introduction
Analyse génétique chez les microorganismes
Une molécule de défense contre les bactéries : le
lysozyme
Aspects moléculaires et physiologiques de la
germination
Mise en place du schéma corporel
Physiologie intégrative
OGM entre science et société
Métabolisme énergétique
Anglais
Chim294
Chim201b
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
Parcours
Tous
Tous
Tous
Bioconcours
Tous
Bioconcours
Tous
(aussi en S1)
Tous
BCH
(tous en S4)
Bioconcours
Tous
ECTS
5
5
5
5
5
5
5
Tous
5
Biol276
Biol270
Biol271
Biol272
Biol273
Biol274
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
5
5
5
5
5
5
Biol275
Tous
5
Biol281
Biol279
Biol278
Biol277
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
5
5
5
5
5
Chim
Géos2016
et 2017
Phys292
5
5
5
5
30
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Introduction à l’Analyse Génétique (GEN2)
Biol 202
L2S3
Responsables : Chantal Astier, Fabienne Chalvet
U.E. : Obligatoire
tous les parcours de la mention biologie et mention biologie-chimie
Objectifs : Apprentissage des méthodologies génétiques appliquées aux procaryotes et eucaryotes.
Prérequis : Approche génétique du monde vivant ou PCEM
Volume horaire : Total : 50 h ; CM : 20h ; TD : 30h
Plan des enseignements :
CM :
Génétique Formelle : 16 h
Mutagenèse et cribles
Marqueurs et haplotypes
Relations génotype/phénotype (mutations conditionnelles, pléiotropie, pénétrance et expressivité)
Le gène défini par un groupe de complémentation, limite du test
Cartographie génétique
Modes de transferts de gènes chez les bactéries
Cartographie 3 points et par délétions procaryotes et eucaryotes
Régulation : le modèle opéron bactérien
Transposition et transformation par des plasmides
Systèmes modèles pour les maladies humaines
Les interactions géniques et l’épigénétique (succint)
Génétique des Populations : 4h
Introduction à la Génétique des Populations
TD de 3 h :
TD 1 : test de recombinaison
TD 2 : test de complémentation
TD 3 : cartographie 3 points et par délétions
TD 4 : Déterminisme génétique de la couleur de l’œil chez la Drosophile
TD 5 : mutagenèse par transposition chez la Drosophile
TD 6 : cartographie chez les procaryotes
TD 7 : Opérons bactériens
TD 8 : système modèle pour les maladies humaines
TD 9 : Génétique des Populations : description et évolution des populations
TD 10 : Génétique des Populations : régimes de reproduction
Equipe pédagogique :
C. Astier (PR), D. Coen (PR), A. Sainsard-Chanet (PR), P-H. Gouyon (PR), F. Chalvet (MC), S.
Liotenberg (MC), S. Arnaise (MC), B. Albert (MC), C. Karmazyn (MC), A-M Deneubourg (MC), J.
Girard-Bascou (MC), M-C Daugeron (MC).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
31
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biochimie
Biol 200
L2S3
Responsable : Pierre Le Maréchal
U.E. obligatoire
tous les parcours de la mention biologie et mention biologie-chimie
_____________________________________________________________________________
Volume horaire : Total : 50 h ; CM : 25 h ; TD : 25 h
Objectifs et programme
Introduction à la structure des molécules biologiques, au métabolisme énergétique et à l'enzymologie.
– Structure et propriétés des acides aminés. Structure et fonctions des protéines. Exemple des anticorps.
– Enzymes. Définitions. Bases de la cinétique enzymatique. Inhibitions compétitive et non-compétitive.
– Structure des acides nucléiques.
– Structure des composés osidiques (mono et polysaccharides).
– Métabolisme énergétique. Exemples de voies métaboliques et de leur régulation. Notion de transduction
des signaux.
– Rôle central de l'ATP. Couplages entre réactions d'oxydo-réduction et synthèse de l'ATP
(phosphorylation oxydative)
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique
Pierre Le Maréchal, Philippe Minard, Nicolas Bayan, Lisette Cohen
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
32
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Informatique Appliquée à la Biologie
Biol 201
L2S3
Responsable : Bruno Bost
U.E. obligatoire
_____________________________________________________________________________
Objectifs :
• démystifier l'outil informatique ;
• former des étudiants immédiatement efficaces devant un ordinateur, capables de s'adapter aux
évolutions techniques prévisibles, et capables de dialoguer avec des spécialistes de
l’informatique ;
• apporter les connaissances de base dans tous les domaines d'utilisation de l'informatique dans un
contexte biologique ;
• mettre en valeur la logique dans l'enchaînement d'instructions ou de commandes ;
• apprendre à rédiger/déchiffrer la documentation technique (manuel d'utilisation) d’un
programme ;
• initier à des logiciels classiques de biologie ;
• familiariser les étudiants à la présentation d'un document scientifique sur ordinateur (projet).
Plan des enseignements : (avec nb d’heures)
Enseignement intégré en salle informatique
volume horaire = 40h = 2 x 2h + 12 x 3h
• Introduction ; rôle de l’informatique en biologie ; exemples de logiciel de biologie (RasMol)
• Systèmes d'exploitation ; gestion des répertoires et fichiers
• Fichiers : types (fichiers de données / exécutables), origines, création, gestion, utilisation
• Notion de cahier des charges
• Programmation structurée (langage de programmation : C), en traitant des exemples biologiques
o Algorithmique
o Entrées/Sorties
o Variables (déclaration, types, utilisation) ; constantes
o Boucles définies et indéfinies
o Tests conditionnels ; conditions logiques
o Lecture/écriture de fichiers textes (entrées/sorties)
o Programmation modulaire :
Procédures : création, utilisation
Bibliothèques de programmes
Utilisation conjointe de procédures nouvelles et de procédures existantes (bibliothèques)
• Edition d’un programme ; compilation ; tests (exécution)
• Utilisation et rédaction de documentations techniques de programmes
Projet personnel (TER)
volume horaire = 10h / travail en binome
• Création d’un programme appliqué à un sujet scientifique
• Rédaction d’un rapport (présentation du sujet, du programme, des résultats…)
• Présentation du programme (structure, fonctionnement) sur ordinateur
Moyens nécessaires pour cet enseignement
Service informatique du bâtiment 336, avec accès à Linux sur tous les ordinateurs
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique
Bruno Bost (responsable, MC), Didier Casane (MC), Hervé Delacroix (PR), Stéphane Duquerroy (MC),
Olivier Lespinet (MC), Kamel Soudani (MC)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
33
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Thermodynamique et rayonnement
Phys
L2S3
Responsable : Hagop Sazdjian
U.E. obligatoire pour le cursus bioconcours
Objectifs : Enseignement de la physique faisant partie du programme préparatoire du Concours B
d’ENSA (Agronomie). S’adresse aux étudiants préparant ce concours.
Prérequis : Programme de physique de Physique Agro de L1 S2, programme de mathématiques de L1 S1
et de L1 S2 de la préparation au concours.
Volume horaire : Total : 50 h. CM : 25 h. TD : 25 h.
Programme : THERMODYNAMIQUE-RAYONNEMENT
1- Notions fondamentales de thermodynamiques
Grandeurs macroscopiques et microscopiques. Variables d'etat. Agitation thermique. Temperature. Conservation de l'energie.
Premier principe de la thermodynamique. Approximation des gaz parfaits.
2- Deuxieme principe de la thermodynamique
Transferts d'energie. Rayonnement des particules. Phenomenes irreversibles. Notions de microetats et de macroetats.
Deuxieme principe. Entropie.
3- Pression et equation d'etat des gaz parfaits.
Pression. Equation d'etat des gaz parfaits. Verifications experimentales. Mesure du nombre d'Avogadro. Equation de
l'hydrostatique.
4- Transformations des systemes
Transformations reversibles et irreversibles. Transformations isothermes, adiabatiques, cycliques. Fonctions d'etat et
differentielles totales. Degres de liberte. Lois de Laplace. Coefficients calorimetriques. Enthalpie.
5- Identite thermodynamique
Entropie d'un gaz parfait. Identite thermodynamique. Conditions de l'equilibre entre systemes. Melanges de gaz parfaits.
Contact de corps. Sources de chaleur. Fonctions et potentiels thermodynamiques. Fonction enthalpie, fonction energie libre ou
de Helmholtz, fonction enthalpie libre ou de Gibbs, potentiel chimique.
6- Machines thermiques
Inegalite de Carnot-Clausius. Principe des machines thermiques. Cycle de Carnot. Exemples de cycles moteurs. Machines
frigorifiques et pompes a chaleur.
7- Changements de phase des corps purs (optionnel, suivant temps disponible)
Phases d'un corps. Diagramme d'equilibre entre les phases. Vapeurs seches et vapeurs saturantes. Courbe de saturation.
Isothermes. Courbes de fusion et de solidification. Chaleurs latentes.
8- Rayonnement du corps noir
Corps noir. Formule de Rayleigh-Jeans. Quantification de l'energie et loi de Planck. Loi de Stefan-Boltzmann. Puissance
rayonnee. Exemple de l'equilibre thermique des planetes. Mesure des températures a distance.
9- Phenomenes de transport (devrait etre fait en premiere annee)
Diffusion moleculaire. Lois de Fick. Conduction de la chaleur. Loi de Fourier. Conduction de l'électricité. Loi d'Ohm.
Equipe pédagogique : Hagop Sazdjian.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
34
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Mathématiques de la modélisation II
Responsables :
U.E. au choix
Math291
L2S3
E. Gassiat
Volume horaire :
Total : 50, CM : 20h, TD : 30h
Objectifs :
Donner les outils probabilistes pour construire une méthodologie statistique. Analyse de données issues
de modèles d'évolution.
Prérequis :
Mathématiques de la modélisation I
Résumé :
Partie I (30 heures) : Probabilités et statistiques.
Tests d'hypothèses (choix et construction, tests gaussiens, tests du chi2), couples de variables aléatoires.
Partie II (20 heures) : Equation différentielles et méthodes numériques : savoir écrire une équation
associée à un problème donné, connaître les solutions classiques, savoir faire une étude qualitative et/ou
numérique.
Exemples de systèmes dynamiques en dimension 2.
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
Proposition d'exercices sous WIMS
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
35
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Algèbre et statistiques
Responsables :
U.E. au choix
Math294
L2S3
R. Fahlaoui
Volume horaire :
Total : 75, CM : h, TD : h, TP : h
Prérequis :
Mathématiques de la modélisation I (Math191) et Analyse et probabilité (Math194)
Résumé :
Algèbre linéaire :
Espaces vectoriels, sous-espaces vectoriels, combinaisons linéaires,indépendances linéaires, familles
génératrices, familles libres, bases, sous-espaces engendrés, droites et plans de l'espace.
Applications linéaires, composition d'applications linéaires, image, noyau, rang, endomorphisme,
automorphisme, projections vectorielles, symétries vectorielles.
Matrice d'un système de vecteurs, d'une application linéaire; opération sur les matrices, matrice de
passage.
Détérminant et applications, calcul pratique, système d'équations linéaires, inversion d'une matrice,
méthode du pivot de Gauss,
Polynôme caractéristique, valeurs propres, vecteurs propres, diagonalisation (sur des exemples de
matrices carrées de dimension trois).
Statistiques :
Théorème central limite.
Tests d'hypothèses et intervalles de confiances (modéles binomiaux et modèles gaussiens)
Régression linéaire simple.
Tests du chi-deux.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
36
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Réactivité des molécules organiques (1)
Responsables :
U.E. de découverte
Chim 251
L2S3
Christian Girard
Objectifs :
Introduction aux mécanismes réactionnels
Volume horaire :
Total : 50, CM : 17h, TD : 17h, TP : 16h
Prérequis :
L1S2 Introduction aux molécules organiques
Résumé :
Equilibre, vitesse et mécanismes constante d'équilibre et enthalpie libre standard diagramme de profil
d'énergie vitesse de réaction, constante de vitesse, énergie d'activation, états de transition, intermédiaires
réactionnels réactions catalysées.
Réactifs nucléophiles et électrophiles
Réactions d'addition sur les alcènes et alcynes hydrogénation catalytique additions électrophiles (X2,
BH3, HX, H2O.) ozonolyse additions radicalaires
Réactions de substitution et d'élimination des halogénoalcanes
E1, E2, SN1 et SN2
Réactions d'additions nucléophiles sur le carbonyle des aldéhydes et cétones
Acides carboxyliques et dérivés acidité et réactivité des acides et dérivés
Réactions de substitution en ? d'un carbonyle et réactions de condensation
Techniques usuelles en chimie organique expérimentale : 1) Chromatographie- Pouvoir rotatoire 2) Point
de fusion - Recristallisation 3) Distillation 4) Extraction
Equipe pédagogique :
Christian Girard
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
37
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Energétique des transformations biologiques en milieu aqueux
Chim 201b
Responsables :
U.E. de découverte
Objectifs :
L2S3 et S4
Nicolas Dacheux, Romuald Drot
Application des deux premiers principes de la thermodynamique aux transformations biologiques en
milieu aqueux
Volume horaire :
Prérequis : Aucun
Résumé :
Total : 50, CM : 18h, TD : 20h, TP : 12h
Description de l'état macroscopique d'un système chimique : quantité de matière, composition, état
physique (dans des conditions données de température et de pression), structure
Premier principe :
Travail, chaleur ; principe de la conservation de l'énergie
Fonctions d'état : énergie interne, enthalpie
Deuxième principe de la thermodynamique :
Fonctions d'état entropie S, enthalpie libre G
Principales caractéristiques d'une réaction chimique : équation chimique, stoechiométrie, avancement de
réaction, grandeurs de réaction
Prévision du sens des transformations spontanées : affinité chimique ; potentiel chimique ; états de
référence
Applications aux réactions biologiques ; réactions couplées
Loi des équilibres chimiques ; constante thermodynamique d'équilibre
Applications aux réactions en solutions aqueuse :
L'eau milieu du monde vivant ; solvant ; soluté
Acide-base : Définition de pH et d'acidité. Prédominance des espèces.
Comparaison de deux acides. Mesure et calcul des pH. Variation de pH au cours de dosage.
Oxydo-réduction :
Degré d'oxydation. Phénomène de transfert d'électron, pile.
Différence de potentiel. Electrode et électrode de référence.
Potentiel standard. Equation de Nernst. Variation de potentiel en fonction du pH.
Les exemples seront choisis afin d'illustrer les réactions acide-base et les réactions redox du milieu vivant
Travail expérimental
Chimie en solution
Ouvrages de référence :
F. Chouaib et al. Thermodynamique et Equilibres Chimiques (De Boeck
Université)
P. Arnaud cours de Chimie Physique (Dunod)
Equipe pédagogique : Nicolas Dacheux, Romuald Drot
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
38
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physico-chimie des eaux naturelles
Responsables :
U.E. de découverte
Objectifs :
Chim 294
L2S3
Roger Auger
Utilisation expérimentales des techniques physico-chimiques à l'études des eaux naturelles.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 10h, TD : 0h, TP : 40h
Prérequis :
Aucun
Résumé :
Techniques d'analyses Physico-Chimiques (spectroscopie visible, spectroscopie atomique,
chromatographie, polarographie, potentiométrie.) et sur la physico-chimie des eaux naturelles
(dissolution, précipitation...)
Etude bibliographique sur un sujet hydrologique
Travail expérimental
Travaux Pratiques d'analyse de l'eau de la rivière (l'Yvette) et de la mare à l'aide d'un matériel moderne
(spectromètre d'absorption atomique, spectrophotométrie U.V-visible, polarographie, chromatographie en
phase gazeuse, etc...). ...
Equipe pédagogique :
Roger Auger
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
39
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
PALEONTOLOGIE et SOLS ET FORMATIONS SUPERFICIELLES
Geol 2016 et 2017
L2S3
Responsables :
U.E. de découverte
Volume horaire :
Giuseppe Siani et Cécile Quantin
Total : 50, CM : 10 + 12h TD : 5 + 7h, TP : 10 + 6 h
1: Objectif : L'objectif de ce module est de donner aux étudiants une culture de base dans les
domaines de la Paléontologie
Contenu : Deux aspects de la paléontologie sont présentés :
PALEONTOLOGIE GENERALE
- Objectifs, méthodes et subdivisions de la Paléontologie.
- Organismes et milieux ; diffusion des espèces, conditions d'existence.
- Milieux biologiques.
- Définition de fossile : processus de fossilisation.
- Biocénose et Thanatocénose ; autochtonie et allochtonie ; remaniements.
- Paléoécologie : les fossiles, indicateurs des environnements du passé ; fossiles de faciès.
- Paléobiogéographie : les fossiles, indicateurs paléogéographiques : migrations, émigrations,
dispersions.
- Évolution : micro et macroévolution, extinctions, théories évolutives.
PALEONTOLOGIE SYSTEMATIQUE
Les invertébrés : origine et plans d’organisation majeurs. Présentation des principaux groupes
systématiques et leur évolution.
Introduction à la micropaléontologie
Références biblio : Raymond Enay. Paléontologie des invertébrés. Edition Dunod pages 233. Gerard
Bignot. Introduction à la Micropaléontologie. Paris, France: Editions des Archives Contemporaines,
2001 Soft Cover.
2: Objectif : Ce module a pour objectif la découverte de l'épiderme de la Terre que constituent les
formations superficielles (incluant les sols), observées quasiment partout mais généralement peu étudiées
voire oubliées en géologie.
Contenu : Les notions d'autochtonie et d'allochtonie, qui sont fondamentales pour comprendre l'origine et
le devenir des formations superficielles, seront tout d'abord abordées. Les grands types de formations
superficielles seront ensuite étudiées en fonction de leur relation avec le substrat : 1) altérites et sols pour
les formations autochtones (processus d'altération, redistribution de matière, rôle environnemental, …), 2)
formations glaciaires, fluviatiles, éoliennes et lacustres pour les formations allochtones. Leur évolution
ainsi que leur exploitation éventuelle seront également abordées.
Des TD (analyses de cartes, photographies aériennes, bilans d'altération, …) illustreront ces cours
théoriques ainsi qu'une sortie sur le campus présentant les grands types de sols présents ainsi que leur
relation avec la végétation et l'occupation humaine.
Pré-requis : aucun
Equipe pédagogique : Giuseppe Siani, Cécile Quantin, Laurent Bergonzini
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
40
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
La physique et les méthodes expérimentales en biologie
Responsables :
U.E. de découverte
Volume horaire :
Phys292
L2S3
R Mastrippolito
Total : 50, CM : 21h, TD : 21h, TP : 8h
Contenu :
- Contexte et question de biologie
- L'idée de, ou des mesures permettant de répondre à la question et les concepts physiques associés
(rappelés où présentés, suivant les cours)
- Les ordres de grandeurs : l'expérience est-elle faisable?
- Les détecteurs et l'instrument
- Des exemples de résultats... vers d'autres applications
Thèmes abordés
Des expériences de Pasteur (modèle)
du microscopique au macroscopique...
structure d'une molécule (cristallo, RMN, spectro-RMN)
voir une molécule (le traçage radioactif, RMN, fluorescent, Ca+ dépendant...)
séquencer l'ADN: des méthodes modernes aux méthodes futuristes
les réseaux de gènes et leur dynamique: puces à ADN
voir les virus : microscopie électronique
l'origine des potentiels d'action et leur mesure
la dynamique des cellules : méthodes optiques
localiser l'expression d'un gène
mesurer in-vivo une activité enzymatique
Equipe pédagogique : R Mastrippolito
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
41
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
MICROBIOLOGIE GENERALE
Biol 276
L2S3
Responsables : Florence CONSTANTINESCO et Corinne LEVI-MEYRUEIS
UE de découverte
Objectifs :
Sensibilisation à la microbiologie générale.
Initiation à l’étude et à l’application des microorganismes.
Méthodologie expérimentale.
Pas de prérequis.
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 5h, TD : 10h, TP : 35h
.
Plan des enseignements :
o Manipulations stériles.
o Croissance microbienne :
• comment cultiver des microorganismes ?
• courbes de croissance (turbidimétrie)
• méthodes de dénombrement
• observations microscopiques
o Diversité microbienne :
Comparaison de différents microorganismes procaryotes et eucaryotes (croissance, morphologie,
métabolisme) : Escherichia coli, Bacillus subtilis, Saccharomyces cerevisiae, bactéries lactiques, phages.
o Mode d’action et production d’antibiotiques :
• Plasmides de résistance aux antibiotiques.
• Antibiogrammes.
• Streptomyces et production d’antibiotiques colorés.
• Apparition de mutants spontanés d’Escherichia coli résistants à un antibiotique.
o Biotransformation :
Fermentation lactique : les bactéries du lait et du yaourt.
Equipe pédagogique :
Karine BLONDEAU
Florence CONSTANTINESCO
Christine HOUSSIN
Céline KARMAZYN-CAMPELLI
Corinne LEVI-MEYRUEIS
Pascale SERVANT
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
42
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Découverte du paysagisme
Biol 270
L2S3
Responsable : Sophie Nadot
UE de découverte
Objectifs :
Cet enseignement est destiné à faire découvrir aux étudiants les différents aspects du paysagisme, un
domaine qui va de la conception de jardins à l'urbanisme. Au travers d’analyses de documents, de sorties,
de conférences, ainsi que d'exercices de dessin et d'écriture, l’enseignement proposé vise à former le
regard et offre les bases permettant de comprendre ce qu’est le paysage.
Cette option s'adresse à ceux qui recherchent une ouverture vers des domaines autres que purement
scientifiques. Elle peut intéresser entre autres les étudiants qui souhaitent préparer le concours d'entrée
aux écoles de paysage (Versailles ou Blois par exemple).
Volume horaire :
Total : 50 h
EI : 50h
Plan des enseignements :
Qu’est-ce qu’un paysage ? (3h)
Réflexion sur la définition du terme « paysage ». Lecture d’un paysage : les différentes approches
(artistique, historique, géographique, écologique, sociologique etc.).
Découverte du campus d’Orsay (6h)
Les multiples facettes du campus d’Orsay. Le campus jardin botanique et espace public. Le schéma
directeur du campus.
Art et histoire des jardins (18h)
L’art des jardins de l’antiquité à nos jours. Application : visite de trois jardins de styles différents. Travail
personnel sur un jardin.
Arts plastiques et écriture (15h)
Travail sur la technique du croquis, sur la représentation en trois dimensions (bloc-diagramme, maquette)
et sur l’écriture.
Travail personnel (8h)
Evaluation des connaissances :
Rendus d’arts plastiques, commentaires d’articles, comptes-rendus de visites, projet d’aménagement.
Equipe pédagogique :
Sophie Nadot (MC Orsay)
Olivier Chauveau (responsable des espaces verts et des espaces publics, Orsay), Boris Menguy
(paysagiste DPLG)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
43
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
SPORT/NATURE
Biol 271
L2S3
Responsable : Alain Louveaux
UE de découverte
Objectifs : Cette UE découverte est destinée à des étudiants qui pratiquent un sport et ont une forte
motivation pour les Sciences de la Nature. L’enseignement est en partenariat entre la Biologie et l’UFR
STAPS. L’UE a pour but d’associer la pratique d’activités physiques de pleine nature à une connaissance
du milieu. Elle ouvre sur la Licence de Biologie Appliquée à l’Entreprise option « Guide naturaliste ».
L’UE est aussi recommandée pour des étudiants qui souhaiteraient s’orienter vers un Master en écologie ;
ou se préparer au métier de professeur des écoles.
