PowerPlex® Fusion System

PowerPlex® Fusion System
Technical Manual
PowerPlex® Fusion System
INSTRUCCIONES PARA UTILIZAR LOS PRODUCTOS
DC2402 Y DC2408.
IMPRESO EN ESTADOS UNIDOS
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Nro. de pieza: TMD039
PowerPlex® Fusion System
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Correo electrónico: [email protected]
1.
Descripción .................................................................................................................................2
2.
Componentes y condiciones de almacenamiento del producto.......................................4
3.
Antes de comenzar .....................................................................................................................5
A. Precauciones......................................................................................................................5
B. Calibración espectral........................................................................................................6
4.
Protocolos para la amplificación del ADN al utilizar el
PowerPlex® Fusion System......................................................................................................6
A. Amplificación de ADN extraído....................................................................................6
B. Amplificación directa de ADN de los perforadores de tarjetas de
almacenamiento................................................................................................................9
C. Amplificación directa de ADN de los hisopos..........................................................13
5.
Configuración del instrumento y preparación de la muestra ........................................16
A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® ..............................................................................16
B. Detección de fragmentos amplificados al utilizar ABI PRISM® 3100 o
3100-Avant Genetic Analyzer con el software de recolección de datos,
Versión 2.0, o el 3130 o 3130xl Genetic Analyzer de Applied Biosystems®
con software de recolección de datos, Versión 3.0....................................................28
6.
Análisis de datos......................................................................................................................31
A. Cómo importar archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones de
PowerPlex® Fusion con el software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2...................31
B. Cómo importar el CC5 ILS 500 IDX Size Standard en el software
GeneMapper® ID-X, Versión 1.2 ..................................................................................31
C. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapper® ID-X,
Versión 1.2.......................................................................................................................33
D. Cómo crear un método de análisis de casos con el software
GeneMapper® ID-X, Versión 1.2 ..................................................................................35
E. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2..................................................................39
F.
Cómo importar archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones de
PowerPlex® Fusion con el software GeneMapper® ID, Versión 3.2.......................43
G. Cómo importar el CC5 ILS 500 Size Standard en el software
GeneMapper® ID, Versión 3.2 ......................................................................................44
H. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapper® ID-X,
Versión 3.2.......................................................................................................................45
I . Cómo crear un método de análisis de casos con el software
GeneMapper® ID, Versión 3.2 ......................................................................................48
J.
Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad
con el software GeneMapper® ID, Versión 3.2.........................................................50
K. Controles..........................................................................................................................52
L. Resultados .......................................................................................................................53
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1.
7.
Resolución de problemas.......................................................................................................56
A. Amplificación y detección de fragmentos..................................................................58
B. Amplificación de ADN extraído .................................................................................58
C. Amplificación directa de ADN de los perforadores de tarjetas de
almacenamiento..............................................................................................................59
D. Amplificación directa de ADN de los hisopos..........................................................61
E. Software GeneMapper® ID-X.......................................................................................63
F.
Software GeneMapper® ID ...........................................................................................65
8.
Referencias................................................................................................................................68
9.
Apéndice....................................................................................................................................69
A. Ventajas de utilizar los locus en el PowerPlex® Fusion System .............................69
B. Métodos de extracción y cuantificación de ADN, y apoyo de automatización ...73
C. El CC5 Internal Lane Standard 500 .............................................................................74
D. Composición de buffers y soluciones .........................................................................75
E. Productos relacionados .................................................................................................75
Descripción
Los locus de las repeticiones cortas en tándem (STR) consisten en elementos de
secuencia breve y repetitiva de pares de bases de 3–7 de largo (1–4). Estas
repeticiones están bien distribuidas en todo el genoma humano y son una fuente rica
de marcadores altamente polimórficos que se pueden detectar utilizando la reacción
en cadena de la polimerasa (PCR) (5–9). Los alelos de los locus de las STR se
diferencian por el número de copias de la secuencia repetida que contiene la región
amplificada, y se distinguen entre sí mediante la detección por fluorescencia seguida
de la separación electroforética.
El PowerPlex® Fusion System(a–h) es un multiplex de 24 locus para las aplicaciones de
identificación humana, incluido el análisis forense, las pruebas de parentesco y el
uso en investigación. El sistema de cinco colores permite la coamplificación y la
detección por fluorescencia de los locus de CODIS (EE. UU.) de 13 núcleos (CSF1PO,
FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539,
D18S51 y D21S11), los locus de la Norma europea de 12 núcleos (TH01, vWA, FGA,
D21S11, D3S1358, D8S1179, D18S51, D10S1248, D22S1045, D2S441, D1S1656 y
D12S391) y de amelogenina para determinación del género. Además, el locus
DYS391 específicos para sexo masculino se incluye para identificar los resultados
nulos de alelos Y para amelogenina. Los locus Penta D y Penta E se incluyen para
aumentar la discriminación y permitir la búsqueda de bases de datos que incluyen
perfiles con estos locus Penta. Finalmente, los locus D2S1338 y D19S433, que son
locus populares incluidos en una serie de bases de datos, se incorporaron para
aumentar más la potencia de discriminación. Este panel ampliado de marcadores
STR está previsto para satisfacer las recomendaciones tanto de CODIS como de ESS.
El PowerPlex® Fusion System es compatible con los ABI PRISM® 3100 y 3100-Avant
Genetic Analyzers, y los 3130, 3130xl, 3500 y 3500xL Genetic Analyzers de Applied
Biosystems®. Los instrumentos de amplificación y detección pueden variar. Es
posible que deba optimizar protocolos, incluida la cantidad de ADN de plantilla, el
número de ciclos, las condiciones de inyección y de volumen de carga para la
instrumentación de su laboratorio. Debe realizarse una validación interna.
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El PowerPlex® Fusion System proporciona todos los materiales necesarios para
amplificar las regiones de las STR del ADN genómico humano, incluida una
polimerasa de ADN termoestable de arranque en caliente, que es un componente de
la mezcla maestra PowerPlex® Fusion 5X Master Mix. Este manual contiene
protocolos para el uso del PowerPlex® Fusion System con el termociclador
GeneAmp® PCR system 9700 además de los protocolos para separar los productos
amplificados y detectar el material separado (figura 1). Los protocolos para operar los
instrumentos de detección por fluorescencia se deben obtener del fabricante del
instrumento.
Puede solicitar información sobre otros sistemas de STR fluorescentes a las oficinas
de Promega o en línea en: www.promega.com
Configuración de la amplificación
Sección 4
Ciclo térmico
Sección 4
GeneAmp® PCR System 9700
Configuración del instrumento y preparación de la muestra
Sección 5
Applied Biosystems® 3500 o
3500xL Genetic Analyzer
Sección 5.A
Applied Biosystems® 3130 o
3130xl Genetic Analyzer con
software de recolección de
datos, Versión 3.0
Sección 5.B
ABI PRISM® 3100 o
3100-Avant Genetic Analyzer
con software de recolección
de datos, Versión 2.0
Sección 5.B
Análisis de datos
Sección 6
Software GeneMapper ® ID-X,
Versión 1.2
Software GeneMapper ® ID,
Versión 3.2
Figura 1. Una descripción general del protocolo del PowerPlex® Fusion System.
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2.
Componentes del producto y condiciones de almacenamiento
Producto
PowerPlex® Fusion System
Tamaño
200 reactivos
Nro. de Cat.
DC2402
No debe ser utilizado para diagnóstico médico. Este sistema contiene los reactivos
necesarios para 200 reacciones de 25 µl cada una. Incluye:
Caja de componentes anteriores a la amplificación
1 ml
PowerPlex® Fusion 5X Master Mix
1 ml
PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix
25 µl
ADN de control 2800M, 10 ng/µl
5 × 1250 µl
Agua, grado de amplificación
Caja de componentes posteriores a la amplificación
100 µl
PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix
2 × 300 µl
CC5 Internal Lane Standard 500
Producto
PowerPlex® Fusion System
Tamaño
800 reactivos
Nro. de Cat.
DC2408
No debe ser utilizado para diagnóstico médico. Este sistema contiene los reactivos
necesarios para 800 reacciones de 25 µl cada una. Incluye:
Caja de componentes anteriores a la amplificación
4 × 1 ml
PowerPlex® Fusion 5X Master Mix
4 × 1 ml
PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix
25 µl
ADN de control 2800M, 10 ng/µl
10 × 1250 µl
Agua, grado de amplificación
Caja de componentes posteriores a la amplificación
4 × 100 µl
PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix
8 × 300 µl
CC5 Internal Lane Standard 500
!
El componente PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix viene en una bolsa sellada y
separada para el envío. Este componente debe ser trasladado a la caja posterior a la
amplificación después de abrirlo. El agua, grado de amplificación, se proporciona en
una bolsa sellada y separada para el envío. Este componente debe ser trasladado a la
caja anterior a la amplificación después de abrirlo.
Condiciones de almacenamiento: Para el almacenamiento a largo plazo, guarde
todos los componentes excepto el ADN de control 2800M a una temperatura de
–30 °C a –10 °C en un congelador antiescarcha. Almacene el ADN de control 2800M
a una temperatura de 2–10 °C. Para uso diario, los componentes del PowerPlex®
Fusion System se pueden almacenar hasta 1 semana a 2–10 °C. Los productos
PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix, PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix y
CC5 Internal Lane Standard 500 (CC5 ILS 500) son sensibles a la luz y se deben
almacenar en un sitio oscuro. Es altamente recomendable que los reactivos anteriores
y posteriores a la amplificación se almacenen y se utilicen por separado con
diferentes pipetas, gradillas de tubos, etc.
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Disponibles por separado
Los archivos de texto de los paneles, intervalos y repeticiones adecuados para el
software GeneMapper® ID y el ID-X están disponibles para su descarga en:
www.promega.com/resources/tools/genemapper-id-software-panels-and-bin-sets/
Se requieren estándares para matrices para la configuración inicial de la matriz de
separación de colores. Los estándares para matrices se suministran por separado y
están disponibles para los ABI PRISM® 3100 y 3100-Avant Genetic Analyzers y los
Applied Biosystems® 3130, 3130xl, 3500 y 3500xL Genetic Analyzers (PowerPlex®
5-Dye Matrix Standards, 3100/3130, No. de cat. DG4700).
3.
Antes de comenzar
3.A. Precauciones
La aplicación de la tipificación en función de la PCR para casos forenses o casos
de paternidad requiere estudios de validación y medidas de control de calidad
que no están contenidas en este manual (10,11). Las pautas para el proceso de
validación están publicadas en la Validación interna del Manual de referencia de los
sistemas de STR (12).
La calidad del ADN purificado o las muestras de amplificación directa, los
pequeños cambios en los buffers, la resistencia iónica, las concentraciones de
imprimación, el volumen de reacción, la elección de termociclador y las
condiciones de ciclo térmico pueden incidir en el éxito de la PCR. Sugerimos
una estricta observancia de los procedimientos recomendados para la
amplificación y la detección por fluorescencia. Se requieren investigación y
validación adicionales si se realiza cualquier modificación a los protocolos
recomendados.
El análisis de las STR en función de la PCR puede resultar contaminado por
cantidades muy pequeñas de ADN humano. Debe tenerse extremo cuidado
para evitar la contaminación cruzada cuando se prepara una muestra de ADN,
se manipulan pares de imprimación, se reúnen reacciones de amplificación y se
analizan productos de amplificación. Los reactivos y los materiales utilizados
antes de la amplificación (PowerPlex® Fusion 5X Master Mix, PowerPlex®
Fusion 5X Primer Pair Mix, ADN de control 2800M y agua, grado de
amplificación) se proporcionan en una caja separada y se deben almacenar
separados de aquellos materiales que se utilizan después de la amplificación
(PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix y CC5 Internal Lane Standard 500).
Incluya siempre una reacción de control negativo (por ej., sin plantilla) para
detectar la contaminación de los reactivos. Es altamente recomendable el uso de
guantes y puntas para pipetas resistentes al aerosol (por ej., puntas ART®,
sección 9.E).
Algunos reactivos utilizados en el análisis de productos de las STR son
potencialmente peligrosos y se deben manejar de manera acorde. La formamida
es un agente irritante y teratógeno, evite la inhalación y el contacto con la piel.
Lea la etiqueta de advertencia y tome las precauciones apropiadas cuando
maneje esta sustancia. Use siempre guantes y anteojos de seguridad cuando
trabaje con formamida.
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3.B. Calibración espectral
La generación correcta de un archivo de matriz es fundamental para evaluar los
sistemas multicolores con los ABI PRISM® 3100 y 3100-Avant Genetic Analyzers
y los Applied Biosystems® 3130, 3130xl, 3500 y 3500xL Genetic Analyzers. Se
debe generar una matriz para cada instrumento individual.
Para obtener los protocolos e información adicional sobre la calibración
espectral en estos instrumentos, consulte el boletín técnico PowerPlex ® 5-Dye
Matrix Standards, 3100/3130. #TBD024. Este manual está disponible en línea en:
www.promega.com/protocols/
Protocolos para la amplificación del ADN al utilizar el PowerPlex® Fusion System
4.
El PowerPlex® Fusion System se desarrolló para amplificación de ADN extraído y de
muestras de amplificación directa. Se recomiendan variaciones leves del protocolo
para un rendimiento óptimo para cada fuente de plantilla. Los protocolos para
amplificación que usan ADN extraído (Sección 4.A), perforadores de tarjetas de
almacenamiento FTA® y no FTA (Sección 4.B) e hisopos (Sección 4.C) se incluyen en
las siguientes secciones de amplificación.
El PowerPlex® Fusion System está optimizado para el termociclador GeneAmp® PCR
System 9700.
Es altamente recomendable el uso de guantes y puntas para pipetas resistentes al
aerosol para evitar la contaminación cruzada. Mantenga todos los reactivos
anteriores a la amplificación y posteriores a la amplificación en habitaciones
separadas. Prepare las reacciones de amplificación en una habitación dedicada a la
configuración de la reacción. Utilice equipo y suministros dedicados a la configuración
de la reacción.
!
Se debe dedicar un cuidado minucioso para asegurar que la amplificación se realice
correctamente. Se proporciona una pauta para la resolución de problemas de
amplificación en la sección 7.
La concentración del ADN de control de 2800 M se determinó midiendo la
absorbencia a 260 nm. La cuantificación de este ADN de control por otros métodos,
como por ejemplo qPCR, puede dar como resultado un valor diferente. Prepare una
dilución nueva de ADN para cada conjunto de amplificaciones. No almacene ADN
diluido (por ej., 0,25 ng/μl o menos).
4.A. Amplificación de ADN extraído
Materiales que deberá suministrar el usuario
• termociclador GeneAmp® PCR System 9700 (Applied Biosystems)
• microcentrifugadora
• placa óptica de reacción de 96 pocillos MicroAmp® o tubos de reacción de 0,2 ml
MicroAmp® (Applied Biosystems)
• puntas para pipetas resistentes al aerosol (consulte la sección 9.E)
Amplificamos de manera rutinaria 0,25–0,5 ng de plantilla de ADN en un volumen
de reacción de 25 µl utilizando el protocolo que se detalla abajo.
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Configuración de la amplificación
1.
Descongele por completo la mezcla maestra PowerPlex® Fusion 5X Master
Mix, la mezcla para par de imprimación PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair
Mix y el agua, grado de amplificación.
Nota: Centrifugue brevemente los tubos para que el contenido se desplace
hacia el fondo, luego agite los reactivos durante 15 segundos antes de cada
uso. No centrifugue la 5X Primer Pair Mix o 5X Master Mix después de
agitar, ya que esto puede provocar que los reactivos se concentren en el
fondo del tubo.
2.
Determine el número de reacciones que se configurarán. Este número debe
incluir las reacciones de control positivo y negativo. Agregue 1 o 2
reacciones a este número para compensar el error de pipeteado. Si bien
este enfoque consume una pequeña cantidad de cada reactivo, asegura
que usted tenga suficiente mezcla de amplificación de la PCR para todas
las muestras. Además, garantiza que cada reacción contenga la misma
mezcla de amplificación de la PCR.
3.
Utilice una placa limpia MicroAmp® para reunir la reacción y etiquete de
forma apropiada o, como alternativa, determine el número de tubos de
reacción de 0,2 ml limpios requeridos, y etiquete de forma apropiada.
4.
Agregue el volumen final de cada reactivo enumerado en la Tabla 1 a un
tubo estéril.
Tabla 1. Mezcla de amplificación de la PCR para la amplificación del ADN extraído.
Componente de la mezcla de
amplificación de la PCR1
Agua, grado de amplificación1
PowerPlex® Fusion 5X Master Mix
PowerPlex® Fusion
5X Primer Pair Mix
plantilla de ADN (0,25–0,5ng)2,3
volumen total de la reacción
Volumen por
reacción
×
hasta un volumen
final de 25,0 µl ×
Número de
Volumen final
=
reacciones
(µl)
=
5,0 µl
×
=
5,0 µl
×
=
hasta 15 µl
25 µl
1Agregue agua, grado de amplificación, al primer tubo, luego agregue la PowerPlex® Fusion 5X
Master Mix y la PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix. La plantilla de ADN se agregará en el
paso 6.
2Almacene las plantillas de ADN en un buffer TE-4 (10 mM Tris-HCl [pH 8,0], 0,1 mM EDTA) o
buffer TE–4 con 20 µg/ml de glucógeno. Si la plantilla de ADN está almacenada en un buffer TE
que no tiene pH 8,0 o contiene una concentración de EDTA más alta, el volumen de ADN
agregado no debe superar el 20% del volumen total de la reacción. La eficiencia y la calidad de la
amplificación de la PCR pueden ser ampliamente alteradas por los cambios en el pH (debido al
Tris-HCl agregado), la concentración de magnesio disponible (debido a la quelación provocada
por el EDTA) u otros inhibidores de la PCR, que pueden estar presentes en bajas concentraciones
que dependen de la fuente de la plantilla de ADN y del procedimiento de extracción utilizado.
3Las concentraciones de ADN aparente pueden diferir, y dependen del método de cuantificación
de ADN utilizado (13). La cantidad de la plantilla de ADN recomendada aquí está basada en las
concentraciones de ADN determinadas al medir la absorbancia a 260 nm. Recomendamos
firmemente que realice experimentos para determinar la cantidad óptima de ADN de acuerdo
con su método de cuantificación de ADN.
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4.A. Amplificación de ADN extraído (continuación)
5.
!
Agite la mezcla de amplificación de la PCR durante 5–10 segundos, luego
agregue la mezcla de amplificación de la PCR a cada pocillo de la reacción.
Si no se agita lo suficiente la mezcla de amplificación de la PCR, puede
provocar una amplificación escasa o falta de equilibrio entre locus.
6.
Agregue la plantilla de ADN (0,25–0,5 ng) para cada muestra al pocillo
respectivo con la mezcla de amplificación de la PCR.
7.
Para el control positivo de la amplificación, agite el tubo de ADN de
control 2800M, luego diluya una alícuota hasta 0,5 ng en el volumen de
plantilla de ADN deseado. Agregue 0,5 ng de ADN diluido a un pocillo de
reacción con la mezcla de amplificación de la PCR.
8.
Para el control negativo de amplificación, pipetee agua, grado de
amplificación, o buffer TE–4, en vez de la plantilla de ADN, en el pocillo de
reacción que contiene una mezcla de amplificación de PCR.
9.
Selle la placa o cierre los tubos. Opcional: Centrifugue brevemente la
placa para llevar el contenido hasta el fondo de los pocillos y retire
cualquier burbuja de aire.
