Protocolo - Comercial Rafer

Protocolo - Comercial Rafer
 Kit A
K AmplideX
X™ FFMR
R1 PC
CR Instrruccio
ones d
de uso
o 76008
100 Ún
nicame
ente p
para exxportaación Assuragen, Incc. 21
170 Woodward St. Au
ustin, TX 787
744‐1840 EEE.UU. +1
1.512.681.52
200 Em
mergo Europ
pe Mo
olenstraat 15 2513 BH La Haya, Países Bajos +31.70.345.85
570 Ein
ne gültige Ve
ersion dieserr Gebrauchsanweisunge
en auf Deutsch kann kostenlos erhalten werden, sich mit Ihrem lokaalen Verteile
er in Verbindung setzend
d. Un
ne version vaalide de ces instructions d’utilisation
n en françaiss peut être o
obtenue grattuitement en
n contactant vottre distribute
eur local. Un
na versión váálida de estaas instruccion
nes para uso
o en españoll puede ser o
obtenida graatuitamentee al po
onerse en contacto con ssu distribuidor local. maversão válida dessasin
nstruções de
e uso emporrtuguês podee ser obtida gratuitamen
nte ao contaacto Um
com o seu representante local. Un
na versione vvalida di que
este istruzion
ni per l'uso in italiano puuò essere gratuitamentee ottenuta contattando il suo distribu
utore locale. Een geldige ve
ersie van de
e gebruiksaanwijzingen in het Nedeerlands kan gratis verkreegen wordeen door w plaatselijke
e vertegenw
woordiger te contacteren
n.
uw
PC‐0164ESv5a – Fecha de entrada e
en vigor: 2012‐0
07 P
Página 1 de 30
Índice Indicaciones ............................................................................................................................................................... 3 Generalidades ............................................................................................................................................................ 3 Principio de la prueba ................................................................................................................................................ 5 Componentes del kit .................................................................................................................................................. 7 Reactivos suministrados con el kit ....................................................................................................................... 7 Manipulación y conservación ............................................................................................................................... 7 Número de reacciones ......................................................................................................................................... 7 Estabilidad de los reactivos .................................................................................................................................. 7 Calibradores y controles ....................................................................................................................................... 7 Reactivos requeridos pero no suministrados ....................................................................................................... 7 Otros componentes suministrados con este kit ................................................................................................... 8 Consumibles y equipos requeridos pero no suministrados ................................................................................. 8 Advertencias y precauciones ..................................................................................................................................... 8 Pasos previos al análisis ............................................................................................................................................. 9 Protocolo del kit AmplideX™ FMR1 PCR .................................................................................................................... 9 Descripción general .............................................................................................................................................. 9 Configuración de la mezcla maestra de PCR y programa térmico ....................................................................... 9 Electroforesis capilar con POP‐7......................................................................................................................... 11 Análisis del tamaño de los fragmentos .............................................................................................................. 12 Procedimiento de calibración .................................................................................................................................. 12 Procedimiento de control ........................................................................................................................................ 14 Procedimiento informático ...................................................................................................................................... 14 Interpretación de los datos ...................................................................................................................................... 18 Descripción general ............................................................................................................................................ 18 Parte I: Cálculo de la longitud de repeticiones CGG ........................................................................................... 18 Parte II: Interpretación y notificación de los resultados .................................................................................... 19 Parte III: Características especiales .................................................................................................................... 21 Limitaciones del procedimiento de examen ........................................................................................................... 22 Valores para las decisiones médicas ........................................................................................................................ 23 Intervalos de referencia biológica ...................................................................................................................... 23 Características de rendimiento ................................................................................................................................ 23 Analíticas ............................................................................................................................................................ 23 Rango de medición ............................................................................................................................................. 26 Diagnósticas y clínicas ........................................................................................................................................ 26 Aviso al comprador .................................................................................................................................................. 27 Bibliografía ............................................................................................................................................................... 28 Apéndice A: Glosario de símbolos .......................................................................................................................... 29 Página 2 de 30
Indicaciones El kit AmplideX™ FMR1 PCR es una herramienta de diagnóstico in vitro diseñado para uso profesional en laboratorios clínicos a fin de amplificar y detectar las secuencias repetidas del triplete citosina‐guanina‐guanina (CGG) en la región 5’ no traducida del gen 1 del retraso mental del X frágil (FMR1). El kit está concebido como ayuda para diagnosticar el síndrome del X frágil y los trastornos asociados al mismo, como el síndrome de temblor/ataxia (FX‐TAS) y la insuficiencia ovárica primaria (FX‐POI), a través de la determinación del número de repeticiones CGG hasta 200 CGG y la detección de alelos con más de 200 CGG. La prueba consta de una reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) de ADN genómico purificado de sangre completa, seguida de electroforesis capilar en un analizador genético general validado en laboratorio o en una plataforma de electroforesis capilar, y la conversión del tamaño del producto en el número de repeticiones CGG. Generalidades El síndrome del X frágil (FXS) hace referencia a un trastorno en la repetición de trinucleótidos que tiene su causa principal en la expansión de las secuencias repetidas del triplete citosina‐guanina‐guanina (CGG) en la región 5’ no traducida del gen 1 del retraso mental del X frágil (FMR1, NM_002024.4) [1]. El número de repeticiones CGG se asocia a diversos trastornos que pueden afectar tanto a pacientes jóvenes como adultos [2]. La expansión a 200 repeticiones o más da lugar a la inactivación del gen FMR1 a través de la metilación de las repeticiones CGG y de la isla CpG adyacente al gen FMR1. La proteína FMR1 es una proteína de unión al ARN que actúa como regulador global de la traducción en las neuronas y resulta muy importante para la plasticidad sináptica [3]. Dada su función clave en el desarrollo nervioso y en el transporte del ARN [4], este gen se considera responsable de diversos trastornos relacionados con el X frágil. Los individuos con mutaciones completas (más de 200 repeticiones CGG) presentan con frecuencia el FXS clásico, caracterizado por retraso mental, autismo y desórdenes emocionales y psiquiátricos [5]. Se sabe que los portadores de la premutación (55‐200 o 59‐200 CGG) entrañan el riesgo de desarrollar insuficiencia ovárica primaria asociada al X frágil (FX‐
POI), una de las causas principales de las disfunciones ováricas en mujeres [5], y síndrome de temblor/ataxia asociado al X frágil (FX‐TAS), que se relaciona principalmente con la enfermedad de Parkinson o con la demencia en varones portadores de la premutación mayores de 50 años. Los fenotipos de la premutación se asocian a un exceso del ARN mensajero y, en consecuencia, a una toxicidad del ARN y a un trastorno en la regulación de numerosas proteínas [6]. En muchos niños con alelos con la premutación del FMR1 también se han encontrado deficiencias en el desarrollo, sobre todo en lo que respecta a la atención y la comunicación social [7]. De esta forma, el síndrome del X frágil y sus trastornos asociados afectan a un amplio espectro de individuos de todas las edades y de numerosas condiciones mentales y de salud. Las pruebas del síndrome del X frágil solamente deben realizarse después de un asesoramiento exhaustivo y con el consentimiento informado del paciente al que se le vayan a hacer. Evaluación del riesgo La evaluación del riesgo y la interpretación clínica del FXS y de los trastornos relacionados se determinan por el número de repeticiones CGG y por el estado de metilación del gen. Según el número de repeticiones CGG se distinguen cuatro tipos de alelos: alelos no afectados o normales, alelos intermedios (también llamados alelos en “zona gris”), alelos con premutación y alelos con mutación completa (>200 CGG). En la Figura 1 se presenta la relación entre la longitud de las repeticiones CGG, el defecto y el fenotipo. Página 3 de 30
Figura 1. Relación entre las longitudes de las repeticiones CGG y los fenotipos correspondientes. Los tamaños de repetición se dividen en cuatro categorías: normal (verde), intermedio (azul), con premutación (naranja) y con mutación completa (rojo). Los rangos específicos de repeticiones asociados a estas longitudes se muestran en la Tabla 12. Defecto
Mutación
completa
Premutación
Resultados
Transcripción ARN bajo
Proteínas bajas
Traducción
Intermedio Normal Consecuencia Ninguno
ARN alto
Proteínas
normales
ARN normal