Parcours : La suite logique de cette UE d’ouverture est le stage de Guillestre en milieu montagnard (non
étudié à Orsay). Ce stage adapté du stage de préparation à l’AGREG (C. Bock) associe activités
naturalistes et sportives.
Volume horaire : Total : 50 h
TP/TD :15 heures d’écologie de terrain
TP : 36 heures de sports avec trois sorties mixtes (Géologie Biologie Sport)
Course d’Orientation et VTT : 6 séances de 3 heures, pour 1/3 théorique et 2/3 pratique.
-
Pratique de la course d’orientation. Parc de Sceaux, forêt de Verrières,
forêt de Meudon et vallée de Chevreuse.
Le développement de la motricité spécifique au VTT TRIAL
Escalade : 6 séances de 3 heures, reparties en 1 H de théorie et 2H de pratique
Structures artificielles d’escalade. Site de bloc naturel à Fontainebleau.
Les techniques de progression, d’assurage et de sécurité. Les notions d’entraînement, de
préparation physique.
Ecologie de terrain : 5 séances de 3 heures
Connaissance des milieux dans lesquels se pratiquent les activités de pleine nature.
Le massif de Fontainebleau : Géologie, botanique et faune.
Visite de Sénart avec un Ingénieur forestier.
Etude du milieu aquatique sur une rivière de l’Essonne (La Rémarde).
Faune benthique, flore aquatique et rivulaire.
Notion de protection des espèces. Gestion des espaces sensibles.
La faune et la flore ordinaire du Campus
Equipe pédagogique :
● Louveaux MC
C. Bock PRAG
P. Maupu PRAG coordinateur STAPS
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
44
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Ergonomie : Introduction
Biol 272
L2S3
Responsable : J. Richardson
UE de découverte
__________________________________________________________________________________
Objectifs :
Ce module a pour objectif d'introduire les différents champs d'action de l'ergonomie. Chacun est
confronté par les difficultés d'utilisation des équipements sophistiqués dans leur travail ou leur vie de tous
les jours. Ces difficultés sont simplement perçues comme un inconvénient ou peuvent, plus sérieusement,
être à l'origine des pertes d'efficacité au travail ou avoir des effets néfastes pour la santé des personnes.
Le cours trace l'historique de l'ergonomie en France et la contribution des différentes sciences appliquées
au travail et leur contribution à l'amélioration des conditions du travail et la qualité de vie de différents
secteurs de la population. Les champs d'action de l'ergonomie sont aussi bien au niveau de l'objet : le
poste de travail et le produit, qu'au niveau plus important de l'organisation de travail de l'entreprise et la
place de l'opérateur humain dans les systèmes complexes.
Plan des cours :
Introduction à l'ergonomie. – Une approche historique - Différentes approches en ergonomie
Les champs concernés – Ergonome en entreprise, Ergonomie et handicap, Ergonomie et fiabilité
humaine, Ergonomie et l'innovation des produits
L'évolution de l'approche travail-santé. Le champ des relations travail-santé.
Modèles de l'homme au travail.
Charge de travail. Contraintes et astreintes.
Le rapport entre Tâche et Activité.
Approche démographique de la population au travail dans une entreprise. Vieillissement de la population.
Le rôle de l'Ergonomie dans les différents services de l'entreprise.
Ergonomie des Interfaces Homme-Machine. Conception des interfaces opérateur-machine ; Présentation
des informations. Contrôle / commande. Le modèle traitement de l’information. Les théories de l’action.
La notion de système et une approche globale. Conception des postes de travail. Anthropométrie.
Nombre maximum d’inscrits : 25
_________________________________________________________________________
Enseignants :
J.Richardson MC
C.Teyssedre MC
C. Briec
Intervenant ergonome
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
45
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
L’Analyse Génétique chez les Microorganismes
Biol 273
L2S3
Responsable s : S. Liotenberg,
UE de découverte
Objectifs :
Illustrer le contenu de l’U. E. Introduction à l’Analyse Génétique. Le but de cet enseignement est
d’utiliser les outils de génétique bactérienne.
Volume horaire :
Total : 70 h (TP, 50h ; TD, 20h)
Contenu des enseignements :
Cet enseignement comprend d’une part des TD permettant d’approfondir les notions fondamentales de
l’U.E. Introduction à l’analyse Génétique et d’autre part l’application de ces connaissances par une
semaine de TP.
En particulier seront développés
i) différents modes de transfert de l’information génétique chez les bactéries : transformation
(comparaison entre différents types bactériens) ; conjugaison (conjugaison Hfr interrompue et calcul de
distance génétique entre des marqueurs d’auxotrophie) ; transduction.
ii) notion de bactériophage (cycles lytiques, lysogénie, titration du lysat)
Nombre maximum d’inscrits : 40 / 60 - 20 / groupe
Contrôle des connaissances : évaluation écrite (compte-rendu) et exposé oral
Equipe pédagogique :
Chantal Astier (PR) Sylviane Liotenberg et Cécile Pasternak (MC)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
46
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Le lysozyme molécule de défense contre les bactéries :
Etude structurale et fonctionnelle
Biol 274
L2S3
Responsables : Lisette COHEN et Françoise VESIN
UE de découverte
Objectifs :
Illustration des relations structure-fonction des molecules du vivant à travers l’exemple du
lysozyme.
Pas de prérequis.
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 5h, TD : 10h, TP : 35h
Plan des enseignements :
TD : environ 15 h pour expliciter le propos des TP, dont une séance de bioinformatique (6h)
Analyse de documents (structure du peptidoglycane, les médicaments à base de lysozyme, les
antibiotiques)
TP : environ 35 h
o Cultures de bactéries Gram+ (substrat du lysozyme), et Gram• Courbe de croissance en l’absence ou en présence de pénicilline
• Dénombrement des bactéries sur milieu gélosé
o Extraction et purification du lysozyme à partir du blanc d’œuf de poule
• Chromatographie d’échanges d’ions
• Mesure d’activité enzymatique : analyse des paramètres influençant l’activité enzymatique
(concentration en enzyme, pH, température….)
• Dosage de protéines
• Détermination du rendement et du facteur de purification.
• Contrôle de pureté du lysozyme par électrophorèse en gel de polyacrylamide-SDS.
o A partir de lysozyme purifié
• Dosage des ponts disulfure (DTNB).
• Obtention de cristaux
Equipe pédagogique :
Lisette COHEN, Françoise VESIN, Hélène THERISOD
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
47
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Aspects moléculaires et physiologiques de la germination
Biol 275
L2S3
Responsables : J.C. Callen et M.N. Raymond
UE de découverte
Objectifs :
Cet enseignement vise, par des approches pratiques pluridisciplinaires, à mettre en œuvre une démarche
expérimentale conduisant à la quantification de différents processus biologiques dans un modèle végétal.
Cette UE (ou une équivalente s’inspirant de la même démarche pédagogique) devrait obligatoirement
être suivie par les étudiants se destinant à suivre les L3 « biologie moléculaire et cellulaire » ou « biologie
des organismes et écosystèmes »
Volume horaire :
TP : 40h
TD : 10h
Plan des enseignements :
TP :
Matériel d’étude :
la pomme de terre ou le blé
Contenu du programme :
- analyse histocytologique et cytoenzymatique du modèle biologique dans deux situations
physiologiques, l’organe de réserve et la plantule
- fractionnement cellulaire des deux organes et caractérisation des fractions obtenues
- purification de différentes macromolécules (protéines, ADN, polysaccharides, pigments) soit dans
l’organe de réserve, soit dans la plantule
- mesure de l’activité d’une ou deux enzymes (phosphatase acide, amylase, tyrosinase…), tracés de
cinétiques de réaction, analyse de paramètres physicochimiques influençant l’activité enzymatique
- détermination de l’activité spécifique de l’une des enzymes précédemment étudiée (après dosage
des protéines) et comparaison des activités spécifiques de cette enzyme dans différentes situations
physiologiques (organe de réserve et plantule)
- mesure des échanges gazeux au cours de la germination
TD :
Chaque partie du TP sera précédée par des rappels de cours puis complétée par des exercices en rapport
avec le thème étudié
Equipe pédagogique : J.C. Callen, G. Cornic, C. Huleux, M. Lemullois,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
48
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Mise en place du schéma corporel
Biol 281
L2S3
Responsable François AGNES
UE de découverte
Comment se mettent en place les polarités chez un organisme pluricellulaire ? Cette question
fondamentale de la biologie du Développement est abordée par une approche pluridisciplinaire
(moléculaire, génétique et cellulaire) chez plusieurs organismes modèles animaux (xénope, drosophile,
nématode) et végétaux (arabidopsis).
Objectifs :
- Acquérir une démarche scientifique et réaliser des expériences.
- Savoir rédiger un compte-rendu sous forme d’une publication.
- Comprendre un processus de développement en l’altérant.
- Comprendre les notions de différenciation et de communication cellulaire dans l’espace et le temps
- Comprendre les notions d’expression génique in vivo
- Comprendre le rôle d’un gène dans un processus de développement par le biais de mutants
Méthodologie :
- Manipulation du vivant (Drosophila melanogaster, Xenopus laevis, Caenorhabditis elegans et
Arabidopsis thaliana )
- Perception des plans d’organisation (embryons, adultes)
- Embryologie expérimentale et analyse de phénotypes
- Détection du patron d’expression de plusieurs gènes
- Rédaction d’un compte-rendu sous forme d’article de recherche
Prérequis : notions de biologie du développement
Nombre maximum d’inscrits : 25
Contrôle des connaissances : rédaction d’un mini-article de recherche.
volume horaire : total: 50 h CM 5h, TD 10h, TP 35h
Equipe pédagogique:
F. AGNES, H. COUVOISIER, E. CULETTO, O. BRONCHAIN, M. DELARUE, J.P. MULLER
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
49
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physiologie Intégrative
Biol 279
L2S3
Responsable: Heather McLean
UE de découverte
___________________________________________________________________
Objectif :
exposer aux étudiants la physiologie en tant que discipline d’étude des grandes fonctions animales et
humaines. L’objectif principal de ces enseignements est de montrer que l’organisme vivant est un tout
dont chaque partie ne peut être dissociée de l’ensemble, malgré la nécessité d’une approche
réductionniste. Les enseignements sont décomposés de la manière suivante :
Physiologie des fonctions autonomes (6h) : Introduction à l’anatomie et la pharmacologie du
système nerveux autonome en prenant comme exemple l’influence émotionnelle sur la régulation
cardiorespiratoire et la physiologie de l’exercice.
Physiologie des systèmes sensoriels (6h) : Initiation au le fonctionnement général des systèmes
sensoriels suivie par un étude plus profonde des systèmes somesthésique et auditif. Une partie de
ces enseignements prendra forme d’une séance de travaux pratiques.
Physiologie comportementale (6h) : Exploration des états de vigilance, veille et sommeil et le
comportement sexuel et maternel.
Fonctions cognitives (9h) : Exposé des approches expérimentales sur l’apprentissage de la mémoire
Endocrinologie (9h) : Introduction à l’endocrinologie, en prenant comme exemple le diabète sucré
et ses conséquences physiologiques (il s’agit de la pathologie endocrine la plus répandue).
Neuroendocrinologie (2h) : Initiation à la neuroendocrinologie à partir de l’exemple de la leptine et
du neuropeptide Y ou de l’hormone antidiurétique (ADH) et de la pathologie qui lui est associée, le
diabète insipide.
Métabolisme (2h) : Les grandes voies du métabolisme inter-prandial et du métabolisme postprandial.
Nutrition (10h) : La consommation alimentaire en France. La consommation d’alcool et son
métabolisme. La consommation de cholestérol et des trois grands types d’acides gras, en relation
avec les risques d’athérosclérose (première cause de mortalité en France).
_______________________________________________________________________
Enseignants : Mme Feuvray, M Gripois, M Hars, Mme McLean, M Taouis
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
50
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
OGM entre science et société
Biol 278
L2S3
Responsable : Sophie Nadot
UE de découverte
___________________________________________________________________
Objectifs :
Nous souhaitons proposer aux étudiants de Licence une découverte de la notion d’Organisme
Génétiquement Modifié sous différents angles, allant de l’aspect purement scientifique (fabrication d’un
OGM bactérien, végétal ou animal) à l’aspect sociologique (éthique) en passant par l’écologie (impact
des OGM sur l’environnement). Cette découverte se fera sous forme d’un enseignement intégré avec des
conférences faisant intervenir des chercheurs d’organismes de recherche tels que le CNRS ou l’INRA, et
sous forme de Travaux Pratiques. L’évaluation sera faite par le biais d’un travail de recherche
bibliographique.
Il s’agit d’un enseignement totalement transversal faisant intervenir des disciplines aussi variées que la
microbiologie, la biologie moléculaire, la biologie cellulaire, la biologie végétale, la biologie animale,
l’écologie et la sociologie.
Volume horaire :
Total : 50 h ; EI : 25h; TP : 25h
Plan des enseignements :
EI :
Construction d’un Organisme Génétiquement Modifié
Présentation des différents modèles (Escherishia coli, transformation des plantes par Agrobacterium
tumefasciens, transformation animale)
Utilisation des OGM en recherche fondamentale, en l’agriculture et dans les biotechnologies
Conférences par des chercheurs en agronomie (pourquoi produire des plantes et animaux transgéniques),
en biotechnologies (utilisation des OGM pour la production de médicaments ou de cosmétiques) et des
chercheurs « fondamentaux ».
Impact des OGM sur l’environnement
Introduction aux notions de flux de gènes et de succès reproducteur sous forme de cours intégrés.
Perception des OGM par la société
Conférences et discussions sur le problème du transfert de l’information entre scientifiques, industriels et
grand public.
Projet personnel
Recherche bibliographique sur un thème lié aux OGM, rédaction d’un mémoire et présentation orale.
TP :
Transformation bactérienne
___________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Pierre Capy (PR, Orsay), Jane Lecomte (MC, Orsay), Loïc Morin (MC, Orsay), Sophie Nadot (MC,
Orsay)
Agnès Ricroch (INA-PG), Robert Haïcour (UPMC), ainsi que des chercheurs de l’INRA de Jouy et de
Versailles et de l’IBP (UPS).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
51
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Etude physiologique et biochimique du métabolisme énergétique dans différentes
conditions physiologiques
Biol 277
L2S3
Responsables : L. Méry et C. Huleux
UE de découverte
Objectifs :
Cet enseignement vise, par des approches pratiques pluridisciplinaires, à mettre en œuvre une démarche
expérimentale conduisant à la quantification de différents processus physiologiques.
Cette UE (ou une équivalente s’inspirant de la même démarche pédagogique) devrait obligatoirement
être suivie par les étudiants se destinant à suivre les L3 «Biologie Moléculaire et Cellulaire» ou «Biologie
des Organismes et Ecosystèmes ».
Volume horaire : UE 50 h dont 35 h TP (voir ci-dessous) et 15 h TD : rappels de cours, exercices et
analyses de documents en rapport avec le thème étudié.
Travaux pratiques
1) Origine de l'énergie utilisée - valeur calorifique des différents nutriments :
● Variations du quotient respiratoire en fonction du régime alimentaire.
● Analyse nutritionnelle des étudiants établie sur une ou quelques journées, permettant
notamment de comparer apports et dépenses énergétiques.
2) Mise en évidence de l’adaptation du métabolisme énergétique dans le foie et le muscle de rat suivant
les conditions physiologiques : rat nourri au repos ou soumis à un effort physique, rat à jeun et au
repos.
Le glycogène
• Isolement du glycogène et dosage par colorimétrie.
• Hydrolyse acide du glycogène et dosage enzymatique du glucose libéré.
• Interprétation et comparaison des 2 méthodes de dosage du glycogène.
Le glucose 1 phosphate : produit de dégradation du glycogène.
● Purification du glucose 1 phosphate sur colonne échangeuse d’anions et quantification
Le lactate
● Dosage enzymatique du lactate plasmatique et étude de la lactate déshydrogénase du muscle et
du foie.
3) Métabolisme du glucose, principal support énergétique du métabolisme chez l'homme:
• Influence de l’administration de glucose sur la glycémie et l’insulinémie du rat.
• Dosage colorimétrique du glucose.
• Principe du dosage radioimmunologique de l’insuline et calculs à partir de valeurs obtenues
au préalable au laboratoire. Mise en évidence d’une boucle régulatrice.
4) Notions de dépense énergétique de fond et de dépense énergétique de fonctionnement.
•
Mesure du métabolisme de base par calorimétrie indirecte.
Influence de l’administration de glucose sur la glycémie et l’insulinémie du rat.
• Evaluation des fluctuations des dépenses énergétiques provoquées par l'absorption alimentaire,
l'exposition à différentes températures ambiantes ou l'exercice physique.
______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
L. Cohen, D. Gripois, C. Huleux, L. Méry, H. Thérisod, F. Vesin.
●
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
52
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 4
UE
1
2/3a
2/3b
2/3c
2/3d
type
UEF
UEC
UEC
UEC
UEC
2/3e
3f
UEC
UEF
3g
4a1
UEF
UEC
4a2
4a3
4b
UEC
UEC
UEC
4c
4d1
4d2
4e
4f
5/6
UEC
UEC
UEC
UEC
UEC
UEO
Titre
Techniques de bases de biologie moléculaire
Biologie du développement animal et végétal
Ecologie et biologie quantitative des populations
Physiologie animale
Grandes fonctions des plantes : nutrition et
reproduction
Microbiologie
Algorithmique et programmation
Synthèse organique expérimentale
Energétique et transformations biologiques en
milieu aqueux
Réactivité des molécules organiques 2
Chimie bioorganique
Physique des fluides en biologie: transport et
diffusion
Algèbre et analyse de données
Introduction à la modélisation en biologie
Biologie interdisciplinaire
La terre : processus endogènes et exogènes
Economie générale
stage
UE spécifique du cursus "Biotechnologie" S3 et S4
UE
type Titre
1
UEF Génie Biologique
2
UEF Chimie organique
3
UEF Bioinformatique et statistiques
4.1
UEF Chimie générale
4.2
UEO Anglais
5
UEF Microbiologie
6
UEF Méthodes biochimiques et biophysiques
7
UEF Formation pratique : biologie moléculaire
8
UEF Formation pratique : cultures cellulaires et bioréacteurs
9-12 UEF Apprentissage / Stage
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
ID
Bio214
Bio210
Bio211
Bio212
Bio213
Parcours
Tous
Tous
Tous
Tous
Tous
ECTS
5
5
5
5
5
Bio215
Info226
5
5
Chim252
Chim206b
Phys291
Tous
BIBS
(Eco en S6)
BCH
Tous
(BCH en S3)
BCH
BCH
Tous
5
5
5
Math292
Bio280
Bio
Géos21b
Ecog33
Bio216
Tous
Tous
Bioconcours
Tous
Tous
Tous
5
5
5
5
5
10
Chim253
Chim201b
ID
Bio
Bio
Bio
Chim
Bio
Bio
Bio
Bio
parcours
Biotechno
Biotechno
Biotechno
Biotechno
Biotechno
Tous
Biotechno
Biotechno
Biotechno
Bio
Biotechno
5
5
ECTS
5
5
5
2.5
2.5
5
5
5
5
20
53
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TECHNIQUES DE BASE DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE
Biol 214
L2 S4
Responsables : M. DuBow
U.E. obligatoire
____________________________________________________________________________________
Objectifs :
Les techniques issues des recherches en biologie moléculaire sont maintenant devenues des techniques
universelles pour la plupart des disciplines de la biologie. Cette UE a pour but, à partir des connaissances
acquises en L1 de donner aux étudiants les bases théoriques de ces techniques et le champ de leurs
applications. Ces données seront illustrées par des exemples pris dans le domaine de la recherche de la vie
économique ou de la société. Les limites de ces techniques et les précautions à prendre dans leur emploi
seront plus particulièrement analysées dans la partie Travaux Dirigés.
Volume horaire : Total : 50 h ; CM : 20h ; TD : 30h
Plan des enseignements :
Techniques dérivées des connaissances sur les bactériophages : enzymes de restriction, séparation des
fragments d’ADN, plasmides, clonage (6 h)
Techniques dérivées des connaissances sur les acides nucléiques : Southern, Northern, (2 h)
Techniques basées sur la réplication : séquencage, PCR (4 h)
Techniques basées sur la transcription : cDNA, RT-PCR (2 h)
Techniques basées sur la traduction : synthèse in vitro de protéines (1 h)
Techniques basées sur les protéines : Western, ELISA, «Tags», (2 h)
Exemples d’application dans la recherche ( 2 h)
Exemples d’application dans la société ( 3 h )
__________________________________________________________________________________
Enseignants (pressentis) : DuBow, Rossignol,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
54
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
BIOLOGIE DU DÉVELOPPEMENT ANIMAL ET VÉGÉTAL
Biol 210
L2S4
Responsables : Maurice Wegnez et Martin Kreis
U.E. au choix
Objectifs du cours : Le but du module sera de présenter les concepts de base de la discipline et les
principales modalités du développement (Animaux : Drosophile, Nématode, Poisson-Zèbre, Xénope,
Poulet, Souris; Végétaux : Arabidopsis).
Objectifs des Travaux Pratiques et Dirigés :
Susciter la réflexion des étudiants, les former à l’esprit critique.
Volume horaire :
Total : 50 heures, CM : 26 heures , TD : 18 heures, TP :
6 heures
Plan des enseignements :
COURS MAGISTRAUX
BIOLOGIE DU DÉVELOPPEMENT ANIMAL
Concepts de base
Homologie, Clone, Détermination, Différenciation, Induction, Voie de signalisation, Apoptose...
Modèles
Pour chaque modèle, les aspects suivants seront traités :
● Description du développement.
● Apport de chaque modèle dans le contexte actuel et historique de la discipline.
Aspects éthiques
Seront évoqués également les problèmes éthiques et de société qui découlent des avancées récentes de la
discipline, particulièrement en qui concerne les nouvelles possibilités de clonage.
BIOLOGIE DU DÉVELOPPEMENT VÉGÉTAL
Développement de l’embryon, de la fleur et des fruits ; fonctionnement du méristème.
Mécanismes moléculaires de l’action des phytohormones.
TD :
Développement et évolution de l’organe visuel : unité ou diversité ?
Les cellules de crête neurale : chimères caille / poule
Le développement des Insectes
Analyse de textes de vulgarisation ayant trait à la Biologie du Développement
Développement de l’embryon et de la fleur d’Arabidopsis
Mode d’action des phytohormones
TP :
Pratique des greffes en embryologie expérimentale chez le Xénope (2 séances)
Équipe pédagogique : Responsables : Maurice Wegnez et Martin Kreis
Responsable TP/TD : Hélène Courvoisier
Autres enseignants : François Agnes, Odile Bronchain, Laurent Coutte, Marianne Delarue, Yves
Deveaux, Aurélie Hua Van, Danièle Marchal, Fanny Rybak
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
55
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Ecologie et Biologie quantitative des populations
Biol 211
L2S4
Responsable : Claire Lavigne
U.E.au choix
____________________________________________________________________________________
Objectifs :
L’objectif d’un enseignement d’Ecologie et Biologie quantitative des populations est mixte. Il permettra
d’abord de faire découvrir ces disciplines aux étudiants. Les étudiants qui ne se dirigent pas vers le parcours
de L3 Biologie des organismes et des Ecosystèmes auront ainsi un minimum de connaissances du domaine
afin de pouvoir décrypter l’information disponible des médias (catastrophes écologiques, biodiversité). Ce
cours sera, en outre, un prérequis au parcours de L3 Biologie des organismes et des Ecosystèmes.