Ciclo térmico
Los instrumentos de amplificación y detección pueden variar. Es posible que deba
optimizar protocolos, incluida la cantidad de ADN de plantilla, el número de
ciclos, las condiciones de inyección y de volumen de carga para la instrumentación
de su laboratorio. Las pruebas realizadas en Promega demuestran que 30 ciclos
funcionan bien para 0,5 ng de plantillas de ADN purificadas.
1.
Coloque una placa o tubos de reacción MicroAmp® en el termociclador.
2.
Seleccione y ejecute el protocolo recomendado. Asegúrese de haber
seleccionado el modo Max (Máx.) como la velocidad de rampa. El
protocolo preferido para utilizar con el termociclador GeneAmp® PCR
System 9700 se proporciona abajo. El tiempo de ciclo total estimado es 1,5
horas.
Protocolo del ciclo térmico1
96 °C durante 1 minutos, luego:
94 °C durante 10 segundos
59 °C durante 1 minutos
72 °C durante 30 segundos para 30 ciclos, luego:
60 °C durante 10 minutos inmersión a 4 °C
1Cuando utilice el termociclador del GeneAmp® PCR System 9700, el programa se
debe ejecutar con la velocidad de rampa configurada en el modo máximo. (Esto
requiere un bloque de muestra de plata o plata dorada). La velocidad de la
rampa se configura después de que comienza la ejecución del ciclo térmico.
Aparece la pantalla “Select Method Options” (Seleccionar opciones de método).
Seleccione “Max” (Máximo) para la velocidad de la rampa, e ingrese el volumen
de la reacción.
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3.
Después de finalizado el protocolo del ciclo térmico, almacene las
muestras amplificadas a –20 °C en una caja protegida de la luz.
Nota: El almacenamiento a largo plazo de las muestras amplificadas a 4 °C
o más puede producir artefactos.
4.B. Amplificación directa de ADN de los perforadores de tarjetas de
almacenamiento
Materiales que deberá suministrar el usuario
• termociclador GeneAmp® PCR System 9700 (Applied Biosystems)
• microcentrifugadora
• placa óptica de reacción de 96 pocillos MicroAmp® o tubos de reacción de
0,2 ml MicroAmp® (Applied Biosystems)
• puntas para pipetas resistentes al aerosol (consulte la sección 9.E)
• PunchSolution™ Kit (Nro. de cat. DC9271) para perforadores de tarjetas
no FTA
• perforador Harris Micro-Punch de 1,2 mm o un perforador manual
equivalente y soporte para cortar, o bien, un sistema de perforador
automatizado
Esta sección contiene un protocolo para la amplificación directa de ADN de las
tarjetas perforadas de almacenamiento utilizando el PowerPlex® Fusion System
y el termociclador GeneAmp® PCR System 9700.
Recomendamos amplificar una o dos perforaciones de 1,2 mm de una tarjeta de
almacenamiento que contiene una muestra bucal o una perforación de 1,2 mm
de una tarjeta de almacenamiento que contiene una muestra de sangre entera en
un volumen de reacción de 25 µl utilizando los protocolos que se detallan abajo.
El PowerPlex® Fusion System está optimizado para el termociclador GeneAmp®
PCR System 9700.
Nota: Deberá optimizar y validar el número de perforaciones de tarjetas de
almacenamiento por reacción en su laboratorio. Vea las recomendaciones de
optimización de PCR al final de la sección.
Los tipos de muestras en soporte FTA® incluyen:
• Células bucales recolectadas en las tarjetas FTA® con dispositivos Whatman
EasiCollect™ o Fitzco Sampact™
• Células bucales recolectadas con hisopos estériles y transferidas a tarjetas
FTA® o tarjetas que indican FTA®
• Sangre líquida (proveniente de los tubos Vacutainer ® de recolección o
almacenamiento o pinchazos en los dedos) almacenada en las tarjetas FTA®
Los tipos de muestras que no son FTA incluyen:
• Muestras bucales en dispositivos Bode Buccal DNA Collector™
• Muestras de sangre y bucales en perforaciones de tarjetas no FTA (por
ejemplo, S&S 903)
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4.B Amplificación directa de ADN de las tarjetas perforadas de almacenamiento
(continuación)
Trate preliminarmente tipos de muestras no FTA con el PunchSolution™ Kit
(Nro. de cat. DC9271) para lisar muestras no FTA antes de agregar la mezcla de
amplificación PCR. Para obtener más información, consulte el Manual técnico
Nro. TMD038 del PunchSolution™ Kit. Al no tratar preliminarmente estas
muestras, se pueden obtener perfiles incompletos.
Utilice una herramienta de perforación manual con una punta de 1,2 mm para
crear manualmente discos de muestra desde una tarjeta de almacenamiento.
Coloque la punta cerca del centro del lugar de la muestra y, con una acción de
torsión o presión, corte un disco de muestra de 1,2 mm. Utilice el émbolo para
expulsar el disco en el pocillo apropiado de una placa de reacción.
También se pueden utilizar perforadoras automáticas para crear discos de
muestra. Consulte la guía de usuario de su instrumento con el fin de obtener
asistencia con generación de discos de 1,2 mm, consejos técnicos e información
sobre resolución de problemas.
Nota: La estática puede ser problemática a la hora de agregar una perforación a
un pocillo. Para perforaciones de tarjetas FTA®, agregar la mezcla de
amplificación de la PCR al pocillo antes de agregar la perforación puede aliviar
los problemas de estática. Para perforaciones de tarjetas no FTA, agregar
PunchSolution™ Reagent al pocillo antes de agregar la perforación durante el
tratamiento preliminar puede aliviar los problemas de estática.
Configuración de la amplificación
1.
Descongele por completo la mezcla maestra PowerPlex® Fusion 5X Master
Mix, la mezcla para par de imprimación PowerPlex® Fusion 5X Primer
Pair Mix y el agua, grado de amplificación.
Nota: Centrifugue brevemente los tubos para que el contenido se desplace
hacia el fondo, luego agite los reactivos durante 15 segundos antes de cada
uso. No centrifugue la 5X Primer Pair Mix o 5X Master Mix después de
agitar, ya que esto puede provocar que los reactivos se concentren en el
fondo del tubo.
2.
Determine el número de reacciones que se configurarán. Este número debe
incluir las reacciones de control positivo y negativo. Agregue 1 o 2
reacciones a este número para compensar el error de pipeteado. Si bien
este enfoque consume una pequeña cantidad de cada reactivo, asegura
que usted tenga suficiente mezcla de amplificación de la PCR para todas
las muestras. Además, garantiza que cada reacción contenga la misma
mezcla de amplificación de la PCR.
3.
Utilice una placa limpia MicroAmp® para reunir la reacción y etiquete de
forma apropiada o, como alternativa, determine el número de tubos de
reacción de 0,2 ml limpios requeridos, y etiquete de forma apropiada.
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4.
Agregue el volumen final de cada reactivo enumerado en la Tabla 2 a un
tubo estéril.
Tabla 2. Mezcla de amplificación de la PCR para amplificación directa de ADN de las
tarjetas perforadas de almacenamiento.
Componente de la mezcla de
amplificación de la PCR1
Volumen
por reacción
×
Agua, grado de amplificación
15 µl
×
=
PowerPlex®
Fusion 5X Master Mix
Fusion
5X Primer Pair Mix
5,0 µl
×
=
5,0 µl
×
=
volumen total de la reacción
25 µl
Número de
reacciones
=
Volumen
final
PowerPlex®
1Agregue
agua, grado de amplificación, al primer tubo, luego agregue la PowerPlex®
Fusion 5X Master Mix y la PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix. Para perforaciones de
tarjeta FTA®, la plantilla de ADN se agregará en el paso 6.
5.
Agite la mezcla de amplificación de la PCR durante 5–10 segundos, luego
pipetee 25 µl de la mezcla de amplificación de la PCR en cada pocillo de
reacción.
!
Si no se agita lo suficiente la mezcla de amplificación de la PCR, puede
provocar una amplificación escasa o falta de equilibrio entre locus.
6.
Para tarjetas de almacenamiento FTA®, agregue una o dos perforaciones
de 1,2 mm de una tarjeta que contenga una muestra bucal o una
perforación de 1,2 mm de una tarjeta que contenga una muestra de sangre
entera a los pocillos apropiados de la placa de reacción. Para perforaciones
de tarjetas no FTA, agregue la mezcla de amplificación PCR a las
perforaciones tratadas preliminarmente con PunchSolution™.
Nota: También es aceptable agregar primero la perforación de la tarjeta
FTA®, luego agregue la mezcla de amplificación de PCR.
7.
Para el control positivo de amplificación, agregue 1 μl de ADN de control
2800M (10 ng) a un pocillo de reacción con 25 μl de mezcla de
amplificación de la PCR.
Notas:
8.
1.
No incluya perforaciones de tarjetas de almacenamiento en blanco en
las reacciones de control positivo.
2.
Puede ser necesaria la optimización de la cantidad de ADN de
control, según las condiciones del ciclo y las preferencias del
laboratorio.
Reserve un pocillo que contenga mezcla de amplificación de la PCR como
control negativo de amplificación.
Nota: Se puede realizar un control negativo adicional con una perforación
en blanco para detectar la contaminación de la tarjeta de almacenamiento
o dispositivo perforador.
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4.B Amplificación directa de ADN de las tarjetas perforadas de almacenamiento
(continuación)
9.
Selle la placa y centrifúguela brevemente para que las perforaciones de la
tarjeta de almacenamiento se desplacen hacia el fondo de los pocillos.
Ciclo térmico
Los instrumentos de amplificación y detección pueden variar. Deberá optimizar
protocolos, incluida la cantidad de perforaciones de la tarjeta de
almacenamiento, el número de ciclos (25–28 ciclos), el tiempo de inyección y el
volumen de carga para la instrumentación de su laboratorio. Las pruebas
efectuadas en Promega Corporation demuestran que 27 ciclos funcionan bien
para una variedad de tipos de muestra. Las muestras bucales pueden requerir
más ciclos de amplificación que las muestras de sangre. Se debería optimizar el
número de ciclos en cada laboratorio para cada tipo de muestra que se
amplifique.
1.
Coloque la placa MicroAmp® en el termociclador.
2.
Seleccione y ejecute el protocolo recomendado. Asegúrese de haber
seleccionado el modo Max (Máx.) como la velocidad de rampa. El
protocolo preferido para utilizar con el termociclador GeneAmp® PCR
System 9700 se proporciona abajo. El tiempo de ciclo total estimado es 1,5
horas.
Protocolo del ciclo térmico1
96 °C durante 1 minuto, luego:
94 °C durante 10 segundos
59 °C durante 1 minutos
72 °C durante 30 segundos
para 27 ciclos, luego:
60 °C durante 20 minutos
inmersión a 4 °C
1Cuando utilice el termociclador del GeneAmp® PCR System 9700, el
programa se debe ejecutar con la velocidad de rampa configurada en el
modo máximo. (Esto requiere un bloque de muestra de plata o plata
dorada). La velocidad de la rampa se configura después de que comienza
la ejecución del ciclo térmico. Aparece la pantalla “Select Method Options”
(Seleccionar opciones de método). Seleccione “Max” (Máximo) para la
velocidad de la rampa, e ingrese el volumen de la reacción.
Nota: La extensión final para amplificación directa se amplió a 20 minutos
comparada con 10 minutos para el protocolo de ADN extraído, con el fin
de permitir suficiente tiempo para la adenilación de grandes cantidades de
amplicón.
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3.
Después de finalizado el protocolo del ciclo térmico, almacene las
muestras amplificadas a –20 °C en una caja protegida de la luz.
Nota: El almacenamiento a largo plazo de las muestras amplificadas a 4 °C
o más puede producir artefactos.
Optimización de la PCR
El número de ciclos se debe optimizar en función de los resultados de un
experimento inicial para determinar la sensibilidad con su método de
recolección, tipos de muestras, número de perforaciones e instrumentos.
1.
Elija varias muestras que representen tipos de muestras típicas que
encuentra en el laboratorio. Prepárelas como lo haría habitualmente con su
proceso de trabajo normal.
2.
Según su protocolo preferido, coloque una o dos perforaciones de tarjeta
de almacenamiento de 1,2 mm que contengan una muestra bucal o una
perforación de 1,2 mm de una tarjeta de almacenamiento que contenga
sangre entera en cada pocillo de una placa de reacción. Asegúrese de
tratar preliminarmente las muestras no FTA con el PunchSolution™ Kit
(Nro. de cat. DC9271).
3.
Prepare cuatro placas de reacción idénticas con perforaciones de las
mismas muestras.
4.
Amplifique muestras utilizando el protocolo de ciclo térmico
proporcionado anteriormente, pero someta cada placa a un número de
ciclos diferente (25–28 ciclos).
5.
Después de la amplificación, utilice los protocolos de separación y
detección validados del laboratorio para determinar el número óptimo de
ciclos para el tipo de muestra y el número de perforaciones de tarjetas de
almacenamiento.
4.C. Amplificación directa de ADN de los hisopos
Materiales que deberá suministrar el usuario
• termociclador GeneAmp® PCR System 9700 (Applied Biosystems)
• microcentrifugadora
• placa óptica de reacción de 96 pocillos MicroAmp® o tubos de reacción de
0,2 ml MicroAmp® (Applied Biosystems)
• puntas para pipetas resistentes al aerosol (consulte la sección 9.E)
• SwabSolution™ Kit (Nro. de cat. DC8271)
Esta sección contiene un protocolo para la amplificación de ADN a partir de
extractos de hisopos al emplear el PowerPlex® Fusion System y el termociclador
GeneAmp® PCR System 9700.
Trate preliminarmente el OmniSwab™ (GE Healthcare) o los hisopos de algodón
con la SwabSolution™ Kit (Nro. de cat. DC8271) según se describe en el Manual
técnico Nro. TMD037 del SwabSolution™ Kit para generar un extracto de hisopo.
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4.C. Amplificación directa de ADN de los hisopos (continuación)
Configuración de la amplificación
1.
Descongele por completo la mezcla maestra PowerPlex® Fusion 5X Master
Mix, la mezcla para par de imprimación PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair
Mix y el agua, grado de amplificación.
Nota: Centrifugue brevemente los tubos para que el contenido se desplace
hacia el fondo, luego agite los reactivos durante 15 segundos antes de cada
uso. No centrifugue la 5X Primer Pair Mix o 5X Master Mix después de
agitar, ya que esto puede provocar que los reactivos se concentren en el
fondo del tubo.
2.
Determine el número de reacciones que se configurarán. Este número debe
incluir las reacciones de control positivo y negativo. Agregue 1 o 2
reacciones a este número para compensar el error de pipeteado. Si bien
este enfoque consume una pequeña cantidad de cada reactivo, asegura
que usted tenga suficiente mezcla de amplificación de la PCR para todas
las muestras. Además, garantiza que cada reacción contenga la misma
mezcla de amplificación de la PCR.
3.
Utilice una placa limpia MicroAmp® para reunir la reacción y etiquete de
forma apropiada.
4.
Agregue el volumen final de cada reactivo enumerado en la Tabla 3 a un
tubo estéril.
Tabla 3. Mezcla de amplificación de la PCR para amplificación directa de ADN de los
hisopos.
Componente de la mezcla de
Volumen
Número de
Volumen
×
=
por reacción
reacciones
final
amplificación de la PCR1
Agua, grado de amplificación
13 µl
×
=
PowerPlex®
Fusion 5X Master Mix
Fusion
5X Primer Pair Mix
5,0 µl
×
=
5,0 µl
×
=
Extracto del hisopo
2,0 µl
volumen total de la reacción
25 µl
PowerPlex®
1Agregue
agua, grado de amplificación, al primer tubo, luego agregue la PowerPlex®
Fusion 5X Master Mix y la PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix. El extracto del hisopo
se agregará en el paso 6.
5.
!
6.
Agite la mezcla de amplificación de la PCR durante 5–10 segundos, luego
pipetee 23 µl de la mezcla de amplificación de la PCR en cada pocillo de
reacción.
Si no se agita lo suficiente la mezcla de amplificación de la PCR, puede
provocar una amplificación escasa o falta de equilibrio entre locus.
Pipetee 2,0 µl del extracto de hisopo para cada muestra en el pocillo
apropiado de la placa de reacción.
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7.
Para el control positivo de amplificación, agite el tubo del ADN de control
2800M, luego diluya una alícuota hasta 5,0 ng/μl. Agregue 2 μl (10 ng) a un
pocillo de reacción que contenga 23 μl de mezcla de amplificación de la PCR.
8.
Para el control negativo de amplificación, pipetee 2,0 µl de agua, grado de
amplificación, o buffer TE–4, en vez del extracto de hisopo en un pocillo de
reacción que contenga la mezcla de amplificación de PCR.
9.
Selle la placa. Opcional: Centrifugue brevemente la placa para llevar el
contenido hasta el fondo de los pocillos y retire cualquier burbuja de aire.
Ciclo térmico
Los instrumentos de amplificación y detección pueden variar. Deberá optimizar
protocolos, incluida la cantidad de ADN de plantilla, el número de ciclos (25–28
ciclos), el tiempo de inyección y el volumen de carga para la instrumentación de su
laboratorio. Las pruebas efectuadas en Promega demuestran que 27 ciclos
funcionan bien para una variedad de tipos de muestra. Se deberá optimizar el
número de ciclos en cada laboratorio para cada tipo de muestra que se amplifique.
1.
Coloque la placa MicroAmp® en el termociclador.
2.
Seleccione y ejecute el protocolo recomendado. Asegúrese de haber
seleccionado el modo Max (Máx.) como la velocidad de rampa. El protocolo
preferido para utilizar con el termociclador GeneAmp® PCR System 9700 se
proporciona abajo. El tiempo de ciclo total estimado es 1,5 horas.
Protocolo del ciclo térmico1
96 °C durante 1 minuto, luego:
94 °C durante 10 segundos
59 °C durante 1 minuto
72 °C durante 30 segundos
para 27 ciclos, luego:
60 °C durante 20 minutos
inmersión a 4 °C
1Cuando
utilice el termociclador del GeneAmp® PCR System 9700, el programa se
debe ejecutar con la velocidad de rampa configurada en el modo máximo. (Esto
requiere un bloque de muestra de plata o plata dorada). La velocidad de la rampa
se configura después de que comienza la ejecución del ciclo térmico. Aparece la
pantalla “Select Method Options” (Seleccionar opciones de método). Seleccione
“Max” (Máximo) para la velocidad de la rampa e ingrese el volumen de la
reacción.
Nota: La extensión final para amplificación directa se amplió a 20 minutos
comparada con 10 minutos para el protocolo de ADN extraído, con el fin de
permitir suficiente tiempo para la adenilación de grandes cantidades de
amplicón.
3.
Después de finalizado el protocolo del ciclo térmico, almacene las muestras
amplificadas a –20 °C en una caja protegida de la luz.
Nota: El almacenamiento a largo plazo de las muestras amplificadas a 4 °C
o más puede producir artefactos.
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4.C. Amplificación directa de ADN de los hisopos (continuación)
Optimización de la PCR
El número de ciclos se debe optimizar en función de los resultados de un
experimento inicial para determinar la sensibilidad con su método de
recolección, tipos de muestras e instrumentos.
5.
1.
Elija varias muestras que representen tipos de muestras típicas que
encuentra en el laboratorio. Prepárelas como lo haría habitualmente con su
proceso de trabajo normal.
2.
Prepare cuatro placas de reacción idénticas con alícuotas de los mismos
extractos de hisopos.
3.
Amplifique muestras utilizando el protocolo de ciclo térmico
proporcionado anteriormente, pero someta cada placa a un número de
ciclos diferente (25–28 ciclos).
4.