Proteínas
normales
Región 5' no traducida del FMR1 (5’-UTR)
Los alelos con mutación completa abarcan de 200 a más de 1.000 repeticiones. Por encima de 200 repeticiones, el fenotipo del FXS se asocia al estado de metilación del alelo, y no necesariamente al número de repeticiones superiores a 200 CGG [8]. En el caso de los alelos con premutación (de aprox. 60 a 200 repeticiones), el riesgo de expansión a una mutación completa aumenta con el tamaño. Por encima de 100 repeticiones, existe un riesgo sistemático de expansión en la siguiente generación [9]. Además de los riesgos asociados a la longitud total de repeticiones CGG, muchos alelos del FMR1 contienen secuencias AGG que se intercalan entre las repeticiones CGG. Se piensa que las “interrupciones” AGG confieren estabilidad al ADN y reducen el riesgo de expansión en la generación siguiente [10‐13]. El riesgo en el caso de madres sin elementos AGG puede ser mayor que en el de madres con el mismo número de repeticiones, pero con al menos una secuencia AGG y, por consiguiente, con menos secuencias (CGG)n consecutivas. Diagnóstico molecular del X frágil La mayor parte de los modelos de pruebas diagnósticas para el FMR1 se basa en la PCR con resolución de tamaño por electroforesis capilar (EC), o mediante electroforesis en gel de agarosa o poliacrilamida, para detectar hasta 100‐150 repeticiones CGG. El método de Southern blot para el FMR1 se utiliza para caracterizar muestras con números de repeticiones CGG demasiado grandes para amplificarlas mediante la PCR, así como para determinar el estado de metilación del gen [14]. Por desgracia, esta técnica es costosa, requiere mucho tiempo y trabajo de laboratorio y, además, necesita grandes cantidades de ADN genómico, por lo que no es adecuada para pruebas con gran cantidad de muestras ni para la identificación sistemática de la población. La PCR puede solventar potencialmente cada una de estas limitaciones, pero la alta riqueza en GC de la secuencia de repeticiones del triplete del X frágil ha dificultado siempre la amplificación. La PCR de ADN de mujeres con premutación y mutación completa es incluso más problemática debido a la amplificación preferente del alelo más pequeño [15]. En consecuencia, más del 20% de las muestras de mujeres que son biológicamente homocigotas debe analizarse por Southern blot para resolver la ambigüedad potencial de un alelo más largo no amplificado. Como resultado, muchas de las muestras, si no todas, evaluadas en laboratorios clínicos, se analizan también con el método de Southern blot, más complejo. Por este motivo, la técnica actual de análisis clínico de X frágil es laboriosa, tiene bajo rendimiento y es costosa, por lo que no puede satisfacer adecuadamente las necesidades de las pruebas de rutina. El kit AmplideX™ FMR1 PCR se ha diseñado para solucionar estos problemas. Dicho kit se utiliza para determinar el número de repeticiones CGG en el gen FMR1 utilizando la reacción en cadena de la polimerasa y el análisis de fragmentos mediante electroforesis capilar (EC). El uso del kit permite medir de forma precisa los alelos de hasta 200 CGG, así como identificar los alelos con mutación completa con más de 200 CGG y detectar un perfil de picos característico que resuelve la cigosidad en muestras de mujeres. Página 4 de 30
Prrincipio d
de la prue
eba El kkit AmplideX™ FMR1 PCR se b
basa en una re
eacción de PCR
R con tres ceba dores repetido
os (RP) CGG, a partir de ADN gen
nómico purificaado y medición
n de fragmento
os en una plataaforma validadda de electrofo
oresis capilar (ccomo puede seer un anaalizador genétiico de Applied Biosystems). El kit incluye ce
ebadores espeecíficos del gen
n y cebadores d
de la zona CGG
G, una meezcla de polime
erasa, un tampón para la amp
plificación de la región de reppeticiones CGG
G en el gen FM
MR1 y un marcaador ROX 1000 para la medición med
diante electrofforesis capilar. El tamaño dee los producto
os de PCR se traansforma en número de repeticiones C
CGG utilizando los factores de
e conversión de tamaño y moovilidad. Los u
usuarios tambiéén pueden opttar por reaalizar una PCR e
específica del ggen con dos ce
ebadores, omittiendo el cebaddor CGG. Méétodos para la PCR El kkit incluye reacctivos para realizar 2 tipos de
e PCR: PCR espe
ecífica del gen (GS‐PCR) y PC
CR con cebadorres repetidos (CGG RP PCR
R) (Figura 2). Laa PCR específicca del gen utiliza dos cebadores específicoss del gen FMR11 que abarcan la región de rep
peticiones CGG
G. Los producto
os de la PCR co
on los cebadores específicos del gen repressentan alelos d
de longitud com
mpleta (Figgura 2A). La PC
CR con cebado
ores repetidos (RP) CGG se diferencia de la PCR específicaa, más convenccional, por la adición de un tercer cebaador, que es co
omplementario
o a la región de
e repeticiones del triplete deel gen FMR1. EEl electroferogrrama resultante incluye
e los productoss PCR de longittud completa ggenerados a paartir de los ceb
badores especííficos que abarrcan la reggión de repeticiones CGG y lo
os picos de repeticiones CGG obtenidos porr la RP PCR (Figgura 2B). Los p
picos específico
os de lon
ngitud completa son similaress en los dos mé
étodos. Los prroductos de la PCR con cebad
dores repetido
os (RP) CGG corrresponden a lo
os amplicones de la PCR indivviduales de cad
da combinacióón del cebador r repetido con eel cebador inveerso. Loss picos correspondientes a las repeticiones CGG están sep
parados por 3 ppb, como es dee esperar. El p
perfil de picos o
ofrece unaa información de confirmació
ón sobre la cigo
osidad y la pre
esencia de secuuencias AGG in
ntercaladas. Figura 2. Metodología
as de PCR paraa el FMR1, señalando las caraacterísticas dee los sistemas de PCR de doss y tres cebadorres. A.
A PCR esp
pecífica de FMR1
F
B. PCR con cebado
ores repetid
dos (RP) CG
GG
Cebador reverso FM
MR1
Cebador reverso FMR
R1
Cebador
directo
FMR1 Cebador
directo
FMR1 Pico específico de
longitud completa
Pico específico de
longitud completa
Pico específico de
longitud completa
c
Picos de
G
repeticiones CGG
Pico espe
ecífico
de longitu
ud
completa
a
El p
perfil de repetición de la PCR con cebadore
es repetidos (RP
P) CGG puede anunciar la preesencia de alelos más largos en la am
mplificación, ind
dependientemente de si esto
os alelos se dettectan como prroductos de lo
ongitud compleeta. En consecuencia, el rriesgo de pérdiida del alelo más largo en la P
PCR se reduce.. Los picos de producto de PPCR específica d
de longitud completa pueeden convertirrse a partir del tamaño en pares de bases en el número d e repeticioness CGG, utilizand
do para ello facctores de conversión pre
edefinidos. En
n teoría, el perffil de picos pue
ede ofrecer un a cuantificació
ón muy precisaa de las repeticiones (CG
GG)n, contando
o el número de
e picos de amplicones obtenid
dos con el ceb ador repetido hasta ~200 CG
GG, ofreciendo
o una con
nfirmación com
mplementaria d
del tamaño. Pro
otocolo de trabajo El p
protocolo de trrabajo de la prueba incluye u
una configuraciión de la mezc la maestra de PCR, un prograama de ciclos ttérmicos y un análisis usan
ndo electrofore
esis capilar. El ADN genómico
o se añade a u na mezcla maeestra que conttiene tampón d
de P
Página 5 de 30
mplificación parra secuencias ricas en GC, unaa mezcla de po
olimerasa y loss cebadores F,R
R FAM del FMR
R1 para la PCR am
pecífica. El ceb
bador CGG del FMR1 se añade también a la mezcla maesttra para realizaar la PCR con cebadores repeetidos esp
(RP
P) CGG. Después del program
ma térmico, que dura aproxim
madamente 6 hhoras, los prod
ductos de PCR no purificadoss se meezclan directam
mente con form
mamida Hi‐Di y el marcador R
ROX 1000. Desspués de desnaaturalizar los productos, los am
mplicones se miden en una plaataforma validada de electro
oforesis capilarr (como puede ser un analizador genético d
de App
plied Biosystem
ms usando el p
polímero POP‐7
7). En la Figuraa 3 se muestra un esquema d
de la secuenciaa de trabajo. Figura 3. Visión global del protocolo
o de trabajo de
el kit AmplideX
X™ FMR1 PCR
R, donde se mu
uestran los passos clave y el tiem
mpo estimado p
para cada paso
o (el programaa térmico paraa la PCR especíífica dura apro
oximadamentee 3,5 horas). El protocolo de análisis por EEC requiere aproximadamentte 1 hora de tieempo de carreera para cada cconjunto de 4 a 96
6 muestras porr inyección, de
ependiendo del modelo utilizzado. Sa
angre
com
mpleta ADN purificado Tiempo de trabajo manua
al
Tiempo de instrumento
Total = ~ 10 horas PCR FMR1 F
An
nálisis por EC Prep:: 30 min Prrep: 30 min Análisis de dattos
Prep: 30 a
60 min Análisis
por EC
1 a 6 horas PCR FMR1:
h
6 horas Desspués de la ele
ectroforesis cap
pilar, los electrroferogramas sse analizan parra identificar picos de produccto específicoss de lon
ngitud completa. Hasta aproxximadamente 200 CGG, los p
picos se detect an dentro del rango lineal deel instrumento
o. El tam
maño en pares de bases de esstos picos se co
onvierte en nú
úmero de repetticiones CGG, u
utilizando paraa ello factores de corrrección calculaados específicaamente según la configuració
ón del equipo. Por encima de 200 CGG, el tamaño del prroducto de la PCR supera el umbral de resolución del ggel polímero POP‐7. Los fraggmentos de PC
CR que superan
n este umbral ttienen un índice de migrración equivale
ente independiiente del tamaaño del produccto [16]. De estte modo, los p
productos de PCR del FM
MR1 que superaan 200 CGG se identifican en la categoría de
e >200 CGG. A
Además de pro
oporcionar info
ormación sobree el tam
maño, los productos de la PCR con cebadores repetidos (R
RP) CGG puedeen indicar características cuaalitativas, tales como la cigo
osidad y la pre
esencia de AGG
G intercalado [1
17]. P
Página 6 de 30
Componentes del kit Reactivos suministrados con el kit Tabla 1. Componentes del kit AmplideX™ FMR1 PCR (P/N 76008) N.º de elemento Descripción
Volumen
Temperatura de almacenamiento 145185 Cebadores F,R FAM del FMR1
50 µl
De ‐15 a ‐30 °C 145184 Cebador CGG del FMR1
50 µl
De ‐15 a ‐30 °C 145186 Tampón de amplificación
1,2 ml
De ‐15 a ‐30 °C 145187 Mezcla de polimerasa
5 µl
De ‐15 a ‐30 °C 145188 Marcador ROX 1000 200 µl
De ‐15 a ‐30 °C 145183 Diluyente 1,0 ml
De ‐15 a ‐30 °C Manipulación y conservación 
Guarde los reactivos en un congelador que no tenga sistema “no‐frost” y en la oscuridad, a una temperatura comprendida entre ‐15 °C y ‐30 °C. 
Deje que los reactivos (a excepción de la mezcla de polimerasa) se descongelen a temperatura ambiente antes de su uso. Una vez finalizada la descongelación, agite en vórtex todos los reactivos (excepto la mezcla de polimerasa). 
Antes de abrir los frascos, centrifugue brevemente cada componente para recoger las soluciones en el fondo de los frascos. 
La preparación del ensayo debe realizarse a temperatura ambiente (intervalo aproximado de 18 °C a 25 °C). Número de reacciones 
Los reactivos proporcionados son suficientes para un total de 100 reacciones, PCR específica del gen o PCR con cebadores repetidos (RP) CGG y los 100 análisis subsiguientes por EC. 
Los reactivos se han verificado para su uso en hasta cuatro ciclos de congelación y descongelación. No se recomienda realizar ciclos adicionales. 
Las mezclas maestras pueden prepararse para el número apropiado de muestras con un número mínimo recomendado de 16 reacciones por serie. Estabilidad de los reactivos 
Si se conserva en las condiciones especificadas, el producto mantendrá su eficacia hasta la fecha de caducidad impresa en la etiqueta. Calibradores y controles 
El kit no incluye calibradores ni controles, pero se recomienda utilizarlos en cada serie. 
El diluyente proporcionado con el kit puede utilizarse como control negativo sin ADN. 