La notion de changement d’échelle (du comportement des individus au fonctionnement des écosystèmes)
servira de guide tout le long du cours.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 30, TD : 20
Plan des enseignements :
CM :
Introduction à l’écologie, les grandes étapes dans la reconnaissance de l’écologie scientifique
Ecologie du comportement
Bases de la dynamique des populations
Dynamique d’une population homogène
Sans ou avec limitation de ressources
Dynamique d’une population hétérogène
Modèles proies-prédateurs
Espèces et spéciations et écologie
Notion d’espèce
Modèles de spéciations
Biogéographie
Introduction
Les contraintes de l’environnement dans la répartition des espèces
Les contraintes historiques, tectonique des plaques
Phylogéographie
Biodiversité et développement durable
Identification des menaces
OGM
Ecologie des communautés, mise en place des relations trophiques
TD :
Ecologie du comportement, insectes sociaux
Dynamique des populations 1, 2, 3 et 4
Biogéographie I, zones refuges
Biogéographie II, phylogéographie
Biologie de la conservation, développement durable
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : Claire Lavigne, Béatrice Albert, Delphine Sicard, Jane Lecomte,Emmanuelle Baudry,
Marc Girondot
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
56
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physiologie animale
Biol 212
L2S4
Responsables : Hervé Daniel et Heather McLean
U.E. au choix
Objectif :
Cet enseignement consiste en une introduction aux méthodes et aux concepts de la physiologie animale avec
comme types cellulaires principalement étudiés les neurones, les cellules gliales, gustatives, sanguines et
rénales. Il s’attache à traiter les interactions fonctionnelles entre ces types cellulaires et présente également
l’environnement liquidien de ces cellules, en insistant particulièrement sur la régulation de l’osmolarité, du
PH et des divers volumes liquidiens extracellulaires. Les exemples analysés en détail feront appel aux divers
modèles animaux vertébrés et invertébrés.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 25,5 TD : 18 TP : 7,5
Plan des enseignements :
Cours : (25,5h)
Physiologie cellulaire: Interactions fonctionnelles entre cellules gliales et neurones. Bases et techniques de
l’électrophysiologie cellulaire (courant imposé, patch-clamp). Communications cellulaires: signaux électriques
(canaux ioniques sodiques et potassiques sous-tendant les potentiels d’action - conductance élémentaire, probabilité
d’ouverture, courant global, courbes courant-voltage, inactivation, pharmacologie) et messagers chimiques (étude
de la synapse neuromusculaire – organisation fonctionnelle, récepteurs ionotropes nicotiniques…). Un exemple de
physiologie sensorielle: la sensibilité gustative (reconnaissance, transduction et codage des saveurs fondamentales).
(13,5h)
L'environnement liquidien de la cellule : Les compartiments liquidiens de l'organisme : sang, lymphe et
liquide interstitiel (mesures de leur volume, de leurs concentrations ioniques, échanges entre ces compartiments).
Régulation de l'osmolarité, du volume et du PH des liquides extracellulaires. Le sang. L’hémostase. La lymphe et le
système lymphatique. Eléments d’immunologie. Physiologie rénale. (12h)
Travaux pratiques : (18h)
1/ Batterie de diffusion 2/ Activité électrique du nerf sciatique 3/ Potentiel de membrane
(Expérimentation Assistée par Ordinateur) 4/ Physiologie du goût 5/ Mesure du volume sanguin et
dosage du sodium et du potassium plasmatique 6/ Physiologie rénale (EAO).
Travaux dirigés : (7,5h)
1/ Activité ionique 2/ Pouvoir tampon du sang 3/ Potentiel de la membrane 4/ Transports membranaires
5/ Exploration fonctionnelle du rein.
Enseignants :
H. DANIEL (PR UPS), D. GRIPOIS (MC UPS), H. McLEAN (MC UPS), L. MERY (MC UPS), O.
MIGNEN (MC UPS), C. RAMPON (MC UPS)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
57
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Grandes Fonctions des Plantes : Nutrition et Reproduction
Responsables :
Biol 213
L2S4
G Noctor (cours), A Mahé (TP/TD)
U.E au choix
Volume horaire : Total : 50 h ; CM : 20 h ; TD/TP : 30 h
1.
Comment se nourissent les plantes ?
Cours G Noctor 10 h
• Découverte de la photosynthèse
• Bases physicochimiques de la photosynthèse
• Capture de la lumière et réactions photochimiques
• Transfert d’électrons et synthèse d’ATP
• Assimilation du CO2. Le cycle de Calvin
• Rapports photosynthèse-respiration
• La photorespiration
• La photosynthèse en C4
• Rapports source-puits dans la nutrition végétale
• Absorption et assimilation des minéraux
• Fixation de l’azote
EI / TP / TD A Mahé, J Hoarau, M Delarue, H Vanacker
18 h
• TP
Séparation chromatographique de pigments photosynthétiques
• TP
Mesures d’échanges gazeux
• EI
La plante et l’eau
2.
6h
7h
5h
Comment se reproduisent les plantes ?
Cours G Belliard
10 h
• Introduction : Place des Angiospermes parmi les Végétaux
• Organisation et fonction de la fleur
• La double fécondation et ses conséquences
• Totipotence des cellules végétales et reproduction asexuée
• Modalités et régimes de reproduction sexuée
• Systèmes favorisant l’allogamie et le brassage génétique
• Pollinisation = transport c’est-à-dire dissémination des gamètes mâles dans le pollen
• Importance de la polyploïdie chez les plantes à fleurs
EI / TP / TD C Charon, D Sihachakr, E Picard, P Dutuit, M Dufresne
12 h
• TP/TD Etude de la fleur des Dicotylédones
3h
• TP/TD Etude des inflorescences
3h
• TP/TD Etude de la fleur des Monocotylédones
3h
• TP/TD Fruits et graines
3h
__________________________________________________________________________________
Équipe pédagogique :
G Noctor (cours), A Mahé (TP/TD/EI), C Charon (TP/TD/EI)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
58
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Microbiologie
Biol 215
L2S4
Responsable : Loïc Morin
U.E. au choix
Objectifs :
Ce module est destiné à faire découvrir aux étudiants la diversité du monde microbien dans son ensemble,
et notamment à travers l’apport des technologies récentes à la compréhension du fonctionnement des
microorganismes. L’enseignement sera plus particulièrement orienté vers les groupes d’organismes dont
la connaissance est indispensable dans le cadre d’une formation de base de biologistes en relation avec la
vie quotidienne de citoyen : bactéries pathogènes, champignons et mycoses, virus, parasites,
biotechnologie, bactéries des milieux extrêmes
Volume horaire :
Total : 50, CM : 30, TD : 20
Plan des enseignements :
Eubactéries :
structure et classification, milieux de vie, biofilms, exemples de bactéries pathogènes, biotransformations
Archébactéries :
structure et classification, la vie bactérienne dans les milieux extrêmes
Virologie :
Découverte et définition des virus, structure, cycle viral, importance en santé publique, en agronomie et
dans la recherche
Protistologie :
les grands groupes de protistes vus à travers l’évolution de la cellule eucaryote et notamment les
endosymbioses, le parasitisme
Champignons :
les champignons filamenteux et les levures, exemples de pathogènes, biotransformations (fermentation
alcoolique)
Pré-requis :
Notions de base de biologie cellulaire
Enseignants prévus :
Florence Constantinesco, Marie Dufresne, Mireille Leduc, Loïc Morin, Jean-Michel Rossignol
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
59
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Algorithmique et programmation
Info 226
L2S4
Responsable : Alain Denise
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BIBS
Objectifs : Approfondir les connaissances en algorithmique et programmation impérative. Connaître et
manipuler les types de données structurées universels en informatique (séquences, listes, arbres, graphes).
Avoir des notions d’analyse de la complexité des algorithmes.
Prérequis : UE Biol201 Informatique Appliquée à la Biologie ou équivalent.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 15
TD : 15
TP : 20
Plan des enseignements :
CM/TD :
-
Algorithmes classiques de tri des données.
Séquences : algorithmes basiques de recherche de motifs.
Listes chaînées : différentes représentations et algorithmes afférents.
Arbres et graphes : concepts théoriques et structures de données associées.
Sensibilisation à la complexité : notions sur les problèmes NP complets et sur l’analyse
en moyenne d’algorithmes.
TP :
-
Les TP donneront l’occasion aux étudiants d’appliquer les concepts vus en cours/TD
sur des problématiques bioinformatiques. Le langage de programmation sera le C.
Equipe pédagogique :
Patrick Amar (MC)
Alain Denise (Pr)
Stéphane Vialette (MC)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
60
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Synthèse organique expérimentale
Chim253
L2S4
Responsable : C Girard
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BCH
Objectifs :
Introduction à la synthèse organique
Prérequis :
Introduction aux molécules organiques (Chim 151), Réactivité des molécules organiques 1 (Chim 251),
Réactivité des molécules organiques 2 (Chim 252)
Volume horaire :
Total : 50 h TP
Plan des enseignements :
Travaux pratiques de synthèse organique
Alcools et cétones.
Préparation d'un alcool tertiaire par synthèse magnésienne.
Menthone et menthol: étude stéréochimique.
Synthèse de l'aspirine et du salicylate de méthyle.
Synthèse de deux fragrances: orange et menthe.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
61
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Réactivité des molécules organiques 2
Chim252
L2S4
Responsable : Christian Girard
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BCH
Objectifs :
Introduction à la synthèse organique
Prérequis :
Introduction aux molécules organiques (Chim 151) Introduction aux molécules organiques
Réactivité des molécules organiques 1 (Chim 251) Réactivité des molécules organiques (1)
Volume horaire :
Total : 25 h
CM : 12
TD : 13
Plan des enseignements :
Substitutions électrophiles
Réactions radicalaires
Réarrangements moléculaires
Etude de quelques groupes fonctionnels biologiquement intéressants (amines et leurs dérivés, alcools,
éthers-oxydes, thiols, etc)
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
62
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie bioorganique
Chim206b
L2S4
Responsable : Ally Aukauloo
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BCH
Objectifs :
Volume horaire :
Total : 25 h
CM : 12
TD : 13
Plan des enseignements :
* Introduction à la Chimie Inorganique
Place de la chimie inorganique dans le monde du vivant. Relation chimie inorganique et chimie de
coordination. Recherche fondamentale et appliquée. * Concepts atomiques utiles
Densité de probabilité. Formes des orbitales. Remplissage électronique. Le tableau périodique. Evolution
des propriétés. * Structures moléculaires
Ecriture de Lewis: liaison covalente, doublet libre. Modèle de répulsion de paire (VSEPR). Topologie
moléculaire. * Structures des solides
Liaison ionique. Propriétés.Structures typiques. Notions de réseau et de maille. Propriétés de conduction
(Modèle de Bande) * Chimie de coordination I
Notion de complexe (acide et base de Lewis). Nomenclature des ligands (géométrique et Green). Ligand
comme porteur d'information chimique: application biologique. Décompte électronique. Inertie et labilité.
Notion de chimie redox.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
63
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physique des fluides en biologie: transport et diffusion
L2S4
Responsables :
U.E. de découverte
M Davier
Volume horaire :
Total : 50, CM : 18h, TD : 20h, TP : 12h
Phys292
Ecoulement des fluides:
fluides parfaits, théorème de Bernoulli,
application a la circulation sanguine,
fluides visqueux, écoulement de Poiseuille, mouvement dans un fluide visqueux,
application a la locomotion animale, turbulence.
Phénomènes de surface:
tension superficielle, gouttes et bulles, surfactant pulmonaire, ascension capillaire.
Transport:
agitation thermique, marche au hasard et diffusion, transport passif de molécules, lois de Fick,
transport de quantité de mouvement et viscosité,
transport d'énergie et équation de la chaleur,
transport actif sous l'effet d'un champ extérieur,
relation d'Einstein entre diffusion et viscosité,
sédimentation et centrifugation,
conductivité électrique.
Equipe pédagogique : M Davier
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
64
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Algèbre linéaire et analyse des données (ALAD)
Math292
L2S4
Responsables :
E. Gassiat
U.E. obligatoire pour parcours BIBS et de découverte pour les autres parcours de biologie
________________________________________________________________________
Objectifs :
Bases d'algèbre linéaire utiles pour l'étude de tableaux de données
Résumé :
Espaces Vectoriels
Outils de géométrie euclidienne
Vecteurs gaussiens
Applications linéaires et matrices associées
Modèle linéaire gaussien
Inversion des matrices. Systèmes linéaires
Valeurs propres et vecteurs propres
Analyse en composantes principales et lien avec le modèle linéaire
Analyse factorielle des correspondances et lien avec les modèles discrets
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
65
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Introduction à la Modélisation en Biologie
Biol 280
L2S4
Responsable :
Michel Laurent
UE de découverte
Objectifs :
La modélisation des phénomènes biologiques est une discipline originale et en plein développement qui
nécessite de pouvoir franchir les frontières disciplinaires. Un modèle n'est pas une simple mise en ordre
de l'observation. Les modèles biologiques modernes cherchent à identifier, au delà des corrélations, les
liens de causalité susceptibles d'exister entre des phénomènes en apparence disjoints. Lorsque la
discipline a acquis une maturité suffisante, le modèle devient mathématique, ce qui permet de clarifier les
hypothèses et d'en étendre les capacités d'analyse.
L'enseignement proposé a un triple but :
•
Donner aux étudiants une méthode de travail alliant le substratum biologique aux outils de traitement
mathématiques et informatiques.
•
Les familiariser avec le maniement des outils logiciels dédiés à la modélisation.
•
Donner une première idée de l'intérêt, de la diversité et de la puissance de la modélisation en
biologie.
Volume horaire : Total : 50 h ; CM : 25 h ; TD : 25 h
Plan des cours (enseignement intégré) :
L’outil informatique : apprentissage de la programmation en langage Scilab
L’outil mathématique : introduction aux méthodes de calcul numérique
- Intégration numérique d’équations différentielles
- Recherche des racines d’un polynôme. Application : la méthode des isoclines nulles
Réflexion et expérimentation sur la notion de modèle en biologie
Des systèmes moléculaires aux écosystèmes : unicité et polymorphisme des modèles
Introduction aux notions d’état stationnaire et d’état d’équilibre et à leur stabilité par analyse de
l’article « Modelling the dynamics of language death » (Nature, 2003, 424, 900)
Ajustement des paramètres d’un modèle aux données
- Principe de la régression linéaire : formalismes algébrique et matriciel. Exemples
biologiques
- Pondération statistique et variance en régression linéaire. Principe et application en
cinétique enzymatique
- Régression non-linéaire : principe de la méthode de Newton. Application et
programmation. Utilisation de la fonction datafit() de Scilab. Exemples biologiques.
Introduction à la modélisation de systèmes dynamiques
- Multistabilité en biologie : définition, conditions d’existence, notion d’hystérèse et
exemples biologiques (opéron lactose, autorégulation des facteurs de transcription, …).
- D’un attracteur ponctuel au chaos (modèle de Verhulst) : itération graphique de l’équation
logistique. Attracteur de Lorentz. Chaos cardiaque. Du chaos aux fractales.
- Rythmes biologiques : exemple des rythmes circadiens et exemple des modèles proiesprédateurs.
Modélisation de processus stochastiques : la méthode de Gillespie. Principe et applications biologiques
Nombre maximum d’inscrits : 20
Contrôle des connaissances : examens écrit avec documents (2/3 de la note) et oral (1/3 de la note)
__________________________________________________________________________________
Équipe pédagogique :
Michel LAURENT, Nicolas KELLERSHOHN,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
66
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie interdisciplinaire
Bio
L2S4
Responsable JP Muller
UE de découverte, obligatoire pour le cursus "bioconcours"
Objectifs : Compléments de chimie , de maths et de biologie faisant partie du programme préparatoire
du Concours B d’ENSA (Agronomie) et ENV ( vétérinaire).
S’adresse aux étudiants préparant ce concours.
Volume horaire :
TD : 50 heures
Plan
Chimie : 10h
Maths: 10h
Biologie 30 h
________________________________________________________________________________
:Equipe pédagogique: I. Masson, Mr Fahlaoui, J.P. Muller
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
67
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
La terre : processus endogènes et exogènes
Geos21B
L2S4
Responsables :
Beate ORBERGER
U.E. de découverte
Objectif : Donner aux étudiants les bases en Sciences de la Terre afin de comprendre l’évolution et le
fonctionnement (géodynamique globale) de la planète Terre et pratiquer les méthodes classiquement utilisées
pour son étude.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 25h, TD : 25h
Contenu :
Cristallographie- Minéralogie- Pétrologie
10h CM, 10h TD : reconnaissance des roches et des minéraux
Sédimentologie – Paléontologie - Tectonique – Métamorphisme
10 CM , 10h TD : reconnaissance des fossiles et pétrologie microscopique
Stratigraphie et méthodes de datation
5 h CM ; 5h TD : cartographie géologique
prérequis: aucun
Equipe pédagogique :
Beate ORBERGER et X
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
68
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
ECONOMIE GENERALE
Ecog33
L2S4
Responsable : Fabrice LEQUEUX
U.E. de découverte
Objectifs :
Ce cours est une introduction aux Sciences Economiques. Son objectif est de fournir aux étudiants les
connaissances nécessaires à la compréhension des grandes doctrines et des mécanismes économiques. Il
doit leur permettre d’analyser les objectifs et les instruments de la politique économique actuelle, de
raisonner et de réagir sur les textes et les discours économiques relayés par la presse ou la télévision.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 30h
TD : 20 h
TP :
Plan des enseignements :
CM :
• Le circuit économique : production, consommation, épargne
• La monnaie : création monétaire, agrégats, convertibilité, taux de change
• Cycles et conjoncture : croissance et crises
• Le financement de l’économie : le budget, la fiscalité
• Le chômage : définitions et politiques de lutte contre le chômage
• Principes d’économie internationale : contrainte extérieure, avantages comparatifs
• Information économique et sociale : tableaux et statistiques descriptives
TD :
• Lecture et discussion de textes/discours économiques (actuels ou de référence)
• Exposés oraux
TP :
Contrôle des connaissances : Examen écrit et oral
Equipe pédagogique :
Fabrice Lequeux
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
69
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
STAGE
Biol 216
L2S4 (et S3)
Responsable : HULEUX Claire
2 UE obligatoires
OBJECTIF GENERAL : aider à l’orientation et faciliter l’insertion professionnelle des étudiants
Apprendre les méthodes de recherche de stage.
Découvrir le monde professionnel, ces méthodes de travail, ses exigences et ses réalités.
Appliquer certaines connaissances théoriques à un objectif professionnel.
Compléter son projet professionnel et affiner son orientation
Acquérir une démarche scientifique et des techniques.
Acquérir une méthodologie pour la rédaction du mémoire et l’exposé oral.
VOLUME HORAIRE et ORGANISATION :
Total 100 heures.
projet personnel et méthodologie : 25 heures.
Stage :
75 heures.
PLAN des ENSEIGNEMENTS
Projet personnel et méthodologie (25 heures en L2S3)
Cours magistral (4 à 6 heures)
- présentation du projet personnel
- présentation des différents stages et des techniques de recherche de stage .
TD (8 TD de 2 heures)
bilan de connaissances, de compétences et de motivations.
CV et lettre de motivation en vue de recherche de stage.
préparer un entretien ou comment savoir se présenter et donner les raisons de son choix de stage.
comment rédiger un rapport de stage et préparer un exposé oral.
soutenance du projet personnel
Stages (75 heures en S4)
Les stages peuvent se réaliser dans des domaines variés comme l’écologie, la neurobiologie, la biochimie,
la biologie du développement, la microbiologie, la bioinformatique, mais aussi la chimie, la
communication scientifique, l’environnement , etc.
Ils se déroulent dans des laboratoires de recherche universitaire ou d’organismes de recherche CNRS,
INRA, CEA, INSERM, mais aussi dans des laboratoires privés d’analyses biologiques, en entreprises, en
cliniques vétérinaires ou encore dans des parcs animaliers ou des parcs régionaux.
Certains prennent la forme de stages de terrain ou de stages de sensibilisation aux métiers de
l’enseignement (UE: SME41).
SUIVI des STAGES et EVALUATION
Chaque étudiant est encadré sur son lieu de stage par un maître de stage et est suivi à l’université par un
enseignant référent dont le rôle est de suivre le bon déroulement du stage et de noter le mémoire et
l’exposé oral de l’étudiant. Le stage se termine par la rédaction d’un rapport écrit et une soutenance orale
au cours de laquelle l’étudiant est évalué.
__________________________________________________________________________
EQUIPE PEDAGOGIQUE
Une cinquantaine d’enseignants référents en biologie, plus quelques uns dans des disciplines autres.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
70
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
GENIE BIOLOGIQUE
Biol
L2 S3/S4
Responsable : Armel GUYONVARCH
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
_______________________________________________________________________________
Objectif :
Acquérir les bases théoriques en biochimie, biologie cellulaire et biologie moléculaire.
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 30 h, TD : 20 h
Contenu des enseignements :
______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Armel Guyonvarch, Francoise Vesin, Claire Huleux, Sylvie Gillet, Hèlène thérisot, Laure Plançon,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
71
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
CHIMIE ORGANIQUE
Biol
L2 S3/S4
Responsable : Pierre LE MARECHAL
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
_______________________________________________________________________________
Objectifs :
Etude des grandes fonctions de la chimie organique
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 25h, TD : 25 h
Contenu de l enseignement :
Stéréochimie : représentations des molécules organiques; nomenclature; conformations et configurations ;
chiralité et activité optique; énantiomères et diastéréoisomères; stéréosélectivité et stéréospécificité
Réactivité chimique :configuration électronique des atomes; polarité et polarisabilité des liaisons; effet
inductif, effet mésomère; intermédiaires réactionnels, acides et bases, nucléophiles et électrophiles;
profils énergétiques des réactions, catalyse; classification des réactions; alcanes; alcènes et alcynes;
dérives halogénés; alcools; aldéhydes et cétones; acides carboxyliques et dérives
Analyses d'articles et exposés de "biochimie organique"
________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Pierre LE MARECHAL
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
72
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
BIOINFORMATIQUE ET STATISTIQUES
Biol
L2 S3/S4
Responsable : Bruno BOST
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
________________________________________________________________________________
Objectifs :
Maîtriser les méthodes statistiques propres à l'analyse de résultats expérimentaux.
Utiliser de manière rationnelle un micro-ordinateur comme outil d'analyse (bases de données, tableur,
analyse statistique), de recherche d'informations (banques de données, sites Internet).
Volume horaire : Total : 50 h, EI : 50 h
Contenu des enseignements :
Méthodes statistiques
Internet et des moteurs de recherche- Interrogation de banques de données biologiques et traitement des
séquences (ADN, Protéines)
___________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Bruno BOST
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
73
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
CHIMIE GENERALE
Biol
L2 S3/S4
Responsable : Christine HOUSSIN
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
________________________________________________________________________________
Objectifs :
Comprendre les principes régissant les réactions chimiques de façon à rendre intelligibles les problèmes
d'énergie ainsi que les notions physico-chimiques sous-jacentes à toutes les réactions biologiques.
