Manual Whonet - Secretaría Distrital de Salud

Manual Whonet - Secretaría Distrital de Salud
2010
SECRETARIA
DISTRITAL
DE SALUD
MANUAL DEL SOFTWARE PARA
LA VIGILANCIA DE LA
RESISTENCIA BACTERIANA DE
LA RED SIVIBAC DEL DISTRITO
CAPITAL WHONET 5.5
GRUPO PARA EL CONTROL DE LA RESISTENCIA BACTERIANA
- GREBO -
TABLA DE CONTENIDO
TABLA DE CONTENIDO ............................................................................................................... 2
MÓDULO 1. MANUAL DEL USUARIO DEL SOFTWARE WHONET 5.5 ............................ 6
1. INTRODUCCION A WHONET 5.5 ............................................................................................................. 6
1.1. QUÉ ES WHONET 5.5? ............................................................................................................................. 6
1.2. Los componentes principales de WHONET ............................................................................................. 6
2. INSTALACIÓN DE WHONET 5.5 ............................................................................................................... 7
2.1. Introducción ............................................................................................................................................ 7
2.2. Instalación ............................................................................................................................................... 7
3. INICIO DEL PROGRAMA. ........................................................................................................................ 7
3.1. Iniciar Whonet 5.5 ................................................................................................................................... 7
3.2. Pantalla inicial de Whonet ...................................................................................................................... 7
3.3. Pantalla principal de Whonet 5.5 ............................................................................................................ 8
4. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO. .................................................................................................... 9
4.1. Objeto ..................................................................................................................................................... 9
4.2. Definición de un nuevo laboratorio ........................................................................................................ 9
4.3. Descripción del nuevo laboratorio .......................................................................................................... 9
4.4. Configuración de antibióticos ............................................................................................................... 10
4.5. Información opcional ............................................................................................................................ 10
4.6. Guardar la configuración del laboratorio .............................................................................................. 10
4.7. Modificaciones a la configuración del laboratorio ................................................................................ 10
5. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Antibióticos. ............................................................................. 10
5.1. Introducción .......................................................................................................................................... 10
5.2. Configuración de la hoja de trabajo de los Antibióticos ....................................................................... 11
5.3. Ingreso de la lista de antibióticos.......................................................................................................... 11
5.4. Modificando la lista de antibióticos ...................................................................................................... 12
5.5. Puntos de Corte..................................................................................................................................... 12
5.6. Paneles de antibióticos ......................................................................................................................... 13
5.7. Perfiles de resistencia a los antibióticos ............................................................................................... 13
6. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Localización de los Pacientes ..................................................... 13
6.1. Introducción .......................................................................................................................................... 13
6.2. Pantalla de Localización de Pacientes ................................................................................................... 13
7. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Campos de datos ...................................................................... 14
7.1. Grupo de Variables estándar ................................................................................................................ 14
2|Página
7.2. Adicionar campos de datos ................................................................................................................... 14
7.3. Ingresando Campos de Datos ............................................................................................................... 14
8. ENTRADA DE DATOS ............................................................................................................................ 15
8.1. Archivos de datos WHONET .................................................................................................................. 15
8.2. Nombre de los archivos......................................................................................................................... 15
8.3. Creación un nuevo archivo de datos ..................................................................................................... 15
8.4. Abrir un archivo de datos preexistente................................................................................................. 16
9. ENTRADA DE DATOS: Ingresando datos ............................................................................................... 16
9.1. La pantalla de entrada de datos............................................................................................................ 16
9.2. Introducción de Fechas ......................................................................................................................... 17
9.3. Introducción de cepas de control de calidad ........................................................................................ 17
9.4. Localización de pacientes ...................................................................................................................... 17
9.5. Códigos de los microorganismos........................................................................................................... 17
9.6. Resultados de susceptibilidad y lista de antibióticos ............................................................................ 18
9.7. Introducción de resultados de susceptibilidad ..................................................................................... 18
10. ENTRADA DE DATOS: Ver y editar los datos ....................................................................................... 18
10.1. Ver los datos........................................................................................................................................ 18
10.2. Buscar un registro específico .............................................................................................................. 18
10.3. Editar un registro ................................................................................................................................ 19
10.4. Borrar un registro ................................................................................................................................ 19
11. ENTRADA DE DATOS: Combinar y exportar archivos de datos............................................................. 19
11.1. Combinar archivos en uno más grande............................................................................................... 19
11.2. Exportar archivos ................................................................................................................................ 19
12. ANÁLISIS DE DATOS: Introducción...................................................................................................... 20
12.1. Análisis de WHONET ........................................................................................................................... 20
12.2. La Pantalla de Análisis de Datos .......................................................................................................... 20
12.3. Procedimiento ..................................................................................................................................... 21
12.4. Uso de otros software para análisis de archivos de Whonet .............................................................. 22
13. ANÁLISIS DE DATOS: Tipo de análisis y opciones. ............................................................................... 22
13.1. La Pantalla de selección de análisis ..................................................................................................... 22
13.2. Selección de antibióticos..................................................................................................................... 22
14. ANÁLISIS DE DATOS: Un resultado por paciente ................................................................................. 22
14.1. El problema de los múltiples aislamientos en la estimación de la resistencia .................................... 22
14.2. Aproximaciones de Whonet al manejo de aislamientos múltiples ..................................................... 23
15. ANÁLISIS DE DATOS: Organismos ....................................................................................................... 24
15.1. Pantalla de selección de organismos .................................................................................................. 24
15.2. Análisis de organismos en grupos. ...................................................................................................... 25
16. ANÁLISIS DE DATOS: Aislamientos ..................................................................................................... 25
3|Página
16.1. Aislamientos incluidos en el análisis ................................................................................................... 25
16.2. Especificar otros criterios de selección. .............................................................................................. 25
17. ANÁLISIS DE DATOS: Archivos de datos .............................................................................................. 26
17.1. Archivos de datos para incluir en el análisis. ...................................................................................... 26
17.2. Selección de los archivos de datos. ..................................................................................................... 26
17.3. Análisis por separado para cada archivo de datos. ............................................................................. 27
18. ANÁLISIS DE DATOS: Resultados ........................................................................................................ 27
18.1. Destino de resultados ......................................................................................................................... 27
18.2. Especificar la salida ............................................................................................................................. 27
18.3. Salida del análisis en pantalla.............................................................................................................. 28
18.4. Edición de gráficos en pantalla ........................................................................................................... 29
19. APLICACIONES: Listado de aislamientos y resumen ............................................................................ 30
19.1. Introducción. ....................................................................................................................................... 30
19.2. Ejemplos de su uso. ............................................................................................................................. 30
19.3. Forma de ver los resultados. ............................................................................................................... 31
20. APLICACIONES: % Resistentes, Intermedios y Sensibles (%RIS) y medidas de las pruebas .................... 31
20.1. Introducción. ....................................................................................................................................... 31
20.2. Ejemplos de su uso .............................................................................................................................. 31
20.3. Forma de ver los datos. ....................................................................................................................... 32
20.4. Opciones adicionales........................................................................................................................... 32
21. APLICACIONES: Archivos múltiples de % RIS y distribuciones de medida ............................................. 32
21.1. Antecedentes ...................................................................................................................................... 32
21.2. Ejemplos de uso .................................................................................................................................. 32
22. APLICACIONES: Histogramas. ............................................................................................................. 32
22.1. Antecedentes ...................................................................................................................................... 32
22.2. Ejemplos de uso .................................................................................................................................. 33
23. APLICACIONES: Diagramas de dispersión ........................................................................................... 33
23.1. Introducción ........................................................................................................................................ 33
23.2. Ejemplos de su uso. ............................................................................................................................. 33
23.3. Forma de ver los datos. ....................................................................................................................... 33
24. APLICACIONES: Perfiles de resistencia ................................................................................................ 34
24.1. Introducción. ....................................................................................................................................... 34
24.2. Ejemplos de su uso. ............................................................................................................................. 34
24.3. Formas de ver los datos. ..................................................................................................................... 34
25. APLICACIONES: BacTrack ................................................................................................................... 34
25.1. Introducción. ....................................................................................................................................... 34
MÓDULO 2. MANUAL DEL USUARIO DEL SOFTWARE BACLINK 2.0 ..................................... 35
4|Página
26. INTRODUCCIÓN BACLINK ................................................................................................................... 35
27. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA VITEK 1
y 2 (Copernico) ........................................................................................................................................ 35
27.1. Propósito ............................................................................................................................................. 35
27.2. Materiales ........................................................................................................................................... 35
27.3. Procedimiento Vitek 1......................................................................................................................... 35
27.4. Procedimiento Vitek 2......................................................................................................................... 36
28. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA
MICROSCAN LABPRO (Con Interface) ....................................................................................................... 36
28.1. Configuración de la Interface .............................................................................................................. 36
28.2. Trasmitir los datos. .............................................................................................................................. 39
29. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA
PHOENIX BECTON DICKINSON ................................................................................................................. 41
30. CONFIGURACIÓN DE BACLINK ............................................................................................................ 43
30.1. Introducción. ....................................................................................................................................... 43
30.2. Iniciar BacLink ..................................................................................................................................... 44
30.3. Abrir formato de laboratorio .............................................................................................................. 44
30.4. Describir la Estructura del Archivo Original ........................................................................................ 44
30.5. Dar Información sobre los Antibióticos............................................................................................... 45
30.6. Campos de Datos. ............................................................................................................................... 46
30.7. Configuración de códigos y fechas. ..................................................................................................... 46
30.8. Describir el Nuevo Archivo de Datos. .................................................................................................. 47
30.9. Guardar la configuración de BacLink................................................................................................... 48
30.10. Conversión de Datos ......................................................................................................................... 48
30.11. Conversión del nuevo archivo de datos. ........................................................................................... 48
30.12. Modificar los diccionarios ................................................................................................................. 49
DECLARACIÓN DE DERECHOS DE AUTOR.................................................................................................. 52
BIBLIOGRAFIA ......................................................................................................................................... 53
5|Página
SOFTWARE PARA VIGILANCIA DE LA RESISTENCIA
BACTERIANA
MÓDULO 1. MANUAL DEL USUARIO DEL SOFTWARE WHONET 5.5
1. INTRODUCCION A WHONET 5.5
1.1. QUÉ ES WHONET 5.5?
WHONET 5.5 es un programa para el manejo de bases de datos y la administración de los
resultados del laboratorio de microbiología.
