Velos Pro/ETD - Thermo Scientific

Velos Pro/ETD - Thermo Scientific
ETD 模块
用于 LTQ XL 和 Velos Pro 质谱仪
(与 LTQ Orbitrap XL、 LTQ Orbitrap Velos、
Orbitrap Velos Pro 和 Orbitrap Elite 兼容)
入门手册
98000-97008 修订版 A
2012 年 6 月
© 2012 Thermo Fisher Scientific Inc. 保留所有权利。
Automatic Gain Control、Data Dependent、EASY-nLC、Foundation、LTQ XL、Velos 和 Velos Pro 是商
标, LTQ、 Orbitrap 和 Xcalibur 是 Thermo Fisher Scientific Inc. 在美 国的注册商标。
下列名称是在美国和其他国家的注册商标。
Microsoft 和 Windows 是 Microsoft Corporation 的注册商标。
下列是在美国和可能在其它国家的注册商标:
Supelco 是 Sigma-Aldrich Biotechnology LP 和 Sigma-Aldrich Co. 公司的注册商标。
所有其他商标都是 Thermo Fisher Scientific Inc. 及其子公司的财产。
Thermo Fisher Scientific Inc. 为购买产品的客户提供本文档,供其在操作产品时参考。本文档受版权
保护,未经 Thermo Fisher Scientific Inc. 书面许可,严禁复制本文档或本文档的任何部分。
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统配置和规格将取代购买者先前获得的所有信息。
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是在正确遵循本文档中的说明信息的情况下)而导致的任何错误、疏忽、损害或损失, Thermo
Fisher Scientific Inc. 概不负责。
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与条件”中的信息为准。
发行历史:修订版 A, 2012 年 6 月
软件版本:Thermo LTQ Tune Plus 2.7.0 及以后版本;Microsoft Windows 7 Professional (32 bit)
SP1—Thermo Foundation 2.0 及以后版本, Thermo Xcalibur 2.2 及以后版本;Windows XP
Workstation SP3—Foundation 1.0.2 SP2 或者更早版本, Xcalibur 2.1 SP1 或更早版本
仅供研究使用。不可用于诊断。
合规性
Thermo Fisher Scientific 对其产品进行了全面测试和评估,确保完全符合相应的国内和国际法规。在系统
交付时,系统符合所有下一部分或产品名称部分说明的下列电磁兼容性 (EMC)和安全标准。
对系统所做的改动可能违反一项或多项 EMC 及安全标准。对系统的改动包括更换零件或增加未经
Thermo Fisher Scientific 专门授权和认定的部件、选项,或外围设备。为保证继续符合 EMC 和安全标准,
更换的零件和增加的部件、选项和外围设备必须从 Thermo Fisher Scientific 或其授权代理处订购。
下列Thermo Scientific 产品的合规性结果:
•
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•
LTQ XL/ETD 系统 (2008 年 11 月)
LTQ Velos/ETD 系统 (2008 年 11 月)
Velos Pro/ETD 系统 (2011 年 4 月)
LTQ XL/ETD 系统 (2008 年 11 月)
EMC 指令 89/336/EEC
EMC 合规性已通过 TÜV Rheinland of North America, Inc. 评估。
EN 61000-3-2:2006
EN 61000-4-4:2004
EN 61000-3-3:1995, A1:2001, A2:2005
EN 61000-4-5:2005
EN 61326-1:2006
EN 61000-4-6:2007
EN 61000-4-2:1995, A1:1999, A2:2001
EN 61000-4-8:1993, A1:2001
EN 61000-4-3:2006
EN 61000-4-11:2004
FCC Class A, CFR 47 Part 15:2007
CISPR 11:1999, A1:1999, A2:2002
低压安全合规性
本设备符合低压指令 73/23/EEC 和协调标准 EN 61010-1:2001。
LTQ Velos/ETD 系统 (2008 年 11 月)
EMC 指令 2004/108/EEC
EMC 合规性已通过 TÜV Rheinland of North America, Inc. 评估。
EN 61326-1:2006
EN 61000-4-4:2004
EN 55011:2007
EN 61000-4-5:2005
EN 61000-3-2:2006
EN 61000-4-6:2007
EN 61000-3-3:2005
EN 61000-4-11:2004
EN 61000-4-2:2001
FCC Part 15:2007
EN 61000-4-3:2006
低压安全合规性
本设备符合低压指令 2006/95/EEC 和协调标准 EN 61010-1:2001。
Velos Pro/ETD 系统 (2011 年 4 月)
EMC 指令 2004/108/EEC
EMC 合规性已通过 TÜV Rheinland of North America, Inc. 评估。
EN 61326-1:2006
EN 61000-4-3:2006
EN 55011:2007, A2:2007
EN 61000-4-4:2004
CFR 47, FCC Part 15, Subpart B, Class A:2009
EN 61000-4-5:2005
EN 61000-3-2:2006
EN 61000-4-6:2007
EN 61000-3-3:1995, A1:2001, A2:2005
EN 61000-4-8:1993, A1:2001
EN 61000-4-2:1995, A1:1999, A2:2001
EN 61000-4-11:2004
低压安全合规性
本设备符合低压指令 2006/95/EEC 和协调标准 EN 61010-1:2001。
符合 FCC 声明
本设备符合 FCC 法规第15章。操作必须符合以下两个条件:(1)设备不会造成有害干扰,和
(2)设备必接受收到的任何干扰,包括可能引起误操作的干扰。
警告 使用本设备之前,仔细阅读并了解本手册内有关本产品的安全使用和操作的各种防范
措施注释、标记和符号。
抬举和搬运
Thermo Scientific 仪器的注意事项
为了安全,同时为了符合相关国际标准,搬运和/或移动 Thermo Fisher Scientific 仪器时,要求多人合作。
本仪器很重、很庞大,一个人无法独自安全搬运。
正确使用
Thermo Scientific仪器的注意事项
符合国际法规:本仪器的使用条件与 Thermo Fisher Scientific 指定的方式不同时,可能消弱仪器提供的任
何保护。
电磁传输磁化率
注意事项
仪器设计用于在受控电磁环境中工作。勿在仪器附近使用无线电射频发送器,例如手机。
有关生产地址的信息,参阅仪器上的标签。
WEEE 合规性
本产品需要符合欧盟的 Waste Electrical & Electronic Equipment (WEEE)(废弃电气与电子设备,
WEEE)指令 2002/96/EC。它以下列符号标示:
Thermo Fisher Scientific 与每个欧盟 (EU)成员国的一家或更多家循环利用或处理公司签订合同,
这些公司应该处理或循环利用此产品。查看 www.thermoscientific.com/rohsweee 以获取有关 Thermo
Fisher Scientific 符合这些指令以及用户国家中的循环利用规定的更多信息。
WEEE Konformität
Dieses Produkt muss die EU Waste Electrical & Electronic Equipment (WEEE) Richtlinie 2002/96/EC erfüllen.
Das Produkt ist durch folgendes Symbol gekennzeichnet:
Thermo Fisher Scientific hat Vereinbarungen mit Verwertungs-/Entsorgungsfirmen in allen EU-Mitgliedsstaaten
getroffen, damit dieses Produkt durch diese Firmen wiederverwertet oder entsorgt werden kann. Mehr
Information über die Einhaltung dieser Anweisungen durch Thermo Fisher Scientific, über die Verwerter, und
weitere Hinweise, die nützlich sind, um die Produkte zu identifizieren, die unter diese RoHS Anweisung fallen,
finden sie unter www.thermoscientific.com/rohsweee.
Conformité DEEE
Ce produit doit être conforme à la directive européenne (2002/96/EC) des Déchets d'Equipements Electriques
et Electroniques (DEEE).Il est marqué par le symbole suivant:
Thermo Fisher Scientific s'est associé avec une ou plusieurs compagnies de recyclage dans chaque état membre de
l’union européenne et ce produit devrait être collecté ou recyclé par celles-ci.Davantage d'informations sur la
conformité de Thermo Fisher Scientific à ces directives, les recycleurs dans votre pays et les informations sur les
produits Thermo Fisher Scientific qui peuvent aider la détection des substances sujettes à la directive RoHS sont
disponibles sur www.thermoscientific.com/rohsweee.
目录
目录
前言. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiii
相关文档 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiv
安全和特殊注意事项 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiv
联系我们 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xv
Thermo Scientific
第1章
简介 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
MS/ETD 系统 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
电子转移解离 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
实验类型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
LTQ XL 和 LTQ Velos 实验类型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
ETD 实验类型. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
调谐和校准 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
诊断 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
第2章
设置 Thermo Foundation Instrument Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
将质谱仪添加至仪器配置 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
指定用于质谱仪的试剂离子源 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
第3章
调谐 ETD 模块 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11
打开 Tune Plus 窗口 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
调谐试剂离子光学组件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
试剂离子光学组件的自动调谐 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
手动调谐试剂离子源 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
半自动调谐试剂离子光学组件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
查看试剂离子光学组件设置 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
保存 ETD 调谐参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
第4章
执行 ETD 进样实验 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25
设置试剂进样设置 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
对 AGC 目标值错误进行故障查找 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
优化试剂离子反应时间 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
第5章
运行 ETD 实验 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35
Nth Order Double Play (ETD)实验 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
数据依赖决策树程序 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
ETD 模块入门手册
ix
目录
第6章
故障查找 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
附录 A
荧蒽 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51
附录 B
血管紧张素 I 溶液 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53
术语表. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
索引 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .59
x
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
图
图
图 1.
图 2.
图 3.
图 4.
图 5.
图 6.
图 7.
图 8.
图 9.
图 10.
图 11.
图 12.
图 13.
图 14.
图 15.
图 16.
图 17.
图 18.
图 19.
图 20.
图 21.
图 22.
图 23.
图 24.
图 25.
图 26.
图 27.
图 28.
图 29.
图 30.
图 31.
图 32.
图 33.
图 34.
