08.03.009 f2.0 Dérivés de tissu – Extraction d`ARN

08.03.009 f2.0 Dérivés de tissu – Extraction d`ARN
08.03.009 f2.0
Dérivés de tissu – Extraction d’ARN
Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT
Dérivés de tissus – Extraction d’ARN
Numéro de PNF:
Remplace:
08.03.009
Version:
8.3.009 f1.0
Approuvée par:
Catégorie:
Le groupe administratif du RCBT
f2.0
Manipulation et documentation du
matériel – Tissu solide
01 juin 2012
28 juin 2012
Par: Brent Schacter
1.0 INTENTION
Les échantillons de tissus sont prélevés de patients qui ont accepté de participer au programme de
banque de tumeurs après avoir passé à travers le processus de consentement éclairé. Les études
génomiques utilisent souvent les acides nucléiques (ADN et ARN) dérivés de ces échantillons. Pendant
l’extraction et l’entreposage de l’ARN à partir des spécimens de tissus, tous les efforts doivent être faits
pour éviter la contamination et préserver l’intégrité moléculaire.
2.0 PORTÉE
Cette procédure normalisée de fonctionnement (PNF) décrit comment l’ARN doit être extrait des tissus
congelés dans les tubes et ceux dans l’OCT. Cette PNF ne couvre pas les procédures de sécurité
détaillées pour la manipulation du matériel biologique humain (MBH) et il est recommandé que le
personnel suive les guides de biorisques des institutions.
3.0 RÉFÉRENCES À D’AUTRES PNFs ET POLITIQUES DU RCBT
Remarque: Lors de l'adoption de cette PNF pour un usage local, s'il vous plaît faire référence au RCBT.
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
3.7
3.8
Politique du RCBT: POL 005.001 Registres et documentation
Politique du RCBT: POL 002.001 Éthique
Politique du RCBT: POL 004.001 Vie privée et sécurité
Politique du RCBT: POL 007.001 Manipulation du matériel et de l’information
Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT: PNF 08.03.003 Congélation en tubes du tissu
Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT: PNF 08.03.004 Congélation du tissu dans
l’OCT
Procédure normalisée de fonctionnement du RCB : PNF 08.03.006 Sectionnement des tissus
enrobés de paraffine et d’OCT
Procédure normalisée de fonctionnement du RCBT: PNF 06.002 Gestion des déchets à biorisques
4.0 RÔLES ET RESPONSABILITÉS
Cette politique s’adresse à tout le personnel des banques membres du RCBT qui est responsable de
l’extraction d’ARN à partir de tissus.
Personnel de la banque de tumeurs
Responsabilité/rôle
Technicien de laboratoire
Responsable de l’étiquetage des tubes, de l’extraction de
l’ARN à partir du tissu, de l’entreposage des échantillons
et de la documentation de l’entreposage de l’ARN.
Copyright2012 Réseau canadien de banques de tumeurs (RCBT).
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5.0 MATÉRIEL, ÉQUIPEMENT ET FORMULAIRES
Le matériel, l’équipement et les formulaires inscrits sur la liste suivante ne sont que recommandés et
peuvent être substitués par des produits alternatifs/équivalents plus appropriés aux tâches ou aux
procédures spécifiques aux sites.
Matériel et équipement
Matériel et équipement (spécifiques au site)
Marqueurs, encre et crayons
Étiquettes appropriées pour les tubes
Tubes à microcentrifugeuse
Support pour tubes à microcentrifugeuse
Homogénéisateur de tissu comme le
TissueRuptor ou un homogénéisateur
verre-Teflon
Extracteur automatique Qiacube
Microcentrifugeuse réfrigérée
Cryotome
Micropipetteurs
Embouts de pipettes stériles et exempts
d’ARNase
RNeasy Mini Kit
RNeasy Micro Kit
14.3M ß -Mercaptoéthanol (ß-Me) ou 2 M
dithiothreitol (DTT)
Éthanol 96-100%
Gants jetables
Éthanol 70%
Congélateur à -80º C ou -20º C
Glace pour refroidir les tubes et l’eau
Glace sèche pour le transport des blocs
d’OCT et des tissus congelés
6.0 DÉFINITIONS
Voir le glossaire du programme du RCBT: http://www.ctrnet.ca/glossary
7.0 PROCÉDURES
Cette procédure a été développée pour s’assurer que l’ARN est extrait des échantillons de tissus de
manière sécuritaire et constante, tout en éliminant les risques de contamination et la perte de l’intégrité
moléculaire et structurale. La constance dans la procédure est importante pour obtenir des résultats de
tests comparables et fiables. Les étapes suivantes sont basées sur les protocoles d’extraction pour le
contrôle qualité effectué par le RCBT.