Los principales objetivos del programa son:
• Aumentar el uso local de los datos del laboratorio.
• Promover la colaboración entre diferentes centros a través del intercambio de datos.
El programa fue desarrollado para la administración de los resultados de rutina del laboratorio
pero también ha sido usado para estudios de investigación. El desarrollo del programa se ha
enfocado en el análisis de datos, particularmente de los resultados de las pruebas de
sensibilidad y resistencia a antibióticos.
Las herramientas analíticas de WHONET pueden facilitar:
• La selección de agentes antibacterianos.
• La identificación de brotes intrahospitalarios.
• El reconocimiento de problemas de control de calidad.
Además de examinar la resistencia a antibióticos, permite identificar:
• Mecanismos de resistencia.
• La epidemiología de cepas resistentes.
1.2. Los componentes principales de WHONET
El programa WHONET tiene los siguientes tres componentes principales:
Configuración del laboratorio
El sistema debe ser configurado para su laboratorio especificando cierta información tal como
los antibióticos probados, y las diferentes localizaciones del hospital. Adicionalmente, se
pueden determinar los campos de datos que se incluirán en sus registros. Esta configuración
puede ser modificada posteriormente.
Entrada de datos
WHONET permite la entrada rutinaria de las pruebas de sensibilidad y resistencia a
antibióticos al igual que la recuperación, corrección e impresión de los registros clínicos. Si los
datos se convierten desde un sistema de laboratorio pre-existente (tipo MicroScan, VITEK o
Phoenix) la entrada directa de datos es innecesaria.
Análisis de datos
6|Página
Los análisis adicionalmente disponibles incluyen listados de aislamientos y resúmenes de
estos, tabulación de las estadísticas de resistencia con histogramas, diagramas de dispersión o
curvas de regresión, y perfiles de resistencia.
2. INSTALACIÓN DE WHONET 5.5
2.1. Introducción
Whonet 5.5 es compatible con los sistemas operativos Windows 2000/XP/Vista/Windows
7/Windows Server 2003/Windows Server 2008 para las versiones de 32 y 64 bits. El proceso
de instalación es automático desde su CD o descargando el instalador desde la página web del
software (www.whonet.org).
2.2. Instalación
•
•
•
•
•
Primero cierre cualquier otro programa que tenga abierto.
Inserte el CD.
Haga doble clic en el archivo “Whonet 5.5setup (32 bit)”.
Siga las instrucciones y su programa quedará instalado.
Al finalizar la instalación quedará instalado el programa en la carpeta C:\Whonet 5 y se
creará un acceso directo desde el escritorio, con los iconos que pueden apreciar en la
figura 1.
Figura 1. Iconos de Whonet 5.5 y Baclink2
3. INICIO DEL PROGRAMA.
3.1. Iniciar Whonet 5.5
Usted puede iniciar Whonet usando algunos de los siguientes 3 métodos:
• Haciendo doble clic en el icono de Whonet desde el escritorio de Windows.
• Haciendo clic en Inicio, Programas, abrir la carpeta Brigham and Womens Hospital 5.3
y haciendo clic sobre el icono de Whonet 5.5.
• Haciendo doble clic en el archivo Whonet.exe, buscando en Mi PC en el explorador de
Windows.
3.2. Pantalla inicial de Whonet
Cada vez que usted inicia Whonet, puede ver la lista de laboratorios disponibles. La pantalla le
da las opciones para crear un nuevo laboratorio, abrir un laboratorio ya creado, modificarlo,
eliminarlo y copiar un laboratorio.
Además presenta la opción de seleccionar lenguaje y/o cambiar la fuente del texto. (Figura 2)
7|Página
Figura 2. Pantalla inicial de Whonet 5.5
3.3. Pantalla principal de Whonet 5.5
Cuando usted selecciona y abre un laboratorio, la ventana muestra el nombre del laboratorio
en la parte superior de esta (Figura 3). Aparecen cuatro opciones principales:
• Archivo: el cual le da las opciones que le mostraba la pantalla inicial, además de
ofrecerle la posibilidad de salir del programa.
• Entrada de datos: le permite editar los datos de un archivo existente o crear un nuevo
archivo de datos. Además le permite combinar archivos, transformar archivos de
versiones anteriores de Whonet, ocultar información del paciente y modificar la
estructura de un archivo de datos.
• Análisis de datos: esta opción le permite analizar los datos.
• Ayuda: le proporciona información sobre el manejo del programa.
Figura 3. Pantalla principal de Whonet 5.5
8|Página
4. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO.
4.1. Objeto
Antes de introducir cualquier dato, usted debe proporcionar alguna información sobre su
laboratorio:
• Los antibióticos probados en su laboratorio.
• Las localizaciones de donde provienen los pacientes.
• Los campos de datos (microbiológicos, clínicos, de control de infecciones, farmacológicos,
veterinarios) que usted puede querer incorporar, además de los campos de datos estándar
de WHONET.
4.2. Definición de un nuevo laboratorio
Para definir un nuevo laboratorio, debe tener acceso a la pantalla de Configuración de
Laboratorio (Figura 4). Hay dos formas de lograr esto:
• Inicie WHONET y seleccione Nuevo Laboratorio.
• En la pantalla principal de WHONET, haga clic en Archivo y seleccione Nuevo Laboratorio.
Figura 4. Pantalla Configuración de Laboratorio
4.3. Descripción del nuevo laboratorio
En la pantalla de Configuración del Laboratorio usted debe:
•
•
•
Seleccionar su país – esto automáticamente producirá un código de tres letras para el país.
Introducir el nombre del nuevo laboratorio.
Introducir un código de tres letras de su elección para el laboratorio.
9|Página
4.4. Configuración de antibióticos
Usted debe introducir la lista de los antibióticos usados en su laboratorio a la pantalla de
configuración de antibióticos, se accede a esta haciendo clic en Antibióticos en la pantalla de
configuración de Antibióticos.
4.5. Información opcional
Especificaciones adicionales para su laboratorio:
• Puntos de corte de los antibióticos, paneles y perfiles (haga clic en Antibióticos).
• Localizaciones de los pacientes (haga clic en Localizaciones de pacientes).
• En los campos de datos diferentes a los campos de datos estándar de WHONET (haga clic en
Campos de Datos).
4.6. Guardar la configuración del laboratorio
Cuando haya completado la información requerida, haga clic en Guardar para asegurarse que toda
la información sea guardada en el archivo de configuración. WHONET lo llevara entonces a la
pantalla principal.
4.7. Modificaciones a la configuración del laboratorio
En cualquier momento usted puede regresar a la Configuración del laboratorio para hacer
modificaciones:
•
•
Cuando inicialmente entre a WHONET, haga clic en el nombre del laboratorio y luego haga clic
en Modificar Laboratorio.
Si usted ya ha abierto le archivo de laboratorio, haga clic en Archivo en la pantalla principal de
WHONET y seleccione Modificar Laboratorio.
5. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Antibióticos.
5.1. Introducción
Cuando usted usa por primera vez Whonet, debe especificar qué antibióticos prueba en su
Institución. Después de ingresar una lista de antibióticos en la configuración inicial, usted puede
revisar y modificar los puntos de corte de los antibióticos, los paneles y los perfiles de resistencia.
(Figura 5)
10 | P á g i n a
Figura 5. Configuración de antibióticos
5.2. Configuración de la hoja de trabajo de los Antibióticos
Es recomendable que antes de ingresar el listado de antibióticos usted reúna una lista en papel de
los antibióticos utilizados con códigos y detalles del método utilizado.
5.3. Ingreso de la lista de antibióticos
Del lado izquierdo de la pantalla de antibióticos usted tiene el listado de antibióticos de Whonet,
del cual usted debe seleccionar los antibióticos probados en su laboratorio para adicionarlos a la
lista que aparece en el lado derecho de la pantalla. Existen tres formas de hacer esto:
•
•
•
Hacer doble clic en el antibiótico seleccionado.
Señalar el antibiótico y hacer clic en la flecha de la derecha.
