Guía del usuario del sistema MiSeq - Support

Guía del usuario del sistema MiSeq - Support
Guía de usuario
del sistema MiSeq®
PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACIÓN
PROPIEDAD DE ILLUMINA
N.º referencia 15027617 Rev. O ESP
N.º de catálogo SY-410-9001DOC
Septiembre de 2014
El presente documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina"), y están previstos solamente para el uso
contractual de sus clientes en relación con el uso de los productos aquí descritos y a ningún otro efecto. El presente documento y su contenido no se
utilizarán ni distribuirán a ningún otro efecto ni tampoco se comunicarán, divulgarán ni reproducirán en ninguna otra forma sin el consentimiento
previo por escrito de Illumina. Illumina no transfiere mediante este documento ninguna licencia bajo sus derechos de patente, marca comercial,
propiedad intelectual ni derechos de autor ni similares derechos de terceros.
En un documento aparte, se le otorga la licencia del Software en virtud de los términos y condiciones del Acuerdo de licencia del software de
secuenciación de Illumina. Si no acepta dichos términos y condiciones, Illumina no le otorgará la licencia del Software y no deberá utilizarlo ni
instalarlo.
Para garantizar el uso correcto y seguro de los productos aquí descritos, el personal cualificado y adecuadamente capacitado debe seguir sus
instrucciones de manera rigurosa y expresa. Debe leer y entender completamente todo el contenido del presente documento antes de usar los
productos.
SI NO SE LEEN COMPLETAMENTE NI SE SIGUEN EXPRESAMENTE TODAS LAS INSTRUCCIONES AQUÍ CONTENIDAS, PODRÍAN
PRODUCIRSE DAÑOS EN EL PRODUCTO, LESIONES EN PERSONAS (USUARIOS U OTROS) Y DAÑOS EN OTRA PROPIEDAD.
ILLUMINA NO ASUME RESPONSABILIDAD ALGUNA DERIVADA DEL USO INCORRECTO DE LOS PRODUCTOS AQUÍ DESCRITOS
(INCLUIDAS LAS PIEZAS O EL SOFTWARE) NI DEL USO DE DICHOS PRODUCTOS FUERA DEL ÁMBITO DE LAS LICENCIAS EXPRESAS
ESCRITAS O PERMISOS OTORGADOS POR ILLUMINA EN RELACIÓN CON LA ADQUISICIÓN DE DICHOS PRODUCTOS POR PARTE DE
LOS CLIENTES.
PARA USO DE INVESTIGACIÓN SOLAMENTE
© 2014 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.
Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, GAIIx, Genetic
Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect, ForenSeq, MiSeq, MiSeqDx,
MiSeq FGx, NeoPrep, Nextera, NextBio, NextSeq, Powered by Illumina, SeqMonitor, SureMDA, TruGenome, TruSeq, TruSight, Understand
Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, el color naranja calabaza y el diseño de las bases de streaming son marcas comerciales de
Illumina, Inc. o de sus filiales en EE. UU. u otros países. Todos los demás nombres, logotipos y marcas comerciales pertenecen a sus respectivos
propietarios.
Este software contiene la biblioteca SeqAn, que está autorizada para Illumina y se distribuye de acuerdo con la siguiente licencia:
Copyright © 2010, Knut Reinert, FU Berlin, Todos los derechos reservados. Están permitidos el uso y la redistribución del código fuente y en
formato binario, siempre y cuando se cumplan las siguientes condiciones:
1
Las redistribuciones del código fuente deben incluir la mención de propiedad intelectual anterior, esta lista de condiciones y la
2
Las redistribuciones en formato binario deben reproducir la mención de propiedad intelectual anterior, esta lista de condiciones y la
consiguiente renuncia.
consiguiente renuncia en la documentación u otros materiales incluidos en la distribución.
3
No pueden usarse los nombres de FU Berlin y Knut Reinert ni los nombres de sus colaboradores para avalar o promover los productos
derivados de este software sin el permiso previo por escrito correspondiente.
LOS TITULARES DE LA PROPIEDAD INTELECTUAL Y SUS COLABORADORES PROPORCIONAN ESTE SOFTWARE "TAL CUAL", Y
RENUNCIAN A TODAS LAS GARANTÍAS EXPLÍCITAS O IMPLÍCITAS, ENTRE LAS QUE SE INCLUYEN, A MODO ENUNCIATIVO PERO NO
TAXATIVO, LAS GARANTÍAS IMPLÍCITAS DE COMERCIABILIDAD Y ADECUACIÓN A UN FIN ESPECÍFICO. EL TITULAR DE LA
PROPIEDAD INTELECTUAL Y SUS COLABORADORES NO SE RESPONSABILIZARÁN EN NINGÚN CASO DE LOS DAÑOS DIRECTOS,
INDIRECTOS, ACCIDENTALES, CUANTIFICABLES, PUNITIVOS O CONSECUENTES (ENTRE LOS QUE SE INCLUYEN LA PRESTACIÓN DE
BIENES O SERVICIOS DE SUSTITUCIÓN, LA PÉRDIDA DE USOS, DATOS O BENEFICIOS, Y LA INTERRUPCIÓN DEL NEGOCIO),
INDEPENDIENTEMENTE DE CÓMO SE PRODUZCAN Y DEL PRINCIPIO DE RESPONSABILIDAD QUE SE APLIQUE, YA SEA
ii
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
CONTRACTUAL, POR HECHOS AJENOS O POR ACTO ILÍCITO CIVIL (NEGLIGENTE O NO), QUE SE DERIVEN DE CUALQUIER MODO
DEL USO DE ESTE SOFTWARE, AUNQUE SE AVISE DE LA POSIBILIDAD DE DICHOS DAÑOS.
Leer antes de usar el producto
Este producto, y su uso y disposición, están sujetos a los siguientes términos y condiciones. Si el comprador no acepta estos
términos y condiciones, no contará con la autorización de Illumina para utilizar el producto y no deberá utilizarlo.
1
Definiciones. "PI de aplicaciones específicas" hace referencia a los derechos de propiedad intelectual que controla o
posee Illumina y que atañen a este producto (y a su uso) solo en relación con aplicaciones específicas o campos
específicos. La PI de aplicaciones específicas excluye toda propiedad intelectual bajo el control o la posesión de Illumina
que cubra los aspectos o las características de este producto (o su uso) que sean comunes a este producto en todas las
posibles aplicaciones y todos los posibles campos de uso (la "PI común"). La PI de aplicaciones específicas y la PI
común son subconjuntos individuales y no coincidentes de todos los derechos de propiedad intelectual que controla o
posee Illumina. A modo enunciativo pero no taxativo, los derechos de propiedad intelectual de Illumina sobre métodos
diagnóstico específicos, métodos forenses específicos o biomarcadores de ácido nucleico, secuencias o combinaciones de
biomarcadores o secuencias específicos son ejemplos de una PI de aplicaciones específicas. "Consumibles" hace
referencia a los elementos fungibles y los reactivos de marca Illumina que ha concebido Illumina para su uso junto con el
hardware, así como para su consumo mediante el uso de este último. "Documentación" hace referencia al manual del
usuario de Illumina correspondiente a este producto, incluido, entre otros, los prospectos y cualquier otro tipo de
documentación que se adjunte a este producto, al que el producto haga referencia o que se encuentre en el embalaje de este
vigentes en la fecha de envío de Illumina. La documentación incluye este documento. "Hardware" hace referencia a los
instrumentos, accesorios o periféricos de marca Illumina. "Illumina" hace referencia a Illumina, Inc. o a un afiliado de
Illumina, según corresponda. "Producto" hace referencia al producto al que se adjunta este documento (por ejemplo,
hardware, consumibles o software). "Comprador" es la persona o entidad que adquiere de manera legal y correcta este
producto de Illumina o de un distribuidor autorizado de Illumina. "Software" hace referencia al software de marca
Illumina (por ejemplo, el software que se ejecuta en el hardware o el software de análisis de datos). Todo el software se
concede mediante licencia y no se vende, al tiempo que puede estar sujeto a términos adicionales que figuren en el
acuerdo de licencia del usuario final del software. "Especificaciones" hace referencia a las especificaciones escritas de
Illumina con respecto a este producto vigentes en la fecha de envío del producto por parte de Illumina.
2
Derechos exclusivos para uso en investigación. De conformidad con estos términos y condiciones y, a menos que se
acuerde lo contrario por escrito con un directivo de Illumina, al comprador solo se le concede un derecho no exclusivo,
no transferible, personal y sin posibilidad de sublicencia sobre la PI común de Illumina, existente en la fecha de envío de
este producto por parte de Illumina, con el único fin de utilizar este producto en las instalaciones del comprador para los
fines de investigación interna del comprador (que incluye los servicios de investigación prestados a terceros) y solo
conforme a la documentación de este producto, pero queda excluido de manera específica cualquier uso que (a)
requiriera derechos o una licencia por parte de Illumina sobre una PI de aplicaciones específicas, (b) constituya un nuevo
uso de un consumible utilizado previamente, (c) constituya el desmontaje, la ingeniería inversa, la compilación inversa o el
montaje inverso de este producto, (d) constituya la separación, la extracción o el aislamiento de los componentes de este
producto o de otros análisis no autorizados de este producto, (e) conceda acceso a los métodos de funcionamiento de
este producto o determine dichos métodos, (f) constituya el uso de consumibles o reactivos que no sean de Illumina con
el hardware de Illumina (no se aplica si las especificaciones o la documentación disponen lo contrario), o bien (g)
constituya la transferencia a un tercero, o la sublicencia, del software o cualquier software de terceros. Todo el software,
ya se proporcione por separado, se instale o se incorpore en un producto, se otorga en forma de licencia al comprador y
no se vende. Salvo que se estipule de manera expresa en esta sección, ningún derecho ni ninguna licencia de los derechos
de propiedad intelectual de Illumina se otorgan de manera expresa, implícita o por impedimento legal (estoppel).
Guía del usuario del sistema MiSeq
iii
El comprador solo será responsable de determinar si posee todos los derechos de propiedad intelectual
necesarios para los usos previstos de este producto por su parte, incluidos entre otros, cualquier derecho de
terceros o derechos en relación con la PI de aplicaciones específicas. Illumina no garantiza que los usos
previstos específicos del comprador no infrinjan los derechos de propiedad intelectual de un tercero o de una
PI de aplicaciones específicas.
3
Conformidad normativa. Este producto no se ha aprobado, autorizado ni se le ha otorgado licencia alguna por parte de
la Agencia de Medicamentos y Alimentos (FDA, Food and Drug Administration) de EE. UU. o de cualquier otra entidad
normativa, ya sea extranjera o nacional, para ningún uso previsto específico, bien para su uso en investigación, uso
comercial, uso diagnóstico o de cualquier otro tipo. Este producto contiene la etiqueta "Para uso exclusivo en
investigación". El comprador debe asegurarse de que cuenta con todas las aprobaciones normativas pertinentes para los
usos previstos de este producto por su parte.
4
Usos no autorizados. El comprador acepta: (a) utilizar cada consumible solo una vez, y (b) utilizar solo consumibles o
reactivos de Illumina con el hardware de Illumina. Las limitaciones (a) y (b) no se aplican si la documentación o las
especificaciones de este producto disponen lo contrario. El comprador acepta no involucrarse en ninguna de las
siguientes actividades, ni tampoco autoriza a ningún tercero a involucrarse en ninguna de ellas: (i) desmontar, llevar a
cabo ingeniería inversa, compilación inversa o montaje inverso del producto, (ii) separar, extraer o aislar componentes de
este producto, o bien someter al producto o a sus componentes a cualquier análisis que no se haya autorizado
expresamente en la documentación de este producto, (iii) otorgar acceso a los métodos de funcionamiento de este
producto o intentar determinarlos, o bien (iv) transferir a un tercero, o conceder una sublicencia, en relación con cualquier
software o cualquier software de terceros. Además, el comprador acepta que el contenido y los métodos de
funcionamiento de este producto son propiedad de Illumina y que este producto contiene o incluye secretos comerciales
de Illumina. Las condiciones y restricciones que figuran en estos términos y condiciones se negocian como condiciones
de venta y, por tanto, controlan la venta de este producto, así como su uso por parte del comprador.
5
Limitación de responsabilidades. EN LA MEDIDA EN QUE LO PERMITA LA LEY, EN NINGÚN CASO SE
CONSIDERARÁ RESPONSABLE A ILLUMINA NI A SUS PROVEEDORES EN RELACIÓN CON EL
COMPRADOR O CUALQUIER TERCERO DE LOS COSTES DE GESTIÓN DE SUSTITUCIÓN DE
PRODUCTOS O SERVICIOS, DE LA PÉRDIDA DE BENEFICIOS, DATOS U OPERACIONES COMERCIALES,
NI DE NINGÚN DAÑO INDIRECTO, ESPECIAL, ACCIDENTAL, EJEMPLAR, CONSECUENTE O PUNITIVO DE
NINGÚN TIPO DERIVADO DE O RELACIONADO CON, ENTRE OTROS, LA VENTA DE ESTE PRODUCTO,
SU USO, EL CUMPLIMIENTO DE LAS PRESENTES CONDICIONES POR PARTE DE ILLUMINA NI DE
CUALQUIERA DE ESTOS TÉRMINOS Y CONDICIONES, YA SE DERIVEN O PROCEDAN DE CUALQUIER
PRINCIPIO DE RESPONSABILIDAD (BIEN POR CONTRATO, DELITO [INCLUIDA LA NEGLIGENCIA],
RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD).
6
LA RESPONSABILIDAD TOTAL Y ACUMULATIVA DE ILLUMINA CON RESPECTO AL COMPRADOR O
CUALQUIER TERCERO DERIVADA DE, O EN RELACIÓN CON, ESTOS TÉRMINOS Y CONDICIONES,
INCLUIDOS, ENTRE OTROS, ESTE PRODUCTO (INCLUIDO SU USO) Y EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA
CONFORME AL PRESENTE DOCUMENTO, YA SEA POR CONTRATO, DELITO (INCLUIDA LA
NEGLIGENCIA), RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD, NO
SUPERARÁ EN NINGÚN CASO LA CANTIDAD PAGADA A ILLUMINA POR ESTE PRODUCTO.
7
Limitaciones de las garantías concedidas por Illumina. EN LA MEDIDA EN QUE LO PERMITA LA LEY Y DE
ACUERDO CON LA GARANTÍA EXPRESA DEL PRODUCTO QUE FIGURA EN ESTOS TÉRMINOS Y
CONDICIONES, ILLUMINA NO OTORGA NINGUNA GARANTÍA (Y RENUNCIA DE MANERA EXPRESA A
CUALQUIER GARANTÍA), YA SEA EXPRESA, IMPLÍCITA O LEGAL, EN RELACIÓN CON ESTE PRODUCTO,
INCLUIDAS ENTRE OTRAS, CUALQUIER GARANTÍA IMPLÍCITA DE COMERCIABILIDAD, ADECUACIÓN A
UN FIN ESPECÍFICO, DE NO INFRACCIÓN O DERIVADA DE UN RENDIMIENTO, ACUERDO, USO O
TRANSACCIÓN COMERCIAL. SIN LIMITAR LA GENERALIDAD DE LO DISPUESTO ANTERIORMENTE,
iv
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
ILLUMINA NO AFIRMA, REPRESENTA NI GARANTIZA DE NINGUNA MANERA LA UTILIDAD DE ESTE
PRODUCTO PARA LOS USOS PREVISTOS DEL COMPRADOR.
8
Garantía del producto. Todas las garantías son personales del comprador y no se pueden transferir ni asignar a un
tercero, incluido un afiliado del comprador. Todas las garantías son específicas de las instalaciones y no se transfieren si
el producto se traslada a otra instalación del comprador, a menos que Illumina efectúe dicho traslado.
a
Garantía de los consumibles. Illumina garantiza que los consumibles, que no sean personalizados, cumplirán sus
especificaciones hasta el período mayor de los siguientes: (i) 3 meses a partir de la fecha de envío por parte de
Illumina o (ii) la fecha de caducidad o el final de su vida útil impresa previamente en dicho consumible por parte de
Illumina; en ningún caso será superior a un período de 12 meses a partir de la fecha de envío. En relación con los
consumibles personalizados (es decir, consumibles fabricados de acuerdo con las especificaciones o los diseños
elaborados por el comprador o que el comprador, o alguna entidad en su nombre, proporciona a Illumina), Illumina
solo garantiza que los consumibles personalizados se fabricarán y probarán de acuerdo con los procesos de control
de calidad y fabricación estándar de Illumina. Illumina no garantiza que los consumibles personalizados funcionen
de la manera prevista por el comprador o para los usos previstos del comprador.
b
Garantía del hardware. Illumina garantiza que el hardware, que no sean componentes actualizados, cumplirá sus
especificaciones durante un período de 12 meses tras la fecha de envío por parte de Illumina, a menos que el
hardware incluya la instalación ofrecida por Illumina, en cuyo caso el período de garantía comienza en la fecha de
instalación o 30 días después de la fecha de envío, lo que ocurra primero ("Garantía básica del hardware"). El
término "componentes actualizados" hace referencia a los componentes, las modificaciones o las mejoras de Illumina
en el hardware que el comprador haya adquirido previamente. Illumina garantiza que los componentes actualizados
cumplirán sus especificaciones durante un período de 90 días a partir de la fecha de instalación de dichos
componentes actualizados. Los componentes actualizados no amplían el período de garantía del hardware a menos
que la actualización la haya llevado a cabo Illumina en las instalaciones de Illumina, en cuyo caso el hardware
actualizado enviado al comprador incorporará una Garantía básica del hardware.
c
Exclusiones de la cobertura de la garantía. Las anteriores garantías no se aplican en la medida en que el
incumplimiento se deba a (i) un abuso, uso indebido, abandono, negligencia, accidente, almacenamiento inadecuado
o uso contrario a las disposiciones de la documentación o las especificaciones, (ii) una manipulación, instalación,
mantenimiento o reparación indebidos (no realizados por el personal de Illumina), (iii) alteraciones no autorizadas,
(iv) sucesos de fuerza mayor, o bien (v) su uso con un producto de terceros no suministrado por Illumina (a menos
que la documentación o las especificaciones del producto dispongan de manera expresa que dicho producto de
tercero es para su uso con el producto).
d
Procedimiento para la cobertura de la garantía. Con el objeto de ser apto para cualquier servicio de reparación o
sustitución conforme a esta garantía, el comprador debe (i) ponerse en contacto con la mayor brevedad posible con
el departamento de asistencia de Illumina para informarle del incumplimiento, (ii) cooperar con Illumina en la
confirmación o el diagnóstico del incumplimiento y (iii) devolver este producto, con pago previo de los costes de
transporte a Illumina de acuerdo con las instrucciones de Illumina o, si se acuerda entre Illumina y el comprador,
conceder acceso a este producto al personal de reparación autorizado de Illumina con el objeto de confirmar el
incumplimiento y realizar las reparaciones pertinentes.
e
Único recurso legal conforme a la garantía. Según su criterio, Illumina reparará o sustituirá el producto no
conforme a las especificaciones que se confirme que está cubierto por esta garantía. Se ofrece una garantía de 30 días
para los consumibles reparados o sustituidos. El hardware se puede reparar o sustituir por un hardware o
componentes funcionalmente equivalentes, reacondicionados o nuevos (solo si un componente del hardware no
cumple las especificaciones). Si el hardware se sustituye en su totalidad, el período de garantía correspondiente a la
sustitución es de 90 días a partir de la fecha de envío o el período restante de la garantía del hardware original, lo
que sea más breve. Si solo se repara o sustituye un componente, el período de garantía de dicho componente será de
90 días a partir de la fecha de envío o el período restante de la garantía del hardware original, lo que finalice antes.