El estándar internacional de la OMS, síndrome del X frágil, panel de referencia genético (NIBSC, 08/158) u otros estándares de ADN de línea celular disponibles en el mercado pueden utilizarse como controles positivos. Reactivos requeridos pero no suministrados 
El kit no incluye los reactivos requeridos para el aislamiento del ADN. El ADN puede extraerse mediante las metodologías ordinarias de preparación de muestras validadas por el laboratorio que aseguren un ADN intacto y de alta calidad. Página 7 de 30
Otros componentes suministrados con este kit 
PC‐0165: Kit AmplideX™ FMR1 PCR, tarjeta del envase Consumibles y equipos requeridos pero no suministrados 
Material general de laboratorio y espacio de trabajo para realizar PCR 
Termociclador: ABI 9700, ABI Veriti (ejecución en modo 9700 máx.) o MJ Research PTC‐225 
Centrífuga para placas de 96 pocillos 
Vórtex 
Microcentrífuga 
Pipetas: con una precisión comprendida entre 0,2 y 2 µl, 1 y 10 µl, 2 y 20 µl, 20 y 200 µl, y 100 y 1.000 µl 
Pipeta multicanal capaz de pipetear entre 1 y 10 µl 
Placas de PCR de 96 pocillos: ABgene® n.º AB‐0900 o equivalente 
Sellos de placas de PCR: ABgene® n.º AB‐0558, Phenix LMT‐0028 o equivalente 
Soporte de compresión de PCR: Applied Biosystems n.º 4312639 o equivalente 
Plataformas y materiales de electroforesis capilar validados en laboratorio 
Analizadores genéticos ABI compatibles con el polímero POP‐7 (por ejemplo, series 3130, 3730 o 3500). 
Polímero POP‐7: Applied Biosystems, n.º 4363785 o equivalente 
Formamida Hi‐Di: Applied Biosystems, n.º 4311320 o equivalente 
Calibradores para los colorantes FAM y ROX, DS‐30 o DS‐31: Applied Biosystems n.º 4345827, n.º 4345829, o equivalente 
Software GeneMapper 4.0/4.1 o equivalente Advertencias y precauciones 
Utilice un equipo de protección personal adecuado. Lleve gafas de protección apropiadas, guantes protectores y ropa protectora al trabajar con estos materiales. 
Al manipular muestras humanas, siga las precauciones universales indicadas por la OSHA 1910:1030, CLSI M29, u otras guías pertinentes. 
ADVERTENCIA: RIESGO QUÍMICO. Formamida Hi‐Di™. Provoca irritación en los ojos, la piel y las vías respiratorias. Riesgos para el desarrollo y posibilidad de malformaciones del feto. Evite inhalar el vapor. Asegúrese de que existe una ventilación adecuada. 
Entre las sustancias que pueden interferir con el kit cabe citar ciertos fármacos y la heparina. No deben utilizarse muestras altamente lipémicas, hemolizadas, ictéricas ni muestras con proteinemia. 
Utilice puntas de pipeta con filtro sin nucleasas y tubos sin nucleasas. 
La contaminación cruzada de la PCR puede producir señales positivas falsas. Utilice las precauciones apropiadas al manipular las muestras, en el flujo de trabajo y al pipetear. 
No mezcle componentes de diferentes lotes de reactivos. No utilice los reactivos después de la fecha de caducidad impresa en el envase. 
No intercambie tapones de tubos de reactivos que pudieran causar contaminación cruzada o degradación de los reactivos. 
Utilice técnicas de pipeteado adecuadas y mantenga el mismo patrón de pipeteado durante todo el procedimiento para garantizar resultados óptimos y reproducibles. Asegúrese de que existe una distribución homogénea de la mezcla maestra; es viscosa y puede acumularse dentro de la punta de la pipeta. 
Utilice métodos y plataformas validados en laboratorio. Página 8 de 30

Antes de su uso, asegúrese de que todos los instrumentos se han calibrado de acuerdo con las instrucciones del fabricante. 
Pueden solicitarse las fichas de datos de seguridad. Póngase en contacto con su distribuidor local. Pasos previos al análisis El ADN genómico extraído mediante metodologías de preparación de muestras estándar de sangre completa recogida en EDTA es compatible con el kit AmplideX™ FMR1 PCR. Se recomienda evaluar la concentración (OD260) y pureza (OD260/280) del ADN genómico purificado, así como almacenar las muestras de ADN a una temperatura inferior a ‐15 °C. Añada de 20 a 80 ng en cada reacción (2 µl de ADN a 10‐40 ng/µl). Protocolo del kit AmplideX™ FMR1 PCR Descripción general El protocolo de la prueba implica tres series clave de procedimientos: 1.
Configuración de la mezcla maestra de la PCR y procesamiento en termociclador 2.
Electroforesis capilar 3.
Análisis del tamaño de los fragmentos Las instrucciones que se incluyen a continuación están concebidas para la preparación y el análisis de productos de la PCR específica o la PCR con cebadores repetidos (RP) CGG. Solo hay dos diferencias en el protocolo: preparación de las mezclas maestras de PCR con o sin el cebador CGG del FMR1 y las diferentes condiciones del ciclo. El protocolo está concebido para una sola reacción; las mezclas maestras pueden prepararse para el número apropiado de reacciones en cada paso del protocolo. Los reactivos suministrados son suficientes para un total de 100 reacciones ejecutadas en hasta cuatro sesiones independientes, incluido un 10% de excedente para la preparación de reacciones adicionales (por ejemplo, una serie con 100 reacciones o cuatro series con 25 reacciones). El número mínimo de reacciones por sesión es 16 y no se admiten más de cuatro ciclos de congelación y descongelación. En la Tabla 2 se incluyen ejemplos del excedente recomendado para un número de muestras dado. Tabla 2. Ejemplos de configuración de la mezcla maestra para la PCR. Número de muestras Excedente recomendado
16 +2 25 +2 50 +5 100 +10 El flujo de trabajo debe desarrollarse de manera unidireccional comenzando en un área de pre‐amplificación y moviéndose a un área de pos‐amplificación. El producto amplificado debe permanecer en el área de pos‐amplificación para reducir el riesgo de contaminación de los amplicones. Configuración de la mezcla maestra de PCR y programa térmico 1.
Descongele todos los reactivos, a excepción de la mezcla de polimerasa, durante unos 10 minutos a temperatura ambiente. Coloque la mezcla de polimerasa en hielo. Agite brevemente en vórtex todos los tubos (tres a cinco pulsos en vórtex), a excepción de la mezcla de polimerasa. Nota: La mezcla de polimerasa debe conservarse en hielo en todo momento. El tampón de amplificación puede tener una precipitación observable cuando está frío. Después de haber descongelado el tubo por completo, agite en vórtex para garantizar una mezcla homogénea. Página 9 de 30
2.
Añada los componentes adecuados a un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml en el orden exacto que se especifica en la Tabla 3. Tabla 3. Configuración de la mezcla maestra de la PCR. Componente PCR específica PCR con cebadores repetidos (RP) CGG Tampón de amplificación 11,45 µl
11,45 µl
Cebadores F,R FAM del FMR1 0,50 µl
0,50 µl
0 µl
0,50 µl
Diluyente 1,00 µl
0,50 µl
Mezcla de polimerasa 0,05 µl
0,05 µl
Muestra de ADN 2,00 µl
2,00 µl
Volumen total por reacción 15,00 µl
15,00 µl
Cebador CGG del FMR1 Nota: El tampón de amplificación es viscoso; retraiga el pistón lentamente para obtener la solución. Importante: Un exceso de mezcla de polimerasa puede inhibir la reacción. Asegúrese de que no haya gotas adicionales en la punta de la pipeta antes de dispensarla a la mezcla maestra. 3.
Agite en vórtex la mezcla por completo (tres a cinco pulsos en vórtex) antes de distribuir la mezcla en la placa o en los tubos de tiras de PCR. Atención: La mezcla maestra debe agitarse en vórtex antes de dispensarla para garantizar una mezcla adecuada de todos los reactivos. 4.
Dispense 13,0 µl de mezcla maestra en cada pocillo o tubo. Utilice una pipeta repetidora, si dispone de ella. Cambie la punta de la pipeta al comienzo de cada columna de la placa si está usando una pipeta estándar. 5.
Añada 2,0 µl de la muestra de ADN apropiada en cada pocillo. Pipetee hacia arriba/hacia abajo al menos dos veces para garantizar una mezcla correcta. 6.
Selle la placa con película adhesiva; asegúrese de que todos los pocillos y bordes de la placa están cerrados herméticamente. 7.
Agite en vórtex la placa con suavidad. 8.
Centrifugue la placa para eliminar las burbujas que pudiera haber (1 minuto a 1.600 rcf). Importante: Asegúrese de que todas las burbujas se han eliminado de los pocillos. 9.
Transfiera la placa de PCR cerrada herméticamente a un termociclador preprogramado y ejecute el protocolo de ciclo apropiado de la Tabla 4: Página 10 de 30
Tabla 4. Protocolos de termocicladores. PCR específica PCR con cebadores repetidos (RP) CGG
Descripción Duración Descripción
Duración
Desnaturalización 98 °C durante 5 min Desnaturalización
95 °C durante 5 min 97 °C durante 35 seg 62 °C durante 35 seg 25 ciclos 97 °C durante 35 seg 10 ciclos 62 °C durante 35 seg 72 °C durante 4 min 68 °C durante 4 min Extensión 72 °C durante 10 min 97 °C durante 35 seg Pausa 4 °C ∞ 20 ciclos 62 °C durante 35 seg
68 °C durante 4 min + 20 seg/ciclo* Extensión
72 °C durante 10 min Pausa
4 °C ∞
*Siga el manual de instrucciones del termociclador para añadir 20 segundos de extensión por ciclo en este paso. 10. Transfiera los productos de PCR para el análisis por EC o almacénelos a una temperatura comprendida entre ‐15 °C y ‐30 °C hasta que se proceda al análisis. La estabilidad del producto de PCR a una temperatura comprendida entre ‐15 °C y ‐30 °C se ha verificado para un almacenamiento de hasta 10 días. Electroforesis capilar con POP‐7 1.
Descongele la formamida Hi‐Di™ y el marcador ROX 1000 a temperatura ambiente. Agite bien en vórtex (15 segundos) y centrifugue los tubos antes de su uso. 2.
Prepare una solución de mezcla maestra añadiendo los componentes en el orden siguiente: Formamida Hi‐Di™ Marcador ROX 1000 Volumen total por pocillo 11 µl 2 µl 13 µl 3.
Mezcle todos los reactivos añadidos (agitando en vórtex por pulsos de tres a cinco veces) y centrifugue brevemente para recogerlos en el fondo del tubo. 4.