Señalar el antibiótico y presionar <enter>
Para cada antibiótico:
•
Seleccione las guías CLSI 2009 (United States).
• Haga clic sobre el método de prueba utilizado por su laboratorio (Disco, MIC, Etest)
11 | P á g i n a
Si el antibiótico que usted desea no se encuentra en la lista, seleccione Definido por el usuario.
Una pantalla aparecerá en la cual usted deberá ingresar el nombre del antibiótico y la potencia del
disco.
5.4. Modificando la lista de antibióticos
Cuando finalice la selección de antibióticos, revise la lista y realice las correcciones necesarias.
Para remover un antibiótico de la lista local: señale el antibiótico y haga clic en la flecha dirigida
hacia la izquierda.
Al finalizar las modificaciones de la lista de antibióticos haga clic en la opción aceptar. La
información no será guardada hasta que no se haga clic en la opción guardar de la pantalla
Configuración de Laboratorio.
5.5. Puntos de Corte
Whonet automáticamente carga los puntos de corte de las guías que usted haya especificado. Sin
embargo, si usted va a ingresar resultados de pruebas cuantitativas, es esencial que usted revise
los puntos de corte y se asegure que sean los usados en su laboratorio.
Para configurarlos de clic en el botón Puntos de Corte. Esto desplegará una pantalla (Figura 6) que
le permite acceder a las especificaciones generales de la norma seleccionada, donde puede
modificar los valores sino concuerda con los usados en su Institución. Adicionalmente puede editar
los puntos de corte específicos para cada especie.
El botón Actualizar le permite deshacer los cambios realizados y regresar a los puntos de corte de
la norma seleccionada.
Figura 6. Puntos de corte
12 | P á g i n a
5.6. Paneles de antibióticos
Para facilitar la entrada de datos, usted puede indicar la manera en que el laboratorio prueba
antibióticos para los diferentes grupos de microorganismos.
5.7. Perfiles de resistencia a los antibióticos
Whonet permite la construcción de perfiles de resistencias, también conocidos como patrones,
fenotipos o antibiotipos. Estas son herramientas útiles para identificar brotes, mecanismos de
resistencia y transmisión de plásmidos.
6. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Localización de los Pacientes
6.1. Introducción
Whonet le permite especificar la localización del paciente (institución, servicio, sala y tipo de
localización). Aunque esto no se requiere es recomendable por dos razones:
• Facilita la estandarización de códigos durante la entrada de datos.
• Provee utilidad para el análisis de datos.
6.2. Pantalla de Localización de Pacientes
En la pantalla de configuración de laboratorio haga clic en el botón Localizaciones, este le
desplegará una pantalla (Figura 7). En esta pantalla encontrará del lado izquierdo una tabla con las
columnas Nombre de la localización (máx. 30 caracteres), Código de la localización (máx. 6
caracteres), Código de la Institución (máx. 3 caracteres), Código del servicio (máx. 6 caracteres).
Adicionalmente usted puede describir cada localización en términos de Tipo de localización (máx.
3 caracteres) y Tipo de paciente (máx. 3 caracteres).
La Localización del paciente hace referencia al lugar físico donde se encuentra el paciente (Ej:
tercer piso, cuarto sur, etc.). El Servicio hace referencia al departamento tratante (Ej: medicina
interna, cirugía, ginecobstetricia, etc.).
13 | P á g i n a
Figura 7. Pantalla Localizaciones
7. CONFIGURACIÓN DEL LABORATORIO: Campos de datos
7.1. Grupo de Variables estándar
Automáticamente Whonet define un grupo estándar de variables para cada laboratorio nuevo.
Existen algunas que no pueden ser modificadas, ni eliminadas.
7.2. Adicionar campos de datos
Si usted desea puede adicionar campos de datos nuevos, incluso compartidos de otros programas
de almacenamiento de datos, como Excel, Access, dBase.
7.3. Ingresando Campos de Datos
Haga clic sobre Campo de Datos, de la pantalla Configuración de Laboratorio, para ingresar a la
ventana Campo de Datos (Figura 8).
14 | P á g i n a
Figura 8. Campos de Datos
Para guardar los cambios realizados a los campos de datos haga clic en el botón Aceptar de la
pantalla Campo de datos, para regresar a la pantalla Configuración de Laboratorio.
8. ENTRADA DE DATOS
8.1. Archivos de datos WHONET
Los datos de Whonet son guardados en formato dBase, el contenido de los cuales son
determinados por la configuración del laboratorio seleccionado. Es más eficiente y práctico
guardar datos en archivos separados de períodos de tiempo (mensual), que hacerlo en un solo
archivo.
8.2. Nombre de los archivos
El formato recomendado para nombrar los archivos de datos en Whonet es el código del
laboratorio y/o Institución_el período de tiempo (MMM_AAAA).código de laboratorio. Ej:
GRB_may_2010.GRB, GRB_jun_2010.GRB, GRB_jul_2010.GRB.
8.3. Creación un nuevo archivo de datos
Al comenzar la entrada de datos para un nuevo periodo de datos, tal como un nuevo año o un
nuevo mes, se debe crear un nuevo archivo de datos. WHONET no hace esto automáticamente
porque en muchos laboratorios se difiere en varios meses la entrada de los datos, mucho después
de que se haya hecho la recolección de los aislamientos y las pruebas microbiológicas.
15 | P á g i n a
Al crear un nuevo archivo de datos, WHONET lo organiza con los campos de datos definidos en la
configuración de laboratorio. El archivo de datos incluirá los campos estándar de WHONET, y
cualquier otro campo que usted haya agregado, al igual que los campos de todos los antibióticos
que haya seleccionado.
Después de abrir la configuración del laboratorio, haga clic en Entrada de Datos en el menú
principal y luego seleccione Nuevo Archivo de Datos. (Figura 10)
Figura 10. Entrada de Datos
A menos que usted especifique algo diferente, los archivos de datos se guardan en la carpeta
C:\Whonet5\Data pero usted los puede grabar donde desee. Se recomienda la carpeta Data dado
que para posterior utilización de los archivos para análisis usted los puede encontrar fácilmente.
Haga clic en aceptar para proceder con la entrada de datos.
8.4. Abrir un archivo de datos preexistente
Una vez usted haya creado un archivo de datos, puede abrirlo para añadir nuevos aislamientos o
editar los aislamientos existentes.
Haga clic en Entrada de Datos en la pantalla principal de WHONET y selecciones Abrir archivo de
datos. Aparece una pantalla de Abrir en la que usted puede seleccionar el archivo que quiera abrir
y luego hacer clic en Aceptar.
9. ENTRADA DE DATOS: Ingresando datos
9.1. La pantalla de entrada de datos
Después de abrir o crear un archivo de datos, la pantalla de Entrada de Datos deberá aparecer
(Figura 11).
Los datos se deben introducir en los campos del lado izquierdo de la pantalla. Los campos estándar
de WHONET aparecen primero, seguidos por los de los antibióticos y finalmente cualquier campo
16 | P á g i n a
adicional seleccionado en la configuración del laboratorio. Cuando el cursor avanza hasta un
campo para iniciar la introducción de datos, se pueden ver unas breves instrucciones al lado
derecho de la pantalla. Los botones para guardar, ver o imprimir los datos aparecen en la parte
superior derecha de la pantalla.
Figura 11. Entrada de Datos
9.2. Introducción de Fechas
Se debe usar el mismo formato que usa su computador normalmente. (Mes/día/año día/mes/año). Asegúrese que la fecha que fue registrada es la que usted pretendía. WHONET
automáticamente lo convierte a una forma donde aparece el nombre del mes.
9.3. Introducción de cepas de control de calidad
Si está introduciendo datos de cepas de control de calidad, escriba el nombre de la cepa (por
ejemplo, ATCC 22922) en la casilla de número de identificación del paciente. Si Whonet no
reconoce el código, por favor ingréselo en el campo tipo de muestra para control de calidad (“qc”
del inglés “quality control”). Además debe ingresar el nombre del microorganismo en la casilla
correspondiente.
9.4. Localización de pacientes
Cuando introduzca la localización del paciente, los valores se llenarán automáticamente para cada
institución, servicio, tipo de localización y tipo de paciente. Estos se basan en la configuración que
se hizo anteriormente. Estos datos pueden ser modificados.
9.5. Códigos de los microorganismos
Se pueden emplear los códigos de tres letras que identifican a los microorganismos en WHONET, o
se puede seleccionar de la lista que aparece en el lado derecho de la pantalla.
17 | P á g i n a
9.6. Resultados de susceptibilidad y lista de antibióticos
Primero haga clic en el método apropiado. La lista de antibióticos que usted configuró al comienzo
debe aparecer. Cada vez que usted introduce algún resultado y presiona ENTER, el cursor avanza
hasta el siguiente antibiótico especificado en el panel correspondiente al microorganismo. Usted
puede, sin embargo, introducir datos de otros antibióticos.
9.7. Introducción de resultados de susceptibilidad
WHONET permite la introducción de resultados cuantitativos (por ejemplo 13 mm o 64 mcg/ml) y
también la introducción de resultados cualitativos (R = resistente, I = intermedio, S = sensible). Se
recomienda introducir resultados cuantitativos debido a que los puntos de corte de los
antibióticos pueden cambiar en el tiempo.