Thermo Scientific
Xcalibur Instrument Setup 窗口显示 New Method 页面
(Velos Pro/ETD 系统) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
包含已配置设备的 Thermo Foundation Instrument Configuration 窗口 . . . . 8
Velos Pro Configuration 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Velos Pro/ETD 系统的 Tune Plus 窗口 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Reagent Ion Source 对话框 (默认视图) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Velos Pro/ETD 系统的试剂离子质谱图 (棒状图模式) . . . . . . . . . . . . . . . 15
Tune 对话框显示 Automatic (自动)页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Reagent Ion Optics 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Trap Reagent Ion Transfer Optics 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Tune 对话框显示 Manual 页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Tune Plus 中试剂离子源调谐的图形视图 (Velos Pro/ETD 系统) . . . . . . 20
Tune 对话框显示 Semi-Automatic 页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Reagent Ion Optics 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Trap Reagent Ion Transfer Optics 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Injection Control 对话框显示 Reagent 页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Reagent Ion Source 对话框 (默认视图) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
为血管紧张素 I 配置 ETD 的 Define Scan 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
血管紧张素 I 的 ETD MS/MS 质谱图 (Velos Pro/ETD 系统) . . . . . . . . . 30
Tune 对话框显示 Reagent Ion Reaction Time 页面. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
m/z 433.3 的 ETD MS/MS 谱图及在 Tune Plus (Velos Pro/ETD 系统)
中显示的优化图形 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Tune 对话框显示 Reagent Ion Reaction Time 页面 (m/z 388.3) . . . . . . . . 34
m/z 433.3 的 ETD MS/MS 谱图及在 Tune Plus (Velos Pro/ETD 系统)
中显示的优化图形 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Home Page (主页)的 Xcalibur Roadmap (Xcalibur 导航图)视图. . . . . 36
Velos Pro/ETD 系统的 New Method 页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Nth Order Double Play 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Nth Order Double Play with ETD 模板 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Data Dependent Settings 对话框显示 Activation 参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Data Dependent NL MS3 对话框 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Neutral Loss Masses (中性丢失质量数)表示例数据. . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Data Dependent NL MS3 模板 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Nth Order Double Play with ETD 模板 (Scan Event 2 选中) . . . . . . . . . . . 45
Data Dependent Settings 对话框中的 Current Scan Event 页面 . . . . . . . . . . 46
Data Dependent Decision Tree 的 Procedures 对话框 (Velos Pro/ETD) . . . 47
ETD 试剂 (荧蒽阴离子自由基)由荧蒽生成 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
ETD 模块入门手册
xi
前言
前言
ETD Module Getting Started Guide (ETD 模块入门手册)描述了如何设置、校正及调
谐 LTQ™ XL™/ETD、 LTQ Velos™/ETD 或 Velos Pro™/ETD 系统及如何采集电子转移
解离 (ETD)数据。
注释 对于 LTQ Velos/ETD 系统,除非另有说明,否则按照 Velos Pro/ETD 系统
信息进行操作。
目录
•
相关文档
•
安全和特殊注意事项
•
联系我们
Y 若要对文档或 Help 提出更改建议
点击下面的链接完成有关本文档的简短调查。
在此先对您的帮助表示感谢。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
xiii
前言
相关文档
除了本手册, Thermo Fisher Scientific 为 LTQ XL/ETD 和 Velos Pro/ETD 系统提供
表 1 列出的文档。可以从数据系统计算机访问这些 PDF 文件。
表 1. LTQ XL/ETD 和 Velos Pro/ETD 系统文档
型号
相关文档
LTQ XL 和 Velos Pro
LTQ Series Preinstallation Requirements Guide (LTQ
系列预安装要求手册)
LTQ Series Getting Connected Guide (LTQ 系列建立
连接手册)
LTQ Series Getting Started Guide (LTQ 系列入门手册)
LTQ Series Hardware Manual (LTQ 系列硬件手册)
ETD 模块
ETD Module Hardware Manual (ETD 模块硬件手册)
若要获得质谱仪 (MS)手册,可从 Microsoft™ Windows™ 任务栏选择 Start
(开始) > All Programs (所有程序) > Thermo Instruments (Thermo 仪器) >
Manuals (手册)> model (型号),其中 model 是详细的 LTQ 系列型号,然后点击
要查看的 PDF 文件。
注释 对于 Thermo Xcalibur™ 数据系统版本 2.0.7 或者更早版本(Microsoft Windows
XP 操作系统),选择 Start > All Programs > Xcalibur > Manuals > LTQ > model。
软件也提供 Help (帮助)。若要进入 Help,从菜单栏选择 Help。
安全和特殊注意事项
确保遵循本手册中发布的事先声明。在方框内出现的安全和其他特别注意事项。
安全和其他特别注意事项包括下列内容:
注意事项 强调对人体、财产或环境可能会造成危害。每个 “注意事项”都会
标有适当的 “注意事项”符号。
重要信息 强调防止软件损害、数据丢失或无效测试结果必需的信息;或可能包
含获得系统最佳性能的重要信息。
注释 强调普遍关注的信息。
提示 强调能够帮助简化工作的信息。
xiv
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
前言
表 2 列出 ETD 模块入门手册 中其他特别需要注意事项的符号。
表 2. 警告符号及其意义
符号
含义
化学品:仪器中可能出现危险化学品。在处理致癌物质、腐蚀
性、刺激性、诱导有机体突变的物质、或者毒性化学产品时,
务必戴上手套。只能使用认可的容器和程序来处理废油。
眼睛伤害危险:飞溅的化学产品或空传颗粒物可能会导致眼睛
损害。处理化学产品或对仪器进行维修服务时,务必戴上防护
眼镜。
联系我们
可以通过多种方式联系 Thermo Fisher Scientific,获取所需信息。
Y 若要联系技术支持中心
电话
800-532-4752
传真
561-688-8736
电子邮件
[email protected]
知识库
www.thermokb.com
若要下载更新和配套软件,访问:mssupport.thermo.com 。
Y 若要联系客户服务中心,获取订购信息
电话
800-532-4752
传真
561-688-8731
电子邮件
[email protected]
网站
www.thermo.com/ms
Y 若要获得本地销售或服务联系信息
转至 www.thermoscientific.com/wps/portal/ts/contactus 。
Y 若要从互联网复制手册
转至 mssupport.thermo.com ,同意相关条款和条件,然后单击窗口左侧空白处的
Customer Manuals (用户手册)。
Y 若要对文档或 Help 提出更改建议
• 在 www.surveymonkey.com/s/PQM6P62 中在线填写问卷调查。
• 向技术出版编辑发送电子邮件,邮箱地址为 [email protected] 。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
xv
1
简介
本章提供有关 MS/ETD 系统的常规信息。对于诸如日常操作、维护和系统启动和
关闭等其他信息,参阅 ETD Module Hardware Manual (ETD 模块硬件手册)。
注释 对于 LTQ Velos/ETD 系统,除非另有说明,否则按照 Velos Pro/ETD 系统
信息进行操作。
目录
•
MS/ETD 系统
•
电子转移解离
•
实验类型
•
调谐和校准
•
诊断
MS/ETD 系统
LTQ XL/ETD 和 Velos Pro/ETD 系统是 Thermo Scientific 质谱仪 (MS)检测器家族
的成员,由安装在 LTQ XL 和 Velos Pro 质谱仪背面的电子转移解离 (ETD)模块
组成。拥有 MS/ETD 系统,用户可以对分析物执行 ETD 质谱分析。
LTQ XL 和 Velos Pro 质谱仪是先进的分析仪器,包含注射泵,转向/进样阀、大气
压电离 (API)源、 2D 线性离子阱和 Xcalibur 数据系统。
MS/ETD 系统提供了与 LTQ XL 或 Velos Pro 质谱仪的线性离子阱中分析物分子发生反
应的荧蒽试剂离子的源头。 ETD 模块包括两个试剂瓶、化学电离 (CI) /载气 (氮
气)处理硬件及这些组件的流量限制器、离子盒和灯丝、离子光学系统和加热器。
氮气在 ETD 过程中具有两个功能:
Thermo Scientific
•
作为载气使用,氮气将 (荧蒽)从试剂瓶中吹扫至离子源,在此形成阴离子自
由基。
•
作为化学电离载气,氮气经受来自离子盒中灯丝的 70 eV 电子的碰撞。70 eV 电
子击落氮气分子的电子 (形成氮离子)。由这些碰撞产生的二级电子具有相近
的热动力能量。荧蒽分子捕获这些热电子以形成能够与分析物反应的自由基阴
离子。
ETD 模块入门手册
1
1
简介
电子转移解离
电子转移解离
ETD 通过将电子转移至正荷电肽段提供肽段解离,导致形成一系列丰富的沿肽段
主链肽键断裂所得的序列离子。重要的翻译后修饰如磷酸化和糖基化则保持不变。
实验类型
LTQ XL 或 Velos Pro (图 1)质谱仪的 Thermo Xcalibur Instrument Setup (Thermo
Xcalibur 仪器设置)窗口的 New Method (新方法)页面包括各种类型实验的模板
的链接 (按钮)。为了节省输入仪器方法参数的时间,打开想要执行的实验类型的
模板,输入实验特定的参数,然后将这个条目保存为 Xcalibur 仪器方法 (.meth 文
件)的一部分。
实验分类如下:
2
ETD 模块入门手册
•
第 4 页 “LTQ XL 和 LTQ Velos 实验类型”
•
第 4 页 “ETD 实验类型”
Thermo Scientific
1 简介
实验类型
图 1. Xcalibur Instrument Setup 窗口显示 New Method 页面 (Velos Pro/ETD 系统)
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
3
1
简介
实验类型
LTQ XL 和 LTQ Velos 实验类型
如在 LTQ Series Getting Started Guide (LTQ 系列入门手册)中所述,LTQ XL 和
Velos Pro 质谱仪可用的实验模板如下:
•
General MS or MSn 实验
•
Data Dependent™ 实验:
–
Data Dependent MS/MS
–
Data Dependent Triple Play
–
Nth Order Double Play
–
FAIMS Nth Order Double Play