Distribuya en alícuotas de 13,0 µl la solución de formamida Hi‐Di™/ROX en cada pocillo de una nueva placa de análisis por EC. Importante: Las muestras deben coincidir con la configuración de la inyección en el analizador genético (por ejemplo, A1‐H2, A3‐H4…A11‐H12) en los grupos apropiados de 8, 16 o 24 capilares. Si se ejecutan menos muestras del número predeterminado para cualquier grupo de inyección, rellene los pocillos vacíos sujetos a inyección con 15 µl de formamida Hi‐Di. 5.
Transfiera 2 µl de productos PCR a la placa de EC y pipetee arriba y abajo de 2 a 3 veces para mezclar bien. Se recomienda una pipeta multicanal para la transferencia. 6.
Cierre herméticamente la placa, agite en vórtex, centrifugue para eliminar las burbujas y transfiera a un termociclador. Página 11 de 30
7.
Desnaturalice durante 2 min a 95 °C seguido de 4 °C hasta que esté listo para la inyección en el instrumento de EC. Si se desea, los productos también pueden conservarse en hielo y protegerse de la luz después del paso de desnaturalización. Atención: Las muestras deben desnaturalizarse antes del análisis por EC. Nota: Las muestras pueden ejecutarse hasta 24 horas después de la desnaturalización. 8.
Prepare el analizador genético para la adquisición de datos según las instrucciones del fabricante. La inyección final y las condiciones de carrera deben ser validadas por el usuario final y pueden diferir entre instrumentos. Se aplican las siguientes consideraciones: 
El instrumento debe estar calibrado para la detección de los colorantes fluorescentes FAM y ROX. 
Use el protocolo de análisis de fragmentos instalado de fábrica para el polímero POP‐7 y la longitud capilar de su instrumento como protocolo base. 
Ajuste las condiciones de inyección y el tiempo de carrera según la configuración concreta del instrumento y la longitud capilar. Los valores de inicio recomendados se indican en la Tabla 5. Tabla 5. Ajustes relativos a la inyección y al tiempo de carrera de los protocolos predeterminados de análisis de fragmentos para diferentes clases de instrumentos y longitudes de capilar que ejecutan el polímero POP‐7. Instrumento Longitud de capilar
9.
Inyección
Tiempo de carrera
3130, 3130xl 36 cm 2,5 kV, 20 s
2.400 s
3730, 3730xl 50 cm 2,5 kV, 20 s
4.200 s
3500, 3500xL 50 cm 2,5 kV, 20 s
2.400 s
Después de la ejecución, los datos pueden analizarse para ver el tamaño del amplicón y realizar la conversión a número de repeticiones CGG. Análisis del tamaño de los fragmentos El análisis del tamaño de los fragmentos de la PCR específica o con cebadores repetidos (RP) CGG implica una serie de pasos para obtener el tamaño de picos de producto de longitud completa, así como para identificar las características de la carrera para la correcta interpretación de los datos. Los resultados se convierten en longitud de repeticiones CGG tal como se describe en la sección de interpretación de los datos. El análisis del tamaño de los fragmentos de la PCR específica o con cebadores repetidos (RP) CGG se realiza utilizando GeneMapper 4.0/4.1. Para obtener instrucciones detalladas, consulte el procedimiento informático (página 14). Procedimiento de calibración Procedimiento de calibración utilizado para determinar los factores de corrección de tamaño y movilidad Los factores de corrección de tamaño (c0) y movilidad (m0) dependen del instrumento, así como del tipo de polímero, de la longitud del capilar y de las condiciones del ensayo utilizadas, y pueden variar ligeramente de un laboratorio a otro. Esta sección describe cómo determinar un factor de conversión específico del laboratorio utilizando el tamaño en pares de bases de los amplicones de alelos de un control agrupado de líneas celulares. Este control también puede usarse como un control de la carrera de rutina con cada serie de PCR. El control agrupado se prepara mezclando 4 moldes de ADN de líneas celulares disponibles comercialmente (consulte http://ccr.coriell.org). Prepare las diluciones de cada ADN de línea celular de Coriell en Tris 10 mM, EDTA 0,5 mM, pH 8,8 y combine tal como se muestra en la Tabla 6 que se incluye a continuación. Página 12 de 30
Tabla 6. Formulación del control agrupado utilizando ADN de 4 líneas celulares del CCR. Número de catálogo Repeticiones indicadas Longitud de repeticiones CGG por Concentración final
en el catálogo AmplideX™ NA20239 20, 183‐193 20, 199
10 ng/µl NA07541 29, 31 29, 31
5 ng/µl NA20230 54 54
12 ng/µl NA06891 118 119
10 ng/µl Los términos para c0 y m0 se derivan de un acoplamiento lineal de la longitud de repeticiones CGG esperada y del tamaño en pares de bases para los primeros cinco picos de los alelos del control agrupado, a saber, los alelos de 20, 29, 31, 54 y 119 CGG. El alelo 199 CGG no se utiliza para este gráfico, ya que su longitud no se ha verificado por secuenciación. Para calcular factores de conversión específicos, siga estos pasos: 1.
Analice el control agrupado con el kit AmplideX™ FMR1 PCR y determine el tamaño medido en pares de bases para cada uno de los cinco primeros picos de amplicones. Se recomienda calcular el tamaño medio en pares de bases para cada pico de al menos dos series independientes. Tabla 7. Datos de ejemplo para comparar la longitud de repeticiones esperada y el tamaño observado. Longitud de repeticiones Tamaño observado
2.
20 291,43 pb
29 317,78 pb
31 323,65 pb
54 391,30 pb
119 582,87 pb
Calcule la pendiente y la intersección de los datos correlacionados en Excel o en un programa similar. Tamaño observado en pares de bases Figura 4. Gráfico de ejemplo para el cálculo de los factores de corrección para las repeticiones CGG. 600
119
y=2,994x + 232,4
2
R =1
500
54
400
29
31
20 300
200
0
20
40
60
80
100
120
Longitud de repeticiones CGG mediante secuenciación de ADN
La intersección del acoplamiento lineal corresponde al factor de corrección c0, y la pendiente, al factor de movilidad m0. En este ejemplo, c0=232,4 y m0=2,944. Para comprobar los factores de corrección derivados, el usuario debe comprobar el estándar internacional de la OMS, Fragile X Syndrome, Genetic Reference Panel (NIBSC, 08/158) u otros estándares de ADN de línea celular disponibles en el mercado. Página 13 de 30
Prrocedimie
ento de ccontrol Es p
preciso usar co
ontroles positivvos y negativoss en cada serie
e. El diluyente proporcionado
o con el kit puede utilizarse ccomo con
ntrol negativo sin ADN. El AD
DN genómico e
extraído de líne
eas celulares b ien caracterizaadas puede utiilizarse para los con
ntroles positivo
os. Las líneas ccelulares o el A
ADN genómico purificado corrrespondiente pueden obten
nerse de diverssos dep
pósitos, como el CCR [18]. Además, existe un panel de m
materiales de reeferencia proporcionado porr la Sociedad Eu
uropea de Genética Hum
mana (ESHG) y aaprobado como estándar inte
ernacional porr el Comité de Expertos en Paatrones Biológicos (EC
CBS) de la OMSS [19]. En la sección de interp
pretación de datos pueden v erse ejemplos representativo
os obtenidos ccon estos materiales. Los controles positivos y neggativos tienen que estar denttro del rango eespecificado dee aceptación d
de datos. 1.
Asegúrese de que el co
ontrol negativo
o incluido en laa carrera cumpple las especificcaciones. 2.
Asimism
mo, asegúrese d
de que los conttroles positivoss cumplen tam
mbién las especcificaciones corrrespondientess. Consulte
e ejemplos de los controles e
en la sección de
e interpretacióón de los datoss, parte II (página 19), para ob
btener más info
ormación. Prrocedimie
ento informático Parra el análisis de
el tamaño de lo
os fragmentos de la PCR espe
ecífica o con ceebadores repeetidos (RP) CGG
G se puede utilizar Gen
neMapper 4.0//4.1 o un softw
ware equivalen
nte. Esto implica una serie dee pasos para o
obtener el tamaaño de picos de pro
oducto de longgitud completa,, así como paraa identificar lass característicaas de la carreraa para la correcta interpretacción de los datos. Los ressultados se con
nvierten en lon
ngitud de repetticiones CGG taal como se desscribe en la seccción de análissis de los dattos. Los términ
nos utilizados p
para el análisiss se refieren a llas funciones ddel GeneMapper 4.0/4.1. En la Figura 5 se muestra unaa visión global del procedimie
ento de trabajo para el análisis del tamañoo de los fragmeentos. Figura 5. Esquema del flujo de trabaajo para el anáálisis de datos,, incluido el prrocesamiento d
de los archivoss de muestra
a, la puntuación de picos del marcador, la ccalificación dee la ejecución d
de la sesión, laa selección de picos específiccos y el resumen de resultad
dos. 1.
2.
a.
Importe los archivvos *.fsa al Gen
neMapper®. b.
Proccese los archivos según el mé
étodo de análissis, el panel y eel estándar de tamaño establecidos para ell análisis de p
productos de laa PCR del FMR1
1. Revisión de la serie a.
Importacción y procesamiento de datos Crib
be los picos del marcador ROX
X. Revise los picos y la asignación d
de tamaños y laa curva de coinncidencias de ttamaños del m
marcador ROX 1
1000 P
Página 14 de 30
0
estras. Identiffique todas las irregularidadees en el acoplamiento o cualq
quier pico que falte en paraa todas las mue
el m
marcador. Aten
nción: Las mue
estras sin un m
marcador correctamente proccesado deben excluirse de lo
os análisis posteeriores. Nota: Puede obse
ervarse un pico
o espectral ascendente desdee el canal FAM
M. Por lo generral, este pico no
o interferirá e
en los tamañoss del marcadorr. Pueden obseervarse picos d
dobles, por ejeemplo, 90 y 151
1, que no interfierren con la función del marcad
dor. En la Figu ra 6 se muestrra un ejemplo de los picos co
on los distintos tamaños del marcador ROX 10
000 y de la curvva de coinciden
ncias. ura 6. Picos co
on tamaños asiignados (Size M
Matches) y Currva de coincideencia de tamaaños (Size Calling Figu
Curvve) para el ROX 1000. La vista de Size Matches resalta loos 21 picos del marcador e incluye un ejemplo de pico
o ascendente e
espectral proce
edente del canaal FAM, que deebería ignorarsse en el canal R
ROX. b.
3.
Revise los controle
es de la sesión i.
Asegúrese de que el controll negativo inclu
uido en la carreera cumple lass especificacion
nes. ii.