Después de la amplificación, utilice los protocolos de separación y
detección validados del laboratorio para determinar el número óptimo de
ciclos para cada tipo de muestra.
Configuración del instrumento y preparación de la muestra
5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems®
Materiales que deberá suministrar el usuario
• calentador en seco de 95 °C, baño de agua o termociclador
• hielo picado o baño de hielo
• centrifugador compatible con placas de 96 pocillos
• puntas para pipetas resistentes al aerosol
• serie capilar de 3500/3500xL, 36 cm
• retén de 96 pocillos y conjunto de base (Estándar) (Applied Biosystems
N.º de Cat. 4410228)
• polímero POP-4™ en una bolsa para el 3500 o el 3500xL Genetic Analyzer
de Applied Biosystems®
• recipiente de buffer de ánodo
• recipiente de buffer de cátodo
• placa óptica de 96 pocillos y septa MicroAmp®, o equivalente
• formamida Hi-Di™ (Applied Biosystems Nro. de Cat. 4311320)
!
!
La calidad de la formamida es fundamental. Use formamida Hi-Di™. Congele
la formamida en alícuotas a –20 °C. Los múltiples ciclos de congelación/
descongelación o el almacenamiento a largo plazo a 4 °C pueden provocar la
descomposición de la formamida. La formamida de mala calidad puede
contener iones que compitan con el ADN durante la inyección, lo que provoca
alturas de pico inferiores y sensibilidad reducida. Un mayor tiempo de inyección
no puede aumentar la señal.
La formamida es un agente irritante y teratógeno, evite la inhalación y el
contacto con la piel. Lea la etiqueta de advertencia y tome las precauciones
apropiadas cuando maneje esta sustancia. Use siempre guantes y anteojos de
seguridad cuando trabaje con formamida.
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Preparación de la muestra
1.
Descongele el CC5 Internal Lane Standard 500.
Nota: Centrifugue brevemente el tubo para que el contenido se desplace
hacia el fondo, luego agite durante 15 segundos antes de cada uso. No
centrifugue después de agitar, ya que esto puede provocar que el estándar
de tamaño se concentre en el fondo del tubo.
2.
Prepare un cóctel de carga combinando y mezclando el estándar de carril
interno CC5 Internal Lane Standard 500 y la formamida Hi-Di™ de la
siguiente manera:
[(1,0 μl CC5 ILS 500) × (Nro. de muestras)] + [(10,0 μl de formamida
Hi-Di™) × (Nro. de muestras)]
Nota: El volumen del estándar de carril interno utilizado en el cóctel de
carga puede ser aumentado o disminuido para ajustar la intensidad de los
picos de estándar de tamaño, según las preferencias del laboratorio.
Mantenga el volumen de la formamida a 10,0 μl y ajuste el volumen
agregado a los pocillos en el paso 4 de manera acorde.
3.
Agite durante 10–15 segundos para mezclar.
4.
Pipetee 11 μl de formamida/mezcla de estándar de carril interno en cada
pocillo.
5.
Agregue 1 μl de muestra amplificada (o 1 μl de PowerPlex® Fusion Allelic
Ladder Mix). Cubra los pocillos con la septa apropiada.
Nota: Los límites de detección del instrumento varían, por lo tanto, el
tiempo de inyección, el voltaje de inyección o la cantidad de muestra
mezclada con el cóctel de carga pueden necesitar ser aumentados o
disminuidos. Para modificar el tiempo de inyección o el voltaje de
inyección en el módulo de ejecución, seleccione “Instrument Protocol”
(Protocolo de instrumentos) del menú Library (Biblioteca) en el software
de recolección de datos. Si las alturas de picos son más elevadas que lo
deseado, utilice menos plantilla de ADN en las reacciones de
amplificación o reduzca el número de ciclos en el programa de
amplificación para logar la intensidad de señal deseada. Si se reduce el
tiempo o el voltaje de la inyección, se puede requerir un umbral de
amplitud de pico reducido para el canal naranja, para un tamaño correcto.
6.
Centrifugue brevemente la placa para eliminar las burbujas de aire de los
pocillos.
7.
Desnaturalice las muestras a 95 °C durante 3 minutos, luego enfríe de
inmediato sobre hielo picado o en un baño de hielo durante 3 minutos.
Desnaturalice las muestras justo antes de cargar el instrumento.
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5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® (continuación)
Preparación del instrumento
Consulte la Guía de usuarios del Applied Biosystems 3500/3500xL Genetic Analyzer
para el cronograma de mantenimiento del instrumento y las instrucciones para
instalar la serie capilar, los buffers y la bolsa de polímero, y realizar la
calibración espacial. Las muestras se pueden analizar como se describe en la
Guía de usuarios del Applied Biosystems 3500/3500xL Genetic Analyzer.
1.
Abra el software de recolección de datos 3500 Data Collection Software. Se
iniciará la pantalla del tablero (figura 2). Asegúrese de que la información
sobre los artículos de consumo y las notificaciones de mantenimiento sean
aceptables.
9247TA
Configure la temperatura del horno a 60 °C, luego seleccione “Start PreHeat” (Comenzar precalentamiento) al menos 30 minutos antes de la
primera inyección para precalentar el horno.
Figura 2. El tablero.
2.
Para crear un nuevo Protocolo de instrumentos, navegue hacia la
biblioteca, seleccione “Instrument Protocol” (Protocolo de instrumentos),
luego seleccione “Create” (Crear). Alternativamente, se puede utilizar un
protocolo de instrumentos previamente creado.
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La Figura 3 muestra las configuraciones utilizadas en Promega para el
3500xL Genetic Analyzer de Applied Biosystems® para el tipo de
aplicación, conjunto de tintes, longitud del capilar, polímero, módulo de
ejecución e información sobre el protocolo apropiada. La única
configuración que se cambió de las configuraciones predeterminadas es el
conjunto de tintes.
Figura 3. Ventana de creación de nuevos protocolos de instrumento.
Las configuraciones recomendadas son:
Tipo de aplicación
HID
Longitud del capilar
36 cm
Polímero
POP-4™
Conjunto de tintes
G5 (Promega G5 spectral)
Módulo de ejecución
HID36_POP4(xl)
24 segundos
Tiempo de inyección1
Voltaje de inyección
1,2 kV
Tiempo de ejecución
1,210–1,500 segundos
1El tiempo de inyección se puede modificar (2–24 segundos) para
aumentar o disminuir las alturas de los picos.
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5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® (continuación)
!
Cuando cree un protocolo de instrumentos, asegúrese de seleccionar el
mismo conjunto de tintes que se utilizó para realizar la calibración
espectral de 5 tintes de Promega. Recomendamos utilizar un tiempo de
ejecución de 1210–1500 segundos y las condiciones de inyección
predeterminadas.
El tiempo de ejecución y otras configuraciones de instrumentos se deben
optimizar y validar en su laboratorio.
Cuando se optimizan las condiciones de inyección en su laboratorio,
puede elegir crear protocolos de instrumentos específicos para cada
condición evaluada. Si se utiliza un único protocolo de instrumentos, siga
las instrucciones en la Guía de usuarios de Applied Biosystems 3500/3500xL
Genetic Analyzers para editar una entrada de biblioteca.
Asigne un nombre descriptivo de protocolo.
Nota: Para obtener información más detallada, consulte la Guía de
usuarios de Applied Biosystems 3500/3500xL Genetic Analyzers.
3.
Para crear un nuevo estándar de tamaño para el protocolo de control de
calidad (QC), navegue hacia la biblioteca. Seleccione “Size Standards”
(Estándares de tamaño), luego seleccione “Create” (Crear).
Alternativamente, se puede utilizar un estándar de tamaño previamente
creado.
Asigne al estándar de tamaño el nombre “ILS500” u otro nombre
apropiado. Elija “Orange” (Naranja) como el color de tinte. Los
fragmentos en el estándar de tamaño son bases de 60, 65, 80, 100, 120, 140,
160, 180, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475 y 500.
Consulte la figura 4.
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9227TA
Figura 4. Ventana de creación de nuevos estándares de tamaño.
4.
Para crear un nuevo protocolo de control de calidad, navegue hacia la
biblioteca. Seleccione “QC Protocols” (Protocolos de control de calidad),
luego seleccione “Create” (Crear). Alternativamente, se puede utilizar un
protocolo de control de calidad previamente creado.
Asigne un nombre descriptivo de protocolo. Seleccione el estándar de
tamaño creado en el paso 3. Las configuraciones para el protocolo de
control de calidad se deben basar en las condiciones internamente
validadas para el PowerPlex® Fusion System en el 3500 o el 3500xL
Genetic Analyzer de Applied Biosystems®. La figura 5 muestra una opción
para estas configuraciones.
Nota: Las alturas de pico para el CC5 Internal Lane Standard 500 son
generalmente inferiores a las de los otros tintes. Por lo tanto, el umbral
del tinte naranja puede ser inferior al de los otros tintes.
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9228TA
5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® (continuación)
Figura 5. Ventana de creación de nuevos protocolos de QC.
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5.
Para crear un nuevo ensayo, navegue hacia la biblioteca. Seleccione
“Assays” (Ensayo), luego seleccione “Create” (Crear). Alternativamente,
se puede utilizar un ensayo previamente creado.
9229TA
En la ventana “Create New Assay” (Crear un nuevo ensayo) (figura 6),
seleccione el Protocolo de instrumento creado en el paso 2 y el Protocolo
de control de calidad creado en el Paso 4. Asigne un nombre descriptivo
de ensayo. Seleccione el tipo de aplicación “HID”. Se requiere un ensayo
para todas las muestras nombradas en una placa.
Figura 6. Ventana de creación de nuevos ensayos.
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5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® (continuación)
6.
Para crear una nueva convención sobre nombre de archivo (Figura 7),
navegue hacia la biblioteca. Seleccione “File Name Conventions”
(Convenciones sobre nombre de archivo), luego seleccione “Create”
(Crear). Alternativamente, se puede utilizar una convención sobre nombre
de archivo previamente creada.
9252TA
Seleccione los atributos de nombre de archivo de acuerdo con las prácticas
del laboratorio, y guarde con un nombre descriptivo.
Figura 7. Ventana de creación de nuevas convenciones sobre nombre de archivo.
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7.
Para crear un nuevo Grupo de resultados (figura 8), navegue hacia la
Biblioteca. Seleccione “Results Group” (Grupo de resultados), luego
seleccione “Create” (Crear). Alternativamente, se puede utilizar un grupo
de resultados previamente creado.
Seleccione los atributos de grupo de resultados de acuerdo con las
prácticas del laboratorio. Guarde con un nombre descriptivo.
Para crear una nueva placa, navegue hacia la biblioteca, y desde el menú
“Manage” (Administrar), seleccione “Plates” (Placas), luego “Create”
(Crear).
9253TA
8.
Figura 8. Ventana de creación de nuevos grupos de resultados.
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5.A. Detección de fragmentos amplificados al utilizar el 3500 o el 3500xL Genetic
Analyzer de Applied Biosystems® (continuación)
9.
Asigne un nombre descriptivo de placa. Seleccione el tipo de placa “HID” del
menú desplegable (figura 9).
Figura 9. Cómo definir propiedades de placas.
10. Seleccione “Assign Plate Contents” (Asignar contenido de la placa) (figura 10).
11. Asigne nombres de muestra a los pocillos.
9255TA
12. En la parte inferior izquierda de la pantalla, bajo el título “Assays” (Ensayos),
utilice la opción “Add” (Agregar) de la biblioteca para seleccionar el ensayo
Figura 10. Cómo asignar contenido a las placas.
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creado en el paso 5 o uno previamente creado. Haga clic en el botón “Add
to Plate” (Agregar a la placa), y cierre la ventana.
13. Bajo el título “File Name Convention” (Convención sobre nombre de
archivo), utilice la opción “Add from Library” (Agregar de la biblioteca)
para seleccionar la convención sobre nombre de archivo creada en el paso
6 o una previamente creada. Haga clic en el botón “Add to Plate” (Agregar
a la placa), y cierre la ventana.
14. Bajo el título “Results Groups” (Grupos de resultados), utilice la opción
“Add from Library” (Agregar de la biblioteca) para seleccionar los grupos
de resultados creados en el paso 7 u otros previamente creados. Haga clic
en el botón “Add to Plate” (Agregar a la placa), y cierre la ventana.
15. Resalte los pocillos de muestra, luego seleccione las casillas en los ensayos,
convenciones sobre nombre de archivo y grupos de resultados que
corresponden a aquellas muestras.
16. Seleccione “Link Plate for Run” (Vincular placa para ejecutar).
17. Aparecerá la ventana “Load Plate” (Cargar placa). Seleccione “Yes” (Sí).
9256TA
18. En la ventana “Run Information” (Ejecutar información) (figura 11), asigne
un nombre de ejecución. Seleccione “Start Run” (Comenzar ejecución) (no
se muestra).
Figura 11. Cómo asignar un nombre de ejecución.
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5.B. Detección de fragmentos amplificados utilizando ABI PRISM® 3100 o Avant
Genetic Analyzer 3100 con el software de recolección de datos, Versión 2.0, o
el 3130 o 3130xl Genetic Analyzer de Applied Biosystems® con el software de
recolección de datos, Versión 3.0
Materiales que deberá suministrar el usuario
• calentador en seco de 95 °C, baño de agua o termociclador
• hielo picado o baño de hielo
• centrifugador compatible con placas de 96 pocillos
• puntas para pipetas resistentes al aerosol
• serie capilar de 3100 o 3130, 36 cm
• polímero de rendimiento optimizado 4 (POP-4™) para el 3100 o 3130
• buffer 10X con EDTA para el analizador genético
• placa óptica de 96 pocillos y septa MicroAmp®, o equivalente
• formamida Hi-Di™ (Applied Biosystems Nro. de Cat. 4311320)
!
La calidad de la formamida es fundamental. Use formamida Hi-Di™. Congele la
formamida en alícuotas a –20 °C. Los múltiples ciclos de congelación/
descongelación o el almacenamiento a largo plazo a 4 °C pueden provocar la
descomposición de la formamida. La formamida de mala calidad puede
contener iones que compitan con el ADN durante la inyección, lo que provoca
alturas de pico inferiores y sensibilidad reducida. Un mayor tiempo de inyección
no puede aumentar la señal.
!
La formamida es un agente irritante y teratógeno, evite la inhalación y el
contacto con la piel. Lea la etiqueta de advertencia y tome las precauciones
apropiadas cuando maneje esta sustancia. Use siempre guantes y anteojos de
seguridad cuando trabaje con formamida.
Preparación de la muestra
1.
Descongele el CC5 Internal Lane Standard 500.
Nota: Centrifugue brevemente el tubo para que el contenido se desplace
hacia el fondo, luego agite durante 15 segundos antes de cada uso. No
centrifugue después de agitar, ya que esto puede provocar que el estándar
de tamaño se concentre en el fondo del tubo.
2.
Prepare un cóctel de carga combinando y mezclando el estándar de carril
interno CC5 Internal Lane Standard 500 y la formamida Hi-Di™ de la
siguiente manera:
[(1,0 µl CC5 ILS 500) × (Nro. de muestras)] + [(10,0 µl de formamida Hi-Di™)
× (Nro. de muestras)]
Nota: El volumen del estándar de carril interno utilizado en el cóctel de
carga puede ser aumentado o disminuido para ajustar la intensidad de
los picos de estándar de tamaño, según las preferencias del laboratorio.
Mantenga el volumen de la formamida a 10,0 µl, y ajuste el volumen
agregado a los pocillos en el paso 4 de manera acorde.
3.
Agite durante 10–15 segundos para mezclar.
4.
Pipetee 11 µl de formamida/mezcla de estándar de carril interno en cada
pocillo.
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5.
Agregue 1 µl de la muestra amplificada (o 1 µl de PowerPlex® Fusion
Allelic Ladder Mix). Cubra los pocillos con la septa apropiada.
Nota: Los límites de detección del instrumento varían, por lo tanto, el
tiempo de inyección, el voltaje de inyección o la cantidad de muestra
mezclada con el cóctel de carga pueden necesitar ser ajustados. Utilice el
administrador de módulos en el software de recolección de datos para
modificar el tiempo o el voltaje de inyección en el módulo de ejecución
(consulte la sección Preparación de instrumentos que figura abajo). Si se
reduce el tiempo o el voltaje de la inyección, se puede requerir un umbral de
amplitud de pico reducido para el canal naranja, para un tamaño correcto.
6.
Centrifugue brevemente la placa para eliminar las burbujas de aire de los
pocillos.
7.
Desnaturalice las muestras a 95 °C durante 3 minutos, luego enfríe de
inmediato sobre hielo picadoo en un baño de hielodurante 3 minutos.
Desnaturalice las muestras justo antes de cargar el instrumento.
Preparación del instrumento
Consulte el manual de usuario del instrumento para obtener las instrucciones
de limpieza e instalación de la serie capilar, realizar una calibración espacial y
agregar un polímero.
Analice las muestras como se describe en el manual de usuario para el ABI
PRISM® 3100 o el 3100-Avant Genetic Analyzer con el software de recolección
de datos, Versión 2.0, y el 3130 o el 3130xl Genetic Analyzer de Applied
Biosystems® con el software de recolección de datos, Versión 3.0, con las
siguientes excepciones.
1.
En el administrador de módulos, seleccione “New” (Nuevo). Seleccione
“Regular” en la lista desplegable “Type” (Tipo), y seleccione
“HIDFragmentAnalysis36_POP4” en la lista desplegable “Template”
(Plantilla). Confirme que el tiempo de inyección sea de 5 segundos, el
voltaje de inyección sea de 3 kV y el tiempo de ejecución sea de 1500
segundos. Proporcione un nombre descriptivo a su módulo de ejecución, y
seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: Las sensibilidades del instrumento pueden variar. El tiempo y el
voltaje de inyección se pueden ajustar en el administrador de módulos. Un
rango sugerido para el tiempo de inyección es de 3–22 segundos y para el
voltaje de inyección es de 1–3 kV.
2.
En el administrador de protocolos, seleccione “New” (Nuevo). Tipee un
nombre para su protocolo. Seleccione “Regular” en la lista desplegable
“Type” (Tipo), y seleccione el módulo de ejecución que creó en el paso
anterior en la lista desplegable “Run Module” (Ejecutar módulos). Por
último, seleccione “G5” de la lista desplegable de conjunto de tintes.
Seleccione “OK” (Aceptar).
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5.B. Detección de fragmentos amplificados utilizando ABI PRISM® 3100 o Avant
Genetic Analyzer 3100 con el software de recolección de datos, Versión 2.0, o
el 3130 o 3130xl Genetic Analyzer de Applied Biosystems® con el software de
recolección de datos, Versión 3.0 (continuación)
3.
En el administrador de placas, cree un nuevo registro de placas como se
describe en el manual de usuario del instrumento. En el cuadro de diálogo
que aparece, seleccione “GeneMapper—Generic” (GeneMapper - genérico)
en la lista desplegable “Application” (Aplicación), y seleccione el tipo de
placa apropiado (96 pocillos). Agregue entradas en las ventanas del
propietario y operador, y seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: Si desea realizar el autoanálisis de los datos de muestra, consulte el
manual de usuario del instrumento para obtener instrucciones.
4.
En el registro de placas de GeneMapper, ingrese los nombres de las
muestras en las celdas apropiadas. Desplácese hacia la derecha. En la
columna de grupo de resultados 1, seleccione el grupo de resultados
deseado. En la columna de protocolo de instrumentos 1, seleccione el
protocolo que creó en el paso 2. Asegúrese de que la información esté
presente en cada hilera que contiene un nombre de muestra. Seleccione
“OK” (Aceptar).