Guía del usuario del sistema MiSeq
v
f
9
Las anteriores disposiciones establecen la única solución del comprador y las únicas obligaciones de Illumina
conforme a la garantía que se otorga por la presente.
Productos de terceros y garantía. Illumina no tiene ninguna obligación de garantía en relación con ningún producto
procedente de un tercero y que se suministre al comprador de acuerdo con los presentes términos y condiciones.
Los productos de terceros son aquellos que están etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero. La
garantía de los productos de terceros, si la hubiera, la proporciona el fabricante original. Mediante una solicitud por
escrito, Illumina intentará transferir dicha garantía al comprador.
Indemnización.
a
Indemnización por infracción por parte de Illumina. Conforme a estos términos y condiciones, incluidas entre
otras, las exclusiones de las obligaciones de indemnización de Illumina (sección 9[b] más adelante) y las
condiciones de obligación a indemnización (sección 9[d] a continuación), Illumina (i) defenderá, indemnizará y
eximirá al comprador frente a cualquier reclamación o demanda de terceros en la que se alegue que este producto, al
utilizarse con fines de investigación, de acuerdo con estos términos y condiciones y de acuerdo con la
documentación y las especificaciones de este producto, infringe los derechos de propiedad intelectual válidos y
ejecutables de un tercero, y (ii) pagará todas las liquidaciones derivadas, y todos los costes y juicios finales
(incluidos los honorarios razonables de los abogados) que se le imputen al comprador en relación con dicha
reclamación de infracción. Si este producto, o alguna de sus partes, pasa a ser, o según la opinión de Illumina puede
ser, el objeto de una reclamación por infracción, Illumina tendrá derecho, según su propio criterio, a (A) conceder al
comprador el derecho a continuar utilizando este producto, (B) modificar o sustituir este producto con una
sustitución no infractora sustancialmente equivalente, o bien (C) solicitar la devolución de este producto y anular los
derechos, la licencia y cualquier otro permiso otorgado al comprador en relación con este producto, así como a
reembolsar al comprador el valor depreciado (tal como se muestra en los registros oficiales del comprador) del
producto devuelto en el momento de dicha devolución; siempre que, no se otorgue ningún tipo de reembolso para
consumibles utilizados o caducados. Esta sección establece la responsabilidad total de Illumina por cualquier
infracción de derechos de propiedad intelectual de terceros.
b
Exclusiones de obligaciones de indemnización por parte de Illumina. Illumina no tiene la obligación de
defender, indemnizar ni eximir al comprador frente a ninguna reclamación por infracción de Illumina en la medida
en que dicha infracción se deba a lo siguiente: (i) el uso de este producto de una manera o para un propósito que se
encuentre fuera del ámbito de la finalidad de uso para investigación, (ii) el uso de este producto de una manera que
no sea conforme a sus especificaciones, su documentación, los derechos concedidos de manera expresa al
comprador conforme estos términos y condiciones, o cualquier infracción por parte del comprador de estos términos
y condiciones, (iii) el uso de este producto junto con cualquier otro producto, material o servicio no prestados por
Illumina, (iv) el uso de este producto para realizar un ensayo u otro proceso no proporcionado por Illumina, o bien
(v) el cumplimiento de las especificaciones o instrucciones por parte de Illumina para este producto que ha
proporcionado el comprador, o en su nombre (las condiciones de [i] a [v] se denominan "Reclamación excluida").
c
Indemnización por parte del comprador. El comprador defenderá, indemnizará y eximirá a Illumina, sus
afiliados, sus colaboradores no afiliados y los socios de desarrollo que contribuyeron al desarrollo de este
producto, y a sus directivos, directores, representantes y empleados correspondientes frente a cualquier reclamación,
responsabilidad, daño, multa, penas, demanda y pérdida de cualquier tipo, incluidas entre otras, las reclamaciones
por daños personales o muerte y la infracción de los derechos de propiedad intelectual de terceros, que se deriven,
estén relacionadas o procedan de (i) una infracción por parte del comprador de cualquiera de estos términos y
condiciones, (ii) el uso del comprador de este producto fuera del ámbito de su uso para investigación, (iii) cualquier
uso de este producto que no sea conforme a las especificaciones o la documentación de este documento, o bien (iv)
cualquier Reclamación excluida.
vi
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
d
e
Condiciones para obligaciones de indemnización. Las obligaciones de indemnización de las partes estarán
condicionadas por las siguientes acciones de la parte que solicita la indemnización: (i) notificación inmediata a la otra
parte por escrito de dicha reclamación o demanda, (ii) concesión de autorización y control exclusivo a la otra parte
sobre la defensa y arreglo de cualquier reclamación o demanda, (iii) no admisión de la infracción de ningún derecho
de propiedad intelectual sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte, (iv) la no negociación de ningún
acuerdo o compromiso en relación con dicha reclamación o demanda sin el consentimiento previo por escrito de la
otra parte y (v) la prestación de asistencia razonable a la otra parte en la defensa de la reclamación o demanda;
siempre que la parte reembolse a la parte indemnizada los gastos razonables complementarios que se deriven de la
prestación de dicha asistencia.
Productos de terceros e indemnización. Illumina no tiene ninguna obligación de indemnización en relación con
ningún producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador. Los productos de terceros son aquellos
que están etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero. Los derechos de indemnización del
comprador, si los hubiera, en relación con los productos de terceros serán conforme a la indemnización del
propietario de la patente o del fabricante original. Mediante una solicitud por escrito, Illumina intentará transferir
dicha indemnización, si la hubiera, al comprador.
Guía del usuario del sistema MiSeq
vii
viii
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Historial de revisiones
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15027617_ESP
O
Septiembre
de 2014
Se actualizó la siguiente información:
• Novedad en MCS v2.5: actualización de la opción de lavado
posterior al experimento para incluir la limpieza del
conducto de cadena molde
• Actualización de las directrices del lavado posterior al
experimento con hipoclorito de sodio en la limpieza del
conducto de cadena molde
• Adición del volumen de lavado esperado en limpiezas
posteriores al experimento
Se añadió información de flujo de trabajo de VeriSeq relativa a
recursos adicionales, opciones de experimento, opciones de
análisis secundario, lavados de instrumentos y color de la tapa
de las celdas de flujo.
15027617
N
Junio de
2014
Solo disponible en inglés.
Se añadió información relativa al flujo de trabajo de VeriSeq.
Se actualizó la información de las métricas de los experimentos
en cuanto a densidad y generación de grupos.
Se eliminó información sobre el software antivirus. Consulte la
Guía de preparación en el centro del sistema MiSeq.
15027617_ESP
M
Enero de
2014
Actualización conforme a un cambio introducido en MCS v2.4:
Se añadió la función de empaquetado de registros para enviar
archivos de solución de problemas.
Guía del usuario del sistema MiSeq
Descripción del cambio
ix
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15027617
L
Octubre de
2013
Solo disponible en inglés.
Se añadió el reinicio del software del sistema como fase previa
al experimento.
Se añadieron tubos de microcentrífuga a la lista de consumibles
proporcionados por el usuario.
Se eliminó Software MiSeq y ya no consta como capítulo
independiente, sino que su contenido quedó repartido por toda
la guía.
Se eliminó información sobre carpetas de fórmulas
personalizadas.
Se eliminó información sobre los rangos de densidad de grupos
recomendados para los kits de reactivos de MiSeq.
Se eliminaron detalles sobre los kits de reactivos de MiSeq y se
añadió un resumen de las características de dichos kits. Para
obtener información detallada, consulte la documentación de
preparación de reactivos correspondiente al kit que utilice.
Se añadió contenido a la mención de marcas comerciales.
15027617_ESP
K
Agosto de
2013
Errores de formato corregidos.
15027617
J
Agosto de
2013
Solo disponible en inglés.
Descripciones de análisis añadidas para MCS v2.3 y MiSeq
Reagent Kit v3.
Se actualizó la información siguiente:
• Compatibilidad del kit de reactivos y de la versión para
incluir MiSeq Reagent Kit v3
• Descripción de la carpeta de fórmulas personalizadas para
incluir una subcarpeta v3
• Rango de densidades de grupo cambiado para v2; rango
añadido para v3
• Ruta de salida para los archivos de imágenes
Códigos de barras de celdas de flujo corregidos para celdas de
flujo nano (D) y celdas de flujo micro (G)
Información eliminada sobre el kit de reactivos de MiSeq,
incluidos el contenido y los tipos de celdas de flujo. Para
obtener más información, consulte la Guía de preparación de
reactivos de MiSeq (n.º de referencia 15044983).
x
Descripción del cambio
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Revisión
Fecha
15027617_ESP
H
Marzo de
2013
Se añadió una sección titulada Conceptos de MiSeq que
introduce el flujo de trabajo del análisis, el archivo de
manifiesto y la hoja de muestras.
Se eliminó información sobre la generación del archivo FASTQ,
los formatos del archivo de manifiesto, los detalles del flujo de
trabajo del análisis y los detalles de la hoja de muestras. Para
obtener información sobre estos temas, consulte la Guía del
usuario de MiSeq Reporter, n.° de referencia 15028784 o la Guía de
referencia rápida de la hoja de muestras de MiSeq, n.° de referencia
15028392.
Se han eliminado instrucciones para preparar cebadores
personalizados. Para obtener información adicional, consulte
Uso de cebadores personalizados en MiSeq, n.° de referencia
15041638.
15027617
G
Enero de
2013
Solo disponible en inglés.
Se han eliminado instrucciones para desnaturalizar y diluir
bibliotecas de ADN, y preparar un control PhiX de Illumina.
Consulte Preparación de bibliotecas de ADN para la secuenciación
en MiSeq, n.° de referencia 15039740.
Instrucciones actualizadas de lavado del instrumento para
añadir 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de
laboratorio, en lugar de 500 ml de agua de laboratorio.
Guía del usuario del sistema MiSeq
Descripción del cambio
xi
Historial de revisiones
N.° de
referencia
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15027617_ESP
F
Noviembre
de 2012
Se añadió la información nueva siguiente:
• Se añadieron las descripciones de los nuevos kits de
reactivos de MiSeq: Kit nano de reactivo MiSeq y Kit micro
de reactivo MiSeq.
• Se añadió la descripción general de los tipos de celdas de
flujo.
• Se añadió la descripción del flujo de trabajo del análisis de
enriquecimiento.
Se actualizó la información siguiente:
• Novedades de MCS v2.1, se actualizó la pantalla Perform
Wash (Realizar lavado) para añadir una opción de lavado
posterior al experimento y un comando para levantar los
dispensadores.
• Se actualizó la tabla de compatibilidad de versiones para
incluir las dependencias de los kits nano y micro.
• Se actualizó la información sobre compatibilidad de
versiones para incluir nuevos kit de reactivos.
15027617
E
Octubre de
2012
Solo disponible en inglés.
Se actualizó la información siguiente:
• Se corrigieron las instrucciones de preparación de controles
PhiX y la densidad de grupos prevista para los controles
PhiX preparados, con el nuevo valor 1000–1200 K/mm².
• Se constató que el procedimiento de desnaturalización y
dilución de las bibliotecas Preparación de las bibliotecas, no se
aplica a las bibliotecas de Nextera XT ni a las bibliotecas de
TruSeq Amplicon.
• Se cambió el nombre de actualización del paquete de
ampliación de MiSeq a MiSeq hardware upgrade
(Actualización de hardware de MiSeq).
• Se añadió la Guía del usuario de MiSeq Reporter a la lista de
recursos adicionales.
xii
Descripción del cambio
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Revisión
Fecha
15027617_ESP
D
Julio de 2012
Guía del usuario del sistema MiSeq
Descripción del cambio
Se actualizaron las descripciones de software a MCS v2.0.
Se añadió la información nueva siguiente:
• Se añadió una sección titulada Novedades de MCS para
describir las nuevas funciones de software, los cambios en
la interfaz y los cambios en el flujo de trabajo.
• Se añadió el número de catálogo y la descripción del MiSeq
Reagent Kit v2, 500 ciclos.
• Se añadió la sección sobre compatibilidad y requisitos de la
versión.
• Se añadió la descripción del paquete de ampliación de
MiSeq, necesario para digitalización de la celda de flujo de
superficie doble de 14 placas.
• Se añadió una descripción de la numeración de las placas de
la celda de flujo de superficie doble.
• Se añadió el flujo de trabajo del análisis PCR Amplicon
(Amplicón de PCR) para bibliotecas Nextera XT.
• Se añadió el uso de Tween 20 al 10 % en procedimientos de
lavado y volúmenes de lavado esperados.
• Se añadió la versión del cartucho de reactivo al
procedimiento de fallo de lectura de RFID.
Se actualizó la información siguiente:
• Se cambiaron los acrónimos de reactivos de IMF, CMF y
AMX a los nombres de reactivos de la v2 IMS, CMS y AMS,
respectivamente.
• Se cambió la concentración de PhiX de 8 pM a 12,5 pM.
• Se cambió la concentración máxima recomendada de
NaOH a 1 mM en la solución final.
• Se añadió que es necesario un lavado de mantenimiento
para sacar el instrumento del modo en espera y comenzar
los pasos de configuración para un experimento posterior.
• Se eliminó la sección Parámetros de la hoja de muestras y el
paso de configuración de la hoja de muestras del flujo de
trabajo. Illumina recomienda crear la hoja de muestras
antes de preparar las muestras. Consulte la Guía de
referencia rápida de la hoja de muestras de MiSeq, n.° de
referencia 15028392, y la Guía del usuario de Illumina
Experiment Manager, n.° de referencia 15031335.
xiii
Historial de revisiones
N.° de
referencia
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15027617
C
Abril de
2012
xiv
Descripción del cambio
Solo disponible en inglés.
Se actualizaron las descripciones de software a MCS v1.2.
Se añadieron los nuevos procedimientos y las secciones
siguientes: Descripción general de BaseSpace, Uso de cebadores
personalizados, Generación de archivos FASTQ, Solución de
problemas de errores de velocidad de flujo, Realización de una
prueba de volumen, Realización de un lavado de
mantenimiento e Inactividad del instrumento, que incluye un
lavado en modo en espera.
Se actualizó la información siguiente:
• Se actualizó el nombre del flujo de trabajo Amplicon
(Amplicón) a Custom Amplicon (Amplicón personalizado);
se actualizó el nombre del flujo de trabajo
DenovoAssembly (ConjuntoDenovo) a Assembly
(Conjunto); se añadió el flujo de trabajo GenerateFASTQ
(GenerarFASTQ).
• Se añadieron descripciones de archivos y carpetas de
experimentos; se actualizó la nomenclatura de las carpetas
de experimentos; se añadió el tamaño de archivo de
resultados.
• Se incluyó la carpeta de genoma como elemento
obligatorio para la secuenciación de amplicón en los
parámetros de la hoja de muestras.
• Se añadieron instrucciones para diluir NaOH con el fin de
desnaturalizar bibliotecas.
• Se actualizó la resolución del fallo de lectura de RFID para
que incluya las instrucciones de automantenimiento de
MiSeq.
• Se incluyeron los archivos y las carpetas utilizados para la
solución de problemas de rendimiento de los experimentos.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Revisión
Fecha
15027617_ESP
B
Diciembre
de 2011
Se actualizaron las descripciones de software a MCS v1.1.
Se añadió información sobre la protección antivirus.
Se actualizó la información siguiente:
• Instrucciones para resolver el fallo de RFID.
• Preparación de bibliotecas: Cambio a 0,2 N NaOH.
• Convención de nomenclatura de las carpetas de
experimentos.
• Espacio de disco y capacidad de almacenamiento
necesarios.
• Pasos de configuración de experimentos: Se añadió más
información a "Configuración de la hoja de muestras".
• Pasos de configuración de experimentos: Se añadió una
nota sobre la eliminación del PR2 restante.
• Duración del análisis: Añadido cuando el análisis supera las
2 horas.
• Requisitos de entrada de análisis: Se incluyeron los archivos
de manifiesto como obligatorios para las bibliotecas TruSeq
Custom Amplicon (Amplicón personalizado de TruSeq).
• Tamaño del tubo de HT1 corregido en el contenido del
MiSeq Reagent Kit.
• Se modificaron las referencias de iCom a MyIllumina.
15027617
A
Septiembre
de 2011
Solo disponible en inglés.
Versión original
Guía del usuario del sistema MiSeq
Descripción del cambio
xv
Historial de revisiones
N.° de
referencia
xvi
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Tabla de contenidos
Historial de revisiones
Tabla de contenidos
ix
xvii
Capítulo 1 Primeros pasos
1
Introducción
Componentes
Resumen del kit de reactivos de MiSeq
Consumibles proporcionados por el usuario
Inicio del sistema MiSeq
Conceptos de MiSeq
Software MiSeq
Opciones de análisis secundario
Carpetas del experimento
Espacio en disco requerido
2
5
10
11
13
14
15
29
32
35
Capítulo 2 Realización de un experimento
37
Introducción
Flujo de trabajo de MiSeq
Carga de bibliotecas de muestras
Configuración de un experimento con MCS
Limpieza de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Carga de reactivos
Inicio del experimento
Supervisión del experimento
38
39
41
43
44
47
49
53
55
Capítulo 3 Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Lavados del instrumento
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado en modo en espera
Actualizaciones de software
Apagado del instrumento
Guía del usuario del sistema MiSeq
61
62
65
67
73
77
80
81
xvii
Capítulo 4 Solución de problemas
83
Introducción
Empaquetado de registros para solucionar problemas
Configuración del software
Pausa o detención de un experimento
Resolución de errores de configuración de experimentos
Resolución del error de lectura de RFID
Solución de problemas de velocidad de flujo
Realización de una prueba de volumen
Medición de los volúmenes de lavado esperados
84
85
87
91
94
96
98
99
103
Índice
105
Asistencia técnica
109
xviii
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Capítulo 1 Primeros pasos
Introducción
Componentes
Resumen del kit de reactivos de MiSeq
Consumibles proporcionados por el usuario
Inicio del sistema MiSeq
Conceptos de MiSeq
Software MiSeq
Opciones de análisis secundario
Carpetas del experimento
Espacio en disco requerido
Guía del usuario del sistema MiSeq
2
5
10
11
13
14
15
29
32
35
1
Capítulo 1
Primeros pasos
Primeros pasos
Introducción
El sistema MiSeq® de Illumina combina tecnología probada de secuenciación por síntesis
(SBS) con un flujo de trabajo revolucionario que permite pasar del ADN a los datos
analizados en tan solo ocho horas. MiSeq integra la generación de grupos, la secuenciación
y el análisis de datos en un solo instrumento.
Funciones
} Walkaway automation (Automatización del proceso): Después de configurar el
experimento, que incluye la carga del cartucho de reactivo precargado, la botella del
tampón y la celda de flujo, no se requiere participación activa adicional.
} Pre-filled reagent cartridge (Cartucho de reactivo precargado): Un cartucho de reactivo
precargado de un solo uso con un diseño especial proporciona reactivos para la
secuenciación y generación de grupos, incluidos los reactivos de secuenciación "pairedend" y los de indexación. El seguimiento integrado de identificación de radiofrecuencia
(RFID) permite el seguimiento preciso de consumibles.
} Interface controls (Controles de interfaz): La interfaz de Software MiSeq Control (MCS)
proporciona controles para configurar el instrumento, configurar y controlar los
experimentos, y realizar procedimientos de mantenimiento.
} Convenient flow cell loading (Fácil carga de celdas de flujo): Un mecanismo de
abrazadera posiciona automáticamente la celda de flujo mientras se carga en el
instrumento. El seguimiento integrado de identificación de radiofrecuencia (RFID)
permite el seguimiento preciso de consumibles.