Asimismo, ase
egúrese de que
e los controless positivos cum
mplen también las especificacciones correspondien
ntes. Consulte
e ejemplos de llos controles een la sección dee interpretació
ón de los datoss, parte II (página 19), p
para obtener m
más información sobre el uso de controles p
positivos. Seleccione picos diana
a específicos. a.
Los trazos del elecctroferograma se revisan para ver si se cum
mplen los criterrios de selecció
ón de picos. Paara el análisis de los prod
ductos de la PC
CR con cebado
ores repetidos (RP) CGG, los m
múltiples picoss de RP CGG see dese
eleccionan parra simplificar laa conversión de
el pico de los pproductos de lo
ongitud completa de la PCR espe
ecífica en la lon
ngitud de repe
eticiones CGG. En la b.
Figu
ura 7 incluida aa continuación se resalta un e
ejemplo de estte proceso relaativo a un alelo
o con premutacción de mujer. P
Página 15 de 30
0
es de análisis p
predeterminad
dos (arriba) y ssolo picos de lo
ongitud Figura 7. Electroferoggrama de ejemplo con ajuste
ectroferogram
ma de la PCR co
on cebadores rrepetidos (RP)) CGG completta específicos sseleccionados a partir del ele
(abajo). Picos
P
espe
ecíficos
Picos
CGG
Deselección
n y selección de piccos
específicos por genes Nota: Si se procesan los resultad
dos de una PCR
R específica, soolo estarán preesentes los pico
os específicos d
del gen y so
olo será preciso
o seleccionar estos picos. No
o se requiere laa deselección. c.
Deseleccione todo
os los picos y, aa continuación, seleccione lo s picos de prod
ductos de longgitud completaa espe
ecíficos. En ge
eneral, los picos que superan un límite espeecífico del instrrumento se seleccionan auto
omáticamente. Los picos de intensidad bajja o mínima puueden seleccionarse manualm
mente según laas dire
ectrices especifficadas en la Taabla 8. Tabla 8. Límites p
predeterminad
dos en la intensidad de la señ
ñal y rangos de pico bajos paara las diferen
ntes conffiguraciones del instrumento
o de EC. Insstrumento Líímite Rango de pico bajo
d.
3130, 3130xl 50 rfu 5
10
0‐49 rfu
3730, 3730xl 17
75 rfu 50
0‐174 rfu
350
00, 3500xL 17
75 rfu 50
0‐174 rfu
Trass deseleccionar los picos en ttodas las muestras, identifiquue los picos de productos de longitud comp
pleta espe
ecíficos para caada región del electroferograama utilizandoo las directricess de la Tabla 9.. i.
Los picos de in
ntensidad de sseñal más baja pueden identiificarse si están
n en el rango d
de pico bajo. ii.
Elimine los piccos extra de la muestra o los picos con morrfología de rep
petición no CGG
G. P
Página 16 de 30
0
n de picos basadas en el ran
ngo de tamaño
o y en las caraccterísticas. Loss Tabla 9. Directrices de selección
n en la sección de interpretacción de los dattos. gráfficos de ejemplo se muestran
Si el tamaño Entonces sigga estas directrrices del pico se d
O tiene estas para los picos que supera n el encuentra en características…
… límite de señ
ñal del instrum ento
este rango e
24
45‐400 pb Usando los siguientes ejem
mplos. Seleccione el pico más al to, por lo generral, el pico máss a la derecha e
en este rango dde tamaño. Puede haberr Alelos normales
A
s picos en el ran go múltiples p
e intermedios normal. Con
nfirme la seleccción de todoss los picos (porr ejemplo, 30
0 o 29,30 o 29,,31 CGG). Alelos con premutación Seleccione el pico más al to, con un solo eral el pico centtral por lo gene
conjunto de en el casso de alelos dee picos y con múltiples piicos o de los piicos menos de 8 en este ranggo de tamaño ((por picos desde el ejemplo 119 CGG). centro al extremo. Seleccione los picos centraales de dos grupo
os de alelos. SSi los picos entre alelos superann el límite de sseñal, identifiq ue ambos grup
pos separados por un guion ““‐” (por ejempllo, 112‐‐117 CGG). ~4
400‐820 pb Si los picos entre dos gruppos Alelos con on inferiores a 50 premutación, de alelos so
rfu (u otro límite), los aleelos con pueden ide
una ntificarse con distribuciones tos coma com
o alelos distint
complejas de plo, 97, 105 CG
GG). (por ejemp
picos. Seleccione
e el pico centraal y último pico >50 rfu (u ottro límite) para alelos con má s de de el centro haasta 8 picos desd
el extremo ((por ejemplo, 992 a 10
04 CGG). P
Página 17 de 30
0
Si el tamaño Entonces sigga estas directrrices del pico se d
O tiene estas para los picos que supera n el encuentra en características…
… límite de señ
ñal del instrum ento
este rango e
>820 pb Usando los siguientes ejem
mplos. Alelos con mutación completa de menos de olo el compon ente Seleccione so
aproximadame
a
e
del grupo de picos quee nte 1.000 pb contenga el pico más altto. que pueden Deselecciione otros picoos resolverse a dentro d
de este grupo. partir de picos
p
Identifique
e los picos com
mo con mutación >2
200 CGG. completa más grandes y alelos
g
s con mutación completa. Interpretacción de lo
os datos Deescripción ge
eneral La iinterpretación de los datos in
ncluye tres con
njuntos de info
ormación: 1.
El cálculo
o de la longitud de repeticion
nes CGG 2.
Interpretación y notificcación de los re
esultados de laas pruebas 3.
Caracterrísticas especiaales de los resu
ultados de los e
ensayos Parte I: Cálculo
o de la longittud de repetticiones CGG
G Con
nversión del taamaño del pico
o en la longitud
d de repeticion
nes CGG Desspués de la ele
ectroforesis cap
pilar, el tamaño del amplicón
n diana se derivva de la compaaración con un
n estándar de ttamaño coinyectado, com
mo puede ser un marcador RO
OX 1000. No o
obstante, los prroductos de PC
CR de las regiones de repeticción del trip
plete tienen un
na migración an
normalmente más rápida que el ADN gené rico del estánd
dar de tamaño
o [20, 21]. Estaa mayor rap
pidez en la migración, atribuid
da a la estructura del ADN ricco en GC, puedde dar lugar a una longitud d
de repeticioness más corrta si no se utiliza un factor de corrección apropiado. El kkit AmplideX™ FFMR1 PCR inco
orpora dos facttores de correccción parra convertir el tamaño en parres de bases en
n el número de
e repeticiones CGG de cada aalelo. El tamañ
ño de cada pico
o se con
nvierte en longgitud de repeticciones según laa Ecuación : Ecuación 1.
CGG
Gi 
Peak i  c0
m0
Donde: Peaki es e
el tamaño en p
pares de bases de un productto dado; c0 es uun factor de co
orrección del taamaño y m0 ess el factor de corrección de la movillidad para cadaa repetición CG
GG. El factor dde corrección d
de tamaño representa la región com
mún del ADN in
ncluida en los ccebadores, perro omitiendo laas repeticioness CGG. El facto
or de movilidad representa laa mo
ovilidad aparen
nte de cada uniidad de repeticción. Los ampllicones que co ntienen CGG tendrán factorees de correcció
ón ligeeramente diferrentes dependiendo de las co
ondiciones esp
pecíficas de la eejecución y de la configuració
ón del instrumento quee se esté utilizaando. En la Tabla 10 se muesstran los factores de correcc ión para las co
onfiguraciones soportadas. Tabla 10
0. Factores de corrección de tamaño y movilidad para co
onfiguracioness de instrumen
ntos estándar.. Configuración c0 m0 P
Página 18 de 30
0
Configuración c0 m0 3130, 3130xl, 36 ccm 229,4 2,9
965 3730, 37
730xl, 50 ccm 231,9 2,9
937 3500, 35
500xL, 50 ccm 232,6 2,9
962 No están validadoss factores de corrección para ottros instrumenttos, longitudes dde capilar, tiposs de polímero y condiciones de ensayo, perro pueden deterrminarse utilizando los procedimientos descrritos en el proceedimiento de caalibración (págin
na 12). Parte II: Interp
pretación y n
notificación d
de los resultados Loss alelos se desccriben como re
epeticiones de número entero asociadas a uuna categoría de genotipo esspecífica: norm
males, inteermedios, con premutación, con mutación completa y mo
osaico con muutación compleeta. Los resultaados oscilan en
ntre 5 y 200
0 repeticiones;; por encima de
e 200 repeticio
ones, todos loss alelos se idenntifican como >>200 CGG. Desscriba el genottipo para los alelos asignadoss según el ranggo de referenciia. En muestraas con múltiplees alelos, se esp
pecifica el aalelo más largo
o. Las muestras con alelos co
on premutación
n y con mutaciión completa sse identifican ccomo mosaicoss con mu
utación comple
eta [22]. El gen
notipo puede aasignarse según
n directrices esspecíficas, tal ccomo se muesttra en la Tabla 12 de la seccción de valore
es para las decisiones médicas (página 23).

Ejemplo de resultados de la PCR con cebadores rep
petidos (RP) CG
GG para alelos normales, con
n premutación y con mutación completa Figu
ura 8. Ejemplo
os de alelos normales que muestran 29, 300 CGG comparaado con 30 CG
GG. Figu
ura 9. Ejemplo
o de alelo con p
premutación. El pico más altto en la muesttra se seleccion
na para representar el alelo
o 80 CGG. P
Página 19 de 30
0
ura 10. Ejempllo de alelo con
n mutación com
mpleta; muesttra de un hombre. El pico dee producto de longitud Figu
com
mpleta supera 2
200 CGG y se id
dentifica como
o >200 CGG. Loos picos de pro
oductos de rep
petición CGG individuales puede
en identificarse
e fácilmente en el gráfico. 