–
Nth Order Triple Play
–
Data Dependent NL MS3
–
Data Dependent product MS3
–
Data Dependent Zoom Map
•
Data Dependent Ion Tree
•
Ion Mapping
ETD 实验类型
对 LTQ XL 或 Velos Pro 质谱仪添加 ETD 模块后,可用其他两种实验模板:
Nth Order Double Play (ETD)—当用户无法确定 CID 或 ETD 解离模式哪个更
有效时,该实验作为测量实验非常有用。例如, CID 对解离双电荷离子最有
效,而 ETD 对更高电荷态离子最有效。
• Data Dependent NL MS3 (ETD)—识别特定翻译后修饰的位点,由详细的中性
丢失表示,利用 ETD 来重复 MS/MS 实验可能更简单。ETD 在有多个修饰位点
时也非常有用。
有关更多信息,参阅第 5 章,“运行 ETD 实验”,及 Instrument Setup (仪器设置)
程序的 Help (帮助)。
•
4
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
1 简介
调谐和校准
调谐和校准
校正质谱仪确保其质量精度、分辨率、隔离效率、以及裂解效率。校正参数是那些
与实验类型无关的仪器参数。
重要信息
谱仪。
Thermo Fisher Scientific 推荐每周检查一次校正,并根据需要校正质
调谐参数是仪器参数 (例如 ETD 光学系统),这些值随实验类型或进行质量数分
析的分析物而变化。若要获得目标分析物的最高灵敏度或者最低检测限,利用目标
分析物调谐质谱仪。
若要调谐和校正 MS/ETD 系统,执行以下基本步骤:
•
按 LTQ Series Getting Started Guide 中的描述进行校正质谱仪。
•
按照第 3 章,“调谐 ETD 模块”。中的描述调谐 ETD 模块的光学系统。
诊断
若要了解更多有关质谱仪的诊断工具和测试的信息,参阅 LTQ Series Getting Started
Guide、 LTQ Series Hardware Manual (LTQ 系列硬件手册)和 Tune Plus 应用程序的
Help。若要了解更多有关 ETD 模块的诊断工具和测试的信息,参阅 ETD Module
Hardware Manual。(此时在产品手册或 Help 中不讨论所有诊断工具和测试。)
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
5
2
设置 Thermo Foundation Instrument Configuration
按照以下步骤将 LTQ XL 或 Velos Pro 质谱仪及试剂离子源 (ETD 模块)添加至
Thermo Foundation™ Instrument Configuration (Thermo Foundation 仪器配置)并指
定其某些配置选项。
目录
•
将质谱仪添加至仪器配置
•
指定用于质谱仪的试剂离子源
将质谱仪添加至仪器配置
若要从 Xcalibur 控制试剂离子源及质谱仪,将这些设备添加至仪器配置。
Y 若要将质谱仪添加至已配置设备列表
1. 关闭 Xcalibur 数据系统和 Tune Plus 应用程序。
2. 从 Windows 任务栏选择 Start (开始) > All Programs (所有程序) > Thermo
Foundation x.x > Instrument Configuration (仪器配置),以打开 Thermo
Foundation Instrument Configuration 窗口,此处 x.x 为已安装的 Thermo
Foundation 的版本。
注释 对于 Xcalibur 数据系统版本 2.0.7 及更早版本,选择 Start > All Programs >
Xcalibur > Instrument Configuration。
3. 按照以下方法选择从 Xcalibur 数据系统控制的设备:
a. 在 Device Types (设备类型)列表 (图 2)中,选择 All (所有)。
b. 在 Available Devices (可用设备)列表中,双击以下:
i.
LTQ Velos MS (未显示)、 LTQ XL MS (未显示)或 Velos Pro MS 图标
以将其添加至 Configured Devices (已配置设备)列表。
ii. 在本例中,合适的 LC 设备为 Thermo EASY-nLC™。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
7
2
设置 Thermo Foundation Instrument Configuration
将质谱仪添加至仪器配置
图 2.
8
ETD 模块入门手册
包含已配置设备的 Thermo Foundation Instrument Configuration 窗口
Thermo Scientific
2
设置 Thermo Foundation Instrument Configuration
指定用于质谱仪的试剂离子源
指定用于质谱仪的试剂离子源
指定 ETD 模块作为质谱仪的试剂离子源。
Y 若要指定试剂离子源
1. 在 Foundation Instrument Configuration 窗口中,在 Configured Devices 列表中,选
择质谱仪图标,然后点击 Configure (配置)以打开 Model Configuration (型号
配置)对话框。
2. 在左窗格中,选择 Reagent Ion Source (试剂离子源)以显示试剂离子源配置页
面 (图 3)。
图 3. Velos Pro Configuration 对话框
3. 选中 Reagent Ion Source Configured (已配置试剂离子源)复选框。
用户必须为 MS/ETD 系统手动选中该复选框。
4. (可选)选中 Use Cooling Gas (使用冷却气)复选框。
提示 若要节约氮气冷却气,清除 Use Cooling Gas 复选框并允许试剂瓶冷却
更长时间。
注释 仅当试剂瓶温度超过 100 °C (212 °F)时,冷却气才打开,无需考虑
用户所选择的试剂瓶温度设置。该文档假设用户已启用冷却气功能。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
9
2
设置 Thermo Foundation Instrument Configuration
指定用于质谱仪的试剂离子源
5. (可选,强烈建议)选中 Use Low Vial Temperature (使用低试剂瓶温度)复选
框以将试剂瓶加热至 90 °C,而不是 108 °C。
重要信息 Thermo Fisher Scientific 建议用户选择低试剂瓶温度设置,让本
地现场服务工程师安装新灯丝及加热器模块 (2011 年 10 月可用)。
尽管低试剂瓶温度能够显著延长灯丝的使用寿命,用户必须意识到其很可
能增加试剂离子的注射时间,这将增加总体 MSn ETD 扫描次数。
仪器配置对话框 (图 3)也提供有关试剂瓶内容的信息。
6. 点击 OK (确定)。
消息框打开。
为了使配置更改生效,用户必须重启数据系统及 LTQ。
7. 点击 OK。
8. 重启数据系统。
9. 重启质谱仪。
有关说明,参阅 LTQ Series Hardware Manual (LTQ 系列硬件手册)。
10
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3
调谐 ETD 模块
按照以下步骤调谐 ETD 模块。对试剂离子源中的光学组件进行调谐能够提供试剂
离子最佳转移的设置 (荧蒽)。
在开始之前,按照 ETD Module Hardware Manual (ETD 模块硬件手册)第 4 章
“日常操作”中的 “Turning On the Reagent Ion Source (调谐试剂离子源)”步骤进
行操作。
注释 用户无需将调谐和校准 ETD 模块列为每日例行工作的一部分。然而,若
经常使用 MS/ETD 系统,至少一个月执行一次 ETD 相关的校正 (在负离子模
式下的 Electron Multiplier Gain (电子倍增器增益)和 Calibrate (校正)对话框
的 Check (检查)页面上的 Reagent Ion Selection (试剂离子选择))。
重要信息 对于 LTQ 2.7 或更新版本, Tune Plus 应用程序将 ETD 参数 (除
ETD 反应时间外)保存在一个专用于 ETD 的系统文件中。这意味着用户可以
在不丢失当前 ETD 参数的情况下切换到另一个离子源探针类型。在 LTQ 2.6
SP3 或更早版本中, ETD 参数保存在与特定离子源探针关联的调谐文件中。
目录
Thermo Scientific
•
打开 Tune Plus 窗口
•
调谐试剂离子光学组件
•
查看试剂离子光学组件设置
•
保存 ETD 调谐参数
ETD 模块入门手册
11
3 调谐 ETD 模块
打开 Tune Plus 窗口
打开 Tune Plus 窗口
打开 Tune Plus 窗口 (图 4)有多个方法。
Y 若要打开 Tune Plus 窗口
执行下列操作之一:
• 在 Windows 任务栏上选择 Start (开始) > All Programs (所有程序) >
Thermo Instruments (Thermo 仪器) > LTQ > model Tune (型号调谐),
其中 model (型号)是特定的 MS/ETD 系统。
注释 对于 LTQ 系列版本 2.5.0 或更早版本,选择 Start > All Programs >
Xcalibur > model Tune。
• 在 Xcalibur 应用程序中,单击 Roadmap View (导航图)图标, Instrument Setup
(仪器设置)图标, model MS (型号质谱仪)图标,然后是 Tune Plus。
–或–
• 在 Xcalibur 应用程序中,单击 Roadmap View 图标, Instrument Setup 图标,
model MS 图标。然后从主工具栏选择 model (型号)> Start Tune Plus
(启动 Tune Plus)。
图 4. Velos Pro/ETD 系统的 Tune Plus 窗口
12
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
调谐试剂离子光学组件
本部分描述了试剂离子源内离子光学组件的三种调谐方法。
•
试剂离子光学组件的自动调谐
在大部分情况下,自动调谐离子光学组件是最佳方法。采用手动调谐以手动优
化非自动调谐的试剂离子光学组件参数及试剂离子源参数,如 CI 气体压力、
电子能量和激发电流。
•
第 17 页 的手动调谐试剂离子源
利用手动调谐可以观察到随着参数调整所带来的影响。
•
第 21 页 的半自动调谐试剂离子光学组件
利用半自动调谐可以在优化范围内和按照所选步进大小分别优化每个透镜设置。
注释 试剂离子光学系统调谐完成以后,记住保存 ETD 调谐参数。参阅第 23 页
“保存 ETD 调谐参数”。
试剂离子光学组件的自动调谐
Y 若要自动调谐试剂离子光学组件
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页 )。
2. 单击 On/Standby (开机/待机)按钮选择 On (开机)模式。
On
Standby
注释
当打开时,质谱仪前面板上的 System (系统)LED 变为绿色,电子倍增器
的高电压打开。(对 Orbitrap/ETD 系统不提供状态 LED。)
即使用户尝试开机,以下情况可能导致 MS/ETD 系统维持在待机模式:
•
当限制器、离子源和传输线加热器未处于其目标温度时企图打开试剂离
子源。
•
当质谱仪或 ETD 模块模式进入待机模式时。若启用冷却气功能,当试
剂瓶正在升温,则试剂瓶的氮气冷却打开。
异常:若将 MS/ETD 系统置于待机模式,则氮气冷却会延时一小时打开。
•
无论何时质谱仪或 ETD 模块中的压力超过其保护限。若启用冷却气功
能,当试剂瓶正在升温,则试剂瓶的氮气冷却打开。
•
无论何时,试剂离子流强度低于 Automatic Gain Control™ (AGC)(自
动增益控制™, AGC)设置值。当该情况发生时,在进入待机模式之前
MS/ETD 系统完成当前 Xcalibur 序列步骤。这将预防可能由试剂离子产
率降低所影响的分析结果的丢失。
3. 点击 Display Graph View (显示图形视图)按钮。
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ETD 模块入门手册
13
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
4. 按照如下方法设置试剂离子源:
a. 选择 Setup (设置) > Reagent Ion Source (试剂离子源)以打开 Reagent Ion
Source 对话框 (图 5)。
图 5. Reagent Ion Source 对话框 (默认视图)
b. 选中以下复选框:
•
•
•
Reagent Ion Source On (试剂离子源打开)
Filament On (灯丝打开)
View Reagent Ion Spectra (查看试剂离子质谱图)
对于调谐,用户必须手动选中 Filament On 复选框。
c. 单击 OK (确定)。
注释
若试剂瓶未处于其目标温度,出现以下信息:
Reagent Vial NOT At Temperature!Please wait … (试剂瓶未处于目标温
度!请等待…)
ETD 模块上的 System LED 闪烁为绿色以指示试剂瓶加热器打开但未处
于目标温度 (其他加热器处于其目标温度)。
当试剂瓶加热器到达其目标温度时,这可能花费 20 分钟或更多时间,
System LED 变为常绿。
当试剂瓶到达其目标温度时,系统对 ETD 模块离子光学组件加电压。
通过选中 Filament On 复选框,用户确保灯丝打开且 Filament (灯丝)
LED 显示为常绿。
(对 Orbitrap/ETD 系统不提供状态 LED。)
14
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
图 6 显示峰 m/z 202 处的试剂离子质谱图。
图 6. Velos Pro/ETD 系统的试剂离子质谱图 (棒状图模式)
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
15
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
5. 点击 Tune (调谐)按钮以打开 Tune 对话框 (图 7)。
图 7.