Volume horaire : Total : 25 h, EI : 25 h
Contenu des enseignements :
Thermodynamique
Réactions d’oxydoréduction
Equilibres acido-basiques
Solubilité
Cinétique des réactions
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Christine HOUSSIN
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
74
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
ANGLAIS
L2 S3/S4
Responsable :
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
__________________________________________________________________________________
Objectifs :
Maîtrise de l'anglais scientifique et technique dans un environnement professionnel
Volume horaire : Total : 25 h, TD : 25 h
Contenu des enseignements :
Anglais courant dans un laboratoire de langues et anglais scientifique et technique sous forme d'exposés
scientifiques et techniques. (Cet entraînement est complété au cours de différentes activités intégrées dans
les enseignements théoriques et pratiques (utilisation de documents en langue anglaise , consultations de
sites Internet, ...).
______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : :
Enseignants du laboratoire de Langues
Enseignants vacataires
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
75
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
METHODES BIOPHYSIQUES ET BIOCHIMIQUES
Biol
L2 S3/S4
Responsable : Nicolas Kellershon
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
___________________________________________________________________________________
Objectifs :
Comprendre les principes sur lesquels reposent le fonctionnement d'un certain nombre d'instruments ou
de certaines méthodes d'analyse utilisés en biologie
Volume horaire : Total : 50 h, CM : 25 h, TD : 25 h
Contenu de l'enseignement :
Radioactivité
Electrophorèse
Chromatographie
Spectrométrie et fluorimétrie
Cristallographie des protéines - RMN - Spectrométrie de masse
Microscopie
Enzymologie
Cytométrie
______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Nicolas Kellershon, Hélène Thérisot, Sylvie GilLet
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
76
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
FORMATION PRATIQUE : BIOLOGIE MOLECULAIRE
Biol
L2 S3/S4
Responsables : Robert AUFRERE et Gilles HENCKES
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
_________________________________________________________________
Objectifs :
Apprendre à réaliser une série d'expériences en situation réelle avec soin et rigueur.
Développer initiative, autonomie, prise de responsabilité et sens de l'organisation dans ce contexte.
Volume horaire : Total : 90 h, , TD : 20 h, TP : 70 h
Contenu des enseignements :
Réalisation sur 3 semaines à temps complet d'une expérience alliant techniques de biologie moléculaire et
de biochimie (clonages moléculaires, :purification d'ADN, PCR, restriction, ligature, transformation;
surproduction et purification de protéines, ...) en associant les étudiants à la réalisation pratique d'une
partie d'un programme de recherche
_______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Robert AUFRERE, Gilles HENCKES
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
77
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
FORMATION PRATIQUE : CULTURES CELLULAIRES ET BIO-REACTEURS L2 S/S4
Responsables : Catherine DREUX / Karine BLONDEAU
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
_______________________________________________________________________________
Objectifs :
Apprendre utiliser des cultures de cellules eucaryotes, dans des conditions stériles. Travailler avec soin.
Acquérir des compétences opérationnelles en bioingénierie
Développer initiative, prise de responsabilité et sens de l'organisation et précision.
Volume horaire : Total : 90 h, , TD : 20 h, TP : 70 h
Contenu des enseignements :
Réalisation d'une expérience alliant techniques de biologie cellulaire et de biochimie (cultures de cellules
eucaryotes adhérentes ou en milieu liquide, dénombrement, repiquage, transfection, sélection,
surexpression de protéines et détection (western blot)
Manipulation de bioréacteurs couplée à une HPLC pour l’analyse des acides organiques. Maîtrise des
cinétiques et du métabolisme microbien. Production de protéines recombinantes
______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Catherine DREUX, Laure PLANCON-ARNOULT, Karine BLONDEAU
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
78
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
APPRENTISSAGE / STAGE
Biol
L2 S3/S4
Responsables : Robert AUFRERE et Gilles HENCKES
U.E. spécifique du cursus "biotechnologies"
_____________________________________________________________________________
Objectifs :
Responsabiliser l'étudiant et donner une grande place au travail personnel
Donner une formation en situation réelle, dans un environnement professionnel
Apporter une bonne connaissance du monde de l'entreprise (pour les apprentis)
Offrir des possibilités de formations scientifiques et techniques dans des domaines difficilement
accessibles à l'université
Contribuer à la formation humaine de l'étudiant (apprentissage du travail en commun et relations dans le
monde du travail)
Donner une réelle expérience professionnelle
Volume horaire : 875 h (25 semaines effectives)
Organisation :
2 statuts sont possibles pour les étudiants :
- soit un statut d'apprenti (formation par alternance université/entreprise privée ou laboratoire de
recherche public habilité à accorder ce statut);
- soit un statut de stagiaire (formation par alternance université/laboratoire public).
3 périodes d'alternance :
- de fin octobre à fin décembre :
10 semaines
- de début mars à fin avril : 8 semaines
- de fin juin à début septembre :
12 semaines
1)
2) Tutorat : Un tuteur faisant partie de l'équipe pédagogique pour chaque étudiant. Le tuteur sera
chargé de faire le point avec l'encadrant (maître d'apprentissage ou maître de stage) et l'étudiant
à la fin de chaque période d'alternance.
3)
4) Contrôle des connaissances : évaluation basée sur contrôle continu (évaluation par maître de
stage ou maître d'apprentissage, rapport d'activité écrit et rapport d'activité oral).
_______________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Tutorat : Robert AUFRERE, Gilles HENCKES, S. LIOTENBERG, C. HULEUX, C. DREUX
Encadrement par intervenants extérieurs
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
79
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 5
Parcours Biologie moléculaire et cellulaire (BMC), Biologie humaine et santé (BHS),
BioInformatique et BioStatistiques (BIBS) et Biologie et Chimie (BCH)
UE type Titre
ID
Parcours
1a
UEF Biologie moléculaire
BMC, BHS,
Biol300
BIBS
2a
UEF Biologie structurale : protéines et acides nucléiques
Biol301
BMC, BHS,
BIBS, BCH
3a
UEF Biochimie : métabolisme énergétique
BMC, BHS,
Biol302
BIBS, BCH
3b
UEF Chimie orga. générale et analyse structurale
BCH
Chim351
4a
UEF Formation pratique Biochimie-Biologie Moléculaire
BMC, BHS,
Biol303
BIBS
4b
UEF Chimie orga. de synthèse 1
BCH
Chim352
UEC Chimie organique expérimentale
5a
Chim312b BMC, BCH
BMC, BHS
PhysB301
5b.1 UEC Les ondes en biologie
BMC
5b.2 UEC Physique des systèmes biologiques
PhysB352
UEC Chaînes de Markov
BMC, BIBS
5c
Math390
5d
UEC Analyse des séquences génomiques
Biol344
BMC
(BIBS en S6)
5e
UEC Chimie thérapeutique
Biol
BHS
UEC Pharmacotechnie
BHS
5f
Biol
6a
UEO libre
BMC, BIBS
6b
UEC Microbiologie clinique
Biol
BHS
6c
UEO Santé et Travail
BHS
Biol345
6d
UEC Pharmacométrie, Pharmacologie moléculaire et
BHS
Biol
Pharmacocinétique
ECTS
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
2.5
5
5
5
5
Parcours Biologie des organismes aux écosystèmes (BOE), cursus "Ecologie" (Eco) et "Biologie
intégrative" (BI)
UE type Titre
ID
Cursus
ECTS
UEF Organisation des écosystèmes
Eco, BI
5
1a
Biol307
2a
UEF Biologie animale
Biol305
Eco
5
UEF Evolution des métazoaires
BI
5
2b
Biol312
UEF Biologie moléculaire et biochimie
Eco
5
3a
Biol306
UEF Biochimie
BI
5
3b
Biol309
4a
UEC Géologie externe : sédimentologie et paléontologie
Géos30B
Eco, BI
5
UEC Génétique des populations et quantitative
BI
5
4b
Biol334
(Eco en S6)
UEF Ecologie fonctionnelle et appliquée
Eco, BI
5
4c
Biol304
UEF Evolution et diversité des métazoaires
Eco, BI
5
5
Biol308
6a
UEC Probabilités et statistiques 1
Math207
Eco
5
UEC Chaînes de Markov
Eco
5
6b
Math390
UEC Pétrologie endogène et tectonique
BI
5
6c
Géos31B
UEC Initiation aux techniques de biologie moléculaire et
5
6d
Biol336
BI
(S5 et S6)
biochimie
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
80
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
BIOLOGIE MOLECULAIRE
Responsables :
Biol 300
L3 S5
Jean-Michel Rossignol, Michel Duguet
UE obligatoire, parcours BMC et BIBS
_________________________________________________________________________________
Objectifs :
Amener en 50h de cours et TD les étudiants à un niveau de base sur les concepts de la Biologie
Moleculaire. Ceci doit permettre à ceux qui ne poursuivent pas après la LICENCE d’emporter un bagage
conséquent en Biologie Moléculaire. Pour ceux qui poursuivent en MASTER, les notions acquises dans
cette Unité leurs seront utiles dans une grande variété de parcours.
Volume horaire :
Total : 50 h, CM : 36 h , TD : 14 h
Plan des enseignements :
I) Les fondements expérimentaux de la Biologie Moléculaire: 8h CM
II) Grands mécanismes de la Biologie Moléculaire (Procaryotes et Eucaryotes) : 24h CM
1] Réplication, Réparation, Recombinaison
2] Transcription
3] Traduction
III) Biologie Moléculaire des Plantes : 4h CM
______________________________________________________________________
Enseignants pressentis :
Michael DuBow Pr
Michel Duguet Pr
Claudine Parquet MC
Jean-Michel Rossignol Pr
Cecile Pasternak
Martin Kreis Pr
Christian Velot MC
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
81
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie structurale : Protéines et Acides Nucléiques
Biol 301
L3S5
Responsable : Philippe Minard
UE obligatoire, parcours BMC et BIBS
________________________________________________________________________________
Objectifs :
Donner les connaissances de base en biochimie des macromolécules, connaissances nécéssaires pour
l'ensemble des formations en biochimie et biologie cellulaire et moléculaire.
Volume horaire : Cours 32 heures – TD 18 heures
Plan des enseignements
Expression et purification des protéines
Méthodes d'analyses et de caractérisation
Structure des protéines
Structure secondaire: propriétés, prédiction
détermination des structures tertiaires
Représentation et utilisation des structures
Classification des structures, analyse de topologies
Relation séquence/structure
Introduction à l'exploitation des séquences
Interactions protéines ligands :
Formalisme, méthodes d'études, exemples de structure de complexes
Enzymes
Cinétique
Mécanismes
Méthodes d'études
Exemples de mécanismes catalytiques
Régulation
Introduction à l'allostérie
Phosphorylation
Structure des Acides nucléiques
Structure et polymorphisme de l'ADN
Topologie de l'ADN
Structure de la chromatine
Structure et Diversité des ARN
Biosynthèse des protéines
_______________________________________________________________________________
Equipe Pédagogique : P Minard, M Duguet, JM Rossignol, G Foucault, F Confalonieri
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
82
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biochimie : métabolisme énergétique
Biol 302
L3S5
Responsable : Pierre Le Maréchal
UE obligatoire, parcours BMC et BIBS
__________________________________________________________________________________
Objectifs
Faire acquérir aux étudiants de niveau L3, les notions sur le métabolisme cellulaire et l’organisation des
membranes biologiques nécessaires à l'accès dans les divers masters de Biologie de l'université Paris-Sud
Volume horaire :
Total : 50 h, CM : 36 h , TD : 14 h
Plan des enseignements
Métabolisme énergétique animaux et végétaux :
• Structure et propriétés des sucres
• Biosynthèse des disaccharides
• Hétéropolyosides, glycoprotéines
• Homopolysaccharides
• La transduction des signaux (métabolisme du glycogène)
• Vitamines et coenzymes
• Glycolyse, voie de pentoses phosphate et cycle de Calvin
• Décarboxylation oxydative du pyruvate, cycle de Krebs
• Gluconéogénèse
• Métabolisme de l'azote
• Structure, biosynthèse et dégradation des acides gras
• Métabolisme des phospholipides
Biochimie des membranes :
• Lipides membranaires
• Protéines membranaires : aspects structuraux
• Bioénergétique
• Transports spontanés : diffusion passive, diffusion facilitée
• Chaînes membranaires de transfert d'électrons
• ATP synthase
• ATPases membranaires
• Transports actifs secondaires
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique
Pierre Le Maréchal, Marc le Maire, Nicolas Bayan, Claire Huleux, Catherine Dreux, Laure Plançon,
Lisette Cohen
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
83
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie organique générale et analyse structurale
Chim351
L2S4
Responsable : MG Guillerez
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BCH
Objectifs :
Approfondissement des connaissances de chimie organique générale.
Prérequis : Introduction aux molécules organiques (Chim 151), Réactivité des molécules organiques 1
(Chim 251), Réactivité des molécules organiques 2 (Chim 252), Synthèse organique expérimentale (Chim
253) à partir de BC ou Structures et fonctions en Chimie organique (Chim 104), Introduction aux
mécanismes réactionnels en Chimie organique : (Chim 202), Introduction aux techniques de séparation et
d'analyse (Chim 203), Réactivité en chimie organique (Chim 204) à partir de PC
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 20 h; TD : 30 h
Plan des enseignements :
Généralités sur les mécanismes de réaction : Cinétique - Contrôles cinétique et thermodynamique.
Principes de Hammond et Curtin-Hammett. Intermédiaires réactionnels : carbanions, carbocations,
radicaux et carbènes.
Acides et bases : Rappel historique bref (Arrhénius, Bronsted) ;
Echelle d'acidité et équilibres acide - base (pKa) ; Effets de structure (inductifs, mésomères, stériques) ;
Effets de solvants ;
Acides et bases de Lewis.
Analyse structurale : Rappel des différentes méthodes de spectroscopie
Spectroscopie Infra-Rouge.
Spectroscopie RMN 1H : Spin nucléaire et conséquences ; RMN impulsionnelle et Transformée de
Fourier ; Déplacement chimique, intégration ; relation avec la structure (effets inductifs, d'anisotropie,
intermoléculaires) ; Couplage spin-spin ; valeur des constantes de couplage et structure moléculaire
(systèmes AB,
AA'BB', ABX, AMX).
Géométrie moléculaire :
Caractéristiques générales.
Rappels d'analyse conformationnelle : barrière d'interconversion, conformation des systèmes acycliques
et cycliques. Effet anomère.
Rappels de stéréoisomérie, chiralité et différents formalismes.
Prochiralité (homotopie, énantiotopie et diastéréotopie de centres et de faces). Utilisation dans l'étude des
déshydrogénases à NAD.
Mécanismes Réactionnels : Substitutions Nucléophiles, Eliminations
Substitutions nucléophiles : Généralités. SN1, SN2, stéréochimie Influence du groupe partant, du nucléophile, de la structure du substrat, du solvant, du cation associé.
Compétition SN1-SN2 - SN intramoléculaire - Réarrangements du carbocation - Assistance
anchimérique.
Eliminations : Généralités. E1, E2, E1cb. Stéréochimie, orientation - Compétition substitutionélimination. Influence de la structure du substrat, du solvant, de la température.
Principales réactions d'élimination - Double élimination : alcynes.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
84
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
FORMATION PRATIQUE BIOCHIMIE-BIOLOGIE MOLECULAIRE
L3S5
Biol 303
Responsables : Cécile Pasternak et Hélène Thérisod
U.E. de TP, obligatoire, parcours BMC et BIBS
____________________________________________________________________________________
Objectifs :
Coupler les outils de Biologie Moléculaire et de Biochimie dans l’étude d’un gène modèle (lacZ) et de
son produit afin de montrer les intérêts et la complémentarité de ces 2 approches expérimentales pour un
système donné.
Volume horaire : 70 h (2 semaines complètes)
Contenu des enseignements :
1ère partie en Biologie Moléculaire : Construction d’une banque génomique d’Escherichia coli et sélection
des clones recombinants ayant inséré le gène d’intérêt lacZ. A partir du gène lacZ ainsi isolé, clonage par
PCR dans un vecteur d’expression.
2ème partie en Biochimie : Purification de la protéine correspondante, la β-galactosidase exprimée à partir
du plasmide préalablement construit et analyse de son activité enzymatique.
Enseignants :
Cécile Pasternak, Florence Constantinesco, Nicolas Bayan, Sylvie Gillet, Claudine Parquet, Hélène
Thérisod, L. Cohen, Christian Vélot, Cécile Lagaudrière, Claire Huleux, Laure Plançon.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
85
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie organique de synthèse 1
Chim352
L2S4
Responsable : Marie-George Guillerez
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BCH
Objectifs :
Etude de la réactivité des principales fonctions en chimie organique.
Prérequis : Introduction aux molécules organiques (Chim 151), Réactivité des molécules organiques 1
(Chim 251), Réactivité des molécules organiques 2 (Chim 252), Synthèse organique expérimentale (Chim
253) à partir de BC ou Structures et fonctions en Chimie organique (Chim 104), Introduction aux
mécanismes réactionnels en Chimie organique : (Chim 202), Introduction aux techniques de séparation et
d'analyse (Chim 203), Réactivité en chimie organique (Chim 204) à partir de PC
Chimie organique générale et analyse structurale (Chim 351)
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 24 h; TD : 26 h;
Plan des enseignements :
Chimie des alcènes et des alcynes : Alcènes : Structure. Rôle des substituants. Additions (X2, HX, H2O,
sels de Hg, hydrures de bore, RCO3H, O3, H2, dihydroxylation; carbènes) - Polymérisations
-Réactions en ? : halogénation, oxydation. Polyènes :
Additions-1,2 ou -1,4 - Réaction de Diels-Alder (régiosélectivité). Alcynes : Structure, acidité - Additions
(HX, H2O, X2, hydrures de bore, H2).
Organométalliques (Li, Mg, Zn) : Préparations.Réactivité. Dérivés du Cuivre.
Dérivés carbonylés et analogues : Réactivité générale - Additions de nucléophiles oxygénés, soufrés,
azotés, carbonés ; ylures de phosphore. Stéréosélectivité (modèles de Cram et de Felkin-Ahn ; modèle
cyclique) - Réactions du carbone en ? oev ????????? : bromation ; énolates et réactivité; aldolisation et
crotonisation ; ènamines - Oxydation et réduction : Baeyer-Villiger ; réduction par les hydrures
métalliques et les métaux ; réductions de Wolff-Kishner, Clemmensen, Meerwein-Ponndorf-Verley.
Acides carboxyliques et dérivés : Préparation des halogénures et des anhydrides d'acides et leurs réactions
avec nucléophiles oxygénés, soufrés, azotés et carbonés ; réduction par les hydrures ; réactions du
carbone en ? (Claisen, Dieckmann). Décarboxylation des ?-cétoacides.
Alcools, Ethers : Comportement d'amphotères et réactivité générale
- Alkylation; acylation; formation d'acétals - Oxydation des alcools (par le chrome VI, par les oxydants à
base de DMSO, par le manganèse) ; Groupements protecteurs de la fonction alcool.
Epoxydes : Préparation : époxydation par réactif électrophile ou nucléophile, effets stériques ; à partir
d'halohydrines ; réaction de Corey ; époxydation asymétrique de Sharpless des alcools allyliques,
dédoublement cinétique - Réactivité générale : ouverture nucléophile par O, S, N et organométalliques
(magnésiens, cuprates, lithiens) ; aspects stéréochimiques ; ouverture électrophile, réarrangement.
Chimie des composés azotés : Rappels basicité-nucléophilie Propriétés nucléophiles des amines : alkylation, acylation, attaque nucléophile sur N, attaque nucléophile
sur O ; diazotation - Ions ammonium - Imines, ions immonium : préparation, amination réductrice,
caractère nucléophile, caractère électrophile (réaction de Mannich, biosynthèse d'alcaloïdes) Enamines, équilibre iminium-énamine dans les réactions enzymatiques (aldolase, décarboxylase) Synthèse d'amines.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
86
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie organique expérimentale
Chim 312b
L2S5
Responsables :
Philippe Pigeon
U.E. de découverte parcours BMC, obligatoire parcours BCH
Objectifs :
Approfondissement de l'apprentissage des principales techniques de chimie organique et leur mise en
oeuvre en synthèse;
Volume horaire :
Prérequis :
Total : 50h, TD: 2, TP : 48h
Structures et fonctions en Chimie organique (Chim 104), Introduction aux mécanismes réactionnels en
Chimie organique : (Chim 202) ; Réactivité en chimie organique (Chim 204) et Chimie organique
générale et mécanismes réactionnels (Chim 301)
Résumé :
Enseignement expérimental
Techniques Générales. Séparation par Extraction des produits issus d'une réaction de Cannizzaro.
Distillation et Recristallisation.
Synthèse de la Coumarine. Réduction du camphre par l'hydrure de lithium et d'aluminium
Déhydratation du cyclohexanol en cyclohexène. Préparation des cis- et trans-cyclohexane-1,2-diols.
Organométalliques. Préparation et étude comparée de la réactivité et de la sélectivité sur une cétone ?,?éthylénique.
Préparation du camphre à partir du (+)-camphène.
Utilisation d'un groupement protecteur cétal ; réaction d'un organomagnésien sur un ester ; hydrolyse du
cétal et déshydratation de l'alcool tertiare.
Equipe pédagogique :
Philippe Pigeon
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
87
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Les ondes en biologie
PhysB301
L3S5
Responsables :
M Davier
U.E. de découverte
_________________________________________________________________________________
volume horaire : 50h. CM : 21 h, TD : 21 h, TP : 8 h
Contenu:
Propagation des ondes: oscillateurs, perturbation dans un milieu, onde progressive, milieu limite',
impédance, ondes stationnaires, effet Doppler.
Ondes électromagnétiques: structure et propagation, spectre des ondes EM, lumière et vision,
rayonnement infrarouge, micro-ondes, applications en biologie.
Ondes sonores: déplacement et pression, audition, ultrasons, échographie et imagerie.
Interférence et diffraction: superposition d'ondes, cohérence, lames minces, diffraction, structures
périodiques, applications en biologie (pouvoir séparateur du microscope et de l'oeil, couleurs des
Morphos et des colibris), diffraction des rayons X et structure moléculaire.
Notion de quantification: dualité onde-particule, ordres de grandeurs, détection des photons et seuil de la
vision, quantification (exemple d'une corde vibrante limitée), nombres quantiques, quantification de
l'énergie, interférence de photons, relations d'incertitude de Heisenberg, interprétation probabiliste de la
mécanique quantique.
Interaction rayonnement matière: atomes, électrons et noyaux, différents types de radioactivité,
décroissance radioactive, énergie transférée par un rayonnement, interaction des rayons X et gamma,
applications (stérilisation, radioimmunodosages, détecteurs de rayonnement et imagerie)
Un exemple complexe de propagation d'onde: l'influx nerveux :
propriétés électriques des fibres nerveuses, rôle des électrolytes, transport actif des ions (pompe Na-K),
réponse a un stimulus faible, circuit équivalent et propagation, stimulus fort, fibres myélinisées.
Equipe pédagogique : M Davier
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
88
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
La Physique des Systèmes Biologiques
PhysB352
L3S5
Responsables :
Roland Mastripollito et Michael DuBow
U.E. de découverte
Ce cours est ouvert aux étudiants en Biologie et en Physique et il à pour but de comparé comment les
Physiciens et les Biologistes posent les questions scientifique d’une manière différente sur le même sujet.
Plusieurs sujets seront tirés sur les niveaux d’organisation ou sur l’échelle de grandeur de la littérature
scientifique.
volume horaire : 50h. CM : 30, TD : 20
Qu’est-ce que la vie ?