Trazabiliidad de los estáándares del X ffrágil En la Figgura 11 pueden
n apreciarse ele
ectroferogram
mas obtenidos ccon el panel deel material de rreferencia emiitido por la Socied
dad Europea de
e Genética Hum
mana (ESHG) yy aprobados coomo Estándar IInternacional p
por la OMS. El panel consta d
de cinco muestras de ADN genómico: Figu
ura 11. Electro
oferogramas de
el panel intern
nacional del X frágil de la OM
MS (NIBSC n.º 0
08‐158). 22 07/1
120
Norm
mal
Muje
er
31
34
07/1
122
Prem
mutación
Muje
er
88 105
5
116
127-136
6
07/1
168
Muta
ación
com
mpleta Muje
er
39 07/1
170
Muta
ación
com
mpleta Hom
mbre
112
2
88 97
119
128
>200
>200
07/1
174
Prem
mutación
Hom
mbre
En la Tabla 11
1 se presenta un resumen de los principaless picos detectaados y una com
mparación con los rangos de resultados y los tamañ
ños medios de estos materiales de referenccia. Los resultaados del kit Am
mplideX™ FMR1
1 PCR coincidie
eron en los doss centros y tam
mbién con los resultados pub licados de 27 ccentros europeeos que utilizaron diversas metodologías de PCR para FFMR1. P
Página 20 de 30
0
Tabla 11. Resume
en de los resultados del pane
el X frágil de laa OMS (númerro de repeticio
ones CGG) en 2
2 centtros. Estándares d
de la OMS y resultados de evvaluación internacion
nal [19] Resultadoss del kit AmpliideX™ FFMR1 PCR ID
D de la muestra m
Descripción de D
la muestra Rango
o Media Centro 11 Centro 2 07/120 0
Mujer, tipo salva
M
aje 19‐24
4
28‐33
3 22
31 22
31 22
2 31
1 07/122 0
Mu
ujer, premutacción 30‐36
6
100‐13
32 33
113 34
105, 1166 34
4 105, 115 07/168 0
Mujer, mutació
M
ón completa 33‐41
1
300‐40
01 38
346 39
>200 39
9 >20
00 07/170 0
Ho
ombre, mutaciión completa 60 353‐96
754 >200 >20
00 07/174 0
Hom
mbre, premutaación
97‐127 114 112, 1199 112, 119 mbién pueden utilizarse como controles mu
uestras de ADN
N de línea celuular bien caractterizadas proceedentes del Co
oriell Cell Tam
Rep
pository [17, 18]. Las combin
naciones de muestras de ADN
N de línea celuular pueden generar un contrrol agrupado riico en info
ormación en una PCR. En la Figura 12 se m
muestra un ejem
mplo de resultaado de electro
oferograma corrrespondiente a una mu
uestra de contrrol agrupado que combina un
n ADN de cuatrro líneas celulaares del CCR. C
Consulte la seccción del pro
ocedimiento de
e calibración para conocer la formulación d
de este control agrupado. Esstas cuatro líneeas celulares offrecen G. Las longitud
alelos FMR1 corre
espondientes aa 20, 29, 31, 54
4, 119 y 199 re
epeticiones CGG
des de repeticiones de los prrimeros cinco alelos se ve
erificaron por secuenciación d
de Sanger [23]. Por lo tanto, el kit AmplideeX™ FMR1 PCR es trazable al método de secuenciación de ADN y a los materiales de
el panel del X ffrágil que puedden solicitarse al NIBSC. Figu
ura 12. Electro
oferograma de
e un control agrupado que m
muestra los resultados de la P
PCR con cebad
dores repe
etidos (RP) CGG para cuatro líneas celulare
es que abarcann 20, 29, 31, 54, 119 y 199 CGG. El trazado
o supe
erpuesto muesstra la resolución de repeticio
ones y las inte nsidades de seeñal para los primeros cuatro
o alelos. Parte III: Caraccterísticas esspeciales 
Resolución de la cigosidad. La PCR ccon cebadores repetidos (RP) CGG ofrece una señal única para distinguiir los alelos homocigotos de los heterocigotos. En la Fiigura 13 se mu
uestran perfiless de ejemplo ppara alelos hom
mocigotos y heeterocigotos. LLos producto
os de la PCR prrocedentes de alelos homocigotos revelan una señal de líínea base desp
pués de los picos de repeticio
ones CGG que se extiende haasta el pico de producto de loongitud compleeta y continúa hasta el final d
del electrofe
erograma. A laa inversa, los alelos heterociggotos tienen unn patrón de “d
decaimiento” ccaracterístico d
de producto
os de repeticio
ones CGG que ssuperan el ranggo normal de lla longitud de repeticiones C
CGG, a lo largo de la P
Página 21 de 30
0
detecció
ón de alelos normales y expan
ndidos. Además, los producttos de cebado repetido CGG se generarán incluso si no se d
detecta el pico
o de producto ccon longitud co
ompleta. uívoca Figu
ura 13. Los rea
activos FMR1 p
para la PCR con
n cebadores reepetidos (RP) C
CGG ofrecen u
una señal inequ
de m
muestras de m
mujeres que ressuelve la cigossidad. Los gráfficos superpuestos muestran
n la resolución yy las inte
ensidades de se
eñal de los productos de la PC
CR con cebadoores repetidos (RP) en el ranggo de 500 a 70
00 pb. Cada pico del amp
plicón con cebaadores repetidos (RP) CGG esstá separado p
por 3 pb. Mujer 30/3
30 CGG
Homocigo
ota
Mujer 29/>200 C
CGG
Heterocigota Mujer 30/3
30 CGG
Homocigo
ota

Mujer 30/>200
Heterocigota dad de la señal en perfiles de
e PCR con cebaadores repetidos (RP) CGG Variación de la intensid
El cebad
dor CGG FMR1 es específico d
de las repeticio
ones CGG y no se hibrida con las secuenciass AGG que se ssuelen encontraar en los aleloss del FMR1. Po
or lo tanto, las interrupcioness en la intensid
dad de la señall del perfil de laa PCR con cebaadores repetidos (RP) CGG co
orresponden a la presencia ddel AGG intercaalado. Se piensa que las “interrup
pciones” AGG confieren estaabilidad al ADN
N y reducen el rriesgo de expansión en la gen
neración siguieente [10‐13]. La Figura 14 ssiguiente muesstra un ejemplo
o representativvo con 2 muesstras de longitu
ud casi idénticaa, un alelo 30,,60 y uno 31,61
1. Figu
ura 14. Electro
oferogramas qu
ue comparan u
una muestra d
de 30,60 CGG ccon AGG en am
mbos alelos (arrriba), fren
nte a una muesstra de longitu
ud similar, 31,6
61 CGG con AG
GG solamente en el alelo 31 CGG (abajo). El alelo 61 C
CGG no tiene in
nterrupciones AGG. El perfil de picos de la PCR con cebad
dores repetidos (RP) CGG moostró 4 AGG paara la primera m
muestra y solamente 2 AGG parra la segunda m
muestra. Basán
ndose en el reccuento de picoos y en la infereencia de haplo
otipos para la localizacción de las secu
uencias AGG [2
24, 25], es posible deducir enn muchos casoss el patrón exaacto de repeticciones CGG y de
e interrupcione
es AGG, incluso en muestras de mujeres. Lim
mitaciones del pro
ocedimie
ento de exxamen 
Es posible que esta pru
ueba no detectte formas poco
o frecuentes dee deficiencia de FMRP no cau
usadas por la expansió
ón de CGG, tale
es como la elim
minación o la m
mutación puntuual, o el retraso mental asociado a otros lugares P
Página 22 de 30
0
frágiles. En estos casos, los estudios de enlaces, citogenéticos o de secuenciación, así como los ensayos diseñados para identificar mutaciones y eliminaciones poco frecuentes, pueden ofrecer información adicional importante. 
Los cebadores F,R FAM del FMR1 y los cebadores CGG del FMR1 carecen de lugares de unión polimórficos tal como los definidos por la base de datos Single Nucleotide Polymorphism, versión dbSNP, build 131, y Human Genome Build 37.1. Sin embargo, la presencia de variantes poco frecuentes del gen FMR1 puede hacer que se obtengan resultados falsos o “miscalls” (predicciones erróneas). Por lo tanto, los resultados del ensayo deben interpretarse teniendo en cuenta otros datos de laboratorio y el estado clínico global del paciente. Esta prueba no debe utilizarse por sí sola para diagnosticar el síndrome del X frágil o los trastornos asociados al X frágil. Valores para las decisiones médicas Intervalos de referencia biológica Los alelos con mutación completa abarcan de 200 a más de 1.000 repeticiones. Por encima de 200 repeticiones, el fenotipo del FXS se asocia al estado de metilación del alelo, y no necesariamente al número de repeticiones superiores a 200 CGG [8]. En el caso de los alelos con premutación (de aprox. 60 a 200 repeticiones), el riesgo de expansión a una mutación completa aumenta con el tamaño. Por encima de 100 repeticiones, existe un riesgo sistemático de expansión en la siguiente generación [9]. Los límites en las longitudes de repeticiones CGG entre alelos normales, intermedios y con premutación están asociados a las longitudes de repetición más pequeñas que pueden expandirse a una mutación completa. En la Tabla 12 se muestran los límites actuales según el Colegio Americano de Genética Médica y la Sociedad Europea de Genética Humana [22, 26, 27]. Según las pautas locales, los límites pueden ser diferentes en otras regiones. Tabla 12. Límites de los genotipos relativos a varias longitudes de repeticiones CGG en el gen FMR1 según la región. Categoría del genotipo Directrices ACMG Directrices ESHG
Normales <44 <50
Intermedios 45‐54 50‐58
Premutación 55‐200 59‐200
Mutación completa >200 >200
Características de rendimiento Analíticas 
Especificidad analítica Los cebadores directo (“forward”) e inverso (“reverse”) son específicos del gen del retraso mental humano (FMR1) X frágil (NC_000023.10) y abarcan la región de repeticiones CGG dentro de la región 5’ no traducida (UTR) del gen (NT_011681.16, Human Chromosome X Contig, Reference Assembly). La amplificación específica del alelo FMR1 se verificó mediante la secuenciación del ADN y comprobando líneas celulares bien caracterizadas y muestras clínicas representativas. 
Rango de partida de ADN El rango del ADN de partida se evaluó por primera vez con 1 a 100 ng de ADN de línea celular. Los productos de longitud completa de la PCR específica y con cebadores repetidos (RP) CGG se observaron con todas las cantidades de ADN. La precisión del tamaño no se vio afectada por la cantidad de ADN. Una muestra en mosaico que contenía 20% de 940 CGG en un fondo con 80% de 23 CGG fue testada a continuación en el rango de 1 a 100 ng de ADN. El rango recomendado es de 20 a 80 ng de ADN por PCR. 
Sensibilidad analítica La detección de un alelo con mutación completa poco abundante se determinó con 40 ng de partida utilizando una valoración analítica de dos muestras clínicas. Una muestra clínica con mutación completa de hombre se mezcló Página 23 de 30
con un alelo normal de hombre de 31 CGG para generar diferentes porcentajes del alelo con mutación completa entre 0 y 100%, manteniendo el ADN total constante en 40 ng. Los picos de repeticiones CGG y los picos de producto específicos de longitud completa se detectaron en muestras con tan solo un 1% de mutación completa, lo que equivalía a 400 pg de un alelo con mutación completa en un fondo de 39,6 ng de alelo normal. La intensidad de la señal del pico de producto de longitud completa y los picos con cebadores repetidos (RP) CGG aumentaron al incrementar la cantidad de partida relativa del alelo con mutación completa. El límite de detección para una detección robusta y reproducible de un alelo con mutación completa fue del 5%. 