Nota: Para crear un nuevo grupo de resultados, seleccione “New” (Nuevo)
en el menú desplegable en la columna de grupo de resultados. Seleccione
la pestaña “General”, e ingrese un nombre. Seleccione la pestaña
“Analysis” (Análisis), y seleccione “GeneMapper—Generic” (GeneMapper
- genérico) en la lista desplegable “Analysis Type” (Tipo de análisis).
5.
Coloque las muestras en el instrumento, y cierre las puertas del
instrumento.
6.
En el visor espectral, seleccione el conjunto de tintes G5 y confirme que el
conjunto de tintes activo es el archivo generado para la química de 5 tintes
del PowerPlex®.
Es fundamental seleccionar el espectral G5 correcto para la química de
5 tintes del PowerPlex®.
!
Si la química de 5 tintes del PowerPlex® no es el conjunto de tintes activos,
localice el espectral de 5 tintes del PowerPlex® en la lista de calibraciones
para el conjunto de tintes G5 y seleccione “set” (configurar).
7.
En el programador de ejecución, localice el registro de placas que creó en
los pasos 3 y 4, y haga clic una vez en el nombre para resaltarlo.
8.
Una vez que el registro de placas esté resaltado, haga clic en el gráfico de
placas que corresponde a la placa en el extractor automático que contiene
sus muestras amplificadas.
9.
Cuando el registro de placas esté vinculado a la placa, el gráfico de placas
cambiará de amarillo a verde, y se habilitará la fecha verde de “Run
Instrument” (Ejecutar instrumento).
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10. Haga clic en la flecha verde de “Run Instrument” (Ejecutar instrumento)
en la barra de herramientas para comenzar la ejecución de la muestra.
11. Controle la electroforesis observando la ventana del visor de la ejecución,
la vista, el ensayo o los capilares en el software de recolección de datos.
Cada inyección durará aproximadamente 40 minutos.
6.
Análisis de datos
6.A. Cómo importar archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones de
PowerPlex® Fusion con software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2
Para facilitar el análisis de los datos generados con el PowerPlex® Fusion
System, hemos creados archivos de texto de paneles e intervalos para permitir
la asignación automática de los genotipos con el software GeneMapper® ID-X.
Recomendamos que los usuarios reciban capacitación de Applied Biosystems
sobre el software GeneMapper ® ID-X para familiarizarse con el funcionamiento
correcto del software.
Nota: Los archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones mencionados
aquí son compatibles con las versiones anteriores del software GeneMapper®
ID-X.
Inicio
1.
Para obtener los archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones para
el PowerPlex® Fusion System visite:
www.promega.com/resources/tools/genemapper-id-software-panels-andbin-sets/
2.
Seleccione el PowerPlex® System que está usando, seleccione
“GeneMapper ID-X” así como el ADN de control que utiliza. Ingrese su
información de contacto, y seleccione “Submit” (Enviar).
3.
Guarde los archivos PowerPlex_Fusion_Panels_IDX_vX.x.txt,
PowerPlex_Fusion_Bins_IDX_vX.x.txt and
PowerPlex_Fusion_Stutter_IDX_vX.x.txt, donde “X.x” se refiere a la
versión más reciente de los archivos de texto de paneles, intervalos y
repeticiones, en un lugar conocido en su computadora.
Cómo importar archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones
1.
Abra el software GeneMapper ® ID-X.
2.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “Panel Manager”
(Administrador de paneles).
3.
Resalte el icono “Panel Manager” (Administrador de paneles) en el panel
de navegación superior izquierdo.
4.
Seleccione “File” (Archivo), luego “Import Panels” (Importar paneles).
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6.A. Cómo importar archivos de texto de paneles, intervalos y repeticiones de
PowerPlex® Fusion con software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2
(continuación)
5.
Navegue hacia el archivo de texto de paneles importado en la sección
“Getting Started” (Inicio). Seleccione el archivo, luego “Import” (Importar).
6.
En el panel de navegación, resalte la carpeta de paneles del PowerPlex
Fusion que importó en el paso 5.
7.
Seleccione “File” (Archivo), luego “Import Bin Set” (Importar conjunto de
intervalos).
8.
Navegue hacia el archivo de texto de intervalos importado en la sección
“Getting Started” (Inicio). Seleccione el archivo, luego “Import” (Importar).
9.
En el panel de navegación, resalte la carpeta de paneles del PowerPlex
Fusion que importó en el paso 5.
10. Seleccione “File” (Archivo), luego “Import Marker Stutter” (Importar
marcador de repeticiones). Aparecerá una casilla de advertencia
preguntando si desea sobrescribir los valores actuales. Seleccione “Yes” (Sí).
11. Navegue hacia el archivo de texto de repeticiones importado en la sección
“Getting Started” (Inicio). Seleccione el archivo, luego “Import”
(Importar).
12. Al final de la ventana del administrador de paneles, seleccione “OK”
(Aceptar). Esto guardará los archivos de texto de paneles, intervalos y
repeticiones, luego cierre la ventana.
6.B. Cómo importar el CC5 ILS 500 IDX Size Standard en el software
GeneMapper ® ID-X, Versión 1.2
Hay dos opciones cuando se crea un estándar de tamaño. Utilice este protocolo
o el protocolo alternativo en la sección 6.C.
El archivo CC5_ILS_500_IDX.xml está disponible para descargar en:
www.promega.com/resources/tools/genemapper-id-software-panels-and-binsets/
Guarde el archivo CC5_ILS_500_IDX.xml en un lugar conocido en su
computadora.
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper ID-X Manager”
(Administrador de GeneMapper ID-X).
2.
Seleccione la pestaña “Size Standar” (Estándar de tamaño).
3.
Seleccione “Import” (Importar).
4.
Navegue hacia la ubicación del archivo CC5_ILS_500_IDX.xml en su
computadora.
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5.
Seleccione el archivo, luego seleccione “Import” (Importar).
6.
Seleccione “Done” (Realizado) para guardar los cambios y cierre el
administrador de GeneMapper ID-X.
6.C. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapperr ® ID-X,
Versión 1.2
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper ID-X Manager”
(Administrador de GeneMapper ID-X).
2.
Seleccione la pestaña “Size Standar” (Estándar de tamaño).
3.
Seleccione “New” (Nuevo).
4.
En la ventana del “Size Standard Editor” (Editor de estándar de tamaño)
(figura 12), seleccione “GeneMapper ID-X Security Group” como el grupo
de seguridad. Esto permite el acceso a todos los usuarios del software. Se
pueden utilizar otros grupos de seguridad.
5.
Ingrese un nombre detallado, como “CC5_ILS_500_IDX”.
6.
Elija “Orange” (Naranja) para el “Size Standard Dye” (Tinte de estándar
de tamaño).
7.
Ingrese los tamaños de los fragmentos de estándar de carril interno (bases
de 60, 65, 80, 100, 120, 140, 160, 180, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375,
400, 425, 450, 475 y 500 ). Consulte la sección 9.C, figura 24.
8.
Seleccione “OK” (Aceptar).
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8257TA
6.C. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapperr ® ID-X,
Versión 1.2 (continuación)
Figura 12. El GeneMapper® ID-X Size Standard Editor.
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6.D. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ®
ID-X, Versión 1.2
Estas instrucciones tienen el propósito de servir como guía para comenzar a
analizar los datos en el software GeneMapper ® ID-X. No están destinadas a ser
una guía exhaustiva para utilizar el software GeneMapper ® ID-X.
Recomendamos que los usuarios se comuniquen con Applied Biosystems para
obtener capacitación sobre el software.
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper ID-X Manager”
(Administrador de GeneMapper ID-X).
2.
Seleccione la pestaña “Analysis Methods” (Métodos de análisis).
3.
Seleccione “New” (Nuevo) y se abrirá un nuevo cuadro de diálogo de
método de análisis.
4.
En la ventana “Analysis Method Editor” (Editor de método de análisis),
seleccione “GeneMapper ID-X Security Group” como el grupo de
seguridad. Esto permite el acceso a todos los usuarios del software. Se
pueden utilizar otros grupos de seguridad.
5.
Ingrese un nombre descriptivo para el método de análisis, como por
ejemplo, “PowerPlex Fusion”.
6.
Seleccione la pestaña “Allele” (Alelo) (figura 13).
7.
Seleccione el archivo de texto de intervalos que se importó en la sección
6.A.
8.
Asegúrese de que la casilla “Use marker-specific stutter ratio and distance
if available” (Utilizar proporción de repeticiones de marcador específico y
distancia si está disponible) esté marcada.
9.
Recomendamos los valores mostrados en la figura 13 para un correcto
filtrado de los picos de las repeticiones cuando se utiliza el PowerPlex®
Fusion System. Es posible que deba optimizar estas configuraciones. Debe
realizarse una validación interna.
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11050TA
6.D. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ® ID-X,
Versión 1.2 (continuación)
Figura 13. La pestaña “Allele” (Alelo) del GeneMapper® ID-X.
10. Seleccione la pestaña “Peak Detector” (Detector de picos). La figura 14
muestra un ejemplo de las configuraciones utilizadas en Promega. Es
posible que deba optimizar estas configuraciones. Debe realizarse una
validación interna.
Notas:
1. Seleccione el rango completo o un rango parcial para el rango de
análisis. Cuando se utiliza un rango parcial, elija un rango de análisis
apropiado según sus datos. Elija un punto de inicio después del pico
de imprimación y antes del primer pico del estándar de carril interno
definido para ayudar a asegurar el tamaño correcto del estándar de
carril interno.
2. Los umbrales de amplitud del pico son las alturas del pico mínimas a
las que el software considerará pico. Los valores para los umbrales
de amplitud de pico son generalmente de 50–150 RFU para los datos
generados en el ABI PRISM® 3100 y el 3100-Avant Genetic Analyzers,
y el 3130 y 3130xl Genetic Analyzers de Applied Biosystems®. Para el
3500 y el 3500xL Genetic Analyzer de Applied Biosystems® Life
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11046TA
3.
Technologies sugiere un umbral de análisis de 175 RFU según sus
condiciones de inyección predeterminadas. Sin embargo, los
laboratorios individuales deben determinar los umbrales de amplitud
de pico según los estudios de validación interna. Las alturas de pico
para el CC5 ILS 500 son generalmente inferiores a las de los otros
tintes. Por lo tanto, el umbral del tinte naranja puede ser inferior al
de los otros tintes.
La casilla de normalización puede estar marcada independientemente
de si la normalización se aplicó o no durante la recolección de datos.
Figura 14. La pestaña “Peak Detector” (Detector de picos) del GeneMapper® ID-X.
11. Seleccione la pestaña “Peak Quality” (Calidad de picos). Puede cambiar
las configuraciones para la calidad de picos.
Nota: Para los pasos 11 y 12, consulte el manual de usuario de
GeneMapper® ID-X para obtener información.
12. Seleccione la pestaña “SQ & GQ Settings” (Configuraciones de SQ y GQ).
Puede cambiar estas configuraciones.
13. Seleccione “Save” (Guardar) para guardar el nuevo método de análisis.
14. Seleccione “Done” (Realizado) para salir del administrador de
GeneMappeer ID-X.
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6.D. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ® ID-X,
Versión 1.2 (continuación)
Cómo procesar los datos para las muestras de casos
1.
Seleccione “File” (Archivo), luego “New Project” (Nuevo proyecto).
2.
Seleccione “Edit” (Editar), luego “Add Samples to Project” (Agregar
muestras al proyecto).
3.
Busque la ubicación de los archivos de ejecución. Resalte los archivos
deseados, luego seleccione “Add to list” (Agregar a la lista) seguido por
“Add” (Agregar).
4.
En la columna “Sample Type” (Tipo de muestra), utilice el menú
desplegable para seleccionar “Allelic Ladder” (Escalera alélica), “Sample”
(Muestra), “Positive Control” (Control positivo) o “Negative Control”
(Control negativo) según sea lo apropiado para la muestra. Cada carpeta
en el proyecto debe contener al menos una inyección de escalera alélica
designada como “Allelic Ladder” (Escalera alélica) en la columna “Sample
Type” (Tipo de muestra) para la determinación del genotipo correcto.
Nota: El ADN de control positivo definido en el archivo del panel
GeneMapper® ID-X es el ADN de control 2800M. Redefina el genotipo en
el archivo del panel si utiliza un ADN de control positivo diferente.
5.
En la columna de “Analysis Method” (Método de análisis), seleccione el
método de análisis creado anteriormente.
6.
En la columna “Panel”, seleccione el archivo de texto de panel que se
importó en la sección 6.A.
7.
En la columna “Size Standard” (Estándar de tamaño), seleccione el
estándar de tamaño que se importó en la sección 6.B o se creó en la sección
6.C.
8.
Seleccione “Analyze” (Analizar, el botón de flecha verde) para comenzar
el análisis de datos.
Nota: De manera predeterminada, el software muestra las ventanas de
“Analysis Requirement Summary” (Resumen de requisitos de análisis),
“Allelic Ladder Analysis Summary” (Resumen de análisis de escalera
alélica) y “Analysis Summary” (Resumen de análisis) después de que el
software lleva a cabo una revisión de calidad. Asegúrese de que se cumplan
todos los requisitos a medida que aparezca cada ventana. Si no tiene la
ventana de resumen de requisitos de análisis activada, es posible que deba
hacer una resolución de problemas manual adicional.
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Si se cumplen todos los requisitos de análisis, se abrirá la ventana “Save
Project” (Guardar proyecto) (figura 15).
9430TA
9.
Figura 15. La ventana “Save Project” (Guardar proyecto).
10. Ingrese el nombre del proyecto.
11. Elija el grupo de seguridad correspondiente desde el menú desplegable,
luego seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: El tamaño de los alelos Penta E y DYS391 de bases ≥ 475 no utilizará el
Método local del sur. Para Penta E, los alelos >24 se etiquetarán como “OL”.
Cuando finalice el análisis, aparecerá la pantalla de resumen de análisis.
Recomendamos que revise cualquier barra de encabezamiento del marcador
amarilla o roja en la vista de gráficos y que la maneje de forma acorde a los
procedimientos operativos estándar del laboratorio. Navegue hacia la pestaña
“Genotype” (Genotipo) o la pestaña “Samples” (Muestras). Para ayudar a la
revisión de cualquier muestra de baja calidad, utilice las configuraciones
predeterminadas del gráfico de interpretación de datos y revise el contenido en
la tabla “Quality Value Details” (Detalles de valor de calidad).
Los valores mostrados en las pestañas “Peak Quality” (Calidad de picos) y “SQ
& GQ Settings” (Configuraciones de SQ & GQ) de “Analysis Method” (Método
de análisis) son predeterminados y afectarán los valores de calidad mostrados
en las configuraciones de gráficos. Recomendamos que modifique los valores en
estas pestañas para ajustarse a los protocolos de análisis de datos de su
laboratorio.
6.E. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper ® ID-X -X, Versión 1.2
Estas instrucciones tienen el propósito de servir como guía para comenzar a
analizar los datos en el software GeneMapper® ID-X. No están destinadas a ser
una guía exhaustiva para utilizar el software GeneMapper® ID-X.
Recomendamos que los usuarios se comuniquen con Applied Biosystems para
obtener capacitación sobre el software.
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper ID-X Manager”
(Administrador de GeneMapper ID-X).
2.
Seleccione la pestaña “Analysis Methods” (Métodos de análisis).
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6.E. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2 (continuación)
Seleccione “New” (Nuevo), y se abrirá un nuevo cuadro de diálogo de
método de análisis.
4.
En la ventana “Analysis Method Editor” (Editor de método de análisis),
seleccione “GeneMapper ID-X Security Group” como el grupo de
seguridad. Esto permite el acceso a todos los usuarios del software. Se
pueden utilizar otros grupos de seguridad.
5.
Ingrese un nombre descriptivo para el método de análisis, como por
ejemplo, “PowerPlex Fusion 20% Filter”.
6.
Seleccione la pestaña “Allele” (Alelo) (figura 16).
7.
Seleccione el archivo de texto de intervalos que se importó en la sección
6.A.
8.
Recomendamos los valores mostrados en la figura 16 para un correcto
filtrado de los picos de las repeticiones cuando se utiliza el PowerPlex®
Fusion System. Es posible que deba optimizar estas configuraciones. Debe
realizarse una validación interna.
11051TA
3.
Figura 16. La pestaña “Allele” (Alelo) del GeneMapper ® ID-X.
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Nota: Asegúrese de que el filtro de 20% apropiado se aplique en este
método de análisis ingresando “0,20” para el valor global límite para las
repeticiones de Tri, Tetra y Penta.
9.
Seleccione la pestaña “Peak Detector” (Detector de picos). La figura 14
muestra un ejemplo de las configuraciones utilizadas en Promega. Es posible
que deba optimizar estas configuraciones. Debe realizarse una validación
interna.
Notas:
1. Seleccione el rango completo o un rango parcial para el rango de
análisis. Cuando se utiliza un rango parcial, elija un rango de análisis
apropiado según sus datos. Elija un punto de inicio después del pico
de imprimación y antes del primer pico del estándar de carril interno
definido para ayudar a asegurar el tamaño correcto del estándar de
carril interno.
2. Los umbrales de amplitud del pico son las alturas del pico mínimas a
las que el software considerará pico. Los valores para los umbrales
de amplitud de pico son generalmente de 50–150 RFU en el ABI
PRISM® 3100 y el 3100-Avant Genetic Analyzers, así como el 3130 y
3130xl Genetic Analyzers de Applied Biosystems®. Para el 3500 y el
3500xL Genetic Analyzer de Applied Biosystems® Life Technologies
sugiere un umbral de análisis de 175 RFU según sus condiciones de
inyección predeterminadas. Sin embargo, los laboratorios
individuales deben determinar los umbrales de amplitud de pico
según los estudios de validación interna. Las alturas de pico para el
CC5 ILS 500 son generalmente inferiores a las de los otros tintes. Por
lo tanto, el umbral del tinte naranja puede ser inferior al de los otros
tintes.
3. La casilla de normalización puede estar marcada
independientemente de si la normalización se aplicó o no durante la
recolección de datos.
10. Seleccione la pestaña “Peak Quality” (Calidad de picos). Puede cambiar
las configuraciones para la calidad de picos.
Nota: Para los pasos 10 y 11, consulte el manual de usuario de
GeneMapper® ID-X para obtener información.
11. Seleccione la pestaña “SQ & GQ Settings” (Configuraciones de SQ y GQ).
Puede cambiar estas configuraciones.
12. Seleccione “Save” (Guardar) para guardar el nuevo método de análisis.
13. Seleccione “Done” (Realizado) para salir del administrador de
GeneMapper ID-X.
Cómo procesar datos para la base de datos o muestras de paternidad
1.
Seleccione “File” (Archivo), luego “New Project” (Nuevo proyecto).
2.
Seleccione “Edit” (Editar), luego “Add Samples to Project” (Agregar
muestras al proyecto).
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6.E. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper® ID-X, Versión 1.2 (continuación)
3.
Explore hasta la ubicación de los archivos de ejecución. Resalte los
archivos deseados, luego seleccione “Add to list” (Agregar a la lista)
seguido por “Add” (Agregar).
4.
En la columna “Sample Type” (Tipo de muestra), utilice el menú
desplegable para seleccionar “Allelic Ladder” (Escalera alélica), “Sample”
(Muestra), “Positive Control” (Control positivo) o “Negative Control”
(Control negativo) según sea lo apropiado para la muestra. Cada carpeta
en el proyecto debe contener al menos una inyección de escalera alélica
designada como “Allelic Ladder” (Escalera alélica) en la columna “Sample
Type” (Tipo de muestra) para la determinación del genotipo correcto.