10. ENTRADA DE DATOS: Ver y editar los datos
10.1. Ver los datos
Los datos pueden ser vistos en la forma de una hoja electrónica (Figura 12). En la pantalla de
entrada de datos, haga clic en Ver Base de Datos. La base de datos completa aparecerá como se ve
en la figura. Usted puede movilizarse dentro los datos usando las flechas o las barras de avance.
Figura 12. Base de Datos
10.2. Buscar un registro específico
Para buscar un registro especifico, haga clic en buscar, en la parte superior de la pantalla. Una
pantalla de búsqueda aparecerá (Figura 13) permitiéndole escribir el dato que usted necesita
buscar
18 | P á g i n a
Figura 13. Pantalla de búsqueda
10.3. Editar un registro
Haga clic en Editar en la parte superior de la pantalla si quiere hacerle algún cambio al registro
actual. El registro actual es el que esta señalado por una flecha en la columna de la izquierda. Este
registro aparecerá luego en la pantalla de Entrada de Datos. Después de hacer los cambios que
quiera, guarde el registro.
10.4. Borrar un registro
Haga clic en Borrar en la parte superior de la pantalla para eliminar el registro señalado. Se le
pedirá confirmar la eliminación del registro.
11. ENTRADA DE DATOS: Combinar y exportar archivos de datos
11.1. Combinar archivos en uno más grande
Usted puede combinar archivos que pueden provenir del mismo laboratorio o de diferente
laboratorio con diferente estructura.
El procedimiento para combinar, consiste en la pantalla principal de Whonet, seleccionar Entrada
de Datos, Combinar o exportar archivos y se despliega la pantalla (Figura 14), en la cual usted
puede combinar los archivos que desee en uno más grande, teniendo en cuenta la extensión.
El archivo combinado contendrá todos los campos de los archivos originales.
11.2. Exportar archivos
Las últimas versiones de Whonet le proporcionan la posibilidad de exportar archivos a otros
programas para manejo de bases de datos. (dBase, Excel, EARSS).
19 | P á g i n a
Figura 14. Combinar o exportar archivos de datos
12. ANÁLISIS DE DATOS: Introducción
12.1. Análisis de WHONET
Los análisis actualmente disponibles en WHONET se agrupan así:
•
•
•
•
•
•
•
Listados de aislamientos y resumen
Porcentaje de Resistentes, Intermedios, Sensibles (%RIS) y medidas de las pruebas.
% RIS en múltiples archivos y distribuciones.
Diagramas de dispersión.
Perfiles de resistencia.
BacTrack.
Alertas para los Clusters
Algunos de estos se describirán en detalle a continuación.
12.2. La Pantalla de Análisis de Datos
Desde la pantalla principal de WHONET, haga clic en Análisis de Datos y en Análisis de datos. La
pantalla de análisis de datos aparecerá enseguida (Figura 15)
20 | P á g i n a
Figura 15. Análisis de datos
La pantalla está dividida en cinco secciones:
•
•
•
•
•
Tipo de análisis.
o Opciones de análisis.
o Un resultado por paciente.
Microorganismos.
Aislamientos (Cruces de Variables).
Archivos de datos.
Destino de los resultados.
12.3. Procedimiento
Una vez usted haya decidido en la forma en que quiere los resultados, debe especificar sus
requisitos para cada una de las secciones indicadas arriba. Los parámetros por defecto de algunas
de estas secciones pueden satisfacer sus necesidades. Sin embargo, se recomienda revisar todos
los parámetros.
Haga clic en Comenzar Análisis para comenzar el análisis.
Si usted ha seleccionado la pantalla como destino de salida, usted puede imprimir los resultados.
Si desea volver a la pantalla de análisis de datos haga clic en continuar.
Cuando termine los análisis, puede hacer clic en Salida para regresar a la pantalla principal de
WHONET.
21 | P á g i n a
12.4. Uso de otros software para análisis de archivos de Whonet
Los archivos de datos de Whonet son guardados en formato dBase, sin embargo, dBase tiene
algunas desventajas comparado con la estructura de otras bases de datos y tiene la ventaja de ser
compatible con muchas herramientas de análisis de uso habitual. Si usted requiere análisis que no
se encuentra dentro de las opciones de Whonet, usted tiene una amplia gama para realizar los
análisis de Whonet.
13. ANÁLISIS DE DATOS: Tipo de análisis y opciones.
13.1. La Pantalla de selección de análisis
En la pantalla de Análisis de datos de clic en el botón Tipo de análisis, el cual despliega una
pantalla que le ofrece tres posibilidades de selección (Figura 16).
•
•
•
Tipo de análisis.
Formato para los informes.
Antibióticos.
Figura 16. Selección de Análisis
13.2. Selección de antibióticos
Usted puede modificar los perfiles haciendo clic en editar perfiles, estos cambios son temporales y
no se guardan cuando usted cierra Whonet. Usted tiene la opción de elegir el perfil de manera
automática o manual.
14. ANÁLISIS DE DATOS: Un resultado por paciente
14.1. El problema de los múltiples aislamientos en la estimación de la resistencia
Para patógenos hospitalarios, múltiples aislamientos de un microorganismo de un mismo paciente
pueden generar sesgos en la estimación de la resistencia en una población. Si la frecuencia de
22 | P á g i n a
aislamientos múltiples es baja, entonces la estimación de la resistencia basada en aislamientos
puede ser razonable. En situaciones con altas tasas de aislamientos múltiples, es recomendable
estimar la resistencia basados en cada paciente.
14.2. Aproximaciones de Whonet al manejo de aislamientos múltiples
Whonet ofrece las siguientes aproximaciones para el manejo de los datos (Figura 17):
a) Todos los aislamientos. Esta es la aproximación habitual. Todos los aislamientos son
considerados por separado e igual para estimar la resistencia. El denominador de la tasa
calculada es el número de aislamientos.
b) Por paciente – solo el primer aislamiento. La manera más fácil de manejar los múltiples
aislamientos es incluir solo el primer aislamiento por paciente para la especie requerida. Esta
opción es particularmente importante para estadísticas que guíen la terapia empírica de las
infecciones primarias.
c) Por paciente – resistencia promedia para cada antibiótico. Se consideran todos los
aislamientos. Para cada paciente, cada antibiótico se considera por separado. El promedio de
resistencia se calcula para cada paciente. Las tasas de resistencia de los pacientes se
promedian para obtener las tasas de promedio de resistencia de la población.
d) Por paciente – con el resultado de mayor resistencia para cada antibiótico. Se consideran
todos los aislamientos. Para cada paciente, cada antibiótico es considerado separadamente. El
cálculo de la resistencia utiliza únicamente la resistencia más alta. Esta opción es útil para
estimaciones del porcentaje de pacientes con cepas resistentes.
e) Por paciente con el resultado de mayor sensibilidad para cada antibiótico. Se consideran todos
los aislamientos. Para cada paciente, cada antibiótico es considerado separadamente. El
cálculo de la resistencia utiliza únicamente la sensibilidad más alta.
f) Por paciente - un resultado por paciente para cada interpretación de antibiótico. Todos los
aislamientos son considerados. Para cada antibiótico, cada paciente es contado una vez para
cada interpretación (RIS) para el cual el paciente tiene algún aislamiento. Así, si un paciente
tiene algunos aislamientos resistentes para cierto antibiótico, él/ella es contado una vez como
resistente, si el paciente tiene algunos aislamientos sensibles, es contado una vez como
sensible.
23 | P á g i n a
Figura 17. Un aislamiento de la especie por paciente
15. ANÁLISIS DE DATOS: Organismos
15.1. Pantalla de selección de organismos
Para especificar que organismos deben ser incluidos en el análisis, haga clic en el botón
microorganismos de la pantalla de análisis de datos. Esto despliega una pantalla (Figura 18) que en
la izquierda presenta el listado de microorganismos Whonet y existen dos opciones lista extendida
y grupo de microorganismos las cuales sirven para ampliar o agrupar la lista de microorganismos
de Whonet. La forma de agregar o eliminar microorganismos de la lista es la misma utilizada en
otras pantallas de Whonet.
Figura 18. Microorganismos
24 | P á g i n a
15.2. Análisis de organismos en grupos.
Los organismos que usted selecciona son analizados individualmente. En algunas ocasiones usted
puede seleccionar grupos de microorganismos. Para hacerlo haga clic en la opción Analizar como
un solo microorganismos, después de seleccionar individualmente cada microorganismo.
16. ANÁLISIS DE DATOS: Aislamientos
16.1. Aislamientos incluidos en el análisis
Whonet incluirá todos los aislamientos de las especies requeridas en su análisis, con excepción de
los aislamientos del laboratorio. Definidos estos como:
•
•
Tipo de muestra: qc (control de calidad), pt (pruebas de calidad), en
(medioambientales), la (laboratorio), fo (comida), rs (investigación).
Servicio: lab (laboratorio)
Usted puede excluir o incluir aislamientos basados en fechas o resultados de antibióticos. Whonet
le permite especificar exactamente cuales aislamientos incluir en los análisis.