Tune 对话框显示 Automatic (自动)页面
6. 点击 Start。
系统开始自动调谐离子源中的试剂离子光学组件。自动调谐完成以后, Status
(状态)区域显示消息 “Optimization Complete (优化完成)”。该消息同时也
表明试剂离子信号 (m/z 202)强度相对于先前值的百分比变化。
表 3 列出了 MS/ETD 系统系统在轮廓图 (非棒状图)模式中的预期试剂信号
强度,包括 Orbitrap™ 系统。所有值假设试剂离子隔离打开;使用一个干净的
试剂离子源、干净的离子盒和支架、良好的试剂离子光学组件调谐及负离子模
式下良好的近期检测器增益校正。
16
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
表 3. m/z 202的预期轮廓图强度
m/z 202 的预期轮廓图强度
ETD 系统
配备原始灯丝和加热器模
块的试剂瓶温度 108 °C
配备新灯丝和加热器模
块的试剂瓶温度 90 °C a
(推荐)
配备 ETD 的单台质谱仪
LTQ XL/ETD
~1 × 107 或更高
~2.5 × 106 或更高
Velos Pro/ETD
~4 × 107 或更高
~1 × 107 或更高
LTQ Orbitrap XL/ETD
~3 × 106 或更高
~1 × 106 或更高
LTQ Orbitrap Velos Pro/ETD
~1 × 107 或更高
~3 × 106 或更高
LTQ Orbitrap Elite/ETD
~1 × 107 或更高
~3 × 106 或更高
配备 ETD 的 Orbitrap 质谱仪
a
自 2011 年 10 月起
7. 若百分比变化高于 20%,重复 Automatic Tune (自动调谐)步骤。
注释 该过程为迭代过程。在某种程度上,信号强度并没有提高。
手动调谐试剂离子源
Y 若要手动调谐试剂离子源
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页 )。
2. 点击 Display Graph View 按钮。
3. 按照如下方法设置试剂离子源:
a. 选择 Setup > Reagent Ion Source 以打开 Reagent Ion Source 对话框。
b. 若以下复选框尚未选中,则对其选中:
•
•
•
Reagent Ion Source On
Filament On
View Reagent Ion Spectra
c. 单击 OK。
注释 有关试剂瓶温度的信息,参阅第 14 页 。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
17
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
4. 选择 Setup (设置) > Reagent Ion Optics (试剂离子光学组件)以打开 Reagent
Ion Optics 对话框 (图 8)。
在调谐过程中观察这些参数。
图 8. Reagent Ion Optics 对话框
5. (仅对于 Velos Pro/ETD)选择 Setup (设置) > Trap Ion Transfer (阱离子转移)
以打开 Trap Reagent Ion Transfer Optics (阱试剂离子转移光学组件)对话框
(图 9)。
图 9. Trap Reagent Ion Transfer Optics 对话框
自动调谐完成以后,对话框中的值自动设置为最佳。更改这些值将会改变查看
试剂离子质谱图模式中的试剂离子丰度。
18
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
6. 点击 Tune 按钮以打开 Tune 对话框然后点击 Manual (手动)选项卡 (图 10)。
图 10. Tune 对话框显示 Manual 页面
7. 选中 Reagent Ion from Vial Number (来自试剂瓶号 # 的试剂离子)复选框。
试剂瓶号对应于 Instrument Configuration (仪器配置)设置 (参阅第 9 页 )。
8. 点击 Start。
试剂离子信号强度图出现在 Tune Plus 窗口中 (图 11)。
观察到:
• 在 Reagent Ion Optics 对话框中,在透镜参数中显示试剂离子信号强度对变
化的响应
• 在 Reagent Ion Source 对话框中,激发电流、电子能量和 CI 气压
用户可以调节这些参数以获取最大试剂离子信号强度。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
19
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
图 11. Tune Plus 中试剂离子源调谐的图形视图 (Velos Pro/ETD 系统)
9. 完成以后,点击打开对话框中的 OK。
20
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
调谐试剂离子光学组件
半自动调谐试剂离子光学组件
采用半自动调谐方法将透镜参数微调为设置的范围及以步进方式进行调节。
Y 若要半自动调谐试剂离子光学组件
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页 )。
2. 点击 Display Graph View 按钮。
3. 按照如下方法设置试剂离子源:
a. 选择 Setup > Reagent Ion Source 以打开 Reagent Ion Source 对话框。
b. 若以下复选框尚未选中,则对其选中:
•
•
•
Reagent Ion Source On
Filament On
View Reagent Ion Spectra
c. 单击 OK。
注释 有关试剂瓶温度的信息,参阅第 14 页 。
4. 点击 Tune 按钮以打开 Tune 对话框,然后点击 Semi-Automatic (半自动)选项
卡 (图 12)。
图 12. Tune 对话框显示 Semi-Automatic 页面
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
21
3 调谐 ETD 模块
查看试剂离子光学组件设置
5. 在 What to Optimize (优化条目)列表中,选择以下需调谐的条目之一 (如适用):
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Reagent Ion Lens 1 (V)(试剂离子透镜 1, V)
Reagent Ion Gate Lens (V)(试剂离子门透镜, V)
Reagent Ion Lens 2 (V)(试剂离子透镜 2, V)
Reagent Ion Lens 3 (V)(试剂离子透镜 3, V)
Back Multipole Offset (V)(后多极杆补偿, V)
Front Section LPT Offset (V)(前部分 LPT 补偿, V)
(仅 Velos Pro/ETD)
Center Section LPT Offset (V)(中心部分 LPT 补偿,V)
(仅 Velos Pro/ETD)
Back Section LPT Offset (V)(后部分 LPT 补偿, V)
(仅 Velos Pro/ETD)
Center Lens Offset (V)(中心透镜补偿, V)
(仅 Velos Pro/ETD)
Back Lens (V)(后透镜, V)
6. 在 Optimization Range (优化范围)下方,调整 Start (起始)、 End (结束)和
Step (步进)框中的设置。
7. 点击 Start。
查看试剂离子光学组件设置
Y 若要查看当前试剂离子光学组件设置
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页 )。
2. 选择 Setup > Reagent Ion Optics 以打开 Reagent Ion Optics 对话框 (图 13)。
Reagent Ion Optics 对话框 (图 13)显示来自示例调谐的优化设置。实际优化值
取决于离子源和离子盒/支架的清洁度水平。确保在 5–10 天使用以后、更换离
子盒以后及清洁离子源以后再次优化离子源电压和 CI 气压流速。
图 13. Reagent Ion Optics 对话框
22
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
3 调谐 ETD 模块
保存 ETD 调谐参数
3. (仅对于 Velos Pro/ETD)选择 Setup > Trap Ion Transfer 以打开 Trap Reagent Ion
Transfer Optics 对话框 (图 14)。
图 14. Trap Reagent Ion Transfer Optics 对话框
4. 当完成查看这些对话框的设置以后,点击每个对话框中的 OK。
保存 ETD 调谐参数
提示 必须在 MS/ETD 系统打开时保存调谐参数。
对于 LTQ 2.6 及更早版本,在完成调谐以后,用户可以将 ETD Tune (ETD 调谐)
参数保存为一个调谐方法文件。
Y 若要保存 ETD 调谐参数 (LTQ 版本 2.6 及更早版本)
1. 在 Tune Plus 窗口中点击 Save (保存)按钮。
2. 浏览至一个位置,然后指定一个文件名。
3. 点击 Save。
重要信息 对于 LTQ 2.7 或更新版本, Tune Plus 应用程序将 ETD 参数 (除
ETD 反应时间外)保存在一个专用于 ETD 的系统文件中。这意味着用户可以
在不丢失当前 ETD 参数的情况下切换到另一个离子源探针类型。在 LTQ 2.6