Nota: El ADN de control positivo definido en el archivo del panel
GeneMapper® ID-X es el ADN de control 2800M. Redefina el genotipo en
el archivo del panel si utiliza un ADN de control positivo diferente.
En la columna de “Analysis Method” (Método de análisis), seleccione el
método de análisis creado anteriormente.
5.
En la columna “Panel”, seleccione el archivo de texto de panel que se
importó en la sección 6.A.
6.
En la columna “Size Standard” (Estándar de tamaño), seleccione el estándar
de tamaño que se importó en la sección 6.B o se creó en la sección 6.C.
7.
Seleccione “Analyze” (Analizar, el botón de flecha verde) para comenzar
el análisis de datos.
Nota: De manera predeterminada, el software muestra las ventanas de
“Analysis Requirement Summary” (Resumen de requisitos de análisis),
“Allelic Ladder Analysis Summary” (Resumen de análisis de escalera
alélica) y “Analysis Summary” (Resumen de análisis) después de que el
software lleva a cabo una revisión de calidad. Asegúrese de que se
cumplan todos los requisitos a medida que aparezca cada ventana. Si no
tiene la ventana de resumen de requisitos de análisis activada, es posible
que deba hacer una resolución de problemas manual adicional.
8.
Si se cumplen todos los requisitos de análisis, se abrirá la ventana “Save
Project” (Guardar proyecto) (figura 15).
9.
Ingrese el nombre del proyecto.
10. Elija el grupo de seguridad correspondiente desde el menú desplegable,
luego seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: El tamaño de los alelos Penta E y DYS391 de bases ≥ 475 no utilizará el
Método local del sur. Para Penta E, los alelos >24 se etiquetarán como “OL”.
Cuando finalice el análisis, aparecerá la pantalla de resumen de análisis.
Recomendamos que revise cualquier barra de encabezamiento del marcador
amarilla o roja en la vista de gráficos y que la maneje de forma acorde a los
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procedimientos operativos estándar del laboratorio. Navegue hacia la pestaña
“Genotype” (Genotipo) o la pestaña “Samples” (Muestras). Para ayudar a la
revisión de cualquier muestra de baja calidad, utilice las configuraciones
predeterminadas del gráfico de interpretación de datos y revise el contenido en
la tabla “Quality Value Details” (Detalles de valor de calidad).
Los valores mostrados en las pestañas “Peak Quality” (Calidad de picos) y “SQ
& GQ Settings” (Configuraciones de SQ & GQ) de “Analysis Method” (Método
de análisis) son predeterminados y afectarán los valores de calidad mostrados
en las configuraciones de gráficos. Recomendamos que modifique los valores en
estas pestañas para ajustarse a los protocolos de análisis de datos de su
laboratorio.
6.F. Cómo importar archivos de texto de paneles y bin de PowerPlex® Fusion con
software GeneMapper ® ID, Versión 3.2
Para facilitar el análisis de los datos generados con el PowerPlex® Fusion
System, hemos creados archivos de texto de paneles e intervalos para permitir
la asignación automática de los genotipos con el software GeneMapper® ID-X,
versión 3.2. Recomendamos que los usuarios del software GeneMapper ® ID,
versión 3.2, completen el tutorial de análisis de identificación humana del
software GeneMapper ® ID de Applied Biosystems para familiarizarse con el
funcionamiento correcto del software. Para el software GeneMapper® ID,
versión 3.1, recomendamos a los usuarios que actualicen a la versión 3.2.
Para realizar análisis con el software GeneMapper® ID, versión 3.2, necesitará
tener los archivos de texto de paneles e intervalos correctos: Los archivos
PowerPlex_Fusion_Panels_vX.x.txt y PowerPlex_Fusion_Bins_vX.x.txt, donde
“X.x” se refiere a la versión más reciente de los archivos de texto de paneles e
intervalos.
Inicio
1.
Para obtener los archivos de texto de paneles e intervalos para el
PowerPlex® Fusion System, visite:
www.promega.com/resources/tools/genemapper-id-software-panels-andbin-sets/
2.
Seleccione el PowerPlex® System que está usando, seleccione
“GeneMapper ID” así como el ADN de control que utiliza. Ingrese su
información de contacto, y seleccione “Submit” (Enviar).
3.
Guarde los archivos PowerPlex_Fusion_Panels_IDX_vX.x.txt y
PowerPlex_Fusion_Bins_IDX_vX.x.txt (donde “X.x” se refiere a la versión
más reciente de los archivos de texto de paneles e intervalos) en un lugar
conocido en su computadora.
Cómo importar archivos de texto de paneles e intervalos
Estas instrucciones siguen ligeramente el tutorial del software GeneMapper ® ID
de Applied Biosystems, páginas 1–4.
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Página 43
6.F. Cómo importar archivos de texto de paneles y bin de PowerPlex® Fusion con
software GeneMapper ® ID, Versión 3.2 (continuación)
1.
Abra el software GeneMapper ® ID, versión 3.2.
2.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “Panel Manager”
(Administrador de paneles).
3.
Resalte el icono “Panel Manager” (Administrador de paneles) en el panel
de navegación superior izquierdo.
4.
Seleccione “File” (Archivo), luego “Import Panels” (Importar paneles).
5.
Navegue hacia el archivo de texto de paneles importado en la sección
“Getting Started” (Inicio) mencionada anteriormente. Seleccione el
archivo, luego “Import” (Importar).
6.
En el panel de navegación, resalte la carpeta de paneles del PowerPlex
Fusion que importó en el paso 5.
7.
Seleccione “File” (Archivo), luego “Import Bin Set” (Importar conjunto de
intervalos).
8.
Navegue hacia el archivo de texto de intervalos importado en la sección
“Getting Started” (Inicio) mencionada anteriormente. Seleccione el
archivo, luego “Import” (Importar).
9.
Al final de la ventana del administrador de paneles, seleccione “OK”
(Aceptar). La ventana del administrador de paneles se cerrará
automáticamente.
6.G. Cómo importar el estándar de tamaño CC5 ILS 500 en el software
GeneMapper ® ID, Versión 3.2
Hay dos opciones cuando se crea un estándar de tamaño. Utilice este protocolo
o el protocolo alternativo en la sección 6.H.
El archivo CC5_ILS_500.xml está disponible para descargar en:
www.promega.com/resources/tools/genemapper-id-software-panels-and-binsets/
Guarde el archivo CC5_ILS_500.xml en un lugar conocido en su computadora.
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper Manager”
(Administrador de GeneMapper).
2.
Seleccione la pestaña “Size Standar” (Estándar de tamaño).
3.
Seleccione “Import” (Importar).
4.
Busque la ubicación del archivo CC5_ILS_500.xml.
5.
Seleccione el archivo, luego seleccione “Import” (Importar).
6.
Seleccione “Done” (Realizado) para guardar los cambios y cierre el
administrador de GeneMapper.
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6.H. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapper® ID-X,
Versión 3.2
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper Manager”
(Administrador de GeneMapper).
2.
Seleccione la pestaña “Size Standar” (Estándar de tamaño).
3.
Seleccione “New” (Nuevo).
4.
Seleccione “Basic o Advanced” (Básico o avanzado) (figura 17). El tipo de
método de análisis seleccionado debe coincidir con el tipo de método de
análisis creado anteriormente. Seleccione “OK” (Aceptar).
5725TA
1.
Figura 17. Ventana “Select Dye and Analysis Method” (Seleccionar tinte y método de
análisis).
5.
Ingrese un nombre detallado, como por ejemplo “CC5 ILS 60 a 500”, en el
“Size Standard Editor” (Editor de estándar de tamaño) (Figura 18).
6.
Elija “Orange” (Naranja) para el “Size Standard Dye” (Tinte de estándar
de tamaño).
7.
Ingrese los tamaños de los fragmentos de estándar de carril interno (bases
de 60, 65, 80, 100, 120, 140, 160, 180, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375,
400, 425, 450, 475 y 500 ). Consulte la sección 9.C, figura 24.
8.
Seleccione “OK” (Aceptar).
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8199TA
6.H. Cómo crear un estándar de tamaño con el software GeneMapper® ID-X,
Versión 3.2
Figura 18. El “Size Standard Editor” (Editor de estándar de tamaño).
6.I. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ®
ID-X, Versión 3.2
Estas instrucciones siguen ligeramente el tutorial del software GeneMapper ® ID
de Applied Biosystems, páginas 5–11.
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper Manager”
(Administrador de GeneMapper).
2.
Seleccione la pestaña “Analysis Methods” (Métodos de análisis).
3.
Seleccione “New” (Nuevo), y se abrirá un nuevo cuadro de diálogo de
método de análisis.
4.
Seleccione “HID”, y seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: Si no visualiza la opción HID, usted no tiene el software
GeneMapper ® ID. Comuníquese con Applied Biosystems.
5.
Ingrese un nombre descriptivo para el método de análisis, como por
ejemplo, “PowerPlex Fusion”.
6.
Seleccione la pestaña “Allele” (Alelo) (figura 19).
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9/12
7.
Seleccione el archivo de texto de intervalos que se importó en la sección 6.F.
8.
Asegúrese de que la casilla “Use marker-specific stutter ratio if available”
(Utilizar proporción de repeticiones de marcador específico, si está
disponible) esté marcada.
9.
Ingrese los valores mostrados en la figura 19 para un correcto filtrado de
los picos de las repeticiones cuando se utiliza el PowerPlex® Fusion
System. Para obtener una explicación del uso correcto y los efectos de
estas configuraciones, consulte el boletín del usuario de Applied
Biosystems denominado “Procedimientos de instalación y nuevas
características para el software GeneMapper ID 3.2”.
11052TA
Nota: Algunas configuraciones se optimizaron y son diferentes de las
configuraciones recomendadas en el boletín del usuario.
Figura 19. La pestaña “Alelle” (Alelo) del GeneMapper® ID.
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Nro. de pieza: TMD039
Página 47
6.I. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ®
ID-X, Versión 3.2
10. Seleccione la pestaña “Peak Detector” (Detector de picos). Recomendamos
las configuraciones mostradas en la figura 20.
Notas:
Seleccione el rango completo o un rango parcial para el rango de
análisis. Cuando se utiliza un rango parcial, elija un rango de análisis
apropiado según sus datos. Elija un punto de inicio después del pico
de imprimación y antes del primer pico del estándar de carril interno
definido para ayudar a asegurar el tamaño correcto del estándar de
carril interno.
2.
Los umbrales de amplitud del pico son las alturas del pico mínimas a
las que el software considerará pico. Los valores para los umbrales
de amplitud de pico son generalmente de 50–150 RFU y deben ser
determinados por los laboratorios individuales. Las alturas de pico
para el CC5 ILS 500 son generalmente inferiores a las de los otros
tintes. Por lo tanto, el umbral del tinte naranja puede ser inferior al
de los otros tintes.
11047TA
1.
Figura 20. La pestaña “Peak Detector” (Detector de picos) del GeneMapper® ID.
11. Seleccione la pestaña “Peak Quality” (Calidad de picos). Puede cambiar las
configuraciones para la calidad de picos.
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Nota: Para los pasos 11 y 12, consulte el manual de usuario de
GeneMapper® ID para obtener información.
12. Seleccione la pestaña “Quality Flags” (Indicadores de calidad). Puede
cambiar estas configuraciones.
13. Seleccione “OK” (Aceptar) para guardar sus configuraciones.
6.I. Cómo crear un método de análisis de casos con el software GeneMapper ®
ID-X, Versión 3.2 (continuación)
Cómo procesar los datos para las muestras de casos
1.
Seleccione “File” (Archivo), luego “New Project” (Nuevo proyecto).
2.
Seleccione “Edit” (Editar), luego “Add Samples to Project” (Agregar
muestras al proyecto).
3.
Busque la ubicación de los archivos de ejecución. Resalte los archivos
deseados, luego seleccione “Add to list” (Agregar a la lista) seguido por
“Add” (Agregar).
4.
En la columna “Sample Type” (Tipo de muestra), utilice el menú
desplegable para seleccionar “Ladder” (Escalera), “Sample” (Muestra),
“Positive Control” (Control positivo) o “Negative Control” (Control
negativo) según sea lo apropiado para la muestra. Cada carpeta en el
proyecto debe contener al menos una inyección de escalera alélica
designada como “Ladder” (Escalera) en la columna “Sample Type” (Tipo
de muestra) para la determinación del genotipo correcto.
Nota: El ADN de control positivo definido en el archivo del panel
GeneMapper® ID es el ADN de control 2800M. Redefina el genotipo en el
archivo del panel si utiliza un ADN de control positivo diferente.
5.
En la columna “Analysis Method” (Método de análisis), seleccione el
método de análisis creado anteriormente en esta sección.
6.
En la columna “Panel”, seleccione el archivo de texto de paneles que se
importó en la Sección 6.F.
7.
En la columna “Size Standard” (Estándar de tamaño), seleccione el
estándar de tamaño que se importó en la Sección 6.G o se creó en la
Sección 6.H.
8.
Seleccione “Analyze” (Analizar, el botón de flecha verde) para comenzar
el análisis de datos.
Nota: El tamaño de los alelos Penta E y DYS391 de bases ≥ 475 no utilizará el
Método local del sur. Para Penta E, los alelos >24 se etiquetarán como “OL”.
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Página 49
6.J. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper ® ID, Versión 3.2
1.
Seleccione “Tools” (Herramientas), luego “GeneMapper Manager”
(Administrador de GeneMapper).
2.
Seleccione la pestaña “Analysis Methods” (Métodos de análisis).
3.
Seleccione “New” (Nuevo), y se abrirá un nuevo cuadro de diálogo de
método de análisis.
4.
Seleccione “HID”, y seleccione “OK” (Aceptar).
Nota: Si no visualiza la opción HID, usted no tiene el software
GeneMapper® ID. Comuníquese con Applied Biosystems.
5.
Ingrese un nombre descriptivo para el método de análisis, como por
ejemplo, “PowerPlex_Fusion_20%filter”.
6.
Seleccione la pestaña “Allele” (Alelo) (figura 21).
7.
Seleccione el archivo de texto de intervalos que se importó en la
sección 6.F.
8.
Asegúrese de que la casilla “Use marker-specific stutter ratio if available”
(Utilizar proporción de repeticiones de marcador específico, si está
disponible) esté marcada.
9.
Ingrese los valores mostrados en la figura 21 para un correcto filtrado de
los picos cuando se utiliza el PowerPlex® Fusion System. Para obtener una
explicación del uso correcto y los efectos de estas configuraciones, consulte
el boletín del usuario de Applied Biosystems denominado “Procedimientos
de instalación y nuevas características para el software GeneMapper ID 3,2”.
Nota: Asegúrese de que el filtro de 20% apropiado se aplique en este
método de análisis ingresando “0,20” para el valor global límite para las
repeticiones de Tri, Tetra y Penta.
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Figura 21. La pestaña “Allele” (Alelo) del GeneMapper® ID con las
configuraciones para utilizar un filtro de picos del 20%.
10. Seleccione la pestaña “Peak Detector” (Detector de picos). Recomendamos
las configuraciones mostradas en la figura 20.
Notas:
1. Seleccione el rango completo o un rango parcial para el rango de
análisis. Cuando se utiliza un rango parcial, elija un rango de análisis
apropiado según sus datos. Elija un punto de inicio después del pico
de imprimación y antes del primer pico del estándar de carril interno
definido para ayudar a asegurar el tamaño correcto del estándar de
carril interno.
2. Los umbrales de amplitud del pico son las alturas del pico mínimas a
las que el software considerará pico. Los valores para los umbrales
de amplitud de pico son generalmente de 50–150 RFU y deben ser
determinados por los laboratorios individuales. Las alturas de pico
para el CC5 ILS 500 son generalmente inferiores a las de los otros
tintes. Por lo tanto, el umbral del tinte naranja puede ser inferior al
de los otros tintes.
11. Seleccione la pestaña “Peak Quality” (Calidad de picos). Puede cambiar las
configuraciones para la calidad de picos.
Nota: Para los pasos 11 y 12, consulte el manual de usuario de
GeneMapper® ID para obtener información.
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6.J. Cómo crear una base de datos o método de análisis de paternidad con el
software GeneMapper ® ID, Versión 3.2 (continuación)
12. Seleccione la pestaña “Quality Flags” (Indicadores de calidad). Puede
cambiar estas configuraciones.
13. Seleccione “OK” (Aceptar) para guardar sus configuraciones.
Cómo procesar datos para la base de datos o muestras de paternidad
1.
Seleccione “File” (Archivo), luego “New Project” (Nuevo proyecto).
2.
Seleccione “Edit” (Editar), luego “Add Samples to Project” (Agregar
muestras al proyecto).
3.
Busque la ubicación de los archivos de ejecución. Resalte los archivos
deseados, luego seleccione “Add to list” (Agregar a la lista) seguido por
“Add” (Agregar).
4.
En la columna “Sample Type” (Tipo de muestra), utilice el menú
desplegable para seleccionar “Ladder” (Escalera), “Sample” (Muestra),
“Positive Control” (Control positivo) o “Negative Control” (Control
negativo) según sea lo apropiado para la muestra. Cada carpeta en el
proyecto debe contener al menos una inyección de escalera alélica
designada como “Ladder” (Escalera) en la columna “Sample Type” (Tipo
de muestra) para la determinación del genotipo correcto.
Nota: El ADN de control positivo definido en el archivo del panel
GeneMapper® ID es el ADN de control 2800M. Redefina el genotipo en el
archivo del panel si utiliza un ADN de control positivo diferente.
5.
En la columna “Analysis Method” (Método de análisis), seleccione el
método de análisis creado anteriormente en esta sección.
6.
En la columna “Panel”, seleccione el archivo de texto de paneles que se
importó en la Sección 6.F.
7.
En la columna “Size Standard” (Estándar de tamaño), seleccione el
estándar de tamaño que se importó en la Sección 6.G o se creó en la
Sección 6.H.
8.
Seleccione “Analyze” (Analizar) (botón de flecha verde) para comenzar el
análisis de datos.
Nota: El tamaño de los alelos Penta E y DYS391 de bases ≥ 475 no utilizará el
Método local del sur. Para Penta E, los alelos >24 se etiquetarán como “OL”.
6.K. Controles
1.
Observe los resultados para el control negativo. Con los protocolos
definidos en este manual, el control negativo debe quedar exento de
productos de amplificación.
2.
Observe los resultados para el ADN de control 2800M. Compare los
tamaños de repetición alélica del ADN de 2800M con la escalera alélica
específica del locus. Las designaciones alélicas del ADN de 2800M
esperadas para cada locus están enumeradas en la tabla 6 (sección 9.A).
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6.L. Resultados
Los resultados representativos del PowerPlex® Fusion System aparecen en la
figura 22. La mezcla para escalera alélica PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix
se muestra en la figura 23.
Artefactos y repeticiones
Los productos de las repeticiones son un artefacto de amplificación común
asociado con el análisis de las STR. Los productos de las repeticiones a menudo
presentan una unidad de repetición por debajo del pico verdadero del alelo y,
ocasionalmente, dos unidades de repetición más pequeñas o una unidad de
repetición más grande que el pico verdadero del alelo. Frecuentemente, los
alelos con un mayor número de unidades de repetición exhibirán una repetición
de porcentaje más elevado. Un locus repetido tirinucleótido, como el D22S1045,
tendrá una repetición más pronunciada tanto en la posición n–3 como en la n+3
de lo que tiene un locus repetido tetranucleótido típico. El patrón y la
intensidad de las repeticiones pueden diferir levemente entre los conjuntos de
imprimación para los mismos locus.