16.2. Especificar otros criterios de selección.
En la pantalla análisis de datos haga clic en aislamientos y seleccione de la lista de campos
definidos de la configuración de laboratorio los criterios de selección que usted desea incluir o
excluir en el análisis (Figura 19). Con el botón Definir criterios, se despliega las opciones para cada
variable. Esto también se puede lograr haciendo doble clic sobre el nombre de la variable.
Figura 19. Aislamientos
25 | P á g i n a
Usted tiene la posibilidad de excluir las variables del análisis, con el botón de Excluir – Incluir
(Figura 20), que se encuentra cuando se despliega cada variable.
Para añadir o eliminar criterios de cada variable, se realiza de igual forma a todas las pantallas de
Whonet.
Existe la opción de borrar el criterio de selección o todos los criterios de selección, haciendo clic en
estos botones (Borrar este criterio – Borrar todos los criterios) de la pantalla aislamientos.
Figura 20. Definir criterios
17. ANÁLISIS DE DATOS: Archivos de datos
17.1. Archivos de datos para incluir en el análisis.
Usted puede indicar cuáles archivos de datos puede indicar en el análisis.
Usted puede analizar datos de su laboratorio o de otro laboratorio. En ambos casos Whonet usará
solamente los campos de datos, antibióticos y puntos de corte definidos por el laboratorio actual.
Si un campo de datos seleccionado tiene más información que es definida por la actual
configuración del laboratorio, la información adicional será ignorada.
17.2. Selección de los archivos de datos.
En la pantalla análisis de datos haga clic sobre Archivo de datos para ingresar a la pantalla de
selección de archivos de datos (Figura 21). De la columna de la izquierda seleccione los archivos
que desea incluir en el análisis, usando el mismo método que en las otras pantallas de Whonet.
26 | P á g i n a
Figura 21. Seleccionar los archivos de datos
17.3. Análisis por separado para cada archivo de datos.
Cuando se analizan más de un archivo de datos, Whonet generalmente incorpora los resultados
dentro de una única tabla o gráfica. Si usted prefiere separar tablas o gráficas para cada resultado
de archivos de datos, haga clic sobre Análisis separado para cada archivo.
18. ANÁLISIS DE DATOS: Resultados
18.1. Destino de resultados
El resultado de un análisis puede ser dirigido a la pantalla, a una impresora o a un archivo.
Si usted elige mostrar el resultado en la pantalla, usted podrá imprimir o guardar el resultado
después de verlo. Una ventaja de esta aproximación es que usted tiene la oportunidad de ver su
resultado antes de imprimirlo.
Si usted decide guardar el resultado en un archivo, usted tiene varios formatos de archivos
disponibles para elegir.
Al mostrar gráficas deberá verlas en la pantalla antes de ordenar una impresión.
18.2. Especificar la salida
En la pantalla de analizar datos (figura 22) despliegue las opciones de la casilla enviar a y
seleccione el destino de sus resultados / pantalla, impresora, formato del archivo exportado.
Si usted decide exportar sus resultados a un archivo debe darle un nombre corto máximo de ocho
(8) caracteres, seguidos de un punto (.) y tres caracteres. En caso de haber seleccionado dos tipos
diferentes de análisis de reporte, debe ingresar dos nombres de archivo.
27 | P á g i n a
Figura 22. Seleccionar salida de los datos
18.3. Salida del análisis en pantalla
Si después de llevar a cabo el análisis usted decide verlo en pantalla se desplegará la pantalla de
análisis de resultados (Figura 23), en la parte superior izquierda de la pantalla encuentra las
opciones de guardar o imprimir (gráficos o tablas), del lado derecho encuentra la información del
microorganismo seleccionado y el numero de aislamientos incluidos, en el resto de la pantalla se
muestra la información del análisis, tanto en la tabla como en gráficos, usted puede seleccionar
antibióticos del listado inferior derecho para desplegar el histograma correspondiente. Para salir
de nuevo a la pantalla de análisis de datos haga clic en continuar.
28 | P á g i n a
Figura 23. Salida del análisis de datos en pantalla
18.4. Edición de gráficos en pantalla
El software de los gráficos de Whonet tienen una herramienta de edición denominada servidor de
gráficos, al hacer clic derecho sobre cada grafico se despliega la pantalla de control de gráfico
(figura 24), la cual le acceso a características tales como:
•
•
•
•
Vistas en 3D.
Modificación de títulos y ejes.
Copiado de gráficos al portapapeles, desde donde se puede enviar a cualquier
aplicación de Windows.
Guardado de gráficos en archivos.
29 | P á g i n a
Figura 23. Pantalla de control de gráficos.
19. APLICACIONES: Listado de aislamientos y resumen
19.1. Introducción.
La recuperación y tabulación del registro de los aislamientos de cada paciente es el uso más simple
de los datos del laboratorio, pero es una de las aplicaciones más comúnmente usadas por los
clínicos y el personal del comité de control de infecciones.
19.2. Ejemplos de su uso.
• Revisión diaria de todos los aislamientos por parte de microbiólogos, infectólogos y
personas del control de infecciones.
• Revisión semanal o mensual del listado de aislamientos de todos los pacientes recién
nacidos con aislamientos de organismos Gram-negativos en hemocultivos.
• Revisión semanal o mensual del listado de aislamientos de todos los pacientes con
organismos aislados en articulaciones.
• Revisión semanal o mensual de pacientes con Staphylococcus aureus resistente a
oxacilina.
30 | P á g i n a
•
•
•
Resúmenes mensuales de organismos aislados para ayudar a detectar brotes.
Resúmenes de la distribución por salas de microorganismos específicos.
Revisión de una tabla de diferentes tipos de muestra en los que aparecen
microorganismos específicos.
19.3. Forma de ver los resultados.
Puede obtener los resultados tal como quedan en WHONET, en una lista ordenada
alfabéticamente por nombre de los microorganismos, o en secuencia de acuerdo al número de
cada paciente.
Los datos pueden resumirse de acuerdo a cualquiera de las variables estándar o adicionales de la
configuración del laboratorio. Para cada variable seleccionada aparece una lista con el número
total de aislamientos, el número de pacientes y el número de pacientes por mes.
Existen opciones adicionales de análisis como realizar una lista por interpretaciones cualitativas
tales como resistente, intermedio o sensible, esta opción es muy útil para el personal del control
de infecciones.
20. APLICACIONES: % Resistentes, Intermedios y Sensibles (%RIS) y
medidas de las pruebas
20.1. Introducción.
La tabulación de proporciones de resistencia para especies prioritarias en ámbitos clínicos
específicos es el uso más común que se le da a los datos de pruebas de sensibilidad a antibióticos.
Sin embargo, quien interprete los datos debe estar al tanto de potenciales sesgos de muestreo en
los resultados provenientes de especímenes de diagnostico rutinario a la hora de hacer
recomendaciones y generalizaciones sobre la prevalencia de resistencia en diferentes escenarios
clínicos.
Whonet 5.5 permite realizar análisis más específicos gracias a la posibilidad de obtener Filas,
Subfilas y hasta otra división de filas adicionales, permitiendo simplificar a un solo paso, el análisis,
bien sea por Tipo de servicios, Servicios, entre otros
20.2. Ejemplos de su uso
Los resultados locales pueden guiar la terapia antimicrobiana empírica. Tales decisiones deben
tener en cuenta las recomendaciones nacionales e internacionales, la literatura publicada y los
posibles sesgos en el muestreo. La investigación de tendencias geográficas a lo largo del tiempo es
útil para seguir el surgimiento y la diseminación de la resistencia. El aumento de la resistencia
puede deberse al incremento en la prevalencia de genes de resistencia existente o a la aparición
de nuevos genes. El muestreo y los patrones metodológicos pueden influenciar los patrones de
resistencia. Histogramas, diagramas de dispersión y perfiles de resistencia deben usarse para
diferenciar estos factores.
31 | P á g i n a
20.3. Forma de ver los datos.
Un reporte detallado de cada especie con sus estadísticas de distribución de la CIM (concentración
inhibitoria mínima) puede obtenerse. Un formato útil para uso de los clínicos es el resumen de
porcentajes de susceptibilidad de los microorganismos.
20.4. Opciones adicionales
El resumen de porcentajes de susceptibilidad incluye el reporte de las fracciones de aislamientos
susceptibles a cada antibiótico, sin embargo usted puede obtener del reporte el porcentaje de
resistencia o el porcentaje de no susceptibles (resistentes + intermedios) o el porcentaje de no
resistentes (susceptibles + intermedios).
Los valores de los halos de inhibición se analizan dentro de un rango el cual puede ser ampliado en
el caso que sea necesario según particularidades de cada antibiótico.
21. APLICACIONES: Archivos múltiples de % RIS y distribuciones de
medida
21.1. Antecedentes
Para facilitar la comparación de resultados de algunos años entre diferentes instituciones y países,
dos opciones de archivos múltiples están disponibles. Los cálculos son similares a los de los análisis
estándar de %RIS pero los resultados de cada archivo de datos se tabulan por separado.
21.2. Ejemplos de uso
• Monitorizar tendencias geográficas y temporales.
• Investigar la comparabilidad de los resultados de control de calidad y la competencia
de las pruebas. Diferencias importantes entre las instituciones o al interior de la misma
institución indican problemas con el aseguramiento de la calidad e indican que las
comparaciones no son posibles. Algunas diferencias pueden deberse al uso de
diferentes guías de práctica.