SP3 或更早版本中, ETD 参数保存在与特定离子源探针关联的调谐文件中。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
23
4
执行 ETD 进样实验
按照以下步骤利用血管紧张素 I 执行 ETD 进样实验。
目录
•
设置试剂进样设置
•
对 AGC 目标值错误进行故障查找
•
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
•
优化试剂离子反应时间
设置试剂进样设置
Injection Control (进样控制)对话框 (图 15)中 Reagent (试剂)页面上的参数
调节了允许进入质谱仪离子阱的试剂离子数。
Y 若要设置试剂离子进样设置
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页)。
2. 选择 Setup (设置) > Injection Control (进样控制)以打开 Injection Control
对话框。
3. 点击 Reagent (试剂)选项卡 (图 15)。
图 15. Injection Control 对话框显示 Reagent 页面
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ETD 模块入门手册
25
4 执行 ETD 进样实验
对 AGC 目标值错误进行故障查找
ETD 试剂进样控制由两个参数组成:
• Max. Inject Time (ms)(最大进样时间, ms) —指定系统允许阴离子进入
离子阱的最大时间。默认值为 50 ms。
• AGC Target(AGC 目标)—设置进入离子阱以执行 ETD 的试剂阴离子的目
标值。表 4 列出典型的 AGC 目标值范围和推荐的初始设置。若试剂离子源
和灯丝打开,对试剂目标值的更改会引发试剂 AGC 事件。通常来说,当一
个方法启动,采集过程中每 30 分钟会发生试剂 AGC 事件。
4. 将 AGC Target 值设置为下表中指定的推荐设置。
表 4. AGC 目标值
MS/ETD 系统
典型的 AGC 目标值范围
推荐设置
LTQ XL/ETD
2–4 × 105
4 × 105
Velos Pro/ETD
6 × 105 to 1.6 × 106
6 × 105
5. 点击 OK (确定)。
试剂离子源将试剂阴离子进样到离子阱,直至达到 ETD AGC 目标值。达到 ETD
AGC 目标值所允许的时间不能超出最大进样离子时间设置,最大进样离子时间优
先于 AGC 目标值。
对 AGC 目标值错误进行故障查找
两个试剂参数—最大进样时间和 AGC 目标值 (图 15 在第 25 页) —影响 ETD 反
应结果。 ETD (离子/离子)反应速率随试剂 AGC 目标值设置增加,直至离子阱
达到离子的最大存储密度。随着阱内试剂总量 (与 试剂 AGC 目标值设置成正比)
达到该水平,试剂离子云在尺寸上变大,而不是离子密度增大。通常,对于
LTQ XL/ETD 高于 4 × 105,而 Velos Pro/ETD 系统高于 6 × 105。
若试剂的最大离子进样时间处于设置限值内,离子进样时间自动调节 (通过 AGC)
以为 ETD 反应提供合适的试剂离子数 (如由试剂目标值定义)。离子进样时间的
调整不考虑试剂离子丰度或设置的最佳反应时间。ETD 子离子产量或质谱图不发生
变化;低试剂离子丰度仅延长总体扫描时间,不改变子离子质谱图的质量。
产出最大数量子离子所需的反应时间与试剂目标值设置几乎成反比下降,而达到试
剂 AGC 目标值设置所需的离子进样时间成正比增长。
对于电荷态为 2+, 3+ 和 4+ 的母离子和在 LTQ XL 中轮廓图强度为 2.5 × 106 附近和
在 Velos Pro 质谱仪中为 1 × 107 附近的试剂离子 (第 17 页表 3),反应时间比所有合
理的试剂目标设置值的试剂进样时间更长。用户可以通过采用足够高的试剂目标值
来最小化总体扫描时间以得到最短的最佳 ETD 反应时间。若 ETD 试剂丰度 (不稳
定)相对较低,试剂进样时间可能超过 ETD 反应时间。更低试剂目标值的使用和
26
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
4 执行 ETD 进样实验
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
反应时间的超出可能降低总体扫描周期时间,最终增加每分钟采集的 ETD 质谱图
的数量。尽早采取合适的步骤还原试剂离子丰度 (参阅本页面上的列表)。
若由于最大进样时间限制导致无法达到 AGC 目标值,系统会显示一条错误消息:
Maximum Injection time limit exceeded (超过最大进样时间限值)。
试剂离子源的强度很可能过低。可以以数种方式解决该错误:
•
•
•
•
•
•
通过运行试剂离子源的自动调谐,增加从试剂离子源至离子阱的试剂离子转移;
参阅 “调谐试剂离子光学组件” 第 13 页。
重新优化试剂载气/CI 气体流量。随着离子盒和支架因为使用而变脏,试剂离
子生成的最佳压力提高。
在 Reagent Ion Source (试剂离子源)对话框中提高激发电流 (图 5 在第 14 页)。
然而,激发电流的提高可能会降低灯丝的使用寿命。
提高最大进样时间限值。这是避免产生错误消息的临时方法。可以将最大进样
时间提高至总体扫描周期时间强制的限值。
清洁或更换离子盒,参阅 ETD Module Hardware Manual (ETD 模块硬件手册)
中第 5 章的 Maintenance (维护)。离子强度的降低可能由变脏的离子盒所导
致。明显受污染的离子盒会导致超出最大进样时间限值。(在清洁或更换该部
件后,重新调谐试剂离子源和重新优化试剂载气/CI 气流。)
清洁试剂离子源及其光学系统;参阅 ETD Module Hardware Manual 中第 5 章
Maintenance。灵敏度的降低可能由于变脏的试剂离子源,其光学系统,或这两者
所导致。受污染的试剂离子源或其光学系统也可能导致超过最大进样时间限值。
(在清洁这些部件后,重新调谐试剂离子源和重新优化试剂载气/CI 气流。)
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
本部分假设用户按照 LTQ Series Getting Started Guide (LTQ 系列入门手册)中的步骤
将血管紧张素 I 进样到 LTQ XL/ETD 或 Velos Pro/ETD 系统中。有关制备血管紧张
素 I 溶液的说明,参阅附录 B, “血管紧张素 I 溶液。”
Y 若要获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
1. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页)。
2. 单击 On/Standby (开机/待机)按钮选择 On (开机)模式。
On
Thermo Scientific
Standby
3. 按照如下方法设置试剂离子源:
ETD 模块入门手册
27
4 执行 ETD 进样实验
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
a. 选择 Setup (设置) > Reagent Ion Source (试剂离子源)以打开 Reagent
Ion Source 对话框 (图 16)。
图 16. Reagent Ion Source 对话框 (默认视图)
b. 选中以下复选框:
•
•
Reagent Ion Source On (试剂离子源打开)
Filament On (灯丝打开)
c. 点击 OK。
注释
若试剂瓶未处于其目标温度,会出现一条消息:
Reagent Vial NOT At Temperature!Please wait … (试剂瓶未处于目标温
度!请等待…)
ETD 模块上的 System (系统) LED 闪烁为绿色以指示试剂瓶加热器打
开但未处于目标温度 (另一个加热器处于其目标温度)。
当试剂瓶加热器到达其目标温度时,这可能花费 20 分钟或更多时间,
System LED 变为常绿。
当试剂瓶到达其目标温度时,系统对 ETD 模块离子光学组件加电压。
通过选中 Filament On 复选框,用户确保灯丝打开且 Filament (灯丝)
LED 显示为常绿。
(对 Orbitrap/ETD 系统不提供状态 LED。)
28
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
4 执行 ETD 进样实验
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
4. 在 Tune Plus 窗口中,单击 Define Scan (定义扫描)按钮显示 Define Scan 对话
框 (图 17),然后执行以下操作:
a. 在 MSn Settings (MSn 设置)下方,在 n = 2 行中,输入电荷态为 3+ 的血管
紧张素 I 的 Parent Mass (m/z) (母离子质量数, m/z)。
血管紧张素 I (乙酸盐水合物)的分子质量为 1296 Da。母离子 [M + 3H]3+
的质荷比为 433.3。
b. 在 Act.Type (激活类型)列表中,选择 ETD。
c. 在 Act.Time (ms)(激活时间, ms)列表中,输入 50.0。
d. (可选)若要识别更多母离子的解离离子,执行以下操作:
i.
选中 Supplemental Activation (补充激活)复选框。
ii. 对于本例,在 SA Charge State (补充激活电荷态)框中,输入 3,为血
管紧张素 I 母离子峰 m/z 433.3 的电荷态。
默认范围为 2–6。
有关更多信息,参阅 Tune Plus 应用程序的 Help (帮助)。
图 17.