Échelle planétaire
La vie dans l’univers
La vie sur Mars ou Titan
L’origine de la vie sur Terre
Échelle d’Écosystème
Exemples des prédateurs-proies
Prédictibilité des modèles
Échelle d’Organisme
Observation in vivo : Détection des tumeurs
Les lois d’échelle appliquées aux organismes
Échelle Cellulaire
Réseau d’interactions intracellulaires
Morphologie et morphogenèse
Communication avec l’environnement
Mouvement cellulaire
Échelle Moléculaire
Trafic intracellulaire
Nanomachines et moteurs moléculaires
Equipe pédagogique : Michael DuBow, Roland Mastripollito, Olivier Martin
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
89
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chaînes de Markov
Math390
L3S5
Responsables :
S. Lemaire
U.E. de découverte parcours BIBS
Objectifs :
décrire les propriétés des chaînes de Markov (homogènes à espace d'états fini ou dénombrable) qui
servent de modèles dans divers domaines de la biologie (ex : modèles d'évolution de génotypes, modèles
d'évolution moléculaire, modèles simples d'évolution de la taille d'une population, modèles utilisés pour
analyser la répartition des nucléotides d'une séquence d'ADN ...) Cette étude permettra d'introduire les
outils mathématiques de base servant à l'étude des processus aléatoires discrets.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 20h, TD : 15h, TP : 15h
Prérequis :
calcul matriciel, probabilités, loi d'une variable aléatoire discrète
Résumé :
Vecteurs aléatoires discrets (loi d'un vecteur, lois conditionnelles, espérance conditionnelle, simulation)
Définition et exemples de chaînes de Markov
Etude de la loi d'une chaîne de Markov à espace d'états fini, à l'aide du calcul matriciel
Etude du temps d'atteinte d'un état de la chaîne de Markov
Mesures invariantes et réversibilité
Classification des chaînes et comportements asymptotiques
Propriétés des fonctions génératrices et applications à l'étude des chaînes de Markov et en particulier au
processus de Galton-Watson.
Introduction à des processus aléatoires discrets plus complexes (ex : chaînes de Markov homogènes
d'ordre m, chaînes de Markov phasées, chaînes de Markov cachées, processus de Poisson, chaînes de
Markov en temps continu ...)
Les TP permettront d'aborder l'étude par simulations de processus aléatoires discrets.
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
mise à disposition d'exercices sous WIMS, travail sur la rédaction de comptes rendus des séances de
simulations.
Equipe pédagogique : S. Lemaire
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
90
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Analyse des Séquences Génomiques
Biol 344
L3S5 et S6
Responsable : Michel Termier
UE obligatoire pour le parcours BIBS
Objectifs : faire comprendre les algorithmes d'analyse de séquences les plus usuels.
Volume horaire :
Total : 50 h, CM : 36 h, TD : 14 h
Plan des enseignements : (avec volume horaire)
Cours
TD
5h
3h
II : Alignements
Algorithme de Smith et Waterman, Matrices de
substitution (PAM et BLOSUM), BLAST, FASTA,
heuristiques associées, Annotation
Cours
TD
III : Complexité de séquence :
compression, entropie de Shannon, complexité
linguistique
Cours
7h
3h
2h
IV : langages formels,
automates finis déterministes, grammaires
régulières, motifs Prosite
3h
I : Bases de données :
Cours
V : recherche de motifs exacts :
méthode naïve, par automates, algorithme de
Boyer-Moore, arbre des suffixes, dégénérescence Cours
TD
VI : Traces des mutations et de la sélection sur le génome :
Biais de codon, linguistique Markovienne,
séquences permutées, séquences aléatoires
Cours
TD
VII : définition de domaines et de motifs :
Consensus, Matrices pondérées, profils, HMM
Cours
TD
VIII : prédiction de structure sur séquences protéiques :
Modèle de Chou et Fassmann, HCA
Cours
6h
3h
5h
3h
5h
2h
3h
Prérequis : bases de probabilités et de statistiques
Nombre maximum d’inscrits : selon salles informatiques disponibles
Enseignants :
Michel Termier, Guillemette Duchateau-Nguyen, Olivier Lespinet
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
91
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie thérapeutique
L3S5
Responsable : Jean-Daniel BRION
U.E. optionnelle
Objectifs
Donner les connaissances de base de la chimie thérapeutique nécessaires à la formation des biologistes.
NB : le suivi des deux UE « Pharmacométrie, Pharmacologie moléculaire et Pharmacocinétique » et
« Chimie thérapeutique » est fortement conseillé.
Volume horaire : Cours 30 heures – TD (modélisation moléculaire) 20 heures
Plan des enseignements
La conception du médicament
Ses étapes essentielles
Les voies de la découverte
Les stratégies nouvelles (modélisation moléculaire)
Cibles et grandes classes thérapeutiques
Cibles nucléaires et médicaments intervenant dans les processus hormonaux
Cibles bactériennes et virales et médicaments de l’infection
Cibles membranaires et médicaments du système nerveux central
Cibles cellulaires et médicaments anti-tumoraux
Equipe Pédagogique
Sames SICSIC, Guy LEWIN ; Jean-Daniel BRION et collaborateurs
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
92
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Pharmacotechnie
L3S5
Responsable : Véronique ROSILIO
U.E. optionnelle
Objectifs
Donner aux étudiants des connaissances de base en formulation et pharmacotechnie.
Volume horaire : Cours 25 heures
Plan des enseignements
1. Introduction au Médicament et au devenir in vivo du principe actif
Principe actif, excipient
Relation entre voie d’administration et forme pharmaceutique
Phases bio pharmaceutique, pharmacocinétique et pharmacodynamique
2. Voies d’administration et formes pharmaceutiques spécifiques
Voie parentérale
Voie orale
Voie rectale
Voie cutanée
Autres voies
3. Formes pharmaceutiques et formulation
Pré-formulation
Formulation
4. Opérations pharmaceutiques
Fabrication de formes sèches
Fabrication de formes liquides
Fabrication de formes liquides injectables
Equipe Pédagogique
Véronique ROSILIO
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
93
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Microbiologie clinique : Physiopathologie et bases du traitement des maladies
infectieuses bactériennes, virales, parasitaires et fungiques
Biol
L3S5
Responsable : Anne COLLIGNON
U.E : découverte, parcours BHS
_________________________________________________________________________________
Objectifs :
- Donner aux étudiant les bases scientifiques nécessaires à la compréhension des processus
physiopathologiques et du traitement des maladies infectieuses bactériennes, virales, parasitaires et
fungiques.
- Former des étudiants pour les masters à orientation Santé
Volume horaire :
Total : 50 h, CM 32 h, TD :18 h
Plan des enseignements
Interactions hôte-microorganismes
Portes d’entrée, modes de transmission, modes de diffusion dans l’organisme
Étiologie et physiopathologie des principaux syndromes infectieux
Infections des voies respiratoires
Infections du tube digestif
Infections du tractus génito-urinaire
Infections du système nerveux central
Infections systémiques
Bases théoriques de la chimiothérapie anti-infectieuse
Antibiotiques
Antiviraux
Antifungiques
Antiparasitaires
Stratégies de thérapeutique anti-infectieuse
________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
UFR Pharmacie, Chatenay-Malabry :
Département Microbiologie Anne COLLIGNON, Thierry LAMBERT, Anne-Marie QUERO
Laboratoire de Parasitologie et Mycologie Jean-Charles GANTIER
UFR Médecine, Kremlin Bicêtre
Service de Microbiologie Patrice NORDMANN
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
94
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Ergonomie : Santé et Travail
Biol 345
L3S5
Responsables : J. Richardson
U.E : découverte, parcours BHS
____________________________________________________________________________________
Objectifs :
Ce module, destiné aux étudiants en biologie aussi bien qu’aux étudiants souhaitant suivre la formation
d'ergonomie, a pour objectif d'apporter des informations concernant leurs statuts comme employés dans
une entreprise. Comment se comporter face aux risques du travail? Comment comprendre des risques du
travail ? Comment interpréter les documents scientifiques et juridiques ?
Chaque salarié a des droits et des devoirs par rapport à son statut d'employé dans l'entreprise privée ou
nationalisée. La gestion des risques au travail est prise en compte par le droit du travail, la santé des
personnes est suivie par la médecine du travail et les risques sont évalués à partir des études
épidémiologiques qui mettent en relation les facteurs de risques et les pathologies.
Plan des cours :
La vie du salarié dans l'entreprise
Droit du Travail
Conditions d'emploi. Inspection du Travail. Le contrat du travail. Droits et devoirs du salarié. Les
représentants des salariés. Comité d'Hygiène Sécurité et Conditions du Travail. Harcèlement moral. Les
responsabilités des employeurs et des employés par rapport à la législation.
Santé au Travail
La médecine du travail: structure et champs d'action.
Epidémiologie industrielle. Techniques statistiques. Les risques relatifs. Les liens causes et effets. Les
indicateurs de santé. Interprétation des résultats des études épidémiologiques.
Toxicologie
Méthodes et techniques. Valeurs limites. Normes
Nombre maximum d’inscrits : 25
_________________________________________________________________________
Enseignants :
Mme Saiz Avocate
Mme Stucker Épidémiologiste, DR INSERM
AN Autre Chimiste
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
95
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Pharmacométrie, Pharmacologie moléculaire et Pharmacocinétique L3S5
Responsable : Alain GARDIER
U.E. optionnelle
Objectifs
Donner les connaissances de base de la pharmacologie qui seront nécessaires à la formation des
biologistes.
Volume horaire : Cours 30 heures – TD 20 heures
Plan des enseignements
Les médicaments à action spécifique
Approche fonctionnelle de la caractérisation d’un ligand L et d’un récepteur R
- quantification des effets et spécificité de la liaison L-R (relation effet-dose d’un agoniste)
- évaluation quantitative d’un antagonisme de type compétitif réversible : calcul des pA2
Approche par liaison spécifique de la caractérisation d’un ligand L et d’un récepteur R
- Bmax, densité et nombre de sites spécifiques de liaison
- IC50 ou Ki, degré d’inhibition de la liaison spécifique :
Famille de récepteurs à 7 hélices tansmembranaires couplés aux protéines G
Structure des récepteurs
Structure et fonctions des protéines G
Pluralité des récepteurs couplés aux protéines G trimériques
Les « petites protéines » G monomériques
Voies effectrices mises en jeu par les protéines GI
Principaux effecteurs enzymatiques couplés à des récepteurs par des protéines G
Voie de l’adénylate cyclase
Voie de la phospholipade C (PLC)
Voie de la phospholipase A2 (PLA2)
Voie de couplage direct avec les canaux ioniques
Pharmacocinétique, Résorbtion, Distribution, Métabolisme, Elimination
- principales voies d’administration des médicaments
- étapes de résorption, de distribution, de métabolisme et d’élimination des médicaments
- paramètres de quantification
- mécanismes du passage membranaire des médicaments et conséquences cinétiques
Equipe Pédagogique
Alain GARDIER, Denis DAVID, Robert FARINOTTI et coll.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
96
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
ECOLOGIE FONCTIONNELLE et APPLIQUEE (EFA)
Biol 304
L3S5
Responsables : A Louveaux
U.E : Obligatoire, parcours BOE « Ecologie et au choix pour "Biologie intégrative"
____________________________________________________________________________________
UE Commune aux parcours Licence Biologie, des Organismes aux Ecosystèmes, Licence Professionnelle
de Biologie appliquée à l’entreprise.
Objectifs :
Bases de l’écologie fonctionnelle et appliquée dans la continuité de l’UE « Ecologie et biologie
quantitative des populations » du L2S4 et de l’UE « Organisation des Ecosystèmes » du L3S3.
Prérequis : aucun
Nombre maximum d’inscrits : 80/110 - 20 / groupe
Volume horaire :
Total : 50 h
CM 30 h
TD : 10 h
TP : 10 h
Plan des enseignements :
Cours magistraux
La biosphère aspects fonctionnels et globaux. Flux de l’énergie et de la matière, production primaire et
secondaire. Les grands cycles géochimiques.
Démographie, natalité mortalité, lois de croissance des populations. Stratégies démographiques r et K.
Fluctuations saisonnières et pluriannuelles.
Dynamique des populations. Régulation densité dépendante, modèle de Lotka et Volterra, relations proies
prédateurs.
Ecophysiologie animale et végétale. Adaptations aux contraintes du milieu.
Réponse des végétaux aux teneurs en nutriments.
Erosion de la biodiversité et protection des espèces.
l’homme dans la biosphère. Effet de serre, pollutions. Gestion des ressources naturelles
TP et TD :
Démographie, loi de Lotka et Volterra. Relations proies prédateurs.
Stratégies r et K des Lumbricidae.
Méthodes de mesure de l’environnement, microclimatologie. Ecophysiologie.
Activité biologique des sols, respirométrie.
Equipe pédagogique:
Marc GIRONDOT, Paul LEADLEY, Pierre Henri GOUYON professeurs
Alain LOUVEAUX, Jean Chistophe LATA, Peter STREB, Claire DAMESIN, Maîtres de Conférences.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
97
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie Animale
Biol 305
L3S5
Responsable : M Girondot
U.E : Obligatoire, parcours BOE « Ecologie
Objectifs :
La phylogénie des métazoaires sera décrite ainsi que sa relation avec la classification. Ensuite des
caractères seront étudiés en utilisant ce canevas phylogénétique et en y intégrant des données
moléculaires, du développement ou de la physiologie pour fournir la vision la plus intégrative possible.
Cet enseignement est plus particulièrement destiné aux étudiants du parcours Biologie des organismes
aux écosystèmes, Ecologie.
Les travaux pratiques seront assurés dans l’UE Evolution et diversité des métazoaires.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 50 h
TD :
TP :
Plan des enseignements :
CM :
Historique de la classification : de la classification anthropocentrique jusqu’au phylocode
Phylogénies des métazoaires et caractères dérivés propres
Étude des caractères sur les phylogénies : parcimonie, vraisemblance
Etude des caractères, par exemple :
- Le membre chiridien
- Les annexes embryonnaires
- Fécondation
- L’appareil urogénital
- La détermination du sexe
- Les téguments
- La viviparité
- La métamérie
Equipe pédagogique :
Marc Girondot, Pr
Laurent Théodore, Pr
Muriel Perron, CR CNRS
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
98
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
BIOLOGIE MOLECULAIRE ET BIOCHIMIE
Biol 306
L3S5
Responsables : Martin KREIS et Marie-Noëlle RAYMOND
U.E : Obligatoire, parcours BOE « Ecologie »
Objectifs :
Donner des notions de Biochimie et de Biologie Moléculaire aux étudiants qui se dirigent en L3, dans le
parcours « Biologie des Organismes et des Ecosystèmes ».
Un aspect important de l’UE est de pratiquer un ensemble de démarches et de méthodes de travail qui
permettent d’une part de se familiariser avec la diversité du monde vivant et d’autre part, d’analyser d’une
manière critique, les informations disponibles dans les médias sur les problèmes d’actualité (OGM,
thérapie génique…). Un autre aspect est d’acquérir des connaissances concernant métabolites et
transporteurs des cellules animales et végétales.
Volume horaire : Total 50 heures
Cours 29h (16 h de Biologie Moléculaire et 13h de Biochimie)
EI
21h (9 h de Biologie Moléculaire et 12h en Biochimie)
Plan des enseignements :
Biologie Moléculaire : Structure, Dynamique et Polymorphisme des génomes
1) Méthodes d’études des génomes et principales caractéristiques structurales
- Méthodes d’analyse des génomes (clonage, PCR, analyse de séquences …)
- Complexité des génomes (A. thaliana, O. sativa, Z. mays, C. elegans, H. sapiens, S. cerevisiae, E. coli)
- Structure de la chromatine et organisation des génomes : séquences codantes (duplications, délétions…
), familles multigéniques (ARNr, histones…), séquences non codantes (redondance, motifs…),
microsatellites, transposons, rétrotranspossons, short and long repeats
- Structure et expression du gène : exon, intron, 5’ et 3’ non traduites, promoteur, pseudogène,
transcription et maturation des ARN, traduction et protéine
-Applications technologiques : introduction à la génomique, OGM, transgénèse.
2) Différents types de polymorphismes moléculaires et leurs répercussions éventuelles sur le phénotype
- Marqueurs génétiques : notion de marqueur, marqueurs biochimiques ( iso enzymes, protéines totales) ,
marqueurs biochimiques (RFLP, microsatellites, AFLP, SNP…)
- Utilisation des marqueurs en génétique et génomique : cartes génétique et physique, cartographie de
gènes majeurs, cartographie et caractérisation de gènes à effets quantitatifs
3 ) Statut individuel et exposition environnemental
- Approches expérimentales mise en jeu pour identifier le(s) altération(s) génétiques responsables de
maladies héréditaires
Biochimie : Transport et métabolisme dans les cellules animales et végétales
1) Structures, fonctions et métabolismes :
● des polysaccharides (cellulose, chitine, amidon, glycogène…)
● des lipides (triglycérides, phospholipides, cholestérol…)
2) Membranes :
- Structure et dynamique des membranes
- Transports des ions et des métabolites
- Conversion d’énergie dans les mitochondries et les chloroplastes
Equipe pédagogique : Martin Kreis (PR), Dominique de Vienne (PR), Jean Feunteun ( PR), Yves
Devaux (MC) Marianne Delarue (MC) Nicolas Bayan (MC), Marie-Noëlle Raymond (MC) et Françoise
Vesin (MC)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
99
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
ORGANISATION DES ECOSYSTEMES (ECO)
Biol 307
L3S5
Responsable : Alain LOUVEAUX
U.E : Obligatoire dans parcours BOE version « Ecologie » et version « Biologie Intégrative »
____________________________________________________________________________________
UE Commune aux parcours Licence Biologie, des Organismes aux Ecosystèmes, Licence Professionnelle
de Biologie appliquée à l’entreprise.
Objectifs :
Apprendre les méthodes de travail sur le terrain. Inventaires, échantillonnages, protocoles expérimentaux,
analyse des données, statistique et interprétation graphique.
Volume horaire :
Total 50 h
CM : 20 h
TD : 6 h
TP : 24 h
Plan des enseignements :
Cours magistraux :
Populations, communautés. Les interactions interspécifiques. Compétition, parasitisme, mutualisme,
coopération, co-évolution.
Stabilité/diversité. Résilience, notion de climax. Réponses aux perturbations. Espèces envahissantes,
dynamique de la biodiversité et conséquences sur les communautés.
Erosion de la biodiversité et protection des espèces.
L’Homme dans la biosphère. Effet de serre, pollutions. Gestion des ressources naturelles.
TP et TD :
Etudes thématiques : Ecologie des mares et qualité des eaux d’une rivière : travail par groupes de 4-5
étudiants. Méthodes d’échantillonnage et d’inventaires.
Etude des sols et peuplements forestiers : pédologie et groupements végétaux associés. Microarthropodes
du sol. Recyclage de la matière organique.
Analyse spatiale sur SIG : Prise en main du logiciel ArcView et travail sur des données de terrain.
Pour toutes les séances de TP, les données acquises sur le terrain font l’objet de tests statistiques ou
d’ajustement à des modèles.
Equipe pédagogique :
Marc GIRONDOT, Paul LEADLEY, Pierre Henri GOUYON professeurs
Alain LOUVEAUX, Jean Chistophe LATA, Peter STREB, Kamel SOUDANI, Damien BANAS et Claire
DAMESIN Maîtres de Conférences
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
100
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Evolution et diversité des Métazoaires
Biol 308
L3S5
Responsables : Laurent Coutte et Line Duportets
U.E. obligatoire, parcours BOE
Objectifs : Etude des principaux taxons des Métazoaires. Savoir reconnaître les animaux et avoir les bases
pour les positionner dans la phylogénie actuelle.
Volume horaire :
Total : 50 h ; EI : 26 h ; TP : 24 h
Plan des enseignements :
EI : Parmi les principaux taxons des Métazoaires, chaque taxon est étudié selon un plan
identique: place du taxon dans la phylogénie actuelle, principales apomorphies, caractères
généraux, diversité au sein du taxon.
Taxons étudiés : Eponges, Cnidaires, Cténaires, Protostomiens : Ecdysozoaires (Arthropodes,
Nématodes), Spiraliens (Plathelminthes, Annélides, Mollusques), Deutérostomiens :
Echinodermes, “poissons”, Lissamphibiens, Oiseaux, Squamates, Mammifères
TP : Les TP illustrent et complétent les connaissances acquises lors des cours et des EI. Ils
correspondent à des études morpho-anatomiques et physiologiques. Ils permettent aussi de
mettre en évidence certaines adaptations et l’évolution de grandes fonctions comme le
système circulatoire, l’appareil urogénital.
-Anatomie générale de la blatte : appareil digestif et appareil reproducteur gonochorique.
-Appareil Urogénital Souris. La reproduction chez les Vertébrés
- Appareil reproducteur hermaphrodite de l’escargot
-Histologie Généralités
-Morphologie de la langoustine : structures et fonctions des appendices d’un Crustacé.
-Nerfs Rachidiens Grenouille. Etude d’une composante du système nerveux
-Système Circulatoire Grenouille, mise en évidence de l’évolution du système circulatoire des
Vertébrés
-Organisation du système nerveux d’un protostomien : la langoustine
Equipe pédagogique :
Solange Bertrandy, Hélène Courvoisier, Laurent Coutte, Line Duportets, Françoise Jamen, Danielle
Marchal et Fanny Rybak
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
101
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Evolution des Métazoaires
Biol 312
L3S5
Responsable : Laurent Théodore
U.E. obligatoire, parcours BOE « Biologie intégrative »
Objectifs : Comprendre les concepts et méthodes fondamentaux pour l’étude de la diversité et de
l’histoire évolutive des Métazoaires.
Volume horaire :
Total : 50 h
cours: 42 h
TP : 8 h
Plan des enseignements :
Définition, position évolutive et diversité des Métazoaires. Plans d’organisation. Phylogenèse et
phylogénies. Systématique et méthodes de reconstruction phylogénétiques. Diversité des modalités
développementales. Notions : homologie, feuillet embryonnaire, axes, blastopore, coelome, métamère,
céphalisation, programme de développement. Urbilatérien.
Reproduction :
Organisation générale et mise en place de l’appareil reproducteur, gamétogenèse, insémination, ovulation.
Régulation neuroendocrine de la reproduction, quelques modes de reproduction originaux
(parthénogenèse, oviparité, viviparité et ovoviviparité, polyembryonie, paedogenèse). Détermination du
sexe
Développement embryonnaire :
Bases du développement embryonnaire des Amniotes, modèles aviaire (le poulet), et euthérien (murin et
humain). Les annexes embryonnaires.
Développement post-embryonnaire :
La mue des Ecdysozoaires. Les modalités de la métamorphose chez les Métazoaires, contrôle
neuroendocrinien.
Le tégument : structure, fonctions, renouvellement, coloration, les phanères et les glandes des Vertébrés
et les pathologies
L’appareil respiratoire et les échanges gazeux
L’appareil circulatoire des Vertébrés, adaptation à la vie aérienne.
L’appareil excréteur : Diversité, développement, excrétion azotée et régulation de l’équilibre
hydrominéral
Structure des organes sensoriels : photoréception, mécanoréception, gustation, olfaction.
Communications animales, en relation avec le comportement sexuel et teritorial.
Développement et évolution : Explosion Cambrienne et évolution du coelome, de la métamérie, des axes
de polarité, de l’identité de position (gènes homéotiques), des pompes circulatoires, des organes visuels.
Travaux pratiques : TP1 : histologie. TP2 : comparaison morphologie/métamérie chez l'arénicole et
néréis.