} Innovative fluidics architecture (Arquitectura innovadora del sistema de fluídica):
El sistema de fluídica de MiSeq aporta una eficacia incomparable en la duración del
ciclo de química durante la secuenciación.
} Análisis en tiempo real (RTA): El software integrado del análisis principal lleva a cabo
un análisis de datos integrado en el instrumento en tiempo real durante el experimento
de secuenciación, que incluye el análisis de imágenes y las llamadas de bases, y ahorra
un tiempo muy valioso en los análisis sucesivos.
} MiSeq Reporter: El software integrado de análisis secundario procesa los datos del
análisis principal para realizar una alineación y proporcionar información sobre cada
muestra analizada.
2
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
La documentación siguiente está disponible para su descarga del sitio web de Illumina.
Recurso
Descripción
Guía de preparación en el
centro del sistema MiSeq
Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio,
los requisitos eléctricos y las consideraciones
medioambientales.
Guía de cumplimiento y
seguridad del sistema MiSeq
Proporciona información sobre el etiquetado del instrumento,
las certificaciones de conformidad y las consideraciones de
seguridad.
Tarjetas de referencia rápida
del flujo de trabajo de MiSeq
Proporciona una representación gráfica de dos páginas del
flujo de trabajo para el usuario experimentado. Las tarjetas de
referencia rápida resumen la preparación de muestras, la
configuración del experimento y la supervisión del
experimento, y proporcionan una descripción general del
análisis realizado por MiSeq Reporter.
Guía del usuario de Illumina
Experiment Manager
Proporciona instrucciones para la creación de placas de
muestras y hojas de muestras para diferentes flujos de trabajo
y tipos de bibliotecas. Illumina le recomienda que cree su hoja
de muestras durante el paso de preparación de muestras.
Guía de referencia del gestor de
flujo de trabajo de BlueFuse
Proporciona instrucciones para la creación de placas de
muestras y hojas de muestras para clientes que realicen el flujo
de trabajo de VeriSeq. Illumina le recomienda que cree su hoja
de muestras durante el paso de preparación de muestras.
Guía de referencia rápida de la
hoja de muestras de MiSeq
Proporciona información sobre cómo añadir ajustes de la hoja
de muestras a su hoja de muestras.
Guía de preparación de
reactivos de MiSeq
Proporciona una descripción del contenido del kit e
instrucciones para preparar el cartucho de reactivo antes de
comenzar el experimento de secuenciación.
Preparación de bibliotecas de
ADN para la secuenciación en
MiSeq
Proporciona instrucciones para la desnaturalización y dilución
de bibliotecas de muestras preparadas antes de la
secuenciación en MiSeq y la preparación de un control PhiX.
Este paso se aplica a la mayoría de los tipos de bibliotecas.
Guía del usuario del sistema MiSeq
3
Introducción
Recursos adicionales
Primeros pasos
Recurso
Descripción
Uso de cebadores
personalizados
en MiSeq
Proporciona instrucciones para la preparación y carga de
cebadores personalizados, así como para la edición de la hoja
de muestras para los cebadores personalizados.
Guía del usuario de MiSeq
Reporter
Proporciona una descripción general completa de los
procedimientos de análisis, los flujos de trabajo de análisis y
los archivos de resultados generados por MiSeq Reporter, así
como de los requisitos y de las instrucciones de instalación
fuera del instrumento; también proporciona información
sobre la solución de problemas.
Guía de referencia de BlueFuse
Multi
Para los clientes que realicen el flujo de trabajo de VeriSeq,
ofrece una descripción general completa de los procedimientos
del análisis, los flujos de datos del análisis y los archivos
generados por BlueFuse Multi, así como los requisitos
informáticos e información sobre la solución de problemas.
Ayuda en línea de MiSeq
Reporter
Proporciona instrucciones para utilizar el software MiSeq
Reporter.
Ayuda en línea de BaseSpace
Proporciona instrucciones sobre el uso de BaseSpace y
descripciones de los gráficos generados para cada flujo de
trabajo del análisis.
Visite la página del servicio de asistencia técnica de Sistema MiSeq del sitio web de
Illumina para acceder a la documentación, las descargas de software, la formación en línea
y las preguntas frecuentes.
4
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Componentes
Componentes
MiSeq consta de los siguientes componentes exteriores:
A
B
C
D
E
F
Compartimento de la celda de flujo: contiene la platina de la celda de flujo que alberga
la celda de flujo durante el experimento. Los motores de la platina de celdas de flujo
sacan la platina del módulo óptico cerrado para la carga de celdas de flujo y la devuelven
a su sitio cuando empieza el experimento.
Módulo óptico cerrado: contiene componentes ópticos que permiten la captura de
imágenes de la celda de flujo.
Barra de estado: utiliza tres colores para indicar el estado del instrumento. El azul indica
que el instrumento está en funcionamiento, el naranja indica que el instrumento necesita
atención y el verde indica que el instrumento está listo para empezar el siguiente
experimento.
Monitor de pantalla táctil: permite la configuración integrada en el instrumento y la
configuración del experimento utilizando la interfaz del software.
Puertos USB externos: facilitan la transferencia de los archivos y los datos al ordenador
del instrumento desde el monitor de pantalla táctil.
Compartimento de reactivos: mantiene los reactivos a las temperaturas adecuadas, las
soluciones de lavado y la botella de residuos. La puerta del compartimento de reactivos
se asegura mediante un cierre magnético.
La interfaz de MiSeq le guía a través de los pasos de configuración del experimento
mediante el monitor de pantalla táctil. Para cargar los componentes del experimento, debe
acceder al compartimento de reactivos y al compartimento de la celda de flujo.
Guía del usuario del sistema MiSeq
5
Primeros pasos
Compartimento de la celda de flujo
A
B
C
D
E
Platina de la celda de flujo
Puerta del compartimento de la celda de flujo
Cierre de la celda de flujo
Celda de flujo
Botón de apertura del cierre de la celda de flujo
El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, la estación
térmica y las conexiones de fluídica para la celda de flujo. La platina de la celda de flujo
sostiene la celda de flujo, y el cierre la fija y la posiciona. Una vez que se cierra la celda de
flujo, queda posicionada automáticamente mediante dos pasadores situados cerca de la
bisagra del cierre.
La estación térmica, situada bajo la platina de la celda de flujo, controla los cambios de
temperatura de la celda de flujo y es necesaria para generar y secuenciar grupos.
6
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Componentes
Celda de flujo
A
B
C
Puerto de salida
Área de digitalización
Puerto de entrada
La celda de flujo de MiSeq es un sustrato de vidrio, de un solo uso, en el que se generan
grupos y se lleva a cabo la reacción de secuenciación.
Los reactivos entran en la celda de flujo a través del puerto de entrada, pasan por el área
de digitalización de carril único y salen de la celda de flujo por el puerto de salida. Los
residuos que salen de la celda de flujo se depositan en la botella de residuos.
Se cargan las muestras en el cartucho de reactivo antes de configurar el experimento y,
después, se transfieren automáticamente a la celda de flujo, tras empezar el experimento.
Durante el experimento de secuenciación, el carril único se digitaliza en pequeñas áreas de
digitalización, llamadas placas. Todas las celdas de flujo de MiSeq tienen un único carril,
pero el número de placas difiere según el tipo de celda de flujo que utilice.
Guía del usuario del sistema MiSeq
7
Primeros pasos
Compartimento de reactivos
A
B
C
D
E
Refrigerador de reactivos
Mango del dispensador (se muestra en posición elevada)
Botella de PR2
Botella de residuos
Cartucho de reactivo
El compartimento de reactivos contiene el refrigerador de reactivos y las posiciones para la
botella del tampón de lavado (PR2) y la botella de residuos.
El refrigerador de reactivos sujeta un cartucho de reactivo de un solo uso durante el
experimento. Durante el lavado del instrumento, sujeta la bandeja de lavado. El software
baja automáticamente los dispensadores al interior del depósito del cartucho de reactivo en
el momento adecuado del experimento, en función del proceso que se esté realizando.
A la derecha del refrigerador de reactivos hay dos ranuras que se adaptan a la forma de las
botellas de PR2 y de residuos. El mango del dispensador bloquea las botellas en su sitio y
baja el dispensador adecuado al interior de cada botella. Los reactivos se bombearán por
los dispensadores, los conductos de fluídica y, a continuación, la celda de flujo. El residuo
de reactivo se enviará a la botella de residuos durante el proceso.
8
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
El cartucho de reactivo de MiSeq es un consumible de un solo uso que consta de depósitos
con sellos metálicos precargados con reactivos de secuenciación y de generación de grupos
suficientes para la secuenciación de una celda de flujo.
Todos los depósitos del cartucho están numerados. Las bibliotecas de muestras se cargan
en el cartucho en la posición 17, etiquetada como Load Samples (Carga de muestras).
Guía del usuario del sistema MiSeq
9
Componentes
Cartucho de reactivo
Primeros pasos
Resumen del kit de reactivos de MiSeq
Para realizar un experimento en MiSeq, necesita un kit de reactivos de MiSeq de un solo
uso, disponible en varios tipos y tamaños. Cada tipo de kit de reactivos de MiSeq incluye
un tipo de celda de flujo específico del kit y todos los reactivos necesarios para realizar un
experimento.
La celda de flujo, la botella de PR2 y el cartucho de reactivo incluidos en el kit utilizan la
identificación por radiofrecuencia (RFID) para ofrecer precisión en la compatibilidad y el
seguimiento de los consumibles.
Deberá utilizar siempre el cartucho de reactivo asociado a su tipo de celda de flujo. Si el
cartucho de reactivo no es compatible, aparecerá un mensaje durante la configuración del
experimento que le indicará que cargue un cartucho de reactivo compatible.
Para obtener una descripción de los kits de reactivos disponibles, visite el sitio web de
Illumina en support.illumina.com/sequencing/sequencing_kits/miseq_reagent_kit.ilmn.
Para obtener información sobre el contenido y los requisitos de los kits, consulte la
documentación de preparación de reactivos correspondiente al kit que utilice.
10
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Consumibles proporcionados por el usuario
Consumibles proporcionados por el usuario
Antes de iniciar un experimento, asegúrese de que estén disponibles los siguientes
consumibles proporcionados por el usuario.
Consumible
Preparado de 1,0 N
NaOH para biología
molecular
Paños humedecidos en
alcohol isopropilo al
70 %
o
etanol al 70 %
Guantes desechables, sin
polvo
Toallita de laboratorio,
sin pelusa
Proveedor
Proveedor de
laboratorio general
Propósito
Desnaturalización de bibliotecas de
muestras y ADN de control PhiX
VWR, n.º de
catálogo 95041-714*
Limpieza del soporte de la celda de
flujo
Toallitas limpialentes,
4 in × 6 in
Tubo de microcentrífuga
VWR, n.° de
catálogo 52846-001*
Proveedor de
laboratorio general
Hipocloruro sódico
Proveedor de
laboratorio general
Tween 20
Sigma-Aldrich, n.° de
catálogo P7949
McMaster-Carr, n.° de
catálogo 7003A22*
Pinzas de plástico de
punta cuadrada
(opcionales)
Agua de laboratorio
Proveedor de
laboratorio general
Proveedor de
laboratorio general
VWR, n.° de
catálogo 21905-026*
Proveedor de
laboratorio general
Uso general
Limpieza de la platina de la celda de
flujo y del sello metálico que cubre el
depósito de carga de muestras
Limpieza de la celda de flujo
Desnaturalización y dilución de
bibliotecas de muestras y ADN de
control PhiX
Limpieza del conducto de cadena
molde para su empleo en el flujo de
trabajo de VeriSeq (opcional para
otros flujos de trabajo)
Limpieza del instrumento
Extracción de la celda de flujo del
contenedor de transporte de celdas
de flujo
Limpieza del instrumento
* o equivalente
Guía del usuario del sistema MiSeq
11
Primeros pasos
Directrices para el agua de laboratorio
Utilice siempre agua de laboratorio para los procedimientos del instrumento. No utilice
nunca agua de grifo ni desionizada.
A continuación, se proporcionan ejemplos de agua de laboratorio aceptable:
} Illumina PW1
} Agua de 18 Megohmios (MΩ)
} Agua Milli-Q
} Agua Super-Q
} Agua de biología molecular
12
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
NOTA
Illumina recomienda dejar siempre encendido el instrumento. Sin embargo, si es
preciso apagar el instrumento, siga el procedimiento de apagado descrito en Apagado
del instrumento en la página 81. Espere como mínimo 60 segundos antes de volver a
poner el interruptor de encendido en la posición ON (Encendido).
1
Si MiSeq todavía no está encendido, inspeccione el lateral derecho del instrumento
para ubicar el interruptor de encendido del panel trasero. Está situado en la esquina
inferior, directamente encima del cable de alimentación.
Figura 1 Ubicación del interruptor de encendido
2
Ponga el interruptor principal en la posición ON (Encendido). El ordenador integrado
del instrumento se iniciará.
3
Inicie sesión en el sistema operativo con el nombre de usuario y la contraseña
predeterminados.
• Nombre de usuario: sbsuser
• Contraseña: sbs123
Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente. Cuando el
sistema esté preparado, Software MiSeq Control (MCS) se iniciará e inicializará el
sistema automáticamente.
Una vez completado el paso de inicialización, aparecerá la pantalla Welcome
(Bienvenida).
Guía del usuario del sistema MiSeq
13
Inicio del sistema MiSeq
Inicio del sistema MiSeq
Primeros pasos
Conceptos de MiSeq
Los conceptos y términos siguientes son comunes para los pasos de configuración del
experimento en MiSeq.
Concepto
Descripción
Flujo de trabajo del
análisis
Procedimiento del análisis secundario realizado por MiSeq Reporter. El
flujo de trabajo del análisis de cada experimento se especifica en la hoja
de muestras.
Manifiesto
Archivo que especifica el genoma de referencia y las regiones de
referencia objetivo que se deben utilizar en el paso de alineación. En el
caso de los flujos de trabajo que requieren un manifiesto, el archivo de
manifiesto se especifica en la hoja de muestras y se copia en la carpeta
de manifiesto designada en MCS.
Genoma de referencia
Archivo de formato FASTA que contiene las secuencias de genoma
usadas durante el análisis. En el caso de la mayoría de los flujos de
trabajo del análisis, el archivo del genoma de referencia se especifica
en la hoja de muestras.
Carpeta del
experimento
Estructura de carpetas que contiene el software de análisis principal
RTA (carpeta ResultadoMiSeq) o carpeta que contiene MiSeq Reporter
(MiSeqAnalysis). Para obtener información adicional, consulte Carpetas
del experimento en la página 32.
Hoja de muestras
Archivo de valores separados por comas (*.csv) que almacena la
información necesaria para configurar y analizar un experimento de
secuenciación, incluida una lista de muestras y sus secuencias de índice.
La hoja de muestras debe proporcionarse durante los pasos de
configuración del experimento en MiSeq. Una vez iniciado el
experimento, se cambia el nombre de la hoja de muestras a
SampleSheet.csv y se copia en las carpetas de experimentos:
MiSeqTemp, MiSeqOutput y MiSeqAnalysis.
Para obtener información adicional sobre los flujos de trabajo del análisis y los formatos de archivo
de manifiesto, consulte la Guía del usuario de MiSeq Reporter (n.º de referencia 15042295).
Para obtener más información sobre las hojas de muestras, consulte la Guía de referencia rápida de la
hoja de muestras de MiSeq (n.º de referencia 15028392).
14
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Hay tres aplicaciones de software preinstaladas en el ordenador del instrumento:
} Software MiSeq Control (MCS): controla el funcionamiento del instrumento. La
interfaz de Software MiSeq Control (MCS) le guía por los pasos para cargar la celda de
flujo y los reactivos antes de iniciar el experimento. A medida que el experimento
avanza, se muestra un resumen de las estadísticas de calidad.
Durante el experimento, MCS activa la platina de la celda de flujo, dispensa reactivos,
controla la temperatura de la celda de flujo y captura imágenes de los grupos de la
celda de flujo. MCS lleva a cabo el experimento en función de los parámetros
especificados en la hoja de muestras.
} Software de análisis en tiempo real (RTA): realiza el análisis principal. El análisis en
tiempo real (RTA) es un software de análisis principal integrado que analiza imágenes
y realiza llamadas de bases, y asigna una puntuación de calidad a cada base para
cada ciclo. Las imágenes se almacenan temporalmente en la carpeta del experimento
para su procesamiento con RTA y, a continuación, se eliminan automáticamente
cuando el análisis de RTA finaliza.
} MiSeq Reporter: realiza el análisis secundario. El software de análisis MiSeq Reporter
procesa las llamadas de bases generadas durante el análisis principal y proporciona
información sobre la alineación, las variantes y los conjuntos de cóntigos para cada
genoma solicitado. El flujo de trabajo de análisis especificado en la hoja de muestras
determina el tipo de análisis realizado. Para obtener información adicional, consulte
Descripción general de MiSeq Reporter en la página 31.
El software opcional utilizado fuera del instrumento incluye el visor del análisis de
secuenciación (SAV). Para obtener información adicional, consulte Visor del análisis de
secuenciación en la página 27.
Pantalla Welcome (Bienvenida)
La interfaz de MCS se abre en la pantalla Welcome (Bienvenida) cuando se inicia el
software.
Guía del usuario del sistema MiSeq
15
Software MiSeq
Software MiSeq
Primeros pasos
Figura 2 Pantalla Welcome (Bienvenida)
} Sequence (Secuenciar): esta opción abre una serie de pantallas de configuración del
experimento que le guiarán por los pasos de configuración. Consulte Pantallas de
configuración del experimento en la página 18.
} Perform Wash (Realizar lavado): proporciona opciones para iniciar dos tipos de
lavados de instrumento, un lavado de mantenimiento o un lavado en modo en espera.
Consulte Lavados del instrumento en la página 65.
} Manage Files (Administrar archivos): permite mover, eliminar y cargar archivos en el
ordenador del instrumento. Consulte Pantalla Manage Files (Administrar archivos) en la
página 19.
} Run Options (Opciones de experimento): proporciona opciones para el lavado
posterior al experimento, el cambio de las ubicaciones predeterminadas de las carpetas
de datos y la especificación de las preferencias de notificaciones por correo electrónico.
Consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la página 22.
} Manage Instrument (Administrar instrumento): proporciona opciones para ir a la
configuración del sistema, realizar una comprobación del sistema, actualizar
manualmente el software y reiniciar o apagar el instrumento. Consulte Pantalla Manage
Instrument (Administrar instrumento) en la página 26.
} Updates Available (Actualizaciones disponibles): esta opción aparece en la pantalla
Welcome (Bienvenida) solo si hay una actualización de software disponible.
16
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Indicadores de actividad
Todas las pantallas de la interfaz presentan una serie de iconos en la esquina inferior
derecha. Cada icono es un indicador de actividad que muestra qué actividad está
realizando el instrumento.
Figura 3 Indicadores de actividad
De izquierda a derecha, los indicadores de actividad representan las siguientes actividades:
} Movimiento de la platina Y
} Movimiento de la platina Z
} Activación de la funcionalidad de los componentes electrónicos
} Uso de la cámara
} Bombeo por el sistema de fluídica
Indicadores del sensor
Existen cuatro indicadores del sensor en la base de cada pantalla de la interfaz y cada uno
representa el estado de un componente del instrumento.
Figura 4 Indicadores del sensor
De izquierda a derecha, los indicadores del sensor representan los siguientes componentes:
} Puerta del compartimento de la celda de flujo en las posiciones abierta o cerrada
} Temperatura del refrigerador de reactivos en °C
} Temperatura de la celda de flujo en °C
} Estado de la conexión de BaseSpace® (se muestra no conectado)
Guía del usuario del sistema MiSeq
17
Software MiSeq
MiSeq debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active esta
opción. Consulte Actualizaciones de software en la página 80.