En cada locus, el promedio más tres desviaciones estándar es la medida
utilizada tanto en el archivo de texto de paneles del PowerPlex® Fusion para el
filtrado específico del locus en el software GeneMapper® ID, versión 3.2 como
en el archivo de texto de repeticiones PowerPlex® Fusion para el filtrado
específico del locus en el software GeneMapper® ID-X.
Además de los picos de las repeticiones, se pueden observar otros picos de
artefactos en algunos lugares del PowerPlex® Fusion System. Se pueden ver
productos de nivel bajo en las posiciones n-2 y n+2 con algunos locus, como por
ejemplo D1S1656, D13S317, D18S51, D21S11, D7S820, D5S818, D12S391 y
D19S433. A veces aparecen picos N-1 en la amelogenina y en D2S441. A veces
aparecen picos N-3 en D12S391. Se pueden ver picos de distorsión en el canal
de fluoresceína en bases de 64–65; en el canal JOE en bases de 70 ; en el canal
TMR en bases de 65–67; y en el canal CXR en bases de 58–65.
El PowerPlex® Fusion System está optimizado para usarse con polímero
POP-4™. Este sistema no se desarrolló para usarse con el polímero POP-7; si se
usa con el polímero POP-7™, se requiere optimización y validación interna. No
se han notado algunos artefactos independientes de ADN específicos para el
PowerPlex® Fusion System con polímero POP-7™. Los filtros globales
utilizados para análisis de base de datos filtrarán generalmente estos picos de
artefactos. Los picos de artefactos pueden verse en el canal de fluoresceína en
bases de 74–76, bases de 85–87 y bases de 99–101. En el canal JOE, a los
artefactos se les puede ver en bases de 88–90. La fuerza de la señal del artefacto
de canal JOE aumenta con el almacenamiento de la placa de amplificación a
4 °C, más comúnmente cuando se dejan las placas a 4 ºC durante algunos días.
Recomendamos almacenar los productos de amplificación a -20 ºC.
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Figura 22. El PowerPlex® Fusion System. Una plantilla de ADN de una única fuente (0,5 ng) se amplificó al utilizar el PowerPlex® Fusion System y 30 ciclos. Los
productos de amplificación se mezclaron con el CC5 Internal Lane Standard 500 y se analizaron con un Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer utilizando una
inyección de 3 kV de 5 segundos. Los resultados se analizaron utilizando el software GeneMapper ® ID, versión 3.2. Panel A. Un electroferograma que muestra los picos
de los locus etiquetados por fluoresceína: Amelogenina, D3S1358, D1S1656, D2S441, D10S1248, D13S317 y Penta E. Panel B. Un electroferograma que muestra los picos de
los locus etiquetados por JOE: D16S539, D18S51, D2S1338, CSF1PO y Penta D. Panel C. Un electroferograma que muestra los picos de los locus etiquetados por TMR-ET:
TH01, vWA, D21S11, D7S820, D5S818, TPOX y DYS391. Panel D. Un electroferograma que muestra los picos de los locus etiquetados por CXR-ET: D8S1179, D12S391,
D19S433, FGA y D22S1045. Panel E. Un electroferograma que muestra fragmentos entre 60 bp y 500 bp del CC5 Internal Lane Standard 500.
E.
D.
C.
B.
A.
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Figura 23. La mezcla PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix. La PowerPlex® Fusion Allelic Ladder Mix se analizó con un Applied Biosystems® 3130 Genetic Analyzer utilizando una
inyección de 3 kV de 3 segundos. El archivo de la muestra se analizó con el software GeneMapper ® ID, versión 3.2, y los archivos de texto de paneles e intervalos del PowerPlex®
Fusion. Panel A. Los componentes de la escalera alélica etiquetados por fluoresceína y sus designaciones alélicas. Panel B. Los componentes de la escalera alélica etiquetados por JOE y
sus designaciones alélicas. Panel C. Los componentes de la escalera alélica etiquetados por TMR-ET y sus designaciones alélicas. Panel D. Los componentes de la escalera alélica
etiquetados por CXR-ET y sus designaciones alélicas.
11048TA
7.
Resolución de problemas
Si tiene preguntas que no se hayan resuelto aquí, comuníquese con su oficina local de Promega o con
su distribuidor. La información de contacto está disponible en: www.promega.com. Correo
electrónico: [email protected]
7.A. Amplificación y detección de fragmentos
Esta sección proporciona información sobre la amplificación y la detección generales. Si tiene
preguntas sobre amplificación de ADN extraído, consulte la Sección 7.B. Para obtener información
sobre la amplificación directa, consulte las Secciones 7.C y 7.D.
Síntomas
Picos de alelos débiles o ausentes
Picos adicionales visibles en un
todos los canales de color
Causas y comentarios
La mezcla PowerPlex® Fusion 5X Master Mix no se agitó bien
antes de utilizarla. Agite la mezcla 5X Master Mix durante
15 segundos antes de distribuirla en la mezcla de amplificación
de la PCR.
Se formó una burbuja de aire en el fondo del tubo de
reacción. Utilice una pipeta para retirar la burbuja de aire,
o centrifugue brevemente las reacciones antes del ciclo
térmico.
Problemas del termociclador, placa o tubo. Revise el protocolo
del termociclador en la sección 4. No hemos evaluado otros
tubos de reacción, placas ni termocicladores. Calibre el
calentador del termociclador, si es necesario.
La concentración de la imprimación fue demasiado baja.
Utilice la concentración de la imprimación recomendada.
Agite la mezcla PowerPlex® Fusion 5X Primer Pair Mix
durante 15 segundos antes de utilizarla.
Inyección de electroforesis capilar insuficiente (los picos CC5
ILS 500 también se vieron afectados). Reinyecte la muestra.
Verifique el sistema de bombeo de la jeringa para comprobar
si hay fugas. Verifique la potencia del láser.
Las muestras no se desnaturalizaron por completo.
Desnaturalice las muestras por calor para el tiempo
recomendado, luego enfríe sobre hielo picado o en un baño de
hielo de inmediato antes de la electroforesis capilar. No enfríe
las muestras en un termociclador configurado a 4 °C, ya que
puede conducir a artefactos debidos a la recocción del ADN.
Se utilizó formamida de mala calidad. Utilice sólo formamida
Hi-Di™ cuando analice muestras.
Contaminación con ADN de otra plantilla o previamente o
ADN amplificado. La contaminación cruzada puede ser un
problema. Utilice puntas para pipetas resistentes al aerosol, y
cámbiese los guantes con frecuencia.
Las muestras no se desnaturalizaron por completo.
Desnaturalice las muestras por calor para el tiempo
recomendado, y enfríe sobre hielo picado o en un baño de
hielo de inmediato antes de cargar el capilar.
El ADN de doble cadena migra más rápido que el
ADN de una cadena durante la electroforesis capilar. La
aparición de picos “sombra” que migran por delante de los
picos principales, especialmente si los picos sombra están
separados por la misma distancia que los picos principales en
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Síntomas
Picos adicionales visibles en un
o todos los canales de color
(continuación)
Causas y comentarios
los heterocigotas, puede indicar la presencia de ADN de
doble cadena debido a una desnaturalización incompleta o
recocción posterior a la inyección.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación de STR
puede dar como resultado artefactos que aparecen como picos
de una base más pequeña que el alelo debido a la
incorporación incompleta en el residuo de 3´ A. Asegúrese de
realizar un paso de extensión (10 minutos para las muestras
de ADN purificado) a 60 ºC después del ciclo térmico
(sección 4).
Artefactos relacionados con CE (“puntas”). Los cambios
menores de voltaje o los cristales de urea que pasan por el
láser pueden provocar “puntas” o picos inesperados. Las
puntas a veces aparecen en un color, pero a menudo son
identificadas fácilmente por su presencia en más de un color.
Reinyecte las muestras para confirmar.
El espectral G5 incorrecto estuvo activo. Vuelva a ejecutar las
muestras, y confirme que el espectral G5 de 5 tintes
PowerPlex® esté configurado para G5. Consulte las
instrucciones sobre la preparación del instrumento en la
sección 5.
Levante o sangrado. El levante puede ocurrir cuando las
alturas de los picos son demasiado altas o si una matriz
insuficiente o incorrecta se aplica a las muestras.
• Realice una nueva calibración espectral y vuelva a ejecutar
las muestras.
• Las sensibilidades del instrumento pueden variar. Optimice
las condiciones de inyección. Consulte la sección 5.
Artefactos relacionados con CE (contaminantes). Los
contaminantes en el agua utilizada con el instrumento o para
diluir el buffer 10X del analizador genético pueden generar
picos en el canal de fluoresceína y el canal JOE. Utilice agua
desionizada en autoclave, cambie los viales y lave el
reservorio del buffer.
Repita la preparación de la muestra utilizando formamida
nueva. El almacenamiento a largo plazo de la muestra
amplificada en formamida puede provocar su degradación.
El polímero CE excedió su fecha de vencimiento o el polímero
estuvo almacenado a una temperatura ambiente durante más
de una semana.
Realice un mantenimiento diario o semanal de los
instrumentos como lo recomienda el fabricante.
Artefactos relacionados con POP-7™. Este sistema no se
desarrolló para usarse con el polímero POP-7; si se usa con el
polímero POP-7™, se requiere optimización y validación
interna. El uso del polímero CE POP-7™ puede cambiar la
migración y ubicación por tamaño de los artefactos en
comparación con las ubicaciones de POP-4™. A un artefacto
se le puede ver con el polímero POP-7™ en 88–90bp en el
canal JOE y en 74–76, 85–87 o 99–101bp en el canal de
fluoresceína.
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7.A. Amplificación y detección de fragmentos (continuación)
Síntomas
No funciona la escalera alélica
Falta de equilibrio de la
altura de picos
Causas y comentarios
La escalera alélica y la mezcla de par de imprimación no eran
compatibles. Compruebe la misma que las muestras
que la escalera alélica proviene del mismo kit que la
mezcla de par de imprimación.
Formamida de mala calidad. Utilice sólo formamida Hi-Di™
cuando analice muestras.
Asegúrese de que la escalera alélica y las muestras provienen
de la misma ejecución del instrumento.
La migración de las muestras cambió levemente durante el
curso de una ejecución de CE con varias muestras. Esto puede
deberse a los cambios en la temperatura o en la columna de
CE con el tiempo. Utilice una inyección diferente de escalera
alélica para determinar los tamaños.
Inyección insuficiente de escalera alélica. Incluya más de una
escalera por ejecución del instrumento.
El estándar de tamaño interno no se asignó correctamente.
Evalúe los rótulos de tamaño en el CC5 ILS 500 y corrija, de
ser necesario.
El volumen de la reacción fue demasiado bajo. Este sistema
está optimizado para un volumen final de reacción de 25 μl
con el fin de superar los inhibidores presentes en las muestras
de ADN. La disminución del volumen de la reacción puede
dar como resultado un rendimiento de calidad inferior.
Problemas de equilibrio varios. Descongele las mezclas 5X
Primer Pair Mix y 5X Master Mix por completo, y agite
durante 15 segundos antes de usar. Tenga en cuenta que la 5X
Master Mix tardará más en descongelarse que la 5X Primer
Pair Mix. No centrifugue la 5X Primer Pair Mix ni la 5X
Master Mix después de mezclar. Calibre los termocicladores y
las pipetas de la manera habitual.
La mezcla de amplificación de la PCR preparada en la
sección 4 no se mezcló bien. Agite la mezcla de amplificación
de la PCR durante 5–10 segundos antes de distribuirla en los
tubos o en la placa de reacción.
7.B. Amplificación de ADN extraído
La siguiente información es específica para la amplificación de ADN extraído. Para obtener
información sobre la amplificación y la detección generales, consulte la sección 7.A.
Síntomas
Picos de alelos débiles o ausentes
Causas y comentarios
Plantilla de ADN impuro. Debido a la pequeña cantidad de
plantilla utilizada, esto es rara vez un problema. Según el
procedimiento de extracción de ADN utilizado y la fuente de
la muestra, podrían aparecer inhibidores en la muestra de
ADN.
Plantilla insuficiente. Utilice la cantidad recomendada de
plantilla de ADN, si está disponible.
Alta concentración de sal o pH alterado. Si la plantilla de ADN
está almacenada en un buffer TE que no tiene pH 8,0 o contiene
una concentración de EDTA más alta, el volumen de ADN no
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Síntomas
Picos adicionales visibles en un
o todos los canales de colores
Falta de equilibrio de la
altura de picos
Causas y comentarios
debe superar el 20% del volumen total de la reacción. El
arrastre de K+, Na+, Mg2+ o EDTA de la muestra de ADN
puede afectar negativamente a la PCR. Un cambio en el pH
también puede afectar a la PCR. Almacene el ADN en un
buffer TE–4 (10 mM Tris-HCl [pH 8,0], 0,1 mM EDTA) o buffer
TE–4 con 20 µg/ml de glucógeno.
El volumen de la reacción fue demasiado bajo. Este sistema se
optimizó para un volumen final de reacción de 25 µl. La
disminución del volumen de la reacción puede dar como
resultado un rendimiento de calidad inferior.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación de
cantidades excesivas de ADN purificado puede dar como
resultado un número más alto de picos de artefacto. Utilice la
cantidad recomendada de plantilla de ADN. Consulte la
sección 6.L para obtener información adicional sobre
repeticiones y artefactos.
Cantidad excesiva de ADN. La amplificación de >0,5 ng de
plantilla puede dar como resultado una falta de equilibrio, con
locus más pequeños que muestran más producto que los locus
más grandes. Disminuya el número de ciclos.
Muestra de ADN degradado. La plantilla de ADN se
degradó, y locus más grandes mostraron una producción
disminuida.
Plantilla de ADN insuficiente. Utilice la cantidad
recomendada de plantilla de ADN, si está disponible. Puede
haber efectos estocásticos cuando se amplifican cantidades
bajas de plantilla.
Plantilla de ADN impuro. Los inhibidores que pueden estar
presentes en las muestras forenses pueden provocar que el
alelo se retire o no tenga equilibrio.
7.C. Amplificación directa de ADN de los perforadores de tarjetas de almacenamiento
La siguiente información es específica para la amplificación directa del ADN de las tarjetas
perforadas de almacenamiento. Para obtener información adicional sobre la amplificación y la
detección generales, consulte la sección 7.A.
Síntomas
Picos de alelos débiles o ausentes
Causas y comentarios
El volumen de la reacción fue demasiado bajo. Este sistema
está optimizado para un volumen final de reacción de 25 µl
con el fin de superar los inhibidores presentes en las tarjetas
FTA® y las muestras de ADN. La disminución del volumen
de la reacción puede dar como resultado un rendimiento de
calidad inferior.
Transferencia de muestra insuficiente a la tarjeta de
almacenamiento o muestra variable de la tarjeta de
almacenamiento. Tome las perforaciones de una parte
diferente de la tarjeta. Aumentar el número de ciclos puede
mejorar las alturas de los picos bajos.
El ADN no era accesible o material no lítico. Materiales no
FTA previamente tratados con PunchSolution™ Reagent para
garantizar que se libre el ADN de las proteínas celulares.
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7.C. Amplificación directa de ADN de las tarjetas perforadas de almacenamiento
(continuación)
Síntomas
Causas y comentarios
Demasiada muestra en la reacción. Utilice una o dos
perforaciones de tarjetas de almacenamiento de 1,2 mm. Siga
las recomendaciones del fabricante cuando deposite la
muestra en la tarjeta de almacenamiento. Con las tarjetas
FTA®, reducir los volúmenes de la reacción por debajo de
25 µl puede provocar una falla en la amplificación.
El control positivo no amplificó. No incluya una perforación
de almacenamiento en blanco en las reacciones de control
positivo. La presencia de perforaciones en blanco puede
inhibir la amplificación del ADN de control 2800M.
Picos adicionales visibles en un
La perforación puede estar contaminada. Tome las
o todos los canales de color
perforaciones de un papel en blanco entre muestras.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación directa
de >20 ng de la plantilla puede dar como resultado un
número más alto de picos de artefacto. Utilice el tamaño y el
número de perforación recomendados. Consulte la sección 6.L
para obtener información adicional sobre repeticiones y
artefactos.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación de STR
puede dar como resultado artefactos que aparecen como picos
de una base más pequeña que el alelo debido a la
incorporación incompleta en el residuo de 3´ A.
• Asegúrese de realizar un paso de extensión de 20 minutos a
60 ºC después del ciclo térmico (sección 4.B).
• Disminuya el número de ciclos.
• Aumente el tiempo de extensión final.
Falta de equilibrio de altura de picos Cantidad excesiva de ADN. La amplificación de >20 ng de la
plantilla puede dar como resultado una falta de equilibrio, con
locus más pequeños que muestran más producto que los locus
más grandes.
• Utilice una o dos perforaciones de 1,2 mm de una tarjeta de
almacenamiento que contenga una muestra bucal o una
perforación de una tarjeta de almacenamiento de 1,2 mm
que contenga sangre entera. Siga las recomendaciones del
fabricante cuando deposite la muestra en la tarjeta de
almacenamiento.
• Disminuya el número de ciclos.
El volumen de la reacción fue demasiado bajo. Este sistema
está optimizado para un volumen final de reacción de 25 μl
con el fin de superar los inhibidores presentes en las tarjetas
FTA® y el PunchSolution™ Reagent. La disminución del
volumen de la reacción puede dar como resultado un
rendimiento de calidad inferior.
La amplificación se inhibió cuando se utilizó más de una
perforación de tarjeta de almacenamiento con sangre. Utilice
sólo una perforación de 1,2 mm de tarjeta de almacenamiento
con sangre.
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Síntomas
Falta de equilibrio de la altura
picos (continuación)
Causas y comentarios
El ADN no era accesible o material no lítico. Los locus de
pequeños pueden amplificarse preferencialmente y descartar
los locus grandes. Materiales no FTA previamente tratados
con PunchSolution™ Reagent para garantizar que se libre el
ADN de las proteínas celulares.
7.D Amplificación directa de ADN de los hisopos
La siguiente información es específica para la amplificación directa de ADN de los hisopos después
del pretratamiento con el SwabSolution™ Kit. Para obtener información adicional sobre la
amplificación y la detección generales, consulte la sección 7.A.
Síntomas
Picos de alelos débiles o ausentes
y recolección de las células
Picos débiles o ausentes para
la reacción de control positivo
Causas y comentarios
Acumulación insuficiente de la muestra. El desprendimiento
fue variable. Aumente el número de ciclos del donante.
SwabSolution™ Reagent inactivo. Descongele el
SwabSolution™ Reagent por completo en baño María a 37 °C
y mezcle al invertirlo suavemente. Almacene el
SwabSolution™ Reagent a 2–10 °C. No almacene los reactivos
en la puerta del refrigerador, en donde puede fluctuar la
temperatura. No vuelva a refrigerar; evite varios ciclos de
congelamiento-descongelamiento, ya que esto puede reducir
la actividad.
SwabSolution™ Reagent activo arrastrado hacia la reacción
de amplificación. Asegúrese de que el calentador esté
calentando a 70 °C (90 °C si se usa una placa profunda para
pocillo cuadrado de 2,2 ml) y que las muestras se hayan
incubado durante el periodo total de 30 minutos. La
incubación durante periodos más cortos puede derivar en
inactivación incompleta del reactivo. No use una incubadora
colocada a 70 °C para incubar tubos o placas; la transferencia
de calor es ineficiente y ocasionará mal desempeño. Use
únicamente un calentador para mantener una transferencia de
calor eficaz. Hemos sometido a pruebas los tiempos de
incubación de 60 minutos y no observamos diferencia alguna
en el desempeño en comparación con una incubación de
30 minutos.
El ADN no era accesible o material no lítico. Materiales no
FTA previamente tratados con SwabSolution™ Reagent para
garantizar que se libre el ADN de las proteínas celulares.