• Documentar diferencias entre los laboratorios a nivel de las pruebas de rutina puede
ser más importante que a nivel de los resultados de los controles de calidad, ya que en
estos últimos es más frecuente encontrar diferencias debidas generalmente a
particularidades metodológicas de cada laboratorio.
22. APLICACIONES: Histogramas.
22.1. Antecedentes
Las gráficas de medidas obtenidas en pruebas cuantitativas tienen amplia aplicación en el control
de calidad y en la investigación de la resistencia epidemiológica. Sin resultados cuantitativos se
pierde la habilidad de valorara la calidad, fiabilidad y comparabilidad de las pruebas de
susceptibilidad microbiana.
32 | P á g i n a
22.2. Ejemplos de uso
• Establecimiento y valoración de la interpretación de las guías por autoridades de referencia,
ejemplo de ello diferenciación de poblaciones bacterianas homogéneas con puntos de corte
cercanos.
•
•
Identificar y diagnosticar problemas del control de calidad en las pruebas de
susceptibilidad microbiana. Puntos de corte con distribuciones irregulares o amplias,
traslapadas o distribuciones desplazadas comparadas con distribuciones de otros
laboratorios sugieren problemas en el control de calidad. Problemas limitados a
antimicrobianos específicos sugieren problemas con los reactivos de las pruebas
(discos, concentraciones). Errores sistemáticos sugieren consistencia de los métodos y
reactivos, errores no sistemáticos demandan revisión de la calidad de los materiales y
de la reproducibilidad.
Los histogramas pueden ayudar en la definición de subpoblaciones bacterianas.
Identificación tentativa de mecanismos de resistencia. Diagramas de dispersión y
perfiles de resistencia pueden ayudar a caracterizar genes de resistencia. Discriminar
fenotipos realmente resistentes de errores del laboratorio. Son particularmente útiles
para monitorizar la emergencia y evolución de resistencia de bajos niveles en especial
cuando los gérmenes permanecen en la categoría de susceptibles.
23. APLICACIONES: Diagramas de dispersión
23.1. Introducción
Los diagramas de dispersión permiten la comparación directa entre los resultados de dos
diferentes antimicrobianos o dos diferentes métodos de prueba. Solo se pueden incluir en este
análisis de resultados de los aislamientos que hayan sido probados frente a ambos antibióticos.
23.2. Ejemplos de su uso.
• Comparación de los resultados de dos antibióticos para investigar la resistencia
cruzada entre antibióticos de la misma clase (lo que puede sugerir ciertos mecanismos
de resistencia) o entre antibióticos de distinta clase (lo que sugiere que los
mecanismos de resistencia están ligados en el mismo plásmido). Tales comparaciones
pueden ser útiles para elegir agentes terapéuticos de primera y segunda línea.
• Comparación de los resultados de diferentes métodos para establecer su
compatibilidad (ejemplo laboratorio prueba vs. autoridad de referencia).
23.3. Forma de ver los datos.
• Cuantitativo (de acuerdo a los resultados de CIMs).
• Cualitativo (de acuerdo a la interpretación de resultados - Resistente, Intermedio o
Sensible).
• Habitualmente los diagramas de dispersión representan los porcentajes de
aislamientos, existe la opción de visualizar los números de aislamientos.
33 | P á g i n a
24. APLICACIONES: Perfiles de resistencia
24.1. Introducción.
Los genes de la resistencia no están distribuidos al azar dentro de las poblaciones de bacterias.
El perfil de resistencia de un aislamiento bacteriano refleja el conjunto de genes de resistencia
cromosomales y mediados por plásmidos, intrínsecos y adquiridos. La investigación de los
perfiles de resistencia es útil para definir subpoblaciones bacterianas y de uso practico para el
control de infecciones para caracterizar los mecanismos de resistencia.
24.2. Ejemplos de su uso.
El uso más práctico es la identificación de brotes potenciales que merezcan más investigación
o medidas de control. Un resumen mensual de los perfiles de resistencia puede sugerir un
aumento o diseminación de ciertas clonas. El listado de aislamientos permite caracterizar
mejor la subpoblación (fechas, localización, espécimen etc.)
Cuando se analiza la resistencia de gérmenes a antibióticos de la misma clase se puede definir
el sustrato preferido para las enzimas que confieren resistencia y así identificar
tentativamente los mecanismos de resistencia.
24.3. Formas de ver los datos.
Se puede ver un listado de cada aislamiento, con su perfil de resistencia. Se pueden identificar
fácilmente las bacterias multirresistentes.
Se puede ver un resumen de los aislamientos y el número de pacientes con cada perfil de
resistencia. El número de pacientes con cada perfil es tabulado también por mes y por
localización.
Puede ser útil excluir los aislamientos con información incompleta.
25. APLICACIONES: BacTrack
25.1. Introducción.
El BacTrack facilita la detección automática de patógenos problema, brotes o problemas de
control de calidad. Dos posibles aproximaciones a esta aplicación son la microbiológica y la
estadística.
El uso de lineamientos microbiológicos permite la detección y vigilancia de fenotipos de amplia
importancia, aunque demanda una continua actualización y personalización de las mismas por
personal entrenado.
En lugar de ello la aproximación estadística (usada por Whonet) permite mediante el uso de
algoritmos estadísticos realizar conclusiones basadas en comparaciones de los aislamientos, es
de fácil actualización sin necesidad de configuración.
Esta aplicación de Whonet provee a los microbiólogos y al personal del control de infecciones
información relevante y a tiempo a pesar de los errores potenciales del laboratorio, fenotipos
34 | P á g i n a
inusuales y problemas en el aislamiento de cepas problema y brotes potenciales. Esto lleva a
una intervención apropiada y a tiempo.
BacTrack identifica los aislamientos inusuales basados en las frecuencias de la base de datos
de aislamientos del laboratorio, Whonet le permite ajustar la definición de lo que será
considerado como inusual.
MÓDULO 2. MANUAL DEL USUARIO DEL SOFTWARE BACLINK 2.0
26. INTRODUCCIÓN BACLINK
WHONET no es un sistema completo para la administración del laboratorio y su capacidad para
hacer informes clínicos son muy limitadas. Así que puede no desempeñarse como el principal
programa para la administración de los resultados del laboratorio.
Si en su laboratorio existe un método sistematizado que maneje los resultados de microbiología,
usted puede usar la aplicación BacLink para transferir los datos periódicamente de su sistema
hacia WHONET para aprovechar las capacidades analíticas de WHONET. BacLink es un software
que fue desarrollado para importar los datos de un sistema de información o un equipo
automatizado de pruebas de sensibilidad a antibióticos (tipo MicroScan, VITEK o Phoenix) hacia
WHONET.
27. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE
SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA VITEK 1 y 2 (Copernico)
27.1. Propósito
Llevar los datos producidos por el instrumento automatizado de sensibilidad microbiológica VITEK
de su institución a un formato de texto que luego pueda ser transferido a la base de datos
WHONET.
27.2. Materiales
Un instrumento automatizado de pruebas microbiológicas VITEK, un disquete de 3.5 pulgadas y
1.44 MB, doble densidad (Vitek 1). Sistema software Copernico en el equipo del Vitek 2.
27.3. Procedimiento Vitek 1
El Vitek 1 es un sistema basado en UNIX, con un software de interfaz llamada bioLIASON que
permite la transferencia de resultados individuales. Se trata de configurar el instrumento VITEK de
tal forma que sea posible exportar un archivo de texto con los datos solicitados. Este es
recuperado en un disco y usado para alimentar la base de datos WHONET.
1. Sitúese en la ventana bioLIASON
2. Del menú principal de bioLIASON Seleccione "Reports" (Informes), luego "DataTrac"
(Análisis de datos) y luego "Logbook Report" (Libro de Registro)
35 | P á g i n a
3. Indique los criterios de selección de registro: sitúese en el campo de "Date" (Fecha) e
introduzca la fecha en la que comienza y termina el registro. Si se trata del registro de
Enero, escribirá 01/01/2010 a 01/31/2010 (o según el formato de fecha de su equipo).
Seleccione también como criterio de búsqueda el servicio, de manera que salgan los datos
de solo los pacientes hospitalizados.
4. Busque y abra "Format” (Formato) en la esquina superior izquierda de su pantalla, luego
"Pick" (Elegir), y luego escoja el formato previamente configurado llamado logbook132.format.
5. Oprima "OK"(Aceptar).
6. Una vez en la pantalla "Export to Floppy"(Exportar a Disquete), ante el mensaje "Please
choose a delimiter between fields for the exported file:" (por favor escoja un delimitador
para los campos del fichero exportado). Escoja “l”
7. Ante el mensaje "Please give the DOS filename of the export file:" (Por favor escriba el
nombre del fichero DOS del fichero exportado) escriba el nombre del archivo asi: .TXT. Se
recomienda nombrar los archivos con el mes y año al que pertenecen los datos. Ejemplo:
ENERO10.TXT
8. Introduzca el disquete.
9. Oprima en "Export"(Exportar).
10. Cuando el programa haya terminado, debe aparecer "Export succeeded," (Exportación
exitosa). Oprima "OK"(Aceptar).