Primeros pasos
Iconos de estado
En la esquina superior derecha de la pantalla Welcome (Bienvenida) verá un icono de
estado que le notificará de los cambios de las condiciones durante la configuración del
experimento o durante el experimento.
Icono de
estado
Nombre de estado
Descripción
Estado correcto
No hay cambios. El sistema está normal.
Atención
Información importante. Se recomienda realizar una acción.
Advertencia
Las advertencias no detienen un experimento. Sin embargo,
algunas podrían requerir una acción antes de continuar.
Error
Los errores normalmente detienen los experimentos y suelen
requerir acciones antes de continuar con el experimento.
Cuando se produce un cambio de estado, el icono cambia a la imagen asociada y parpadea
para avisarle. Seleccione el icono para abrir la ventana de estado y visualizar una
descripción de la condición.
} Seleccione cualquier elemento de la lista para ver una descripción detallada del estado,
así como las instrucciones para resolver el problema, si lo hay.
} Seleccione Acknowledge (Aceptar) para aceptar el mensaje y Close (Cerrar) para cerrar
el cuadro de diálogo.
Puede filtrar los tipos de mensaje que desea que aparezcan en la ventana de estados
seleccionando los iconos situados a lo largo del margen superior de la ventana. Al
seleccionar un icono se muestra o se oculta el estado.
Pantallas de configuración del experimento
Al seleccionar Sequence (Secuenciar) en la pantalla Welcome (Bienvenida), se abrirá una
serie de pantallas de configuración del experimento en el siguiente orden: BaseSpace
Option (Opción BaseSpace), Load Flow Cell (Cargar celda de flujo), Load Reagents (Cargar
reactivos), Review (Revisar) y Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento). Para
obtener más información, consulte Configuración de un experimento con MCS en la página 43.
18
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Utilice la función Manage Files (Administrar archivos) para mover, cargar o eliminar
archivos en el ordenador del instrumento. La pantalla se divide en seis fichas: Runs
(Experimentos), Sample Sheets (Hojas de muestras), Manifests (Manifiestos), Genomes
(Genomas), Recipes (Fórmulas) y Bundle Logs (Empaquetar registros).
Figura 5 Pantalla Manage Files (Administrar archivos)
Guía del usuario del sistema MiSeq
19
Software MiSeq
Pantalla Manage Files (Administrar archivos)
Primeros pasos
Opciones de Manage Files (Administrar archivos)
Desde cualquier ficha de la pantalla Manage Files (Administrar archivos), seleccione
Browse (Examinar) para navegar hasta cualquier archivo accesible para el instrumento.
Ficha
Funciones
Runs (Experimentos)
Delete (Eliminar) o Move (Mover)
Sample Sheets (Hojas de
muestras)
Delete (Eliminar), Upload (Cargar) o Rename
(Renombrar)
Manifests (Manifiestos)
Delete (Eliminar) o Upload (Cargar)
Genomes (Genomas)
Delete (Eliminar) o Upload (Cargar)
Recipes (Fórmulas)
Delete (Eliminar) o Upload (Cargar)
Bundle Logs (Empaquetar
registros)
Bundle Logs (Empaquetar registros)
} Delete (Eliminar): seleccione la casilla de verificación situada junto al archivo o la
carpeta recogida y, a continuación, seleccione Delete (Eliminar). La función Delete
(Eliminar) está disponible en todas las fichas, excepto en Bundle Logs (Empaquetar
registros).
} Move (Mover): solo está disponible para las carpetas de experimentos. Seleccione la
casilla de verificación situada junto al nombre de la carpeta, seleccione Move (Mover)
y, a continuación, vaya hasta una ubicación adecuada. Move (Mover) copia la carpeta
del experimento en la nueva ubicación y, a continuación, elimina la carpeta de su
ubicación anterior.
} Select All Files (Seleccionar todos los archivos): seleccione la casilla de verificación
situada a la izquierda del botón Delete (Eliminar) y, a continuación, escoja una acción:
Delete (Eliminar) o Move (Mover). La acción se aplicará a todos los archivos o
carpetas.
} Upload Files (Cargar archivos): disponible para hojas de muestras, manifiestos,
genomas y fórmulas. Si el sistema MiSeq no está conectado a una red, utilice esta
función para cargar archivos al ordenador del instrumento desde una unidad USB.
Seleccione Upload (Cargar) y vaya hasta la ubicación de la unidad USB donde esté
20
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Guía del usuario del sistema MiSeq
21
Software MiSeq
alojado el archivo. El archivo se cargará en la carpeta indicada en el campo Directory
(Directorio).
} Rename (Renombrar): disponible únicamente para hojas de muestras. Seleccione la
casilla de verificación del archivo de hoja de muestras y, a continuación, seleccione
Rename (Renombrar). Utilice el teclado en pantalla para cambiar el nombre de la hoja
de muestras.
} Bundle Logs (Empaquetar registros): combina y empaqueta en un archivo ZIP los
grupos de archivos que requiere el servicio de asistencia técnica de Illumina para
solucionar problemas. Para obtener más información, consulte Empaquetado de registros
para solucionar problemas en la página 85.
Primeros pasos
Pantalla Run Options (Opciones de experimento)
La pantalla Run Options (Opciones de experimento) tiene tres fichas para especificar la
configuración predeterminada de un experimento: Run Settings (Configuración de
experimento), Folder Settings (Configuración de carpeta) y Email Notifications
(Notificaciones por correo electrónico).
Figura 6 Ficha Run Settings (Configuración de experimento) en la pantalla Run Options
(Opciones de experimento)
Ficha Run Settings (Configuración de experimento)
} Post-Run Wash Option (Opción de lavado posterior al experimento): se debe realizar
un lavado del instrumento después de cada experimento. El software requiere que se
realice un lavado antes de la configuración de un experimento posterior. Puede
especificar el tipo de lavado que se realizará de forma predeterminada. El lavado
posterior al experimento dura aproximadamente 30 minutos. El lavado de
mantenimiento dura aproximadamente 1 hora.
} Send Instrument Health (Enviar estado del instrumento): Illumina recomienda
seleccionar esta opción para ayudar al servicio de asistencia técnica de Illumina a
solucionar posibles problemas. Los únicos archivos que se envían a Illumina son
22
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Ficha Folder Settings (Configuración de carpeta)
Puede especificar las ubicaciones predeterminadas de las carpetas en la ficha Folder
Settings (Configuración de carpeta). Las carpetas se pueden ubicar en una red local o en el
ordenador del instrumento.
Figura 7 Ficha Folder Settings (Configuración de carpeta)
} Recipes (Fórmulas): define la ubicación predeterminada de las fórmulas. Las fórmulas
son archivos XML que utiliza el software para realizar el experimento de
secuenciación. Al principio del experimento, se crea una fórmula a partir de los
Guía del usuario del sistema MiSeq
23
Software MiSeq
archivos de registro (archivos InterOp y archivos de registro). El instrumento debe estar
conectado a una red con acceso a Internet para poder utilizar esta función.
} Replicate Analysis Locally (Replicar análisis de forma local): Esta configuración
proporciona la opción de realizar el análisis tanto localmente en el instrumento como
en BaseSpace.
• Si está usando BaseSpace y selecciona esta opción, MiSeq Reporter se inicia
automáticamente después del experimento y se realiza el análisis de forma local.
• Si está usando BaseSpace y no selecciona esta opción, MiSeq Reporter no se inicia
automáticamente después del experimento y el análisis solo se realiza en
BaseSpace.
• Si realiza el flujo de trabajo de VeriSeq con BlueFuse Multi, seleccione esta opción.
Primeros pasos
parámetros proporcionados en la hoja de muestras y, a continuación, la fórmula se
copia en la carpeta de resultados.
} Sample Sheets (Hojas de muestras): define la ubicación predeterminada de las hojas
de muestras. Las hojas de muestras se crean antes de la preparación de las bibliotecas
y contienen los parámetros del experimento.
} Manifests (Manifiestos): define la ubicación predeterminada de los archivos de
manifiesto. Los archivos de manifiesto son necesarios para algunos tipos de
bibliotecas. Consulte la documentación sobre la preparación de muestras para su kit de
preparación de muestras, así como la Guía de referencia rápida de la hoja de muestras
(n.° de referencia 15028392).
} MiSeqOutput: define la ubicación predeterminada de los archivos de resultados del
análisis. Illumina recomienda cambiar la ubicación predeterminada de la carpeta de
resultados a una ubicación de red para compartirla, almacenarla a largo plazo y, de
forma opcional, utilizar MiSeq Reporter fuera de línea.
Para obtener información adicional, consulte Carpetas del experimento en la página 32.
Ficha Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico)
MiSeq se puede configurar para que envíe una notificación por correo electrónico cuando
haya finalizado el análisis principal, cuando haya finalizado el análisis secundario
integrado en el instrumento o si se produce un error grave de software de MiSeq.
Figura 8 Ficha Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico)
24
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Guía del usuario del sistema MiSeq
25
Software MiSeq
} Local SMTP email server address (Dirección de servidor de correo electrónico SMTP
local): utilice el teclado en pantalla para introducir la dirección del servidor de correo
electrónico de SMTP local. En caso necesario, póngase en contacto con el administrador
de las instalaciones para obtener esta información.
} Sender email address (Dirección de correo electrónico del remitente): utilice el teclado
en pantalla para introducir la dirección del correo electrónico del remitente. Esta puede
ser su dirección de correo electrónico u otra dirección diferente especificada para el
envío de notificaciones por correo electrónico. La dirección de correo electrónico del
remitente debe tener el mismo nombre de dominio que la dirección del servidor de
correo electrónico.
} Email addresses (Direcciones de correo electrónico): utilice el teclado en pantalla para
introducir las direcciones de correo electrónico de todos los destinatarios de las
notificaciones. Separe cada dirección de correo electrónico con una coma. Seleccione
Test (Probar) para enviar un mensaje de correo electrónico de prueba a los
destinatarios de las notificaciones.
} Notify via email when (Notificar por correo electrónico cuando): seleccione la casilla de
verificación de cada uno de los eventos del experimento que desee que active una
notificación.
Primeros pasos
Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
La pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) contiene los controles para la
configuración del sistema, la solución de problemas, la actualización manual del software
y el reinicio o apagado seguros del software del instrumento.
Figura 9 Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
} System Settings (Configuración del sistema): permite cambiar la configuración de IP, el
nombre de la máquina o el dominio. Consulte Pantalla System Settings (Configuración del
sistema) en la página 87.
} System Check (Comprobación del sistema): proporciona soluciones para problemas
con el fin de que compruebe el estado operativo de los componentes del instrumento.
Consulte Pantalla System Check (Comprobación del sistema) en la página 89.
} Manual Update (Actualización manual): permite actualizar manualmente el software
del ordenador del instrumento. Consulte Pantalla Manual Update (Actualización manual)
en la página 80.
} Reboot (Reiniciar): utilice el comando Reboot (Reiniciar) para reiniciar el software del
sistema.
} Shut Down (Apagar): utilice el comando Shut Down (Apagar) para apagar el software
de control y Windows en el ordenador del instrumento. Consulte Apagado del
instrumento en la página 81.
26
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Visor del análisis de secuenciación
Puede supervisar su experimento con mayor detalle sin interferir en él mediante el visor
del análisis de secuenciación (SAV) de Illumina. El sistema MiSeq debe estar conectado a
la red para ver los resultados del análisis principal con SAV.
SAV permite revisar las métricas durante un experimento a medida que se generan y,
posteriormente, una vez finalizado el experimento. Instale SAV en un ordenador
independiente de MiSeq con acceso a la misma red que la conectada al instrumento.
Después de ejecutar el software, puede ir a la carpeta de resultados de su experimento.
Después de la generación de plantillas, SAV proporciona métricas generadas por RTA y
organiza las métricas en diagramas, gráficos y tablas.
NOTA
SAV es universal para los sistemas de secuenciación de Illumina, la mayor parte de
los cuales utiliza una celda de flujo de ocho carriles. Algunas vistas incluyen listas
desplegables que muestran los carriles 1–8. La celda de flujo de MiSeq es una celda de
flujo con un único carril, por lo que los datos aparecen al seleccionar All (Todo) o
Lane 1 (Carril 1).
Para obtener información adicional, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de
secuenciación (SAV), n.° de referencia 15020619.
Duración del experimento
La duración del experimento depende del número de ciclos que lleve a cabo. Puede realizar
un experimento "paired-end" de hasta 2 x 301 ciclos de secuenciación más cualquier
lectura de índice con MCS v2.3.
Asimismo, la duración del experimento depende de la versión de los reactivos de MiSeq
que esté utilizando y de las actualizaciones de mejora del rendimiento instaladas en su
instrumento.
Para obtener información adicional sobre las duraciones esperadas y otras especificaciones,
visite la página de especificaciones del sistema MiSeq en el sitio web de Illumina
(www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).
Guía del usuario del sistema MiSeq
27
Software MiSeq
} Minimize to Windows (Minimizar a Windows): proporciona un acceso rápido al
sistema operativo del instrumento y a cualquier carpeta que se encuentre en el
ordenador del instrumento cuando se ejecute MCS en modo de pantalla completa en
lugar de en modo Windows.
Primeros pasos
Número de ciclos de una lectura
El número de ciclos realizados en una lectura es un ciclo más que el número de ciclos
analizados. El ciclo adicional es necesario para los cálculos de fase y prefase.
Por ejemplo, un experimento de 300 ciclos de "paired-end" realiza dos lecturas de
301 ciclos (2 x 301) para un total de 602 ciclos. Al final del experimento, se habrán
analizado 2 x 300 ciclos.
28
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Los datos de secuenciación de MiSeq pueden analizarse en el ordenador del instrumento
con MiSeq Reporter o en la nube con BaseSpace. Si realiza el flujo de trabajo de VeriSeq,
utilice el software BlueFuse Multi para realizar el análisis. Tanto BaseSpace como MiSeq
Reporter generan información sobre la alineación, las variantes y los conjuntos de cóntigos
de cada genoma solicitado y de cada muestra de un experimento de varias muestras.
Descripción general de BaseSpace
BaseSpace es el entorno informático basado en nube de Illumina. Si utiliza BaseSpace para
almacenar y analizar los datos de los experimentos, disfrutará de estas ventajas:
} Elimina la necesidad del almacenamiento y el cálculo in situ.
} Permite la gestión y el análisis de los datos basados en la web.
} Permite iniciar un nuevo experimento de secuenciación mientras que los datos se están
analizando.
} Proporciona herramientas para la colaboración y la compartición globales.
Puede iniciar sesión en BaseSpace al configurar el experimento de secuenciación. Con
BaseSpace, puede configurar el experimento de modo que los datos sin procesar de este
también se almacenen de forma local. Para obtener información adicional, consulte Pantalla
Run Options (Opciones de experimento) en la página 22.
Guía del usuario del sistema MiSeq
29
Opciones de análisis secundario
Opciones de análisis secundario
Primeros pasos
Figura 10 Pantalla de la opción BaseSpace
Cuando se inicia el experimento de secuenciación, el icono BaseSpace cambia para indicar
que MiSeq está conectado a BaseSpace y los archivos de datos se están transfiriendo a su
ubicación segura. Los archivos de datos se cifran durante el tránsito, se descifran durante
el análisis y se vuelven a cifrar cuando se almacenan.
Figura 11 Icono de conexión con BaseSpace
BaseSpace se desconectará automáticamente de MiSeq al final del experimento o en cuanto
todos los archivos del análisis principal hayan terminado de cargarse. Si se interrumpe la
conexión a Internet, cuando se restablezca la conexión, los archivos de análisis continuarán
cargándose desde el punto en el que se produjo la interrupción.
Tan pronto como se cargue el último archivo de llamada de base en BaseSpace, se iniciará
el análisis secundario de los datos. En BaseSpace se admiten los mismos flujos de trabajo
del análisis que en los análisis integrados en el instrumento con MiSeq Reporter.
Con la instalación de MiSeq Reporter se proporcionan varios genomas. BaseSpace solo
admite los genomas incluidos en MiSeq Reporter.
30
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Para obtener información adicional sobre el uso de BaseSpace, consulte la ayuda en línea
de BaseSpace en el sitio web de Illumina:
www.illumina.com/help/BaseSpaceHelp/BaseSpaceHelp.htm.
Descripción general de MiSeq Reporter
MiSeq Reporter es una aplicación de Windows Service que procesa llamadas de bases
generadas por análisis principales. MiSeq Reporter inicia los análisis secundarios
inmediatamente después de finalizar los análisis principales de un experimento de
secuenciación.
MiSeq Reporter se ejecuta en el ordenador del instrumento. Sin embargo, la interfaz de
software debe visualizarse utilizando un navegador web de otro ordenador conectado a la
misma red que MiSeq Reporter.
Una vez que se complete el análisis secundario, se escribirá un archivo llamado
CompletedJobInfo.xml en la carpeta del experimento. Para obtener información adicional,
consulte la Guía del usuario de MiSeq Reporter (n.º de referencia 15042295).
Secuenciación durante el análisis
Los recursos informáticos del sistema MiSeq se han concebido para secuenciar o analizar.
Si se empieza un nuevo experimento de secuenciación en MiSeq antes de que finalice el
análisis secundario de un experimento anterior, el análisis secundario se detendrá de
manera automática.
Con la función Requeue (Reposicionar en la cola) de la interfaz de MiSeq Reporter podrá
reiniciar el análisis secundario de ese experimento, una vez que finalice el experimento de
secuenciación nuevo. En ese punto, el análisis secundario comenzará desde el principio.
Guía del usuario del sistema MiSeq
31
Opciones de análisis secundario
Puede conectarse a BaseSpace en basespace.com. Inicie sesión con sus credenciales de
MyIllumina.
Primeros pasos
Carpetas del experimento
Cada experimento de MiSeq genera tres carpetas de experimento, cada una con una
finalidad concreta:
} D:\Illumina\MiSeqTemp: cuando el experimento comienza, la carpeta temporal se
copia en la unidad local del ordenador del instrumento y se utiliza como un área de
trabajo para MCS y RTA. No es necesario acceder a la carpeta MiSeqTemp. El
contenido de esta carpeta se elimina tras siete días.
} D:\Illumina\MiSeqOutput: RTA copia archivos de la carpeta MiSeqTemp en la carpeta
MiSeqOutput. A medida que se generan los archivos del análisis principal, RTA
vuelve a copiar los archivos en la carpeta MiSeqTemp y llena la carpeta
MiSeqAnalysis. Las imágenes de enfoque y en miniatura no se copian en la carpeta
MiSeqAnalysis.
Puede cambiar la ubicación de la carpeta de resultados en el campo Output Folder
(Carpeta de resultados) de la pantalla Run Options (Opciones de experimento). Para
obtener información adicional, consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento)
en la página 22.
} D:\Illumina\MiSeqAnalysis: cuando haya finalizado el análisis principal, MiSeq
Reporter accederá a la carpeta MiSeqAnalysis de la unidad local del instrumento para
iniciar el análisis secundario. Todos los archivos copiados en la carpeta MiSeqAnalysis
se copian de nuevo en la carpeta MiSeqOutput. Para obtener información adicional,
consulte Contenido de la carpeta MiSeqOutput (ResultadoMiSeq) en la página 33.
Si está usando BaseSpace para el análisis sin replicar los análisis de forma local, la
carpeta MiSeqAnalysis de la unidad local del instrumento estará vacía.