Thermo Scientific
为血管紧张素 I 配置 ETD 的 Define Scan 对话框
ETD 模块入门手册
29
4 执行 ETD 进样实验
获取血管紧张素 I 的 ETD 质谱图
5. 点击 OK。
Define Scan 对话框关闭, Tune Plus 窗口显示血管紧张素的 ETD MS/MS 质谱图
(图 18)。
图 18. 血管紧张素 I 的 ETD MS/MS 质谱图 (Velos Pro/ETD 系统)
30
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
4 执行 ETD 进样实验
优化试剂离子反应时间
优化试剂离子反应时间
在某些情况下,获取优化的试剂离子反应时间对特定分析物有帮助。对于 2+ 肽段,
优化的反应时间约为 100 ms,对于 3+ 离子约为 50 ms。若要确定更准确的值,按照
本部分中的步骤进行操作。本部分假定系统按照 ETD Module Hardware Manual 中的
Turning On the Reagent Ion Source (调谐试剂离子源)中的描述生成试剂离子。
注释 当设置一个数据依赖实验时,用户可以通过选中 Data Dependent Settings
(数据依赖设置)对话框 Charge State (电荷态)页面上的 Enable Charge State
Dependent ETD Time (启用电荷态依赖 ETD 时间)来缩短电荷态高于2 的
ETD 反应时间。有关更多信息,参阅 Tune Plus 应用程序的 Help。
Y 若要优化试剂离子反应时间
1. 为分析物 (血管紧张素,在本例中)打开 ETD 激活。
2. 打开 Tune Plus 窗口 (参阅第 12 页)。
3. 选择 Setup > Reagent Ion Source 以打开 Reagent Ion Source 对话框。
4. 清除 View Reagent Ion Spectra (查看试剂离子质谱图)复选框,然后点击 OK。
5. 点击 Define Scan 按钮以打开 Define Scan 对话框,然后执行以下操作:
a. 在 MSn Settings 下方的 Parent Mass (m/z)框中输入分析物的质量数。
b. 在 Act.Type 列表中,选择 ETD。
6. 在 Tune Plus 窗口中,单击 Tune (调谐)按钮打开 Tune 对话框。
对于 ETD 调谐, Tune 对话框具有两个额外选项卡, Collision Energy (碰撞能
量)和 Reagent Ion Reaction Time (试剂离子反应时间)。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
31
4 执行 ETD 进样实验
优化试剂离子反应时间
7. 点击 Reagent Ion Reaction Time 选项卡 (图 19)。
图 19. Tune 对话框显示 Reagent Ion Reaction Time 页面
8. 选择 TIC (总离子流)选项。
9. 点击 Start (开始)。
Tune Plus 应用程序生成一张图形,显示除母离子之外,所选择的感兴趣质荷比
的离子的强度或子离子总离子流相对于反应时间的关系。页面上的 Status (状
态)区域显示调谐过程完成以后的试剂离子反应时间。
出现一则消息提示用户接受已优化的值。若接受已优化的值,试剂离子反应时
间参数在 Define Scan 对话框中设置为该优化的值。否则,参数返回其初始值。
对于本例,基于 TIC,现在试剂离子反应时间已优化 (图 20)。
32
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
4 执行 ETD 进样实验
优化试剂离子反应时间
图 20. m/z 433.3 的 ETD MS/MS 谱图及在 Tune Plus (Velos Pro/ETD 系统)中显示的优化图形
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
33
4 执行 ETD 进样实验
优化试剂离子反应时间
若要对某一特定子离子进行优化,在 What to Optimize On (优化项目)下方的
Tune 对话框中,选中 Product Ion Mass (m/z)(子离子质量数, m/z)选项
(图 21),输入选中子离子的质荷比,然后重复步骤 7。图 22 显示 m/z 388.3 的离
子谱图和优化图形。
图 21. Tune 对话框显示 Reagent Ion Reaction Time 页面 (m/z 388.3)
图 22. m/z 433.3 的 ETD MS/MS 谱图及在 Tune Plus (Velos Pro/ETD 系统)中显示的优化图形
34
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5
运行 ETD 实验
本章描述了两种由 Xcalibur 数据系统提供的专用于 ETD 的实验模板。有关更多信
息,参阅 LTQ Series Getting Started Guide (LTQ 系列入门手册)。同时包括一个采用
数据依赖决策树 (DDDT)逻辑程序的示例。
目录
Thermo Scientific
•
Nth Order Double Play (ETD)实验
•
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
•
数据依赖决策树程序
ETD 模块入门手册
35
5 运行 ETD 实验
Nth Order Double Play (ETD)实验
Nth Order Double Play (ETD)实验
Y 若要创建一个 Nth Order Double Play (ETD)方法
1. 选择 Start (开始) > All Programs (所有程序) > Thermo Xcalibur > Xcalibur
(图 23)。
注释 对于 Xcalibur 数据系统版本 2.0.7 或更早版本,选择 Start > All Programs >
Xcalibur > Xcalibur。
图 23. Home Page (主页)的 Xcalibur Roadmap (Xcalibur 导航图)视图
2. 点击 Instrument Setup (仪器设置)图标打开 Instrument Setup 窗口。
36
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
Nth Order Double Play (ETD)实验
3. 在左侧 Available Devices (可用设备)窗格中,点击 LTQ XL MS 图标或
Velos Pro MS 图标 (显示在图 24 中)以打开该设备的 New Method (新方法)
页面。
图 24. Velos Pro/ETD 系统的 New Method 页面
4. 在底部 Select ETD Experiment Type (选择 ETD 实验类型)的下方,点击 Nth
Order Double Play (ETD)以打开 Nth Order Double Play 对话框 (图 25)。
默认情况下选中 Initialize Method with Additional ETD Scan Event (包含额外
ETD 扫描事件的初始化方法)复选框。
图 25.
Nth Order Double Play 对话框
5. 在 Analyze Top N Peaks (分析最高 N 个峰)框中,输入最高峰的数目。
6. 点击 OK (确定)以打开 Nth Order Double Play with ETD (包含 ETD 的 Nth
Order Double Play)模板。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
37
5 运行 ETD 实验
Nth Order Double Play (ETD)实验
7. 在底部,清除 APCI Corona On (APCI Corona 打开)和 APPI Lamp On
(APPI 灯打开)复选框 (图 26)。
图 26. Nth Order Double Play with ETD 模板
清除这些复选框。
8. 通过点击每个 Scan Event Number (扫描事件号)栏输入扫描事件设置。
对于 Scan Event 2 (扫描事件 2)和 Scan Event 3 (扫描事件 3), Dependent
Scan (依赖扫描)复选框 (近左下角)及其邻近的 Settings (设置)按钮变为
激活状态。
9. (仅对于 Scan Event 2 和 Scan Event 3)点击 Settings 以打开 Data Dependent
Settings (数据依赖设置)对话框。
对于 ETD 实验类型, Data Dependent Settings 对话框具有数页。
38
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
Nth Order Double Play (ETD)实验
10. 在 Data Dependent Settings 对话框中,在 Scan Event (扫描事件)列表中,点击
Activation (激活)以显示 Activation 页面 (图 27)。
图 27.
Data Dependent Settings 对话框显示 Activation 参数
11. 执行以下操作:
a. 在 Activation Type (激活类型)框中,选择 ETD。
b. 在 Default Charge State (默认电荷态)框中输入默认值 2。
有关默认电荷态的信息,参阅 Instrument Setup 应用程序的 Help (帮助)。
c. 在 Isolation Width (m/z)(隔离宽度, m/z)框中,输入 2、 3 或介于 2 和 3
之间的值。
Normalized Collision Energy (归一化碰撞能量)和 Activation Q (激活 Q)
参数不可用,因为其不适用于 ETD。
d. 在 Activation Time (ms)(激活时间, ms)框中,保留默认值或按照
第 31 页 “优化试剂离子反应时间”中的描述输入另一个值。
e. 选中 Use Mass Range (使用质量数范围)复选框,使用 110.00-2000.00 的默
认范围。
f.
点击 OK。
12. 在 Tune Plus 窗口中单击 Save (保存)按钮。
13. 浏览至 drive:\Xcalibur\methods 文件夹,并指定一个文件名。
14. 点击 Save。
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ETD 模块入门手册
39
5 运行 ETD 实验
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
对于 Data Dependent NL MS3 (ETD)实验,如果 CID-激活的 MS/MS 扫描指示为
一个预定义的中性丢失 (NL),则质谱仪对母离子执行 ETD-激活的 MS/MS 扫
描。本实验类型能够识别和表征代谢物和翻译后修饰。
有关更多信息,参阅 Instrument Setup 应用程序的 Help。
Y 若要运行 Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
1. 选择 Start > All Programs > Thermo Xcalibur > Xcalibur。
注释 对于 Xcalibur 数据系统版本 2.0.7 或更早版本,选择 Start > All Programs >
Xcalibur > Xcalibur。
2. 点击 Instrument Setup 图标。
3. 在 Available Devices 窗格中,点击 LTQ XL MS 或 Velos Pro MS 图标以打开 New
Method 页面 (第 37 页图 24 )。
4. 在底部 Select ETD Experiment Type 下方,点击 Data Dependent NL MS3 (ETD)
以打开 Data Dependent NL MS3 对话框 (图 28)。
默认设置为选中 Initialize Method to Repeat the MS2 Event Using ETD (使用 ETD
以重复 MS2 事件的初始化方法)。
图 28. Data Dependent NL MS3 对话框
5. 在 Analyze Top N Peaks 框中,输入最高峰的数目。
40
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
6. 在 Observed Low Mass (观察低质量数)话框中,执行下列操作之一:
• 输入用于识别的质量数和中性丢失质量数的名称。
–或–
• 点击 Import (导入)以从一个 tab 键分隔的文本文件或 .xml 文件导入中性
丢失质量数列表。
图 29 显示感兴趣离子的单个磷酸化修饰的中性丢失表格的示例,离子的电荷
态可能为 1+、 2+ 或 3+。
图 29. Neutral Loss Masses (中性丢失质量数)表示例数据
7. 点击 OK 以打开 Data Dependent NL MS3 模板。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
41
5 运行 ETD 实验
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
8. 在底部,清除 APCI Corona On 和 APPI Lamp On 复选框 (图 30)。
图 30.