Si falla en amplificarse la reacción de control positivo, revise
para asegurarse de que se haya agregado la cantidad correcta
de ADN de control 2800M a la reacción. Debido a los
números de ciclo menores utilizados con extractos de hisopos,
es necesario aumentar la masa de ADN de control 2800M
para obtener un perfil. Recomendamos 10 ng de ADN de
control 2800M por reacción de amplificación de 25 μl. Esta
masa de ADN debe reducirse si el número de ciclos utilizados
se aumenta y se debe disminuir si el número de ciclos
aumenta. Aumente o disminuya al doble la masa de ADN de
control de 2800M para cada disminución o incremento de un
ciclo, respectivamente.
Almacenamiento inadecuado del ADN de control 2800M.
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7.D Amplificación directa de ADN de los hisopos (continuación)
Síntomas
Picos adicionales visibles en uno o
todos los canales de color
Falta de equilibrio de la
altura de picos
Causas y comentarios
El extracto del hisopo estaba contaminado. Reúna una
reacción que contenga el extracto de hisopo preparado a
partir de un hisopo vacío o reúna una reacción en donde el
SwabSolution™ Reagent se procese e incube como vacío sin
hisopo.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación de
extractos de hisopo con altas concentraciones de ADN puede
causar picos de artefactos debido a exceso de amplificación, lo
que derivaría en saturación de la señal en el instrumento CE.
Utilice 2 µl del extracto del hisopo recomendado por cada
reacción de 25 µl. El uso de más de 2 µl en una reacción de
25 µl o el uso de 2 µl con un volumen de reacción menor
puede derivar en exceso de amplificación y saturación de la
señal. Si se satura la señal, repita la amplificación con menos
extracto de hispo o un número menor de ciclos.
Artefactos de amplificación de STR. La amplificación de STR
puede dar como resultado artefactos que aparecen como picos
de una base más pequeña que el alelo debido a la
incorporación incompleta en el residuo de 3´ A.
• Asegúrese de realizar el paso de extensión de 20 minutos a
60 ºC después del ciclo térmico (sección 4.C).
• Utilice 2 µl del extracto del hisopo en una reacción de 25 µl
del PowerPlex® Fusion. Un volumen mayor de extracto del
hisopo puede contener más de la cantidad recomendada de
plantilla de ADN, lo que da como resultado una
adenilación incompleta.
• Disminuya el número de ciclos.
• Aumente el tiempo de extensión final.
El exceso de ADN en la reacción de amplificación puede
derivar en una falta tal de equilibrio de locus a locus dentro de
un canal de tinte, que las alturas de picos en los locus más
pequeños sean mayores que las de los locus más grandes
(efecto de pendiente de esquí). Use menos extracto de hisopo
o reduzca el número de ciclos.
SwabSolution™ Reagent activo arrastrado desde los extractos
de hisopo hacia la reacción de amplificación. Los locus más
grandes son los más susceptibles al arrastre del reactivo y se
dejarán fuera antes que los locus más pequeños. Asegúrese de
que el calentador esté calentando a 70 °C (90 °C si se usan
placas profunda para pocillo cuadrado de 2,2 ml) y que las
muestras se hayan incubado durante el periodo total de 30
minutos. La incubación durante periodos más cortos puede
derivar en inactivación incompleta del reactivo. No use una
incubadora colocada a 70 °C para incubar tubos o placas. La
transferencia de calor es ineficiente y derivará en un mal
desempeño. Use únicamente un calentador para mantener
una transferencia de calor eficaz.
SwabSolution™ Reagent inactivo. Descongele el
SwabSolution™ Reagent por completo en baño María a 37 °C
y mezcle al invertirlo suavemente. Almacene el
SwabSolution™ Reagent a 2–10 °C. No almacene los reactivos
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Síntomas
Causas y comentarios
en la puerta del refrigerador, en donde puede fluctuar la
temperatura. No vuelva a refrigerar; evite varios ciclos de
congelamiento-descongelamiento, ya que esto puede reducir
la actividad.
El ADN no era accesible o material no lítico. Los locus
pequeños pueden amplificarse preferencialmente y descartar
los locus grandes. Materiales no FTA previamente tratados
con PunchSolution™ Reagent para garantizar que se libre el
ADN de las proteínas celulares.
7.E. Software GeneMapper® ID-X
Síntomas
Los picos de las repeticiones
no se filtraron
Causas y comentarios
El archivo de texto de repeticiones no se importó en el
administrador de paneles cuando se importaron los archivos
de texto de paneles e intervalos.
Asegúrese de que la casilla “Use marker-specific stutter ratio
and distance if available” (Utilizar proporción de repeticiones
de marcador específico y distancia si está disponible) esté
marcada.
La distancia de las repeticiones no se definió en la pestaña
“Allele” (Alelo) de “Analysis Method” (Método de análisis).
Las muestras en el proyecto
La ventana “Analysis Requirement Summary” (Resumen de
no se analizaron
requisitos de análisis) no estaba activada, y no se cumplió con
un requisito de análisis. Active esa opción en el menú
“Options” (Opciones), y corrija los requisitos de análisis
necesarios para continuar el análisis.
Las ediciones en el visor de la edición Para visualizar las ediciones realizadas a un proyecto,
de etiquetas no se pueden
primero se debe guardar. Cierre la ventana de
visualizar el proyecto.
visualización de gráficos, regrese a la página principal de
GeneMapper® ID-X y guarde el proyecto. Muestre la ventana
de gráficos de nuevo, luego visualice la tabla de edición de
etiquetas.
La barra de encabezamiento del
Cuando se realiza una edición a un locus, los indicadores de
marcador para algunos lugares
calidad y la barra de encabezamiento del marcador
son grises.
cambian automáticamente al color gris. Para cambiar el GQ
y la barra de encabezamiento del marcador de un locus al
color verde, anule el GQ en la ventana de gráficos.
Alelos no definidos
Para analizar las muestras con el software GeneMapper®
ID-X, se debe definir al menos una escalera alélica.
Se definió un número insuficiente de fragmentos CC5 ILS 500.
Asegúrese de definir al menos dos fragmentos CC5 ILS 500
más pequeños que el menor pico de muestra y al menos dos
fragmentos CC5 ILS 500 más grandes que el mayor pico de
muestra. En estas circunstancias, la escalera alélica debe haber
fallado en la instancia de verificación de calidad.
La ejecución fue demasiado breve, y los picos más grandes en
el estándar de carril interno no se capturaron. No todos los
picos CC5 ILS 500 definidos en el estándar de tamaño se
detectaron durante la ejecución.
• Cree un nuevo estándar de tamaño utilizando los
fragmentos del estándar de carril interno presentes en la
muestra.
• Vuelva a ejecutar las muestras utilizando un tiempo de
ejecución más prolongado.
Se utilizó una escalera alélica de mala calidad durante el
análisis. Asegúrese de que sólo se utilicen escaleras alélicas de
alta calidad para el análisis.
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7.E. Software GeneMapper® ID-X (continuación)
Síntomas
Alelos fuera de la escalera
Causas y comentarios
Se utilizó una escalera alélica de una ejecución diferente a las
muestras. Vuelva a analizar las muestras con una escalera
alélica de la misma ejecución.
El software GeneMapper® ID-X requiere que la escalera
alélica se importe de la misma carpeta donde se encuentra la
muestra. Asegúrese de que la escalera alélica esté en la misma
carpeta donde se encuentra la muestra. Cree un nuevo
proyecto y vuelva a analizar, como se describe en la
sección 6.D o 6.E.
El archivo de texto de paneles seleccionado para el análisis no
fue correcto para el sistema de STR utilizado. Asigne el
archivo de texto de paneles correcto que corresponde al
sistema de STR utilizado para la amplificación.
La escalera alélica no se identificó como una escalera alélica
en la columna de tipo de muestra.
El estándar de carril interno no se identificó correctamente en
la muestra. Vuelva a definir manualmente los tamaños de los
fragmentos de estándar de tamaño en la muestra.
Se utilizó una escalera alélica de mala calidad durante el
análisis. Asegúrese de que sólo se utilicen escaleras alélicas de
alta calidad para el análisis.
Se utilizó una escalera alélica de una ejecución diferente a las
muestras. Vuelva a analizar las muestras con una escalera
alélica de la misma ejecución.
El estándar de tamaño
El punto de partida de los datos no fue correcto para el rango
no se denominó
parcial elegido correctamente en la Sección 6.E. Ajuste el
punto de partida de los datos en el método de análisis.
Alternativamente, utilice un rango completo para el análisis.
Picos adicionales en el estándar de tamaño. Abra el “Size
Match Editor” (Editor de coincidencia de tamaño). Resalte el
pico adicional, seleccione “Edit” (Editar) y “delete size label”
(Eliminar la etiqueta de tamaño). Seleccione “auto adjust
sizes” (tamaños de ajuste automático).
La ejecución fue demasiado breve, y los picos más grandes en
el estándar de carril interno no se capturaron. No todos los
picos CC5 ILS 500 definidos en el estándar de tamaño se
detectaron durante la ejecución.
• Cree un nuevo estándar de tamaño utilizando los
fragmentos del estándar de carril interno presentes en la
muestra.
• Vuelva a ejecutar las muestras utilizando un tiempo de
ejecución más prolongado.
Faltan picos en el estándar de tamaño Si los picos están por debajo del umbral, disminuya el umbral
de amplitud de picos en el método de análisis para el canal de
color naranja, con el fin de incluir los picos.
Si los picos son de mala calidad, vuelva a definir el estándar
de tamaño para la muestra para saltarse estos picos.
Estado basal significativamente
Calibración espectral insuficiente. Realice una nueva
elevado
calibración espectral, y vuelva a ejecutar las muestras.
El espectral G5 incorrecto estuvo activo. Vuelva a ejecutar las
muestras, y confirme que el espectral G5 de 5 tintes
PowerPlex® esté configurado para G5. Consulte las
instrucciones sobre la preparación del instrumento en la
sección 5.
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7.F. Software GeneMapper® ID
Síntomas
Alelos no definidos
Alelos fuera de la escalera
Causas y comentarios
Para analizar las muestras con el software GeneMapper ® ID,
tanto los parámetros del análisis como el estándar de tamaño
deben tener seleccionado el tipo de análisis “Basic or
Advanced” (Básico o avanzado). Si son diferentes, se puede
obtener un error.
Para analizar las muestras con el software GeneMapper ® ID,
se debe definir al menos una escalera alélica.
Se definió un número insuficiente de fragmentos CC5 ILS 500.
Asegúrese de definir al menos dos fragmentos CC5 ILS 500
más pequeño que el menor pico de muestra y al menos dos
fragmentos CC5 ILS 500 más grande que el mayor pico de
muestra.
La ejecución fue demasiado breve, y los picos más grandes en
el estándar de carril interno no se capturaron. No todos los
picos CC5 ILS 500 definidos en el estándar de tamaño se
detectaron durante la ejecución.
• Cree un nuevo estándar de tamaño utilizando los
fragmentos del estándar de carril interno presentes en la
muestra.
• Vuelva a ejecutar las muestras utilizando un tiempo
de ejecución más prolongado.
Se utilizó una escalera alélica de mala calidad durante el
análisis. Asegúrese de que sólo se utilicen escaleras alélicas de
alta calidad para el análisis.
Se utilizó una escalera alélica de una ejecución diferente a las
muestras. Vuelva a analizar las muestras con una escalera
alélica de la misma ejecución.
El software GeneMapper ® ID requiere que la escalera alélica
se importe de la misma carpeta donde se encuentra la
muestra. Asegúrese de que la escalera alélica esté en la misma
carpeta donde se encuentra la muestra. Cree un nuevo
proyecto y vuelva a analizar como se describe en la sección 6.I
o 6.J.
El archivo de texto de paneles seleccionado para el análisis no
fue correcto para el sistema de STR utilizado. Asigne el
archivo de texto de paneles correcto que corresponde al
sistema de STR utilizado para la amplificación.
La escalera alélica no se identificó como una escalera alélica
en la columna de tipo de muestra.
Se eligió el tipo de análisis incorrecto para el método de
análisis. Asegúrese de utilizar el tipo de análisis HID.
El estándar de carril interno no se identificó correctamente en
la muestra. Vuelva a definir manualmente los tamaños de los
fragmentos de estándar de tamaño en la muestra.
Se utilizó una escalera alélica de mala calidad durante el
análisis. Asegúrese de que sólo se utilicen escaleras alélicas de
alta calidad para el análisis.
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7.F. Software GeneMapper® ID (continuación)
Síntomas
El estándar de tamaño
no se denominó
Causas y comentarios
El punto de partida de los datos no fue correcto para el rango
parcial elegido correctamente en la Sección 6.I. Ajuste el
punto de partida de los datos en el método de análisis.
Alternativamente, utilice un rango completo para el análisis.
Picos adicionales en el estándar de tamaño en modo
avanzado. Abra el “Size Match Editor” (Editor de coincidencia
de tamaño). Resalte el pico adicional, seleccione “Edit” (Editar)
y “delete size label” (Eliminar la etiqueta de tamaño).
Seleccione “auto adjust sizes” (tamaños de ajuste automático).
La ejecución fue demasiado breve, y los picos más grandes en
el estándar de carril interno no se capturaron. No todos los
picos CC5 ILS 500 definidos en el estándar de tamaño se
detectaron durante la ejecución.
• Cree un nuevo estándar de tamaño utilizando los
fragmentos del estándar de carril interno presentes en la
muestra.
• Vuelva a ejecutar las muestras utilizando un tiempo de
ejecución más prolongado.
Faltan picos en el estándar de tamaño Si los picos están por debajo del umbral, disminuya el umbral
de amplitud de picos en el método de análisis para el canal de
color naranja, con el fin de incluir los picos.
Si los picos son de mala calidad, vuelva a definir el estándar
de tamaño para la muestra para saltarse estos picos.
Mensaje de error:
El estándar de tamaño y el método de análisis no estaban en
“Either panel, size standard
el mismo modo (“Classic” vs. “Basic o Advanced” (Clásico
or analysis method is invalid”
versus Básico o avanzado). Asegúrese de que ambos archivos
(El panel, el estándar de tamaño
estén configurados en el mismo modo, ya sea en el modo
o el método de análisis es inválido)
clásico, básico o avanzado.
No se definieron alelos,
El archivo de texto de paneles no se seleccionó para la
pero no apareció ningún
muestra. En la columna Panel mensaje de error (Panel),
seleccione el archivo de texto de paneles apropiado para el
sistema de STR que se utilizó.
No se seleccionó ningún estándar de tamaño. En la columna
“Size Standard” (Estándar de tamaño), asegúrese de
seleccionar el estándar de tamaño apropiado.
El estándar de tamaño no se definió correctamente o faltan los
picos de mayor tamaño. Vuelva a definir el estándar de
tamaño para incluir solo los picos presentes en su muestra.
Finalizar antes el análisis o utilizar tiempos breves de
ejecución hará que falten los picos de escalera mayores. Esto
causará una calidad de tamaño que se indicará con el color
“rojo”, y no se definirá ningún tamaño de alelo.
Mensaje de error:
Se eliminó el archivo de texto de intervalos asignado al
método de análisis.
En el GeneMapper Manager, seleccione la pestaña “Analysis
“Both the Bin Set used in the
Methods” (Métodos de análisis), y abra el método de análisis
Analysis Method and the Panel
de interés. Seleccione la pestaña Allele (Alelo),
must belong to the same
y seleccione un archivo de texto de intervalos apropiado.
Chemistry Kit” (Tanto el conjunto de
intervalos utilizado en el método de
análisis como el panel deben
pertenecer al mismo kit de química).
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Síntomas
Causas y comentarios
Se eligió el archivo de texto de intervalos incorrecto en la
pestaña “Allele” (Alelo) del método de análisis. Asegúrese de
elegir el archivo de texto de intervalos apropiado, como se
muestra en la figura 19.
Estado basal significativamente
Calibración espectral insuficiente. Realice una nueva
elevado
calibración espectral, y vuelva a ejecutar las muestras.
Utilice el método de análisis en el modo clásico. Utilizar el
análisis en el modo clásico en las muestras puede dar como
resultado estados basales con más ruido que aquellos
analizados con el método de análisis en el modo básico o
avanzado . Se recomiendan los métodos de análisis y los
estándares de tamaño del modo avanzado.
El espectral G5 incorrecto estuvo activo. Vuelva a ejecutar las
muestras, y confirme que el espectral G5 de 5 tintes
PowerPlex® esté configurado para G5. Consulte las
instrucciones sobre la preparación del instrumento en la
sección 5.
Mensaje de error después de intentar Hubo un conflicto entre los diferentes conjuntos de
importar los archivos de texto
paneles e intervalos para importar los archivos de texto de
“Unable to save panel data:
paneles e intervalos: archivos de texto. Verifique para
java.SQLEException:
asegurarse de que los archivos de intervalos se instalaron
ORA-00001: restricción única
correctamente. Si no fue así, elimine todos los archivos de
(IFA.CKP_NNN) violada”.
texto de paneles e intervalos, y vuelva a importar los archivos
en orden diferente.
Picos de la escalera alélica
configuraciones de análisis
No se utilizó el software GeneMapper ® ID, o se utilizaron las
de microsatélites en lugar de las configuraciones de análisis
HID. El software GeneMapper ® no utiliza los mismos
algoritmos que el software GeneMapper ® ID y no puede
corregir las diferencias de tamaño utilizando la escalera
alélica. Promega recomienda utilizar el software
GeneMapper ® ID para analizar las reacciones del PowerPlex®.
Si utiliza el software GeneMapper ® ID, versión 3.2, asegúrese
de que el método de análisis seleccionado sea un método
HID. Esto puede verificarse abriendo el método de análisis
con el administrador de GeneMapper, y seleccionando luego
la pestaña “General”. El tipo de análisis no se puede cambiar.
Si el método no es HID, se debe eliminar y se debe crear un
nuevo método de análisis.
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Apéndice
9.A. Ventajas de utilizar los locus en el PowerPlex® Fusion System
Una sola reacción del PowerPlex® Fusion System amplifica todos los locus
básicos requeridos para las bases de datos de CODIS EE. UU. y europeas
(Tablas 4 ay 5). La tabla 6 enumera los alelos del PowerPlex® Fusion System
revelados en las plantillas de ADN estándar habitualmente disponibles.
Además, el locus DYS391 específicos para sexo masculino se incluye para
identificar los resultados nulos de Y para amelogenina.
Hemos seleccionado cuidadosamente las imprimaciones para evitar o
minimizar los artefactos, que incluyen aquellos asociados con las polimerasas
de ADN, como por ejemplo la disminución repetida y la incorporación de
nucleótidos terminales (14,15). La disminución repetida, a veces denominada
“bandas n-4”, “repeticiones” o “bandas sombra”, se debe a la pérdida de una
unidad de repetición durante la amplificación de ADN, variación somática
dentro del ADN, o ambos. La cantidad de este artefacto observado depende
principalmente del locus y de la secuencia de ADN que se amplificará.
La incorporación de nucleótidos terminales (16,17) ocurre cuando una polimerasa
termoestable no comparable de ADN agrega un nucleótido, generalmente
adenina, a los extremos de 3´ de fragmentos de ADN amplificados de manera
independiente de la plantilla. La eficiencia con lo que esto ocurre varía con
diferentes secuencias de imprimación. De esta manera, se observa a veces un
pico de artefacto de una base más corta que lo esperado (por ej., falta la
incorporación terminal). Hemos modificado las secuencias de imprimación y
agregado un paso de extensión final a 60 ºC (18) a los protocolos de
amplificación para proporcionar condiciones para completar esencialmente la
incorporación de nucleótidos terminales cuando se utilizan las cantidades de
plantilla de ADN recomendadas.