Asignación de nombres a la carpeta raíz
El nombre de la carpeta raíz del experimento indica la fecha del experimento, el número
del instrumento y la celda de flujo utilizada para el experimento. Las carpetas de
experimento tienen el mismo nombre de carpeta raíz en todos los experimentos.
De forma predeterminada, el nombre de la carpeta utiliza este formato:
AAMMDD_<número de instrumento>_<número de experimento>_A<código de barras
de la celda de flujo>
El número del experimento sube en incrementos de uno cada vez que se realiza un
experimento en un instrumento determinado.
32
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Después del análisis principal, la carpeta MiSeqOutput (ResultadoMiSeq) contiene los
archivos necesarios para el análisis secundario de MiSeq Reporter. Cuando finaliza el
análisis secundario, las carpetas MiSeqOutput (ResultadoMiSeq) y MiSeqAnalysis
(AnálisisMiSeq) son idénticas excepto en que la carpeta MiSeqOutput (ResultadoMiSeq)
contiene dos subcarpetas para los archivos de imágenes: Images (Imágenes) y Thumbnail_
Images (Imágenes_miniatura). Estas no se utilizan para el análisis secundario.
Archivos
Los archivos que se copian en las carpetas de resultados y de análisis incluyen:
} SampleSheet.csv: proporciona parámetros para el experimento y los análisis
posteriores. Al inicio del experimento, la hoja de muestras se copia en la carpeta raíz y
cambia su nombre a SampleSheet.csv. Se escriben copias en Data\Intensities y
Data\Intensities\BaseCalls.
} runParameters.xml: contiene un resumen de los parámetros del experimento e
información sobre sus componentes, como la RFID de la celda de flujo y los reactivos
asociados al experimento.
} RunInfo.xml: contiene información del experimento de alto nivel, como el número de
lecturas y ciclos en el experimento de secuenciación, y sobre si se ha indexado o no
una lectura.
Carpetas
Las carpetas que se copian en las carpetas de resultados y de análisis incluyen las carpetas
siguientes generadas durante el experimento de secuenciación:
} <Nombre de carpeta de experimento>\Config: contiene los archivos de configuración
del experimento.
} <Nombre de carpeta de experimento>\Data: contiene las subcarpetas Intensities
(Intensidades), BaseCalls (Llamadas de bases) y Alignment (Alineación). Los datos
generados por MiSeq Reporter se encuentran en la subcarpeta Alignment (Alineación).
} <Nombre de carpeta de experimento>\Data\RTA Logs: contiene los archivos de
registro que describen cada paso realizado por RTA para cada lectura.
} <Nombre de carpeta de experimento>\Data\Intensities\BaseCalls: contiene
subcarpetas con archivos de llamadas de bases (*.bcl), archivos de matriz y archivos
de fase. MiSeq Reporter escribe archivos FASTQ en esta carpeta durante el análisis
Guía del usuario del sistema MiSeq
33
Carpetas del experimento
Contenido de la carpeta MiSeqOutput (ResultadoMiSeq)
Primeros pasos
secundario. Para obtener información adicional, consulte la Guía del usuario de MiSeq
Reporter (n.º de referencia 15042295).
} <Nombre de carpeta de experimento>\Recipe: contiene la fórmula usada para el
experimento.
} <Nombre de carpeta de experimento>\Logs: contiene los archivos de registro que
describen cada paso realizado por el instrumento para cada ciclo.
} <Nombre de carpeta de experimento>\InterOp: contiene los archivos binarios
utilizados por el visor del análisis de secuenciación (SAV) para resumir diversos
parámetros del análisis principal, como la densidad de grupos, las intensidades, las
puntuaciones de calidad y la calidad general del experimento.
Los demás archivos y carpetas creados en la carpeta temporal del experimento no se
copian en las carpetas de resultados y de análisis. Contiene los archivos temporales no
necesarios para el análisis o la solución de problemas.
MiSeq Reporter añade otras carpetas, como la carpeta Alignment (Alineación), durante el
análisis secundario. Para obtener información adicional, consulte la Guía del usuario de
MiSeq Reporter (n.º de referencia 15042295).
34
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
El ordenador integrado en el instrumento tiene una capacidad de almacenamiento
aproximada de 550 GB.
Antes de iniciar un experimento, el software comprueba el espacio disponible en el disco.
Si no hay suficiente espacio libre en el disco para el experimento, aparecerá un mensaje del
software. Dicho mensaje informará de cuánto espacio en disco se requiere para el
experimento y cuánto espacio en disco es preciso liberar para poder continuar con el
experimento.
Si se le pide que libere espacio en disco, vaya a la pantalla Welcome (Bienvenida) y
seleccione Manage Files (Administrar archivos). En la pantalla Manage Files (Administrar
archivos), seleccione la ficha Runs (Experimentos). Mueva o elimine las carpetas de
experimentos anteriores como proceda. Para obtener información adicional, consulte
Pantalla Manage Files (Administrar archivos) en la página 19. Después de liberar el espacio en
disco requerido, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
Guía del usuario del sistema MiSeq
35
Espacio en disco requerido
Espacio en disco requerido
36
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Capítulo 2 Realización de un experimento
Introducción
Flujo de trabajo de MiSeq
Carga de bibliotecas de muestras
Configuración de un experimento con MCS
Limpieza de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Carga de reactivos
Inicio del experimento
Supervisión del experimento
Guía del usuario del sistema MiSeq
Capítulo 2
Realización de un
experimento
38
39
41
43
44
47
49
53
55
37
Realización de un experimento
Introducción
Para realizar un experimento en MiSeq, siga los pasos de configuración descritos en este
capítulo. Una vez iniciado el experimento, el usuario no tendrá que intervenir más.
El experimento de secuenciación puede supervisarse en la pantalla Sequencing
(Secuenciación) o de forma remota con el visor del análisis de secuenciación (SAV), una
aplicación de software opcional que se puede descargar del sitio web de Illumina.
Cuando haya finalizado el experimento de secuenciación, no olvide lavar el instrumento.
38
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Flujo de trabajo de MiSeq
Flujo de trabajo de MiSeq
Desnaturalice y diluya bibliotecas (no se aplica a todos los
tipos de bibliotecas). Consulte Preparación de bibliotecas para la
secuenciación en MiSeq (n.º de referencia 15039740).
Prepare el cartucho de reactivo precargado para utilizarlo.
Consulte la guía de preparación de reactivo correspondiente
al cartucho de reactivo de MiSeq que utilice.
Cargue la mezcla de bibliotecas en el cartucho de reactivo del
depósito designado.
En la interfaz de software, seleccione Sequence (Secuenciar)
para iniciar los pasos de configuración del experimento.
[Opcional] Conéctese a BaseSpace.
Lave y seque bien la celda de flujo.
Cargue la celda de flujo.
Cargue la botella de PR2 y asegúrese de que la botella de
residuos está vacía.
Cargue el cartucho de reactivo.
Revise los parámetros del experimento y compruebe los
resultados antes del experimento.
Seleccione Start Run (Iniciar experimento).
Supervise el experimento desde la interfaz de MCS o en otro
ordenador con visor del análisis de secuenciación (SAV).
Lleve a cabo un lavado posterior al experimento.
Guía del usuario del sistema MiSeq
39
Realización de un experimento
Generación de grupos
Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de ADN se unen a la superficie de
la celda de flujo y, a continuación, se amplifican por puente para formar grupos.
Secuenciación
Después de la generación de grupos, estos se digitalizan con combinaciones de LED y
filtros específicos de cada uno de los cuatro dideoxinucleótidos marcados con tinta
luminiscente. Después de finalizar la adquisición de imágenes de una de las placas de la
celda de flujo, esta regresa a su sitio para dejar expuesta la siguiente placa. El proceso se
repite en cada ciclo de secuenciación. Después del análisis de imágenes, el software realiza
un análisis principal, que incluye las llamadas de bases, el filtrado y la puntuación de
calidad.
Análisis
Cuando el experimento haya finalizado, el software de análisis MiSeq Reporter se iniciará
automáticamente para realizar un análisis secundario, que incluirá la alineación y la
llamada de variantes. Puede supervisar el análisis secundario con una conexión a Internet
desde otro ordenador. Para obtener información adicional, consulte Descripción general de
MiSeq Reporter en la página 31.
40
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
NOTA
Si el tipo de biblioteca lo requiere, desnaturalice y diluya las bibliotecas, y añada el control
PhiX opcional. Consulte Preparación de bibliotecas para la secuenciación en MiSeq (n.° de
referencia 15039740).
Este paso no es aplicable a todos los tipos de biblioteca. Algunos métodos de preparación
de muestras Illumina dan como resultado una concentración de bibliotecas agrupadas
normalizada y lista para su uso. Consulte la guía de preparación de muestras del kit usado
para preparar bibliotecas de muestras.
NOTA
Si está usando cebadores personalizados, prepare estos y configure la hoja de muestras como
se describe en Uso de cebadores personalizados en MiSeq (n.° de referencia 15041638).
Cuando el cartucho de reactivo esté completamente descongelado y listo para usar, estará
dispuesto para cargar bibliotecas preparadas en el cartucho.
1
Utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para limpiar el cierre metálico que cubre el
depósito etiquetado como Load Samples (Carga de muestras).
2
Utilice una punta de pipeta limpia de 1 ml para perforar el sello metálico que cubre el
depósito etiquetado como Load Samples (Carga de muestras).
NOTA
No perfore ninguna otra posición de reactivo. Las demás posiciones de reactivo se perforan
automáticamente durante el experimento de secuenciación.
3
Pipetee 600 µl de sus bibliotecas preparadas en el depósito Load Samples (Carga de
muestras). Evite tocar el sello metálico cuando dispense la muestra.
Guía del usuario del sistema MiSeq
41
Carga de bibliotecas de muestras
Carga de bibliotecas de muestras
Realización de un experimento
Figura 12 Carga de bibliotecas
4
42
Continúe directamente por los pasos de configuración del experimento utilizando la
interfaz de Software MiSeq Control (MCS).
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
1
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Manage Instrument (Administrar
instrumento).
2
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione Reboot
(Reiniciar) para reiniciar el software del sistema.
3
[Opcional] En la pantalla Run Options (Opciones de experimento), compruebe las
ubicaciones de las carpetas de fórmulas, hojas de muestras, manifiestos y la carpeta
MiSeqOutput (ResultadoMiSeq). Para obtener información adicional, consulte Pantalla
Run Options (Opciones de experimento) en la página 22.
4
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Sequence (Secuenciar) para iniciar los
pasos de configuración del experimento. Se abrirá la pantalla BaseSpace Options
(Opciones de BaseSpace).
Al seleccionar Sequence (Secuenciar) en la pantalla Welcome (Bienvenida), se abrirá
una serie de pantallas de configuración del experimento en el siguiente orden:
BaseSpace Option (Opción BaseSpace), Load Flow Cell (Cargar celda de flujo), Load
Reagents (Cargar reactivos), Review (Revisar) y Pre-Run Check (Comprobación previa
al experimento).
Configuración de la opción BaseSpace
Para acceder a BaseSpace, necesita una conexión de red y una cuenta de MyIllumina.
1
En la pantalla BaseSpace Options (Opciones de BaseSpace), siga uno de estos pasos:
a Seleccione la casilla Use BaseSpace for storage and analysis (Usar BaseSpace para
el almacenamiento y el análisis). El análisis se realiza en BaseSpace.
b Desmarque la casilla Use BaseSpace for storage and analysis (Usar BaseSpace
para el almacenamiento y el análisis). El análisis se realiza en el instrumento.
2
Seleccione Next (Siguiente). Se abrirá la pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo).
Guía del usuario del sistema MiSeq
43
Configuración de un experimento con MCS
Configuración de un experimento con MCS
Realización de un experimento
Limpieza de la celda de flujo
La celda de flujo está sumergida en tampón de almacenamiento, dentro de un contenedor
de celdas de flujo.
El color de la tapa del contenedor de celdas de flujo indica de qué tipo de celda de flujo se
trata:
} La tapa del contenedor de celdas de flujo estándar es transparente.
} La tapa del contenedor de celdas de flujo PGS es transparente.
} La tapa del contenedor de celdas de flujo micro es verde.
} La tapa del contenedor de celdas de flujo nano es amarilla.
1
Utilice un nuevo par de guantes sin polvo.
2
Utilice unas pinzas de plástico para agarrar la celda de flujo por la base del cartucho
de plástico y sáquela del contenedor de celdas de flujo.
Figura 13 Retirada de la celda de flujo
3
44
Enjuague ligeramente la celda de flujo con agua de laboratorio y asegúrese de que tanto
el cartucho de plástico como el cristal se enjuagan bien para eliminar el exceso de
sales. El exceso de sales puede afectar a la colocación de la celda de flujo en el
instrumento. Si las sales se secan en el área de adquisición de imágenes, esta también
se verá afectada.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
4
Seque bien la celda de flujo y el cartucho con una toallita limpialentes sin pelusa,
teniendo especial cuidado alrededor de la junta del puerto de la celda de flujo negra.
Seque con suaves golpecitos la zona de las juntas y el cristal adyacente.
Figura 15 Puertos de celdas de flujo y juntas
5
Con un paño humedecido en alcohol, limpie el cristal de la celda de flujo. Asegúrese de
que en el cristal no haya pelusas ni fibras de tejido, huellas u otras marcas. Evite usar
el paño humedecido en alcohol en las juntas del puerto de la celda de flujo.
Guía del usuario del sistema MiSeq
45
Limpieza de la celda de flujo
Figura 14 Enjuague de la celda de flujo
Realización de un experimento
Figura 16 Secado de la celda de flujo
6
46
Seque el exceso de alcohol con una toallita limpialentes sin pelusa. Inspeccione
visualmente la zona para asegurarse de que los puertos de las celdas de flujo no están
obstruidos y de que las juntas están bien asentadas alrededor de los puertos de las
celdas de flujo.
Si las juntas parecen estar desplazadas, vuelva a apretarlas en su sitio con cuidado
hasta que queden perfectamente asentadas alrededor de los puertos de las celdas de
flujo.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
La pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo) le solicitará que cargue la celda de flujo.
Figura 17 Abra el cierre de la celda de flujo
1
Inspeccione visualmente la platina de la celda de flujo para asegurarse de que no
presente pelusas. Si hubiera pelusa o cualquier otro desecho, limpie la platina de la
celda de flujo con un paño humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa
humedecida en etanol o isopropanol. Limpie con cuidado la superficie de la platina de
celda de flujo hasta que esté totalmente limpia y seca.
2
Levante la puerta del compartimento de la celda de flujo y, a continuación, pulse el
botón de apertura situado a la derecha del cierre de la celda de flujo. Se abrirá el cierre
de la celda de flujo.
3
Mientras sostiene la celda de flujo por los bordes del cartucho de la celda de flujo,
colóquela en la platina.
Figura 18 Coloque la celda de flujo en la platina
Guía del usuario del sistema MiSeq
47
Carga de la celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Realización de un experimento
4
Presione suavemente el cierre de la celda de flujo para cerrarlo sobre la celda de flujo.
NOTA
Al cerrarse la celda de flujo, dos pasadores de alineación situados cerca de la bisagra del
cierre de la celda de flujo alinearán y posicionarán correctamente la celda de flujo. Sonará
un clic que indica que el cierre de la celda de flujo está en posición segura.
Figura 19 Cierre la celda de flujo
5
Compruebe la esquina inferior izquierda de la pantalla para confirmar que la RFID de
la celda de flujo se ha leído correctamente.
NOTA
Si el sistema no lee la RFID, el software le guiará con mensajes por los pasos que debe
seguir para obtener un código de derivación temporal y continuar con la configuración
del experimento. Para obtener más información, consulte Resolución del error de lectura de
RFID en la página 96.
48
6
Cierre la puerta del compartimento de celdas de flujo.
7
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo). Se
abrirá la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
La carga de reactivos consta de dos pasos. Primero, cargue la botella de PR2, asegúrese de
que la botella de residuos está vacía y, a continuación, cargue el cartucho de reactivo.
NOTA
Utilice siempre el cartucho de reactivo asociado al tipo de celda de flujo que ha
cargado. Si el cartucho de reactivo no es compatible, aparece un mensaje en la
pantalla. Seleccione Back (Atrás) para cargar el cartucho de reactivo
correspondiente o seleccione Exit (Salir) para volver a la pantalla Welcome
(Bienvenida).
Carga de PR2 y comprobación de la botella de residuos
1
Retire la botella de PR2 del almacenamiento a entre 2 y 8 °C. Invierta cuidadosamente
la botella de PR2 para mezclarla y, a continuación, retire la tapa.
2
Abra la puerta del compartimento de reactivos.
3
Levante el mango del dispensador hasta que quede bloqueado en su sitio.
4
Coloque la botella de PR2 en la muesca a la derecha del refrigerador de reactivos.
Figura 20 Carga de la botella de PR2
5
Asegúrese de que la botella de residuos esté vacía. Si no lo está, vacíe el contenido en el
contenedor de residuos adecuado.
Guía del usuario del sistema MiSeq
49
Carga de reactivos
Carga de reactivos
Realización de un experimento
6
Baje lentamente el mango del dispensador. Asegúrese de que los dispensadores bajan
hasta las botellas de PR2 y de residuos.
Figura 21 Baje del mango del dispensador
7
Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla que la RFID de la botella de
PR2 se haya leído correctamente.
NOTA
Si el sistema no lee la RFID, el software le guiará con mensajes por los pasos que debe
seguir para obtener un código de derivación temporal y continuar con la configuración
del experimento. Para obtener más información, consulte Resolución del error de lectura de
RFID en la página 96.
8
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos).
Carga del cartucho de reactivo
NOTA
No deje la puerta del refrigerador de reactivos abierta durante largos períodos de tiempo.
50
1
Abra la puerta del refrigerador de reactivos.
2
Sujete el cartucho de reactivo en el extremo con la etiqueta de Illumina e introduzca el
cartucho de reactivo en el refrigerador de reactivos hasta que el cartucho se detenga.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Carga de reactivos
Figura 22 Cargar el cartucho de reactivo
3
Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
4
Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla si la RFID del cartucho de
reactivo se ha leído correctamente.
NOTA
Si el sistema no lee la RFID, el software le guiará con mensajes por los pasos que debe
seguir para obtener un código de derivación temporal y continuar con la configuración
del experimento. Para obtener más información, consulte Resolución del error de lectura de
RFID en la página 96.
Si el cartucho de reactivo no es compatible con la celda de flujo, aparecerá un mensaje.
Seleccione Back (Atrás) para cargar un cartucho compatible o seleccione Exit (Salir) para
volver a la pantalla Welcome (Bienvenida).
5
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
6
Seleccione Next (Siguiente) en la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos). Se abrirá la
pantalla Review (Revisar).
Cambiar la hoja de muestras
Todos los experimentos deben tener una hoja de muestras. El software busca de forma
predeterminada un archivo de hoja de muestras cuyo nombre coincida con el número del
código de barras del cartucho de reactivo cargado en el instrumento. Si no se encuentra
una hoja de muestras, aparece un mensaje que le solicita que navegue hasta la ubicación
de la hoja de muestras correcta para su experimento.
Guía del usuario del sistema MiSeq
51
Realización de un experimento
Para evitar que el software realice búsquedas sin resultados, utilice el comando Change
Sample Sheet (Cambiar la hoja de muestras) de la pantalla Load Reagents (Cargar
reactivos) para dirigir el software hasta la hoja de muestras apropiada.
52
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Tras cargar la celda de flujo y los reactivos, repase los parámetros del experimento y realice
una prueba previa al experimento, antes de iniciarlo.