Data Dependent NL MS3 模板
清除这些复选框。
9. 通过点击每个 Scan Event Number (扫描事件号)栏输入扫描事件设置。
对于 Scan Event 2 和 Scan Event 3, Dependent Scan 复选框 (近左下角)及其邻
近的 Settings 按钮变为激活状态。
10. (仅对于 Scan Event 2 和 Scan Event 3)点击 Settings 以打开 Data Dependent
Settings 对话框 (第 39 页图 10 )。
11. 在 Data Dependent Settings 对话框中,在 Scan Event 列表中,点击 Activation 以显
示 Activation 页面 (第 39 页图 27 )。
42
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
数据依赖决策树程序
12. 执行以下操作:
a. 在 Activation Type 框中,选择 ETD。
b. 在 Default Charge State 框中输入默认值 2。
有关默认电荷态的信息,参阅 Instrument Setup 应用程序的 Help。
c. 在 Isolation Width (m/z)框中,输入 2、 3 或介于 2 和 3 之间的值。
d. Normalized Collision Energy 和 Activation Q 参数不可用,因为其不适用于
ETD。
e. 在 Activation Time (ms)框中,保留默认值或按照第 31 页 “优化试剂离子
反应时间”中的描述输入另一个值。
f.
选中 Use Mass Range 复选框,使用 110.00-2000.00 的默认范围。
g. 点击 OK。
13. 在 Tune Plus 窗口中点击 Save 按钮。
14. 浏览至 drive:\Xcalibur\methods 文件夹,并指定一个文件名。
15. 点击 Save。
数据依赖决策树程序
数据依赖决策树 (DDDT)程序根据肽段的质荷比和电荷态,采用实时逻辑方法
以选择最有效的解离方式, ETD 或 CID。 ETD 对三价或荷电更多的肽段更有效,
而 CID 对一价或两价荷电的肽段更有效。
Y 若要配置数据依赖决策树程序
1. 选择 Start > All Programs > Thermo Xcalibur > Xcalibur。
注释 对于 Xcalibur 数据系统版本 2.0.7 或更早版本,选择 Start > All
Programs > Xcalibur > Xcalibur。
2. 点击 Instrument Setup 图标。
3. 在 Available Devices 窗格中,点击 LTQ XL MS 或 Velos Pro MS 图标以打开 New
Method 页面 (第 37 页图 24 )。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
43
5 运行 ETD 实验
数据依赖决策树程序
4. 如适用,点击以下其中一种数据依赖实验类型的图标,
•
•
•
•
•
•
•
General MS or MSn
Data Dependent MS/MS
Data Dependent Triple Play
Nth Order Double Play
FAIMS Nth Order Double Play
Nth Order Triple Play
Nth Order Double Play (ETD)
Instrument Setup 窗口打开,显示所选的实验模板。
5. 通过点击每个 Scan Event Number 栏输入扫描事件设置。
对于 Scan Event 2 和 更高扫描事件, Dependent Scan 复选框 (近左下角)选中
且其邻近的 Settings 按钮变为激活状态。图 31显示 Scan Event 2 选中状态下的
Nth Order Double Play with ETD 模板
44
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
数据依赖决策树程序
图 31.
Nth Order Double Play with ETD 模板 (Scan Event 2 选中)
Dependent Scan Settings 按钮
6. 选择除 Scan Event 1 以外的扫描事件,以执行 DDDT 程序。
DDDT 程序不对首个 “独立”扫描事件起效。
7. 在 Source Fragmentation (源裂解)区域,点击 Settings (图 31)以打开 Data
Dependent Settings 对话框。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
45
5 运行 ETD 实验
数据依赖决策树程序
8. 在 Data Dependent Settings 对话框中,在 Scan Event 列表中点击 Current Scan
Event (当前扫描事件)以显示 Current Scan Event 页面 (图 32)。
图 32. Data Dependent Settings 对话框中的 Current Scan Event 页面
46
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
5 运行 ETD 实验
数据依赖决策树程序
9. 选中 Use Decision Tree or Other Procedure (使用决策树或其他程序)复选框以
打开 Procedures (程序)对话框 (图 33)。
图 33.
Data Dependent Decision Tree 的 Procedures 对话框 (Velos Pro/ETD)
10. 在 Parameters (参数)表中,在每一行中选择或输入一个值。
有关这些参数的信息,参阅数据系统的 Instrument Setup 应用程序的 Help。
11. 点击 OK。
12. 在 Data Dependent Settings 对话框中,点击 OK。
13. 在 Tune Plus 窗口中点击 Save 按钮。
14. 浏览至 drive:\Xcalibur\methods 文件夹,并指定一个文件名。
15. 点击 Save。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
47
6
故障查找
MS/ETD 系统 使用以下耗材:
•
•
•
荧蒽
灯丝
离子盒
一段时间以后,用户可能需要补充 ETD 荧蒽试剂、更换灯丝及清洁或更换离子
盒。随着荧蒽的耗尽,在运行数小时内 ETD 试剂质荷比峰强减少 10 倍以上
(在查看试剂离子质谱图模式下 m/z = 202)。
周期性检查峰强是监测 ETD 模块耗材的良好方法。若要查看 ETD 试剂的 m/z 信
号,按照 ETD Module Hardware Manual (ETD 模块硬件手册)中的步骤 Turning On
the Reagent Ion Source (调谐试剂离子源)。
提示 通过采用 90 °C 试剂瓶温度设置,期望灯丝和离子盒持续至少 1000 小时
的运行时间,期望试剂瓶荧蒽试剂持续大约 6 个月的不间断使用。
表 3 列出了某些 ETD 模块的问题、其产生的原因及可能的解决方案。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
49
6
故障查找
表 3.
ETD 模块的问题、产生的原因及解决方案
问题
原因
解决方案
激发电流处于正确水平时,没
有离子出现在 m/z 202 处。
m/z 202 超出显示的质量数范围。
更改已显示质量数范围以包括
m/z 202。
在 Reagent Ion Source 对话框中
系统显示前离子源质谱图,而不
是试剂离子质谱图。在自动调谐 (第 14 页图 5 ),选中 View
试剂离子源以后,质谱图视图重
Reagent Ion Spectra 复选框。
新显示来自 API 离子源的离子质谱
图, Reagent Ion Source (试剂离子
源)对话框中的 View Reagent Ion
Spectra (查看试剂离子质谱图)
复选框被清除。
激发电流处于正确水平时,
m/z 202 信号强度在几天时间内
缓慢下降。
灯丝变松弛。
按照 ETD Module Hardware Manual
中的描述更换灯丝。
离子盒受污染
当 ETD 试剂进样时间过长
(过度延长扫描次数)时,通常
为 50–100 ms,按照 ETD Module
Hardware Manual 中的描述清洁或
更换离子盒。
激发电流处于正确水平时,
m/z 202 信号强度在一小时内显
著下降。
试剂瓶可能已空。
按照 ETD Module Hardware Manual
中的描述更换荧蒽试剂瓶。
激发电流低时,
m/z 202 信号骤降且降为零。
灯丝可能已经爆裂。
检查灯丝。如有必要,按照 ETD
Module Hardware Manual 中的描述
更换灯丝。
在轮廓图模式下, m/z 202 信号 试剂离子源需要重新调谐。参阅
按照第 3 章,“调谐 ETD 模块”。
5
第 17 页 在表 3 了解典型轮廓图模 中的说明进行重新调谐。
小于 ~2 × 10 。
式下的 m/z 202 信号强度。
离子盒被缓慢污染。重新优化试
剂载气/CI 气体流量。
系统错误信息提示 ETD AGC
已达到最大进样时间。
在指定时间限值内 AGC 目标值尚
未达到。随着使用,离子盒受到
污染。
有关详细信息,参阅第 31 页 “优
化试剂离子反应时间”。
1. 按照 ETD Module Hardware
Manual 中的描述清洁离子盒。
2. 提高通常设置为 50 ms 的最大
进样时间限值。
有关详细信息,参阅第 25 页
“设置试剂进样设置”。
50
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
A
荧蒽
注意事项 避免暴露在有害物质中。
法律规定化学品生产商和供应商必须以化学品安全说明书 (MSDS)的形式为
客户提供最新的健康和安全信息。 MSDS 必须对实验室人员开放,可供他们随
时检查。 MSDS 说明了化学品并总结了特定化合物的有毒有害信息。 MSDS 也
提供了正确处理化合物的方法、发生意外时的救护方法和溅出或泄漏时的补救
措施。
阅读所使用的每一种化学品的 MSDS。根据安全操作标准存储和处理所有化学
品。当使用溶液或腐蚀性物质时,务必戴上保护手套和防护眼镜。还要根据
MSDS 的指导容纳废液、使用正确的通风以及处理所有实验室试剂。
荧蒽被用作为 LTQ XL/ETD 和 Velos Pro/ETD系统的 ETD 模块部分的 ETD 试剂。
荧蒽具有潜在危险。依照其 MSDS 进行使用。
荧蒽阴离子自由基由图 34 中显示的反应生成。
图 34. ETD 试剂 (荧蒽阴离子自由基)由荧蒽生成
e→
-•
荧蒽
Thermo Fisher Scientific 以一个两试剂瓶的套件形式提供荧蒽。一个试剂瓶包含
0.15 g 荧蒽,另一个为所需的空试剂瓶。用于 LTQ XL/ETD 或 Velos Pro/ETD 系统
的试剂套件中的荧蒽试剂瓶为 Sigma-Aldrich Supelco™ #48535。若要获取其他荧蒽试
剂瓶,点击 MSDS 链接:
http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search/ProductDetail/SUPELCO/48535
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
51
B
血管紧张素 I 溶液
本附录描述了如何制备含血管紧张素 I (人体乙酸盐水合物)的溶液。稀释储存溶
液以制备测试溶液,用于演示 LTQ XL/ETD 或 Velos Pro/ETD 系统的应用程序及优
化试剂离子反应时间。
注意事项 避免暴露在有害物质中。
法律规定化学品生产商和供应商必须以化学品安全说明书 (MSDS)的形式为
客户提供最新的健康和安全信息。 MSDS 必须对实验室人员开放,可供他们随
时检查。 MSDS 说明了化学品并总结了特定化合物的有毒有害信息。 MSDS 也
提供了正确处理化合物的方法、发生意外时的救护方法和溅出或泄漏时的补救
措施。
阅读所使用的每一种化学品的 MSDS。根据安全操作标准存储和处理所有化学
品。当使用溶液或腐蚀性物质时,务必戴上保护手套和防护眼镜。还要根据
MSDS 的指导容纳废液、使用正确的通风以及处理所有实验室试剂。
血管紧张素 I (人体乙酸盐水合物)具有潜在的危害性。依照其 MSDS 进行使用。
用于 LTQ XL/ETD 或 Velos Pro/ETD 系统的试剂套件中的 1 mg 试剂瓶血管紧张素 I 为