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9.A. Ventajas de utilizar los locus en el PowerPlex® Fusion System (continuación)
Tabla 4. Información específica del locus del PowerPlex® Fusion System.
Locus de las STR
Amelogenina3
D3S1358
D1S1656
D2S441
D10S1248
D13S317
Penta E
D16S539
D18S51
D2S1338
CSF1PO
Penta D
TH01
vWA
D21S11
D7S820
D5S818
TPOX
DYS391
D8S1179
D12S391
D19S433
FGA
D22S1045
Etiqueta
Fluoresceína
Fluoresceína
Fluoresceína
Fluoresceína
Fluoresceína
Fluoresceína
Fluoresceína
JOE
JOE
JOE
JOE
JOE
TMR-ET
TMR-ET
TMR-ET
TMR-ET
TMR-ET
TMR-ET
TMR-ET
CXR-ET
CXR-ET
CXR-ET
CXR-ET
CXR-ET
Ubicación
cromosómica1
Xp22.1–22.3 e Y
3p21.31 (45,557 Mb)
1q42 (228,972 Mb)
2p14 (68,214 Mb)
10q26.3 (130,567 Mb)
13q31.1 (81,62 Mb)
15q26.2 (95,175 Mb)
16q24.1 (84,944 Mb)
18q21.33 (59,1 Mb)
2q35 (218,705 Mb)
5q33.1 (149,436 Mb)
21q22.3 (43,88 Mb)
11p15.5 (2,149 Mb)
12p13.31 (5,963Mb)
21q21.1 (19,476 Mb)
7q21.11 (83,433 Mb)
5q23.2 (123,139 Mb)
2p25.3 (1,472 Mb)
Y
8q24.13 (125,976 Mb)
12p12 (12,341 Mb)
19q12 (35,109 Mb)
4q28 (155,866 Mb)
22q12.3 (35,779 Mb)
Secuencia repetida2
5´→ 3´
NA
Complejo TCTA
Complejo TAGA
TCTA
GGAA
TATC
AAAGA
GATA
AGAA (19)
TGCC/TTCC
AGAT
AAAGA
AATG (19)
Complejo TCTA (19)
Complejo TCTA (19)
GATA
AGAT
AATG
TCTA
Complejo TCTA (19)
Complejo AGAT/AGAC
Complejo AAGG
Complejo TTTC (19)
ATT
1La
información sobre la ubicación cromosómica de estos locus se puede encontrar en las referencias 20, 21
y 22, y en: www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/chrom.htm
2El
informe de agosto de 1997 (23,24) de la Comisión de ADN de la Sociedad Internacional de
Hemogenética Forense (ISFH) afirma: “1) para los locus de STR dentro de los genes que codifican, se
utilizará la cadena que codifica y el motivo de la secuencia de repetición definida con el primer nucleótido
de 5´ posible de un motivo de repetición; y 2) para los locus de STR no asociadas con un gen que codifica,
se utilizará la primera entrada de la base de datos o la descripción de la literatura original”.
3La
amelogenina no es una STR, pero muestra una banda específica X de bases de 89 y una banda
específica Y de bases de 95.
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9.A. Ventajas de utilizar los locus en el PowerPlex® Fusion System (continuación)
Tabla 5. Información sobre la escalera alélica del PowerPlex® Fusion System.
Rango de tamaño de los
componentes de la
Números repetidos de los componentes de
escalera alélica1.2 (bases)
la escalera alélica3
Locus de las
STR
Etiqueta
Amelogenina4
Fluoresceína
89, 95
D3S1358
Fluoresceína
103–147
9–20
D1S1656
Fluoresceína
161–208
9–14, 14.3, 15, 15.3, 16, 16.3, 17, 17.3,
18, 18.3, 19, 19.3, 20.3
D2S441
Fluoresceína
214–250
8–17
D10S1248
Fluoresceína
256–280
8–19
D13S317
Fluoresceína
302–350
5–17
Penta E
Fluoresceína
371–466
5–24
D16S539
JOE
84–132
4–16
D18S51
JOE
134–214
7–10, 10.2, 11–13, 13.2, 14–27
X, Y
D2S1338
JOE
224–296
10, 12, 14–28
CSF1PO
JOE
318–362
5–16
Penta D
JOE
377–450
2.2, 3.2, 5–17
TH01
TMR-ET
72–115
3–9, 9.3, 10–11, 13.3
vWA
TMR-ET
127–183
10–24
D21S11
TMR-ET
203–259
24, 24.2, 25, 25.2, 26–28, 28.2, 29, 29.2,
30, 30.2, 31, 31.2, 32, 32.2, 33, 33.2, 34,
34.2, 35, 35.2, 36–38
D7S820
TMR-ET
269–313
5–16
D5S818
TMR-ET
321–369
6–18
TPOX
TMR-ET
393–441
4–16
DYS391
TMR-ET
442–486
5–14, 16
D8S1179
CXR-ET
76–124
7–19
D12S391
CXR-ET
133–185
14–17, 17.3, 18, 18.3, 19–27
D19S433
CXR-ET
193–245
5.2, 6.2, 8–12, 12.2, 13, 13.2, 14, 14.2, 15,
15.2, 16, 16.2, 17, 17.2, 18, 18.2
FGA
CXR-ET
265–411
14–18, 18.2, 19, 19.2, 20, 20.2, 21, 21.2, 22,
22.2, 23, 23.2, 24, 24.2, 25, 25.2, 26–30, 31.2, 32.2,
33.2, 42.2, 43.2, 44.2, 45.2, 46.2, 48.2, 50.2
D22S1045
CXR-ET
425–464
7–20
1La
longitud de cada alelo en la escalera alélica ha sido confirmada por el análisis de secuencias.
2Cuando
se utiliza un estándar de carril interno, como por ejemplo el CC5 Internal Lane Standard 500, los
tamaños estimados de los componentes de la escalera alélica pueden diferir de aquellos que se enumeran.
Esto ocurre porque las diferentes secuencias en la escalera alélica y los componentes del estándar de carril
interno pueden provocar diferencias en la migración. La etiqueta de tinte y el enlazador también afectan la
migración de los alelos.
3Para
obtener una lista actual de microvariantes, consulte el Informe de alelos variantes publicado en el sitio
web del Instituto Nacional de Normas y Tecnología (NIST) de Estados Unidos en:
www.cstl.nist.gov/div831/strbase/
4La
amelogenina no es una STR, pero muestra una banda específica X de bases de 89 y una banda específica
Y de bases de 95.
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9.A. Ventajas de utilizar los locus en el PowerPlex® Fusion System (continuación)
Tabla 6. Las determinaciones de alelos del PowerPlex® Fusion System en las plantillas de ADN
estándar habitualmente disponibles.
Plantillas de ADN estándar1
Locus de las STR
2800 M
9947A
9948
Amelogenina
D3S1358
D1S1656
D2S441
D10S1248
D13S317
Penta E
D16S539
D18S51
D2S1338
CSF1PO
Penta D
TH01
vWA
D21S11
D7S820
D5S818
TPOX
DYS391
D8S1179
D12S391
D19S433
FGA
D22S1045
X, Y
17, 18
12, 13
10, 14
13, 15
9, 11
7, 14
9, 13
16, 18
22, 25
12, 12
12, 13
6, 9.3
16, 19
29, 31.2
8, 11
12, 12
11, 11
10
14, 15
18, 23
13, 14
20, 23
16, 16
X, X
14, 15
18.3, 18.3
10, 14
13, 15
11, 11
12, 13
11, 12
15, 19
19, 23
10, 12
12, 12
8, 9.3
17, 18
30, 30
10, 11
11, 11
8, 8
–
13, 13
18, 20
14, 15
23, 24
11, 14
X, Y
15, 17
14, 17
11, 12
12, 15
11, 11
11, 11
11, 11
15, 18
23, 23
10, 11
8, 12
6, 9.3
17, 17
29, 30
11, 11
11, 13
8, 9
10
12, 13
18, 24
13, 14
24, 26
16, 18
1La
información sobre las cadenas 9947A y 9948 está disponible en línea en:
http://ccr.coriell.org/Sections/Search/Sample_Detail.aspx?Ref=GM09947 and
http://ccr.coriell.org/Sections/Search/Sample_Detail.aspx?Ref=GM09948
La información sobre el uso del ADN 9947A y 9948 como plantillas de ADN estándar se puede
encontrar en la referencia 25.
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9.B. Métodos de extracción y cuantificación de ADN, y apoyo de automatización
Promega ofrece una amplia variedad de reactivos y métodos automatizados
para la preparación de muestras, purificación de ADN y cuantificación de ADN
antes de la amplificación de las STR.
Para análisis de bases de datos, referencia y otras muestras de una sola fuente,
recomendamos la amplificación directa de perforaciones FTA® o el
procesamiento preliminar de hisopos y perforaciones no FTA con el
SwabSolution™ Kit o el PunchSolution™ Kit. El SwabSolution™ Kit (Cat.#
DC8271) contiene reactivos para la rápida preparación de ADN de hisopos
bucales antes de la amplificación. El procedimiento lisa las células contenidas
en el extremo del hisopo y se libera en un solución suficiente de ADN para la
amplificación de las STR. Una pequeña cantidad de extracto final de hisopo se
agrega a la reacción del PowerPlex®. El kit PunchSolution™ es idóneo para
procesar perforaciones a partir de tarjetas de almacenamiento no FTA que
contienen muestras de sangre o bucales antes de la amplificación directa.
Para trabajar en casos o muestras que requieren purificación de ADN,
recomendamos El DNA IQ™ System (N.º de Cat. DC6700), que es un sistema
de aislamiento de ADN diseñado específicamente para muestras forenses (26).
Este sistema utiliza partículas paramagnéticas para preparar muestras limpias
con el fin de analizar fácil y eficientemente las STR, y se puede utilizar para
extraer ADN de manchas o muestras líquidas, como por ejemplo sangre o
soluciones. El DNA IQ™ Resin elimina los inhibidores y los contaminantes de
la PCR que se encuentran frecuentemente en las muestras de casos. Con
muestras ricas en ADN, el DNA IQ™ System ofrece una cantidad homogénea
de ADN total. El sistema se ha utilizado para aislar el ADN de los tipos de
muestras de rutina, que incluyen hisopos bucales, manchas en papel FTA® y
sangre líquida. Adicionalmente, el ADN se ha aislado de muestras de casos,
como por ejemplo tejidos, muestras de agresión sexual separadas de manera
diferenciada y manchas en materiales de apoyo. El DNA IQ™ System ha sido
evaluado con los PowerPlex® Systems para garantizar un proceso más eficiente.
Para aplicaciones que requieren cuantificación de ADN específicamente
humano, se desarrolló el sistema Plexor® HY System (N.º de Cat. DC1000) (27).
Este método basado en qPCR proporciona cuantificación total de ADN
específicamente humano y masculino en una reacción. Adicionalmente, el
Plexor® HY System proporciona un análisis de fusión posterior a la
amplificación para confirmar los resultados positivos y el control de PCR
interno (IPC) para confirmar los resultados negativos. La información adicional
de pedido está disponible en la sección 9.E.
Para obtener información sobre la automatización de los métodos químicos en
las estaciones de trabajo automatizadas utilizando soluciones Identity
Automation™, comuníquese con su oficina local de Promega o con su
distribuidor (la información de contacto está disponible en:
www.promega.com/support/worldwide-contacts/), correo electrónico:
[email protected] o visite: www.promega.com/idautomation/
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9.C. El CC5 Internal Lane Standard 500
El estándar de carril interno CC5 Internal Lane Standard 500 contiene 21
fragmentos de ADN de bases de 60, 65, 80, 100, 120, 140, 160, 180, 200, 225, 250,
275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475 y 500 de largo (Figura 24). Cada
fragmento se etiqueta con un tinte CC5 y se puede detectar por separado (como
un quinto color) en presencia del material amplificado del PowerPlex® Fusion.
El CC5 ILS 500 está diseñado para utilizar en cada inyección de CE para
aumentar la precisión en los análisis cuando se utiliza el PowerPlex® Fusion
System. Los protocolos para preparar y utilizar este estándar de carril interno se
proporcionan en la sección 5.
8248TA
Nota: El tamaño de los alelos Penta E y DYS391 de bases ≥ 475 no utilizará el
Método local del sur. Para Penta E, los alelos >24 se etiquetarán como “OL”.
Figura 24. El CC5 Internal Lane Standard 500. Un electroferograma que muestra los fragmentos del
CC5 Internal Lane Standard 500.
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9.D. Composición de buffers y soluciones
Buffer TE-4 (10 mM Tris-HCl,
0,1 mM EDTA [pH 8,0])
1,21 g
0,037 g
Base Tris
EDTA
(Na2EDTA • 2H2O)
Disuelva la base Tris y el EDTA en
900 ml de agua desionizada. Ajuste
hasta un pH de 8,0 con HCl. Lleve el
volumen final hasta 1 litro con agua
desionizada.
Buffer TE-4 con 20 µg/ml de
glucógeno
1,21 g
0,037 g
20 µg/ml
Base Tris
EDTA
(Na2EDTA • 2H2O)
glucógeno
Disuelva la base Tris y el EDTA en
900 ml de agua desionizada. Ajuste
hasta un pH de 8,0 con HCl.
Agregue glucógeno. Lleve el
volumen final hasta 1 litro con agua
desionizada.
9.E. Productos relacionados
Sistemas de STR
Producto
PowerPlex® Y23 System
Tamaño
50 reactivos
200 reactivos
200 reactivos
4 × 200 reacciones
200 reactivos
800 reactivos
100 reactivos
400 reactivos
100 reactivos
400 reactivos
100 reactivos
400 reactivos
100 reactivos
400 reactivos
100 reactivos
400 reactivos
100 reactivos
Nro. de Cat.
DC2305
DC2320
DC8902
DC8942
DC1802
DC1808
DC6711
DC6710
DC6721
DC6720
DC6771
DC6770
DC7781
DC7780
DC2101
DC2100
X6613
Producto
Tamaño
®
PowerPlex 5-Dye Matrix Standards, 3100/3130* 25 µl (cada tinte)
PunchSolution™ Kit*
100 preparaciones
SwabSolution™ Kit*
100 preparaciones
CC5 Internal Lane Standard 500
300 µl
Nro. de Cat.
DG4700
DC9271
DC8271
DG1521
PowerPlex® 21 System
PowerPlex® 18D System
PowerPlex® ESX 16 System
PowerPlex® ESX 17 System
PowerPlex® ESI 16 System
PowerPlex® ESI 17 Pro System
PowerPlex® 16 HS System
PowerPlex® CS7 System, Custom
No debe ser utilizado para diagnóstico médico.
Componentes accesorios
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9.E. Productos relacionados (continuación)
Componentes accesorios
Producto
Tamaño
PowerPlex® 5-Dye Matrix Standards, 3100/3130* 25 µl (cada tinte)
PunchSolution™ Kit*
100 preparaciones
SwabSolution™ Kit*
100 preparaciones
CC5 Internal Lane Standard 500
300 µl
ADN de control 2800M (10 ng/µl)*
25 µl
ADN de control 2800M (0,25 ng/µl)*
500 µl
Agua, grado de amplificación
6250 µl (5 × 1250 µl)
Nro. de Cat.
DG4700
DC9271
DC8271
DG1521
DD7101
DD7251
DW0991
*No debe ser utilizado para diagnóstico médico.
Preparación de muestras y sistemas de cuantificación de ADN
Producto
Sistema DNA IQ™ System
Tamaño
100 reactivos
400 reactivos
800 reactivos
200 reactivos
Plexor® HY System*
Nro. de Cat.
DC6701
DC6700
DC1000
DC1001
*No debe ser utilizado para diagnóstico médico.
Puntas resistentes al aerosol ART®
Producto
Nro. de Cat.
ART® 10 Ultramicro Pipet Tip
ART® 20E Ultramicro Pipet Tip
ART® 20P Pipet Tip
ART® GEL Gel Loading Pipet Tip
ART® 100 Pipet Tip
ART® 100E Pipet Tip
ART® 200 Pipet Tip
ART® 1000E Pipet Tip
VolumenTamaño (puntas/paquetes)
0,5–10 µl
0,5–10 µl
20 µl
100 µl
100 µl
100 µl
200 µl
1000 µl
960
960
960
960
960
960
960
800
DY1051
DY1061
DY1071
DY1081
DY1101
DY1111
DY1121
DY1131
(a)Patente estadounidense N.° 6 242 235, patente australiana N.° 761757, patente canadiense N.° 2 335 153,
patente china N.° ZL99808861.7, patente de Hong Kong N.° HK 1040262, patente japonesa
N.° 3673175, patente europea N.° 1088060 y otras patentes más que se encuentran pendientes.
(b)Patente
estadounidense N.° 5 843 660, 6 479 235, 6 221 598 y 7 008 771, patente australiana N.° 724531,
patente canadiense N.° 2 118 048 y 2 251 793, patente coreana N.° 290332, patente de Singapur
N.° 57050, patente japonesa N.° 3602142 and 4034293, patente china N.° ZL99813729,4 y ZL97194967,0,
patente europea N.° 0960207 y otras patentes más que se encuentran pendientes.
(c)Patente
estadounidense N.° 6 238 863, patente europea N.° 1058727, patente china N.° ZL99802696.4,
patente japonesa N.° 4494630 y otras patentes más que se encuentran pendientes.
(d)Los
locus de las STR están sujetos a la patente estadounidense N.° RE 37.984, patente alemana
N.° DE 38 34 636 C2 y otras patentes que se emitieron a Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der
Wissenschaften, e.V., Alemania.
(e)Autorizado
por la patente estadounidense N.° 5 338 671 y 5 587 287 y las patentes correspondientes en
otros países. Únicamente para su uso en investigación. No debe ser utilizado en procedimientos de
diagnóstico.
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(f)Las secuencias alélicas para uno o más de los locus vWA, FGA, D8S1179, D21S11 y las mezclas de
escalera alélica D18S51 están autorizadas por la patente estadounidense N.° 7 087 380, 7 645 580, la
patente australiana N.° 2003200444 y los reclamos de patentes correspondientes fuera de Estados
Unidos.
(g)Los
tintes TMR-ET, CXR-ET y CC5 son marcas patentadas.
(h)Este
producto o partes de él se fabrican y venden con autorización de GE Healthcare según la
patente australiana N.° 692230, la patente austríaca N.° E236994, la patente belga
N.° 0743987, la patente canadiense N.° 2231475, la patente europea N.° 0743987 y 0851867, la patente
francesa N.° 0743987 y 0851867, la patente alemana N.° 19581489, 69530286.8 y 0851867, la patente
italiana N.° 0743987 y 0851867, la patente japonesa N.° 3066984, la patente liechtensteiniana N.°
0743987 y 0851867, la patente holandesa N.° 0743987 y 0851867, la patente española N.° 2197193 y
2173310, la patente sueca N.° 0743987 y 0851867, la patente suiza
N.° 0743987 y 0851867, la patente británica N.° 0743987 y 0851867, la estadounidense N.° 5 654 419, 5
688 648, 5 869 255, 6 177 247, 5 707 804, 6 028 190, 6 544 744, 7 015 000 y 5 728 528 y otras solicitudes
de patentes extranjeras y que se encuentran pendientes.
End User Terms and Conditions
Acceptance. These terms and conditions shall govern the purchase, use, transfer and acceptance of
the products described in the purchase order, quotation or invoice, which products are sold and
distributed by Promega to the buyer/transferee of such products (the “End User”). The transfer/sale
of products to the End User is expressly conditional upon End User’s acceptance of these terms and
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