Revisión de parámetros del experimento
1
Revise Experiment Name (Nombre del experimento), Analysis Workflow (Flujo de
trabajo del análisis) y Read Length (Longitud de la lectura). Estos parámetros se
especifican en la hoja de muestras.
2
Revise las ubicaciones de las carpetas en la esquina inferior izquierda.
Si es necesario realizar algún cambio, seleccione Change Folders (Cambiar carpetas).
Una vez realizados los cambios, seleccione Save (Guardar) y, a continuación, Next
(Siguiente).
3
Seleccione Next (Siguiente). Se abrirá la pantalla Pre-Run Check (Comprobación previa
al experimento).
Change Folders (Cambiar carpetas)
En la esquina inferior izquierda de la pantalla Review (Revisar), aparecen las ubicaciones
actuales de las carpetas que contienen las fórmulas, las hojas de muestras, los manifiestos
y los resultados. Para cambiar la ubicación de alguna carpeta, seleccione Change Folders
(Cambiar carpetas) y navegue hasta la ubicación deseada. Si utiliza esta opción de la
pantalla Review (Revisar), se cambiarán solo las ubicaciones de las carpetas del
experimento actual.
Revisión de la comprobación previa al experimento
El sistema lleva a cabo una comprobación de todos los componentes del experimento, del
espacio en el disco y de las conexiones de red antes de iniciar el experimento.
Si algún elemento no supera la comprobación previa al experimento, aparecerá un mensaje
en pantalla con instrucciones para corregir el error. Para obtener información adicional,
consulte Resolución de errores de configuración de experimentos en la página 94.
Cuando todos los elementos hayan superado con éxito la comprobación previa al
experimento, seleccione Start Run (Iniciar experimento).
Guía del usuario del sistema MiSeq
53
Inicio del experimento
Inicio del experimento
Realización de un experimento
Notas importantes antes de empezar el experimento
ADVERTENCIA
El sistema MiSeq es sensible a las vibraciones. Si toca el instrumento después de
iniciar un experimento, el resultado de la secuenciación se puede ver perjudicado.
Después de seleccionar Start Run (Iniciar experimento), no abra las puertas de los
compartimentos de la celda de flujo o de reactivos, ni toque el monitor del
instrumento, salvo si va a pausar el experimento. Para obtener información adicional,
consulte Pausa de un experimento en la página 91.
ADVERTENCIA
Asegúrese de cerrar todos los archivos de MiSeq antes de iniciar un experimento y no
abra archivos durante un experimento.
54
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
1
Durante el experimento, supervise el progreso, las intensidades y las puntuaciones de
calidad que aparecen en la pantalla Sequencing (Secuenciación). La pantalla
Sequencing (Secuenciación) solo permite la lectura.
Para supervisar el experimento con más detalles, utilice el visor del análisis de
secuenciación (SAV) instalado en otro ordenador, independiente del ordenador del
instrumento. Necesita una conexión de red.
Asimismo, si está conectado a BaseSpace, podrá supervisar el experimento con el SAV
en BaseSpace.
} Run Progress (Progreso del experimento): muestra el progreso del experimento en una
barra de estado y el número de ciclos completados.
} Intensity (Intensidad): muestra el valor de las intensidades de grupos del percentil
90 para cada placa.
El gráfico del área de intensidad representa el número de placas y el número de
superficies de las que se adquieren imágenes:
• Si se adquieren imágenes solo de la superficie superior de la celda de flujo, aparece
un gráfico con una sola columna.
• Si se adquieren imágenes tanto de la superficie superior como de la inferior de la
celda de flujo, aparece un gráfico de dos columnas.
A
B
Indica dos placas, solamente en la superficie superior.
Indica cuatro placas, en la superficie superior e inferior.
} Q-Score All Cycles (Puntuaciones Q de todos los ciclos): muestra el porcentaje medio
de bases superiores a Q30, que se trata de una puntuación de calidad (puntuación Q).
La puntuación Q es una predicción de la probabilidad de que se realice una llamada
de bases incorrecta. Las puntuaciones Q se calculan tras el ciclo 25.
Guía del usuario del sistema MiSeq
55
Supervisión del experimento
Supervisión del experimento
Realización de un experimento
Puntuación Q
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilidad de llamada de bases incorrecta
1 entre 10 000
1 entre 1000
1 entre 100
1 entre 10
} Cluster Density (K/mm²) (Densidad de grupos [K/mm²]): muestra el número de grupos
por milímetro cuadrado del experimento.
} Clusters Passing Filter (%) (Grupos que superan el filtro [%]): muestra el porcentaje de
grupos que superan el filtro basado en el filtro de castidad de Illumina, que mide la
calidad. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.
NOTA
La castidad de la llamada de bases es la proporción de la intensidad de la señal más alta
dividida entre la suma de las dos señales más altas. Si existe más de una llamada de bases
con un valor de castidad inferior a 0,6 en los primeros 25 ciclos, las lecturas no pasan el
filtro de calidad.
} Estimated Yield (Mb) (Rendimiento estimado): muestra el número de bases previsto
para el experimento, medido en megabases. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.
2
Cuando el experimento haya finalizado, aparecerá el botón Next (Siguiente). Revise los
resultados en la pantalla Sequencing (Secuenciación) antes de continuar.
NOTA
La pantalla Sequencing (Secuenciación) permanecerá visible hasta que seleccione Next
(Siguiente). Tras seleccionar Next (Siguiente), no es posible volver a la pantalla
Sequencing (Secuenciación).
3
56
Seleccione Next (Siguiente) para salir de la pantalla Sequencing (Secuenciación) y
proceda con un lavado posterior al experimento.
Para supervisar el experimento con más detalles, utilice el visor del análisis de
secuenciación (SAV) instalado en otro ordenador, independiente del ordenador del
instrumento. Necesita una conexión de red.
Asimismo, si está conectado a BaseSpace, podrá supervisar el experimento con el SAV
en BaseSpace.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
La generación de plantillas es el proceso por el que se definen las posiciones de los grupos
de toda la superficie de la celda de flujo de acuerdo con las coordenadas X e Y. El análisis
en tiempo real (RTA) utiliza los primeros ciclos del experimento para generar cadenas
molde.
Una vez generada la plantilla de las posiciones de los grupos, las imágenes producidas de
cada ciclo de imágenes posterior se alinearán con la plantilla. Se extraen las intensidades
de grupos individuales de los cuatro canales de color de nucleótidos y se producen
llamadas de bases desde las intensidades de grupos normalizadas.
Métricas de experimento
Las métricas de experimento aparecen en la pantalla Sequencing (Secuenciación) en
diferentes puntos de un experimento. Durante los pasos de generación de grupos, no se
mostrarán las métricas.
Cuando empiece la secuenciación, las métricas siguientes aparecerán en los ciclos
indicados:
Métrica
Intensidad
Intensidad y densidad de grupo
Intensidad, densidad de grupo, %
PF, rendimiento y puntuaciones Q
Kit
Kits de reactivos de MiSeq, v3
Kits de reactivos de MiSeq, v2
Kits de reactivos de MiSeq, v1
Kits de reactivos de MiSeq, v3
Kits de reactivos de MiSeq, v2
Kits de reactivos de MiSeq, v1
Kits de reactivos de MiSeq, v3
Kits de reactivos de MiSeq, v2
Kits de reactivos de MiSeq, v1
Ciclo
Ciclo 1-7
Ciclo 1–4
Ciclo 1-4
Ciclo 8-25
Ciclo 5-25
Ciclo 5-25
Desde el ciclo 26 hasta que
finalice el experimento
Para obtener información adicional sobre las especificaciones de los experimentos de
MiSeq, visite la página de especificaciones del sistema MiSeq en el sitio web de Illumina
(www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn).
Guía del usuario del sistema MiSeq
57
Supervisión del experimento
Generación de plantillas
Realización de un experimento
Resultados del análisis principal
Los resultados del análisis principal de un experimento de secuenciación consisten en una
serie de archivos de llamadas de base con puntuación de calidad (*.bcl), que se generan a
partir de los archivos de imagen sin procesar.
En la siguiente tabla se describen las carpetas y los archivos generados por el análisis en
tiempo real (RTA) durante el análisis principal. Muchos de estos archivos se utilizan para
un análisis secundario con el software MiSeq Reporter.
Archivo
Subcarpeta
principal
RTAComplete.txt Carpeta raíz
SampleSheet.csv
RunInfo.xml
Archivos *.bcl
Archivos *.stats
Archivos *.filter
*.txt
Archivos *.cif
Archivos *.locs
58
Descripción
Archivo de marcador que se genera al completar el
análisis de las llamadas de base. La presencia de este
archivo desencadena el inicio del análisis secundario.
Carpeta raíz
Este archivo se lee y se copia en la carpeta del
experimento antes del experimento, y se utiliza más
tarde para el análisis secundario.
Carpeta raíz
Identifica los límites de las lecturas (incluidas las lecturas
de índice) y la tabla de calidad seleccionada para el
experimento.
Data\
Cada archivo *.bcl contiene las llamadas de base de RTA
Intensities\BaseCalls\ y los resultados de la puntuación de calidad de un ciclo y
L001\CX.X
una placa.
Data\
Los archivos *.stats contienen las estadísticas de las
Intensities\BaseCalls\ llamadas de base de RTA de un ciclo/una placa
L001\CX.X
determinados.
Data\
Los archivos *.filter contienen los resultados del filtro de
Intensities\BaseCalls cada placa.
Data\RTALogs
Archivos de registro del análisis principal.
Data\
Todos los archivos *.cif binarios contienen los resultados
Intensities\L001\
del análisis de imágenes de RTA de un ciclo y una placa.
CX.X
Para obtener información adicional, consulte Numeración
de las placas de la celda de flujo en la página 60.
Data\
Notifica las coordinadas de los grupos. Cada archivo
Intensities\BaseCalls\ *.locs representa una placa.
L001
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Guía del usuario del sistema MiSeq
Subcarpeta
Descripción
Thumbnail_Images\
L001\CX.X
Imágenes en miniatura generadas para cada ciclo y
base, que pueden utilizarse para solucionar los
problemas de un experimento. Estos archivos no son
necesarios para un análisis secundario y no se copian en
la carpeta de análisis.
59
Supervisión del experimento
Archivo
principal
Archivos *.jpg
Realización de un experimento
Numeración de las placas de la celda de flujo
Cuando las placas se digitalizan durante el experimento de secuenciación, se genera un
archivo de resultados para cada placa y se le asigna un nombre con el número de placa en
un formato de cuatro dígitos.
Se capturan imágenes de la celda de flujo v3 estándar en 19 placas de la superficie
superior y 19 placas de la superficie inferior, lo que conlleva el formato de numeración de
placas siguiente:
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 1101 a 1119 son
las placas 1–19 de la superficie superior.
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 2101 a 2119 son
las placas 1–19 de la superficie inferior.
Se capturan imágenes de la celda de flujo v2 estándar en 14 placas de la superficie
superior y 14 placas de la superficie inferior, lo que conlleva el formato de numeración de
placas siguiente:
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 1101 a 1114 son
las placas 1–14 de la superficie superior.
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 2101 a 2114 son
las placas 1–14 de la superficie inferior.
Se utiliza el mismo formato de numeración con las celdas de flujo micro:
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 1101 a 1104 son
las placas 1–4 de la superficie superior.
} Los archivos de digitalización cuyos nombres incluyen la numeración 2101 a 2104 son
las placas 1–4 de la superficie inferior.
Para las celdas de flujo nano, los archivos de digitalización se nombran para las placas 1 y
2 de la superficie superior, 1101 y 1102.
Los archivos de resultados de cada placa se encuentran en la carpeta del experimento en
Data\Intensities\BaseCalls\L001.
60
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Capítulo 3 Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Lavados del instrumento
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado en modo en espera
Actualizaciones de software
Apagado del instrumento
Guía del usuario del sistema MiSeq
Capítulo 3
Procedimientos de
mantenimiento
62
65
67
73
77
80
81
61
Procedimientos de mantenimiento
Introducción
Realice siempre un lavado del instrumento cuando finalice el experimento de
secuenciación.
El lavado periódico del instrumento garantiza un rendimiento continuado por las
siguientes razones:
} Se elimina todo el reactivo restante de los dispensadores y los conductos de fluídica.
} Se evita la acumulación y cristalización de sales en los dispensadores y los conductos
de fluídica.
} Se previene la contaminación cruzada del experimento anterior.
NOTA
Si realiza un flujo de trabajo de VeriSeq, asegúrese de seguir las directrices específicas de
frecuencia del mantenimiento de VeriSeq. Consulte Frecuencia del mantenimiento del flujo de
trabajo de VeriSeq en la página 63.
Frecuencia del mantenimiento
Realice los procedimientos de mantenimiento siguientes en los intervalos recomendados.
Tabla 1 Mantenimiento durante el funcionamiento normal
62
Actividad
Frecuencia
Lavado posterior al
experimento
Después de cada experimento
Lavado de
mantenimiento
Mensual
Lavado en modo en
espera
Preparación para el modo de inactividad (si el sistema no
se va a usar durante ≥7 días)
Apagado del
instrumento
Según se requiera
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Introducción
Tabla 2 Mantenimiento durante el modo de inactividad (≥7 días sin usar)
Actividad
Frecuencia
Lavado en modo en
espera
Mensual
Apagado del
instrumento
Según se requiera
Frecuencia del mantenimiento del flujo de trabajo de VeriSeq
Si lleva a cabo el flujo de trabajo de VeriSeq, realice los procedimientos de mantenimiento
que se indican a continuación con la periodicidad recomendada.
Tabla 3 Mantenimiento durante el funcionamiento normal
Actividad
Frecuencia
Lavado posterior al experimento
Después de cada experimento
Lavado de mantenimiento
Mensual
Lavado posterior al experimento desde la pantalla
Perform Wash (Realizar lavado)
Tras encontrarse en modo de
inactividad (sistema no
utilizado durante >3 días)
Lavado en modo en espera
Preparación para el modo de
inactividad (si el sistema no se
va a usar durante ≥7 días)
Apagado del instrumento
Según se requiera
Tabla 4 Mantenimiento durante el modo de inactividad (≥7 días sin usar)
Actividad
Frecuencia
Lavado en modo en espera
Mensual
Apagado del instrumento
Según se requiera
Guía del usuario del sistema MiSeq
63
Procedimientos de mantenimiento
NOTA
En el caso del flujo de trabajo de VeriSeq, asegúrese de que realiza lavados posteriores al
experimento que incluyan un lavado de cadena molde. Consulte Procedimiento con lavado de
conducto de cadena molde en la página 69.
64
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Puede iniciar tres tipos de lavados desde la pantalla Perform Wash (Realizar lavado):
lavado de mantenimiento, lavado en espera y lavado posterior al experimento.
} Maintenance Wash (Lavado de mantenimiento): el lavado de mantenimiento consiste
en tres ciclos de lavado consecutivos que enjuagan en profundidad el sistema. Realice
al menos un lavado de mantenimiento cada 30 días. Consulte Realización de un lavado
de mantenimiento en la página 73.
Puede configurar el instrumento para realizar un lavado de mantenimiento entre
experimentos. Para obtener información adicional, consulte Pantalla Run Options
(Opciones de experimento) en la página 22.
} Standby Wash (Lavado en modo en espera): el lavado en modo en espera prepara
correctamente los conductos de fluídica para permanecer inactivos y consta de dos
ciclos de lavado consecutivos. Realice un lavado en modo en espera si cree que el
instrumento permanecerá inactivo durante hasta siete días. Consulte Realización de un
lavado en modo en espera en la página 77. Cuando el instrumento pasa a estado inactivo,
se debe realizar un lavado de mantenimiento antes de configurar un nuevo
experimento de secuenciación.
En el caso de clientes que realizan el flujo de trabajo de VeriSeq, se debe consultar
Frecuencia del mantenimiento del flujo de trabajo de VeriSeq en la página 63 para obtener
instrucciones acerca de cuándo se debe realizar un lavado en modo en espera.
} Post-Run Wash (Lavado posterior al experimento): El lavado posterior al experimento
es un lavado del instrumento estándar que se realiza entre experimentos de
secuenciación. Para realizar un lavado posterior al experimento en otro momento que
no sea inmediatamente después de la ejecución de un experimento, utilice el comando
de la pantalla Perform Wash (Realizar lavado) para iniciar dicho lavado.
Guía del usuario del sistema MiSeq
65
Lavados del instrumento
Lavados del instrumento
Procedimientos de mantenimiento
Figura 23 Pantalla Perform Wash (Realizar lavado)
Seleccione Raise Sippers (Levantar los dispensadores) para levantar los dispensadores del
cartucho de reactivo de forma manual, de modo que el cartucho pueda retirarse del
instrumento. Utilice este comando si se ha interrumpido el experimento de forma
inesperada o si se ha producido un error durante el experimento. En estas condiciones, los
dispensadores no se levantan automáticamente.
66
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Lleve a cabo siempre un lavado del instrumento después de terminar un experimento de
secuenciación. Siga las indicaciones del software para cargar los componentes del lavado y
realizar dicho lavado. El lavado posterior al experimento dura aproximadamente
20 minutos.
Illumina recomienda realizar el lavado inmediatamente después de finalizar un
experimento. Debe lavar el instrumento antes de configurar el experimento siguiente.
NOTA
Deje la celda de flujo usada en el instrumento. Debe haber una celda de flujo cargada
en el instrumento para llevar a cabo un lavado del instrumento.
Los clientes que ejecuten MCS v2.5 o superior podrán seleccionar un lavado posterior al
experimento que incluye un lavado del conducto de cadena molde. La opción de lavado
del conducto de cadena molde se selecciona en la pantalla de lavado posterior al
experimento. Esta opción de lavado posterior al experimento se recomienda para aquellos
clientes que realicen el flujo de trabajo de VeriSeq u otras aplicaciones con alta sensibilidad,
como la llamada de variantes somáticas.
El lavado posterior al experimento que incluye un lavado del conducto de cadena molde
requiere el empleo de hipoclorito de sodio y un tubo MiSeq (n.º de referencia
MS-102-9999). El lavado dura aproximadamente 30 minutos. Consulte Procedimiento con
lavado de conducto de cadena molde en la página 69.
NOTA
No utilice hipoclorito de sodio para un lavado de mantenimiento o un lavado en modo en
espera.
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.° de catálogo P7949)
} Agua de laboratorio
} Hipoclorito de sodio (debe emplearse en un lavado posterior al experimento que
incluya un lavado del conducto de cadena molde)
Guía del usuario del sistema MiSeq
67
Realización de un lavado posterior al experimento
Realización de un lavado posterior al experimento
Procedimientos de mantenimiento
Procedimiento
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se
explica a continuación:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan el resultado de una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
c Invierta cinco veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva como sigue:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
Una vez se complete el experimento, seleccione Start Wash (Iniciar lavado). El software
eleva automáticamente los dispensadores del refrigerador de reactivos.
4
No seleccione la opción Perform optional template line wash (Realizar lavado
opcional de conducto de cadena molde) en la pantalla de lavado posterior al
experimento. El lavado del conducto de cadena molde requiere un procedimiento
diferente. Consulte Procedimiento con lavado de conducto de cadena molde en la página 69.
5
Abra la puerta del refrigerador de reactivos y del compartimento de reactivos, y
extraiga el cartucho de reactivo usado del refrigerador.
6
Deslice la bandeja de lavado para introducirla en el refrigerador de reactivos hasta que
llegue al tope y seguidamente, cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
7
Levante el mango del dispensador situado delante de la botella de PR2 y de la botella
de residuos hasta que quede bloqueado en su sitio.
8
Quite la botella de PR2 y sustitúyala por la botella de lavado.
NOTA
Deseche la botella de PR2 después de cada experimento. No reutilice el PR2 restante.