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Dérivés de tissu – Extraction d’ARN
7.1
Extraction d’ARN à partir de tissu congelé
NOTE: Les volumes indiqués sont uniquement recommandés et doivent être mis à l’échelle selon le
volume de l’échantillon de tissu. S’assurer que tous les tubes, homogénéisateurs etc. utilisés dans le
processus d’extraction d’ARN sont exempts de RNases ou traités avec des inhibiteurs de RNases.
Ce protocole est basé sur celui du RNeasy Mini kit.
7.2
7.1.1
Traiter tous les tissus comme potentiellement infectieux.
7.1.2
L’extraction d’ARN est effectuée par un technicien de laboratoire ou un membre du
personnel formé et désigné par la banque de tumeurs.
7.1.3
Avoir le matériel et l’équipement prêts. Avoir la quantité de tubes et de cryotubes nécessaires
étiquetés et prêts. Tout l’équipement et les réactifs qui viennent en contact avec l’échantillon
devraient être exempts de RNases.
7.1.4
Homogénéisation. Les tissus sont gardés congelés à -80º C jusqu’à homogénéisation.
7.1.5
Homogénéiser les échantillons de tissus (maximum 30 mg) dans 600 uL de tampon RLT* en
utilisant un homogénéisateur verre-Teflon ou électrique. D’autres méthodes peuvent être
utilisées pour homogénéiser le tissu si un homogénéisateur n’est pas disponible. (Se référer
à l’étape 3 du manuel d’instructions du RNeasy Mini dans la section intitulée ‘Tissus
animaux’).
7.1.6
Centrifuger le lysat pendant 3 min à vitesse maximum (>18,000 x g). Enlever soigneusement
le surnageant à l’aide d’une pipette et le transférer dans un nouveau tube à
microcentrifugeuse.
7.1.7
Procéder avec le protocole ou le manuel d’instructions du Rneasy Mini Qiacube pour les
étapes 5-12 qui y sont décrites.
7.1.8
Entreposer l’ARN dissout à -80º C ou à plus basse température.
7.1.9
Enregistrer l’emplacement de l’entreposage.
Extraction d’ARN à partir du tissu congelé dans l’OCT
NOTE: Ce protocole est basé sur celui du kit RNeasy Mini ; il est favorisé lorsque les échantillons
sont petits. Toutefois, pour les échantillons plus gros, utiliser le kit RNeasy Mini tel que décrit cidessus.
7.2.1
Traiter tous les tissus comme potentiellement infectieux.
7.2.2
L’extraction d’ARN à partir de tissu enrobé dans l’OCT est effectuée par un technicien de
laboratoire ou un membre du personnel formé et désigné par la banque de tumeurs.
7.2.3
Avoir le matériel et l’équipement prêts. Avoir la quantité de tubes et de tubes à congélation
nécessaires étiquetés et prêts. Tout l’équipement et les réactifs qui viennent en contact avec
l’échantillon devraient être exempts de RNases.
7.2.4
Utiliser le kit d’extraction Qiagen's RNeasy Micro pour l’isolement de l’ARN à partir du tissu
enrobé dans l’OCT.
7.2.5
Prendre quelques (5-10) sections d’OCT de 3µm en utilisant un cryostat et les placer dans un
tube à microcentrifugeuse pré-refroidi. S’assurer que les sections ne décongèlent pas avant
la prochaine étape.
7.2.6
Ajouter 600µl de tampon RLT* et ramener à la température de la pièce.
7.2.7
Centrifuger pendant 12 minutes à vitesse maximum (>18 0000 x g).
7.2.8
Enlever le surnageant fluide, mais pas la couche de surface, et le placer dans un nouveau
tube. Se débarrasser du reste.
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Dérivés de tissu – Extraction d’ARN
7.2.9
Ajouter 600µl d’éthanol 70%, mélanger en utilisant une pipette.
7.2.10 Prendre 700µl of cette solution et passer à travers une mini-colonne fournie dans le kit,
centrifuger pendant 15 secondes à 8 000 x g.