Equipe pédagogique :
Hélène Courvoisier, Laurent Coutte, Line Duportets, Françoise Jamen, Danielle Marchal, Fanny Rybak,
Laurent Théodore.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
102
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biochimie
Biol 309
L3S5
Responsable : H. Thérisod
Type d’U.E : obligatoire, parcours BOE « Biologie intégrative »
Objectifs :
Cet enseignement est destiné à des étudiants venant de différentes origines et qui ont besoin d’un
enseignement généraliste en Biochimie.
Volume horaire : 50h ; Cours : 34h ; TD : 16h
Plan des enseignements :
-Cours :
Protéines :
-structure et fonction des protéines, exemples
- enzymologie et régulations, exemples
Biochimie des membranes :-structure et dynamique des membranes
-transports et couplage énergétique.
Métabolisme: les grandes voies et leur régulation.
Biochimie de la communication cellulaire:
-les hormones, neurotransmetteurs, phéromones……..
-les différents types de récepteurs
-les différentes voies de signalisation, exemples
-la vision, l’olfaction ……
Biochimie de la contraction musculaire
-TD :
8 TD de 2h sur chacune des grandes parties du cours.
.
Au cours des TD des exposés seront faits par les étudiants. Le sujet choisi est en relation avec la partie du
cours à illustrer.
Equipe pédagogique : N. Bayan, G. Foucault, H. Thérisod, H van Tilbeurgh, MF. Vesin
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
103
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Géologie externe: Sédimentologie et paléontologie
Geos30B
L2S5
Responsables :
C Colin, G Siani
U.E. au choix pour parcours BOE "Biologie intégrative"
Objectif : Donner aux étudiants les bases de sédimentologie et de paléontologie nécessaires afin de
reconnaître les environnements sédimentaires de dépôt dans l’actuel et dans l’ancien. Reconnaissance,
étude et origine des roches sédimentaires. Les grands processus de formation, de transport et de
sédimentations des dépôts et leur contenu organogène sont présentés dans leur cadre géographique et/ou
paléogéographique. Parallèlement une étude assez détaillée des méthodes et subdivisions de la
paléontologie sera aussi présentée
Volume horaire :
Total : 50, CM : 35h, TD : 5h, TP : 10h
Contenu : Cours :
Le volet sédimentologique aborde, dans un premier temps, tous les processus entrant en jeu dans la
genèse des roches sédimentaires (phénomènes d’altération et d’érosion, modes de transport et de dépôt,
transformations diagénétiques, ...) et vise à donner aux étudiants une vue détaillée du cycle sédimentaire
externe. Dans un second temps, les principaux environnements sédimentaires continentaux et marins
actuels ainsi que leurs homologues dans l’ancien seront présentés et replacés dans le cadre de l’histoire de
l’évolution de bassins sédimentaires français.
Le volet paléontologique comprendra : Définition de fossile : processus de fossilisation. Biocénose et
Thanatocénose ; autochtonie et allochtonie ; remaniements. Organismes et milieux ; diffusion des
espèces, conditions d'existence. Milieux biologiques. Paléoécologie : les fossiles, indicateurs des
environnements du passé ; fossiles de faciès. Paléobiogéographie : les fossiles, indicateurs
paléogéographiques : migrations, émigrations, dispersions. Évolution : micro et macroévolution,
extinctions, théories évolutives. Biostratigraphie : fossiles "guide", biozonations, datum planes. Les ères
géologiques : Paléogéographie : méthodologies paléontologiques, géophysiques et géologiques. Etude des
groupes taxonomiques les plus significatifs.
TP/TD : Reconnaissance multiscalaire des principales roches sédimentaires. Signification faciologique de
celles-ci : de la roche au sédiment. Les grands groupes de roches seront observés à l’échelle de
l’échantillon et de la lame mince. Les exemples seront présentés dans leur cadre géographique et
géologique de leur bassin respectif.
Paléontologie systématique. Les invertébrés : origine et plans d’organisation majeurs. Présentation des
principaux groupes systématiques et leur évolution.
Introduction à la micropaléontologie (microfossiles marins)
Commentaires : L’enseignement pratique de ce module s’appuie sur un travail personnel d’analyse et
d’observation des étudiants valorisé par un contrôle continu.
Ref. Bibliographique : Isabelle Cojan & Maurice Renard. Sédimentologie. Edition Masson pages 418;
Raymond Enay. Paléontologie des invertébrés. Edition Dunod pages 233; Gerard Bignot. Introduction à
la Micropaléontologie. Paris, France: Editions des Archives Contemporaines, 2001 Soft Cover.
Equipe pédagogique : Christophe COLIN et Giuseppe Siani
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
104
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Génétique des populations et quantitative
Biol 334
L3S5 etS6
Responsable : PH Gouyon, P Capy
U.E. obligatoire, parcours BOE « Ecologie »
Objectifs :
Le cours de Génétique des Populations a pour but de donner les bases de cette discipline aux
étudiants de 3ème année. Il s’agit d’abord de leur faire comprendre les notions de population et, dans la
population, de fréquences d’un allèle et d’un génotype. On voit ensuite les différentes forces qui agissent
sur ces fréquences : d’une part les pressions évolutives qui agissent sur les fréquences alléliques
(sélection, mutation, migration et dérive), d’autre part les forces qui décident les fréquences génotypiques
étant donné les fréquences alléliques (panmixie, consanguinité, homogamie, hétérogamie, effet
Wahlund). Pour chacune de ces forces, la modélisation de base est donnée. La combinaison de ces forces
permet de comprendre l’existence de maladies génétiques (équilibre sélection/mutation) d’une part et
celle du polymorphisme (sélection s’il est stable, équilibre mutation/dérive s’il est neutre) d’autre part.
Enfin, le déséquilibre de liaison est introduit. Tout au long de cette présentation, on s’attache à rendre
chaque calcul compréhensible, à traiter des exemples et à rappeler autant que faire se peut que le milieu
agit sur le phénotype.
Cet enseignement présentera également la notion de caractère quantitatif, en définissant les différentes
sources de variation phénotypique. On abordera les notions d'héritabilité et de réponse à la sélection
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 24h; TD : 26h; TP : 0
Plan des enseignements :
CM : - Loi de Hardy-Weinberg
- Hérédité lié au sexe
- Base des modules avec sélection
- Equilibre mutation, sélection, dérive génétique
- Systèmes de reproduction
- Base de la génétique quantitative
TD
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
Titre de la séance
Fréquences alléliques
Diversité génétique et biologie de la conservation
Pressions évolutives
Simulations sur ordinateurs de l’évolution de populations
Régimes de reproduction
Loi de Hardy Weinberg
Modèles de stérilité mâle
Génétique quantitative 1
Génétique quantitative 2
Génétique quantitative 3
Problèmes d’Annales d’examens
Problèmes d’Annales d’examens
Problèmes d’Annales d’examens
Type (C/TD/TP)
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
__________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : PH Gouyon, M Solignac, P Capy, C Lavigne, E Baudry, D Manicacci, B Albert.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
105
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Probabilités et statistiques I
Math207
L3S5
Responsables :
M Guénais
U.E. de découverte parcours BOE "Ecologie"
Volume horaire :
Total : 50, CM : 20h, TD : 30h,
Résumé :
Espace de probabilité : Notion de modèle d'une expérience aléatoire, construction d'un espace de
probabilité, espace et probabilite produit, independance et probabilites conditionnelles.
Variables aléatoires : espérance et variance, lois et représentations graphiques, lois et modèles classiques.
Statistiques : Loi des grands nombres et problèmes d'estimation.
Introduction aux tests d'hypothèses et intervalles de confiance.
Théorème Central Limite : illustrations, introduction aux lois continues
Des illustrations sont vues au cours de séances de travaux pratiques utilisant le langage Matlab. Un travail
personnel sera demandé au cours de ces séances de TP.
Equipe pédagogique : M Guénais
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
106
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
PETROLOGIE ENDOGENE ET TECTONIQUE
Geos31B
L2S5
Responsables :
Denis SOREL et Bernard PLATEVOET
U.E. au choix pour parcours BOE "Biologie intégrative"
Objectif : Notions de contraintes et déformations. Tectonique cassante et ductile. Plis et failles.
Tectonique et carte géologique. Présenter les principales disciplines de la pétrologie endogène. Donner à
des étudiants non géologues pour la plupart, une synthèse la plus complète possible sur les manifestations
et l’origine des processus magmatiques et métamorphiques terrestres.
Volume horaire :
Total : 50, CM : 25h, TD : 10h, TP : 15h
deux semaines de formation de type enseignement intégré
Contenu : Séances d'enseignement intégré présentant cours et TDTP :
Cours : Contraintes. Déformation ductile, cassante. Les plis, les failles, les charriages, types et datation.
la composition et les propriétés des magmas, la cristallisation et l’évolution des magmas, la production
des magmas, le métamorphisme : principes et grands types de métamorphisme.
TP/TD : Expression cartographique de la tectonique : carte topographique, carte géologique. Expression
des pendages, plis et failles sur les cartes géologiques. Structure tabulaire, monoclinale, plissée.
Réalisation de coupes géologiques en terrains plissés et faillés. Datation de la tectonique.
Les grands groupes de roches volcaniques, plutoniques et métamorphiques. Observation des
formations sur cartes géologiques, observations d’échantillons macroscopiques et microscopiques..
Pré-requis : Notions de minéralogie et pétrologie élémentaire, stratigraphie, géographie physique.
Commentaire : But de l'enseignement intégré : présenter les principaux types de structures tectoniques.
Les visualiser en 3D à partir de cartes géologique(2D). Apprendre à faire une coupe géologique.
Reconstituer l'histoire tectonique d'une région. Faire aussi le lien entre les structures et le magmatisme
(fonds océaniques, arcs volcaniques, iles océaniques…).
Ref. Bibliographique :
Ouvrages de Tectonique, Cartographie, cartes géologiques de la France au 1/50.000 (BRGM). Ouvrages
classiques de Pétrographie
Equipe pédagogique : Denis SOREL, Bernard PLATEVOET, X (selon nombre de groupes d'étudiants)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
107
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Initiation aux techniques de biologie moléculaire et de biochimie
Biol 336
L3 S5 ou S6
Responsables :
Nathalie Oestreicher (Biologie Moléculaire) et Françoise Vesin (Biochimie)
U.E. au choix, parcours BOE « Biologie intégrative »
_____________________________________________________________________________________
Objectifs :
Initier les étudiants aux techniques de bases de la biochimie et de la biologie moléculaire, les familiariser
avec différentes notions fondamentales nécessaires à la compréhension des expériences scientifiques.
Volume horaire :
Total : 50h
Biologie Moléculaire : TP 23h ; TD 10 h
Biochimie : TP 11 h, TD 6 h
Plan des enseignements :
TP /TD de Biologie Moléculaire :
Transformation d’Escherichia coli et identification des caractéristiques nécessaires à un plasmide pour se
maintenir dans cet organisme. Ce TP permet d’aborder les notions de banque d’ADN génomique, de
sélection et pression de sélection et d’expériences témoins.
Outils et techniques mis en jeu : Digestion par des enzymes de restriction, ligature, transformation d’un
organisme, tests phénotypiques (résistance/sensibilité à des antibiotiques, révélation de l’activité
β−galactosidase), électrophorèse en gel d‘agarose, Southern-blot, utilisation de sondes non radioactives.
TD : PCR, Marquage d’un fragment d’ADN, Clonage et caractérisation d’un gène par diverses techniques
de biologie moléculaire.
TP / TD de Biochimie :
A partir d’un extrait bactérien d’Escherichia coli, purification de la β−galactosidase sur résine
échangeuse d’ions. Détermination des activités enzymatiques avant et après purification. Analyse de
l’efficacité de l’étape de purification : calcul du rendement et du facteur de purification. Evaluation de la
pureté de l’enzyme : électrophorèse sur gel d’acrylamide.
TD Bioinformatique : Structure de la βgalactosidase, détermination des paramètres cinétiques TD étude
de documents : importance biologique de l’enzyme.
_____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique :
Biochimie : Françoise Vesin et Hélène Thérisod
Biologie Moléculaire : Céline Karmazyn-Campelli, Nathalie Oestreicher
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
108
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Semestre 6
Parcours Biologie moléculaire et cellulaire (BMC), Biologie humaine et santé (BHS),
BioInformatique et BioStatistiques (BIBS) et Biologie et Chimie (BCH)
UE type Titre
ID
Parcours
UEC Dynamique cellulaire
BMC, BHS,
Biol320
1
BIBS
2a
UEC Génétique des organismes procaryotes
Biol321
BMC, BIBS
UEC Génétique des Eucaryotes : Systèmes modèles et
BMC, BHS,
2b
Biol329
BIBS
Génétique Humaine
UEF Inférence statistique
BIBS
2c
Math
UEC TP Génétique des organismes procaryotes
BMC
3a
Biol322
UEC TP de génétique d'un eucaryote
BMC, BHS
3b
Biol343
UEF Analyse des séquences génomiques
BIBS
3c
Biol344
(BMC en S5)
UEC Physiologie cellulaire et intégrative
BMC, BHS
4a
Biol323
UEC Biologie et physiologie cellulaire et moléculaire
BMC
4b
Biol324
végétales
UEC Physiologie moléculaire et cellulaire des
BMC
4c
Biol
microorganismes
UEF TER
BIBS
4d
TERB50
4e
UEC Chimie orga. de synthèse 2
Chim353
BCH
UEC TP Phy siologie cellulaire et intégrative
BMC, BHS
5a
Biol326
UEC Travaux pratiques en physiologie végétale
BMC
5b
Biol327
5c
UEC Identification des microorganismes
Biol
BMC
UEF Programmation orientée objet
BIBS
5d
Info329
UEC Chimie bioinorganique et bioorganique
BCH
5c
Chim355
UEF Bases de données et langages formels
BIBS
6a
Info225
6b
UEC Biologie moléculaire approfondie
Biol330
BMC
UEC Biologie humaine – système reproducteur
BHS
6c
Biol
UEC Immunologie
BMC, BHS
6d
Biol331
UEO Physiologie du travail et milieux extrêmes
BHS
6e
Biol
UEC Synth. Orga. Exp. (TP)
BCH
6d
Chim354
UEC Médicaments antiviraux et anticancéreux
BCH
6e
Biol
ECTS
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
Parcours Biologie des organismes aux écosystèmes (BOE), cursus "Ecologie" (Eco) et "Biologie
intégrative" (BI)
UE type Titre
ID
Cursus
ECTS
UEF Botanique systématique
Eco, BI
5
1
Biol333
UEF Ecophysiologie végétale
Eco
5
2a
Biol332
UEF Physiologie cellulaire et intégrative
Eco, BI
5
2b
Biol323
UEF Génétique des populations et quantitative
Eco
5
3a
Biol334
(BI en S5)
UEF Organisation et fonctionnement des cellules
BI
3b
Biol341
UEC Botanique appliquée aux milieux naturels
Eco, BI
5
4a
Biol335
UEC Initiation aux techniques de biologie moléculaire et
BI
5
4b
Biol336
(S5 et S6)
biochimie
UEF TP Biologie moléculaire et biochimie
Eco
5
5a
Biol342
UEF TP Phy siologie cellulaire et intégrative
BI
5
5b
Biol326
UEC Algorithmique et programmation
Eco
5
6a
Info226
(BIBS en
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
109
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
6b
6c
6f
6g
UEC
UEC
UEC
UEC
Risque chimique et toxicologie
Apprendre à enseigner les SVT
Histoire des sciences
Stage Géologie/ Biologie
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
Chim394
Biol337
HSci203
Géos32B
S4)
Eco, BCH
BI
BI
BI
5
5
5
5
110
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Dynamique cellulaire
Biol 320
L3S6
Responsable : Oliver Nüsse
U.E. obligatoire, parcours BMC et BHS, au choix pour parcours BIBS
Objectifs :
Compréhension de la cellule comme unité dynamique (dépendante de) intégrant la génétique et la
biochimie de ses composantes.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 23
TD : 18
TP : 9
Plan des enseignements :
CM :
Génome et programme cellulaire / Différenciation et mort cellulaire / Modes de localisation des
constituants cellulaires - le voyage d'une protéine, du gène à la fonction / Introduction à la signalisation /
Cytosquelette, Morphogenèse et polarité / Adhésion cellulaire, interactions cellulaires - formation des
tissus et organes à partir de cellules / Le déplacement cellulaire
TD :
Isolement des cellules / Marquages des cellules vivantes ou fixées / Culture cellulaire (eucaryotes) /
Méthodes d'analyse dynamique du trafic intracellulaire / Transfection des cellules eucaryotes /
cytosquelette / adressage des protéines / apoptose / prolifération et cancer
-
TP :
mouvement des cellules
immunofluorescence
mouvement intracellulaire des protéines
Equipe pédagogique :
J.C. Callen, M-H. Cuif, M. Lemullois, O. Nüsse, N. Oestreicher
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
111
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Génétique des organismes procaryotes (GEN4)
Biol 321
L3S6
Responsable : Chantal Astier
U.E. au choix, parcours BMC et BIBS
Objectifs : Acquérir les connaissances nécessaires à la compréhension des mécanismes contrôlant
l’expression génique chez les microorganismes
prérequis : GEN2
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 20 h, TD : 30 h
Contenu des enseignements :
-Organisation du matériel génétique : Génomique comparative des procaryotes (organisation des
chromosomes, transfert génétique horizontal, ilôts de pathogénicité, organisation des gènes impliqués
dans la symbiose) ; Organisation en structures opéronales.
- Régulation de l’expression des gènes : les différents niveaux et modes de régulation ; régulateurs
transcriptionnels (contrôle positif et négatif, mécanisme d’atténuation, notion de contrôle global, etc) ;
mécanismes de transduction de signal (systèmes à deux composants, régulation en cascade).
- Mutagénèse et suppresseurs : mécanisme moléculaire de la transposition, conséquences des excisions
d’éléments transposables, les différents types de suppressions.
- Génie génétique et Biotechnologie : Notion et utilisation de gènes rapporteurs comme outil de recherche
microbienne ; optimisation des souches bactériennes pour la production de molécules d’intérêt industriel
ou thérapeutique ; etc.
Equipe pédagogique : Chantal Astier (PR), Cécile Pasternak, Sylviane Liotenberg (MC), Corinne LeviMeyrueis et Céline Karmazyn
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
112
Supprimé :
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Génétique des Eucaryotes : Systèmes modèles et Génétique Humaine (GEN3)
Biol 329
L3S6
Responsable : Annie Sainsard-Chanet, Antoine Boivin
U.E. olbigatoire, parcours BHS, au choix, parcours BMC et BIBS
Objectifs : Cette UE est consacrée à tous les eucaryotes, humain compris. Des notions introduites en
GEN2 du L2 seront développées comme par exemple la complexité de la relation génotype, phénotype.
Les interactions géniques et leur intérêt fonctionnel seront l’un des thèmes majeurs ainsi que la régulation
de l’expression des gènes eucaryotes. Des exemples de transmission épigénétique seront également
abordés. Tous ces thèmes seront abordés par la génétique classique, la génétique moléculaire et la
génétique inverse
Prérequis : GEN2 et BM du L2
Volume horaire :
Total : 50 h ; CM : 30 h ; TD : 20 h
Plan des enseignements :
CM :
-
-
stratégies de cribles de mutants
différents types de mutation : de la mutation ponctuelle à l’amplification de triplets
lconséquences des mutations : perte ou gain de fonction, etc…
cartographie des génomes des organismes haploïdes à l’homme
les exceptions au test de complémentation fonctionnelle
suppression
synergie
épistasie
colétalité
régulation
épigénétique (méthylation, empreinte parentale, …)
pénétrance, expressivité
expression ectopique et expression ciblée
transgénèse
interactions génomes des organites et génome nucléaireclonage positionnel
bases de la thérapie génique
génétique quantitative
TD :
Cartographie fine par l’analyse d’asques
Recherche de différents types de suppresseur chez la levure
Deux iso-cytochrome c chez la levure
Régulation : utilisation du galactose chez la levure
Transgénèse chez la levure
Déterminisme du sexe chez Cœnorhabditis elegans
Mutagénèse par transposition chez la Drosophile
Clonage positionnel
Génétique quantitative
Equipe pédagogique : A. Sainsard-Chanet (PR), D. Coen (PR), J. Feunteun (PR), A. Boivin (MC), M-C.
Daugeron (MC), M. Heude (MC), F. Chalvet (MC), E. Espagne (MC), A. Hua Van (MC), A. Helbling.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
113
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TP de Génétique des organismes procaryotes
Biol 322
L3S6
Responsable : C. Pasternak
U.E. de TP, au choix parcours BMC
Objectifs : Illustrer le contenu de l’U. E. Génétique des organismes procaryotes. Réaliser sur 2 semaines,
à temps complet, des expériences alliant les techniques de Microbiologie et de Génétique pour l’étude
d’un système donné : le régulon maltose d’Escherichia coli.
prérequis : Génétique des organismes procaryotes
Volume horaire :
Total : 70 h (TP, 50h ; TD, 20h)
Contenu des enseignements :
Dans un premier temps, les étudiants prépareront des TD afin d’approfondir les notions fondamentales
appliquées en séances de TP : i) transposition ii) conjugaison iii) complémentation fonctionnelle iv)
notion d’opéron et système de régulation (positive et négative).
Les étudiants réaliseront des mutagénèses par transposition chez Escherichia coli afin d’isoler des
mutants affectés dans le régulon maltose. Une fois ces mutants localisés par conjugaison, les gènes mutés
seront identifiés par complémentation fonctionnelle.
Nombre maximum d’inscrits : 40 / 60 - 20 / groupe
Contrôle des connaissances : évaluation écrite (compte rendu)
Equipe pédagogique : Chantal Astier (PR), Cécile Pasternak, Sylviane Liotenberg (MC)
L3 S6
Ecophysiologie Végétale : 50h
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
114
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TP de Génétique d’un Eucaryote
Biol 343
L3S6
Responsables : Marie Claire Daugeron, Martine Heude
U.E. : TP, au choix, parcours BMC
_________________________________________________________________________________
Objectifs :
TP-TD sur les eucaryotes, humains compris. Le TP commencera par une mutagénèse d’une souche
mutante de levure de boulangerie. Des révertants seront isolés selon deux cribles. Ces révertants seront
ensuite analysés par des tests de génétique classique pour caractériser les différents types de réversion
obtenus.
Prérequis : UE de de GEN et BM du L2 et GEN du L3 du parcours « Biologie Cellulaire et Moléculaire »
Volume horaire : 50h de TP-TD étalés sur 8 semaines à raison de 2 demi-journées (séances de 3h 15) par
semaine, séances espacées de 2 ou 3 jours (en raison du cycle de l’organisme utilisé, lundi/mercredi ou
mardi/jeudi ou mercredi/vendredi )
Total : 50 h ; TD : 25 h ; TP : 25 h
Plan des enseignements :
TP : 12 séances
Thème : Recherche et analyse de révertants d’une souche mutante de levure de boulangerie selon
deux cribles
4 séances : mutagénèse aux UV et récolte des deux types de révertants
4 séances : analyse phénotypiques des révertants et tests de complémentation fonctionnelle avec
des mutants de référence
4 séances : test de recombinaison pour distinguer réversion intra ou extragénique
TD : qui accompagnent le TP
Préparation du protocole de mutagénèse UV et des cribles des révertants
Les différents types d’événement à l’origine des réversions
La sélection des diploïdes chez la levure. Le test de complémentation.