Exactitud de la medición La exactitud de la medición depende del tamaño del amplicón y de la morfología de los picos específicos del gen. Todos los tamaños se determinaron utilizando los picos más altos o centrales para todos los alelos. La exactitud en la medición del tamaño se determinó en comparación con una secuencia de ADN en el rango de 20 a 119 repeticiones. Entre 119 y 200 CGG, la exactitud de la medición de los picos de producto específicos de longitud completa se relacionó con el número de picos individuales CGG de los productos de la PCR con cebadores repetidos (RP) CGG. Por encima de 200 CGG (o aprox. 821 pb), todos los alelos se clasifican en la categoría de >200 CGG. La exactitud de la medición se determinó con los controles de ADN de línea celular publicados utilizando la medida de picos específicos y recuento de picos absolutos de los productos de la PCR con cebadores repetidos (RP) CGG y el panel estándar internacional de la OMS para controles del X frágil. 
Precisión 1.
Reproducibilidad La reproducibilidad intraserial fue evaluada por un solo usuario en dos instrumentos de EC distintos (3130xl y 3500xL) utilizando un único termociclador. Cada serie de PCR constó de 7 réplicas para 6 alelos en el rango de medición (20, 29, 31, 54, 119 y 199) y 9 réplicas para un alelo con mutación completa (940 CGG). La precisión fue evaluada después de la conversión del tamaño del amplicón (pb) en repeticiones CGG (redondeándolas a un número entero) según los factores de corrección de tamaño (Co) y movilidad (mo) específicos de cada instrumento (consulte la sección de análisis del tamaño de los fragmentos, página 12). La diferencia máxima en la longitud de repeticiones medida fue de 1 CGG para el alelo 199 (Tabla 13). Estos resultados se corresponden con una coincidencia del 100% entre todas las réplicas para identificar alelos normales, intermedios o con premutación, dentro de la precisión del método (Tabla 13). Tabla 13. Resumen de la reproducibilidad del método para determinar la longitud de repeticiones CGG. Instrumento Característica
Número de observaciones 3130xl 3500xl 2.
20 CGG 29 CGG 31 CGG 54 CGG 119 CGG 199 CGG 940 CGG
7 Porcentaje de acuerdo 100%
7 7 7 7 7 9 100%
100%
100%
100% 100%
100%
CGG mínima 20
29
31
54
119 199
CGG máxima 20
29
31
54
119 200
Número de observaciones 7 7 7 7 7 7 9 100%
100%
100%
100% 100%
100%
Porcentaje de acuerdo 100%
CGG mínima 20
29
31
54
119 198
CGG máxima 20
29
31
54
119 199
>200 >200 Reproducibilidad dentro del laboratorio La variabilidad del método dentro del laboratorio se evaluó analizando 7 alelos diferentes que representaban un rango clínicamente relevante de longitudes de repeticiones CGG. Dos usuarios, cada uno utilizando un termociclador distinto, realizaron reacciones PCR en 4 días diferentes a lo largo de un período de 7 días para un total de 8 series de PCR. Cada serie de PCR constó de 7 réplicas para 6 alelos en el rango de medición (20, 29, 31, 54, 119 y 199) y 9 réplicas para un alelo con mutación completa (940 CGG) para un total de 51 Página 24 de 30
productos de PCR específicos del alelo por serie. Todos los productos de PCR se analizaron en dos instrumentos de EC distintos (3130xl o 3500xL). Así, se generó un total de 8 x 51 x 2 = 816 resultados de alelos. Independientemente de la serie, el día, el usuario o el instrumento, se obtuvo la misma longitud de repeticiones CGG para los alelos 20, 29 y 31. La diferencia máxima en la longitud de repeticiones medida fue de 1 CGG para los alelos 54 y 119, y de 2 CGG para el alelo 199. Todos los alelos con mutación completa se clasificaron en la categoría >200 CGG. Estos resultados se corresponden con una coincidencia del 100% entre todas las observaciones para identificar alelos normales, intermedios, con premutación o con mutación completa, dentro de la precisión del método (Tabla 14). En la Tabla 15 se incluye también una estimación de la precisión para los tamaños de productos de la PCR correspondientes medidos en pares de base por cada instrumento. Las desviaciones estándar se calcularon utilizando todos los datos observados para cada alelo antes del cálculo de la longitud de repeticiones CGG usando los factores de conversión específicos del instrumento correspondientes (consulte la parte I de la sección de interpretación de los datos, página 18). Tabla 14. Resumen de la variabilidad del método dentro del laboratorio para determinar la longitud de repeticiones CGG. Característica Número de observaciones 20 CGG 29 CGG 31 CGG 54 CGG 119 CGG 199 CGG Norm. Norm. Norm. Interm. Premut. Premut. 112 Porcentaje de acuerdo 100% 940 CGG
Mut. compl. 112 112 112 112 112 144 100%
100%
100%
100%
100% 100% CGG mínima 20 29
31
53
118
198 CGG máxima 20 29
31
54
119
200 >200 Tabla 15. Estimación de la precisión del método dentro del laboratorio para medir el tamaño en pares de bases. Instrumento 3500xL 3130xl 3.
Característica
20 CGG 29 CGG 31 CGG 54 CGG 119 CGG 199 CGG 940 CGG
Número de observaciones 56 56 56 56 56 56 72 Mínimo (pb) 291,42
318,14
324,01
390,75
583,08 820,54
1046,15
Máximo (pb) 293,28
319,62
325,5
392,46
584,46 824,16
1076,14
Tamaño medio (pb)
292,51
319,01
324,84
391,76
583,91 823,09
1058,67
Desv. est. 0,45
0,41
0,41
0,44
0,38 1,26
7,72
%CV 0,15%
0,13%
0,13%
0,11%
0,07% 0,15%
0,73%
Número de observaciones 56 56 56 56 56 56 72 Mínimo (pb) 288,95
315,33
321,14
388,04
580,64 818,02
1042,7
Máximo (pb) 289,79
316,29
322,12
388,96
581,39 822,29
1062,61
Tamaño medio (pb)
289,45
315,93
321,77
388,58
581,10 820,53
1051,73
Desv. est. 0,20
0,21
0,21
0,22
0,19 1,16
5,36
%CV 0,07%
0,07%
0,06%
0,06%
0,03% 0,14%
0,51%
Reproducibilidad entre laboratorios La reproducibilidad entre laboratorios se evaluó comprobando diferentes alelos en el rango de medición (20, 29, 31, 54, 119 y 199 CGG) en tres laboratorios distintos. En el centro 1, el análisis consistió en 7 réplicas, cada una en dos instrumentos de EC distintos (3130xl y 3500xL). En el centro 2 se prepararon cuatro réplicas de PCR y se analizaron en un 3130xl. En el centro 3 se prepararon cinco réplicas de PCR y se analizaron usando un 3500xL. Así, se generó un total de 11 réplicas para cada resultado de alelo utilizando un 3500xL, y se recogió Página 25 de 30
un total de 12 réplicas para cada alelo usando un 3130xl. Independientemente de la serie, el centro o el instrumento, se obtuvo la misma longitud de repeticiones CGG para los alelos 20, 29, 31, 54 y 119. La única diferencia en la longitud de repeticiones medida fue de 1 CGG para el alelo 199 en el 3130xl, y de 2 CGG para el alelo 199 en el 3500xL; ambos se encontraron dentro del rango esperado en esta longitud de repeticiones. Estos resultados se corresponden con una coincidencia del 100% entre todas las observaciones de distintos laboratorios para identificar alelos normales, intermedios o con premutación (Tabla 16). Tabla 16. Resumen de la reproducibilidad del método entre laboratorios para determinar la longitud de repeticiones CGG. Instrumento Característica
Número de observaciones 3130xl 3500xl 
20 CGG 29 CGG 31 CGG 54 CGG 119 CGG 199 CGG
12 Porcentaje de acuerdo 100%
12 12 12 12 12 100%
100%
100%
100% 100%
CGG mínima 20
29
31
54
119 199
CGG máxima 20
29
31
54
119 200
Número de observaciones 11 11 11 11 11 11 100%
100%
100%
100% 100%
Porcentaje de acuerdo 100%
CGG mínima 20
29
31
54
119 198
CGG máxima 20
29
31
54
119 200
Interferencia La bibliografía científica ha documentado que sustancias endógenas y exógenas contenidas en la sangre periférica pueden interferir en los métodos de PCR inhibiendo la actividad de la ADN polimerasa [28, 29]. Por lo tanto, es necesario purificar el ADN antes del paso de amplificación de la PCR. Se ha demostrado que los métodos estándar de extracción del ADN eliminan estos compuestos potencialmente interferentes [30]. El kit AmplideX™ FMR1 PCR se diseñó para ser compatible con métodos de extracción de ADN comerciales y validados en el laboratorio. Durante la prueba de 196 muestras clínicas representativas no se observó ninguna inhibición. Rango de medición 
El rango de medición de la longitud de repeticiones es de 5 a 200 CGG. Por encima de 200 CGG todos los alelos se clasifican en la categoría de >200 CGG. Diagnósticas y clínicas El kit AmplideX™ FMR1 PCR se evaluó con un conjunto de 196 muestras clínicas obtenidas de dos centros externos empleando métodos de PCR específica y con cebadores repetidos (RP) CGG. Un conjunto de 146 muestras, caracterizadas previamente mediante el método de Southern blot, se enviaron a Asuragen para su análisis. Las otras 50 muestras se evaluaron en un laboratorio externo. Los técnicos de laboratorio que realizaron el análisis de la PCR asignaron de forma anónima los genotipos de las muestras. Los resultados de ambas metodologías de PCR en cada centro fueron idénticos, y se resumen en la Tabla 17 con una comparación con el método de Southern blot para cada categoría de genotipos en cada centro. El conjunto total de muestras constó de 75 alelos normales (NOR), 6 alelos intermedios (INT), 43 alelos con premutación (PM) y 72 alelos con mutación completa (FM), incluidos algunos alelos con más de 1.000 repeticiones CGG. El índice de aceptación inicial con el kit AmplideX™ FMR1 PCR fue del 98,5% (193/196); las tres muestras restantes se amplificaron con éxito al repetir la PCR. Todas las muestras de los rangos normal, intermedio, premutación y mutación completa se identificaron correctamente con el kit AmplideX™ FMR1 PCR. Página 26 de 30
Tabla 17. Resumen de los genotipos observados de las muestras por centro y metodología comparados con los obtenidos mediante el método de Southern blot. Categoría Asuragen (PCR) Externo (PCR)
Total por PCR
Total por Southern NOR 42 33
75
75
INT 3 3
6
6
PM 33 8
41
43
Total de FM 68 6
74
72
Total 146 50
196
196
En total, 194 de las 196 muestras coincidieron con el método de Southern blot en las mediciones según el genotipo por categorías del alelo FMR1 más largo. Dos de las muestras con alelos con premutación fácilmente detectables con el kit y el método de Southern blot también presentaron picos de baja intensidad correspondientes a alelos con mutación completa, que solamente pudieron detectarse con el kit. Estos resultados pueden reflejar que la tecnología AmplideX™ basada en la PCR presenta una sensibilidad mayor que el método de Southern blot para alelos con mutación completa de baja abundancia [17, 23]; consulte también el apartado anterior de sensibilidad analítica (página 23). En la Tabla 18 se resume el rendimiento de la prueba para la clasificación precisa de alelos con mutación completa. Método de Southern Tabla 18. Resumen del rendimiento del kit para la detección de alelos con mutación completa en comparación con el método de Southern blot. Positivos: >200 CGG. Negativos: ≤200 CGG. AmplideX™ PCR
Positivos Negativos Total
Positivos 72 0 72
Negativos 2* 122
124
Total 74 122
196
*Estas dos muestras presentaron alelos con premutación con ambos métodos, mientras que los alelos con mutación completa de baja intensidad solamente pudieron detectarse con el kit AmplideX™ FMR1 PCR [23]. La sensibilidad diagnóstica fue del 100% [95% CI: 94,9‐100%], la especificidad diagnóstica fue del 98,4% [95% CI: 94,3‐
99,6%], y la exactitud global fue del 99% [95% CI: 96,4‐99,7%]. Aviso al comprador 1.
