Funcionamiento del sistema NextSeq™ 500

Funcionamiento del sistema NextSeq™ 500
Ejecución
Funcionamiento del sistema NextSeq™ 500
Requisitos:
• Biblioteca preparada y cuantificada o bibliotecas agrupadas
• Kit NextSeq 500 (Alto rendimiento o rendimiento medio)
• [Opcional] Kit de control PhiX de Illumina
• Guía del usuario del sistema NextSeq 500
Planificación del experimento
1
®
en BaseSpace
3
a
Con el embalaje metálico intacto, deje la celda de flujo
empaquetada aparte a temperatura ambiente durante
30 minutos.
b
Con unos guantes nuevos, retire la celda de flujo del
embalaje metálico y del estuche de plástico transparente.
En el caso de instrumentos configurados con
BaseSpace, tenga en cuenta lo siguiente:
Planifique el experimento desde la ficha BaseSpace Prep
Preparación de la celda de flujo
c
5
Configuración del experimento
n la interfaz de NCS, seleccione Sequence
E
(Secuenciar). La puerta de la celda de flujo
se abre y el sistema se prepara para la
configuración del experimento.
n el caso de instrumentos configurados
E
con BaseSpace, inicie sesión en BaseSpace.
Tras retirar la celda de flujo del embalaje
metálico, utilice la celda de flujo dentro
de un plazo de 12 horas.
argue la celda de flujo. Seleccione Load
C
(Cargar). Confirme el ID de la celda de flujo
que se muestra en la pantalla.
Inspeccione y limpie la celda de flujo.
(Preparación BaseSpace).
on las dos manos, retire la bandeja de
C
reactivos utilizados. Vacíe la bandeja de
reactivos utilizados y vuelva a cargarla.
Consulte la Guía del usuario de BaseSpace.
a
b
c
d
e
2
Muestras biológicas: Registre información sobre
las muestras que se secuenciarán.
Bibliotecas: Las bibliotecas son muestras biológicas
preparadas con adaptadores. Seleccione el tipo de
preparación de bibliotecas, asigne índices y un nombre
a las bibliotecas.
Grupos: Un grupo de bibliotecas se secuencia en un único
experimento. Asigne un nombre único al grupo. Un grupo
puede estar formado por una o varias bibliotecas.
Experimentos planificados: Asocie un grupo al
experimento, especifique los parámetros y asigne
un nombre único al experimento.
Haga clic en Sequence (Secuenciar). El experimento
está listo para secuenciarse.
Preparación del cartucho de reactivos
Asegúrese de que el embalaje metálico de la
celda de flujo y el cartucho de reactivos
tengan el etiquetado del mismo tipo de kit,
ya sea alto o medio.
a
b
c
Descongele el cartucho de reactivos durante una hora
al baño maría con una cantidad de agua a temperatura
ambiente suficiente para sumergir solo la base.
Inspeccione visualmente los depósitos más grandes
para asegurarse de que los reactivos están totalmente
descongelados y no contienen burbujas de aire.
Con un paño, limpie el sello metálico que cubre
el depósito n.º 28, perfore el sello con una punta
de pipeta de 1 ml y añada una dilución fresca
de 0,03 %–0,06 % NaOCl.
4
Preparación y carga de bibliotecas
argue el cartucho de tampón. Confirme el
C
ID de tampón que se muestra en la pantalla.
El paso de desnaturalización se aplica a la
mayoría de tipos de bibliotecas. La adición
de un control PhiX a la biblioteca agrupada
es opcional.
argue el cartucho de reactivo. Seleccione
C
Load (Cargar). Confirme el ID de reactivo
que se muestra en la pantalla.
Consulte Denaturing and Diluting Libraries
for NextSeq (Desnaturalización y dilución
de bibliotecas para NextSeq).
a
b
c
d
Desnaturalice las bibliotecas y, después, diluya
a una concentración de carga de ~3 pM, en función
del método de cuantificación.
[Opcional] Desnaturalice y diluya la biblioteca de control
PhiX a 20 pM. Guarde la biblioteca PhiX 20 pM no
utilizada hasta un máximo de dos semanas a una
temperatura de entre -25 y -15 °C.
[Opcional] Añada el PhiX a la dilución de la biblioteca.
Cargue las bibliotecas en el cartucho
de reactivos cuando el cartucho se haya
descongelado totalmente y esté listo para
configurar el experimento.
Con un paño, limpie el sello metálico que cubre el depósito
n.º 10, perfore el sello con una punta de pipeta de 1 ml
y dispense la biblioteca.
Configuración de análisis secundario
Utilice el comando Manage Instrument (Administrar
instrumento) para acceder a los ajustes de configuración
del sistema. Configure los ajustes de análisis secundario
en BaseSpace, BaseSpace Onsite o modo autónomo.
Consulte la Guía del usuario del sistema NextSeq 500.
n el caso de instrumentos configurados
E
con BaseSpace, seleccione un experimento
disponible. En el caso de configuraciones
autónomas, especifique los parámetros
del experimento.
evise los resultados de comprobación
R
anteriores al experimento. Seleccione Start
(Empezar) para empezar el experimento.
6
Monitorización del experimento
Monitorice el progreso del experimento desde la interfaz de NCS.
Ciclo 1-5
Ciclo 5-25
A partir del
ciclo 25
Generación de plantillas
Intensidad y densidad de grupos
% PF, rendimiento estimado
y puntuaciones Q
[Opcional] Monitorice el experimento desde la ficha
BaseSpace Runs (Experimentos BaseSpace) o desde
el SAV de otro ordenador.
Tras el ciclo 25, las llamadas de bases se transfieren
a la ubicación de destino especificada.
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N.º de referencia 15053003 A_ESP
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