11. Oprima "QUIT" (SALIR) para volver a la pantalla previa.
12. Escoja "File" (Fichero), y de ahí, seleccione "Quit" (Salir).
27.4. Procedimiento Vitek 2
El sistema Vitek 2 ahora maneja un ambiente Windows en el que mediante su software Copernico
permite de manera muy fácil obtener los datos mediante su modulo de estadística, en el cual, en
el menú de estadística está disponible el logo de Whonet en el cual se puede descargar la
información con solo digitar el intervalo de fechas deseado.
28. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE
SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA MICROSCAN LABPRO (Con Interface)
28.1. Configuración de la Interface
Si su laboratorio maneja Microskan con el software Labpro, es posible crear una interface entre el
software del sistema automatizado y un reporte en archivo plano para descargar la información
periódicamente siguiendo los siguientes pasos:
1. Debe habilitar el centro de comandos de LabPro. Figura 24
36 | P á g i n a
Figura 24. Centro de comandos LabPro.
2. De clic en el ícono de Utilidades. Figura 25
Figura 25. Iconos de Monitor de interfaz y utilidades
3. Escoja la opción de Configuración. Figura 26
Figura 26. Menú utilidades LabPro
4. Haga doble clic en Interfaz.
5. Usted verá la pantalla Configurar dispositivos de comunicación. Usted creará una nueva
interfaz, la cual dirigirá datos de exportación a una carpeta en el disco duro de su equipo.
Figura 27
37 | P á g i n a
Figura 27. Ventana configuración de Dispositivos
6. Haga clic en Dispositivo, luego en Agregar dispositivo y en LIS, o bien el icono “más” y
seleccionar LIS.
7. En la pantalla Configuración del Dispositivo, usted verá las siguientes opciones.
• Nombre Configuración – nombre la configuración de la interface, ejemplo:
WHONET.
• Physical – cambie la opción Serial a la opción File.
• Data Link – LabPro automáticamente cambiará la selección a Null.
• Message – LabPro pondrá esta opción en MicroScan.
8. Haga clic en la fila para Physical y luego en Configurar. En Propiedades de nuevo
dispositivo, usted indica el nombre del Importar Nombre de Archivo y el Exportar Nombre
de Archivo. Desde y hacia donde se exportarán los datos. El más importante es Exportar
Nombre de Archivo. El nombre predefinido, sugerido por LabPro es Export.exp. La locación
predeterminada es el subdirectorio MicroScan de LabPro. Usted puede usar esta
configuración o puede cambiara a la ubicación que usted elija. Preferiblemente
C:\whonet5\Data. Figura 28
38 | P á g i n a
Figura 28. Configuración del Archivo de la interfaz
9. En la lista de dispositivos del monitor de la interfaz, el icono de los computadores en la
barra de comandos de LabPro, usted encontrará ahora la nueva interface. Figura 29
Figura 29. Monitor de interfaz
28.2. Trasmitir los datos.
1. En la pantalla principal de LabPro, haga clic en el ícono Monitor de Interface. Usted verá la
lista de dispositivos, incluyendo las columnas Nombre del Dispositivo, Estado, Hora del
siguiente envío, Hora de la siguiente solicitud y Condición de errores. Figura 29
2. Haga clic en la interface de exportación que usted configuró previamente.
3. Haga clic en Dispositivo, y en Transmitir Datos de Paciente. Y una pantalla para
Transmisión manual aparecerá. Figura 30
39 | P á g i n a
Figura 30. Monitor de interfaz
4. Usted tiene la opción de seleccionar los aislamientos de la siguiente lista de variables:
• Fecha del estado de la muestra
• Fecha de muestra
• Fecha estado de aislamiento.
• Grupo pruebas estado Fecha
• Patient Date.
• ID de Paciente.
• Muestras individuales.
• No. De admisión
• No de muestra
5. Escoja la variable que usted desea usar para seleccionar la variable. Infortunadamente, si
usted escoge la variable Fecha de Muestra, usted solo podrá seleccionar desde cuándo
quiere escoger el período de selección.
6. Si usted ha trasmitido datos previamente, debe activar la casilla Retransmitir datos
previamente enviados, para enviar toda la selección. Figura 31
40 | P á g i n a
Figura 31. Transmisión manual
7. Cuando haya finalizado la transmisión, el sistema le informará. Usted debe buscar el
archivo Export.exp, en la carpeta que configuró previamente.
8. Este es el archivo el cual BacLink convertirá en formato Whonet.
29. EXPORTACIÓN DE DATOS DEL INSTRUMENTO DE PRUEBAS DE
SENSIBILIDAD MICROBIOLÓGICA PHOENIX BECTON DICKINSON
Para descargar la información de EpiCenter (programa que realiza el manejo de información en el
sistema Phoenix) se requiere:
1. Identificar y seleccionar en la Barra de Herramientas de EpiCenter el Icono No. 5 “Obtención
de Datos” (Ver Datos)(Figura 32)
Figura 32. Barra de Herramientas de EpiCenter
41 | P á g i n a
2. Dar clic para acceder a Obtención de Datos (Figura 33):
Figura 33. Ventana Obtención de Datos (Ver datos)
3. En la ventana “Filtros definidos” tiene dos secciones, la sección “Filtros Personalizados” y la
sección “Filtros Predefinidos”.
4. Para ejecutar “Filtros Personalizados”, haga clic en el símbolo + a la izquierda de la carpeta
Personalizados para luego abrir “Filtros del Sistema” y seleccionamos el Filtro
“Whonet_grebo”. En la ventana aparece el filtro y se selecciona la fila de fecha que tiene
asterisco (*, es obligatoria) seleccionamos en la primera casilla la fecha: el mes, día 1 y hora 00
y en la segunda casilla la fecha: el mes siguiente, día 1 y hora 00. Luego damos clic en
“Ejecutar”.
5. Aparece un “Registro de Tabla” (Figura 34):
Figura 34. Ventana Obtención de Datos (Ver datos)
En la Tabla señalar la columna “No. de acceso” y dar clic derecho y selecciona “Ordenar” y
“Ascendente”, para organizar la tabla. Verificar que la Información este completa:
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•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Nombre del Paciente
ID del Paciente
Edad
No. de Acceso
Servicio del Hospital
Tipo de Muestra
Nombre del Organismo Aislado
CIM del Antibiótico del Aislado
Fecha y Hora de recogida de la Muestra
ID del Cliente de la Muestra
6. Si desea hacer alguna corrección, en la Barra de Herramientas de EpiCenter dar clic en
“Ingreso de Muestras” (Figura 35)
Figura 35. Ventana Obtención de Datos (Ver datos)
7. Se digita el No. de Acceso en problema, se completa, se verifica el resultado y se guarda.
8. Luego en “Registro de Tabla”, se da clic sobre el botón “Actualizar” para que se corrijan los
datos en la Tabla.
9. Luego dar clic sobre el botón “Vista Previa” y aparece una Tabla para exportar. Dar clic en el
icono (Figura 36):
Figura 36. Ventana Obtención de Datos (Ver datos)
10. Para exportar el informe a un archivo. Seleccionar el directorio C:\Whonet5\Data, y cambiar el
nombre del archivo creado con las siglas establecidas para hacerlo (cic_ene_2010) y dar clic en
“salvar”.
30. CONFIGURACIÓN DE BACLINK
30.1. Introducción.
Ya hemos aprendido como exportar archivos de Vitek, MicroScan y Phonex con los contenidos que
necesitamos, y en un formato que sabemos puede ser aceptado por BacLink. De ahora en adelante
nos referiremos a ese archivo como el Archivo Original. En términos generales, configurar el
BacLink es dar las instrucciones para que el programa entienda como es el archivo original, donde
lo encuentra, que características tiene, a que formato lo va a convertir y donde va a alojar el
archivo convertido, al que de ahora en adelante nos referiremos como Nuevo Archivo de Datos,
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30.2. Iniciar BacLink
Lo primero que se debe hacer es abrir el BacLink haciendo clic en su icono. Una vez abierto es
prudente hacer clic en la esquina inferior izquierda a la casilla "Select Language" y seleccionar
español, por supuesto, haciendo clic en alguna de las flechas que ahí vera. Una vez vea letreros en
español, seleccione Aceptar y continúe.
30.3. Abrir formato de laboratorio
En la pantalla que se le ofrece, seleccione Nuevo Formato. Lo primero que va a hacer es crear su
laboratorio. Primero escoja el nombre de su país en la lista disponible (escoja Colombia), luego
escriba el nombre de su laboratorio (por ejemplo GREBO) y luego escoja una abreviatura de tres
letras que lo va a identificar (GRB). Si usted previamente había creado el laboratorio, y ahora solo
quiere usarlo, escoja Editar Formato, y escoja el laboratorio que desee. En cualquier caso se
desplegará una ventana (Figura 37) con las características que acaba de elegir.
Figura 37. Ventana Configuración Nuevo Formato BacLink
30.4. Describir la Estructura del Archivo Original
Luego seleccione Estructura del Archivo. El propósito de la configuración del formato del archivo
es describir la organización de su archivo de datos original en suficiente detalle de manera que
BacLink entienda la información que ahí se encuentra. Para tal propósito se le va a explicar:
• Estructura del archivo: El tipo de archivo que se va a convertir y una descripción de su
organización, generalmente para los sistemas automatizados disponibles en Colombia, existen
plantillas prediseñadas que ayudan a dar una descripción completa de la estructura en la que se
encuentra el archivo original.