Sigma-Aldrich Sigma #A9650。若要获取其他血管紧张素 I 试剂瓶,点击 MSDS 链接:
http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search/ProductDetail/SIGMA/A9650
本部分的步骤包括其他具有潜在危害性的化学品:
•
冰醋酸
•
甲醇
按照其 MSDS 准则处理这些化学品。
Y 若要制备血管紧张素 I 储备溶液
1. 从附件套件中移除 1 mg 试剂瓶血管紧张素 I。
2. 在 1 mg 血管紧张素 I 中添加以下:
382 μL 水
382 μL 甲醇
8 μL 冰醋酸
3. 彻底混合溶液。
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
53
B
血管紧张素 I 溶液
Y 若要制备血管紧张素 I 样品溶液
1. 移取 100 μL 血管紧张素 I 储存溶液 (1 nmol/μL)至洁净的聚丙烯离心管中。
2. 在离心管中加入 900 μL 50:50 乙醇/水 (0.1% 醋酸)。
3. 彻底混匀溶液 (100 pmol/μL)。
4. 移取 19.8 mL 0.1% 醋酸 50:50 乙醇/水溶液至洁净的 20 mL 玻璃闪烁瓶。
5. 在闪烁瓶中加入 200 μL 100 pmol/μL 溶液以最后定容为 20 ml。
6. 彻底混匀溶液 (1 pmol/μL)。
7. 在需要使用之前将该样品溶液 (1 pmol/μL)保存在冰箱中。
54
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
术语表
术语表
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
A
Activation 激活
M
N
O
P
Q
R
T
U
V
W
X
Y
C
Activation Time (ms) /Act. Time (ms) 激活
时间 (ms)
Calibrate 校正
Center Lens Offset (V) 中心透镜补偿 (V)
AGC Target AGC 目标
Center Section LPT Offset (V) 中心部分 LPT
补偿 (V)
All 所有
Charge State 电荷态
All Programs 所有程序
Check 检查
Analyze Top N Peaks 分析最高 N 个峰
Collision Energy 碰撞能量
APCI Corona On APCI Corona 打开
Configure 配置
APPI Lamp On APPI 灯打开
Configured Devices 已配置设备
Automatic 自动
Current Scan Event 当前扫描事件
Automatic Gain Control (AGC) 自动增益控制
(AGC)
D
Automatic Tune 自动调谐
Available Devices 可用设备
Data Dependent Settings 数据依赖设置
Default Charge State 默认电荷态
Define Scan 定义扫描
B
Dependent Scan 依赖扫描
Back Lens (V) 后透镜 (V)
Device Types 设备类型
Back Multipole Offset (V) 后多极杆补偿 (V)
Display Graph View 显示图形视图
Thermo Scientific
Z
Back Section LPT Offset (V) 后部分 LPT
补偿 (V)
Activation Q 激活 Q
Activation Type/Act. Type 激活类型
S
ETD 模块入门手册
55
术语表: Electron Multiplier Gain
E
L
Electron Multiplier Gain 电子倍增器增益
LTQ Series Getting Connected Guide LTQ 系列建立
连接手册
Enable Charge State Dependent ETD Time 启用电荷
态依赖 ETD 时间
End 结束
ETD Module Hardware Manual ETD 模块硬件手册
ETD Module Getting Started Guide ETD模块入门
手册
LTQ Series Getting Started Guide LTQ 系列入门
手册
LTQ Series Hardware Manual LTQ 系列硬件手册
LTQ Series Preinstallation Requirements Guide
LTQ 系列预安装要求手册
F
M
Filament 灯丝
Maintenance 维护
Filament On 灯丝打开
Manual 手动
Front Section LPT Offset (V) 前部分 LPT
补偿 (V)
Manuals 手册
H
Maximum Injection time limit exceeded 超过最大
进样时间限值
Help 帮助
Home Page 主页
Max. Inject Time (ms) 最大进样时间 (ms)
model 型号
Model Configuration 型号配置
I
model MS 型号质谱仪
Import 导入
model Tune 型号调谐
Initialize Method to Repeat the MS2 Event Using
ETD 使用 ETD 以重复 MS2 事件的初始化方法
MSn Settings MSn 设置
Initialize Method with Additional ETD Scan Event
N
包含额外 ETD 扫描事件的初始化方法
Neutral Loss Masses 中性丢失质量数
Injection Control 进样控制
New Method 新方法
Instrument Configuration 仪器配置
Normalized Collision Energy 归一化碰撞能量
Instrument Setup 仪器设置
O
Isolation Width (m/z) 隔离宽度 (m/z)
Observed Low Mass 观察低质量数
OK 确定
On 开机
56
ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
术语表: On/Standby
On/Standby 开机/待机
Save 保存
Optimization Complete 优化完成
Scan Event 扫描事件
Optimization Range 优化范围
Scan Event 2 扫描事件 2
Scan Event 3 扫描事件 3
P
Parent Mass (m/z) 母离子质量数 (m/z)
Parameters 参数
Procedures 程序
Product Ion Mass (m/z) 子离子质量数 (m/z)
Scan Event Number 扫描事件号
Select ETD Experiment Type 选择 ETD 实验类型
Semi-Automatic 半自动
Settings 设置
Setup 设置
R
Source Fragmentation 源裂解
Reagent 试剂
Start 开始/起始
Reagent Ion from Vial Number 来自试剂瓶号#的试
剂离子
Start Tune Plus 启动 Tune Plus
Reagent Ion Gate Lens (V) 试剂离子门透镜 (V)
Status 状态
Step 步进
Reagent Ion Lens 1 (V) 试剂离子透镜 1 (V)
Supplemental Activation 补充激活
Reagent Ion Lens 2 (V) 试剂离子透镜 2 (V)
System 系统
Reagent Ion Lens 3 (V) 试剂离子透镜 3 (V)
Reagent Ion Optics 试剂离子光学组件
T
Thermo Foundation Instrument Configuration
Reagent Ion Reaction Time 试剂离子反应时间
Reagent Ion Selection 试剂离子选择
Reagent Ion Source 试剂离子源
Reagent Ion Source Configured 已配置试剂离子源
Reagent Ion Source On 试剂离子源打开
Reagent Vial NOT At Temperature! Please wait …
试剂瓶未处于目标温度!请等待…
Roadmap View 导航图
S
Thermo Foundation 仪器配置
Thermo Instruments Thermo 仪器
Thermo Xcalibur Instrument Setup Thermo Xcalibur
仪器设置
TIC 总离子流
Trap Ion Transfer 阱离子转移
Trap Reagent Ion Transfer Optics 阱试剂离子转移
光学组件
Tune 调谐
Turning On the Reagent Ion Source 调谐试剂离子源
SA Charge State 补充激活电荷态
Thermo Scientific
ETD 模块入门手册
57
术语表: Use Cooling Gas
U
Use Cooling Gas 使用冷却气
Use Decision Tree or Other Procedure 使用决策树
或其他程序
Use Low Vial Temperature 使用低试剂瓶温度
Use Mass Range 使用质量数范围
V
View Reagent Ion Spectra 查看试剂离子质谱图
W
Waste Electrical & Electronic Equipment (WEEE)
废弃电气与电子设备 (WEEE)
What to Optimize On 优化项目
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ETD 模块入门手册
Thermo Scientific
索引
索引
英文字母
D
AGC 目标值
错误,故障查找 26
范围和推荐设置 26
Data Dependent NL MS3 (ETD)实验
描述 4
运行 40
documentation survey xv
EMC 合规性 iii–iv
ETD 调谐方法,保存 23
ETD 模块
描述 1
试剂 51
ETD 实验 4, 25, 35
FCC 合规性 v
Foundation
参阅仪器配置
Instrument Setup 窗口, New Method 37
LTQ Velos 质谱仪,注释 xiii, 1
MS/ETD 系统
故障查找 49
描述 1
实验 2
Nth Order Double Play (ETD)实验
描述 4
运行 36
Supplemental Activation 复选框 29
survey link xv
Tune Plus,打开 12
WEEE 合规性 vii
Xcalibur
实验 4
实验模板 2
待机模式,故障查找 13
氮气
冷却 9, 13
描述, ETD 过程 1
灯丝
更换 50
松弛 50
温度影响 10
电磁兼容性 v
电子转移解离 (ETD),描述 1
A
安全标准 iii
Thermo Scientific
G
故障查找 49
H
合规性 iii
FCC v
WEEE vii
J
进样试剂离子设置 25
L
冷却气,氮气 9, 13
离子盒,故障查找 50
联系我们 xv
S
实验, ETD
Data Dependent NL MS3 (ETD 40
Nth Order Double Play (ETD) 36
试剂离子反应时间,优化 31
试剂离子光学组件
查看 22
调谐
半自动 21
ETD 模块入门手册
59
Index: T
手动 17
自动 13
试剂离子进样设置 25
试剂离子信号强度 17
试剂离子源
调谐 11
解决低强度 27
再次优化 22
试剂离子质谱图 15
试剂瓶温度 10
数据依赖决策树程序 43
T
调谐
半自动 21
描述 5
试剂离子光学组件 13
手动 17
自动 13
调谐, ETD 参数 11
调谐方法
保存 23
X
校正
描述 5
频率 5
血管紧张素 I
储备溶液,制备 53
处理 53
样品溶液,制备 54
质谱图,获取 27
Y
仪器配置 7
荧蒽,处理 51
用于 ETD 的 Xcalibur
实验 35
优化试剂离子反应时间 31
Z
诊断 5
质谱仪
调谐和校准 5
60
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Thermo Scientific
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