Lla sélection et l’analyse d’une descendance haploïde chez la levure. Le test de recombinaison
Autres TD
Cribles positifs et négatifs de mutants
Suppression informationnelle
Suppression physiologique
Epigénétique
Transgénèse
Génétique Humaine
Equipe pédagogique :
M-C. Daugeron (MC), M. Heude (MC), A. Boivin (MC), F. Chalvet (MC), A. Helbling (MC).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
115
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Analyse des Séquences Génomiques
Biol 344
L3 S6
Responsable : Michel Termier
UE obligatoire pour le parcours BIBS
Objectifs : faire comprendre les algorithmes d'analyse de séquences les plus usuels.
Volume horaire :
Total : 50 h, CM : 36 h, TD : 14 h
Plan des enseignements : (avec volume horaire)
Cours
TD
5h
3h
II : Alignements
Algorithme de Smith et Waterman, Matrices de
substitution (PAM et BLOSUM), BLAST, FASTA,
heuristiques associées, Annotation
Cours
TD
III : Complexité de séquence :
compression, entropie de Shannon, complexité
linguistique
Cours
7h
3h
2h
IV : langages formels,
automates finis déterministes, grammaires
régulières, motifs Prosite
3h
I : Bases de données :
Cours
V : recherche de motifs exacts :
méthode naïve, par automates, algorithme de
Boyer-Moore, arbre des suffixes, dégénérescence Cours
TD
VI : Traces des mutations et de la sélection sur le génome :
Biais de codon, linguistique Markovienne,
séquences permutées, séquences aléatoires
Cours
TD
VII : définition de domaines et de motifs :
Consensus, Matrices pondérées, profils, HMM
Cours
TD
VIII : prédiction de structure sur séquences protéiques :
Modèle de Chou et Fassmann, HCA
Cours
6h
3h
5h
3h
5h
2h
3h
Prérequis : bases de probabilités et de statistiques
Nombre maximum d’inscrits : selon salles informatiques disponibles
Enseignants :
Michel Termier, Guillemette Duchateau-Nguyen, Olivier Lespinet
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
116
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physiologie cellulaire et intégrative (PCI 1)
Responsables :
Biol 323
L3S6
Danielle Feuvray et Laurence Méry
U.E. théorique optionnelle, parcours BMC et BOE
Objectifs :
Il s’agit essentiellement d’une Physiologie moléculaire et cellulaire dont la compréhension a pour but de
faire émerger une physiologie intégrative allant des échelles moléculaire et cellulaire à celles du tissu et
de l’organe, voire de l’organisme entier.
Prérequis: Modules de physiologie animale et de biochimie du L2.
Volume horaire : Total : 50 h - CM : 40 h - TD : 10 h
Contenu des enseignements :
Fonctions cardiaque et respiratoire (10 h de CM + 4h de TD):
Fonction respiratoire: Transport des gaz par le sang. Mécanique ventilatoire et régulation.
Physiologie du système cardiovasculaire : Anatomie fonctionnelle du cœur et tissus cardiaques. Notions
de mécanique cardiaque. Circulation coronaire.
Physiologie du muscle strié cardiaque : Structure et ultrastructure. Couplage excitation-contraction.
Protéines contractiles et protéines régulatrices de la contraction.
Physiologie du muscle lisse de la paroi vasculaire : Architecture de la paroi. Structure et ultrastructure des
cellules musculaires lisses. Couplage excitation-contraction. Protéines contractiles et régulatrices. Rôle de
l’endothélium.
Eléments de neurophysiologie centrale (10h de CM + 2 h de TD):
Moëlle épinière : organisation, relations avec les centres supraspinaux. Réflexes somatiques de la moëlle
épinière comme voie finale commune. Organisation de l’encéphale. Organisation et physiologie des
systèmes sensoriels et des systèmes moteurs. Organisation et physiologie du cortex moteur primaire,
voies pyramidales. Voies extrapyramidales : aires corticales, ganglions de la base, centre
mésencéphalique et bulbaire, cervelet.
Endocrinologie et neuroendocrinologie (12 h de CM + 2 h de TD):
Le complexe hypothalamo-hypophysaire. La thyroïde. Les parathyroïdes. Endocrinologie de la
reproduction. Régulation hormonale du métabolisme phosphocalcique et du métabolisme hydro-minéral.
Le pancréas endocrine. Les surrénales. Les récepteurs hormonaux. Pathologies endocrines.
Métabolisme et fonction digestive (8 h de CM + 2 h de TD) :
Physiologie de la nutrition. Régulation de la prise alimentaire. Fonction hépatique
Enseignants:
D. FEUVRAY (PR). H. DANIEL (PR). M. TAOUIS (PR). D. GRIPOIS (MC UPS).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
117
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie et physiologie cellulaire et moléculaire végétales
Biol 324
L3S6
Responsable : Dao-Xiu Zhou
U.E. au choix, parcours BMC
Objectifs :
Ce module complète en l'enrichissant de l'UE de L2 "Grandes fonctions des plantes" en insistant
particulièrement sur les régulations. Le but est de s'intéresser aux mécanismes cellulaires et moléculaires
qui permettent de comprendre le fonctionnement de la plante en interaction avec le milieu.
L’enseignement de ce module permet aux étudiants d’avoir une connaissance de base large et intégrée sur
la science du végétal, permettant aux étudiants de facilement s’intégrer à un Master en science végétale.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM/TD :
50
Plan des enseignements :
Métabolisme carboné et azoté
Assimilation de soufre et synthèse d'acides aminés essentiels
L'oxygène dans le métabolisme végétal
Métabolisme secondaire et la diversité moléculaire chez les plantes
Transports d’ions et nutrition minérale
Hormones végétales
Communication cellulaire
Interaction plante/environnement : abiotique et biotique
Phylogénétique phénotypique.
Equipe pédagogique : J L Prioul, G Noctor, M Kreis, D Zhou, M Dron, S Nadot,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
118
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physiologie moléculaire et cellulaire des microorganismes
Biol L3S6
Responsable : G. Leblon et N. Bayan
UE au choix parcours BMC
_____________________________________________________________________________
Objectifs :
Approfondir les notions de biologie moléculaire, biochimie et biologie cellulaire en étudiant les
mecanismes impliques dans l’adaptation des microorganismes à leur environnement.
Volume horaire : Total : 50 h - CM : 30 h - TD : 20 h
Plan des enseignements :
-
Division cellulaire
Communication cellulaire
Réponse aux stress
Métabolismes bactériens
_____________________________________________________________________________
Equipe pédagogique C. Houssin, G. Leblon, L. Morin et N. Bayan
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
119
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Travaux d’Etude et de Recherche
TERB50
L3S6
Responsables : Alain Denise, Michel Termier
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BIBS
Objectifs : L'objectif de l'UE est d'appliquer sur une problématique bioinformatique et/ou biostatistique
les notions apprises dans les parcours BIBS des L de biologie, d'informatique et de mathématiques. Les
étudiants des trois filières participeront ensemble à cet enseignement.
Cet enseignement est destiné aux étudiants du parcours BIBS.
Prérequis : Les UE du parcours BIBS.
Volume horaire :
Total : 50 h
Plan des enseignements :
Les étudiants travaillent par petits groupes pluridisciplinaires sous la responsabilité d'un enseignant. Ils
développent un projet de bioinformatique faisant appel à des concepts et méthodes de mathématiques et
d'informatique pour résoudre un problème à finalité biologique.
Dans le parcours L BIBS-Mathématiques, ce TER est couplé avec le module "Inférence statistique" ou le
module "Schémas numériques pour les EDO" suivant le choix des étudiants.
Equipe pédagogique :
Alain Denise (Pr section 27)
Marie-Anne Poursat ( MdC section 25)
Michel Termier (MdC section 65)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
120
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie organique de synthèse 2
Chim353
L3S6
Responsables : Marie-George Guillerez
Type d’U.E. au choix pour parcours BCH
Objectifs
Réactivité de fonctions en chimie organique, ainsi que les principaux outils utiles en synthèse
(hétéroéléments, groupements protecteurs, réarrangements).
Prérequis : Chimie organique générale et analyse structurale (Chim 351), Chimie organique de synthèse 1
(Chim 352), Chimie organique expérimentale (Chim 312)
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 22 h; TD : 28 h
Plan des enseignements :
Réarrangements moléculaires : Présentation générale. Migration sur un carbone déficitaire en électrons
(réarrangement de Wagner-Meerwein, exemple en biosynthèse des terpènes; réarrangements pinacolique
et apparentés; réarrangement de Wolff; réarrangements en milieu basique : benzilique, Favorskii).
Migration sur un azote déficitaire en électrons (Hofmann, Curtius, Beckmann). Réarrangements
péricycliques : Diels-Alder (stéréosélectvité), Cope, Oxycope, Claisen
Chimie des hétéroéléments : Chimie du Phosphore : Généralités ; réactions de Wittig et apparentées,
stéréosélectivité ; halogénation des alcools ; réaction de Mitsunobu. Chimie du Soufre : Généralités ;
carbanions en ? du soufre ; ions sulfonium, ylures de soufre ; sulfoxydes et sulfones. Chimie du Silicium :
Généralités ; énoxysilanes (synthèse et réactions) ; vinylsilanes (synthèse et réactions) ; stabilisation d'un
carbocation en ?; allylsilanes (synthèse et réactions) ; réaction de Peterson.
Groupements protecteurs : Critères généraux de sélection d'un groupement protecteur.
Déprotection : sets orthogonaux ; déprotection par solvolyse basique, modulation de la stabilité par effets
stériques ou électroniques ; déprotection en milieu acide ; déprotection par catalyse aux métaux lourds ;
coupure des liaisons O-Si et C-Si ; déprotection par élimination réductrice (Zn) ; déprotection par ?élimination ; déprotection par hydrogénolyse ; déprotection par oxydation ; déprotection par les métaux
dissous ; groupements protecteurs allyliques.
Composés aromatiques
Repères de nomenclature. Notion d'aromaticité. Substitution électrophile : mécanisme ; principales
réactions SEAr (halogénation, nitration, sulfonation, Friedel-Crafts) ; effets des substituants sur la
réactivité et l'orientation. Substitution nucléophile : mécanisme par addition-élimination ; par éliminationaddition (benzyne) ; sels de diazonium.
Hétérocycles aromatiques
Hétérocycles pentagonaux : Préparation (Paal-Knorr, Knorr).
Réactivité, substitution électrophile, comportement de diènes,
N-alkylation du pyrrole ; porphyrines. Indoles : préparation (Fischer, Bischler, Reissert), substitution
électrophile.
Hétérocycles azotés hexagonaux : Cas de la pyridine : préparation (Hantzsch), substitution électrophile,
substitution nucléophile, substitution sur l'azote, acidité des méthylpyridines ; exemple de la biochimie :
NAD+, NADP+.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
121
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TP de physiologie cellulaire et intégrative ( PCI 2)
Responsable : Danielle Feuvray (coordinatrice: Laurence Méry)
Biol 326
L3S6
U.E. pratique optionnelle, parcours BMC, BHS et BOE « biologie intégrative »
Objectifs :
Il s’agit essentiellement d’une Physiologie moléculaire et cellulaire dont la compréhension a pour but de
faire émerger une physiologie intégrative allant des échelles moléculaire et cellulaire à celles du tissu et
de l’organe, voire de l’organisme entier.
Prérequis: U.E. de physiologie animale et de biochimie du L2.
U.E.PCI 1 du L3
Volume horaire : Total : 50 h - TP : 24 h- TD : 18 h - EI : 8 h.
Contenu des enseignements :
Travaux pratiques (24 h):
- Etude des fonctions cardiaque, respiratoire et musculaire: Etude électrophysiologique de l’activité
cardiaque, électrocardiographie. Adaptation des fonctions cardiaque et respiratoire à l’effort.
Histophysiologie des tissus pulmonaires et vasculaires.
- Neurophysiologie: Etude du réflexe myotatique.
- Endocrinologie: Régulation hormonale de la glycémie.
- Digestion: Analyse nutritionnelle. Effet de l’acide ursodéoxycholique sur le flux biliaire.
Travaux dirigés (18 h):
- Fonctions cardiaque, respiratoire et musculaire: Introduction aux techniques d’enregistrement
électrocardiographique et électromyographique. Potentiel d’action et conductances ioniques. Etude des
activités électrique et mécanique du cœur. Contrôle et modulation de la respiration. Fibre pelée.
- Endocrinologie: Histophysiologie des glandes endocrines. Récepteurs hormonaux et pathologies.
- Digestion: Fonction hépatique.
Enseignement intégré (8 h):
- Neurophysiologie: Méthodes anatomiques d’étude du système nerveux central. Méthodes
électrophysiologiques d’étude du système nerveux central.
Enseignants:
D. GRIPOIS (MC UPS). L. MERY (MC UPS). C. RAMPON (MC UPS)…
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
122
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Travaux pratiques en physiologie végétale
Biol 327
L3S6
Responsable : Aline MAHE
U.E. au choix, parcours BMC
Objectifs : illustrer et compléter le cours correspondant (BPCMV)
Volume horaire :
Total : 50 h; CM 5h, TD 10h et TP 35h
Plan des enseignements :
TP/TD :
- Chloroplaste et réaction de Hill
(6h)
- Mise en évidence des complexes photochimiques sur gels(6h)
- Respiration végétale
(6h)
Aline Mahé
Aline Mahé
Aline Mahé/
Hélène Vanacker
(12h) Martine Thomas
- Dosage de métabolites carbonés et azotés dans des
conditions physiologiques contrastées
- Isolement, séparation et propriétés des anthocyanes
(6h) Peter Streb
- Hormones (auxines, cytokines, ABA…)
(6h) Céline Charon
- Interaction plante/microorg
(3h) Marie Dufresne
et Céline Charon
- Phylogénétique
(3h) S Nadot
Equipe pédagogique :
Céline Charon, Marie Dufresne, Aline Mahé, Sophie Nadot, Peter Streb, Martine Thomas, Hélène
Vanacker,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
123
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Identification des microorganismes issus des milieux naturels
Biol
L3S6
Responsable : Loïc Morin
U.E. au choix, parcours BMC
Objectifs :
Ce module est destiné à approfondir l’étude de la diversité du monde microbien à travers l’isolement et
l’identification de souches bactériennes à partir d’un milieu aquatique (eau épurée). Les techniques
utilisées feront appel à une bonne connaissance de la physiologie des microorganismes, et il s’agira donc
d’un enseignement intégré, mêlant cours et TP : chaque étudiant sera chargé d’identifier des souches
bactériennes à l’aide de techniques physiologiques.
Volume horaire :
Total : 50 h; CM 5h, TD 10h et TP 35h
Plan des enseignements :
- Microbiologie de l’eau : le milieu aquatique et les techniques d’épuration de l’eau . Contrôle qualité de
l’eau de boisson
- Les techniques de base de la microbiologie. Illustration : Isolement de souches à partir d’un échantillon
aquatique.
- La structure et l’organisation des bactéries. Illustration : les techniques d’observation et de coloration
des bactéries (Gram, Leifson, ….) ; application à l’identification bactérienne
- Notions essentielles de métabolisme bactérien : respiration et fermentation, métabolisme des acides
aminés. Illustration : Utilisation des données physiologiques pour l’identification des bactéries.
_____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : Anne-Marie Callen, Loïc Morin
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
124
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Programmation orientée objet
Info 329
L3S6
Responsable : Patrick Amar
Type d’U.E. : obligatoire pour parcours BIBS
Objectifs : Connaître les bases de la conception objet, et maîtriser un langage orienté objet (Java).
Cet enseignement est plus particulièrement destiné aux étudiants du parcours BIBS. D’autres étudiants
pourront être accueillis dans la limite des places disponibles.
Prérequis : Les UE Informatique appliquée à la Biologie (S3) et Algorithmique et programmation (S4).
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 20h
TD : 30h
Plan des enseignements :
-
Bases du génie logiciel : modularité, fiabilité, lisibilité, réutilisabilité. Méthodologie de conception
objet.
Programmation orientée objet : notions de classes, dérivation, polymorphisme...
Bases du langage Java : types de données, pointeurs d'objets de classe. Classes, encapsulation,
packages. Principes de la machine virtuelle Java. Ramasse-miettes. Chaîne de compilation.
Classes dérivées, classes abstraites, classes non dérivables. Polymorphisme, "typecast".
Traitement des exceptions. Interfaces.
Conception d'interfaces graphiques.
Threads.
Les étudiants appliqueront les notions abordées lors d'un projet de
conception et programmation lié à une problématique bioinformatique.
Equipe pédagogique :
Patrick Amar (MdC section 27)
Stéphane Vialette (MdC section 27)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
125
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Chimie bio-inorganique et bio-organique
Chim355
L3S6
Responsables : Jean-Pierre Mahy
Type d’U.E. au choix pour parcours BCH
Objectifs :
Chimie des peptides et des protéines
Bases de chimie inorganique, exemples d'application en chimie bio-inorganique (métalloprotéines et
systèmes bio-inspirés)
Prérequis :.
Chimie inorganique : introduction à la Chimie organométallique et bioinorganique (Chim 206a) ou Chim
206c, Chimie organique générale et analyse structurale (Chim 351), Chimie organique de synthèse 1
(Chim 352), Chimie organique de synthèse 2 (Chim 353)
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 25 h; TD : 25 h
Plan des enseignements :
CHIMIE BIO-ORGANIQUE
Synthèse peptidique : une introduction. Protection des fonctions amines, acide et des chaînes latérales des
amino-acides. Méthodes de couplages. Synthèse en phase liquide, sur phase solide.
Exemples.
Modifications chimiques des protéines. Réactifs « résidu spécifiques ».
Applications : modifications des propriétés physico-chimiques ; préparation d'antigènes ; immobilisation
d'enzymes.
CHIMIE INORGANIQUE
Théorie du champ de ligand (rappel). Théorie des OM ; Comparaison à la théorie du champ cristallin.
Applications.
Notion de base de spectroscopie UV -visible.
Réactivité des complexes de métaux de transition. Vers des mécanismes dans les métalloprotéines;
Autres techniques d'études des métaux en biologie : Quelles techniques pour savoir quoi ?
CHIMIE BIO-INORGANIQUE
Rôle des métaux en biologie. Interaction des métaux avec les macromolécules biologiques : protéines,
acides nucléiques .
Catalyse de réactions hydrolytiques : protéases à zinc, protéines à doigts de zinc, ribozymes...
Catalyse de réactions redox.
Equipe pédagogique :
Jean-Pierre Mahy, Michel Thérisod, Clotilde Policar
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
126
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Bases de Données et Langages Formels
Info225
L3S6
Responsables :
Christine Froidevaux
U.E. obligatoire, parcours BIBS
Volume horaire :
Total : 50, CM : 24h, TD : 26h
Objectifs :
Le but de ce cours est de donner d'une part les éléments théoriques nécessaires à la compréhension des
Bases de Données et de leur utilisation et d'autre part les bases élémentaires de la théorie des langages
formels.
Résumé :
Ce cours comprend deux parties :
Langages Formels : - Notions de langages formels et grammaires formelles - Hiérarchie de Chomsky Langages réguliers, automates et expressions rationnelles - Notions de base sur les langages algébriques
Bases de Données : - Aspects conception (modèle entité-association), - Modèle relationnel Programmation (SQL)
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
127
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
BIOLOGIE MOLECULAIRE APPROFONDIE
Biol 330
L3 S6
Responsables : Michel Duguet et Jean-Michel Rossignol
U.E. au choix, parcours BMC
____________________________________________________________________________________
Objectifs : Le but de l’UE est de donner aux étudiants qui désirent poursuivrent leurs études en master des
connaissances approfondies sur les grands mécanismes de la biologie moléculaire. Ces données seront
illustrées par des exemples pris essentiellement dans le domaine des eucaryotes. Cette UE sera un prérequis pour les étudiants souhaitant intégrer la mention Génomes, Cellules, Développement, Evolution du
master.
Plan des enseignements :
Cours introductif : comparaison des mécanismes de réplication, transcription, traduction chez les pro
et eucaryotes (3 h)
● Réplication de la Chromatine et Division Cellulaire (6 h)
● Réparation/recombinaison dans les cellules eucaryotes ; éléments génétiques mobiles (9 h)
● Régulation de l’expression des gènes (10 h)
transcription de la chromatine et maturation des messagers
contrôle traductionnel
● Biologie moléculaire et biotechnologie des cellules végétales ; OGM (3 h)
● Utilisation biotechnologiques (si RNA, vecteur pIRES etc.) (2 h)
● Introduction à la Génomique (2 h)
● Cours récapitulatif : les virus eucaryotes, modèles d’étude de la biologie moléculaire (3 h)
TD : 6 séances de deux heures : 12 h
____________________________________________________________________________________
Enseignants :
Pierre Capy (Pr)
Michael DuBow (Pr)
Michel Duguet (Pr)
Martin Kreis (Pr)
Jean-Michel Rossignol (Pr)
Cécile Laugaudrière
Cristina Panozzo
Claudine Parquet
Christian Velot
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
128
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Biologie humaine : système reproducteur
Biol
L3S6
Responsable : A-M Courtot
UE aux choix, parcours BHS
Objectifs
Amener les étudiants à une connaissance élargie du système reproducteur en analysant les approches et
méthodologies associées.
Permettre aux étudiants d’acquérir une formation fondamentale pour les métiers de la santé et d’avoir un
prérequis conséquent pour aborder les masters.
Volume horaire Total 50 h, CM 36h TD 14h
Plan des enseignements
Cours 36h:
Introduction : Connaissances de base et méthodologies 12 h
1 - Microscopies, marqueurs, cytométrie, histométrie
2 - Cycle cellulaire et cancer
2 - Méiose
3 - Génétique
4 - Cytogénétique
5 - Biologie moléculaire : expression et régulation des gènes
6 - Electrophysiologie
Axe hypothalamo-hypophyso- gonadique 12h
Anatomie du cerveau
Histologie des neurones et des cellules gliales, système porte hypophysaire
Biologie cellulaire : structure et fonction des neurones et des cellules gliales
Electrophysiologie : étude de la transmission électrique neuronale
Neuroendocrinologie : GnRH, FSH, LH, hormones stéroïdes, récepteurs nucléaires
Pathologies neuroendocriniennes et thérapeutiques
Appareils génitaux masculin et féminin 12h
Déterminisme du sexe
Anatomie de l’appareil génital
Glandes annexes
Glandes mammaires
Gonades
Biologie cellulaire : structure et fonction des cellules germinales et somatiques associées
Empreinte parentale
Endocrinologie : rôle et mode d’action des hormones FSH, LH, hormones stéroïdes, inhibine , activine
Pathologies de l’infertilité : cytogénétique et fertilité
Travaux dirigés 14 h
Analyse d’articles
Présentations orales et supports (power point)
Histologie cytologie des éléments du système reproducteur
Causes et effets des perturbations du système reproducteur : illustration par des cas cliniques
Organisation des essais cliniques internationaux. Assurance qualité
____________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : S. Brisset, A.M. Courtot, D. Chesnoy-Marchais , C. Massaad,
G. Tachdjian, D. Schoevaert, M. Wahl , R. Zoroob.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
129
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Immunologie
Biol 331
L3S6
Responsable : O. Nüsse, P Galanaud
UE de découverte
)
Objectif :
Apprendre les concepts de base de l'immunologie pour comprendre les techniques utilisant les anticorps
et pour préparer l'étude des maladies du système immunitaire.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 25, TD : 25
Plan :
Cours : Le concept du soi et non-soi, les anticorps, le complément, les cellules du système immunitaire,
les organes du système immunitaire, les mécanismes (présentation d'antigène, cytotoxicité …)
TD : Différenciation et isolement des leukocytes, migration, cytokines, théorie de techniques utilisant des
anticorps (western blot, imunogluorescence, ELISA, immunoprécitipation), production des anticorps,
cytométrie en flux
Enseignants
J. Kanellopoulos, O. Nüsse, P Galanaud
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
130
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Physiologie du travail et milieux extrêmes
Biol
L3S6
Responsable : F. Chéruel
UE de découverte
Objectif :
Il n’est pas rare de rencontrer dans le monde du travail des conditions environnementales éprouvantes,
stressante, comme le chaud, le froid, le confinement, des nuisances olfactives, sonores, l’hypobarie,
l’hyperbarie, etc. Ces conditions de travail forcent l’organisme à réagir, en mettant en place des stratégies
et des mécanismes physiologiques adaptatifs. L’objectif de ce module est de mettre en relief certaines de
ces adaptations, d’évaluer l’astreinte physiologique et de prévenir les risques pour la santé des
opérateurs.