• Elementos que constituyen los datos: El conjunto de fechas, texto, códigos y números que
constituyen los datos.
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Vera en la casilla superior la categoría de archivo de datos que usted quiere convertir con BacLink
(Figura 38), al igual que su nombre y localización. En este caso podrá ser un archivo tipo VITEK
(Export), Vitek (Copernico), MICROSCAN (Interface) o Texto (Phoenix – EpiCenter). Estará
localizado en donde usted lo haya puesto en el computador (En la carpeta del escritorio, por
ejemplo) y generalmente nombrado con el mes y el año al que pertenecen los datos, y que usted
mismo escogió al exportar los datos. En cuanto al origen del archivo, escoja Windows (ANSI).
Figura 38. Estructura del archivo
30.5. Dar Información sobre los Antibióticos
Haga clic en la casilla que dice Antibióticos (Figura 39). BacLink, al usted informarle que el archivo
original proviene de MicroScan o VITEK, ya sabe que esperar en términos de antibióticos. Lo único
que hay que hacer es especificar las normas para probar antibióticos, que en su caso (y en todo el
país) son las guías de la CLSI. Whonet 5.5 viene actualizado con normas CLSI 2009.
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Figura 39. Configurar Antibióticos.
30.6. Campos de Datos.
Igualmente, BacLink ya sabe qué campos de datos esperar si usted usó la configuración estándar
para exportar datos de VITEK o MICROSCAN, de manera que no hay que hacer ninguna
modificación. Oprima Aceptar en la casilla superior derecha. De esta manera regresa a la pantalla
previa (Figura 37)
30.7. Configuración de códigos y fechas.
En esta parte (Figura 40), lo más importante es indicarle a BacLink cual es el formato de fecha que
se utiliza en el archivo original exportado de MicroScan o VITEK (Ejemplo: M/D/Y).
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Figura 40. Códigos y Fechas
Aquí también deberá los códigos que se usan en el archivo original, es decir el significado de
ciertas abreviaturas que designan antibióticos, organismos, localizaciones dentro del hospital y
especímenes clínicos. (Por ejemplo: esccol = Escherichia coli). Más adelante habrá oportunidad de
fijar esos códigos y sus equivalentes en WHONET. Por ahora oprima Aceptar después de fijar el
formato correcto de fecha.
30.8. Describir el Nuevo Archivo de Datos.
Deberá indicar la localización y el formato del nuevo archivo de datos (Figura 41). A la hora de
convertir un archivo, BacLink le hará las siguientes sugerencias:
1. Guardarlo en el subdirectorio c:\Whonet5\data
2. Ponerle un nombre que usted reconozca fácilmente (GRB_ene_2010.GRB), con un
nombre que termine el código de tres letras del laboratorio.
3. Especificar el formato de archivo como WHONET (dBASE).
4. Cuando finalice, seleccione Aceptar.
Figura 41. Nuevo archivo de datos.
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30.9. Guardar la configuración de BacLink.
Cuando haya regresado a la ventana principal de configuración (Figura 37), deberá guardar la
información de la configuración de su laboratorio en BacLink.
30.10. Conversión de Datos
Usted ya ha descrito suficientemente la estructuro del archivo original, y ha especificado las
características del nuevo archivo. En este momento usted estará en la ventana principal de
BacLink (Figura 42) y reconocerá el nombre de la configuración de laboratorio que realizó
anteriormente.
Figura 42. Ventana principal de BacLink 2.0
En esta ventana usted debe seleccionar el archivo a convertir, lo cual realiza haciendo clic en el
primer botón Examinar. En el segundo botón Examinar, debe seleccionar el nombre y la ubicación
del Nuevo archivo de datos.
Por último debe dar clic en el botón Comenzar conversión.
30.11. Conversión del nuevo archivo de datos.
Al realizar el procedimiento anterior, BacLink le mostrará los primeros 3 aislamientos del archivo
de datos que usted ha obtenido del sistema automatizado Vitek o Microscan (Figura 43).
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Figura 43. Conversión del archivo
En esta ventana usted podrá ver qué datos reconoce BacLink de su archivo de datos. Y cuáles está
convirtiendo en formato Whonet. En la primera columna usted observará el nombre de cada
campo de datos. En la segunda, podrá ver qué datos lea de su archivo de datos original, y en la
tercera cómo lo está convirtiendo a su nuevo archivo de datos. Es importante revisar que las
fechas (Fecha de muestra) la convierta de manera correcta, si se convierte un archivo
correspondiente a Enero de 2001 y el formato del archivo original es 20100114, la fecha que me
debe leer en el nuevo archivo de datos es 14-ene-2010. Si se presentan errores en el formato de la
fecha se debe regresar al formato de la configuración para modificar el formato de la fecha en la
que se encuentra el Archivo original.
30.12. Modificar los diccionarios
Al finalizar de mostrar los tres primeros aislamientos de su archivo de datos original, BacLink
iniciará la conversión de todos los aislamientos en el nuevo archivo de datos.
Después de realizar este procedimiento, BacLink le preguntará si hay códigos que no ha
reconocido de los diccionarios de códigos (Figura 44), los cuales el ha creado por defecto para las
Localizaciones, Tipos de muestra, Antibióticos y Microorganismos.
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Figura 44. Pregunta por nuevos códigos
Para modificar los diccionarios usted debe señalar la opción Si. En donde se desplegará una
ventana (Figura 45), en la cual usted debe dar el significado de los nuevos códigos del archivo
de datos, lo que modificará automáticamente los diccionarios de códigos.
Figura 45. Modificar diccionarios
En esta pantalla se debe hacer la definición de códigos de los diccionarios de los cuales el Baclink
no ha podido reconocer los datos, para que cuando se conviertan de aquí en adelante no se
requiera especificarle nuevamente los diccionarios y que los traduzca de manera adecuada.
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Existen algunas ventajas con el Whonet 5.5 y el BacLink que viene incluido en esta versión ya que
si en el laboratorio de microbiología, realiza algunas subnominaciones a los microorganismos
(MRSA para el S. aureus resistente a Meticilina, E. coli BLEE para las E. coli con prueba
confirmatoria para BLEE positiva, VRE para el Enterococco Vancomicino resistente), estos datos no
se pierdan y con el solo nombre se puedan agregar datos relevantes a la base de datos como un
positivo a la columna adicional (MRSA:+, BLEE:+ o VRE:+ respectivamente). Información de gran
utilidad para el caso de reporte de BLEE en MicroScan que no descarga las BLEE por la interfaz de
Whonet.
Al finalizar de modificación de los diccionarios, usted debe repetir el proceso de conversión para
que su nuevo archivo de datos, presente los códigos antes modificados. Para evaluar la calidad de
su archivo de datos usted puede abrir el Nuevo archivo de Datos desde Whonet, Revisar la base de
datos y verificar que los datos transmitidos correspondan a los almacenados en el sistema
automatizado.
Con esto concluirá la conversión del archivo de datos que usted ha obtenido del sistema
automatizado, por un nuevo archivo de datos en formato Whonet.
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DECLARACIÓN DE DERECHOS DE AUTOR
® Derechos de Autor de la Organización Mundial de la Salud (Génova – Suiza) y del Centro para la
Vigilancia de la Resistencia Antimicrobiana (Departamento de Microbiología, Brigham and
Women’s Hospital Boston MA, EUA).
Todos los derechos reservados. El software Whonet y el Manual de Usuario que lo acompaña han
sido desarrollados por la OMS, en colaboración con el centro para la Vigilancia de la Resistencia
Antimicrobiana. El programa y el Manual de Usuario pueden ser usados y copiados libremente sin
ninguna autorización específica de los autores si es usado para fines no comerciales. Cualquier uso
comercial del programa (con o sin pago a terceros) requiere el permiso de los autores.
* Traducido y adaptado al español del User’s Guide for Whonet, del manual adjunto con la
instalación del software y disponible en www.whonet.org por Giancarlo Buitrago MD, Andrés
Fernando Meneses MD – Grupo para el Control de la Resistencia Bacteriana Bogotá (GREBO).
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BIBLIOGRAFIA
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2.
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4.
5.
6.
WHO Global Strategy for Containment of Antimicrobial Resistance. Geneva, 2001.
WHO/CDS/CSR/DRS/2001.2. World Health Organization
WHO Recommended Surveillance Standards, 2nd Edition, October 1999.
WHO/CDS/CSR/ISR/99.2. World Health Organization.
www.who.int/drugresistance/whonetsoftware
User’s Guide for Whonet 5. Geneve, 1999. WHO/CDS/CSR/ISR/99.1. World Health
Organization.
7. www.whonet.org
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SECRETARIA DISTRITAL DE SALUD DE BOGOTÁ
SISTEMA DE VIGILANCIA DE RESISTENCIA
BACTERIANA -SIVIBACGRUPO PARA EL CONTROL DE LA RESISTENCIA
BACTERIANA DE BOGOTÁ -GREBOUNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA
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