7.2.11 Répéter cette dernière étape jusqu’à ce que toute la solution ait passé à travers la minicolonne.
7.2.12 Passer 700µl de tampon RW1* à travers la mini-colonne, centrifuger 15 secondes à 8 000 x
g.
7.2.13 Changer le tube de collecte sous la mini-colonne.
7.2.14 Passer 500µl de tampon RPE* à travers la mini-colonne, centrifuger 15 secondes à 8 000 x
g.
7.2.15 Centrifuger un autre 500µl de tampon RPE* à travers la colonne, mais cette fois pendant 2
minutes à vitesse maximum.
7.2.16 Changer le tube de collecte, centrifuger pendant 1 minute ou plus à vitesse maximum pour
s’assurer que la colonne soit sèche. Si du liquide se retrouve dans le tube, centrifuger pour
une autre minute ou deux.
7.2.17 Ajouter 30µl d’H2O, exempte de RNases directement sur le filtre de la colonne, laisser
incuber pendant 5 à 10 minutes et centrifuger pendant 1 minute à 8 000 x g.
7.2.18 Entreposer l’ARN dissout à -80º C ou à plus basse température.
*Les réactifs (RLT, RW1 et RPE) sont tous fournis dans le kit RNeasy (voir les réf. 8.11, 8.12
et 8.13 pour les détails).
8.0 RÉFÉRENCES, RÈGLEMENTS ET LIGNES DIRECTRICES
8.1
Déclaration d’Helsinki
http://www.wma.net/en/30publications/10policies/b3/index.html
8.2
Tri-Council Policy Statement 2; Ethical Conduct for Research Involving Humans; Medical Research
Council of Canada; Natural Sciences and Engineering Council of Canada; Social Sciences and
Humanities Research Council of Canada, December 2010.
http://www.pre.ethics.gc.ca/eng/policy-politique/initiatives/tcps2-eptc2/Default/
8.3
Human Tissue and Biological Samples for use in Research. Operational and Ethical Guidelines.
Medical Research Council Ethics
http://www.mrc.ac.uk/Utilities/Documentrecord/index.htm?d=MRC002420
8.4
Best Practices for Repositories I. Collection, Storage and Retrieval of Human Biological Materials
for Research. International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER).
http://www.isber.org/Search/search.asp?zoom_query=best+practices+for+repositories
8.5
US National Biospecimen Network Blueprint
http://biospecimens.cancer.gov/resources/publications/reports/nbn.asp
8.6
Jewell, S. et al. 2002, Analysis of the Molecular Quality of Human Tissues, an experience from the
Cooperative Human Tissue Network. Am. J. Clin. Pathol. 118:733-741.
8.7
Guideline – Fresh Tissue Working Group of BIG and NCI breast cancer Cooperative Groups
http://ctep.cancer.gov/forms/guidelines_fresh_tissue.pdf
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Dérivés de tissu – Extraction d’ARN
8.8
Snell L. and P. H. Watson. 2006, Breast Tissue Banking: Collection, Handling, Storage and
Release of Tissue for Breast Cancer Research. Methods Mol Med. 120:3-24.
8.9
RNA Extraction procedure from Fonds de la recherche en santé du Québec (FRSQ).
8.10 Procedure for the RNA Extraction from tissues in OCT - from Fonds de la recherche en santé du
Québec (FRSQ).
8.11 Rneasy Mini Handbook
http://www.qiagen.com/literature/render.aspx?id=352
8.12 Rneasy Mini Qiacube Handbook
http://www.qiagen.com/literature/render.aspx?id=200915
8.13 RNeasy Micro Handbook – http://www.qiagen.com
9.0 ANNEXE
Aucune
10.0 HISTORIQUE DES RÉVISIONS
Numéros
des PNFs
LP 002.001
Dates des
modifications
2005
8.3.009
8.3.009 f1.0
2008
Mai 2012
Auteurs
Résumé des modifications
JdSH
PNF générique du RCBT pour la collecte et le traitement
des tissus
Révisée pour couvrir l’extraction d’ARN seulement
• Grammaire et mise en page
• Historique des révisions déplacé au bas du document
• Mise à jour des liens pour les références
• Mise à jour des références aux PNFs
• Section 1.0 – Suppression de “Le but de cette…”
• Section 5.0 – Mise à jour du tableau
• Section 7.0 – Modification des procédures
JdSH
CMG
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