Plan des cours :
Physiologie du travail et milieux extrêmes (40 h CM +10 h TD)
Energétique et métabolisme cellulaire. Les Voies métaboliques aux cours de l’exercice musculaire.
Définitions du stress, Catégorisation des stresseurs. La prise en charge du stresseur, Le syndrome général
d’adaptation, La réaction d’alarme. La phase de résistance. Stress Chronique, Epuisement et pathologie.
Aspects Cognitif du stress. Programmation de réponses spécifiques. L’effets débilitants du stress. Les
processus douloureux, les voies de la douleur. Stress et addiction (le dopage)
Régulation de la pression artérielle. Contrôle des résistances vasculaire. Le système nerveux végétatif.
Mesure de la tension artérielle périphérique et centrale (analyse du signal) au repos et à l’exercice.
Mesure de la sensibilité barostatique chez l’homme. Anatomie fonctionnelle et physiopathologique de la
paroi vasculaire. Effets de toxiques (C0, tabac,..) sur le cœur et les vaisseaux.
Adaptations cardio-circulatoires et respiratoires au cours de l’effort en conditions de pression normale et
modifiées (hyperbarie , hypobarie). Adaptations cardio-circulatoires et respiratoires en ambiance
thermique modifiée.
. Pré-requis : PCI 1
Nombre maximum d’inscrits : 25
Enseignant
F. Chéruel
MC UPS
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
131
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Synthèse organique expérimentale
Chim354
L3S6
Responsables : Marie-George Guillerez
Type d’U.E. au choix pour parcours BCH
Objectifs :
Prérequis :
Chimie organique générale et analyse structurale (Chim 351), Chimie organique de synthèse 1 (Chim
352), Chimie organique expérimentale (Chim 312), Chimie organique de synthèse 2 (Chim 353)
Volume horaire :
Total : TP: 50h
Plan des enseignements :
Synthèse de la Gramine - Réaction de Mannich.
Synthèse du phosphoénolpyruvate.
Dédoublement cinétique enzymatique du (±)-2-octanol.
Analyse d'un dipeptide par le réactif de Sanger.
Préparation des ?- et ?-pentacétyl-D-glucosamines.
Préparation du diisopropylidène-D-mannitol.
Synthèse de l'isopropylidène-glycérol.
Préparation du cinnamate de benzyle - Réaction de Wittig.
Substitution électrophile aromatique (Friedel-Crafts).
Transposition de Beckmann.
Equipe pédagogique :
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
132
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Médicaments antiviraux et anticancéreux
Biol
L3S6
Responsables : B Roy, L Cohen
Type d’U.E. au choix pour parcours BCH
Objectifs : Cet enseignement a pour but de donner aux étudiants de L3 des notions de pharmacologie, en
prenant comme exemple des molécules actives en thérapies anticancéreuse et antivirale, et en insistant sur
les aspects relation structure activité de ces médicaments.
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 10 h; TD : 20 h; TP : 20 h
Plan des enseignements :
CHIMIOTHERAPIE ANTICANCEREUSE
• Principes généraux : stratégies anticancéreuses, cytotoxicité, cycle cellulaire.
• Médicaments altérant l'ADN : agents alkylants (chlorméthine, nitrosourée), agents intercalants
(daunorubicine, doxorubicine, …), dérivés du platine (cisplatine, carboplatine, oxaliplatine), agents
scindants (bléomycine).
• Antimétabolites : analogues nucléosidiques (6-mercaptopurine, fludarabine, cladribine, pentostatine,
cytarabine, 5-fluorouracile, gemcitabine), analogues de l’acide folique (méthotrexate, raltitrexed),
inhibiteurs de la ribonucléotide réductase (hydroxyurée).
Inhibiteurs de l’ADN topoisomérase I ou II (Iinotécan, topotécan, étoposide)
• Altération du fuseau mitotique : alcaloïdes de la pervenche (vinblastine, vincristine, vindésine,
navelbine), taxanes (palcitaxel)
• Cytokines (interféron γ)
• Résistance aux anticancéreux
CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE
• Classification des infections virales
• Cibles virales et/ou cellulaires des agents antiviraux : ADN polymérases virales, hélicase/NTPase, IMP
déshydrogénase, SAH hydrolase, ARN polymérase
• Chimiothérapie des infections herpétiques : virus de l’herpès simplex de type 1 et 2 (HSV-1, HSV-2),
virus varicelle-zona (VZV), virus d’Epstein-Barr (EBV). Cycle de réplication virale. Inhibiteurs de
l’ADN polymérase virale (analogues nucléosidiques)
• Chimiothérapie de l’infection à VIH : cycle de réplication virale, inhibiteurs de la rétrotranscriptase
virale, inhibiteurs de la protéase virale, inhibiteurs de l’intégrase virale, inhibiteur de fusion, mécanismes
de résistance aux antiviraux
• Chimiothérapie de l’infection à VHB.
Equipe pédagogique :
B Roy, L Cohen, P Le Maréchal
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
133
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Ecophysiologie végétale
Biol 332
L3S6
Responsables : Gabriel Cornic, Graham Noctor
U.E. obligatoire, parcours BOE « Ecologie »
_________________________________________________________________________________
Cours : 30h
G. Cornic :
•
La lumière apporte l’énergie nécessaire à la vie des plantes : Absorption de la lumière.
Fonctionnement d’un photosystème. La chaîne de transduction de l’énergie
• La lumière est un problème pour le fonctionnement des plantes : la Photoinhibition
• Eau dans la plante
JL. Prioul :
• Echanges gazeux photosynthétiques
• Assimilation C3, C4 , CAM en relation avec la distribution géographique
• Distribution et répartition des assimilats. Relations source-puits. Biodiversité des relations
G. Noctor :
•
•
•
•
Assimilation de l’azote (nitrate, N2)
Interaction azote/carbone en relation avec l’environnement
Environnement et stress oxidatif
Métabolisme secondaire
TP/TD : 20h
J. Hoarau, D. lavergne, A. Mahé : Activité de la nitrate réductase en relation avec le stress hydrique
J. Ghashghaie, P Streb : Caractérisation de l’état hydrique foliaire (gradient de potentiel hydrique dans
une plante)
J. Ghashghaie, J. Hoarau, A. Mahé: Description et fonctionnement stomatiques
__________________________________________________________________________________
Enseignants : JL Prioul (IBP), G. Noctor (IBP), G. Cornic (ESE), J. Ghashghaie (ESE), J. Hoarau (IBP),
H. Vanacker (IBP), P Streb (ESE).
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
134
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Botanique systématique
Biol 333
L3S6
Responsable : Michel DRON
UE obligatoire, parcours BOE
Objectifs de l’UE :
Il s’agit de présenter de manière détaillée la diversité du monde photosynthétique en utilisant un canevas
évolutif. Une attention particulière sera apportée aux transitions évolutives observables au sein de la
lignée verte. Ceci sera illustré en abordant la diversité des appareils végétatifs et reproducteurs.
Cette UE est adaptée au programme du concours CAPES
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 20, TD : 20, TP : 10
Plan des enseignements :
-
Cours (20h) :
• Méthodes et outils de classification appliqués au monde végétal
• Organisation évolutive du monde photosynthétique
• Diversité et évolution de l’appareil végétatif
• Diversité et évolution de l’appareil reproducteur
-
TP/TD/EI (30h) :
• Diversité / évolution des appareils végétatifs et des modes de reproduction chez les :
Algues
Bryophytes
Ptéridophytes
Gymnospermes
• Etude de grandes familles d’Angiospermes :
Poacées
Rosacées
Fabacées
Astéracées
• Evolution de la fleur chez les Angiospermes
• Etudes comparatives de pollen
Contrôle des connaissances : examen + contrôle continu
Equipe pédagogique : :
Geneviève BELLIARD (Pr), Michel DRON (Pr), Sophie NADOT (MCF), Céline CHARON (MCF),
Emmanuel PICARD (MCF), Jacques de BUYSER (MCF), Dara SIHACHAKR (MCF)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
135
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Génétique des populations et quantitative
Biol 334
L3S6
Responsable : PH Gouyon, P Capy
U.E. obligatoire, parcours BOE « Ecologie »
Objectifs :
Le cours de Génétique des Populations a pour but de donner les bases de cette discipline aux
étudiants de 3ème année. Il s’agit d’abord de leur faire comprendre les notions de population et, dans la
population, de fréquences d’un allèle et d’un génotype. On voit ensuite les différentes forces qui agissent
sur ces fréquences : d’une part les pressions évolutives qui agissent sur les fréquences alléliques
(sélection, mutation, migration et dérive), d’autre part les forces qui décident les fréquences génotypiques
étant donné les fréquences alléliques (panmixie, consanguinité, homogamie, hétérogamie, effet
Wahlund). Pour chacune de ces forces, la modélisation de base est donnée. La combinaison de ces forces
permet de comprendre l’existence de maladies génétiques (équilibre sélection/mutation) d’une part et
celle du polymorphisme (sélection s’il est stable, équilibre mutation/dérive s’il est neutre) d’autre part.
Enfin, le déséquilibre de liaison est introduit. Tout au long de cette présentation, on s’attache à rendre
chaque calcul compréhensible, à traiter des exemples et à rappeler autant que faire se peut que le milieu
agit sur le phénotype.
Cet enseignement présentera également la notion de caractère quantitatif, en définissant les différentes
sources de variation phénotypique. On abordera les notions d'héritabilité et de réponse à la sélection
Volume horaire :
Total : 50 h; CM : 24h; TD : 26h; TP : 0
Plan des enseignements :
CM : - Loi de Hardy-Weinberg
- Hérédité lié au sexe
- Base des modules avec sélection
- Equilibre mutation, sélection, dérive génétique
- Systèmes de reproduction
- Base de la génétique quantitative
TD
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
Titre de la séance
Fréquences alléliques
Diversité génétique et biologie de la conservation
Pressions évolutives
Simulations sur ordinateurs de l’évolution de populations
Régimes de reproduction
Loi de Hardy Weinberg
Modèles de stérilité mâle
Génétique quantitative 1
Génétique quantitative 2
Génétique quantitative 3
Problèmes d’Annales d’examens
Problèmes d’Annales d’examens
Problèmes d’Annales d’examens
Type (C/TD/TP)
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
TD 2 h
__________________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : PH Gouyon, M Solignac, P Capy, C Lavigne, E Baudry, D Manicacci, B Albert.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
136
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Botanique appliquée aux milieux naturels
Biol335
L3S6
Responsable : Michel DRON
Type d’UEF : EI/TP (module court)
UE obligatoire pour le pracours BOE "Ecologie" et au choix pour BOE "Biologie intégrative)
Objectifs de l’UE :
Ce module constitue une suite logique à l’UE « Botanique systématique » proposée en L3S5. Il s’agira
d’exploiter la richesse écologique du Parc Botanique de Launay, autrement dit le campus universitaire,
afin d’explorer la diversité floristique des milieux naturels. L’accent sera porté sur les adaptations des
organismes photosynthétiques aux différents milieux, sous une perspective évolutive.
Cette UE est adaptée au programme du concours CAPES.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 5, TD : 10, TP : 35
Plan des enseignements :
L’enseignement se fera sous forme de Travaux Pratiques, avec quelques cours intégrés. Une part
importante sera donnée au travail personnel encadré, sous forme de projets réalisés par groupes de 2 à 4
étudiants. Chaque projet concernera un biotope particulier du parc botanique (exemple : prairies, milieux
humides, milieux forestiers, etc.) et consistera en une étude de la diversité floristique du milieu suivie
d’une analyse des caractéristiques morphologiques, anatomiques et taxonomiques des espèces
répertoriées. Ces projets donneront lieu à la rédaction d’un mémoire et à une présentation orale.
Une visite des serres tropicales du jardin des serres d’Auteuil (Paris) sera programmée pendant le module,
afin d’illustrer la diversité des adaptations en milieu tropical.
Besoins matériels :
Salle de TP (bât.360) équipée en microscopes et loupes binoculaires pour l’examen du matériel végétal.
Salle informatique avec accès internet pour la recherche documentaire.
Contrôle des connaissances : rédaction d’un mémoire et présentation orale
Equipe pédagogique : Geneviève BELLIARD (Pr), Michel DRON (Pr), Sophie NADOT (MCF), Céline
CHARON (MCF), Bruno LASCAUX (technicien)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
137
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
TRAVAUX PRATIQUES de Biologie Moléculaire et de Biochimie
L3S6
Responsables :
Biol 342
Marianne DELARUE et Marie-Noëlle RAYMOND
U.E : Obligatoire - TP et Enseignement intégré , parcours BOE « Ecologie »
Objectifs :
Illustration du cours « Structure, Dynamique et Polymorphisme des génomes ».
Dans un contexte de plantes transgéniques, utilisation des approches intégrées de Biologie Moléculaire et
de Biochimie autour d’une problématique commune. Le but est de sensibiliser les étudiants à l’utilisation
de différentes techniques pouvant être couplées.
Cet enseignement s’adresse à tous les étudiants s’inscrivant en L3 « Biologie des Organismes et des
Ecosystèmes »
Volume horaire : 70h (2 semaines complètes)
Biologie Moléculaire
30h TP - 7h EI
Biochimie
24h TP - 9h EI
Plan des enseignements :
Biologie Moléculaire :
- Analyse de polymorphisme chez différentes lignées de Maïs: utilisation de marqueurs microsatellites
- Recherche d’OGM au sein de différents lots de graines d’Arabidopsis thaliana sauvages et
transgéniques :
1) Extraction d’ADN génomique
2) Amplification du transgène par PCR
3) Analyse d’expression génique (RT-PCR)
- Etude de séquences par bio informatique et analyse d’articles
Biochimie :
- Comparaison des activités enzymatiques de la phosphoenolpyruvate carboxylase (PEPC)
1) dans les graines d’Arabidopsis thaliana surexprimant cette enzyme et dans les graines des plantes
sauvages correspondantes
2) dans les feuilles d’Arabidopsis thaliana et de maïs
(techniques utilisées : dosage spectrophotométrique, électrophorèse…)
- Le rôle de la PEPC dans les voies métaboliques des plantes supérieures sera découvert puis analysé à
partir de documents et les bases de l’enzymologie seront enseignées en utilisant l’outil informatique
Equipe pédagogique :
Marianne Delarue (MC), Yves Deveaux(MC)
Sylvie Gillet (MC), Marielle Lepinec (MC), Philippe Minard (PR), Marie-Noëlle Raymond (MC),
Philippe Robin (MC)
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
138
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Organisation et fonctionnement des cellules
Biol 341
L3S6
Responsable : Oliver Nüsse
U.E. obligatoire, parcours BOE « Biologie intégrative »
Objectifs :
Compréhension de la cellule comme unité du vivant et composante de tissus.
Obtention d'une base large en biologie cellulaire et moléculaire pour intégrer les liens entre la biochimie
et la génétique d'une part et la biologie et physiologie des organismes d'autre part.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 38
TD : 12
Plan des enseignements :
CM :
Caractéristiques des cellules et virus (membranes, organelles, cytosquelette, jonctions)
Echanges et communications intra et intercellulaires
Cycle cellulaire
ADN (structure, fonction, maintien et expression)
Régulation de l'expression génique
Voyage d'une protéine, du gène à la fonction
Introduction à l'immunologie
TD :
Isolement des cellules / Marquages des cellules vivantes ou fixées / Culture cellulaire (eucaryotes) /
Transfection des cellules eucaryotes / cytosquelette / adressage des protéines / apoptose / prolifération et
cancer / recherche personnelle sur un sujet scientifique et exposé oral/ régulation de l'expression des
gènes
Equipe pédagogique :
J.C. Callen, M. Lemullois, O. Nüsse, N. Oestreicher,
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
139
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Risque chimique et toxicologie : de la molécule à la population et à l'environnement
Chim 394
L3S6
Responsables :
I Masson
U.E. de découverte, parcours BOE "ecologie"
Objectifs :
Initier aux risques physico-chimiques, toxiques et écotoxiques liés aux activités de chimie
(recherche/industrie) et à leur prévention
Acquérir des notions de base sur l'action des substances étrangères -xénobiotiques- sur l'organisme
(toxicologie) et sur l'environnement (écotoxicologie)
Volume horaire :
Total : 50, CM : 18h, TD : 20h, TP : 12h
Prérequis :
UEs de chimie organique et/ou (bio)inorganique et/ou de biologie/biochimie conseillées
Résumé :
Cours
Le risque chimique et physico-chimique au laboratoire, dans la société et pour l'environnement :
prévention des risques, réglementation, évaluation de la toxicité d'une substance, de la toxicité in vitro à
l'épidémiologie .
Origine et voies d'exposition (alimentation, polluants, COVs, exposition professionnelle.) aux
xénobiotiques
Notions de pharmacologie
Toxicité aigue, chronique, relation dose-effet
Métabolisme des xénobiotiques ; effets cellulaires (cibles.)
Génotoxicité, mutagénèse, cancérogénèse
Toxicité pour la reproduction
Modulateurs endocriniens
Organotoxicité
Notions d 'écotoxicologie ; les polluants dans l'environnement
Les TD comporteront en partie un travail personnel de synthèse bibliographique à l'aide desTICE, sur
lequel portera l'évaluation.
Enseignement expérimental
Méthodes d'analyse chimique et biochimique appliquées à la mise en évidence de xénobiotiques dans
l'alimentation, l'environnement (ex. pesticides dans les eaux.)
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
Etude bibliographique (TICE)
Equipe pédagogique :
I Masson
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
140
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Apprendre à enseigner les SVT
Biol 337,
L3S6
Responsable : Anne-Marie CALLEN
Type d’U.E. : au choix, parcours BOE "Biologie intégrative"
Public :
Etudiants se dirigeant vers les carrières de l’enseignement primaire ou secondaire.
Prérequis : Le module de « sensibilisation aux métiers de l’enseignement » (en L2, S4) est fortement
recommandé.
Objectifs :
Initier les étudiants à la pratique d’un enseignement scientifique
Les confronter à la réalité d’une classe.
C’est-à-dire les amener à concevoir, puis à réaliser au cours d’un stage en établissement
scolaire, une activité d’enseignement scientifique, intégrée dans un projet de classe.
Analyser ensuite les situations pédagogiques rencontrées.
Volume horaire :
Total : 50 h
CM : 20 h
TD : 30 h
Déroulement des enseignements :
- Information et étude en commun des programmes et instructions officiels ; sensibilisation à ces
directives.
- Réflexion collective sur l’acte d’apprendre et l’acte d’enseigner. Information sur les théories
de l’apprentissage.
- Travail sur les représentations initiales et réflexion sur l’importance du travail expérimental.
-
Elaboration d’un projet d’enseignement scientifique, par binôme, sous la responsabilité d’un
tuteur.
-
Stage en binôme : observation de la classe et mise en œuvre du projet. Rédaction d’un
mémoire.
-
Présentation orale des projets réalisés, avec analyse critique des situations pédagogiques
rencontrées.
Capacité d’accueil : Groupes de 24 étudiants répartis en 12 binômes.
Aide à la réussite : encadrement de chaque binôme par un enseignant-tuteur pour la préparation du projet
et la rédaction du mémoire.
Equipe pédagogique : Anne-Marie Callen et enseignants tuteurs
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
141
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
Histoire des sciences
HSci203
L3S6
Responsables :
Hélène Gispert
U.E. de découverte, parcours BOE "ecologie"
Objectifs :
L'objectif de cet enseignement est de conduire tous les étudiants à exercer leur réflexion sur les sciences
en s'appuyant sur leur histoire. On cherchera à faire saisir les dynamiques, au cours de l'histoire, de la
construction des savoirs et des pratiques scientifiques, leurs enjeux tant épistémologiques que sociaux,
tout en étant attentifs à la résonance contemporaine d'un tel enseignement. Cela conduit à recourir à une
maquette qui permette d'engager effectivement les étudiants dans une telle réflexion critique ; celle-ci
combinera enseignements magistraux et conduite en TD d'un projet de réalisation de poster sur un sujet
donné.
Prérequis :
aucun
Résumé :
- Cours magistraux (I): Grands moments, grandes ruptures en histoire des sciences (Antiquité : BabyloneEgypte, Grèce ; Monde arabe ; XVIIe et Révolution scientifique)
- Travail sur dossier avec finalisation poster en séances de TD sur un dossier proposé par les enseignants
relevant d'un des 4 thèmes : révolution scientifique et rupture épistémologique, interactions entre
disciplines, acteurs et institutions, expériences et instrumentation.
- Cours magistraux (II) : Retour sur l'histoire de champs disciplinaires : questions épistémologiques
Aide à la réussite - aide au travail universitaire :
- travail de TD par trinôme en grands groupes avec co-encadrement
- fiche hebdomadaire de suivi de travail par trinôme
Ouvrages de référence :
Il n'y a pas d'ouvrage de référence particulier. Des références sont indiquées dans les dossiers et l'étudiant
pourra consulter les ouvrages généraux du fond histoire des sciences de la Bibliothèque universitaire
Equipe pédagogique :
Hélène Gispert
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
142
Licence Domaine Sciences, Technologie, Santé mention Biologie, annexe 1
STAGE PlURIDISCIPLINAIRE : GEOLOGIE ET BIOLOGIE
Geos 32B
L3S6
Responsable : L. Bergonzini
U.E. au choix, parcours BOE « Biologie intégrative »
Titre : Stage « Naturaliste » de biologie générale et de sciences de la Terre sur le terrain
Objectif : Ce module a pour objectif d’étudier et de faire découvrir sur le terrain les objets
géologiques et biologiques dans leurs environnements. Ce module a aussi comme objectif d’illustrer
les enseignements théoriques.
Contenu : 8 jours de stage dans le Cotentin
● Présentation de roches magmatiques (plutonique et volcanique) sédimentaires (série paléozoïque
secondaire et quaternaire) et métamorphiques (de contact et régional) ainsi que leurs relations
structurales.
● Lecture des enregistrements sédimentaires et reconstitution des environnements.
Pré-requis : bases de Géologie 1 et 2 années
Commentaires : LIMITE A 30 ETUDIANTS
Responsable : L. Bergonzini
___________________________________________________________________________
Equipe pédagogique : Laurent Bergonzini, Cécile Quantin, Pierre Lahitte, Fanny XXXX, Claire
Damesin.
Université Paris-Sud 11, 10.11.2004
143
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