9
68
Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Devuelva la
botella de residuos al compartimento de reactivos.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
10 Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores bajan
en la botella de lavado y la de residuos.
11 Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
12 Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado posterior al experimento.
Cuando haya terminado el lavado, deje la celda de flujo utilizada, la bandeja de lavado y
la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante sobre el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en la posición bajada, lo que es normal. Deje la solución de
lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los
dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
Procedimiento con lavado de conducto de cadena molde
NOTA
Deberá emplear MCS v2.5 o superior para llevar a cabo este procedimiento de lavado
posterior al experimento que incluye un lavado del conducto de cadena molde. Para obtener
información adicional, consulte Realización de un lavado posterior al experimento en la página 67.
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se
explica a continuación:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
c Invierta cinco veces para mezclar.
2
Prepare una solución de lavado de hipoclorito de sodio con agua de laboratorio según
se explica a continuación:
Guía del usuario del sistema MiSeq
69
Realización de un lavado posterior al experimento
ADVERTENCIA
Esta serie de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación o ingestión, así como el contacto con la piel o
los ojos, pues podrían producirse lesiones. Deseche los contenedores y el contenido no
utilizado de acuerdo con las normativas de seguridad oficiales de su zona. Para obtener
información adicional, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
Procedimientos de mantenimiento
a
b
Añada 30 µl de hipoclorito de sodio al 6 % a 870 µl de agua de laboratorio. Estos
volúmenes dan como resultado una dilución de hipoclorito de sodio con una
proporción de 1:30.
Añada 50 µl de la dilución de hipoclorito de sodio 1:30 a 950 µl de agua de
laboratorio en un tubo MiSeq suministrado por Illumina (n.º de referencia
MS-102-9999).
NOTA
Es importante emplear la concentración correcta de hipoclorito de sodio. Asegúrese de
comprobar el porcentaje de hipoclorito de sodio en la etiqueta del producto. Si la
concentración es demasiado elevada, puede provocar errores en la generación de
grupos en experimentos posteriores. Si no dispone de hipoclorito de sodio al 6 %,
obtenga 1 ml de solución de hipoclorito de sodio al 0,01 % en agua de laboratorio.
NOTA
No utilice hipoclorito de sodio para un lavado de mantenimiento o un lavado en modo
en espera.
3
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva como se explica a
continuación:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Introduzca el tubo MiSeq que contiene la solución de lavado de hipoclorito de sodio al
0,01 % en la posición 17 de la bandeja de lavado hasta que el cuello del tubo esté
alineado con la bandeja. El tubo desplazará la solución de lavado de Tween 20 y agua
de laboratorio de la posición 17.
Figura 24 Tubo MiSeq en la posición 17 de la bandeja de lavado
70
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
5
Una vez finalizado el experimento, seleccione Start Wash (Iniciar lavado). El software
eleva automáticamente los dispensadores del refrigerador de reactivos.
6
Seleccione la opción Perform optional template line wash (Realizar lavado opcional de
conducto de cadena molde) en la pantalla de lavado posterior al experimento.
NOTA
En el caso de clientes que realicen el flujo de trabajo de VeriSeq , la opción Perform
optional template line wash (Realizar lavado opcional de conducto de cadena molde)
estará seleccionada previamente. El MCS realiza un seguimiento del tipo de lavado
posterior al experimento realizado después de cada experimento. Si no se selecciona la
opción Perform optional template line wash (Realizar lavado opcional de conducto de
cadena molde) para el lavado posterior al experimento, aparece un mensaje en la
pantalla de revisión del experimento para recordárselo la próxima vez que inicie un
experimento de secuenciación.
7
Abra la puerta del refrigerador de reactivos y del compartimento de reactivos, y
extraiga el cartucho de reactivo utilizado del refrigerador.
8
Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope
y, a continuación, cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
9
Levante el mango del dispensador situado delante de la botella de PR2 y de la botella
de residuos hasta que quede en su sitio.
10 Quite la botella de PR2 y sustitúyala por la botella de lavado.
NOTA
Deseche la botella de PR2 después de cada experimento. No reutilice el PR2 restante.
11 Quite la botella de residuos y deseche el contenido como corresponda. Vuelva a colocar
la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
ADVERTENCIA
Esta serie de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una toxina
reproductiva probable. Evite su inhalación o ingestión, así como el contacto con la piel o
los ojos, pues podrían producirse lesiones. Deseche los contenedores y el contenido no
utilizado de acuerdo con las normativas de seguridad oficiales de su zona. Para obtener
información adicional, consulte la hoja de datos de seguridad (SDS) de este kit en
support.illumina.com/sds.html.
Guía del usuario del sistema MiSeq
71
Realización de un lavado posterior al experimento
NOTA
Asegúrese de introducir el tubo MiSeq con hipoclorito de sodio únicamente en la
posición 17 de la bandeja. Si introduce el tubo en otra posición, puede provocar errores
en la generación de grupos durante experimentos posteriores, así como daños en el
sistema de fluídica del instrumento MiSeq.
Procedimientos de mantenimiento
12 Baje despacio el mango del dispensador y asegúrese de que los dispensadores bajan
hasta la botella de lavado y la de residuos.
13 Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
14 Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado posterior al experimento.
Cuando el lavado haya finalizado, deje en el instrumento la celda de flujo, la bandeja de
lavado y la botella de lavado con los restos de solución de lavado que ha utilizado.
NOTA
Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución de
lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que los
dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
72
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Realice un lavado de mantenimiento cada 30 días para garantizar un rendimiento óptimo.
El lavado de mantenimiento incluye una serie de tres pasos de lavado con una solución de
lavado de agua de laboratorio mezclada con Tween 20. Espere unos 90 minutos a que
finalice el lavado.
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.° de catálogo P7949)
} Agua de laboratorio
Procedimiento
1
Asegúrese de cargar una celda de flujo usada en el instrumento.
2
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Perform Wash (Realizar lavado).
3
En la pantalla Perform Wash (Realizar lavado), seleccione Maintenance Wash (Lavado
de mantenimiento). El software eleva automáticamente los dispensadores del
refrigerador de reactivos.
Realización del primer lavado
1
Prepare solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio, como se explica
a continuación:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
c Invierta cinco veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva como sigue:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento:
Guía del usuario del sistema MiSeq
73
Realización de un lavado de mantenimiento
Realización de un lavado de mantenimiento
Procedimientos de mantenimiento
a
b
c
Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y extraiga la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizado del
refrigerador.
Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al
tope. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de PR2 y la botella de
residuos hasta que quede en su sitio, y sustituya la botella de PR2 por la botella de
lavado.
NOTA
Deseche la botella de PR2 después de cada experimento. No reutilice el PR2 restante.
d
e
f
4
Quite la botella de residuos y deseche el contenido como corresponda. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
Baje despacio el mango del dispensador y asegúrese de que los dispensadores
bajan hasta la botella de lavado y la de residuos.
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el primer lavado.
Realización del segundo lavado
NOTA
Utilice siempre solución de lavado nueva para cada paso de lavado. La reutilización
de la solución de lavado de un lavado anterior puede devolver residuos a los
conductos de fluídica.
74
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se
explica a continuación:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
c Invierta cinco veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el primer lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado y deseche la solución de lavado restante.
3
Vuelva a llenar los componentes de lavado con solución de lavado nueva como se
explica a continuación:
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuación:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al
tope. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador; asegúrese
de que los dispensadores bajan hasta la botella de lavado y la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el segundo lavado.
Realización del lavado final
1
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se
explica a continuación:
a Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
b Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
c Invierta cinco veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el segundo lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado y deseche la solución de lavado restante.
3
Vuelva a llenar los componentes de lavado con solución de lavado nueva como se
explica a continuación:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuación:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al
tope. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador; asegúrese
de que los dispensadores bajan hasta la botella de lavado y la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado final.
Guía del usuario del sistema MiSeq
75
Realización de un lavado de mantenimiento
a
b
Procedimientos de mantenimiento
Después del lavado
Cuando el lavado haya finalizado, deje la celda de flujo que ha utilizado, la bandeja de
lavado y la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución
de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que
los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
76
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Si no tiene planeado utilizar el instrumento en los próximos siete días, prepárelo para que
permanezca inactivo realizando un lavado en modo en espera. Un lavado en modo en
espera realiza dos lavados consecutivos que irrigan cada posición para limpiar cualquier
residuo de reactivos o acumulación de sal. Cada lavado lleva unos 60 minutos. Espere
unas 2 horas para que el lavado en modo en espera finalice.
Cuando el lavado en modo en espera haya finalizado, el instrumento estará en modo en
espera y aparecerá un mensaje en la pantalla Welcome (Bienvenida) indicando el estado
del instrumento. Cuando el instrumento está en el modo de espera, es preciso realizar un
lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciación.
NOTA
Illumina recomienda repetir el lavado en espera cada 30 días de inactividad del
instrumento. Si realiza el flujo de trabajo de VeriSeq, consulte la sección Frecuencia del
mantenimiento del flujo de trabajo de VeriSeq en la página 63
Consumibles proporcionados por el usuario
} Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.° de catálogo P7949)
} Agua de laboratorio
Procedimiento
1
Asegúrese de cargar una celda de flujo usada en el instrumento.
2
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Perform Wash (Realizar lavado).
3
En la pantalla Wash Options (Opciones de lavado), seleccione Standby Wash (Lavado
en modo en espera). El software eleva automáticamente los dispensadores del
refrigerador de reactivos.
Realización del primer lavado
1
Prepare solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio, como se explica
a continuación:
Guía del usuario del sistema MiSeq
77
Realización de un lavado en modo en espera
Realización de un lavado en modo en espera
Procedimientos de mantenimiento
a
b
c
Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
Invierta cinco veces para mezclar.
2
Prepare los componentes de lavado con solución de lavado nueva como sigue:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
3
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento:
a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y extraiga la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizado del
refrigerador.
b Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al
tope. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
c Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de PR2 y la botella de
residuos hasta que quede en su sitio, y sustituya la botella de PR2 por la botella de
lavado.
NOTA
Deseche la botella de PR2 después de cada experimento. No reutilice el PR2 restante.
d
e
f
4
Quite la botella de residuos y deseche el contenido como corresponda. Vuelva a
colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos.
Baje despacio el mango del dispensador y asegúrese de que los dispensadores
bajan hasta la botella de lavado y la de residuos.
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el primer lavado.
Realización del segundo lavado
NOTA
Utilice siempre solución de lavado nueva para cada paso de lavado. La reutilización
de la solución de lavado de un lavado anterior puede devolver residuos a los
conductos de fluídica.
1
78
Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se
explica a continuación:
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
b
c
Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %.
Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos
volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20
al 0,5 %.
Invierta cinco veces para mezclar.
2
Cuando haya finalizado el primer lavado, retire la bandeja de lavado y la botella de
lavado y deseche la solución de lavado restante.
3
Vuelva a llenar los componentes de lavado con solución de lavado nueva como se
explica a continuación:
a Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado.
b Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml.
4
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuación:
a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al
tope. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador; asegúrese
de que los dispensadores bajan hasta la botella de lavado y la de residuos.
c Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el segundo lavado.
Después del lavado
Cuando el lavado haya finalizado, deje la celda de flujo que ha utilizado, la bandeja de
lavado y la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento.
NOTA
Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución
de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que
los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
Guía del usuario del sistema MiSeq
79
Realización de un lavado en modo en espera
a
Procedimientos de mantenimiento
Actualizaciones de software
Si su sistema está conectado a una red con acceso a Internet, puede actualizar el software
del instrumento automáticamente mediante la pantalla Welcome (Bienvenida).
Cuando haya actualizaciones de software disponibles, aparecerá el botón Update Available
(Actualización disponible) en la pantalla Welcome (Bienvenida). De lo contrario, este botón
no está visible.
Para iniciar una actualización del software, seleccione Update Available (Actualización
disponible). Se abrirá un cuadro de diálogo para confirmar el comando, momento en el que
se deberá reiniciar el instrumento. La instalación de la actualización comenzará
automáticamente tras el reinicio.
Si su instrumento no está conectado a una red con acceso a Internet, puede actualizar el
software de forma manual.
Pantalla Manual Update (Actualización manual)
Utilice la función Manual Update (Actualización manual) para actualizar el software de
control del instrumento y el software de análisis desde la interfaz de MiSeq navegando
hasta la ubicación del archivo de software instalable.
Seleccione Browse (Examinar) para navegar hasta la ubicación donde está el archivo
instalable de la nueva versión del software. Cuando la ruta del archivo instalable del
software aparezca en la pantalla, seleccione Update (Actualizar).
Si el instrumento está conectado a una red, también puede actualizar automáticamente su
software. Para obtener información adicional, consulte Actualizaciones de software en la
página 80.
80
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Se recomienda dejar siempre encendido el instrumento. Sin embargo, si es preciso apagar el
instrumento, utilice el procedimiento siguiente para apagar Windows y preparar los
conductos de fluídica.
1
Realice un lavado de mantenimiento. Para obtener información adicional, consulte
Realización de un lavado de mantenimiento en la página 73.
2
Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Devuelva la
botella de residuos al compartimento de reactivos.
3
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
4
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione Shut Down
(Apagar). Este comando apaga el software.
5
Mueva el interruptor de encendido a la posición OFF (Apagado).
NOTA
Cada vez que apague el instrumento, espere como mínimo 60 segundos antes de
volver a poner el interruptor de encendido en la posición ON (Encendido).
Guía del usuario del sistema MiSeq
81
Apagado del instrumento
Apagado del instrumento
82
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Capítulo 4 Solución de problemas
Introducción
Empaquetado de registros para solucionar problemas
Configuración del software
Pausa o detención de un experimento
Resolución de errores de configuración de experimentos
Resolución del error de lectura de RFID
Solución de problemas de velocidad de flujo
Realización de una prueba de volumen
Medición de los volúmenes de lavado esperados
Guía del usuario del sistema MiSeq
84
85
87
91
94
96
98
99
103
83
Capítulo 4
Solución de problemas
Solución de problemas
Introducción
Esta sección describe los pasos de solución de problemas habituales que puede tomar antes
de ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Para la mayoría de
los errores, aparecerá un mensaje en pantalla con las instrucciones para corregir el error.
Para cuestiones técnicas, visite las páginas de asistencia de MiSeq del sitio web de
Illumina para acceder a las preguntas frecuentes o inicie una sesión en su cuenta de
MyIllumina con el fin de acceder a los boletines de asistencia.
Si tiene problemas con la calidad o el rendimiento de los experimentos, póngase en
contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Para obtener información
adicional, consulte Asistencia técnica en la página 109.
Normalmente, los representantes del servicio de asistencia técnica de Illumina solicitan
copias de archivos específicos del experimento para solucionar problemas. Puede utilizar
la ficha Bundle Logs (Empaquetar registros) de la pantalla Manage Files (Administrar
archivos) para agrupar y empaquetar en un archivo ZIP los archivos requeridos para
solucionar problemas. Consulte Empaquetado de registros para solucionar problemas en la
página 85.
84
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Bundle Logs (Empaquetar registros) es una función que ayuda a los clientes a agrupar y
empaquetar registros en un archivo ZIP para enviárselos al servicio de asistencia técnica
de Illumina.
Ficha Bundle Logs (Empaquetar registros)
Utilice la ficha Bundle Logs (Empaquetar registros) de la pantalla Manage Files
(Administrar archivos) para seleccionar un grupo de archivos, llamado paquete. El paquete
se comprime en un archivo ZIP automáticamente.
NOTA
La función Bundle Logs (Empaquetar registros) agrupa los archivos de un experimento en un
tipo de paquete cada vez. Repita el procedimiento por cada experimento y tipo de paquete
que el servicio de asistencia técnica de Illumina le solicite.
1
En la pantalla Manage Files (Administrar archivos), seleccione la ficha Bundle Logs
(Empaquetar registros).
2
Seleccione Browse (Examinar) para ir a la ubicación de la carpeta MiSeqOutput
(ResultadoMiSeq).
3
Haga clic en la casilla azul situada junto al experimento y en el círculo azul situado
junto al tipo de paquete que le haya solicitado el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
4
Seleccione Bundle Logs (Empaquetar registros).
5
Se abrirá la pantalla Bundle Files (Archivos del paquete), que mostrará la información
del paquete, incluida la lista de archivos concretos que contiene.
Para obtener más información sobre cada carpeta y archivo de la función Bundle Logs
(Empaquetar registros), consulte la tarjeta de referencia rápida de carpetas de análisis y de
salida de MiSeq (n.° de referencia 15034791).
6
Seleccione Next (Siguiente).
7
Vaya a la ubicación donde desea guardar los archivos del paquete comprimidos en
formato ZIP.
8
Haga clic en Save (Guardar).
9
Se abrirá el mensaje "Bundling Files" (Empaquetando archivos).
Guía del usuario del sistema MiSeq
85
Empaquetado de registros para solucionar
Empaquetado de registros para solucionar problemas
Solución de problemas
10 Cuando el proceso finalice, se volverá a abrir la ficha Bundle Logs (Empaquetar
registros).
11 Envíe el archivo ZIP al servicio de asistencia técnica de Illumina.
Figura 25 Ficha Bundle Logs (Empaquetar registros)
86
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
MCS incluye numerosas pantallas que permiten acceder a comandos para configurar el
sistema y administrar el instrumento.
Pantalla System Settings (Configuración del sistema)
La configuración del sistema suele definirse cuando el instrumento se instala y se inicia
por primera vez. Si necesita modificar algún parámetro de la configuración debido a un
cambio de red o de centro, utilice la función System Settings (Configuración del sistema).
Figura 26 System Settings (Configuración del sistema)
Póngase en contacto con el administrador de la instalación para informarse acerca de qué
configuración de red debe especificar.
Guía del usuario del sistema MiSeq
87
Configuración del software
Configuración del software
Solución de problemas
Cambio de los credenciales del sistema
Modifique el nombre de usuario y la contraseña del sistema en la pantalla System Settings
(Configuración del sistema). Seleccione System Settings (Configuración del sistema) en la
pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) y, a continuación, seleccione Save
and Continue (Guardar y continuar) para pasar a la tercera pantalla de la serie de
pantallas.
Seleccione This account (Esta cuenta). Introduzca el nombre de dominio (Domain\MiSeq1,
por ejemplo) y la contraseña. Seleccione Save and Continue (Guardar y continuar). Las
credenciales de MiSeq Reporter y de BaseSpace también se actualizarán.
Figura 27 System Settings (Configuración del sistema)
88
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
System Check (Comprobación del sistema) es una pantalla que normalmente se utiliza
para conectar con un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina durante
una sesión de Live Help. No es necesario utilizar esta función durante el funcionamiento
normal ni para el mantenimiento del instrumento.
Algunas comprobaciones del sistema pueden realizarse antes de contactar con el servicio
de asistencia técnica de Illumina, como la prueba de volumen. Una prueba de volumen
comprueba el estado del sistema de fluídica calculando el volumen de flujo a medida que
las burbujas pasan por los sensores. Para obtener información adicional, consulte
Realización de una prueba de volumen en la página 99.
Una vez finalizada la comprobación del sistema, los resultados de la prueba aparecerán en
la pantalla:
} Seleccione Show Details (Mostrar detalles) para ver un resumen de los resultados en la
interfaz del software.
} Seleccione Export Results (Exportar resultados) para exportar los resultados a un
formato *.csv en una unidad USB.
Figura 28 Opciones de System Check (Comprobación del sistema)
Guía del usuario del sistema MiSeq
89
Configuración del software
Pantalla System Check (Comprobación del sistema)
Solución de problemas
Live Help
MiSeq debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active la opción
Live Help. La función Live Help es una herramienta de asistencia en línea que permite a
un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina visualizar su pantalla de
MiSeq con su permiso y compartir el control del instrumento. Usted tendrá el control
principal y podrá cerrar la sesión de uso compartido de la pantalla en cualquier momento.