Este producto está indicado para uso diagnóstico in vitro. 2.
El kit para diagnóstico in vitro AmplideX™ FMR1 PCR con la marca CE se fabrica en EE.UU. únicamente para su exportación. No está permitida su reintroducción en EE.UU. 3.
Este producto no puede revenderse, modificarse para su reventa ni utilizarse para fabricar productos comerciales sin la aprobación por escrito de Asuragen. 4.
Amplidex™ es una marca registrada de Asuragen, Inc. 5.
Este producto está cubierto por la patente estadounidense número 6.270.962 y por las patentes relacionadas emitidas o pendientes, concedidas bajo licencia a Asuragen, Inc. por EPICENTRE Technologies Corporation, 726 Post Road, Madison, WI 53713, EE.UU. 6.
La compra de este producto concede al comprador un derecho limitado, no exclusivo y no transferible dentro de las patentes o solicitudes de patentes a usar el producto adquirido para realizar pruebas de diagnóstico molecular Página 27 de 30
dirigidas al gen FMR1 o el gen FMR2. No se concede ninguna otra licencia al comprador, ya sea de forma explícita, implícita, legal ni de ninguna otra forma. 7.
Todos los instrumentos deben mantenerse y utilizarse según las instrucciones del fabricante. 8.
Asuragen no se hace responsable en modo alguno (ya sea por motivos contractuales, extracontractuales [incluida la negligencia] o de otro tipo) de ninguna reclamación derivada o relacionada con el uso de este producto. Ninguna parte de este documento excluye o limita cualquier responsabilidad cuya exclusión o limitación por parte de Asuragen sea ilegal. Bibliografía 1. Verkerk, A.J., et al., Identification of a gene (FMR‐1) containing a CGG repeat coincident with a breakpoint cluster region exhibiting length variation in fragile X syndrome. Cell, 1991. 65(5): p. 905‐14. 2. Hagerman, R.J. and P.J. Hagerman, Testing for fragile X gene mutations throughout the life span. Jama, 2008. 300(20): p. 2419‐21. 3. Oostra, B.A. and R. Willemsen, A fragile balance: FMR1 expression levels. Hum Mol Genet, 2003. 12 Spec No 2: p. R249‐57. 4. Jin, P., R.S. Alisch, and S.T. Warren, RNA and microRNAs in fragile X mental retardation. Nat Cell Biol, 2004. 6(11): p. 1048‐53. 5. Hagerman, R.J. and P.J. Hagerman, The fragile X premutation: into the phenotypic fold. Curr Opin Genet Dev, 2002. 12(3): p. 278‐83. 6. Iwahashi, C.K., et al., Protein composition of the intranuclear inclusions of FXTAS. Brain, 2006. 129(Pt 1): p. 256‐71. 7. Hagerman, R. and P. Hagerman, Fragile X Syndrome: Diagnosis, Treatment, and Research. 2002, The Johns Hopkins University Press: Baltimore p. 3‐109. 8. de Vries, B.B., et al., Variable FMR1 gene methylation of large expansions leads to variable phenotype in three males from one fragile X family. J Med Genet, 1996. 33(12): p. 1007‐10. 9. Nolin, S.L., et al., Expansion of the fragile X CGG repeat in females with premutation or intermediate alleles. Am J Hum Genet, 2003. 72(2): p. 454‐64. 10. Zhong, N., et al., Fragile X "gray zone" alleles: AGG patterns, expansion risks, and associated haplotypes. Am J Med Genet, 1996. 64(2): p. 261‐5. 11. Fernandez‐Carvajal, I., et al., Expansion of an FMR1 grey‐zone allele to a full mutation in two generations. J Mol Diagn, 2009. 11(4): p. 306‐10. 12. Kunst, C.B., et al., The effect of FMR1 CGG repeat interruptions on mutation frequency as measured by sperm typing. J Med Genet, 1997. 34(8): p. 627‐31. 13. Eichler, E.E., et al., Length of uninterrupted CGG repeats determines instability in the FMR1 gene. Nat Genet, 1994. 8(1): p. 88‐94. 14. Hagerman, R.J. and P.J. Hagerman, Fragile X Syndrome: Diagnosis, Treatment, and Research. 3rd ed. 2002, Baltimore: The Johns Hopkins University Press. 3‐109. 15. Saluto, A., et al., An enhanced polymerase chain reaction assay to detect pre‐ and full mutation alleles of the fragile X mental retardation 1 gene. J Mol Diagn, 2005. 7(5): p. 605‐12. 16. Ulfelder, K.J. and B.R. McCord, The separation of DNA by Capillary Electrophoresis, in Handbook of Capillary Electrophoresis, J.P. Landers, Editor. 1997, CRC Press LLC: Salem. p. 347‐378. 17. Chen, L., et al., An information‐rich CGG repeat primed PCR that detects the full range of fragile X expanded alleles and minimizes the need for southern blot analysis. J Mol Diagn, 2010. 12(5): p. 589‐600. 18. Amos Wilson, J., et al., Consensus Characterization of 16 FMR1 Reference Materials: A Consortium Study. J Mol Diagn, 2008. 10(1): p. 2‐12. Página 28 de 30
19. Hawkinss, M., et al., Preeparation and validation of th
he first WHO innternational geenetic referencce panel for Fra
agile X syndrom
me. Eur J Hum G
Genet, 2010. 20. Chastain
n, P.D., 2nd, et al., Anomalouss rapid electrop
phoretic mobillity of DNA conntaining triplett repeats assocciated with hum
man disease geenes. Biochemiistry, 1995. 34((49): p. 16125‐‐31. 21. Kiba, Y., L. Zhang, and YY. Baba, Anom
malously fast migration of tripplet‐repeat DNA
A in capillary eelectrophoresiss with olymer solution
n. Electrophore
esis, 2003. 24(3
3): p. 452‐7. linear po
22. Sherman
n, S., B.A. Pletccher, and D.A. D
Driscoll, Fragilee X syndrome: diagnostic andd carrier testin
ng. Genet Med,, 2005. 7(8): p. 5
584‐7. 23. Filipovic‐‐Sadic, S., et al., A novel FMR
R1 PCR method
d for the routin e detection of low abundancce expanded allleles and full m
mutations in frragile X syndro
ome. Clin Chem
m, 2010. 56(3): p. 399‐408. 24. Poon, P.M., et al., AGG
G interspersion analysis of thee FMR1 CGG reepeats in menttal retardation of unspecific ccause. 9(3): p. 244‐8. Clin Biocchem, 2006. 39
25. Eichler, EE.E., et al., Hap
plotype and intterspersion ana
alysis of the FM
MR1 CGG repeaat identifies tw
wo different mu
utational pathwayys for the origin
n of the fragilee X syndrome. H
Hum Mol Geneet, 1996. 5(3): p. 319‐30. 26. Spector, E.B., Standard
ds and Guidelin
nes for Clinical Genetics Labooratories. Amerrican College o
of Medical Genetics, 2006. ome. . Clinical 27. Macpherson, J. and H. Sawyer. Practice Guidelines ffor Molecular Diagnosis of FFragile X Syndro
Moleculaar Genetics Society 2005 [ciited 2011 Febrruary]; http://w
www.cmgs.org//BPGs/pdfs%20
0current%20bp
pgs/Fragile%200X.pdf]. 28. Wiedbraauk, D.L., J.C. W
Werner, and A.M
M. Drevon, Inh
hibition of PCR by aqueous annd vitreous fluiids. J Clin Microbiol, 1995. 33
3(10): p. 2643‐6
6. 29. Panaccio
o, M. and A. Le
ew, PCR based diagnosis in th
he presence of 88% (v/v) bloodd. Nucleic Acidss Res, 1991. 19
9(5): p. 1151. R., et al., Rapid and simple meethod for purifi
fication of nucleeic acids. J Clin
n Microbiol, 19
990. 28(3): p. 495‐503. 30. Boom, R
Ap
péndice A
A: Glosarrio de sím
mbolos Símbolo
o Descripción
n e catálogo Número de
Código de lote Contiene su
uficiente mate
erial para <n> p
pruebas Consulte laas instrucciones antes del uso
o Límites de temperatura Fecha de caaducidad o médico para d
diagnóstico in vitro Dispositivo
Marca CE Representaante autorizada en la Comunidad Europea
Fabricado p
por P
Página 29 de 30
0
© 2012, Asuraagen Inc. To
odos los dereechos reservvados. Kit AmplideX™ FMR1 P
PCR PC‐01
164ESv5a Fech
ha de entrad
da en vigor: 2012‐07 Página 30 de 30
0
Was this manual useful for you? yes no
Thank you for your participation!

* Your assessment is very important for improving the work of artificial intelligence, which forms the content of this project

Download PDF

advertising