Puede acceder a Live Help desde el icono de ayuda de la pantalla Welcome (Bienvenida).
Figura 29 Menú Help (Ayuda)
Para activar una conexión, solicite un código único de acceso al servicio de asistencia
técnica de Illumina, introduzca dicho código en la pantalla Live Help y, a continuación,
seleccione Next (Siguiente).
Figura 30 Pantalla Live Help
90
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
El sistema MiSeq está diseñado para completar un experimento de principio a fin sin
necesidad de que intervenga el usuario. No obstante, se puede pausar o detener un
experimento en la pantalla Sequencing (Secuenciación).
Pausa de un experimento
Puede poner en pausa temporalmente un experimento antes de que haya finalizado. Puede
hacerlo, por ejemplo, si sospecha que la botella de residuos está llena. Puede reanudar un
experimento en pausa.
PRECAUCIÓN
No pause un experimento durante la generación de grupos o en los primeros ocho
ciclos de la secuenciación. No es posible reanudar un experimento puesto en pausa en
ese momento. Consulte la sección Métricas de experimento en la página 57 para obtener
información sobre los ciclos de los kits de cartucho de reactivo de MiSeq.
Cuando seleccione Pause (Pausa), el comando actual finalizará. A continuación, el
experimento se pausará y la celda de flujo se pondrá en un estado seguro.
Para pausar un experimento desde la pantalla Sequencing (Secuenciación), seleccione
Pause (Pausa). El botón cambiará a Resume (Reanudar). Cuando esté listo para reanudar el
experimento, seleccione Resume (Reanudar).
Guía del usuario del sistema MiSeq
91
Pausa o detención de un experimento
Pausa o detención de un experimento
Solución de problemas
Figura 31 Pantalla Sequence (Secuenciar) de un experimento pausado
Detención de un experimento
Puede detener un experimento durante la secuenciación antes de que finalice con el botón
Stop (Detener) de la pantalla Sequencing (Secuenciación). Puede detener un experimento si
este se ha configurado incorrectamente, si la calidad de los datos es mala o si detecta un
error de hardware.
Cuando se detiene un experimento, el comando actual no se realiza y la platina de la celda
de flujo se mueve hacia delante. El análisis principal continúa en el último ciclo finalizado.
Figura 32 Detención de un experimento
92
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Guía del usuario del sistema MiSeq
93
Pausa o detención de un experimento
La detención de un experimento es definitiva. No es posible reanudar un experimento tras
detenerlo. La única opción disponible es pasar a realizar un lavado del instrumento.
Solución de problemas
Resolución de errores de configuración de
experimentos
Si falla alguna de las comprobaciones previas al experimento, aparecerá un icono rojo
junto al elemento. Aparecerá un mensaje en pantalla que describirá el error y la acción
necesaria para corregirlo.
Error
Flow Rate Measured
(Velocidad de flujo medida)
Free Disk Space (Liberar
espacio en disco)
Network Connection
Active (Conexión de red
activa)
94
Acción
Se abre la pantalla de comprobación de la velocidad de flujo. Utilice la
lista desplegable o el teclado en pantalla para introducir lo siguiente:
• Solución: PR2
• Volumen: 250
• Velocidad de aspiración: 2500
• Velocidad de dispensación: 2500
Seleccione Pump (Bombear). Si el error persiste, defina el volumen para
que bombee 500 µl de PR2 y repita el proceso. Una vez bombeados los
fluidos, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
Cuando la comprobación previa al experimento se realice
correctamente, el botón Start Run (Iniciar experimento) se activará.
Si la comprobación del flujo vuelve a fallar, recoloque la celda de flujo
para asegurarse de que el flujo no se interrumpa debido a una
alineación incorrecta. Compruebe que no haya pelusas ni
irregularidades en las juntas de la celda de flujo.
Si queda poco espacio en el disco, aparecerá un mensaje que indicará la
cantidad de espacio en el disco necesaria. Utilice la función Manage
Files (Administrar archivos) para obtener el espacio necesario en el
ordenador del instrumento.
Asegúrese de que el cable de red está conectado al instrumento.
Si la conexión de red no se restablece, seleccione Reboot (Reiniciar) en la
pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) para reiniciar el
software.
Si la conexión de red sigue sin restablecerse, seleccione Shut Down
(Apagar) en la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento)
y, a continuación, apague el instrumento con el interruptor de
encendido. Espere al menos 60 segundos y, a continuación, encienda el
instrumento e inicie el software.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Sample Sheet Present
(Hoja de muestras presente)
Guía del usuario del sistema MiSeq
Acción
El análisis principal del experimento anterior no ha finalizado. El tiempo
predeterminado para la finalización del análisis principal es 1 hora y
aparece una cuenta atrás en la pantalla. Las opciones son esperar 1 hora
o seleccionar la opción Terminate Analysis (Finalizar análisis). Los
ciclos incompletos conllevan la detención de los análisis secundarios.
Si no ha asignado un nombre a la hoja de muestras con el ID del
cartucho de reactivo de su experimento, el instrumento no podrá
localizar la hoja de muestras adecuada automáticamente. Vaya hasta la
hoja de muestras de su experimento.
Si ha asignado un nombre a la hoja de muestras con el ID del cartucho
de reactivo de su experimento, asegúrese de que la hoja de muestras se
encuentre en la carpeta predeterminada de la hoja de muestras.
Compruebe la ubicación de la carpeta predeterminada en Run Options
(Opciones de experimento) de la pantalla Welcome (Bienvenida).
Asegúrese de que la extensión del archivo de la hoja de muestras sea
*.csv.
Si falta la hoja de muestras, cree una y cópiela en las ubicaciones de las
hojas de muestras especificadas en Run Options (Opciones de
experimento).
Cuando haya localizado la hoja de muestras, seleccione Restart Check
(Reiniciar comprobación).
95
Resolución de errores de configuración de
Error
Primary Analysis Ready
(Análisis principal
preparado)
Solución de problemas
Resolución del error de lectura de RFID
Si el sistema no puede leer la RFID de un consumible, podrá obtener un código de
derivación temporal en el sitio web de Illumina. Un código de derivación temporal caduca
en siete días.
1
Seleccione siempre Retry (Reintentar) antes de continuar. Si la RFID vuelve a fallar,
seleccione Get Code (Obtener código).
2
Desde un ordenador con acceso a Internet, vaya a my.illumina.com e inicie sesión en
su cuenta de MyIllumina.
3
Desde la página de MyIllumina, haga clic en Account (Cuenta). En la columna
Resources (Recursos), haga clic en MiSeq Self-Service (Automantenimiento de MiSeq).
4
En la página MiSeq Self-Service (Automantenimiento de MiSeq), introduzca el MiSeq
serial number (Número de serie de MiSeq).
5
En la lista desplegable Type of Override Code (Código de tipo de anulación de control),
seleccione la opción RFID Override (Anulación de control de RFID).
Figura 33 Página MiSeq Self-Service (Automantenimiento de MiSeq)
96
6
Para generar el código, seleccione Get Code (Obtener código).
7
Vuelva a la interfaz de MCS y seleccione Enter Code (Introducir código).
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Introduzca el código de derivación temporal mediante el teclado en pantalla y, a
continuación, seleccione Next (Siguiente).
9
Introduzca el número del código de barras de la celda de flujo, la botella de PR2 o el
cartucho de reactivo.
Consumible
Celda de flujo
Botella de PR2
Cartucho de
reactivo
Ubicación del número de código de barras
Encima del código de barras, en la etiqueta del contenedor de la celda de
flujo.
Los números de códigos de barras de las celdas de flujo empiezan por
una A (estándar), una G (micro) o una D (nano). Ejemplo: A0E61
Debajo del código de barras, en la etiqueta de la botella de PR2.
Ejemplo: MS0011881-PR2
Debajo del código de barras, en la etiqueta del cartucho de reactivo.
Ejemplo: MS0010744-300
10 Si va a introducir un código de derivación para el cartucho de reactivo, introduzca el
número de versión del kit. Seleccione Enter Reagent Kit Barcode (Introducir el código
de barras del kit de reactivos) para introducir manualmente el número del código de
barras del cartucho de reactivo y el número de versión del kit.
PRECAUCIÓN
Si introduce una versión de kit de reactivos incorrecta, esto podría afectar
negativamente a los datos de secuenciación.
11 Seleccione Enter (Entrar).
Guía del usuario del sistema MiSeq
97
Resolución del error de lectura de RFID
8
Solución de problemas
Solución de problemas de velocidad de flujo
La velocidad de flujo es la velocidad a la que los fluidos pasan por el sistema de fluídica
(µl/min). Se mide antes de cada experimento, durante la comprobación previa. Si el sistema
no puede medir la velocidad de flujo, se le indicará que bombee cierta cantidad de reactivo
(PR2) a través del sistema antes de volver a comprobar la velocidad de flujo.
1
Utilice la lista desplegable o el teclado que aparece en la pantalla para introducir la
información siguiente:
• Solución: PR2
• Volumen: 250 µl
• Velocidad de aspiración: 2500 µl/min
• Velocidad de dispensación: 2500 µl/min
2
Seleccione Pump (Bombear).
Figura 34 Medición de la velocidad de flujo
98
3
Cuando haya finalizado el bombeo, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
4
Si el error persiste, defina el volumen para que bombee 500 µl de PR2 y repita el
proceso una vez más. Si en el segundo intento no resuelve el error, póngase en contacto
con el servicio de asistencia técnica de Illumina.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Una obstrucción de los conductos de fluídica podría ser la causa de una administración de
reactivos incorrecta y afectar a los resultados de secuenciación. Si sospecha que existe una
obstrucción en los conductos de fluídica, realice una prueba de volumen.
Una prueba de volumen comprueba el estado del sistema de fluídica calculando el
volumen entre dos burbujas a medida que pasan por los sensores. Para realizar una
prueba de volumen, debe cargar la bandeja de lavado y la botella de lavado con agua de
laboratorio y debe disponer de una celda de flujo usada, colocada en su sitio. Siga las
indicaciones que aparezcan en pantalla para realizar la prueba.
1
Asegúrese de cargar una celda de flujo usada en el instrumento.
2
En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System
Check (Comprobación del sistema).
3
Seleccione Conduct Volume Test (Realizar prueba de volumen) y, a continuación,
seleccione Next (Siguiente).
Figura 35 Pantalla System Check (Comprobación del sistema)
4
Llene cada depósito de la bandeja de lavado con 6 ml de agua de laboratorio.
5
Llene la botella de lavado de 500 ml con 350 ml de agua de laboratorio.
Guía del usuario del sistema MiSeq
99
Realización de una prueba de volumen
Realización de una prueba de volumen
Solución de problemas
100
6
Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento.
a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de
reactivos, y deslice la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se
detenga. Cierre la puerta del refrigerador de reactivos.
b Levante el mango del dispensador hasta que quede bloqueado en su sitio y cargue
la botella de lavado.
c Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada. Devuelva
la botella de residuos al compartimento de reactivos.
d Baje despacio el mango del dispensador, asegurándose de que los dispensadores
bajan en la botella de lavado y la de residuos.
7
De acuerdo con las indicaciones en pantalla, elimine las gotas del dispensador de la
botella de lavado, como sigue:
a Cuando se le indique, levante lentamente el mango del dispensador y compruebe
que no haya una gota grande de agua en el dispensador de la botella de lavado.
b Cuando se le indique, baje lentamente el mango del dispensador hacia el agua lo
suficiente como para permitir que la tensión superficial elimine la gota.
c Cuando se le indique, levante lentamente el mango del dispensador y compruebe
que no haya una gota grande de agua en el dispensador de la botella de lavado.
d Cuando se le indique, baje lentamente el mango del dispensador hasta el punto
máximo, asegurándose de que los dispensadores bajan en la botella de lavado y la
de residuos.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
8
Seleccione Next (Siguiente). Se iniciará la prueba de volumen.
Cuando la prueba de volumen haya finalizado, los resultados aparecerán en la
pantalla.
Figura 37 Resultados de la prueba de volumen
Guía del usuario del sistema MiSeq
101
Realización de una prueba de volumen
Figura 36 Eliminación de la gota del dispensador
Solución de problemas
Si no se supera la prueba, realice un lavado de mantenimiento. Consulte Realización de
un lavado de mantenimiento en la página 73.
9
102
Cuando haya finalizado el lavado de mantenimiento, repita la prueba de volumen.
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
La medición de los volúmenes de lavado esperados confirma que la fluídica de lavado
funciona correctamente.
1
Antes de empezar el lavado, vacíe la botella de residuos.
2
Cuando haya terminado el lavado, mida el volumen de lavado de la botella de
residuos.
Tipo de lavado
Lavado posterior al experimento
Lavado posterior al experimento que incluye un lavado del conducto
de cadena molde
Lavado en modo en espera
Lavado de mantenimiento
Guía del usuario del sistema MiSeq
Volumen de lavado
esperado
17,25 ml
25,5 ml
46 ml
17,25 ml
103
Medición de los volúmenes de lavado esperados
Medición de los volúmenes de lavado esperados
104
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
A
abrazadera de la celda de flujo 6
actualizar software 80
alerta de estado, icono 18
alertas de correo electrónico 22
análisis
durante secuenciación 31
opciones 29
análisis en tiempo real 2
carpeta del experimento 32
generación de cadenas molde 57
resultados 58
análisis secundario 31
apagar el instrumento 26, 81
archivo de manifiesto
copiar en instrumento 19
definición 14
asistencia al cliente 109
asistencia técnica 109
automantenimiento de MiSeq 96
ayuda Live Help 90
B
BaseSpace
conexión 17
credenciales 88
BlueFuse 29
botella de residuos 8
C
cambiar contraseña 88
cargar reactivos
cartucho 50
PR2 49
carpeta del experimento
definición 14
carpeta InterOp 33
Guía del usuario del sistema MiSeq
Índice
Índice
carpetas de experimento
archivos del análisis principal 58
asignación de nombres 32
contenido 33
gestionar 19
temp, resultados, análisis 32
cartucho de reactivo 9
celda de flujo
carril único 27
color de tapa 44
designador de letra 96
limpiar 44
numeración de placas 60
resumen 7
ciclos en una lectura 28
compartimento de la celda de flujo 5-6
compartimento de reactivos 5, 8
CompletedJobInfo.xml 31
componentes
cartucho de reactivo 9
celda de flujo 7
compartimento de la celda de
flujo 5-6
compartimento de reactivos 5, 8
módulo óptico 5
conexión de red 95
configuración de red 87
configuración del instrumento 26
configuración del sistema 87
consumibles
agua de laboratorio 12
proporcionados por el usuario 11
suministrados por Illumina 10
contraseña 13
copiar archivos y carpetas 19
D
detención de un experimento 92
dirección IP 87
105
Índice
directrices de agua de laboratorio 12
documentación 109
duración del experimento 27
E
eliminar archivos y carpetas 19
empaquetar registros 21, 84-85
en espera, lavado 65
encender el instrumento 13
espacio en disco
comprobación 35
poco espacio en disco 95
F
fluídica
lavar 73, 77
solucionar problemas 98-99
flujo de trabajo 39
duración del experimento 27
flujo de trabajo de VeriSeq
análisis secundario 29
celda de flujo 44
frecuencia del mantenimiento 63
replicate analysis locally 22
flujo de trabajo del análisis
definición 14
G
generación de cadenas molde 57
generación de grupos 39
generación de plantillas 27
genoma de referencia
formato de archivo 14
gestionar fórmulas 19
H
hoja de muestras
cambiar 51
copiar en instrumento 19
definición 14
en la carpeta del experimento 58
no encontrada 95
I
iconos
alerta de estado 18
106
errores y advertencias 18
indicadores de actividad 17
sensores 17
inactivar el instrumento 77
indicadores de actividad 17
indicadores del sensor 17
inicialización 95
interruptor de encendido 13
L
lavado
volúmenes esperados 103
lavado del conducto de cadena de
molde 67
lavado en modo en espera 77
lavado posterior al experimento 67
lavados
configuración de lavado posterior al
experimento 22
en espera 65
mantenimiento 65, 73
modo en espera 77
posterior al experimento 67
preparar para apagar 81
preparar para inactividad 77
ventajas 62
Live Help 90
longitud de lectura 27-28
M
mango del dispensador 8
mantenimiento, lavado 65, 73
MiSeq Reporter 2
credenciales 88
descripción general 31
MiSeq Self-Service 96
módulo óptico 5
mover archivos y carpetas 19
N
nombre de cuenta del sistema 88
nombre de dominio 87-88
nombre de usuario 13
numeración de placas 60
O
opciones de experimento 22
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
pantalla de secuenciación 55
pantalla Welcome (Bienvenida) 15
pantallas de configuración del
experimento 18, 43
pausa de un experimento 91
PGS 44
PR2, cargar 49
proporcionados por el usuario,
consumibles 11
prueba de volumen 99
R
reactivos
cargar 49
en kit 10
referencias del genoma 19
refrigerador de reactivos,
temperatura 17
reiniciar software 26
RFID
cartucho de reactivo 50
PR2 49
seguimiento 2
solucionar problemas 96
RTAcomplete.txt 58
RunInfo.xml 33, 58
runParameters.xml 33
fluídica 99
RFID 96
velocidad de flujo 98
status.xml 58
supervisión del experimento 55
T
técnica, ayuda 109
U
ubicaciones de las carpetas
configuración predeterminada 22
para el experimento actual 53
V
velocidad de flujo, solucionar
problemas 98
visor del análisis de secuenciación 27,
55
volúmenes de lavado 103
W
Windows, minimizar 26
S
secuenciación 39
sensor de puerta de la celda de flujo 17
software
actualizar 80
comprobación de espacio en
disco 35
configuración del instrumento 26
duración del experimento 27
en el instrumento 15
inicialización 13
solucionar problemas
archivos específicos del
experimento 84
empaquetar registros 21, 84-85
errores de configuración de
experimento 95
Guía del usuario del sistema MiSeq
107
Índice
P
Índice
108
N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP
Si necesita asistencia técnica, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Tabla 5 Información de contacto general de Illumina
Dirección
5200 Illumina Way
San Diego, CA 92122 (EE. UU.)
Sitio web
www.illumina.com
Correo
electrónico
[email protected]
Tabla 6 Números de teléfono del servicio de asistencia al cliente de Illumina
Zona
Norteamérica
Alemania
Austria
Bélgica
Dinamarca
España
Finlandia
Francia
Número de contacto
1.800.809.4566
0800.180.8994
0800.296575
0800.81102
80882346
900.812168
0800.918363
0800.911850
Zona
Irlanda
Italia
Noruega
Países Bajos
Reino Unido
Suecia
Suiza
Otros países
Número de contacto
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Hojas de datos de seguridad
Las hojas de datos de seguridad (SDS) están disponibles en el sitio web de Illumina, en
support.illumina.com/sds.html.
Documentación del producto
La documentación del producto en PDF está disponible para su descarga en el sitio web
de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación,
haga clic en Documentation & Literature (Documentación y literatura).
Guía del usuario del sistema MiSeq
109
Asistencia técnica
Asistencia técnica
*15027617*
*15027617*
N.º componente 15027617 Rev. O ESP
Illumina
San Diego, California 92122 U.S.A.
+1.800.809.ILMN (4566)
+1.858.202.4566 (fuera de Norteamérica)
[email protected]
www.illumina.com
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Thank you for your participation!

* Your assessment is very important for improving the work of artificial intelligence, which forms the content of this project

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